Jesper Velgaard Olsen
Professor, vicecenterleder, Professor
- 2024
- Udgivet
Homo sapiens reached the higher latitudes of Europe by 45,000 years ago
Mylopotamitaki, D., Weiss, M., Fewlass, H., Zavala, E. I., Rougier, H., Sümer, A. P., Hajdinjak, M., Smith, G. M., Ruebens, K., Sinet-Mathiot, V., Pederzani, S., Essel, E., Harking, F. S., Xia, H., Hansen, J., Kirchner, A., Lauer, T., Stahlschmidt, M., Hein, M., Talamo, S. & 13 flere, , 2024, I: Nature. 626, 7998, s. 341-346Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Atypical cofilin signaling drives dendritic cell migration through the extracellular matrix via nuclear deformation
Warner, H., Franciosa, Giulia, van der Borg, G., Coenen, B., Faas, Felix, Koenig, Claire, de Boer, R., Classens, R., Maassen, S., Baranov, M. V., Mahajan, S., Dabral, D., Bianchi, F., van Hilten, N., Risselada, H. J., Roos, W. H., Olsen, Jesper Velgaard, Cano, L. Q. & van den Bogaart, G., 2024, I: Cell Reports. 43, 3, 28 s., 113866.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Digging deeper into ancient skeletal proteomes through consecutive digestion with multiple proteases
Fagernäs, Zandra Selina, Troché, Gaudry Bruno, Olsen, Jesper Velgaard & Welker, Frido, 2024, I: Journal of Proteomics. 298, 10 s., 105143.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ETD-Based Proteomic Profiling Improves Arginine Methylation Identification and Reveals Novel PRMT5 Substrates
Lu, L., Ye, Z., Zhang, R., Olsen, Jesper Velgaard, Yuan, Y. & Mao, Y., 2024, I: Journal of Proteome Research. 23, 3, s. 1014-1027Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Extending the Coverage of Lys-C/Trypsin-Based Bottom-up Proteomics by Cysteine S-Aminoethylation
Tomioka, R., Tomioka, A., Ogata, K., Chan, H. J., Chen, L. Y., Hernández Guzmán, Ulises, Xuan, Y., Olsen, Jesper Velgaard, Chen, Y. J. & Ishihama, Y., 2024, I: Journal of the American Society for Mass Spectrometry. 35, 2, s. 386-396 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mass spectrometry-based proteomics of cerebrospinal fluid in pediatric central nervous system malignancies: a systematic review with meta-analysis of individual patient data
Larsen, Christian Mirian, Thastrup, M., Mathiasen, R., Schmiegelow, Kjeld, Olsen, Jesper Velgaard & Østergaard, Ole, 2024, I: Fluids and Barriers of the CNS. 21, 17 s., 14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
One-Tip enables comprehensive proteome coverage in minimal cells and single zygotes
Ye, Z., Sabatier, Pierre Camille, Martin Gonzalez, Javier, Eguchi, A., Lechner, Maico Yannic, Østergaard, Ole, Xie, J., Guo, Y., Schultz, L., Truffer, R., Bekker-Jensen, D. B., Bache, N. & Olsen, Jesper Velgaard, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 10 s., 2474.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphoproteomic investigation of targets of protein phosphatases in EGFR signaling
Eguchi, A. & Olsen, Jesper Velgaard, 2024, I: Scientific Reports. 14, 11 s., 7908.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- E-pub ahead of print
Ultra-fast label-free quantification and comprehensive proteome coverage with narrow-window data-independent acquisition
Guzman, U. H., Martinez Del Val, A., Ye, Z., Damoc, E., Arrey, T. N., Pashkova, A., Renuse, S., Denisov, E., Petzoldt, J., Peterson, A. C., Harking, F., Østergaard, O., Rydbirk, R., Aznar, S., Stewart, H., Xuan, Y., Hermanson, D., Horning, S., Hock, C., Makarov, A. & 2 flere, , 2024, (E-pub ahead of print) I: Nature Biotechnology.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
A seven-transmembrane methyltransferase catalysing N-terminal histidine methylation of lytic polysaccharide monooxygenases
Batth, Tanveer Singh, Simonsen, J. L., Hernandez Rollan, Cristina, Brander, Søren, Morth, J. P., Johansen, Katja Salomon, Nørholm, M. H. H., Hoof, J. B. & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: Nature Communications. 14, 15 s., 4202.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparing extraction method efficiency for high-throughput palaeoproteomic bone species identification
Mylopotamitaki, Dorothea, Harking, F. S., Taurozzi, Alberto John, Fagernäs, Zandra Selina, Godinho, R. M., Smith, G. M., Weiss, M., Schüler, T., McPherron, S. P., Meller, H., Cascalheira, J., Bicho, N., Olsen, Jesper Velgaard, Hublin, J. & Welker, Frido, 2023, I: Scientific Reports. 13, 14 s., 18345.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeSUMOylation of chromatin-bound proteins limits the rapid transcriptional reprogramming induced by daunorubicin in acute myeloid leukemias
Boulanger, M., Aqrouq, M., Tempé, D., Kifagi, C., Ristic, M., Akl, D., Hallal, R., Carusi, A., Gabellier, L., de Toledo, M., Sigurdsson, J-O., Kaoma, T., Andrieu-Soler, C., Forné, T., Soler, E., Hicheri, Y., Gueret, E., Vallar, L., Olsen, J. V., Cartron, G. & 2 flere, , 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, 16, 21 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differential ultracentrifugation enables deep plasma proteomics through enrichment of extracellular vesicles
Kverneland, Anders Handrup, Østergaard, Ole, Emdal, Kristina Bennet, Svane, Inge Marie & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: Proteomics. 23, 7-8, 2200039.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GLP-1R signaling neighborhoods associate with the susceptibility to adverse drug reactions of incretin mimetics
Wright, S. C., Motso, A., Koutsilieri, S., Beusch, C. M., Sabatier, Pierre Camille, Berghella, A., Blondel-Tepaz, É., Mangenot, K., Pittarokoilis, I., Sismanoglou, D. C., Le Gouill, C., Olsen, Jesper Velgaard, Zubarev, R. A., Lambert, N. A., Hauser, Alexander Sebastian, Bouvier, M. & Lauschke, V. M., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 6243.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Galectin-1 induces a tumor-associated macrophage phenotype and upregulates indoleamine 2,3-dioxygenase-1
Levann, Asha Maria Rudjord, Ye, Z., Hafkenscheid, L., Horn, S., Wiegertjes, R., Nielsen, Mathias Alexander Ingemann, Song, Ming, Mathiesen, C. B. K., Stoop, J., Stowell, S., Straten, P. T., Leffler, H., Vakhrushev, Sergey, Dabelsteen, Sally, Olsen, Jesper Velgaard & Wandall, Hans H., 2023, I: iScience. 26, 7, 21 s., 106984.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hybrid-DIA: intelligent data acquisition integrates targeted and discovery proteomics to analyze phospho-signaling in single spheroids
Martinez Del Val, Ana, Fort, K., Koenig, Claire, van der Hoeven, Leander Roeland, Franciosa, Giulia, Moehring, T., Ishihama, Y., Chen, Y. J., Makarov, A., Xuan, Y. & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: Nature Communications. 14, 18 s., 3599.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impact of SHP2 tyrosine phosphorylation on the development of acquired resistance to allosteric SHP2 inhibitors
Franciosa, Giulia & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: OncoTarget. 14, s. 281-283 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Loss of N-terminal acetyltransferase A activity induces thermally unstable ribosomal proteins and increases their turnover in Saccharomyces cerevisiae
Hernández Guzmán, Ulises, Aksnes, H., Ree, R., Krogh, Nicolai, Jakobsson, M. E., Jensen, Lars Juhl, Arnesen, T. & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: Nature Communications. 14, 4517.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping cardiac remodeling in chronic kidney disease
Kaesler, N., Cheng, M., Nagai, J., O'Sullivan, J., Peisker, F., Bindels, E. M. J., Babler, A., Moellmann, J., Droste, P., Franciosa, G., Dugourd, A., Saez-Rodriguez, J., Neuss, S., Lehrke, M., Boor, P., Goettsch, C., Olsen, J. V., Speer, T., Lu, T. S., Lim, K. & 4 flere, , 2023, I: Science Advances. 9, 47, 18 s., eadj4846.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Matrix Gla Protein drives stemness and tumor initiation in ovarian cancer
Nieddu, V., Melocchi, V., Battistini, C., Franciosa, Giulia, Lupia, M., Stellato, C., Bertalot, G., Olsen, Jesper Velgaard, Colombo, N., Bianchi, F. & Cavallaro, U., 2023, I: Cell Death and Disease. 14, 3, 16 s., 220.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimizing Linear Ion-Trap Data-Independent Acquisition toward Single-Cell Proteomics
Phlairaharn, T., Ye, Z., Krismer, Elena, Pedersen, Anna-Kathrine, Pietzner, M., Olsen, Jesper Velgaard, Schoof, E. M. & Searle, B. C., 2023, I: Analytical Chemistry. 95, 26, s. 9881-9891 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PRMT5-mediated regulatory arginine methylation of RIPK3
Chauhan, C., Martinez Del Val, Ana, Niedenthal, R., Olsen, Jesper Velgaard, Kotlyarov, A., Bekker-Jensen, Simon Holst, Gaestel, M. & Menon, M. B., 2023, I: Cell Death Discovery. 9, 9 s., 14.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic identification of beer brewing products in the ground layer of Danish Golden Age paintings
Di Gianvincenzo, Fabiana, Andersen, C. K., Filtenborg, T., Mackie, Meaghan, Ernst, M., Ramos Madrigal, Jazmin, Olsen, Jesper Velgaard, Wadum, J. & Cappellini, Enrico, 2023, I: Science Advances. 9, 21, 13 s., eade7686.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomics to study cancer immunity and improve treatment
Franciosa, Giulia, Kverneland, Anders Handrup, Jensen, Agnete Witness Præst, dqp123, dqp123 & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: Seminars in Immunopathology. 45, 11 s., 241–251.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protocol for high-throughput semi-automated label-free- or TMT-based phosphoproteome profiling
Koenig, Claire, Martinez-Val, A., Naicker, P., Stoychev, S., Jordaan, J. & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: STAR Protocols. 4, 3, 30 s., 102536.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ROS-induced ribosome impairment underlies ZAKα-mediated metabolic decline in obesity and aging
Snieckute, G., Ryder, L., Vind, A. C., Wu, Z., Arendrup, F. S., Stoneley, M., Chamois, S., Martinez-Val, A., Leleu, M., Dreos, R., Russell, A., Gay, D. M., Genzor, A. V., Choi, B. S-Y., Basse, A. L., Sass, F., Dall, M., Dollet, L. C. M., Blasius, M., Willis, A. E. & 10 flere, , 2023, I: Science (New York, N.Y.). 382, 6675, 14 s., eadf3208.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recent advances in kinase signaling network profiling by mass spectrometry
Franciosa, Giulia, Locard-Paulet, Marie, Jensen, Lars Juhl & Olsen, Jesper Velgaard, 2023, I: Current Opinion in Chemical Biology. 73, 11 s., 102260.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Repurposing the antipsychotic drug amisulpride for targeting synovial fibroblast activation in arthritis
Papadopoulou, D., Roumelioti, F., Tzaferis, C., Chouvardas, P., Pedersen, Anna-Kathrine, Charalampous, F., Christodoulou-Vafeiadou, E., Ntari, L., Karagianni, N., Denis, M. C., Olsen, Jesper Velgaard, Matralis, A. N. & Kollias, G., 2023, I: JCI insight. 8, 9, 18 s., e165024.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
A Middle Pleistocene Denisovan molar from the Annamite Chain of northern Laos
Demeter, F., Zanolli, C., Westaway, K. E., Joannes-Boyau, R., Duringer, P., Morley, M. W., Welker, F., Rüther, P. L., Skinner, M. M., McColl, H., Gaunitz, C., Vinner, L., Dunn, T. E., Olsen, J. V., Sikora, M., Ponche, J-L., Suzzoni, E., Frangeul, S., Boesch, Q., Antoine, P-O. & 20 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 17 s., 2557.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A deeper look at carrier proteome effects for single-cell proteomics
Ye, Z., Batth, Tanveer Singh, Rüther, P. & Olsen, Jesper Velgaard, 2022, I: Communications Biology . 5, 8 s., 150.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Brain proteome profiling implicates the complement and coagulation cascade in multiple system atrophy brain pathology
Rydbirk, R., Østergaard, O., Folke, J., Hempel, C., DellaValle, B., Andresen, T. L., Løkkegaard, A., Hejl, A-M., Bode, M., Blaabjerg, M., Møller, M., Danielsen, E. H., Salvesen, L., Starhof, C. C., Bech, S., Winge, K., Rungby, J., Pakkenberg, B., Brudek, T., Olsen, J. V. & 1 flere, , 2022, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 79, 6, 22 s., 336.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterization of TGF-β signaling in a human organotypic skin model reveals that loss of TGF-βRII induces invasive tissue growth
Ye, Z., Kilic, G., Dabelsteen, Sally, Marinova, I. N., Thøfner, J. F. B., Song, Ming, Levann, Asha Maria Rudjord, Bagdonaite, Ieva , Vakhrushev, Sergey, Brakebusch, Cord Herbert, Olsen, Jesper Velgaard & Wandall, Hans H., 2022, I: Science Signaling. 15, 761, eabo2206.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combining mass spectrometry and machine learning to discover bioactive peptides
Madsen, C. T., Refsgaard, J. C., Teufel, F. G., Kjærulff, S. K., Wang, Z., Meng, G., Jessen, C., Heljo, P., Jiang, Q., Zhao, X., Wu, B., Zhou, X., Tang, Y., Jeppesen, J. F., Kelstrup, C. D., Buckley, S. T., Tullin, S., Nygaard-Jensen, J., Chen, X., Zhang, F. & 4 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 17 s., 6235.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Divergent Molecular and Cellular Responses to Low and High-Dose Ionizing Radiation
Sampadi, B., Vermeulen, S., Mišovic, B., Boei, J. J., Batth, Tanveer Singh, Chang, J. G., Paulsen, M. T., Magnuson, B., Schimmel, J., Kool, H., Olie, C. S., Everts, B., Vertegaal, A. C. O., Olsen, Jesper Velgaard, Ljungman, M., Jeggo, P. A., Mullenders, L. H. F. & Vrieling, H., 2022, I: Cells. 11, 23, 25 s., 3794.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic ancestry, diet and microbiomes of Upper Palaeolithic hunter-gatherers from San Teodoro cave (Sicily, Italy)
Scorrano, Gabriele, Nielsen, Sofie Holtsmark, Vetro, D. L., Sawafuji, R., Mackie, Meaghan, Margaryan, Ashot, Fotaki, Anna Katerina, Martínez-Labarga, C., Fabbri, P. F., Allentoft, Morten Erik, Carra, M., Martini, F., Rickards, O., Olsen, Jesper Velgaard, Pedersen, Mikkel Winther, Cappellini, Enrico & Sikora, Martin, 2022, I: Communications Biology. 5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Obtaining Complete Human Proteomes
Martinez Del Val, Ana, Hernández Guzmán, Ulises & Olsen, Jesper Velgaard, 2022, I: Annual Review of Genomics and Human Genetics. 23, s. 10.1-10.23 23 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimal analytical strategies for sensitive and quantitative phosphoproteomics using TMT-based multiplexing
Koenig, Claire, Martinez-Val, A., Franciosa, Giulia & Olsen, Jesper Velgaard, 2022, I: Proteomics. 22, 19-20, 13 s., 2100245.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphoproteomics of primary AML patient samples reveals rationale for AKT combination therapy and p53 context to overcome selinexor resistance
Emdal, Kristina Bennet, Palacio-Escat, N., Wigerup, C., Eguchi, A., Nilsson, H., Bekker-Jensen, D. B., Rönnstrand, L., Kazi, J. U., Puissant, A., Itzykson, R., Saez-Rodriguez, J., Masson, K., Blume-Jensen, P. & Olsen, Jesper Velgaard, 2022, I: Cell Reports. 40, 6, 25 s., 111177.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphorylation of SHP2 at Tyr62 enables acquired resistance to SHP2 allosteric inhibitors in FLT3-ITD-driven AML
Pfeiffer, A., Franciosa, Giulia, Locard-Paulet, Marie, Piga, I., Reckzeh, K., Vemulapalli, V., Blacklow, S. C., Theilgaard-Mønch, Kim, Jensen, Lars Juhl & Olsen, Jesper Velgaard, 2022, I: Cancer Research. 82, 11, s. 2141-2155 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SPIN enables high throughput species identification of archaeological bone by proteomics
Rüther, P. L., Husic, I. M., Bangsgaard, Pernille, Gregersen, K. M., Pantmann, P., Carvalho, M., Godinho, R. M., Friedl, L., Cascalheira, J., Taurozzi, Alberto John, Jørkov, M L S, Benedetti, M. M., Haws, J., Bicho, N., Welker, Frido, Cappellini, Enrico & Olsen, Jesper Velgaard, 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 2458.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
THO complex deficiency impairs DNA double-strand break repair via the RNA surveillance kinase SMG-1
Kamp, J. A., Lemmens, B. B. L. G., Romeijn, R. J., González-Prieto, R., Olsen, Jesper Velgaard, Vertegaal, A. C. O., van Schendel, R. & Tijsterman, M., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 11, s. 6235-6250 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The feasibility of palaeoproteomics for studying ancient hominins from South Africa
Madupe, Palesa Petunia, Hlazo, N., Ruther, P. L., Mackie, Meaghan, Welker, Frido, Ramos Madrigal, Jazmin, Patramanis, Ioannis, Racimo, Fernando, Schroeder, L., Olsen, Jesper Velgaard, Ackermann, R. R. & Cappellini, Enrico, 2022, I: American journal of biological anthropology. 177, S73, s. 112 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ZAKβ is activated by cellular compression and mediates contraction-induced MAP kinase signaling in skeletal muscle
Nordgaard, C., Vind, A. C., Stonadge, A., Kjøbsted, R., Snieckute, G., Antas, P., Blasius, M., Reinert, M. S., Del Val, A. M., Bekker-Jensen, D. B., Haahr, P., Miroshnikova, Y. A., Mazouzi, A., Falk, S., Perrier-Groult, E., Tiedje, C., Li, X., Jakobsen, J. R., Jørgensen, N. O., Wojtaszewski, J. & 12 flere, , 2022, I: E M B O Journal. 41, 17, 19 s., e111650.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Spatial-proteomics reveal in-vivo phospho-signaling dynamics at subcellular resolution
Martinez Del Val, Ana, Bekker-Jensen, D. B., Steigerwald, S., Mehta, A., Tran, T., Sikorski, K., Torres Vega, Estefania, Kwasniewicz, E., Brynjólfsdóttir, S. H., Frankel, Lisa, Kjøbsted, Rasmus, Krogh, Nicolai, Lundby, Alicia, Bekker-Jensen, Simon Holst, Lund-Johansen, F. & Olsen, Jesper Velgaard, 2 feb. 2021, bioRxiv, s. 1-34, 34 s.Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
FRMD6 has tumor suppressor functions in prostate cancer
Haldrup, J., Strand, S. H., Cieza-Borrella, C., Jakobsson, M. E., Riedel, M., Norgaard, M., Hedensted, S., Dagnaes-Hansen, F., Ulhoi, B. P., Eeles, R., Borre, M., Olsen, Jesper Velgaard, Thomsen, M., Kote-Jarai, Z. & Sorensen, K. D., 2021, I: Oncogene. 40, s. 763-776 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Causal integration of multi-omics data with prior knowledge to generate mechanistic hypotheses
Dugourd, A., Kuppe, C., Sciacovelli, M., Gjerga, E., Gabor, A., Emdal, Kristina Bennet, Vieira, V., Bekker-Jensen, D. B., Kranz, J., Bindels, E. M. J., Costa, A. S. H., Sousa, A., Beltrao, P., Rocha, M., Olsen, Jesper Velgaard, Frezza, C., Kramann, R. & Saez-Rodriguez, J., 2021, I: Molecular Systems Biology. 17, 1, 17 s., e9730.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Data Processing and Analysis for DIA-Based Phosphoproteomics Using Spectronaut
Martinez Del Val, Ana, Bekker-Jensen, D. B., Hogrebe, A. & Olsen, Jesper Velgaard, 2021, Proteomics Data Analysis. Cecconi, D. (red.). Springer, s. 95-107 13 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2361).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Faecal proteomics as a novel method to study mammalian behaviour and physiology
Tsutaya, T., Mackie, Meaghan, Sawafuji, R., Miyabe-Nishiwaki, T., Olsen, Jesper Velgaard & Cappellini, Enrico, 2021, I: Molecular Ecology Resources. 21, 6, s. 1808-1819 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GHB analogs confer neuroprotection through specific interaction with the CaMKIIα hub domain
Leurs, U., Klein, A. B., McSpadden, E. D., Griem-Krey, N., Solbak, S. M. Ø., Houlton, J., Villumsen, I. S., Vogensen, S. B., Hamborg, L., Gauger, S. J., Palmelund, L. B., Larsen, A. S. G., Shehata, M. A., Kelstrup, C. D., Olsen, J. V., Bach, A., Burnie, R. O., Kerr, D. S., Gowing, E. K., Teurlings, S. M. W. & 9 flere, , 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 31, 9 s., e2108079118.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human DDK rescues stalled forks and counteracts checkpoint inhibition at unfired origins to complete DNA replication
Jones, M. J. K., Gelot, C., Munk, S., Koren, A., Kawasoe, Y., George, K. A., Santos, R. E., Olsen, Jesper Velgaard, McCarroll, S. A., Frattini, M. G., Takahashi, T. S. & Jallepalli, P. V., 2021, I: Molecular Cell. 81, 3, s. 426-441.e8 24 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human METTL18 is a histidine-specific methyltransferase that targets RPL3 and affects ribosome biogenesis and function
Małecki, J. M., Odonohue, M., Kim, Y., Jakobsson, M. E., Gessa, L., Pinto, R., Wu, J., Davydova, E., Moen, A., Olsen, Jesper Velgaard, Thiede, B., Gleizes, P., Leidel, S. A. & Falnes, P. Ø., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 6, s. 3185-3203 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic investigation of Cbl and Cbl-b in neuroblastoma cell differentiation highlights roles for SHP-2 and CDK16
Pedersen, Anna-Kathrine, Pfeiffer, A., Karemore, G., Akimov, V., Bekker-Jensen, D. B., Blagoev, B., Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 2021, I: iScience. 24, 4, 34 s., 102321.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomics of resistance to Notch1 inhibition in acute lymphoblastic leukemia reveals targetable kinase signatures
Franciosa, Giulia, Smits, J. G. A., Minuzzo, S., Martinez Del Val, Ana, Indraccolo, S. & Olsen, Jesper Velgaard, 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 19 s., 2507.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative proteome comparison of human hearts with those of model organisms
Linscheid, N., Santos, A., Poulsen, P. C., Mills, Robert William, Callø, Kirstine, Leurs, U., Ye, J. Z., Stolte, C., Thomsen, Morten Bækgaard, Bentzen, Bo Hjorth, Lundegaard, Pia Rengtved, Olesen, Morten Steen Salling, Jensen, Lars Juhl, Olsen, Jesper Velgaard & Lundby, Alicia, 2021, I: PLOS Biology. 19, 4, 22 s., e3001144.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Regulation of the golgi apparatus by p38 and JNK kinases during cellular stress responses
Nordgaard, C., Tollenaere, M. A. X., Martinez Del Val, Ana, Bekker-Jensen, D. B., Blasius, Melanie, Olsen, Jesper Velgaard & Bekker-Jensen, Simon Holst, 2021, I: International Journal of Molecular Sciences. 22, 17, 23 s., 9595.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spatial-proteomics reveals phospho-signaling dynamics at subcellular resolution
Martinez Del Val, Ana, Bekker-Jensen, D. B., Steigerwald, S., Koenig, Claire, Østergaard, Ole, Mehta, A., Tran, T., Sikorski, K., Torres Vega, Estefania, Kwasniewicz, E., Brynjólfsdóttir, S. H., Frankel, Lisa, Kjøbsted, Rasmus, Krogh, Nicolai, Lundby, Alicia, Bekker-Jensen, Simon Holst, Lund-Johansen, F. & Olsen, Jesper Velgaard, 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 17 s., 7113.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The methyltransferase METTL9 mediates pervasive 1-methylhistidine modification in mammalian proteomes
Davydova, E., Shimazu, T., Schuhmacher, M. K., Jakobsson, M. E., Willemen, H. L. D. M., Liu, T., Moen, A., Ho, A. Y. Y., Małecki, J., Schroer, L., Pinto, R., Suzuki, T., Grønsberg, I. A., Sohtome, Y., Akakabe, M., Weirich, S., Kikuchi, M., Olsen, J. V., Dohmae, N., Umehara, T. & 8 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 14 s., 891.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Multi-protease analysis of Pleistocene bone proteomes
Lanigan, Liam Thomas, Mackie, Meaghan, Feine, S., Hublin, J., Schmitz, R. W., Wilcke, A., Collins, Matthew James, Cappellini, Enrico, Olsen, Jesper Velgaard, Taurozzi, Alberto John & Welker, Frido, 30 sep. 2020, I: Journal of Proteomics. 228, 11 s., 103889.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The dental proteome of Homo antecessor: {with Author Correction]
Welker, F., Ramos-Madrigal, J., Gutenbrunner, P., Mackie, M., Tiwary, S., Rakownikow Jersie-Christensen, R., Chiva, C., Dickinson, M. R., Kuhlwilm, M., de Manuel, M., Gelabert, P., Martinón-Torres, M., Margvelashvili, A., Arsuaga, J. L., Carbonell, E., Marques-Bonet, T., Penkman, K., Sabidó, E., Cox, J., Olsen, J. V. & 6 flere, , apr. 2020, I: Nature. 580, 7802, s. 235-238 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Compact Quadrupole-Orbitrap Mass Spectrometer with FAIMS Interface Improves Proteome Coverage in Short LC Gradients
Bekker-Jensen, D. B., Martinez Del Val, Ana, Steigerwald, S., Rüther, P., Fort, K. L., Arrey, T. N., Harder, A., Makarov, A. & Olsen, Jesper Velgaard, 2020, I: Molecular and Cellular Proteomics. 19, 4, s. 716-729 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient biomolecules reveal ancestry, diet and microbiomes of Upper Palaeolithic hunter-gatherers from Sicily
Scorrano, Gabriele, Nielsen, S. H., Lo Vetro, D., Mackie, Meaghan, Fabbri, P. F., Allentoft, Morten Erik, Martini, F., Martanez-Labarga, C., Rickards, O., Olsen, Jesper Velgaard, Willerslev, Eske, Cappellini, Enrico & Sikora, Martin, 2020, s. 255-255.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deciphering the human phosphoproteome
Franciosa, Giulia, Martinez-Val, A. & Olsen, Jesper Velgaard, 2020, I: Nature Biotechnology. 38, s. 285-286 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effects of active farnesoid X receptor on GLUTag enteroendocrine L cells
Niss, K., Jakobsson, M. E., Westergaard, David, Belling, K. G., Olsen, Jesper Velgaard & Brunak, Søren, 2020, I: Molecular and Cellular Endocrinology. 517, 9 s., 110923.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic and proteomic evidence for Mycobacterium leprae in human medieval dental calculus from Trondheim, Norway
Vagene, A. J., Fotaki, Anna Katerina, Denham, S. D., Orbegozo, M., Mackie, Meaghan, Olsen, Jesper Velgaard, Cappellini, Enrico, Christophersen, A. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: American Journal of Physical Anthropology. 171, s. 291 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Mass-Spectrometry Based Proteome Comparison of Extracellular Vesicle Isolation Methods: Comparison of ME-kit, Size-Exclusion Chromatography, and High-Speed Centrifugation
Askeland, A., Borup, A., Østergaard, Ole, Olsen, Jesper Velgaard, Lund, S. M., Christiansen, G., Kristensen, S. R., Heegaard, N. H. H. & Pedersen, S., 2020, I: Biomedicines. 8, 8, 15 s., 246.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular Basis of the Mechanisms Controlling MASTL
Hermida, D., Mortuza, G. B., Pedersen, Anna-Kathrine, Pozdnyakova, I., Nguyen, T. T. T. N., Maroto, M., Williamson, M., Ebersole, T., Cazzamali, G., Rand, Kasper Dyrberg, Olsen, Jesper Velgaard, Malumbres, M. & Montoya, Guillermo, 2020, I: Molecular & Cellular Proteomics. 19, 2, s. 326-343Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multi-omic detection of Mycobacterium leprae in archaeological human dental calculus
Fotaki, Anna Katerina, Denham, S. D., Mackie, Meaghan, Iraeta Orbegozo, Miren, Mylopotamitaki, Dorothea, Gopalakrishnan, Shyam, Sicheritz-Pontén, Thomas, Olsen, Jesper Velgaard, Cappellini, Enrico, KU, thw266, Christophersen, A., Gilbert, M Thomas P & Vågene, Åshild Joanne, 2020, I: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 375, 1812, 10 s., 20190584.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ProAlanase is an Effective Alternative to Trypsin for Proteomics Applications and Disulfide Bond Mapping
Samodova-Sommer, Diana, Hosfield, C. M., Cramer, C. N., Giuli, M. V., Cappellini, Enrico, Franciosa, Giulia, Rosenblatt, M. M., Kelstrup, C. D. & Olsen, Jesper Velgaard, 2020, I: Molecular & Cellular Proteomics. 19, 12, 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteome and Phosphoproteome Changes Associated with Prognosis in Acute Myeloid Leukemia
Aasebø, E., Berven, F. S., Bartaula-Brevik, S., Stokowy, T., Hovland, R., Vaudel, M., Døskeland, S. O., McCormack, E., Batth, Tanveer Singh, Olsen, Jesper Velgaard, Bruserud, Ø., Selheim, F. & Hernandez-Valladares, M., 2020, I: Cancers. 12, 3, 26 s., 709.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative phosphoproteomics to unravel the cellular response to chemical stressors with different modes of action
Sampadi, B., Pines, A., Munk, S., Mišovic, B., de Groot, A. J., van de Water, B., Olsen, Jesper Velgaard, Mullenders, L. H. F. & Vrieling, H., 2020, I: Archives of Toxicology. 94, s. 1655-1671 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative proteomics characterization of acutely isolated primary adult rat cardiomyocytes and fibroblasts
Poulsen, P. C., Schrölkamp, Maren, Bagwan, N., Leurs, U., Humphries, E. S. A., Bomholzt, S. H., Nielsen, Morten Schak, Bentzen, Bo Hjorth, Olsen, Jesper Velgaard & Lundby, Alicia, 2020, I: Journal of Molecular and Cellular Cardiology. 143, s. 63-70 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative proteomics of human heart samples collected In vivo reveal the remodeled protein landscape of dilated left atrium without atrial fibrillation
Linscheid, N., Poulsen, P. C., Pedersen, I. D., Gregers, E., Svendsen, Jesper Hastrup, Olesen, Morten Steen Salling, Olsen, Jesper Velgaard, Delmar, M. & Lundby, Alicia, 2020, I: Molecular and Cellular Proteomics. 19, 7, s. 1132-1144Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid and site-specific deep phosphoproteome profiling by data-independent acquisition without the need for spectral libraries
Bekker-Jensen, D. B., Bernhardt, O. M., Hogrebe, A., Martinez Del Val, Ana, Verbeke, L., Gandhi, T., Kelstrup, C. D., Reiter, L. & Olsen, Jesper Velgaard, 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 12 s., 787.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The human methyltransferase ZCCHC4 catalyses N6-methyladenosine modification of 28S ribosomal RNA
Pinto, R., Vågbø, C. B., Jakobsson, M. E., Kim, Y., Baltissen, M. P., O'Donohue, M., Hernández Guzmán, Ulises, Małecki, J. M., Wu, J., Kirpekar, F., Olsen, Jesper Velgaard, Gleizes, P., Vermeulen, M., Leidel, S. A., Slupphaug, G. & Falnes, P. Ø., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 2, s. 830-846 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
ZAKα Recognizes Stalled Ribosomes through Partially Redundant Sensor Domains
Vind, Anna Constance, Snieckute, Goda, Blasius, Melanie, Tiedje, C., Krogh, Nicolai, Bekker-Jensen, D. B., Andersen, Kasper Langebjerg, Nordgaard, C., Tollenaere, M. A. X., Lund, Anders H., Olsen, Jesper Velgaard, Nielsen, Henrik & Bekker-Jensen, Simon Holst, 2020, I: Molecular Cell. 78, 4, s. 700-713.E7Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Palaeoproteomic analysis of Early Pleistocene Gigantopithecus blacki
Welker, Frido, Ramos Madrigal, Jazmin, Wang, W., Kuhlwilm, M., Montero, M. D. M., Demeter, Fabrice, Lalueza-Fox, C., Marques-Bonet, T., Olsen, Jesper Velgaard & Cappellini, Enrico, mar. 2019, I: American Journal of Physical Anthropology. 168, suppl. 68, s. 265-266Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alternative Translation Initiation Generates a Functionally Distinct Isoform of the Stress-Activated Protein Kinase MK2
Trulley, P., Snieckute, Goda, Bekker-Jensen, D., Menon, M. B., Freund, R., Kotlyarov, A., Olsen, Jesper Velgaard, Diaz-Muñoz, M. D., Turner, M., Bekker-Jensen, Simon Holst, Gaestel, M. & Tiedje, C., 2019, I: Cell Reports. 27, 10, s. 2859-2870.e6 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Dynamic lineage priming is driven via direct enhancer regulation by ERK
Hamilton, W. B., Mosesson, Y., S. Monteiro, Rita, Emdal, Kristina Bennet, Knudsen, Teresa Emmilie Toudal, Francavilla, C., Barkai, N., Olsen, Jesper Velgaard & Brickman, Joshua Mark, 2019, I: Nature. 575, s. 355-360Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinus phylogeny
Cappellini, E., Welker, F., Pandolfi, L., Ramos-Madrigal, J., Samodova, D., Rüther, P. L., Fotakis, A. K., Lyon, D., Moreno-Mayar, J. V., Bukhsianidze, M., Rakownikow Jersie-Christensen, R., Mackie, M., Ginolhac, A., Ferring, R., Tappen, M., Palkopoulou, E., Dickinson, M. R., Stafford, T. W., Chan, Y. L., Götherström, A. & 23 flere, , 2019, I: Nature. 574, 7776, s. 103-107Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Enamel proteome sequences from Dmanisi (Georgia) enable molecular phylogeny beyond the limits of ancient DNA preservation
Cappellini, Enrico, Welker, Frido, Olsen, Jesper Velgaard, Lordkipanidze, D. & Willerslev, Eske, 2019, I: American Journal of Physical Anthropology. 168, suppl. 68, s. 35 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning
- Udgivet
Enamel proteome shows that Gigantopithecus was an early diverging pongine
Welker, Frido, Ramos Madrigal, Jazmin, Kuhlwilm, M., Liao, W., Gutenbrunner, P., de Manuel, M., Samodova-Sommer, Diana, Mackie, Meaghan, Allentoft, Morten Erik, Bacon, A., Collins, Matthew James, Cox, J., Lalueza-Fox, C., Olsen, Jesper Velgaard, Demeter, Fabrice, Wang, W., Marques-Bonet, T. & Cappellini, Enrico, 2019, I: Nature. 576, s. 262-265Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Expression and secretion of a lytic polysaccharide monooxygenase by a fast-growing cyanobacterium
Russo, D. A., Zedler, J. A. Z., Wittmann, D. N., Möllers, B., Singh, R. K., Batth, Tanveer Singh, van Oort, B., Olsen, Jesper Velgaard, Bjerrum, Morten Jannik & Jensen, Poul Erik, 2019, I: Biotechnology for Biofuels. 12, 1, 13 s., 74.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GIGYF1/2-Driven Cooperation between ZNF598 and TTP in Posttranscriptional Regulation of Inflammatory Signaling
Tollenaere, M. A. X., Tiedje, C., Rasmussen, S., Nielsen, J. C., Vind, Anna Constance, Blasius, Melanie, Batth, Tanveer Singh, Mailand, Niels, Olsen, Jesper Velgaard, Gaestel, M. & Bekker-Jensen, Simon Holst, 2019, I: Cell Reports. 26, 13, s. 3511-3521.e4 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Oncogenic Mutations Rewire Signaling Pathways by Switching Protein Recruitment to Phosphotyrosine Sites
Lundby, Alicia, Franciosa, Giulia, Emdal, Kristina Bennet, Refsgaard, J. C., Gnosa, S. P., Bekker-Jensen, D. B., Secher, A., Maurya, S. R., Paul, I., Mendez, B. L., Kelstrup, C. D., Francavilla, C., Kveiborg, Marie, Montoya, Guillermo, Jensen, Lars Juhl & Olsen, Jesper Velgaard, 2019, I: Cell. 179, 2, s. 543-560Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Palaeoproteomic identification of breast milk protein residues from the archaeological skeletal remains of a neonatal dog
Tsutaya, T., Mackie, Meaghan, Koenig, C., Sato, T., Weber, A. W., Kato, H., Olsen, Jesper Velgaard & Cappellini, Enrico, 2019, I: Scientific Reports. 9, 7 s., 12841.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Palaeoproteomics resolves sloth relationships
Presslee, S., Slater, G. J., Pujos, F., Forasiepi, A. M., Fischer, R., Molloy, K., Mackie, M., Olsen, J. V., Kramarz, A., Taglioretti, M., Scaglia, F., Lezcano, M., Lanata, J. L., Southon, J., Feranec, R., Bloch, J., Hajduk, A., Martin, F. M., Salas Gismondi, R., Reguero, M. & 6 flere, , 2019, I: Nature Ecology & Evolution. 3, s. 1121-1130Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein aggregation capture on microparticles enables multi-purpose proteomics sample preparation
Batth, Tanveer Singh, Tollenaere, M. A. X., Rüther, P. L., Gonzalez-Franquesa, A., Prabhakar, B. S., Bekker-Jensen, Simon Holst, Deshmukh, Atul Shahaji & Olsen, Jesper Velgaard, 2019, I: Molecular and Cellular Proteomics. 18, 5, s. 1027-1035Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteogenomic characterization of patient-derived xenografts highlights the role of REST in neuroendocrine differentiation of castration-resistant prostate cancer
Flores-Morales, A., Bergmann, T. B., Lavallee, C., Batth, T. S., Lin, D., Lerdrup, M., Friis, S., Bartels, A., Kristensen, G., Krzyzanowska, A., Xue, H., Fazli, L., Hansen, K., Røder, M. A., Brasso, K., Moreira, J. M., Bjartell, A., Wang, Y., Olsen, J. V., Collins, C. C. & 1 flere, , 2019, I: Clinical Cancer Research. 25, 2, s. 1-15Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic characterization of chromosomal common fragile site (CFS)-associated proteins uncovers ATRX as a regulator of CFS stability
Pladevall Morera, David, Munk, S., Ingham, Andreas, Garribba, L., Albers, E., Liu, Ying, Olsen, Jesper Velgaard & Lopez-Contreras, Andres, 2019, I: Nucleic Acids Research. 47, 15, s. 8004-8018 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative proteomics and single-nucleus transcriptomics of the sinus node elucidates the foundation of cardiac pacemaking
Linscheid, N., Logantha, S. J. R. J., Poulsen, C., Zhang, S., Schrölkamp, Maren, Egerod, Kristoffer Lihme, Thompson, J. J., Kitmitto, A., Galli, G., Humphries, M. J., Zhang, H., Pers, Tune H, Olsen, Jesper Velgaard, Boyett, M. & Lundby, Alicia, 2019, I: Nature Communications. 10, 19 s., 2889.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Role of TTP Phosphorylation in the Regulation of Inflammatory Cytokine Production by MK2/3
Ronkina, N., Shushakova, N., Tiedje, C., Yakovleva, T., Tollenaere, M. A. X., Scott, A., Batth, Tanveer Singh, Olsen, Jesper Velgaard, Helmke, A., Bekker-Jensen, Simon Holst, Clark, A. R., Kotlyarov, A. & Gaestel, M., 2019, I: Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950). 203, 8, s. 2291-2300 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Ancient proteins from ceramic vessels at Çatalhöyük West reveal the hidden cuisine of early farmers
Hendy, J., Colonese, A. C., Franz, I., Fernandes, R., Fischer, R., Orton, D., Lucquin, A., Spindler, L., Anvari, J., Stroud, E., Biehl, P. F., Speller, C., Boivin, N., Mackie, Meaghan, Jersie-Christensen, R. R., Olsen, Jesper Velgaard, Collins, Matthew James, Craig, O. E. & Rosenstock, E., 1 dec. 2018, I: Nature Communications. 9, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Integrated proximal proteomics reveals IRS2 as a determinant of cell survival in ALK-driven neuroblastoma
Emdal, Kristina Bennet, Pedersen, Anna-Kathrine, Bekker-Jensen, D. B., Lundby, Alicia, Claeys, S., De Preter, K., Speleman, F., Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 20 nov. 2018, I: Science Signaling. 11, 557, s. 1-17 17 s., eaap9752.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Limits for resolving isobaric tandem mass tag reporter ions using phase constrained spectrum deconvolution
Kelstrup, C. D., Aizikov, K., Batth, Tanveer Singh, Kreutzman, A., Grinfeld, D., Lange, O., Mourad, D., Makarov, A. A. & Olsen, Jesper Velgaard, 2 nov. 2018, I: Journal of Proteome Research. 17, 11, s. 4008-4016 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Performance evaluation of the Q Exactive HF-X for shotgun proteomics
Kelstrup, C. D., Bekker-Jensen, D. B., Arrey, T. N., Hogrebe, A., Harder, A. & Olsen, Jesper Velgaard, jan. 2018, I: Journal of Proteome Research. 17, 1, s. 727-738 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A novel LC system embeds analytes in pre-formed gradients for rapid, ultra-robust proteomics
Bache, N., Geyer, P. E., Bekker-Jensen, D. B., Hørning, O., Falkenby, L., Treit, P. V., Doll, S., Paron, I., Müller, J. B., Meier, F., Olsen, Jesper Velgaard, Vorm, O. & Mann, Matthias, 2018, I: Molecular and Cellular Proteomics. 17, 11, s. 2284-2296 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alternative translation initiation generates a functionally distinct isoform of the stress-activated kinase MK2
Trulley, P., Snieckute, Goda, Bekker-Jensen, D. B., Menon, M. B., Freund, R., Kotlyarov, A., Olsen, Jesper Velgaard, Diaz-Muñoz, M. D., Turner, M., Bekker-Jensen, Simon Holst, Gaestel, M. & Tiedje, C., 2018, bioRxiv, 46 s. (bioRxiv).Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
Benchmarking common quantification strategies for large-scale phosphoproteomics
Hogrebe, A., von Stechow, L., Bekker-Jensen, D. B., Weinert, B. T., Kelstrup, C. D. & Olsen, Jesper Velgaard, 2018, I: Nature Communications. 9, 1, s. 1-13 1045.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Control of endothelial cell tube formation by Notch ligand intracellular domain interactions with activator protein 1 (AP-1)
Forghany, Z., Robertson, F., Lundby, Alicia, Olsen, Jesper Velgaard & Baker, D. A., 2018, I: Journal of Biological Chemistry. 293, 4, s. 1229-1242 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Generic Workflow for Mapping of Complex Disulfide Bonds Using In-Source Reduction and Extracted Ion Chromatograms from Data-Dependent Mass Spectrometry
Cramer, C. N., Kelstrup, C., Olsen, Jesper Velgaard, Haselmann, K. F. & Nielsen, P. K., 2018, I: Analytical Chemistry. 90, 13, s. 8202-8210Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Large-Scale Phosphoproteomics Reveals Shp-2 Phosphatase-Dependent Regulators of Pdgf Receptor Signaling
Batth, Tanveer Singh, Papetti, M., Pfeiffer, A., Tollenaere, M. A. X., Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 2018, I: Cell Reports. 22, 10, s. 2784-2796 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular basis of Tousled-Like Kinase 2 activation
Mortuza, G. B., Hermida, D., Pedersen, Anna-Kathrine, Segura-Bayona, S., López-Méndez, B., Redondo, P., Rüther, P., Pozdnyakova, I., Garrote, A. M., Muñoz, I. G., Villamor-Payà, M., Jauset, C., Olsen, Jesper Velgaard, Stracker, T. H. & Montoya, Guillermo, 2018, I: Nature Communications. 9, 1, s. 2535 2535.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PKD Phosphorylation as Novel Pathway of KV11.1 Regulation
Steffensen, Annette Buur, Bomholtz, Sofia Hammami, Andersen, M. N., Olsen, Jesper Velgaard, Mutsaers, N., Lundegaard, Pia Rengtved, Lundby, Alicia & Schmitt, Nicole, 2018, I: Cellular Physiology and Biochemistry. 47, 4, s. 1742-1750 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Palaeoproteomic Profiling of Conservation Layers on a 14th Century Italian Wall Painting
Mackie, Meaghan, Rüther, P. L., Samodova-Sommer, Diana, Di Gianvincenzo, Fabiana, Granzotto, C., Lyon, D., Peggie, D. A., Howard, H., Harrison, L., Jensen, Lars Juhl, Olsen, Jesper Velgaard & Cappellini, Enrico, 2018, I: Angewandte Chemie (International ed. in English). 57, 25, s. 7369-7374 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative metaproteomics of medieval dental calculus reveals individual oral health status
Jersie-Christensen, R. R., Lanigan, Liam Thomas, Lyon, D., Mackie, Meaghan, Midjord-Belstrøm, Daniel, Kelstrup, C. D., Fotaki, Anna Katerina, Willerslev, Eske, Lynnerup, Niels, Jensen, Lars Juhl, Cappellini, Enrico & Olsen, Jesper Velgaard, 2018, I: Nature Communications. 9, s. 1-12 4744.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SPOP promotes transcriptional expression of DNA repair and replication factors to prevent replication stress and genomic instability
Hjorth-Jensen, K., Maya-Mendoza, A., Dalgaard, Nanna, Sigurðsson, J. O., Bartek, J., Iglesias Gato, Diego, Olsen, Jesper Velgaard & Flores-Morales, A., 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, 18, s. 9484-9495Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SPOP promotes transcriptional expression of DNA repair and replication factors to prevent replication stress and genomic instability (vol 46, pg 9484, 2018)
Hjorth-Jensen, K., Maya-Mendoza, A., Dalgaard, Nanna, Sigurosson, J. O., Bartek, J., Iglesias Gato, Diego, Olsen, Jesper Velgaard & Flores-Morales, A., 2018, I: Nucleic Acids Symposium Series. 46, 18, s. 9891-9891Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The dual methyltransferase METTL13 targets N terminus and Lys55 of eEF1A and modulates codon-specific translation rates
Jakobsson, M. E., Małecki, J. M., Halabelian, L., Nilges, B. S., Pinto, R., Kudithipudi, S., Munk, S., Davydova, E., Zuhairi, F. R., Arrowsmith, C. H., Jeltsch, A., Leidel, S. A., Olsen, Jesper Velgaard & Falnes, P. Ø., 2018, I: Nature Communications. 9, 1, 3411.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Truncated SALL1 Impedes Primary Cilia Function in Townes-Brocks Syndrome
Bozal-Basterra, L., Martín-Ruíz, I., Pirone, L., Liang, Y., Sigurðsson, J. O., Gonzalez-Santamarta, M., Giordano, I., Gabicagogeascoa, E., de Luca, A., Rodríguez, J. A., Wilkie, A. O. M., Kohlhase, J., Eastwood, D., Yale, C., Olsen, Jesper Velgaard, Rauchman, M., Anderson, K. V., Sutherland, J. D. & Barrio, R., 2018, I: American Journal of Human Genetics. 102, 2, s. 249-265 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
UbiSite approach for comprehensive mapping of lysine and N-terminal ubiquitination sites
Akimov, V., Barrio-Hernandez, I., Hansen, S. V. F., Hallenborg, P., Pedersen, Anna-Kathrine, Bekker-Jensen, D. B., Puglia, M., Christensen, S. D. K., Vanselow, J. T., Nielsen, M. M., Kratchmarova, I., Kelstrup, C. D., Olsen, Jesper Velgaard & Blagoev, B., 2018, I: Nature Structural & Molecular Biology. 25, s. 631-640 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Cylindromatosis Tumor Suppressor Protein (CYLD) Deubiquitinase is Necessary for Proper Ubiquitination and Degradation of the Epidermal Growth Factor Receptor
Sanchez-Quiles, V., Akimov, V., Osinalde, N., Francavilla, C., Puglia, M., Barrio-Hernandez, I., Kratchmarova, I., Olsen, Jesper Velgaard & Blagoev, B., aug. 2017, I: Molecular and Cellular Proteomics. 16, 8, s. 1433-1446 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Mapping of Complex Disulfide Patterns with Closely-Spaced Cysteines by In-Source Reduction and Data-Dependent Mass Spectrometry
Cramer, C. N., Kelstrup, C. D., Olsen, Jesper Velgaard, Haselmann, K. F. & Nielsen, P. K., 6 jun. 2017, I: Analytical Chemistry. 89, 11, s. 5949-5957 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic profiling of archaeological human bone
Sawafuji, R., Cappellini, Enrico, Nagaoka, T., Fotaki, Anna Katerina, Jersie-Christensen, R. R., Olsen, Jesper Velgaard, Hirata, K. & Ueda, S., jun. 2017, I: Royal Society Open Science. 4, 6, 12 s., 161004.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphoproteomics of Primary Cells Reveals Druggable Kinase Signatures in Ovarian Cancer
Francavilla, C., Lupia, M., Tsafou, K., Villa, A., Kowalczyk, K., Rakownikow Jersie-Christensen, R., Bertalot, G., Confalonieri, S., Brunak, Søren, Jensen, Lars Juhl, Cavallaro, U. & Olsen, Jesper Velgaard, 28 mar. 2017, I: Cell Reports. 18, 13, s. 3242-3256 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomics insights into DNA damage response and translating this knowledge to clinical strategies
von Stechow, L. & Olsen, Jesper Velgaard, feb. 2017, I: Proteomics. 17, 3-4, 15 s., 1600018.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combinatorial Drug Screening Identifies Ewing Sarcoma–specific Sensitivities
Radic-Sarikas, B., Tsafou, K. P., Emdal, Kristina Bennet, Papamarkou, T., Huber, K. V. M., Mutz, C., Toretsky, J. A., Bennett, K. L., Olsen, Jesper Velgaard, Brunak, S., Kovar, H. & Superti-Furga, G., jan. 2017, I: Molecular Cancer Therapeutics. 16, 1, s. 88-101 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comprehensive platform for the analysis of ubiquitin-like protein modifications using in vivo biotinylation
Pirone, L., Xolalpa, W., Sigurdsson, J. O., Ramirez, J., Pérez, C., González, M., de Sabando, A. R., Elortza, F., Rodriguez, M. S., Mayor, U., Olsen, Jesper Velgaard, Barrio, R. & Sutherland, J. D., 2017, I: Scientific Reports. 7, 17 s., 40756.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An Optimized Shotgun Strategy for the Rapid Generation of Comprehensive Human Proteomes
Bekker-Jensen, D. B., Kelstrup, C. D., Batth, Tanveer Singh, Buch-Larsen, Sara Charlotte, Haldrup, C., Bramsen, J. B., Sørensen, K. D., Høyer, S., Ørntoft, T. F., Andersen, C. L., Nielsen, Michael Lund & Olsen, Jesper Velgaard, 2017, I: Cell Systems. 4, 6, s. 587-599, e1-e4 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
KIT(D816V) Induces SRC-Mediated Tyrosine Phosphorylation of MITF and Altered Transcription Program in Melanoma
Phung, B., Kazi, J. U., Lundby, Alicia, Bergsteinsdottir, K., Sun, J., Goding, C. R., Jönsson, G., Olsen, Jesper Velgaard, Steingrímsson, E. & Rönnstrand, L., 2017, I: Molecular cancer research : MCR. 15, 9, s. 1265-1274 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomics Reveals Global Regulation of Protein SUMOylation by ATM and ATR Kinases during Replication Stress
Munk, S., Sigurðsson, J. O., Xiao, Z., Batth, Tanveer Singh, Franciosa, Giulia, von Stechow, L., Lopez-Contreras, Andres, Vertegaal, A. C. O. & Olsen, Jesper Velgaard, 2017, I: Cell Reports. 21, 2, s. 546-558 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The ubiquitin ligase Cullin5SOCS2 regulates NDR1/STK38 stability and NF-κB transactivation
Paul, I., Batth, Tanveer Singh, Iglesias Gato, Diego, Al-Araimi, A., Al-Haddabi, I., Alkharusi, A., Norstedt, G., Olsen, Jesper Velgaard, Zadjali, F. & Flores-Morales, A., 2017, I: Scientific Reports. 7, 14 s., 42800.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
52 Genetic Loci Influencing Myocardial Mass
van der Harst, P., van Setten, J., Verweij, N., Vogler, G., Franke, L., Maurano, M. T., Wang, X., Mateo Leach, I., Eijgelsheim, M., Sotoodehnia, N., Hayward, C., Sorice, R., Meirelles, O., Lyytikäinen, L-P., Polašek, O., Tanaka, T., Arking, D. E., Ulivi, S., Trompet, S., Müller-Nurasyid, M. & 140 flere, , 27 sep. 2016, I: Journal of the American College of Cardiology. 68, 13, s. 1435-48 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cetuximab Resistance in Squamous Carcinomas of the Upper Aerodigestive Tract Is Driven by Receptor Tyrosine Kinase Plasticity: Potential for mAb Mixtures
Kjær, I., Lindsted, T., Fröhlich, C., Olsen, Jesper Velgaard, Horak, I. D., Kragh, M. & Pedersen, M. W., jul. 2016, I: Molecular Cancer Therapeutics. 15, 7, s. 1614-1626 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multilayered proteomics reveals molecular switches dictating ligand-dependent EGFR trafficking
Francavilla, C., Papetti, M., Rigbolt, K. T. G., Pedersen, Anna-Kathrine, Sigurdsson, J. O., Cazzamali, G., Karemore, G., Blagoev, B. & Olsen, Jesper Velgaard, jun. 2016, I: Nature Structural and Molecular Biology. 23, 6, s. 608–618 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disulfide Linkage Characterization of Disulfide Bond-Containing Proteins and Peptides by Reducing Electrochemistry and Mass Spectrometry
Cramer, C. N., Haselmann, K. F., Olsen, Jesper Velgaard & Nielsen, P. K., 2 feb. 2016, I: Analytical Chemistry. 88, 3, s. 1585-1592 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
miR-625-3p regulates oxaliplatin resistance by targeting MAP2K6-p38 signalling in human colorectal adenocarcinoma cells
Rasmussen, M. H., Lyskjær, I., Jersie-Christensen, R. R., Tarpgaard, L. S., Primdal-Bengtson, B., Nielsen, M. M., Pedersen, J. S., Kuhlmann, Tine Plato, Hansen, F., Olsen, Jesper Velgaard, Pfeiffer, P., Ørntoft, T. F. & Andersen, C. L., 2016, I: Nature Communications. 7, 15 s., 12436.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A Conserved Motif Provides Binding Specificity to the PP2A-B56 Phosphatase
Hertz, Emil Peter Thrane, Kruse, Thomas, Davey, N. E., López-Méndez, B., Sigurdsson, J. O., Montoya, Guillermo, Olsen, Jesper Velgaard & Nilsson, Jakob, 2016, I: Molecular Cell. 63, 4, s. 686-695 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analytic framework for peptidomics applied to large-scale neuropeptide identification
Secher, A., Kelstrup, C. D., Conde-Frieboes, K. W., Pyke, C., Raun, K., Wulff, B. S. & Olsen, Jesper Velgaard, 2016, I: Nature Communications. 7, 10 s., 11436.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conformation-specific anti-Mad2 monoclonal antibodies for the dissection of checkpoint signaling
Sedgwick, G. G., Larsen, Marie Sofie Yoo, Lischetti, T., Streicher, W., Jersie-Christensen, R. R., Olsen, Jesper Velgaard & Nilsson, Jakob, 2016, I: mAbs. 8, 4, s. 689-697 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
From Phosphosites to Kinases
Munk, S., Refsgaard, J. C., Olsen, Jesper Velgaard & Jensen, Lars Juhl, 2016, Phospho-Proteomics: Methods and Protocols. Stechow, L. V. (red.). Springer, Bind 1355. s. 307-21 15 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metaproteomics of saliva identifies human protein markers specific for individuals with periodontitis and dental caries compared to orally healthy controls
Midjord-Belstrøm, Daniel, Jersie-Christensen, R. R., Lyon, D., Damgaard, Christian, Jensen, Lars Juhl, Holmstrup, Palle & Olsen, Jesper Velgaard, 2016, I: PeerJ. 4, 17 s., e2433.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Offline High pH Reversed-Phase Peptide Fractionation for Deep Phosphoproteome Coverage
Batth, Tanveer Singh & Olsen, Jesper Velgaard, 2016, Phospho-Proteomics: Methods and Protocols. Stechow, L. V. (red.). Springer, Bind 1355. s. 179-92 14 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein sequences bound to mineral surfaces persist into deep time
Demarchi, B., Hall, S., Roncal-Herrero, T., Freeman, C. L., Woolley, J., Crisp, M. K., Wilson, J., Fotakis, A. K., Fischer, R., Kessler, B. M., Jersie-Christensen, R. R., Olsen, J. V., Haile, J., Thomas, J., Marean, C. W., Parkington, J., Presslee, S., Lee-Thorp, J., Ditchfield, P., Hamilton, J. F. & 16 flere, , 2016, I: eLife. 5, 50 s., e17092.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simple and Reproducible Sample Preparation for Single-Shot Phosphoproteomics with High Sensitivity
Jersie-Christensen, R. R., Sultan, A. & Olsen, Jesper Velgaard, 2016, Phospho-Proteomics: Methods and Protocols. Stechow, L. V. (red.). s. 251-60 10 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.), Bind 1355).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Systems Analysis for Interpretation of Phosphoproteomics Data
Munk, S., Refsgaard, J. C. & Olsen, Jesper Velgaard, 2016, Phospho-Proteomics: Methods and Protocols. Stechow, L. V. (red.). Springer, Bind 1355. s. 341-60 20 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Protein kinase A stimulates Kv7.1 surface expression by regulating Nedd4-2-dependent endocytic trafficking
Andersen, M. N., Hefting, L. L., Steffensen, Annette Buur, Schmitt, Nicole, Olesen, Søren-Peter, Olsen, Jesper Velgaard, Lundby, Alicia & Rasmussen, Hanne Borger, 15 nov. 2015, I: American Journal of Physiology: Cell Physiology. 309, 10, s. C693-C706 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ubiquitin-specific Protease 11 (USP11) Deubiquitinates Hybrid Small Ubiquitin-like Modifier (SUMO)-Ubiquitin Chains to Counteract RING Finger Protein 4 (RNF4)
Hendriks, I. A., Schimmel, J., Eifler, K., Olsen, Jesper Velgaard & Vertegaal, A. C. O., 19 jun. 2015, I: The Journal of Biological Chemistry. 290, 25, s. 15526-37 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient proteins resolve the evolutionary history of Darwin's South American ungulates
Welker, F., Collins, M. J., Thomas, J. A., Wadsley, M., Brace, S., Cappellini, E., Turvey, S. T., Reguero, M., Gelfo, J. N., Kramarz, A., Burger, J., Thomas-Oates, J., Ashford, D. A., Ashton, P. D., Rowsell, K., Porter, D. M., Kessler, B., Fischer, R., Baessmann, C., Kaspar, S. & 11 flere, , 4 jun. 2015, I: Nature. 522, 7554, s. 81–84 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
System-wide Analysis of SUMOylation Dynamics in Response to Replication Stress Reveals Novel Small Ubiquitin-like Modified Target Proteins and Acceptor Lysines Relevant for Genome Stability
Xiao, Z., Chang, J., Hendriks, I. A., Sigurdsson, J. O., Olsen, Jesper Velgaard & Vertegaal, A. C. O., 1 maj 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 5, s. 1419-1434Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SUMO-2 Orchestrates Chromatin Modifiers in Response to DNA Damage
Hendriks, I. A., Treffers, L. W., Verlaan-de Vries, M., Olsen, Jesper Velgaard & Vertegaal, A. C. O., 17 mar. 2015, I: Cell Reports. 10, 10, s. 1778–1791Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ctk1 function is necessary for full translation initiation activity in Saccharomyces cerevisiae
Coordes, B., Brünger, K. M., Burger, K., Soufi, B., Horenk, J., Eick, D., Olsen, Jesper Velgaard & Sträßer, K., jan. 2015, I: Eukaryotic Cell (Online Edition). 14, 1, s. 86 95 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ubiquitin-SUMO Circuitry Controls Activated Fanconi Anemia ID Complex Dosage in Response to DNA Damage
Gibbs-Seymour, I., Oka, Y., Rajendra, E., Weinert, B. T., Passmore, L. A., Patel, K. J., Olsen, Jesper Velgaard, Choudhary, Chunaram, Bekker-Jensen, Simon Holst & Mailand, Niels, jan. 2015, I: Molecular Cell. 57, 1, s. 150-64 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In vivo quantitative phosphoproteomic profiling identifies novel regulators of castration-resistant prostate cancer growth
Jiang, N., Hjorth-Jensen, K., Hekmat, O., Iglesias Gato, Diego, Kruse, Thomas, Wang, C., Wei, W., Ke, B., Yan, B., Niu, Y., Olsen, Jesper Velgaard & Flores Morales, A., 2015, I: Oncogene. 34, s. 2764–2776 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Direct evidence of milk consumption from ancient human dental calculus
Warinner, C., Hendy, J., Speller, C., Cappellini, E., Fischer, R., Trachsel, C., Arneborg, J., Lynnerup, N., Craig, O., Swallow, D. M., Fotakis, A. K., Christensen, R. J., Olsen, J. V., Liebert, A., Montalva, N., Fiddyment, S., Mackie, M., Canci, A., Bouwman, A., Ruhli, F. & 2 flere, , 2015, I: American Journal of Physical Anthropology. 156, Suppl. 60, s. 319 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular evidence of use of hide glue in 4th millennium BC Europe
Bleicher, N., Kelstrup, C., Olsen, Jesper Velgaard & Cappellini, Enrico, 2015, I: Journal of Archaeological Science. 63, s. 65-71 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recent findings and technological advances in phosphoproteomics for cells and tissues
von Stechow, L., Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 2015, I: Expert Review of Proteomics. 12, 5, s. 469-87 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Temporal proteomics of NGF-TrkA signaling identifies an inhibitory role for the E3 ligase Cbl-b in neuroblastoma cell differentiation
Emdal, Kristina Bennet, Pedersen, Anna-Kathrine, Bekker-Jensen, D. B., Tsafou, K. P., Horn, H., Lindner, S., Schulte, J. H., Eggert, A., Jensen, Lars Juhl, Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 2015, I: Science Signaling. 8, 374, ra40.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Off-Line High-pH Reversed-Phase Fractionation for In-Depth Phosphoproteomics
Batth, Tanveer Singh, Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 4 nov. 2014, I: Journal of Proteome Research. 13, 12, s. 6176-86 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid and Deep Proteomes by Faster Sequencing on a Benchtop Quadrupole Ultra-High-Field Orbitrap Mass Spectrometer
Kelstrup, C. D., Jersie-Christensen, R. R., Batth, Tanveer Singh, Arrey, T. N., Kuehn, A., Kellmann, M. & Olsen, Jesper Velgaard, 28 okt. 2014, I: Journal of Proteome Research. 13, 12, s. 6187-95 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of Changes in SUMO-2/3 Modification during Breast Cancer Progression and Metastasis
Subramonian, D., Raghunayakula, S., Olsen, Jesper Velgaard, Beningo, K. A., Paschen, W. & Zhang, X., sep. 2014, I: Journal of Proteome Research. 13, 9, s. 3905–3918 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Immature truncated O-glycophenotype of cancer directly induces oncogenic features
Radhakrishnan, P., Dabelsteen, S., Madsen, F. B., Francavilla, C., Kopp, K. L., Steentoft, C., Vakhrushev, S. Y., Olsen, J. V., Hansen, L., Bennett, E. P., Woetmann, A., Yin, G., Chen, L., Song, H., Bak, M., Hlady, R. A., Peters, S. L., Opavsky, R., Thode, C., Qvortrup, K. & 4 flere, , 12 aug. 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 39, s. e4066-e4077 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comprehensive Identification of SUMO2/3 Targets and Their Dynamics during Mitosis
Schou, J., Kelstrup, C. D., Hayward, D. G., Olsen, Jesper Velgaard & Nilsson, Jakob, 27 jun. 2014, I: PLOS ONE. 9, 6, s. e100692 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PRIME-XS, a European infrastructure for proteomics
Raijmakers, R., Olsen, Jesper Velgaard, Aebersold, R. & Heck, A. J. R., 23 jun. 2014, I: Molecular & Cellular Proteomics. 13, 8, s. 1901-1904 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Annotation of loci from genome-wide association studies using tissue-specific quantitative interaction proteomics
Lundby, A., Rossin, E. J., Steffensen, A. B., Acha, M. R., Newton-Cheh, C., Pfeufer, A., Lynch, S. N., Olesen, S-P., Brunak, S., Ellinor, P. T., Jukema, J. W., Trompet, S., Ford, I., Macfarlane, P. W., Krijthe, B. P., Hofman, A., Uitterlinden, A. G., Stricker, B. H., Nathoe, H. M., Spiering, W. & 8 flere, , 22 jun. 2014, I: Nature Methods. 11, 8, s. 868-874 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic association study of QT interval highlights role for calcium signaling pathways in myocardial repolarization
Arking, D. E., Pulit, S. L., Crotti, L., van der Harst, P., Munroe, P. B., Koopmann, T. T., Sotoodehnia, N., Rossin, E. J., Morley, M., Wang, X., Johnson, A. D., Lundby, A., Gudbjartsson, D. F., Noseworthy, P. A., Eijgelsheim, M., Bradford, Y., Tarasov, K. V., Dörr, M., Müller-Nurasyid, M., Lahtinen, A. M. & 31 flere, , 22 jun. 2014, I: Nature Genetics. 46, 8, s. 826-838 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
B-lymphoid tyrosine kinase (Blk) is an oncogene and a potential target for therapy with Dasatinib in cutaneous T-cell lymphoma (CTCL)
Petersen, D. L., Krejsgaard, T., Berthelsen, J., Fredholm, S., Willerslev-Olsen, A., Sibbesen, N. A., Bonefeld, Charlotte Menne, Andersen, M. H., Francavilla, C., Olsen, Jesper Velgaard, Hu, T., Zhang, M., Wasik, M. A., Geisler, Carsten, Woetmann, Anders & Ødum, Niels, 12 jun. 2014, I: Leukemia. 28, s. 2109-12 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analytical utility of mass spectral binning in proteomic experiments by SPectral Immonium Ion Detection (SPIID)
Kelstrup, C. D., Freese, C., Heck, A. J. R., Olsen, Jesper Velgaard & Nielsen, Michael Lund, 3 jun. 2014, I: Molecular & Cellular Proteomics. 13, 8, s. 1914-1924 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
qcML: an exchange format for quality control metrics from mass spectrometry experiments
Walzer, M., Pernas, L. E., Nasso, S., Bittremieux, W., Nahnsen, S., Kelchtermans, P., Pichler, P., van den Toorn, H. W. P., Staes, A., Vandenbussche, J., Mazanek, M., Taus, T., Scheltema, R. A., Kelstrup, C. D., Gatto, L., van Breukelen, B., Aiche, S., Valkenborg, D., Laukens, K., Lilley, K. S. & 9 flere, , 23 apr. 2014, I: Molecular & Cellular Proteomics. 13, 8, s. 1905-1913 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncovering SUMOylation Dynamics during Cell-Cycle Progression Reveals FoxM1 as a Key Mitotic SUMO Target Protein
Schimmel, J., Eifler, K., Sigurdsson, J. O., Cuijpers, S. A. G., Hendriks, I. A., Verlaan-de Vries, M., Kelstrup, C. D., Francavilla, C., Medema, R. H., Olsen, Jesper Velgaard & Vertegaal, A. C. O., 20 mar. 2014, I: Molecular Cell. 53, 6, s. 1053-1066Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A direct role of Mad1 in the spindle assembly checkpoint beyond Mad2 kinetochore recruitment
Kruse, Thomas, Larsen, Marie Sofie Yoo, Sedgwick, G. G., Sigurdsson, J. O., Streicher, W., Olsen, Jesper Velgaard & Nilsson, Jakob, 29 jan. 2014, I: E M B O Reports. 15, s. 282-290Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Direct evidence of milk consumption from ancient human dental calculus
Warinner, C., Hendy, J., Speller, C., Cappellini, E., Fischer, R., Trachsel, C., Arneborg, J., Lynnerup, N., Craig, O. E., Swallow, D. M., Fotakis, A. K., Jersie-Christensen, R. R., Olsen, J. V., Liebert, A., Montalva, N., Fiddyment, S., Charlton, S., Mackie, M. E., Canci, A., Bouwman, A. & 3 flere, , 2014, I: Scientific Reports. 4, 6 s., 7104.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pathogens and host immunity in the ancient human oral cavity
Warinner, C., Rodrigues, J. F. M., Vyas, R., Trachsel, C., Shved, N., Grossmann, J., Radini, A., Hancock, Y., Tito, R. Y., Fiddyment, S., Speller, C., Hendy, J., Charlton, S., Luder, H. U., Salazar-García, D. C., Eppler, E., Seiler, R., Hansen, L. H., Samaniego Castruita, J. A., Barkow-Oesterreicher, S. & 12 flere, , 2014, I: Nature Genetics. 46, s. 336-344 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting Kinase Activity in Angiotensin Receptor Phosphoproteomes Based on Sequence-Motifs and Interactions
Bøgebo, R., Horn, H., Olsen, Jesper Velgaard, Gammeltoft, S., Jensen, Lars Juhl, Hansen, J. L. & Christensen, G. L., 2014, I: PLOS ONE. 9, 4, s. 1-9 9 s., e94672.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Resolution of the type material of the Asian elephant, Elephas maximus Linnaeus, 1758 (Proboscidea, Elephantidae)
Cappellini, Enrico, Gentry, A., Palkopoulou, E., Ishida, Y., Cram, D., Roos, A., Watson, M., Johansson, U. S., Fernholm, B., Agnelli, P., Barbagli, F., Littlewood, D. T. J., Kelstrup, C., Olsen, Jesper Velgaard, Lister, A. M., Roca, A. L., Dalén, L. & Gilbert, M Thomas P, 2014, I: Zoological Journal of the Linnean Society. 170, 1, s. 222-232 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SILAC-Based Temporal Phosphoproteomics
Francavilla, C., Hekmat, O., Blagoev, B. & Olsen, Jesper Velgaard, 2014, Stable Isotope Labeling by Amino Acids in Cell Culture (SILAC): Methods and Protocols. Warscheid, B. (red.). Bind 1188. s. 125-48 24 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning
- Udgivet
Species identification of archaeological skin objects from Danish bogs: comparison between mass spectrometry-based peptide sequencing and microscopy-based methods
Brandt, Luise Ørsted, Schmidt, A. L., Mannering, U., Sarret, M., Kelstrup, C., Olsen, Jesper Velgaard & Cappellini, Enrico, 2014, I: PloS one. 9, 9, 10 s., e106875.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
The PI3-kinase isoform p110δ is essential for cell transformation induced by the D816V mutant of c-Kit in a lipid-kinase-independent manner
Sun, J., Mohlin, S., Lundby, Alicia, Kazi, J. U., Hellman, U., Påhlman, S., Olsen, Jesper Velgaard & Rönnstrand, L., 11 nov. 2013, I: Oncogene.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Status of large-scale analysis of post-translational modifications by mass spectrometry
Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 nov. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, s. 3444-52Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Functional Proteomics Defines the Molecular Switch Underlying FGF Receptor Trafficking and Cellular Outputs
Francavilla, C., Rigbolt, K. T. G., Emdal, Kristina Bennet, Carraro, G., Vernet, E., Bekker-Jensen, D. B., Streicher, W., Wikström, M., Sundström, M., Bellusci, S., Cavallaro, U., Blagoev, B. & Olsen, Jesper Velgaard, 26 sep. 2013, I: Molecular Cell. 51, 6, s. 707-22 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic and proteomic analyses of Prdm5 reveal interactions with insulator binding proteins in embryonic stem cells
Galli, G. G., Carrara, M., Francavilla, C., Honnens de Lichtenberg, K., Olsen, Jesper Velgaard, Calogero, R. A. & Lund, Anders H., 16 sep. 2013, I: Molecular and Cellular Biology.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphoproteomics taken to heart
Lundby, Alicia & Olsen, Jesper Velgaard, 1 sep. 2013, I: Cell Cycle. 12, 17, s. 2707-2708 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
TIMP-1 increases expression and phosphorylation of proteins associated with drug resistance in breast cancer cells
Hekmat, O., Munk, S., Fogh, L., Yadav, R., Francavilla, C., Horn, H., Würtz, S. Ø., Schrohl, A-S., Damsgaard, B., Romer, M. U., Belling, K., Jensen, N. F., Gromova, I., Bekker-Jensen, D. B., Moreira, J., Jensen, L. J., Gupta, R., Lademann, U. A., Brünner, N., Olsen, J. V. & 1 flere, , 5 aug. 2013, I: Journal of Proteome Research. 12, 9, s. 4136-4151 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse
Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, , 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
In Vivo Phosphoproteomics Analysis Reveals the Cardiac Targets of β-Adrenergic Receptor Signaling
Lundby, Alicia, Andersen, M. N., Steffensen, Annette Buur, Horn, H., Kelstrup, C. D., Francavilla, C., Jensen, Lars Juhl, Schmitt, Nicole, Thomsen, Morten Bækgaard & Olsen, Jesper Velgaard, 4 jun. 2013, I: Science Signaling. 6, 278, s. rs11 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structures of down syndrome kinases, DYRKs, reveal mechanisms of kinase activation and substrate recognition
Soundararajan, M., Roos, A. K., Savitsky, P., Filippakopoulos, P., Kettenbach, A. N., Olsen, Jesper Velgaard, Gerber, S., Eswaran, J., Knapp, S. & Elkins, J. M., 4 jun. 2013, I: Structure. 21, 6, s. 986-996 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of heart rate-associated loci and their effects on cardiac conduction and rhythm disorders
den Hoed, M., Eijgelsheim, M., Esko, T., Brundel, B. J. J. M., Peal, D. S., Evans, D. M., Nolte, I. M., Segrè, A. V., Holm, H., Handsaker, R. E., Westra, H-J., Johnson, T., Isaacs, A., Yang, J., Lundby, A., Zhao, J. H., Kim, Y. J., Go, M. J., Almgren, P., Bochud, M. & 31 flere, , 14 apr. 2013, I: Nature Genetics. 45, 6, s. 621-631 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNF4 is required for DNA double-strand break repair in vivo
Vyas, R., Kumar, R., Clermont, F., Helfricht, A., Kalev, P., Sotiropoulou, P., Hendriks, I. A., Radaelli, E., Hochepied, T., Blanpain, C., Sablina, A., van Attikum, H., Olsen, Jesper Velgaard, Jochemsen, A. G., Vertegaal, A. C. O. & Marine, J., mar. 2013, I: Cell Death and Differentiation. 20, 3, s. 490-502 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphorylation Variation during the Cell Cycle Scales with Structural Propensities of Proteins
Tyanova, S., Frishman, D., Cox, J., Mann, Matthias & Olsen, Jesper Velgaard, 10 jan. 2013, I: P L o S Computational Biology (Online). 9, 1, s. e1002842 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Systems biology approach identifies the kinase Csnk1a1 as a regulator of the DNA damage response in embryonic stem cells
Carreras Puigvert, J., von Stechow, L., Siddappa, R., Pines, A., Bahjat, M., Haazen, L. C. J. M., Olsen, Jesper Velgaard, Vrieling, H., Meerman, J. H. N., Mullenders, L. H. F., van de Water, B. & Danen, E. H. J., 2013, I: Science Signaling. 6, 259, s. ra5 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The SH2 domain interaction landscape
Tinti, M., Kiemer, L., Costa, S., Miller, M. L., Sacco, F., Olsen, Jesper Velgaard, Carducci, M., Paoluzi, S., Langone, F., Workman, C., Blom, N., Machida, K., Thompson, C. M., Schutkowski, M., Brunak, Søren, Mann, Matthias, Mayer, B. J., Castagnoli, L. & Cesareni, G., 2013, I: Cell Reports. 3, 4, s. 1293-1305 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
A Major Lineage of Enteroendocrine Cells Coexpress CCK, Secretin, GIP, GLP-1, PYY, and Neurotensin but Not Somatostatin
Egerod, Kristoffer Lihme, Engelstoft, M. S., Grunddal, Kaare Villum, Nøhr, M. K., Secher, A., Sakata, I., Pedersen, Jens, Windeløv, Johanne Agerlin, Füchtbauer, E., Olsen, Jørgen, Sundler, F., Christensen, Jan Pravsgaard, Wierup, N., Olsen, Jesper Velgaard, Holst, Jens Juul, Zigman, J. M., Poulsen, Steen Seier & Schwartz, Thue W., 1 dec. 2012, I: Endocrinology. 153, 12, s. 5782-95 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic analysis of lysine acetylation sites in rat tissues reveals organ specificity and subcellular patterns
Lundby, Alicia, Hansen, K. L., Weinert, B. T., Breinholt Bekker-Jensen, D., Secher, A., Skovgaard, T., Kelstrup, C., Dmytriyev, A., Choudhary, Chunaram, Lundby, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 30 aug. 2012, I: Cell Reports. 2, 2, s. 419-431 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
α4βδ GABA receptors are high-affinity targets for γ-hydroxybutyric acid (GHB)
Absalom, N., Karim, N., Eghorn, L. F., Villumsen, I. S., Bay, T., Bräuner, Hans, Frølund, Bente, Clausen, Rasmus Prætorius, Olsen, Jesper Velgaard, Knudsen, Gitte Moos, Chebib, M. & Wellendorph, Petrine, 14 aug. 2012, I: Proceedings of the National Academy of Sciences USA (PNAS). 109, 33, s. 13404-13409 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative maps of protein phosphorylation sites across 14 different rat organs and tissues
Lundby, Alicia, Secher, A., Lage, K., Nordsborg, Nikolai Baastrup, Dmytriyev, A., Lundby, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 6 jun. 2012, I: Nature Communications. 3, s. 1-10 10 s., Article 876.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Correction to Feasibility of Large-Scale Phosphoproteomics with Higher Energy Collisional Dissociation Fragmentation
Nagaraj, N., D'Souza, R. C. J., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2012, I: Journal of Proteome Research.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimized Fast and Sensitive Acquisition Methods for Shotgun Proteomics on a Quadrupole Orbitrap Mass Spectrometer
Kelstrup, C. D., Young, C., Lavallee, R., Nielsen, Michael Lund & Olsen, Jesper Velgaard, 2012, I: Journal of Proteome Research. s. 3487-3497 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic analyses reveal divergent ubiquitylation site patterns in murinetissues
Wagner, S. A., Beli, P., Weinert, B. T., Schölz, C. F., Kelstrup, C. D., Young, C., Nielsen, Michael Lund, Olsen, Jesper Velgaard, Brakebusch, Cord Herbert & Choudhary, Chunaram, 2012, I: Molecular & Cellular Proteomics.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic analysis of a pleistocene mammoth femur reveals more than one hundred ancient bone proteins
Cappellini, Enrico, Jensen, Lars Juhl, Szklarczyk, D. M., Ginolhac, A., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Stafford jr., T., Holen, S. R., Collins, M. J., Orlando, L. A. A., Willerslev, Eske, Gilbert, M Thomas P & Olsen, Jesper Velgaard, 2012, I: Journal of Proteome Research. 11, 2, s. 917-926 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteomic investigations reveal a role for RNA processing factor THRAP3 in the DNA damage response
Beli, P., Lukashchuk, N., Wagner, S. A., Weinert, B. T., Olsen, Jesper Velgaard, Baskcomb, L., Mann, Matthias, Jackson, S. P. & Choudhary, Chunaram, 2012, I: Molecular Cell. 46, 2, s. 212-25 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Ndc80 internal loop is required for recruitment of the Ska complex to establish end-on microtubule attachment to kinetochores
Zhang, G., Kelstrup, C. D., Hu, X., Hansen, M. J. K., Singleton, M. R., Olsen, Jesper Velgaard & Nilsson, Jakob, 2012, I: Journal of Cell Science. s. 3243-3253 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
Pinpointing Phosphorylation Sites: Quantitative Filtering and a Novel Site-specific x-Ion Fragment
Kelstrup, C. D., Hekmat, O., Francavilla, C. & Olsen, Jesper Velgaard, 1 jul. 2011, I: Journal of Proteome Research. 10, 7, s. 2937-48 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Separation of the gluconeogenic and mitochondrial functions of pgc-1α through s6 kinase
Lustig, Y., Ruas, J. L., Estall, J. L., Lo, J. C., Devarakonda, S., Laznik, D., Choi, J. H., Spiegelman, B. M., Ono, H. & Olsen, Jesper Velgaard, 15 jun. 2011, I: Genes & Development. 25, 12, s. 1232-1244 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Andromeda - a peptide search engine integrated into the MaxQuant environment
Cox, J., Neuhauser, N., Michalski, A., Scheltema, R. A., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 apr. 2011, I: Journal of Proteome Research. 10, 4, s. 1794-805 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Effective representation and storage of mass spectrometry-based proteomic data sets for the scientific community
Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 jan. 2011, I: Science Signaling. 4, 160, s. pe7Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GeLCMS for in-depth protein characterization and advanced analysis of proteomes
Lundby, Alicia & Olsen, Jesper Velgaard, 1 jan. 2011, Gel-Free Proteomics Methods and Protocols. Bind 753. s. 143-55 13 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global phosphoproteome profiling reveals unanticipated networks responsive to cisplatin treatment of embryonic stem cells
Pines, A., Kelstrup, C. D., Vrouwe, M. G., Puigvert, J. C., Typas, D., Misovic, B., de Groot, A., von Stechow, L., van de Water, B., Danen, E. H. J., Vrieling, H., Mullenders, L. H. F. & Olsen, Jesper Velgaard, 2011, I: Molecular and Cellular Biology. 31, 24, s. 4964-77 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Phosphorylation of the yeast γ-tubulin Tub4 regulates microtubule function
Lin, T., Gombos, L., Neuner, A., Sebastian, D., Olsen, Jesper Velgaard, Hrle, A., Benda, C. & Schiebel, E., 2011, I: P L o S One. 6, 5, s. e19700Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pre-Clovis mastodon hunting 13,800 years ago at the Manis site, Washington
Waters, M. R., Stafford jr., T., McDonald, H. G., Gustafson, C., Rasmussen, M., Cappellini, Enrico, Olsen, Jesper Velgaard, Szklarczyk, D. M., Jensen, Lars Juhl, Gilbert, M Thomas P & Willerslev, Eske, 2011, I: Science. 334, 6054, s. 351-353 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Proteome-wide mapping of the Drosophila acetylome demonstrates a high degree of conservation of lysine acetylation
Weinert, B. T., Wagner, S. A., Horn, H., Henriksen, P., Liu, W. R., Olsen, Jesper Velgaard, Jensen, Lars Juhl & Choudhary, Chunaram, 2011, I: Science Signaling. 4, 183, s. ra48Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
System-wide temporal characterization of the proteome and phosphoproteome of human embryonic stem cell differentiation
Rigbolt, K. T. G., Prokhorova, T., Akimov, V., Løkkegaard, Jeanette, Johansen, P. T., Kratchmarova, I., Kassem, M. S. E., Mann, Matthias, Olsen, Jesper Velgaard & Blagoev, B., 2011, I: Science Signaling. 4, 164, s. rs3Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
Feasibility of large-scale phosphoproteomics with higher energy collisional dissociation fragmentation
Nagaraj, N., D'Souza, R. C. J., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, M., 3 dec. 2010, I: Journal of Proteome Research. 9, 12, s. 6786-94 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative interaction proteomics and genome-wide profiling of epigenetic histone marks and their readers
Vermeulen, M., Eberl, H. C., Matarese, F., Marks, H., Denissov, S., Butter, F., Lee, K. K., Olsen, Jesper Velgaard, Hyman, A. A., Stunnenberg, H. G. & Mann, M., 17 sep. 2010, I: Cell. 142, 6, s. 967-80 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative phosphoproteomics dissection of 7TM receptor signaling using full and biased agonists
Christensen, G. L., Kelstrup, C., Lyngsø, C., Sarwar, U., Bøgebo, R., Sheikh, S. P., Gammeltoft, S., Olsen, Jesper Velgaard & Hansen, J. L., jul. 2010, I: Molecular and Cellular Proteomics. 9, 7, s. 1540-53 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The phosphoproteome of toll-like receptor-activated macrophages
Weintz, G., Olsen, Jesper Velgaard, Frühauf, K., Niedzielska, M., Amit, I., Jantsch, J., Mages, J., Frech, C., Dölken, L., Mann, M. & Lang, R., 8 jun. 2010, I: Molecular Systems Biology. 6, s. 371Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Yeast expression proteomics by high-resolution mass spectrometry
Walther, T. C., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 jan. 2010, I: Methods in Enzymology. 470, s. 259-80 22 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
MSQuant, an Open Source Platform for Mass Spectrometry-Based Quantitative Proteomics
Mortensen, P., Gouw, J. W., Olsen, Jesper Velgaard, Ong, S., Rigbolt, K. T. G., Bunkenborg, J., Cox, J., Foster, L. J., Heck, A. J. R., Blagoev, B., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, jan. 2010, I: Journal of Proteome Research.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Quantitative phosphoproteomics reveals widespread full phosphorylation site occupancy during mitosis
Olsen, Jesper Velgaard, Vermeulen, M., Santamaria, A., Kumar, C., Miller, M. L., Jensen, Lars Juhl, Gnad, F., Cox, J., Jensen, T. S., Nigg, E. A., Brunak, Søren & Mann, Matthias, 2010, I: Science Signaling. 3, 104, s. ra3 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
A dual pressure linear ion trap orbitrap instrument with very high sequencing speed
Olsen, Jesper Velgaard, Schwartz, J. C., Griep-Raming, J., Nielsen, Michael Lund, Damoc, E., Denisov, E., Lange, O., Remes, P., Taylor, D., Splendore, M., Wouters, E. R., Senko, M., Makarov, A., Mann, Matthias & Horning, S., 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 12, s. 2759-69 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A practical guide to the MaxQuant computational platform for SILAC-based quantitative proteomics
Cox, J., Matic, I., Hilger, M., Nagaraj, N., Selbach, M., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, M., 2009, I: Nature Protocols (Print Edition). 4, 5, s. 698-705 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global analysis of the yeast osmotic stress response by quantitative proteomics
Soufi, B., Kelstrup, C. D., Stoehr, G., Fröhlich, F., Walther, T. C. & Olsen, Jesper Velgaard, 2009, I: Molecular BioSystems. 5, 11, s. 1337-46 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global effects of kinase inhibitors on signaling networks revealed by quantitative phosphoproteomics
Pan, C., Olsen, Jesper Velgaard, Daub, H. & Mann, Matthias, 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 12, s. 2796-808 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
High accuracy mass spectrometry in large-scale analysis of protein phosphorylation
Olsen, Jesper Velgaard & Macek, B., 2009, I: Methods in Molecular Biology. 492, s. 131-42 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High-accuracy identification and bioinformatic analysis of in vivo protein phosphorylation sites in yeast
Gnad, F., de Godoy, L. M. F., Cox, J., Neuhauser, N., Ren, S., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2009, I: Proteomics. 9, 20, s. 4642-4652 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Large-scale proteomics analysis of the human kinome
Oppermann, F. S., Gnad, F., Olsen, Jesper Velgaard, Hornberger, R., Greff, Z., Kéri, G., Mann, M. & Daub, H., 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 7, s. 1751-64 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lysine acetylation targets protein complexes and co-regulates major cellular functions
Choudhary, Chunaram, Kumar, C., Gnad, F., Nielsen, Michael Lund, Rehman, M., Walther, T. C., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2009, I: Science. 325, 5942, s. 834-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mislocalized activation of oncogenic RTKs switches downstream signaling outcomes
Choudhary, Chunaram, Olsen, Jesper Velgaard, Brandts, C., Cox, J., Reddy, P. N. G., Böhmer, F. D., Gerke, V., Schmidt-Arras, D., Berdel, W. E., Müller-Tidow, C., Mann, Matthias & Serve, H., 2009, I: Molecular Cell. 36, 2, s. 326-39 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Phosphorylation of histone H3 Thr-45 is linked to apoptosis
Hurd, P. J., Bannister, A. J., Halls, K., Dawson, M. A., Vermeulen, M., Olsen, Jesper Velgaard, Ismail, H., Somers, J., Mann, M., Owen-Hughes, T., Gout, I. & Kouzarides, T., 2009, I: Journal of Biological Chemistry. 284, 24, s. 16575-83 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Proteomics strategy for quantitative protein interaction profiling in cell extracts
Sharma, K., Weber, C., Bairlein, M., Greff, Z., Kéri, G., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard & Daub, H., 2009, I: Nature Methods. 6, 10, s. 741-4 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2008
Identification of new chicken egg proteins by mass spectrometry-based proteomic analysis
Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, MaĉEk, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, jun. 2008, I: World's Poultry Science Journal. 64, 2, s. 209-218 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The serine/threonine/tyrosine phosphoproteome of the model bacterium Bacillus subtilis
Macek, B., Mijakovic, I., Olsen, Jesper Velgaard, Gnad, F., Kumar, C., Jensen, P. R. & Mann, Matthias, feb. 2008, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 4, s. 697-707 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Investigation of protein-tyrosine phosphatase 1B function by quantitative proteomics
Mertins, P., Eberl, H. C., Renkawitz, J., Olsen, Jesper Velgaard, Tremblay, M. L., Mann, M., Ullrich, A. & Daub, H., 2008, I: Molecular and Cellular Proteomics. 7, 9, s. 1763-77 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Kinase-selective enrichment enables quantitative phosphoproteomics of the kinome across the cell cycle
Daub, H., Olsen, Jesper Velgaard, Bairlein, M., Gnad, F., Oppermann, F. S., Körner, R., Greff, Z., Kéri, G., Stemmann, O. & Mann, M., 2008, I: Molecular Cell. 31, 3, s. 438-48 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Multi-spectra peptide sequencing and its applications to multistage mass spectrometry
Bandeira, N., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, M. & Pevzner, P. A., 2008, I: Bioinformatics. 24, 13, s. i416-23Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Profiling the phospho-status of the BKCa channel alpha subunit in rat brain reveals unexpected patterns and complexity
Yan, J., Olsen, Jesper Velgaard, Park, K., Li, W., Bildl, W., Schulte, U., Aldrich, R. W., Fakler, B. & Trimmer, J. S., 2008, I: Molecular and Cellular Proteomics. 7, 11, s. 2188-98 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Quantitative phosphoproteome analysis of a mouse liver cell line reveals specificity of phosphatase inhibitors
Pan, C., Gnad, F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2008, I: Proteomics. 8, 21, s. 4534-46 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Ubc9 sumoylation regulates SUMO target discrimination
Knipscheer, P., Flotho, A., Klug, H., Olsen, Jesper Velgaard, van Dijk, W. J., Fish, A., Johnson, E. S., Mann, M., Sixma, T. K. & Pichler, A., 2008, I: Molecular Cell. 31, 3, s. 371-82 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
Nanoelectrospray peptide mapping revisited: Composite survey spectra allow high dynamic range protein characterization without LCMS on an orbitrap mass spectrometer
Lu, A., Waanders, L. F., Almeida, R., Li, G., Allen, M., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Bonaldi, T. & Mann, Matthias, 1 dec. 2007, I: International Journal of Mass Spectrometry. 268, 2-3, s. 158-167 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
MAPU: Max-Planck Unified database of organellar, cellular, tissue and body fluid proteomes
Zhang, Y., Zhang, Y., Adachi, J., Olsen, Jesper Velgaard, Shi, R., de Souza, G., Pasini, E., Foster, L. J., Macek, B., Zougman, A., Kumar, C., Wisniewski, J. R., Jun, W. & Mann, Matthias, jan. 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, Database issue, s. D771-9Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
A mass spectrometry-friendly database for cSNP identification
Schandorff, S., Olsen, Jesper Velgaard, Bunkenborg, J., Blagoev, B., Zhang, Y., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, 2007, I: Nature Methods. 4, 6, s. 465-6 1 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Functional characterization of Rad18 domains for Rad6, ubiquitin, DNA binding and PCNA modification
Notenboom, V., Hibbert, R. G., van Rossum-Fikkert, S. E., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, Matthias & Sixma, T. K., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, 17, s. 5819-30 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis
Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Lange, O., Makarov, A., Horning, S. & Mann, Matthias, 2007, I: Nature Methods. 4, 9, s. 709-12 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Noncovalent interaction between Ubc9 and SUMO promotes SUMO chain formation
Knipscheer, P., van Dijk, W. J., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, Matthias & Sixma, T. K., 2007, I: EMBO Journal. 26, 11, s. 2797-807 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
PHOSIDA (phosphorylation site database): management, structural and evolutionary investigation, and prediction of phosphosites
Gnad, F., Ren, S., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Oroshi, M. & Mann, Matthias, 2007, I: Genome Biology. 8, 11, s. R250Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Phosphoproteins of the chicken eggshell calcified layer
Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, 2007, I: Proteomics. 7, 1, s. 106-15 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Phosphoproteome analysis of E. coli reveals evolutionary conservation of bacterial Ser/Thr/Tyr phosphorylation
Macek, B., Gnad, F., Soufi, B., Kumar, C., Olsen, Jesper Velgaard, Mijakovic, I. & Mann, Matthias, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 7, 2, s. 299-307 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Quantitative proteomic assessment of very early cellular signaling events
Dengjel, J., Akimov, V., Olsen, Jesper Velgaard, Bunkenborg, J., Mann, Matthias, Blagoev, B. & Andersen, J. S., 2007, I: Nature Biotechnology. 25, 5, s. 566-8 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Quantitative proteomic profiling of membrane proteins from the mouse brain cortex, hippocampus, and cerebellum using the HysTag reagent: mapping of neurotransmitter receptors and ion channels
Olsen, Jesper Velgaard, Nielsen, P. A., Andersen, J. R., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., 2007, I: Brain Research. 1134, 1, s. 95-106 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The low molecular weight proteome of Halobacterium salinarum
Klein, C., Aivaliotis, M., Olsen, Jesper Velgaard, Falb, M., Besir, H., Scheffer, B., Bisle, B., Tebbe, A., Konstantinidis, K., Siedler, F., Pfeiffer, F., Mann, Matthias & Oesterhelt, D., 2007, I: Journal of Proteome Research. 6, 4, s. 1510-8 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks
Olsen, Jesper Velgaard, Blagoev, B., Gnad, F., Macek, B., Kumar, C., Mortensen, P. & Mann, Matthias, 2006, I: Cell. 127, 3, s. 635-48 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes
Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Nature Protocols (Print Edition). 1, 6, s. 2856-60 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Proteomic analysis of the acid-soluble organic matrix of the chicken calcified eggshell layer
Mann, K., Macek, B. & Olsen, Jesper Velgaard, 2006, I: Proteomics. 6, 13, s. 3801-10 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Status of complete proteome analysis by mass spectrometry: SILAC labeled yeast as a model system
de Godoy, L. M. F., Olsen, Jesper Velgaard, de Souza, G. A., Li, G., Mortensen, P. & Mann, Matthias, 2006, I: Genome Biology. 7, 6, s. R50Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
The human urinary proteome contains more than 1500 proteins, including a large proportion of membrane proteins
Adachi, J., Kumar, C., Zhang, Y., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Genome Biology. 7, 9, s. R80Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Top-down protein sequencing and MS3 on a hybrid linear quadrupole ion trap-orbitrap mass spectrometer
Macek, B., Waanders, L. F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Molecular and Cellular Proteomics. 5, 5, s. 949-58 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometer via lock mass injection into a C-trap
Olsen, Jesper Velgaard, de Godoy, L. M. F., Li, G., Macek, B., Mortensen, P., Pesch, R., Makarov, A., Lange, O., Horning, S. & Mann, Matthias, 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 12, s. 2010-21 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Proteomic mapping of brain plasma membrane proteins
Nielsen, P. A., Olsen, Jesper Velgaard, Podtelejnikov, A. V., Andersen, J. R., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 4, s. 402-8 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Quantitative phosphoproteomics applied to the yeast pheromone signaling pathway
Gruhler, A., Olsen, Jesper Velgaard, Mohammed, S., Mortensen, P., Faergeman, N. J., Mann, Matthias & Jensen, O. N., 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 3, s. 310-27 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
SUMO modification of the ubiquitin-conjugating enzyme E2-25K
Pichler, A., Knipscheer, P., Oberhofer, E., van Dijk, W. J., Körner, R., Olsen, Jesper Velgaard, Jentsch, S., Melchior, F. & Sixma, T. K., 2005, I: Nature Structural and Molecular Biology. 12, 3, s. 264-9 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2004
HysTag--a novel proteomic quantification tool applied to differential display analysis of membrane proteins from distinct areas of mouse brain
Olsen, Jesper Velgaard, Andersen, J. R., Nielsen, P. A., Nielsen, Michael Lund, Figeys, D., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., jan. 2004, I: Molecular and Cellular Proteomics. 3, 1, s. 82-92 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
De novo sequencing of antimicrobial peptides isolated from the venom glands of the wolf spider Lycosa singoriensis
Budnik, B. A., Olsen, Jesper Velgaard, Egorov, T. A., Anisimova, V. E., Galkina, T. G., Musolyamov, A. K., Grishin, E. V. & Zubarev, R. A., 2004, I: Journal of Mass Spectrometry. 39, 2, s. 193-201 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Improved peptide identification in proteomics by two consecutive stages of mass spectrometric fragmentation
Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2004, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 101, 37, s. 13417-22 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Trypsin cleaves exclusively C-terminal to arginine and lysine residues
Olsen, Jesper Velgaard, Ong, S. & Mann, Matthias, 2004, I: Molecular and Cellular Proteomics. 3, 6, s. 608-14 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Tyrosine phosphoproteomics of fibroblast growth factor signaling: a role for insulin receptor substrate-4
Hinsby, A. M., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2004, I: Journal of Biological Chemistry. 279, 45, s. 46438-47 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2003
Integrated analysis of protein composition, tissue diversity, and gene regulation in mouse mitochondria
Mootha, V. K., Bunkenborg, J., Olsen, Jesper Velgaard, Hjerrild, M., Wisniewski, J. R., Stahl, E., Bolouri, M. S., Ray, H. N., Sihag, S., Kamal, M., Patterson, N., Lander, E. S. & Mann, Matthias, 2003, I: Cell. 115, 5, s. 629-40 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Signaling initiated by overexpression of the fibroblast growth factor receptor-1 investigated by mass spectrometry
Hinsby, A. M., Olsen, Jesper Velgaard, Bennett, K. L. & Mann, Matthias, 2003, I: Molecular and Cellular Proteomics. 2, 1, s. 29-36 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2002
Can relative cleavage frequencies in peptides provide additional sequence information?
Budnik, B. A., Nielsen, Michael Lund, Olsen, Jesper Velgaard, Haselmann, K. F., Horth, P., Haehnel, W. & Zubarev, R. A., 2002, I: International Journal of Mass Spectrometry. 219, 1, s. 283-294 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Electronic excitation gives informative fragmentation of polypeptide cations and anions
Haselmann, K. F., Budnik, B. A., Kjeldsen, F., Nielsen, Michael Lund, Olsen, Jesper Velgaard & Zubarev, R. A., 2002, I: European Journal of Mass Spectrometry. 8, 2, s. 117-121 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2001
Advantages of external accumulation for electron capture dissociation in Fourier transform mass spectrometry
Haselmann, K. F., Budnik, B. A., Olsen, Jesper Velgaard, Nielsen, Michael Lund, Reis, C. A., Clausen, H., Johnsen, A. H. & Zubarev, R. A., 2001, I: Analytical Chemistry. 73, 13, s. 2998-3005 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Comparison of electron capture dissociation and collisionally activated dissociation of polycations of peptide nucleic acids
Olsen, Jesper Velgaard, Haselmann, K. F., Nielsen, Michael Lund, Budnik, B. A., Nielsen, P. E. & Zubarev, R. A., 2001, I: Rapid Communications in Mass Spectrometry. 15, 12, s. 969-74 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2000
Electron capture dissociation of singly and multiply phosphorylated peptides
Stensballe, A., Jensen, O. N., Olsen, Jesper Velgaard, Haselmann, K. F. & Zubarev, R. A., 2000, I: Rapid Communications in Mass Spectrometry. 14, 19, s. 1793-800 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Intramolecular hydrogen atom transfer in hydrogen-deficient polypeptide radical cations
Nielsen, Michael Lund, Budnik, B. A., Haselmann, K. F., Olsen, Jesper Velgaard & Zubarev, R. A., 2000, I: Chemical Physics Letters. 330, 5-6, s. 558-562 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 9925376
Flest downloads
-
1541
downloads
Molecular basis of Tousled-Like Kinase 2 activation
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
459
downloads
52 Genetic Loci Influencing Myocardial Mass
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
419
downloads
Oncogenic Mutations Rewire Signaling Pathways by Switching Protein Recruitment to Phosphotyrosine Sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet