Amelie Stein
Lektor
Bioinformatik og RNA Biologi
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
- 2024
- Udgivet
A mutational atlas for Parkin proteostasis
Clausen, L., Voutsinos, Vasileios, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nariya, S., Powell, R. L., Have, M. K. N., Østergaard, Vibe Hallundbæk, Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 1541.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay
Gersing, S., Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Stein, Amelie, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- E-pub ahead of print
MutationExplorer: a webserver for mutation of proteins and 3D visualization of energetic impacts
Philipp, M., Moth, C. W., Ristic, N., Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Seufert, F., Panfilova, Aleksandra, Meiler, J., Hildebrand, P. W., Stein, Amelie, Wiegreffe, D. & Staritzbichler, R., 2024, (E-pub ahead of print) I: Nucleic Acids Research. gkae301.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
HSP70-binding motifs function as protein quality control degrons
Abildgaard, A. B., Voutsinos, Vasileios, Petersen, S. D., Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Kampmeyer, Caroline, Johansson, Kristoffer Enøe, Stein, Amelie, Ravid, T., Andréasson, C., Jensen, M. K., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 1, 17 s., 32.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lynch syndrome, molecular mechanisms and variant classification
Abildgaard, A. B., Nielsen, S., Bernstein, I., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: British Journal of Cancer. 128, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid protein stability prediction using deep learning representations
Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovering functionally important sites in proteins
Cagiada, Matteo, Bottaro, S., Lindemose, Søren, Schenstrøm, S. M., Stein, Amelie, Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comprehensive map of human glucokinase variant activity
Andersen, Sarah Gersing, Cagiada, Matteo, Gebbia, M., Gjesing, A. P., Coté, A. G., Seesankar, G., Li, R., Tabet, D., Weile, J., Stein, Amelie, Gloyn, A. L., Hansen, Torben, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 23 s., 97.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rare Catechol-O-methyltransferase Missense Variants Are Structurally Unstable Proteasome Targets
Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Cagiada, Matteo, Dideriksen, J., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Biochemistry. 62, 8, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mind the gap
Larsen-Ledet, Sven & Stein, Amelie, 2023, I: Structure. 31, 6, s. 641-643 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpreting the molecular mechanisms of disease variants in human transmembrane proteins
Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Zschach, Henrike, Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 11, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Accurate protein stability predictions from homology models
Valanciute, A., Nygaard, L., Zschach, Henrike, Maglegaard Jepsen, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, s. 66-73 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications
Akdel, M., Pires, D. E., Porta Pardo, E., Jänes, J., Zalevsky, A. O., Meszaros, B., Bryant, P., Good, L. L., Laskowski, R. A., Pozzati, G., Shenoy, A., Zhu, W., Kundrotas, P., Serra, V. R., Rodrigues, C. H. M., Dunham, A. S., Burke, D., Borkakoti, N., Velankar, S., Frost, A. & 14 flere, , 2022, I: Nature Structural & Molecular Biology. 29, 11, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting and interpreting large-scale mutagenesis data using analyses of protein stability and conservation
Høie, M. H., Cagiada, Matteo, Frederiksen, A. H. B., Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Cell Reports. 38, 2, 15 s., 110207.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disease-linked mutations cause exposure of a protein quality control degron
Kampmeyer, Caroline, Larsen-Ledet, Sven, Wagnkilde, M. R., Michelsen, M., Iversen, Henriette Kring Mangor, Nielsen, S. V., Lindemose, Søren, Caregnato, A., Ravid, T., Stein, Amelie, Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2022, I: Structure. 30, 9, s. 1245-1253.e5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Co-evolution of drug resistance and broadened substrate recognition in HIV protease variants isolated from an Escherichia coli genetic selection system
Koivisto, J. M., Poulsen, N. R., Larsen, B. S., Weibull, M. G. M., Stein, Amelie, Doro, F., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Willemoës, Martin, 2022, I: The Biochemical journal. 479, 4, s. 479-501Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Understanding the Origins of Loss of Protein Function by Analyzing the Effects of Thousands of Variants on Activity and Abundance
Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Valanciute, A., Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, Rasmus, Yang, J. J., Fowler, D. M., Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Molecular Biology and Evolution. 38, 8, s. 3235-3246Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping the degradation pathway of a disease-linked aspartoacylase variant
Andersen, Sarah Gersing, Wang, Y., Grønbæk-Thygesen, Martin, Kampmeyer, Caroline, Bjørnkjær, Lene, Willemoës, Martin, Andréasson, C., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 28 s., e1009539.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks
Koehler Leman, J., Lyskov, S., Lewis, S. M., Adolf-Bryfogle, J., Alford, R. F., Barlow, K., Ben-Aharon, Z., Farrell, D., Fell, J., Hansen, W. A., Harmalkar, A., Jeliazkov, J., Kuenze, G., Krys, J. D., Ljubetič, A., Loshbaugh, A. L., Maguire, J., Moretti, R., Mulligan, V. K., Nance, M. L. & 30 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6947.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiplexed assays reveal effects of missense variants in MSH2 and cancer predisposition
Nielsen, S. V., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 6 s., e1009496.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disorder in a two-domain neuronal Ca2+-binding protein regulates domain stability and dynamics using ligand mimicry
Staby, L., Kemplen, K. R., Stein, Amelie, Ploug, Michael, Clarke, J., Skriver, Karen, Heidarsson, P. O. & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Cellular and molecular life sciences : CMLS. 78, s. 2263-2278 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome
Abildgaard, A. B., Andersen, Sarah Gersing, Larsen-Ledet, Sven, Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Folliculin variants linked to Birt-Hogg-Dubé syndrome are targeted for proteasomal degradation
Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nygaard, L., Søltoft, C. L., Nielsen, S. V., Lisby, Michael, Ravid, T., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: PLOS Genetics. 16, 11, 28 s., e1009187.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability
Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Novel HARS2 missense variants identified in individuals with sensorineural hearing impairment and Perrault syndrome
Karstensen, H. G., Rendtorff, N. D., Hindbæk, L. S., Colombo, R., Stein, Amelie, Birkebæk, N. H., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten, Højland, A. T., Petersen, M. B. & Tranebjærg, Lisbeth, 2020, I: European Journal of Medical Genetics. 63, 3, 6 s., 103733.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
24 Messages on a Sustainable Career in Research at UCPH
Larsen, K. R. (red.), Wegener, H. C., Stein, A., Bach, A., Williams, A. R., Gall, C., Gravert, C., Gloriam, D. E., Lorenzen, E., Yvanez, E., Cappellini, E., Poulsen, F., Mortensen, J., Bentzen, J. S., Shik, J. Z., Miskowiak, K. W., Elgaard, K. K. E., Jønsson, K. A., Won, K. J., Nørgaard, L. C. & 9 flere, , 2020, University of Copenhagen. 31 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Rapport › Formidling
- Udgivet
Protein destabilization and degradation as a mechanism for hereditary disease
Nielsen, S. V., Schenstrøm, S. M., Christensen, Caspar Elo, Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 111-125Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome
Abildgaard, A. B., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Schultz-Knudsen, Katrine, Papaleo, E., Shrikhande, A., Hoffmann, Eva, Bernstein, I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Takahashi, M., Ishioka, C., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: eLife. 8, 28 s., e49138 .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein stability and degradation in health and disease
Bjørnkjær, Lene, Abildgaard, A. B., Gersing, S. K., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, Molecular Chaperones in Human Disorders. Donev, R. (red.). Academic Press, s. 61-83 (Advances in Protein Chemistry and Structural Biology, Bind 114).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Toward mechanistic models for genotype-phenotype correlations in phenylketonuria using protein stability calculations
Scheller, R., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Marin, F. I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Di Marco, M., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: Human Mutation. 40, 4, s. 444-457Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biophysical and Mechanistic Models for Disease-Causing Protein Variants
Stein, Amelie, Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Trends in Biochemical Sciences. 44, 7, s. 575-588Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Random mutagenesis analysis of the Influenza A M2 proton channel reveals novel resistance mutants
Santner, P., Martins, J. M. D. S., Kampmeyer, Caroline, Hartmann-Petersen, Rasmus, Laursen, J. S., Stein, Amelie, Olsen, Christian Adam, Arkin, I. T., Winther, Jakob R., Willemoës, Martin & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5957-5968Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Blocking protein quality control to counter hereditary cancers
Kampmeyer, Caroline, Nielsen, S. V., Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Gerdes, Anne-Marie Axø, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, dec. 2017, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 56, 12, s. 823-831 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Predicting the impact of Lynch syndrome-causing missense mutations from structural calculations
Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Dinitzen, A. B., Papaleo, E., Tatham, M. H., Poulsen, E. G., Kassem, M. M., Rasmussen, Lene Juel, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 19 apr. 2017, I: PLoS Genetics. 13, 4, 26 s., e1006739.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
Combined covalent-electrostatic model of hydrogen bonding improves structure prediction with Rosetta
O'Meara, M. J., Leaver-Fay, A., Tyka, M. D., Stein, Amelie, Houlihan, K., DiMaio, F., Bradley, P., Kortemme, T., Baker, D., Snoeyink, J. & Kuhlman, B., 2015, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 11, 2, s. 609-622 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
3did: a catalog of domain-based interactions of known three-dimensional structure
Mosca, R., Céol, A., Stein, Amelie, Olivella, R. & Aloy, P., 2014, I: Nucleic Acids Research. 42, D1, s. D374-D379Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
Improvements to robotics-inspired conformational sampling in Rosetta
Stein, Amelie & Kortemme, T., 2013, I: PLoS ONE. 8, 5, s. 1-13 e63090.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
Uncovering new substrates for Aurora A kinase
Sardon, T., Pache, R. A., Stein, Amelie, Molina, H., Vernos, I. & Aloy, P., 2010, I: EMBO Reports. 11, 12, s. 977-984 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Novel peptide-mediated interactions derived from high-resolution 3-dimensional structures
Stein, Amelie & Aloy, P., 20 maj 2010, I: PLOS Computational Biology. 6, 5, s. e1000789Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 144764550
Flest downloads
-
293
downloads
Predicting the impact of Lynch syndrome-causing missense mutations from structural calculations
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
162
downloads
Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
97
downloads
Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet