Amelie Stein
Lektor
Bioinformatik og RNA Biologi
Ole Maaløes Vej 5
2200 København N.
- Udgivet
24 Messages on a Sustainable Career in Research at UCPH
Larsen, K. R. (red.), Wegener, H. C., Stein, A., Bach, A., Williams, A. R., Gall, C., Gravert, C., Gloriam, D. E., Lorenzen, E., Yvanez, E., Cappellini, E., Poulsen, F., Mortensen, J., Bentzen, J. S., Shik, J. Z., Miskowiak, K. W., Elgaard, K. K. E., Jønsson, K. A., Won, K. J., Nørgaard, L. C. & 9 flere, , 2020, University of Copenhagen. 31 s.Publikation: Bog/antologi/afhandling/rapport › Rapport › Formidling
3did: a catalog of domain-based interactions of known three-dimensional structure
Mosca, R., Céol, A., Stein, Amelie, Olivella, R. & Aloy, P., 2014, I: Nucleic Acids Research. 42, D1, s. D374-D379Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comprehensive map of human glucokinase variant activity
Gersing, S., Cagiada, Matteo, Gebbia, M., Gjesing, A. P., Coté, A. G., Seesankar, G., Li, R., Tabet, D., Weile, J., Stein, Amelie, Gloyn, A. L., Hansen, Torben, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 23 s., 97.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A mutational atlas for Parkin proteostasis
Clausen, L., Voutsinos, Vasileios, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nariya, S., Powell, R. L., Have, M. K. N., Østergaard, Vibe Hallundbæk, Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 1541.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications
Akdel, M., Pires, D. E., Porta Pardo, E., Jänes, J., Zalevsky, A. O., Meszaros, B., Bryant, P., Good, L. L., Laskowski, R. A., Pozzati, G., Shenoy, A., Zhu, W., Kundrotas, P., Serra, V. R., Rodrigues, C. H. M., Dunham, A. S., Burke, D., Borkakoti, N., Velankar, S., Frost, A. & 14 flere, , 2022, I: Nature Structural & Molecular Biology. 29, 11, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Accurate protein stability predictions from homology models
Valanciute, A., Nygaard, L., Zschach, Henrike, Maglegaard Jepsen, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, s. 66-73 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Biophysical and Mechanistic Models for Disease-Causing Protein Variants
Stein, Amelie, Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Trends in Biochemical Sciences. 44, 7, s. 575-588Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Blocking protein quality control to counter hereditary cancers
Kampmeyer, Caroline, Nielsen, S. V., Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Gerdes, Anne-Marie Axø, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, dec. 2017, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 56, 12, s. 823-831 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay
Gersing, S., Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Stein, Amelie, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability
Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome
Abildgaard, A. B., Gersing, S. K., Larsen-Ledet, Sven, Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Co-evolution of drug resistance and broadened substrate recognition in HIV protease variants isolated from an Escherichia coli genetic selection system
Koivisto, J. M., Poulsen, N. R., Larsen, B. S., Weibull, M. G. M., Stein, Amelie, Doro, F., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Willemoës, Martin, 2022, I: The Biochemical journal. 479, 4, s. 479-501Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Combined covalent-electrostatic model of hydrogen bonding improves structure prediction with Rosetta
O'Meara, M. J., Leaver-Fay, A., Tyka, M. D., Stein, Amelie, Houlihan, K., DiMaio, F., Bradley, P., Kortemme, T., Baker, D., Snoeyink, J. & Kuhlman, B., 2015, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 11, 2, s. 609-622 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome
Abildgaard, A. B., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Schultz-Knudsen, Katrine, Papaleo, E., Shrikhande, A., Hoffmann, Eva, Bernstein, I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Takahashi, M., Ishioka, C., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: eLife. 8, 28 s., e49138 .Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep mutational scanning reveals a correlation between degradation and toxicity of thousands of aspartoacylase variants
Grønbæk-Thygesen, Martin, Voutsinos, Vasileios, Johansson, Kristoffer Enøe, Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Pedersen, Line, Clausen, L., Nariya, S., Powell, R. L., Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 18 s., 4026.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovering functionally important sites in proteins
Cagiada, Matteo, Bottaro, S., Lindemose, Søren, Schenstrøm, S. M., Stein, Amelie, Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disease-linked mutations cause exposure of a protein quality control degron
Kampmeyer, Caroline, Larsen-Ledet, Sven, Wagnkilde, M. R., Michelsen, M., Iversen, Henriette Kring Mangor, Nielsen, S. V., Lindemose, Søren, Caregnato, A., Ravid, T., Stein, Amelie, Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2022, I: Structure. 30, 9, s. 1245-1253.e5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Disorder in a two-domain neuronal Ca2+-binding protein regulates domain stability and dynamics using ligand mimicry
Staby, L., Kemplen, K. R., Stein, Amelie, Ploug, Michael, Clarke, J., Skriver, Karen, Heidarsson, P. O. & Kragelund, Birthe Brandt, 2021, I: Cellular and molecular life sciences : CMLS. 78, s. 2263-2278 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks
Koehler Leman, J., Lyskov, S., Lewis, S. M., Adolf-Bryfogle, J., Alford, R. F., Barlow, K., Ben-Aharon, Z., Farrell, D., Fell, J., Hansen, W. A., Harmalkar, A., Jeliazkov, J., Kuenze, G., Krys, J. D., Ljubetič, A., Loshbaugh, A. L., Maguire, J., Moretti, R., Mulligan, V. K., Nance, M. L. & 30 flere, , 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6947.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Folliculin variants linked to Birt-Hogg-Dubé syndrome are targeted for proteasomal degradation
Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nygaard, L., Søltoft, C. L., Nielsen, S. V., Lisby, Michael, Ravid, T., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: PLOS Genetics. 16, 11, 28 s., e1009187.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
HSP70-binding motifs function as protein quality control degrons
Abildgaard, A. B., Voutsinos, Vasileios, Petersen, S. D., Larsen, Fia Brunsgaard Valsted, Kampmeyer, Caroline, Johansson, Kristoffer Enøe, Stein, Amelie, Ravid, T., Andréasson, C., Jensen, M. K., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 1, 17 s., 32.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Improvements to robotics-inspired conformational sampling in Rosetta
Stein, Amelie & Kortemme, T., 2013, I: PLoS ONE. 8, 5, s. 1-13 e63090.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpreting the molecular mechanisms of disease variants in human transmembrane proteins
Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Zschach, Henrike, Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 11, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lynch syndrome, molecular mechanisms and variant classification
Abildgaard, A. B., Nielsen, S., Bernstein, I., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: British Journal of Cancer. 128, 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mapping the degradation pathway of a disease-linked aspartoacylase variant
Gersing, S. K., Wang, Y., Grønbæk-Thygesen, Martin, Kampmeyer, Caroline, Bjørnkjær, Lene, Willemoës, Martin, Andréasson, C., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2021, I: PLOS Genetics. 17, 4, 28 s., e1009539.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 144764550
Flest downloads
-
294
downloads
Predicting the impact of Lynch syndrome-causing missense mutations from structural calculations
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
164
downloads
Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
98
downloads
Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet