Matthias Mann

Matthias Mann

Professor, forskningschef, Professor

Medlem af:

    ORCID: 0000-0003-1292-4799

    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 358 ud af 358Pr. side: 500
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 1994
    2. Udgivet

      Error-tolerant identification of peptides in sequence databases by peptide sequence tags

      Mann, Matthias & Wilm, M., 15 dec. 1994, I: Analytical Chemistry. 66, 24, s. 4390-9 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. 1996
    4. Udgivet

      Femtomole sequencing of proteins from polyacrylamide gels by nano-electrospray mass spectrometry

      Wilm, M., Shevchenko, A., Houthaeve, T., Breit, S., Schweigerer, L., Fotsis, T. & Mann, Matthias, 1 feb. 1996, I: Nature. 379, 6564, s. 466-9 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. 1997

    6. Identification of a novel membrane protein that interacts specifically with the upar-prourokinase complex

      Behrendt, Niels, Engelholm, Lars Henning, Jensen, O. N., Mörtz, E., Ranne, E., Mann, Matthias & Dan, K., 1997, I: Fibrinolysis and Proteolysis. 11, Supl. 3, s. 10 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    7. 2000

    8. A urokinase receptor-associated protein with specific collagen binding properties

      Behrendt, Niels, Jensen, O. N., Engelholm, Lars Henning, Mørtz, E., Mann, Matthias & Danø, K., 2000, I: The Journal of Biological Chemistry. 275, 3, s. 1993-2002 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    9. 2003

    10. Integrated analysis of protein composition, tissue diversity, and gene regulation in mouse mitochondria

      Mootha, V. K., Bunkenborg, J., Olsen, Jesper Velgaard, Hjerrild, M., Wisniewski, J. R., Stahl, E., Bolouri, M. S., Ray, H. N., Sihag, S., Kamal, M., Patterson, N., Lander, E. S. & Mann, Matthias, 2003, I: Cell. 115, 5, s. 629-40 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Signaling initiated by overexpression of the fibroblast growth factor receptor-1 investigated by mass spectrometry

      Hinsby, A. M., Olsen, Jesper Velgaard, Bennett, K. L. & Mann, Matthias, 2003, I: Molecular and Cellular Proteomics. 2, 1, s. 29-36 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. 2004

    13. Improved peptide identification in proteomics by two consecutive stages of mass spectrometric fragmentation

      Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2004, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 101, 37, s. 13417-22 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Trypsin cleaves exclusively C-terminal to arginine and lysine residues

      Olsen, Jesper Velgaard, Ong, S. & Mann, Matthias, 2004, I: Molecular and Cellular Proteomics. 3, 6, s. 608-14 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. Tyrosine phosphoproteomics of fibroblast growth factor signaling: a role for insulin receptor substrate-4

      Hinsby, A. M., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2004, I: Journal of Biological Chemistry. 279, 45, s. 46438-47 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. HysTag--a novel proteomic quantification tool applied to differential display analysis of membrane proteins from distinct areas of mouse brain

      Olsen, Jesper Velgaard, Andersen, J. R., Nielsen, P. A., Nielsen, Michael Lund, Figeys, D., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., jan. 2004, I: Molecular and Cellular Proteomics. 3, 1, s. 82-92 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. 2005

    18. Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometer via lock mass injection into a C-trap

      Olsen, Jesper Velgaard, de Godoy, L. M. F., Li, G., Macek, B., Mortensen, P., Pesch, R., Makarov, A., Lange, O., Horning, S. & Mann, Matthias, 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 12, s. 2010-21 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Proteomic mapping of brain plasma membrane proteins

      Nielsen, P. A., Olsen, Jesper Velgaard, Podtelejnikov, A. V., Andersen, J. R., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 4, s. 402-8 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    20. Quantitative phosphoproteomics applied to the yeast pheromone signaling pathway

      Gruhler, A., Olsen, Jesper Velgaard, Mohammed, S., Mortensen, P., Faergeman, N. J., Mann, Matthias & Jensen, O. N., 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 3, s. 310-27 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. 2006

    22. Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks

      Olsen, Jesper Velgaard, Blagoev, B., Gnad, F., Macek, B., Kumar, C., Mortensen, P. & Mann, Matthias, 2006, I: Cell. 127, 3, s. 635-48 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes

      Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Nature Protocols (Print Edition). 1, 6, s. 2856-60 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Status of complete proteome analysis by mass spectrometry: SILAC labeled yeast as a model system

      de Godoy, L. M. F., Olsen, Jesper Velgaard, de Souza, G. A., Li, G., Mortensen, P. & Mann, Matthias, 2006, I: Genome Biology. 7, 6, s. R50

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. The human urinary proteome contains more than 1500 proteins, including a large proportion of membrane proteins

      Adachi, J., Kumar, C., Zhang, Y., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Genome Biology. 7, 9, s. R80

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    26. Top-down protein sequencing and MS3 on a hybrid linear quadrupole ion trap-orbitrap mass spectrometer

      Macek, B., Waanders, L. F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Molecular and Cellular Proteomics. 5, 5, s. 949-58 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      Actin homolog MreB and RNA polymerase interact and are both required for chromosome segregation in Escherichia coli

      Kruse, Thomas, Blagoev, B., Løbner-Olesen, Anders, Wachi, M., Sasaki, K., Iwai, N., Mann, Matthias & Gerdes, K., 1 jan. 2006, I: Genes & Development. 20, 1, s. 113-124 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. 2007

    29. A mass spectrometry-friendly database for cSNP identification

      Schandorff, S., Olsen, Jesper Velgaard, Bunkenborg, J., Blagoev, B., Zhang, Y., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, 2007, I: Nature Methods. 4, 6, s. 465-6 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Functional characterization of Rad18 domains for Rad6, ubiquitin, DNA binding and PCNA modification

      Notenboom, V., Hibbert, R. G., van Rossum-Fikkert, S. E., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, Matthias & Sixma, T. K., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, 17, s. 5819-30 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis

      Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Lange, O., Makarov, A., Horning, S. & Mann, Matthias, 2007, I: Nature Methods. 4, 9, s. 709-12 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. Noncovalent interaction between Ubc9 and SUMO promotes SUMO chain formation

      Knipscheer, P., van Dijk, W. J., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, Matthias & Sixma, T. K., 2007, I: EMBO Journal. 26, 11, s. 2797-807 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    33. PHOSIDA (phosphorylation site database): management, structural and evolutionary investigation, and prediction of phosphosites

      Gnad, F., Ren, S., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Oroshi, M. & Mann, Matthias, 2007, I: Genome Biology. 8, 11, s. R250

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Phosphoproteins of the chicken eggshell calcified layer

      Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, 2007, I: Proteomics. 7, 1, s. 106-15 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    35. Phosphoproteome analysis of E. coli reveals evolutionary conservation of bacterial Ser/Thr/Tyr phosphorylation

      Macek, B., Gnad, F., Soufi, B., Kumar, C., Olsen, Jesper Velgaard, Mijakovic, I. & Mann, Matthias, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 7, 2, s. 299-307 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    36. Quantitative proteomic assessment of very early cellular signaling events

      Dengjel, J., Akimov, V., Olsen, Jesper Velgaard, Bunkenborg, J., Mann, Matthias, Blagoev, B. & Andersen, J. S., 2007, I: Nature Biotechnology. 25, 5, s. 566-8 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    37. Quantitative proteomic profiling of membrane proteins from the mouse brain cortex, hippocampus, and cerebellum using the HysTag reagent: mapping of neurotransmitter receptors and ion channels

      Olsen, Jesper Velgaard, Nielsen, P. A., Andersen, J. R., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., 2007, I: Brain Research. 1134, 1, s. 95-106 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    38. The low molecular weight proteome of Halobacterium salinarum

      Klein, C., Aivaliotis, M., Olsen, Jesper Velgaard, Falb, M., Besir, H., Scheffer, B., Bisle, B., Tebbe, A., Konstantinidis, K., Siedler, F., Pfeiffer, F., Mann, Matthias & Oesterhelt, D., 2007, I: Journal of Proteome Research. 6, 4, s. 1510-8 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. MAPU: Max-Planck Unified database of organellar, cellular, tissue and body fluid proteomes

      Zhang, Y., Zhang, Y., Adachi, J., Olsen, Jesper Velgaard, Shi, R., de Souza, G., Pasini, E., Foster, L. J., Macek, B., Zougman, A., Kumar, C., Wisniewski, J. R., Jun, W. & Mann, Matthias, jan. 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, Database issue, s. D771-9

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    40. Nanoelectrospray peptide mapping revisited: Composite survey spectra allow high dynamic range protein characterization without LCMS on an orbitrap mass spectrometer

      Lu, A., Waanders, L. F., Almeida, R., Li, G., Allen, M., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Bonaldi, T. & Mann, Matthias, 1 dec. 2007, I: International Journal of Mass Spectrometry. 268, 2-3, s. 158-167 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    41. 2008

    42. Quantitative phosphoproteome analysis of a mouse liver cell line reveals specificity of phosphatase inhibitors

      Pan, C., Gnad, F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2008, I: Proteomics. 8, 21, s. 4534-46 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    43. The serine/threonine/tyrosine phosphoproteome of the model bacterium Bacillus subtilis

      Macek, B., Mijakovic, I., Olsen, Jesper Velgaard, Gnad, F., Kumar, C., Jensen, P. R. & Mann, Matthias, feb. 2008, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 4, s. 697-707 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    44. Identification of new chicken egg proteins by mass spectrometry-based proteomic analysis

      Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, MaĉEk, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, jun. 2008, I: World's Poultry Science Journal. 64, 2, s. 209-218 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    45. 2009

    46. A dual pressure linear ion trap orbitrap instrument with very high sequencing speed

      Olsen, Jesper Velgaard, Schwartz, J. C., Griep-Raming, J., Nielsen, Michael Lund, Damoc, E., Denisov, E., Lange, O., Remes, P., Taylor, D., Splendore, M., Wouters, E. R., Senko, M., Makarov, A., Mann, Matthias & Horning, S., 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 12, s. 2759-69 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    47. Global and site-specific quantitative phosphoproteomics: principles and applications

      Macek, B., Mann, Matthias & Olsen, J. V., 2009, I: Annual Review of Pharmacology and Toxicology. 49, s. 199-221 22 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    48. Udgivet

      Global effects of kinase inhibitors on signaling networks revealed by quantitative phosphoproteomics

      Pan, C., Olsen, Jesper Velgaard, Daub, H. & Mann, Matthias, 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 12, s. 2796-808 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    49. Udgivet

      High-accuracy identification and bioinformatic analysis of in vivo protein phosphorylation sites in yeast

      Gnad, F., de Godoy, L. M. F., Cox, J., Neuhauser, N., Ren, S., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2009, I: Proteomics. 9, 20, s. 4642-4652 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    50. Udgivet

      Lysine acetylation targets protein complexes and co-regulates major cellular functions

      Choudhary, Chunaram, Kumar, C., Gnad, F., Nielsen, Michael Lund, Rehman, M., Walther, T. C., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2009, I: Science. 325, 5942, s. 834-40 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    51. Udgivet

      Mislocalized activation of oncogenic RTKs switches downstream signaling outcomes

      Choudhary, Chunaram, Olsen, Jesper Velgaard, Brandts, C., Cox, J., Reddy, P. N. G., Böhmer, F. D., Gerke, V., Schmidt-Arras, D., Berdel, W. E., Müller-Tidow, C., Mann, Matthias & Serve, H., 2009, I: Molecular Cell. 36, 2, s. 326-39 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    52. 2010
    53. Udgivet

      Quantitative phosphoproteomics reveals widespread full phosphorylation site occupancy during mitosis

      Olsen, Jesper Velgaard, Vermeulen, M., Santamaria, A., Kumar, C., Miller, M. L., Jensen, Lars Juhl, Gnad, F., Cox, J., Jensen, T. S., Nigg, E. A., Brunak, Søren & Mann, Matthias, 2010, I: Science Signaling. 3, 104, s. ra3 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    54. MSQuant, an Open Source Platform for Mass Spectrometry-Based Quantitative Proteomics

      Mortensen, P., Gouw, J. W., Olsen, Jesper Velgaard, Ong, S., Rigbolt, K. T. G., Bunkenborg, J., Cox, J., Foster, L. J., Heck, A. J. R., Blagoev, B., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, jan. 2010, I: Journal of Proteome Research.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    55. Udgivet

      Yeast expression proteomics by high-resolution mass spectrometry

      Walther, T. C., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 jan. 2010, I: Methods in Enzymology. 470, s. 259-80 22 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    56. Udgivet

      Decoding signalling networks by mass spectrometry-based proteomics

      Choudhary, Chunaram & Mann, Matthias, 1 jun. 2010, I: Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11, 6, s. 427-39 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    57. 2011
    58. Udgivet

      System-wide temporal characterization of the proteome and phosphoproteome of human embryonic stem cell differentiation

      Rigbolt, K. T. G., Prokhorova, T., Akimov, V., Løkkegaard, Jeanette, Johansen, P. T., Kratchmarova, I., Kassem, M. S. E., Mann, Matthias, Olsen, Jesper Velgaard & Blagoev, B., 2011, I: Science Signaling. 4, 164, s. rs3

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    59. Udgivet

      Effective representation and storage of mass spectrometry-based proteomic data sets for the scientific community

      Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 jan. 2011, I: Science Signaling. 4, 160, s. pe7

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    60. Udgivet

      Andromeda - a peptide search engine integrated into the MaxQuant environment

      Cox, J., Neuhauser, N., Michalski, A., Scheltema, R. A., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 apr. 2011, I: Journal of Proteome Research. 10, 4, s. 1794-805 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    61. Udgivet

      Quantitative, high-resolution proteomics for data-driven systems biology

      Cox, J. & Mann, Matthias, 7 jul. 2011, I: Annual Review of Biochemistry. 80, s. 273-299 27 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    62. Udgivet

      A Proteome-wide, Quantitative Survey of In Vivo Ubiquitylation Sites Reveals Widespread Regulatory Roles

      Wagner, S. A., Beli, P., Weinert, B. T., Nielsen, Michael Lund, Cox, J., Mann, Matthias & Choudhary, Chunaram, 1 okt. 2011, I: Molecular and Cellular Proteomics. 10, 10, s. M111.013284

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    63. 2012

    64. 1D and 2D annotation enrichment: a statistical method integrating quantitative proteomics with complementary high-throughput data

      Cox, J. & Mann, Matthias, 2012, I: B M C Bioinformatics. 13 Suppl 16, s. S12

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    65. Udgivet

      Correction to Feasibility of Large-Scale Phosphoproteomics with Higher Energy Collisional Dissociation Fragmentation

      Nagaraj, N., D'Souza, R. C. J., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2012, I: Journal of Proteome Research.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    66. Udgivet

      Proteomic investigations reveal a role for RNA processing factor THRAP3 in the DNA damage response

      Beli, P., Lukashchuk, N., Wagner, S. A., Weinert, B. T., Olsen, Jesper Velgaard, Baskcomb, L., Mann, Matthias, Jackson, S. P. & Choudhary, Chunaram, 2012, I: Molecular Cell. 46, 2, s. 212-25 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    67. Extensive quantitative remodeling of the proteome between normal colon tissue and adenocarcinoma

      Wiśniewski, J. R., Ostasiewicz, P., Duś, K., Zielińska, D. F., Gnad, F. & Mann, Matthias, 1 jan. 2012, I: Molecular Systems Biology. 8, 611.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    68. Udgivet

      Proteomics for biomedicine: A half-completed journey

      Mann, Matthias, 1 feb. 2012, I: EMBO Molecular Medicine. 4, 2, s. 75-77 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    69. Udgivet

      Advancing cell biology through proteomics in space and time (PROSPECTS)

      Lamond, A. I., Uhlen, M., Horning, S., Makarov, A., Robinson, C. V., Serrano, L., Hartl, F. U., Baumeister, W., Werenskiold, A. K., Mann, Matthias, Andersen, J. S., Vorm, O., Linial, M. & Aebersold, R., 1 mar. 2012, I: Molecular & Cellular Proteomics. 11, 3, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    70. 2013

    71. Proteomic approaches in circadian biology

      Robles, M. S. & Mann, Matthias, 2013, Handbook of experimental pharmacology: Circadian Clocks. s. 389-407 19 s. (Handbook of Experimental Pharmacology).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Formidling

    72. Udgivet

      The SH2 domain interaction landscape

      Tinti, M., Kiemer, L., Costa, S., Miller, M. L., Sacco, F., Olsen, Jesper Velgaard, Carducci, M., Paoluzi, S., Langone, F., Workman, C., Blom, N., Machida, K., Thompson, C. M., Schutkowski, M., Brunak, Søren, Mann, Matthias, Mayer, B. J., Castagnoli, L. & Cesareni, G., 2013, I: Cell Reports. 3, 4, s. 1293-1305 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    73. The proteome of the calcified layer organic matrix of turkey (Meleagris gallopavo) eggshell

      Mann, K. & Mann, Matthias, 2013, I: Proteome Science. 11, 1, s. 40

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    74. Udgivet

      Quantification of the N-glycosylated secretome by super-SILAC during breast cancer progression and in human blood Samples

      Boersema, P. J., Geiger, T., Wiśniewski, J. R. & Mann, Matthias, 1 jan. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 1, s. 158-171 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    75. Udgivet

      Phosphorylation Variation during the Cell Cycle Scales with Structural Propensities of Proteins

      Tyanova, S., Frishman, D., Cox, J., Mann, Matthias & Olsen, Jesper Velgaard, 10 jan. 2013, I: P L o S Computational Biology (Online). 9, 1, s. e1002842 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    76. Proteomic and genetic analyses demonstrate that Plasmodium berghei blood stages export a large and diverse repertoire of proteins

      Pasini, E. M., Braks, J. A., Fonager, J., Klop, O., Aime, E., Spaccapelo, R., Otto, T. D., Berriman, M., Hiss, J. A., Thomas, A. W., Mann, Matthias, Janse, C. J., Kocken, C. H. M. & Franke-Fayard, B., feb. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 2, s. 426-48 23 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    77. A systematic mammalian genetic interaction map reveals pathways underlying ricin susceptibility

      Bassik, M. C., Kampmann, M., Lebbink, R. J., Wang, S., Hein, M. Y., Poser, I., Weibezahn, J., Horlbeck, M. A., Chen, S., Mann, Matthias, Hyman, A. A., Leproust, E. M., McManus, M. T. & Weissman, J. S., 14 feb. 2013, I: Cell. 152, 4, s. 909-22 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    78. Udgivet

      In Vivo SILAC-Based Proteomics Reveals Phosphoproteome Changes during Mouse Skin Carcinogenesis

      Zanivan, S., Meves, A., Behrendt, K., Schoof, E., Neilson, L. J., Cox, J., Tang, H. R., Kalna, G., van Ree, J. H., van Deursen, J. M., Trempus, C. S., Machesky, L. M., Linding, R., Wickström, S. A., Fässler, R. & Mann, Matthias, 21 feb. 2013, I: Cell Reports. 3, 2, s. 552-566 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    79. Udgivet

      The Coming Age of Complete, Accurate, and Ubiquitous Proteomes

      Mann, Matthias, Kulak, N. A., Nagaraj, N. & Cox, J., 21 feb. 2013, I: Molecular Cell. 49, 4, s. 583-590 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    80. Direct proteomic quantification of the secretome of activated immune cells

      Meissner, F., Scheltema, R. A., Mollenkopf, H. & Mann, Matthias, 26 apr. 2013, I: Science (New York, N.Y.). 340, 6131, s. 475-8 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    81. A SILAC-based approach identifies substrates of caspase-dependent cleavage upon TRAIL-induced apoptosis

      Stoehr, G., Schaab, C., Graumann, J. & Mann, Matthias, maj 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 5, s. 1436-50 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    82. Protein correlation profiles identify lipid droplet proteins with high confidence

      Krahmer, N., Hilger, M., Kory, N., Wilfling, F., Stoehr, G., Mann, Matthias, Farese, R. V. & Walther, T. C., maj 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 5, s. 1115-26 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    83. Stabilization of integrin-linked kinase by the Hsp90-CHIP axis impacts cellular force generation, migration and the fibrotic response

      Radovanac, K., Morgner, J., Schulz, J., Blumbach, K., Patterson, C., Geiger, T., Mann, Matthias, Krieg, T., Eckes, B., Fässler, R. & Wickström, S. A., 15 maj 2013, I: E M B O Journal. 32, 10, s. 1409-24 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    84. The chromodomain helicase Chd4 is required for Polycomb-mediated inhibition of astroglial differentiation

      Sparmann, A., Xie, Y., Verhoeven, E., Vermeulen, M., Lancini, C., Gargiulo, G., Hulsman, D., Mann, Matthias, Knoblich, J. A. & van Lohuizen, M., 29 maj 2013, I: E M B O Journal. 32, 11, s. 1598-612 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    85. A large synthetic peptide and phosphopeptide reference library for mass spectrometry-based proteomics

      Marx, H., Lemeer, S., Schliep, J. E., Matheron, L., Mohammed, S., Cox, J., Mann, Matthias, Heck, A. J. R. & Kuster, B., jun. 2013, I: Nature Biotechnology. 31, 6, s. 557-64 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    86. Initial quantitative proteomic map of 28 mouse tissues using the SILAC mouse

      Geiger, T., Velic, A., Macek, B., Lundberg, E., Kampf, C., Nagaraj, N., Uhlen, M., Cox, J. & Mann, Matthias, jun. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 6, s. 1709-22 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    87. Quantitative proteomic analysis reveals concurrent RNA-protein interactions and identifies new RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae

      Klass, D. M., Scheibe, M., Butter, F., Hogan, G. J., Mann, Matthias & Brown, P. O., jun. 2013, I: Genome Research. 23, 6, s. 1028-38 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    88. β1- and αv-class integrins cooperate to regulate myosin II during rigidity sensing of fibronectin-based microenvironments

      Schiller, H. B., Hermann, M., Polleux, J., Vignaud, T., Zanivan, S., Friedel, C. C., Sun, Z., Raducanu, A., Gottschalk, K., Théry, M., Mann, Matthias & Fässler, R., jun. 2013, I: Nature Cell Biology. 15, 6, s. 625-36 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

    89. High performance computational analysis of large-scale proteome data sets to assess incremental contribution to coverage of the human genome

      Neuhauser, N., Nagaraj, N., McHardy, P., Zanivan, S., Scheltema, R., Cox, J. & Mann, Matthias, 7 jun. 2013, I: Journal of Proteome Research. 12, 6, s. 2858-68 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    90. HOT1 is a mammalian direct telomere repeat-binding protein contributing to telomerase recruitment

      Kappei, D., Butter, F., Benda, C., Scheibe, M., Draškovič, I., Stevense, M., Novo, C. L., Basquin, C., Araki, M., Araki, K., Krastev, D. B., Kittler, R., Jessberger, R., Londoño-Vallejo, J. A., Mann, Matthias & Buchholz, F., 12 jun. 2013, I: E M B O Journal. 32, 12, s. 1681-701 21 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    91. Alleles of a polymorphic ETV6 binding site in DCDC2 confer risk of reading and language impairment

      Powers, N. R., Eicher, J. D., Butter, F., Kong, Y., Miller, L. L., Ring, S. M., Mann, Matthias & Gruen, J. R., 11 jul. 2013, I: American Journal of Human Genetics. 93, 1, s. 19-28 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    92. Interaction between AP-5 and the hereditary spastic paraplegia proteins SPG11 and SPG15

      Hirst, J., Borner, G. H. H., Edgar, J., Hein, M. Y., Mann, Matthias, Buchholz, F., Antrobus, R. & Robinson, M. S., aug. 2013, I: Molecular Biology of the Cell. 24, 16, s. 2558-69 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    93. SILAC-based proteomics of human primary endothelial cell morphogenesis unveils tumor angiogenic markers

      Zanivan, S., Maione, F., Hein, M. Y., Hernández-Fernaud, J. R., Ostasiewicz, P., Giraudo, E. & Mann, Matthias, 26 aug. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    94. DEAD box protein DDX1 regulates cytoplasmic localization of KSRP

      Chou, C., Lin, W., Lin, C., Luber, C. A., Godbout, R., Mann, Matthias & Chen, C., 4 sep. 2013, I: P L o S One. 8, 9, e73752.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

    95. Quantitative interaction screen of telomeric repeat-containing RNA reveals novel TERRA regulators

      Scheibe, M., Arnoult, N., Kappei, D., Buchholz, F., Decottignies, A., Butter, F. & Mann, Matthias, 22 okt. 2013, I: Genome Research.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    96. Quantitative interaction screen of telomeric repeat-containing RNA reveals novel TERRA regulators

      Scheibe, M., Arnoult, N., Kappei, D., Buchholz, F., Decottignies, A., Butter, F. & Mann, Matthias, 22 okt. 2013, I: Genome Research.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    97. A DNA-Centric Protein Interaction Map of Ultraconserved Elements Reveals Contribution of Transcription Factor Binding Hubs to Conservation

      Viturawong, T., Meissner, F., Butter, F. & Mann, Matthias, 31 okt. 2013, I: Plant Cell Reports. 5, 2, s. 531-45 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

    98. Udgivet

      Status of large-scale analysis of post-translational modifications by mass spectrometry

      Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 nov. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, s. 3444-52

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    99. N-linked glycosylation enrichment for in-depth cell surface proteomics of diffuse large B-cell lymphoma subtypes

      Deeb, S. J., Cox, J., Schmidt-Supprian, M. & Mann, Matthias, 4 nov. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    100. 2014
    101. Udgivet

      Specificity and commonality of the phosphoinositide-binding proteome analyzed by quantitative mass spectrometry

      Jungmichel, S., Sylvestersen, K. B., Choudhary, Chunaram, Nguyen, S., Mann, Matthias & Nielsen, Michael Lund, 13 feb. 2014, I: Cell Reports. 6, 3, s. 578-91 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    102. Udgivet

      Time-resolved dissection of early phosphoproteome and ensuing proteome changes in response to TGF-β

      J D'Souza, R. C., Knittle, A. M., Nagaraj, N., van Dinther, M., Choudhary, Chunaram, Ten Dijke, P., Mann, Matthias & Sharma, K., jul. 2014, I: Science Signaling. 7, 335, s. rs5 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    103. Udgivet

      The growing landscape of lysine acetylation links metabolism and cell signalling

      Choudhary, Chunaram, Weinert, B. T., Nishida, Y., Verdin, E. & Mann, Matthias, 23 jul. 2014, I: Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 15, 8, s. 536-50 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    104. Overexpression of Q-rich prion-like proteins suppresses polyQ cytotoxicity and alters the polyQ interactome

      Ripaud, L., Chumakova, V., Antonin, M., Hastie, A. R., Pinkert, S., Körner, R., Ruff, K. M., Pappu, R. V., Hornburg, D., Mann, Matthias, Hartl, F. U. & Hipp, M. S., 23 dec. 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 51, s. 18219-24 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    105. 2015
    106. Udgivet

      Proteomics reveals dynamic assembly of repair complexes during bypass of DNA cross-links

      Räschle, M., Smeenk, G., Hansen, R. K., Temu, T., Oka, Y., Hein, M. Y., Nagaraj, N., Long, D. T., Walter, J. C., Hofmann, K., Storchova, Z., Cox, J., Bekker-Jensen, Simon Holst, Mailand, Niels & Mann, Matthias, 2015, I: Science. 348, 6234, s. 539- 10 s., 1253671.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    107. Udgivet

      Mass Spectrometry of Human Leukocyte Antigen Class I Peptidomes Reveals Strong Effects of Protein Abundance and Turnover on Antigen Presentation

      Bassani-Sternberg, M., Pletscher-Frankild, S., Jensen, Lars Juhl & Mann, Matthias, mar. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 3, s. 658-73 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    108. Udgivet

      Single muscle fiber proteomics reveals unexpected mitochondrial specialization

      Murgia, M., Nagaraj, N., Deshmukh, Atul Shahaji, Zeiler, M., Cancellara, P., Moretti, I., Reggiani, C., Schiaffino, S. & Mann, Matthias, 1 mar. 2015, I: E M B O Reports. 16, 3, s. 387-95 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    109. Antisense-mediated exon skipping: a therapeutic strategy for titin-based dilated cardiomyopathy

      Gramlich, M., Pane, L. S., Zhou, Q., Chen, Z., Murgia, M., Schötterl, S., Goedel, A., Metzger, K., Brade, T., Parrotta, E., Schaller, M., Gerull, B., Thierfelder, L., Aartsma-Rus, A., Labeit, S., Atherton, J. J., McGaughran, J., Harvey, R. P., Sinnecker, D., Mann, M. & 3 flere, Laugwitz, K., Gawaz, M. P. & Moretti, A., 9 mar. 2015, I: EMBO Molecular Medicine. 7, 5, s. 562-576 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    110. Udgivet

      Deep proteomics of mouse skeletal muscle enables quantitation of protein isoforms, metabolic pathways and transcription factors

      Deshmukh, Atul Shahaji, Murgia, M., Nagaraja, N., Treebak, Jonas Thue, Cox, J. & Mann, Matthias, apr. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 4, s. 841-853

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    111. A double-barrel LC-MS/MS system to quantify 96 interactomes per day

      Hosp, F., Scheltema, R. A., Eberl, C., Kulak, N. A., Keilhauer, E. C., Mayr, K. & Mann, Matthias, 17 apr. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 7, s. 2030-41 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    112. Udgivet

      Systems Analyses Reveal Shared and Diverse Attributes of Oct4 Regulation in Pluripotent Cells

      Ding, L., Paszkowski-Rogacz, M., Winzi, M., Chakraborty, D., Theis, M., Singh, S., Ciotta, G., Poser, I., Roguev, A., Chu, W. K., Choudhary, Chunaram, Mann, Matthias, Stewart, A. F., Krogan, N. & Buchholz, F., 26 aug. 2015, I: Cell Systems. 1, 2, s. 141-151 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    113. Udgivet

      Secretome Analysis of Lipid-Induced Insulin Resistance in Skeletal Muscle Cells by a Combined Experimental and Bioinformatics Workflow

      Deshmukh, Atul Shahaji, Cox, J., Jensen, Lars Juhl, Meissner, F. & Mann, Matthias, 6 nov. 2015, I: Journal of Proteome Research. 14, 11, s. 4885-95 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    114. Udgivet

      Mitochondrial specialization revealed by single muscle fiber proteomics: focus on the Krebs cycle

      Schiaffino, S., Reggiani, C., Kostrominova, T. Y., Mann, Matthias & Murgia, M., dec. 2015, I: Scandinavian Journal of Medicine & Science in Sports. 25, Suppl 4, s. 41-8 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    115. 2016
    116. Udgivet

      Proteomic maps of breast cancer subtypes

      Tyanova, S., Albrechtsen, Reidar, Kronqvist, P., Cox, J., Mann, Matthias & Geiger, T., 4 jan. 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 10259.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    117. Udgivet

      TRAIP is a PCNA-binding ubiquitin ligase that protects genome stability after replication stress

      Hoffmann, Saskia, Smedegaard, S., Nakamura, K., Mortuza, G. B., Räschle, M., Ibañez de Opakua, A., Oka, Y., Feng, Y., Blanco, F. J., Mann, Matthias, Montoya, Guillermo, Groth, Anja, Bekker-Jensen, Simon Holst & Mailand, Niels, 4 jan. 2016, I: The Journal of Cell Biology. 212, 1, s. 63-75

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    118. Cytoplasmic protein aggregates interfere with nucleocytoplasmic transport of protein and RNA

      Woerner, A. C., Frottin, F., Hornburg, D., Feng, L. R., Meissner, F., Patra, M., Tatzelt, J., Mann, Matthias, Winklhofer, K. F., Hartl, F. U. & Hipp, M. S., 8 jan. 2016, I: Science (New York, N.Y.). 351, 6269, s. 173-6 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    119. Phosphoproteomics reveals that Parkinson's disease kinase LRRK2 regulates a subset of Rab GTPases

      Steger, M., Tonelli, F., Ito, G., Davies, P., Trost, M., Vetter, M., Wachter, S., Lorentzen, E., Duddy, G., Wilson, S., Baptista, M. A., Fiske, B. K., Fell, M. J., Morrow, J. A., Reith, A. D., Alessi, D. R. & Mann, Matthias, 29 jan. 2016, I: eLife. 5

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    120. IKAP: A heuristic framework for inference of kinase activities from Phosphoproteomics data

      Mischnik, M., Sacco, F., Cox, J., Schneider, H., Schäfer, M., Hendlich, M., Crowther, D., Mann, Matthias & Klabunde, T., 1 feb. 2016, I: Bioinformatics (Online). 32, 3, s. 424-31 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    121. A genome-wide resource for the analysis of protein localisation in Drosophila

      Sarov, M., Barz, C., Jambor, H., Hein, M. Y., Schmied, C., Suchold, D., Stender, B., Janosch, S., K J, V. V., Krishnan, R. T., Krishnamoorthy, A., Ferreira, I. R. S., Ejsmont, R. K., Finkl, K., Hasse, S., Kämpfer, P., Plewka, N., Vinis, E., Schloissnig, S., Knust, E. & 6 flere, Hartenstein, V., Mann, Matthias, Ramaswami, M., VijayRaghavan, K., Tomancak, P. & Schnorrer, F., 20 feb. 2016, I: eLife. 5, s. e12068

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    122. Udgivet

      Evidence of Extrapancreatic Glucagon Secretion in Man

      Lund, Asger Bach, Bagger, J. I., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Christensen, M., Grøndahl, M., Hartmann, Bolette, Mathiesen, Elisabeth, Hansen, C. P., Storkholm, J. H., van Hall, Gerrit, Rehfeld, Jens Frederik, Hornburg, D., Meissner, F., Mann, Matthias, Larsen, S., Holst, Jens Juul, Vilsbøll, Tina & Knop, Filip Krag, mar. 2016, I: Diabetes. 65, 3, s. 585-597 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    123. Circadian control of oscillations in mitochondrial rate-limiting enzymes and nutrient utilization by PERIOD proteins

      Neufeld-Cohen, A., Robles, M. S., Aviram, R., Manella, G., Adamovich, Y., Ladeuix, B., Nir, D., Rousso-Noori, L., Kuperman, Y., Golik, M., Mann, Matthias & Asher, G., 22 mar. 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 12, s. E1673-82

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    124. Deep Proteomics of Breast Cancer Cells Reveals that Metformin Rewires Signaling Networks Away from a Pro-growth State

      Sacco, F., Silvestri, A., Posca, D., Pirrò, S., Gherardini, P. F., Castagnoli, L., Mann, Matthias & Cesareni, G., 23 mar. 2016, I: Cell Systems. 2, 3, s. 159-71 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    125. Udgivet

      Plasma Proteome Profiling to Assess Human Health and Disease

      Geyer, P. E., Kulak, N. A., Pichler, G., Holdt, L. M., Teupser, D. & Mann, Matthias, 23 mar. 2016, I: Cell Systems. 2, 3, s. 185-95 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    126. Udgivet

      C/EBPα creates elite cells for iPSC reprogramming by upregulating Klf4 and increasing the levels of Lsd1 and Brd4

      Di Stefano, B., Collombet, S., Jakobsen, J. S., Wierer, M., Sardina, J. L., Lackner, A., Stadhouders, R., Segura-Morales, C., Francesconi, M., Limone, F., Mann, Matthias, Porse, Bo Torben, Thieffry, D. & Graf, T., apr. 2016, I: Nature Cell Biology. 18, 4, s. 371-81 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    127. Udgivet

      Ultra-deep and quantitative saliva proteome reveals dynamics of the oral microbiome

      Grassl, N., Kulak, N. A., Pichler, G., Geyer, P. E., Jung, J., Schubert, S., Sinitcyn, P., Cox, J. & Mann, Matthias, 21 apr. 2016, I: Genome Medicine. 8, 13 s., 44.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    128. Inflammatory signaling in human tuberculosis granulomas is spatially organized

      Marakalala, M. J., Raju, R. M., Sharma, K., Zhang, Y. J., Eugenin, E. A., Prideaux, B., Daudelin, I. B., Chen, P., Booty, M. G., Kim, J. H., Eum, S. Y., Via, L. E., Behar, S. M., Barry, C. E., Mann, Matthias, Dartois, V. & Rubin, E. J., maj 2016, I: Nature Medicine. 22, 5, s. 531-8 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    129. Udgivet

      Oxyntomodulin Identified as a Marker of Type 2 Diabetes and Gastric Bypass Surgery by Mass-spectrometry Based Profiling of Human Plasma

      Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Hornburg, D., Albrechtsen, Reidar, Svendsen, B., Toräng, S., Jepsen, Sara Lind, Kuhre, Rune Ehrenreich, Hansen, M., Janus, C., Floyd, A., Lund, Asger Bach, Vilsbøll, Tina, Knop, Filip Krag, drb459, drb459, Deacon, Carolyn F., Meissner, F., Mann, Matthias, Holst, Jens Juul & Hartmann, Bolette, maj 2016, I: EBioMedicine. 7, s. 112-120 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    130. Udgivet

      The Proteome of Primary Prostate Cancer

      Iglesias Gato, Diego, Wikström, P., Tyanova, S., Lavallee, C., Thysell, E., Carlsson, J., Hägglöf, C., Cox, J., Andrén, O., Stattin, P., Egevad, L., Widmark, A., Bjartell, A., Collins, C. C., Bergh, A., Geiger, T., Mann, Matthias & Flores-Morales, A., maj 2016, I: European Urology. 69, 5, s. 942-952 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    131. Homology-driven assembly of NOn-redundant protEin sequence sets (NOmESS) for mass spectrometry

      Temu, T., Mann, Matthias, Räschle, M. & Cox, J., 1 maj 2016, I: Bioinformatics (Online). 32, 9, s. 1417-9 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    132. Molecular basis of PRC1 targeting to Polycomb response elements by PhoRC

      Frey, F., Sheahan, T., Finkl, K., Stoehr, G., Mann, Matthias, Benda, C. & Müller, J., 1 maj 2016, I: Genes & Development. 30, 9, s. 1116-27 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    133. MicroRNAs of the miR-290-295 Family Maintain Bivalency in Mouse Embryonic Stem Cells

      Graham, B., Marcais, A., Dharmalingam, G., Carroll, T., Kanellopoulou, C., Graumann, J., Nesterova, T. B., Bermange, A., Brazauskas, P., Xella, B., Kriaucionis, S., Higgs, D. R., Brockdorff, N., Mann, Matthias, Fisher, A. G. & Merkenschlager, M., 10 maj 2016, I: Stem Cell Reports. 6, 5, s. 635-642 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    134. PLEKHA7 Recruits PDZD11 to Adherens Junctions to Stabilize Nectins

      Guerrera, D., Shah, J., Vasileva, E., Sluysmans, S., Méan, I., Jond, L., Poser, I., Mann, Matthias, Hyman, A. A. & Citi, S., 20 maj 2016, I: The Journal of Biological Chemistry. 291, 21, s. 11016-29 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    135. Udgivet

      Erratum: Evidence of extrapancreatic glucagon secretion in man. Diabetes 2016;65:585-597

      Lund, Asger Bach, Bagger, J. I., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Christensen, M., Grøndahl, M., Hartmann, Bolette, Mathiesen, Elisabeth, Hansen, C. P., Storkholm, J. H., van Hall, Gerrit, Rehfeld, Jens Frederik, Hornburg, D., Meissner, F., Mann, Matthias, Larsen, S., Holst, Jens Juul, Vilsbøll, Tina & Knop, Filip Krag, 1 jun. 2016, I: Diabetes. 65, 6, s. 1752 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt

    136. A Proteomics Approach to the Protein Normalization Problem: Selection of Unvarying Proteins for MS-Based Proteomics and Western Blotting

      Wiśniewski, J. R. & Mann, Matthias, 1 jul. 2016, I: Journal of Proteome Research. 15, 7, s. 2321-6 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    137. Glutathione peroxidase 3 localizes to the epithelial lining fluid and the extracellular matrix in interstitial lung disease

      Schamberger, A. C., Schiller, H. B., Fernandez, I. E., Sterclova, M., Heinzelmann, K., Hennen, E., Hatz, R., Behr, J., Vašáková, M., Mann, Matthias, Eickelberg, O. & Staab-Weijnitz, C. A., 20 jul. 2016, I: Scientific Reports. 6, s. 29952

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    138. HCD Fragmentation of Glycated Peptides

      Keilhauer, E. C., Geyer, P. E. & Mann, Matthias, 5 aug. 2016, I: Journal of Proteome Research. 15, 8, s. 2881-90 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    139. Circular non-coding RNA ANRIL modulates ribosomal RNA maturation and atherosclerosis in humans

      Holdt, L. M., Stahringer, A., Sass, K., Pichler, G., Kulak, N. A., Wilfert, W., Kohlmaier, A., Herbst, A., Northoff, B. H., Nicolaou, A., Gäbel, G., Beutner, F., Scholz, M., Thiery, J., Musunuru, K., Krohn, K., Mann, Matthias & Teupser, D., 19 aug. 2016, I: Nature Communications. 7, s. 12429

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    140. p53 down-regulates SARS coronavirus replication and is targeted by the SARS-unique domain and PLpro via E3 ubiquitin ligase RCHY1

      Ma-Lauer, Y., Carbajo-Lozoya, J., Hein, M. Y., Müller, M. A., Deng, W., Lei, J., Meyer, B., Kusov, Y., von Brunn, B., Bairad, D. R., Hünten, S., Drosten, C., Hermeking, H., Leonhardt, H., Mann, Matthias, Hilgenfeld, R. & von Brunn, A., 30 aug. 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 35, s. E5192-201

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    141. The Perseus computational platform for comprehensive analysis of (prote)omics data

      Tyanova, S., Temu, T., Sinitcyn, P., Carlson, A., Hein, M. Y., Geiger, T., Mann, Matthias & Cox, J., sep. 2016, I: Nature Methods. 13, 9, s. 731-40 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    142. Udgivet

      Mass-spectrometric exploration of proteome structure and function

      Aebersold, R. & Mann, Matthias, 15 sep. 2016, I: Nature. 537, 7620, s. 347-55 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    143. Soluble Oligomers of PolyQ-Expanded Huntingtin Target a Multiplicity of Key Cellular Factors

      Kim, Y. E., Hosp, F., Frottin, F., Ge, H., Mann, Matthias, Hayer-Hartl, M. & Hartl, F. U., 15 sep. 2016, I: Molecular Cell. 63, 6, s. 951-64 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    144. Proteomics to study DNA-bound and chromatin-associated gene regulatory complexes

      Wierer, M. & Mann, Matthias, 1 okt. 2016, I: Human Molecular Genetics. 25, R2, s. R106-R114

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    145. L-Arginine Modulates T Cell Metabolism and Enhances Survival and Anti-tumor Activity

      Geiger, R., Rieckmann, J. C., Wolf, T., Basso, C., Feng, Y., Fuhrer, T., Kogadeeva, M., Picotti, P., Meissner, F., Mann, Matthias, Zamboni, N., Sallusto, F. & Lanzavecchia, A., 20 okt. 2016, I: Cell. 167, 3, s. 829-842.e13

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    146. Udgivet

      Activation of the ATR kinase by the RPA-binding protein ETAA1

      Haahr, Peter Thorlund, Hoffmann, Saskia, Tollenaere, M. A. X., Ho, T., Toledo Lazaro, L. I., Mann, Matthias, Bekker-Jensen, Simon Holst, Räschle, M. & Mailand, Niels, nov. 2016, I: Nature Cell Biology. 18, 11, s. 1196–1207

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    147. Origins of mass spectrometry-based proteomics

      Mann, Matthias, nov. 2016, I: Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 17, 11, s. 678

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    148. Udgivet

      SCAI promotes DNA double-strand break repair in distinct chromosomal contexts

      Hansen, R. K., Mund, A., Poulsen, S. L., Sandoval, M., Klement, K., Tsouroula, K., Tollenaere, M. A. X., Räschle, M., Soria, R., Offermanns, S., Worzfeld, T., Grosse, R., Brandt, D. T., Rozell, B., Mann, M., Cole, F., Soutoglou, E., Goodarzi, A. A., Daniel, J. A., Mailand, N. & 1 flere, Bekker-Jensen, Simon Holst, 7 nov. 2016, I: Nature Cell Biology. 18, 12, s. 1357–1366

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

    149. Glucose-regulated and drug-perturbed phosphoproteome reveals molecular mechanisms controlling insulin secretion

      Sacco, F., Humphrey, S. J., Cox, J., Mischnik, M., Schulte, A., Klabunde, T., Schäfer, M. & Mann, Matthias, 14 nov. 2016, I: Nature Communications. 7, s. 13250

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    150. Direct identification of clinically relevant neoepitopes presented on native human melanoma tissue by mass spectrometry

      Bassani-Sternberg, M., Bräunlein, E., Klar, R., Engleitner, T., Sinitcyn, P., Audehm, S., Straub, M., Weber, J., Slotta-Huspenina, J., Specht, K., Martignoni, M. E., Werner, A., Hein, R., H Busch, D., Peschel, C., Rad, R., Cox, J., Mann, Matthias & Krackhardt, A. M., 21 nov. 2016, I: Nature Communications. 7, s. 13404

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    151. C9ORF72 interaction with cofilin modulates actin dynamics in motor neurons

      Sivadasan, R., Hornburg, D., Drepper, C., Frank, N., Jablonka, S., Hansel, A., Lojewski, X., Sterneckert, J., Hermann, A., Shaw, P. J., Ince, P. G., Mann, Matthias, Meissner, F. & Sendtner, M., dec. 2016, I: Nature Neuroscience. 19, 12, s. 1610-1618 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    152. Udgivet

      Proteomics reveals the effects of sustained weight loss on the human plasma proteome

      Geyer, P. E., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Tyanova, S., Grassl, N., Iepsen, E. P. W., Lundgren, J., Madsbad, Sten, Holst, Jens Juul, Torekov, Signe Sørensen & Mann, Matthias, 22 dec. 2016, I: Molecular Systems Biology. 12, 16 s., 901.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    153. 2017

    154. Deep Proteome Profiling Reveals Common Prevalence of MZB1-positive Plasma B Cells in Human Lung and Skin Fibrosis

      Schiller, H. B., Mayr, C. H., Leuschner, G., Strunz, M., Staab-Weijnitz, C., Preisendörfer, S., Eckes, B., Moinzadeh, P., Krieg, T., Schwartz, D. A., Hatz, R. A., Behr, J., Mann, Matthias & Eickelberg, O., 2017, I: American Journal of Respiratory and Critical Care Medicine. 196, 10, s. 1298–1310

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    155. Lysine acetylome profiling uncovers novel histone deacetylase substrate proteins in Arabidopsis

      Hartl, M., Füßl, M., Boersema, P. J., Jost, J., Kramer, K., Bakirbas, A., Sindlinger, J., Plöchinger, M., Leister, D., Uhrig, G., Moorhead, G. B., Cox, J., Salvucci, M. E., Schwarzer, D., Mann, Matthias & Finkemeier, I., 2017, I: Molecular Systems Biology. 13, 10, 16 s., 949.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    156. Udgivet

      Plenary Lecture Proteomics technologies for signaling, clinical applications

      Mann, Matthias, 2017, s. S62. 1 s.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    157. Phosphorylation Is a Central Mechanism for Circadian Control of Metabolism and Physiology

      Robles, M. S., Humphrey, S. J. & Mann, Matthias, 10 jan. 2017, I: Cell Metabolism. 25, 1, s. 118-127 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    158. CRL2(Lrr1) promotes unloading of the vertebrate replisome from chromatin during replication termination

      Dewar, J. M., Low, E., Mann, Matthias, Räschle, M. & Walter, J. C., 1 feb. 2017, I: Genes & Development. 31, 3, s. 275-290 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    159. Phylointeractomics reconstructs functional evolution of protein binding

      Kappei, D., Scheibe, M., Paszkowski-Rogacz, M., Bluhm, A., Gossmann, T. I., Dietz, S., Dejung, M., Herlyn, H., Buchholz, F., Mann, Matthias & Butter, F., 8 feb. 2017, I: Nature Communications. 8, s. 14334

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    160. Widespread Proteome Remodeling and Aggregation in Aging C. elegans

      Walther, D. M., Kasturi, P., Zheng, M., Pinkert, S., Vecchi, G., Ciryam, P., Morimoto, R. I., Dobson, C. M., Vendruscolo, M., Mann, Matthias & Hartl, F. U., 23 feb. 2017, I: Cell. 168, 5, s. 944

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    161. Lysine acetylation in mitochondria: From inventory to function

      Hosp, F., Lassowskat, I., Santoro, V., De Vleesschauwer, D., Fliegner, D., Redestig, H., Mann, Matthias, Christian, S., Hannah, M. A. & Finkemeier, I., mar. 2017, I: Mitochondrion. 33, s. 58-71 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    162. Udgivet

      Loss-less Nano-fractionator for High Sensitivity, High Coverage Proteomics

      Kulak, N. A., Geyer, P. E. & Mann, Matthias, apr. 2017, I: Molecular and Cellular Proteomics. 16, 4, s. 694-705 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    163. Social network architecture of human immune cells unveiled by quantitative proteomics

      Rieckmann, J. C., Geiger, R., Hornburg, D., Wolf, T., Kveler, K., Jarrossay, D., Sallusto, F., Shen-Orr, S. S., Lanzavecchia, A., Mann, Matthias & Meissner, F., maj 2017, I: Nature Immunology. 18, 5, s. 583-593 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    164. H3.Y discriminates between HIRA and DAXX chaperone complexes and reveals unexpected insights into human DAXX-H3.3-H4 binding and deposition requirements

      Zink, L., Delbarre, E., Eberl, H. C., Keilhauer, E. C., Bönisch, C., Pünzeler, S., Bartkuhn, M., Collas, P., Mann, Matthias & Hake, S. B., 2 jun. 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 10, s. 5691-5706 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    165. Single Muscle Fiber Proteomics Reveals Fiber-Type-Specific Features of Human Muscle Aging

      Murgia, M., Toniolo, L., Nagaraj, N., Ciciliot, S., Vindigni, V., Schiaffino, S., Reggiani, C. & Mann, Matthias, 13 jun. 2017, I: Cell Reports. 19, 11, s. 2396-2409 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    166. Multivalent binding of PWWP2A to H2A.Z regulates mitosis and neural crest differentiation

      Pünzeler, S., Link, S., Wagner, G., Keilhauer, E. C., Kronbeck, N., Spitzer, R. M., Leidescher, S., Markaki, Y., Mentele, E., Regnard, C., Schneider, K., Takahashi, D., Kusakabe, M., Vardabasso, C., Zink, L. M., Straub, T., Bernstein, E., Harata, M., Leonhardt, H., Mann, M. & 2 flere, Rupp, R. A. & Hake, S. B., 1 aug. 2017, I: E M B O Journal. 36, 15, s. 2263-2279 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    167. A Stat6/Pten Axis Links Regulatory T Cells with Adipose Tissue Function

      Kälin, S., Becker, M., Ott, V. B., Serr, I., Hosp, F., Mollah, M. M. H., Keipert, S., Lamp, D., Rohner-Jeanrenaud, F., Flynn, V. K., Scherm, M. G., Nascimento, L. F. R., Gerlach, K., Popp, V., Dietzen, S., Bopp, T., Krishnamurthy, P., Kaplan, M. H., Serrano, M., Woods, S. C. & 10 flere, Tripal, P., Palmisano, R., Jastroch, M., Blüher, M., Wolfrum, C., Weigmann, B., Ziegler, A., Mann, Matthias, Tschöp, M. H. & Daniel, C., 5 sep. 2017, I: Cell Metabolism. 26, 3, s. 475-492.e7

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    168. A proteomic atlas of insulin signalling reveals tissue-specific mechanisms of longevity assurance

      Tain, L. S., Sehlke, R., Jain, C., Chokkalingam, M., Nagaraj, N., Essers, P., Rassner, M., Grönke, S., Froelich, J., Dieterich, C., Mann, Matthias, Alic, N., Beyer, A. & Partridge, L., 15 sep. 2017, I: Molecular Systems Biology. 13, 9, s. 939

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    169. Udgivet

      Revisiting biomarker discovery by plasma proteomics

      Geyer, P. E., Holdt, L. M., Teupser, D. & Mann, Matthias, 26 sep. 2017, I: Molecular Systems Biology. 13, 9, 16 s., 942.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    170. Udgivet

      Why is it so difficult to measure glucagon-like peptide-1 in a mouse?

      Windeløv, Johanne Agerlin, Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Kuhre, Rune Ehrenreich, Jepsen, Sara Lind, Hornburg, D., Pedersen, Jens, Jensen, E. P., Galsgaard, Katrine Douglas, Winther-Sørensen, Marie, Ørgaard, A., Deacon, Carolyn F., Mann, Matthias, Kissow, Hannelouise, Hartmann, Bolette & Holst, Jens Juul, okt. 2017, I: Diabetologia. 60, 10, s. 2066-2075 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    171. Udgivet

      Circulating Glucagon 1-61 Regulates Blood Glucose by Increasing Insulin Secretion and Hepatic Glucose Production

      Albrechtsen, N. J. W., Kuhre, R. E., Hornburg, D., Jensen, C. Z., Hornum, M., Dirksen, C., Svane, M., Gasbjerg, L. S., Jorgensen, N. B., Gabe, M. N., Balk-Moller, E., Albrechtsen, R., Winther-Sorensen, M., Galsgaard, K. D., Meissner, F., Jorsal, T., Lund, A., Vilsboll, T., Eliasen, R., Bojsen-Moller, K. N. & 9 flere, Idorn, T., Deacon, Carolyn F., Knop, Filip Krag, Rosenkilde, Mette, Hartmann, Bolette, Feldt-Rasmussen, Bo, Mann, Matthias, Madsbad, Sten & Holst, Jens Juul, nov. 2017, I: Cell Reports. 21, 6, s. 1452-1460

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    172. Udgivet

      A Primer on Concepts and Applications of Proteomics in Neuroscience

      Hosp, F. & Mann, Matthias, 1 nov. 2017, I: Neuron. 96, 3, s. 558-571 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    173. Systematic proteomic analysis of LRRK2-mediated Rab GTPase phosphorylation establishes a connection to ciliogenesis

      Steger, M., Diez, F., Dhekne, H. S., Lis, P., Nirujogi, R. S., Karayel, O., Tonelli, F., Martinez, T. N., Lorentzen, E., Pfeffer, S. R., Alessi, D. R. & Mann, Matthias, 10 nov. 2017, I: eLife. 6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    174. Udgivet

      Region and cell-type resolved quantitative proteomic map of the human heart

      Doll, S., Dreßen, M., Geyer, P. E., Itzhak, D. N., Braun, C., Doppler, S. A., Meier, F., Deutsch, M., Lahm, H., Lange, R., Krane, M. & Mann, Matthias, 13 nov. 2017, I: Nature Communications. 8, 1, 13 s., 1469.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    175. Spatiotemporal Proteomic Profiling of Huntington's Disease Inclusions Reveals Widespread Loss of Protein Function

      Hosp, F., Gutiérrez-Ángel, S., Schaefer, M. H., Cox, J., Meissner, F., Hipp, M. S., Hartl, F., Klein, R., Dudanova, I. & Mann, Matthias, 21 nov. 2017, I: Cell Reports. 21, 8, s. 2291-2303 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    176. 2018
    177. Udgivet

      A novel LC system embeds analytes in pre-formed gradients for rapid, ultra-robust proteomics

      Bache, N., Geyer, P. E., Bekker-Jensen, D. B., Hørning, O., Falkenby, L., Treit, P. V., Doll, S., Paron, I., Müller, J. B., Meier, F., Olsen, Jesper Velgaard, Vorm, O. & Mann, Matthias, 2018, I: Molecular and Cellular Proteomics. 17, 11, s. 2284-2296 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    178. Udgivet

      BoxCar acquisition method enables single-shot proteomics at a depth of 10,000 proteins in 100 minutes

      Meier, F., Geyer, P. E., Virreira Winter, S., Cox, J. & Mann, Matthias, 2018, I: Nature Methods. 15, 6, s. 440-448 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    179. Udgivet

      Constructing a cell-type resolved human liver proteome atlas: THU-034

      Niu, Lili, Geyer, P. & Mann, Matthias, 2018, I: Journal of Hepatology. 68, s. S138-S139

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    180. Udgivet

      EASI-tag enables accurate multiplexed and interference-free MS2-based proteome quantification

      Virreira Winter, S., Meier, F., Wichmann, C., Cox, J., Mann, Matthias & Meissner, F., 2018, I: Nature Methods. 15, 7, s. 527-530 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    181. Udgivet

      High-throughput and high-sensitivity phosphoproteomics with the EasyPhos platform

      Humphrey, S. J., Karayel, O., James, D. E. & Mann, Matthias, 2018, I: Nature Protocols (Print). 13, s. 1897-1916 20 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    182. Udgivet

      In vivo brain GPCR signaling elucidated by phosphoproteomics

      Liu, J. J., Sharma, K., Zangrandi, L., Chen, C., Humphrey, S. J., Chiu, Y., Spetea, M., Liu-Chen, L., Schwarzer, C. & Mann, Matthias, 2018, I: Science (New York, N.Y.). 360, 6395, s. 1-11

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    183. In-depth proteomic analyses of (greenlip abalone) nacre and prismatic organic shell matrix

      Mann, K., Cerveau, N., Gummich, M., Fritz, M., Mann, Matthias & Jackson, D. J., 2018, I: Proteome Science. 16, s. 11

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    184. Udgivet

      Mechanism of replication-coupled DNA-protein crosslink proteolysis by SPRTN and the proteasome

      Gao, A., Larsen, N., Sparks, J., Gallina, I., Mann, Matthias, Räschle, M., Walter, J. & Duxin, Julien, 2018, bioRxiv, 54 s.

      Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

    185. Molecular and structural architecture of polyQ aggregates in yeast

      Gruber, A., Hornburg, D., Antonin, M., Krahmer, N., Collado, J., Schaffer, M., Zubaite, G., Lüchtenborg, C., Sachsenheimer, T., Brügger, B., Mann, Matthias, Baumeister, W., Hartl, F. U., Hipp, M. S. & Fernández-Busnadiego, R., 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    186. Udgivet

      Multi-level Proteomics Identifies CT45 as a Chemosensitivity Mediator and Immunotherapy Target in Ovarian Cancer

      Coscia, F., Lengyel, E., Duraiswamy, J., Ashcroft, B., Bassani-Sternberg, M., Wierer, M., Johnson, A., Wroblewski, K., Montag, A., Yamada, S. D., López-Méndez, B., Nilsson, Jakob, Mund, Andreas, Mann, Matthias & Curtis, M., 2018, I: Cell. 175, 1, s. 159-170.e16

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    187. Udgivet

      Online parallel accumulation - serial fragmentation (PASEF) with a novel trapped ion mobility mass spectrometer

      Meier, F., Brunner, A., Koch, S., Koch, H., Lubeck, M., Krause, M., Goedecke, N., Decker, J., Kosinski, T., Park, M. A., Bache, N., Hoerning, O., Cox, J., Räther, O. & Mann, Matthias, 2018, I: Molecular and Cellular Proteomics. 17, 12, s. 2534-2545

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    188. Udgivet

      Opinion: Advocating for science progress as a human right

      Porsdam Mann, Sebastian, Donders, Y., Mitchell, C., Bradley, V. J., Chou, M. F., Mann, Matthias, Church, G. & Porsdam, Helle, 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 43, s. 10820-10823 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Formidling

    189. Udgivet

      Organellar Proteomics and Phospho-Proteomics Reveal Subcellular Reorganization in Diet-Induced Hepatic Steatosis

      Krahmer, N., Najafi, B., Schueder, F., Quagliarini, F., Steger, M., Seitz, S., Kasper, R., Salinas, F., Cox, J., Uhlenhaut, N. H., Walther, T. C., Jungmann, R., Zeigerer, A., Borner, G. H. H. & Mann, Matthias, 2018, I: Developmental Cell. 47, 2, s. 205-221.E7

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    190. Udgivet

      Plasma Proteome Profiling Reveals Dynamics of Inflammatory and Lipid Homeostasis Markers after Roux-En-Y Gastric Bypass Surgery

      Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Geyer, P. E., Doll, S., Treit, P. V., Bojsen-Møller, K. N., Martinussen, C., Jørgensen, N. B., Torekov, Signe Sørensen, Meier, F., Niu, Lili, Santos, A., Keilhauer, E. C., Holst, Jens Juul, Madsbad, Sten & Mann, Matthias, 2018, I: Cell Systems. 7, 6, s. 601-612

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    191. Udgivet

      Proteomics in the Study of Liver Diseases

      Niu, Lili, Geyer, P. E. & Mann, Matthias, 2018, The Human Gut-Liver-Axis in Health and Disease. Krag, A. & Hansen, T. (red.). Springer, s. 165-193

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    192. Udgivet

      Quality control for plasma and cerebrospinal fluid samples using mass spectrometry

      Skotte, N. H., Geyer, P. E., Steger, M., Treit, P. V., Voytik, E., Hellem, M. N., Nielsen, Jørgen Erik & Mann, Matthias, 2018, I: Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry. 89, s. A31-A32

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    193. Udgivet

      Rapid proteomic analysis for solid tumors reveals LSD1 as a drug target in an end-stage cancer patient

      Doll, S., Kriegmair, M. C., Santos, A., Wierer, M., Coscia, F., Neil, H. M., Porubsky, S., Geyer, P. E., Mund, Andreas, Nuhn, P. & Mann, Matthias, 2018, I: Molecular Oncology. 12, 8, s. 1296-1307 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    194. The Transcription Factor ETV1 Induces Atrial Remodeling and Arrhythmia

      Rommel, C., Rösner, S., Lother, A., Barg, M., Schwaderer, M., Gilsbach, R., Bömicke, T., Schnick, T., Mayer, S., Doll, S., Hesse, M., Kretz, O., Stiller, B., Neumann, F., Mann, Matthias, Krane, M., Fleischmann, B. K., Ravens, U. & Hein, L., 2018, I: Circulation Research. 123, 5, s. 550-563 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    195. The hemicellulose-degrading enzyme system of the thermophilic bacterium Clostridium stercorarium: comparative characterisation and addition of new hemicellulolytic glycoside hydrolases

      Broeker, J., Mechelke, M., Baudrexl, M., Mennerich, D., Hornburg, D., Mann, Matthias, Schwarz, W. H., Liebl, W. & Zverlov, V. V., 2018, I: Biotechnology for Biofuels. 11, s. 229

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    196. Development of phospho-specific Rab protein antibodies to monitor in vivo activity of the LRRK2 Parkinson's disease kinase

      Lis, P., Burel, S., Steger, M., Mann, Matthias, Brown, F., Diez, F., Tonelli, F., Holton, J. L., Ho, P. W., Ho, S., Chou, M., Polinski, N. K., Martinez, T. N., Davies, P. & Alessi, D. R., jan. 2018, I: Biochemical Journal. 475, 1, 22 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    197. Novel and shared neoantigen derived from histone 3 variant H3.3K27M mutation for glioma T cell therapy

      Chheda, Z. S., Kohanbash, G., Okada, K., Jahan, N., Sidney, J., Pecoraro, M., Yang, X., Carrera, D. A., Downey, K. M., Shrivastav, S., Liu, S., Lin, Y., Lagisetti, C., Chuntova, P., Watchmaker, P. B., Mueller, S., Pollack, I. F., Rajalingam, R., Carcaboso, A. M., Mann, M. & 4 flere, Sette, A., Garcia, K. C., Hou, Y. & Okada, H., jan. 2018, I: The Journal of Experimental Medicine. 215, 1, s. 141-157 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    198. The non-classical nuclear import carrier Transportin 1 modulates circadian rhythms through its effect on PER1 nuclear localization

      Korge, S., Maier, B., Brüning, F., Ehrhardt, L., Korte, T., Mann, Matthias, Herrmann, A., Robles, M. S. & Kramer, A., jan. 2018, I: P L o S Genetics. 14, 1, s. e1007189

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    199. Compartment-resolved Proteomic Analysis of Mouse Aorta during Atherosclerotic Plaque Formation Reveals Osteoclast-specific Protein Expression

      Wierer, M., Prestel, M., Schiller, H., Yan, G., Schaab, C., Azghandi, S., Werner, J., Kessler, T., Malik, R., Murgia, M., Aherrahrou, Z., Schunkert, H., Dichgans, M. & Mann, Matthias, feb. 2018, I: Molecular and Cellular Proteomics.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    200. Phosphoproteomic approach for agonist-specific signaling in mouse brains: mTOR pathway is involved in κ opioid aversion

      Liu, J. J., Chiu, Y., DiMattio, K. M., Chen, C., Huang, P., Gentile, T. A., Muschamp, J. W., Cowan, A., Mann, Matthias & Liu-Chen, L., 20 jul. 2018, (E-pub ahead of print) I: Neuropsychopharmacology : official publication of the American College of Neuropsychopharmacology.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    201. UBL3 modification influences protein sorting to small extracellular vesicles

      Ageta, H., Ageta-Ishihara, N., Hitachi, K., Karayel, O., Onouchi, T., Yamaguchi, H., Kahyo, T., Hatanaka, K., Ikegami, K., Yoshioka, Y., Nakamura, K., Kosaka, N., Nakatani, M., Uezumi, A., Ide, T., Tsutsumi, Y., Sugimura, H., Kinoshita, M., Ochiya, T., Mann, M. & 2 flere, Setou, M. & Tsuchida, K., 26 sep. 2018, I: Nature Communications. 9, 1, s. 3936

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    202. PWWP2A binds distinct chromatin moieties and interacts with an MTA1-specific core NuRD complex

      Link, S., Spitzer, R. M. M., Sana, M., Torrado, M., Völker-Albert, M. C., Keilhauer, E. C., Burgold, T., Pünzeler, S., Low, J. K. K., Lindström, I., Nist, A., Regnard, C., Stiewe, T., Hendrich, B., Imhof, A., Mann, Matthias, Mackay, J. P., Bartkuhn, M. & Hake, S. B., 16 okt. 2018, I: Nature Communications. 9, 1, s. 4300

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    203. Udgivet

      The proteome of prostate cancer bone metastasis reveals heterogeneity with prognostic implications

      Iglesias Gato, Diego, Thysell, E., Tyanova, S., Crnalic, S., Santos, A., Lima, T. S., Geiger, T., Cox, J., Widmark, A., Bergh, A., Mann, Matthias, Flores-Morales, A. & Wikström, P., 1 nov. 2018, I: Clinical Cancer Research. 24, 21, s. 5433-5444 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    204. Udgivet

      Proteomics for blood biomarker exploration of severe mental illness: pitfalls of the past and potential for the future

      Comes, A. L., Papiol, S., Mueller, T., Geyer, P. E., Mann, Matthias & Schulze, T. G., 1 dec. 2018, I: Translational Psychiatry. 8, s. 1-15 15 s., 160.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    205. 2019
    206. Udgivet

      A spatially resolved proteomic atlas of human skin and its associated immune system

      Dyring-Andersen, Beatrice, Coscia, F., Santos, A., Løvendorf, M. B., Sørensen, L. B. P., Niu, Lili, Andersen, J. L., Clark, R., Skov, L., Teunissen, M. B. & Mann, Matthias, 2019, I: Journal of Investigative Dermatology. 139, 9, suppl., s. S259 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    207. Udgivet

      A spatially resolved proteomic atlas of psoriatic skin

      Dyring-Andersen, Beatrice, Lovendorf, M. B., Santos, A., Coscia, F., Sørensen, L. B. P., Niu, Lili, Andersen, J. L., Teunissen, M. B., Skov, L. & Mann, Matthias, 2019, I: Journal of Investigative Dermatology. 139, 9, suppl., s. S260 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    208. Udgivet

      Catching Lipid Droplet Contacts by Proteomics

      Krahmer, N. & Mann, Matthias, 2019, I: Contact. 2, s. 1-8 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    209. Udgivet

      Development, use, application of novel TIMS-Tof system

      Mann, Matthias, 2019, I: Molecular & Cellular Proteomics. 18, 8, s. S20 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    210. Udgivet

      Efficient mitotic checkpoint signaling depends on integrated activities of Bub1 and the RZZ complex

      Zhang, G., Kruse, Thomas, Guasch Boldú, C., Garvanska, Dimitriya Hristoforova, Coscia, F., Mann, Matthias, Barisic, Marin & Nilsson, Jakob, 2019, I: E M B O Journal. 38, 7, e100977.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    211. Udgivet

      Hepatic Rab24 controls blood glucose homeostasis via improving mitochondrial plasticity

      Seitz, S., Kwon, Y., Hartleben, G., Juelg, J., Sekar, R., Krahmer, N., Najafi, B., Loft, A., Gancheva, S., Stemmer, K., Feuchtinger, A., de Angelis, M. H., Mueller, T. D., Mann, M., Blueher, M., Roden, M., Diaz, M. B., Behrends, C., Gilleron, J., Herzig, S. & 1 flere, Zeigerer, A., 2019, I: Nature Metabolism. 1, s. 1009-1026

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    212. Udgivet

      MaxQuant.Live enables global targeting of more than 25,000 peptides

      Wichmann, C., Meier, F., Virreira Winter, S., Brunner, A., Cox, J. & Mann, Matthias, 2019, I: Molecular and Cellular Proteomics. 18, 5, s. 982-994 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    213. Udgivet

      Mesothelial Cell HIF1α Expression Is Metabolically Downregulated by Metformin to Prevent Oncogenic Tumor-Stromal Crosstalk

      Hart, P. C., Kenny, H. A., Grassl, N., Watters, K. M., Litchfield, L. M., Coscia, F., Blaženović, I., Ploetzky, L., Fiehn, O., Mann, Matthias, Lengyel, E. & Romero, I. L., 2019, I: Cell Reports. 29, 12, s. 4086-4098.e6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    214. Udgivet

      Metallopeptidase Inhibitor 1 (TIMP-1) promotes receptor tyrosine kinase c-Kit signaling in colorectal cancer

      Nordgaard, C., Doll, S., Matos, A. L. D. S. A., Høeberg, M., Kazi, J. U., Friis, S., Stenvang, Jan, Rönnstrand, L., Mann, Matthias & Moreira, José, 2019, I: Molecular Oncology. 13, 12, s. 2646-2662

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    215. Udgivet

      Mobi-DIK (Ion Mobility DIA Analysis Kit): Targeted analysis software for diaPASEF data improves proteome coverage

      Ha, A., Frank, M., Meier, F., Brunner, A., Kaspar-Schoenefeld, S., Koch, S., Lubeck, M., Raether, O., Collins, B. C., Aebersold, R., Mann, Matthias & Rost, H., 2019, I: Molecular & Cellular Proteomics. 18, 8, s. S17 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    216. Udgivet

      Myosin binding protein H-like (MYBPHL): a promising biomarker to predict atrial damage

      Lahm, H., Dressen, M., Beck, N., Doppler, S., Deutsch, M., Matsushima, S., Neb, I., Koenig, K. C., Sideris, K., Voss, S., Eschenbach, L., Puluca, N., Deisenhofer, I., Doll, S., Holdenrieder, S., Mann, Matthias, Lange, R. & Krane, M., 2019, I: Scientific Reports. 9, 8 s., 9986.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    217. Udgivet

      Neurodevelopmental deficits in human isogenic fragile x syndrome neurons

      Utami, K., Skotte, N. H., Colaco, A. R. -., Yusof, N. A. B. M., Sim, B., Yeo, X. Y., Bae, H., Garcia-Miralles, M., Radulescu, C., Jung, S., Mann, Matthias & Pouladi, M., 2019, I: Journal of Neurochemistry. 150, s. 103 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    218. Udgivet

      Parallel accumulation - serial fragmentation combined with data-independent acquisition (diaPASEF)

      Meier, F., Brunner, A., Frank, M., Ha, A., Voytik, E., Kaspar-Schoenefeld, S., Lubeck, M., Raether, O., Aebersold, R., Collins, B. C., Roest, H. L. & Mann, Matthias, 2019, I: Molecular & Cellular Proteomics. 18, 8, s. S17 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    219. Udgivet

      Plasma Proteome Profiling to detect and avoid sample-related biases in biomarker studies

      Geyer, P. E., Voytik, E., Treit, P. V., Doll, S., Kleinhempel, A., Niu, Lili, Müller, J. B., Buchholtz, M., Bader, J. M., Teupser, D., Holdt, L. M. & Mann, Matthias, 2019, I: EMBO Molecular Medicine. 11, 11, e10427.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    220. Udgivet

      Plasma proteome profiling discovers novel proteins associated with non-alcoholic fatty liver disease

      Niu, Lili, Geyer, P. E., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Gluud, Lise Lotte, Santos, A., Doll, S., Treit, P. V., Holst, Jens Juul, Knop, Filip Krag, Vilsbøll, Tina, Junker, A., Sachs, S., Stemmer, K., Müller, T. D., Tschöp, M. H., Hofmann, S. M. & Mann, Matthias, 2019, I: Molecular Systems Biology. 15, 16 s., e8793.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    221. Udgivet

      Proteomics of Cytochrome c Oxidase-Negative versus -Positive Muscle Fiber Sections in Mitochondrial Myopathy

      Murgia, M., Tan, J., Geyer, P. E., Doll, S., Mann, Matthias & Klopstock, T., 2019, I: Cell Reports. 29, 12, s. 3825-3834 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    222. Udgivet

      Proteomics reveals NNMT as a master metabolic regulator of cancer-associated fibroblasts

      Eckert, M. A., Coscia, F., Chryplewicz, A., Chang, J. W., Hernandez, K. M., Pan, S., Tienda, S. M., Nahotko, D. A., Li, G., Blaženović, I., Lastra, R. R., Curtis, M., Yamada, S. D., Perets, R., McGregor, S. M., Andrade, J., Fiehn, O., Moellering, R. E., Mann, Matthias & Lengyel, E., 2019, I: Nature. 569, 7758, s. 723-728

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

    223. Udgivet

      Proteomics-Based Comparative Mapping of the Secretomes of Human Brown and White Adipocytes Reveals EPDR1 as a Novel Batokine

      Deshmukh, A. S., Peijs, L., Beaudry, J. L., Jespersen, N. Z., Nielsen, C. H., Ma, T., Brunner, A. D., Larsen, T. J., Bayarri-Olmos, R., Prabhakar, B. S., Helgstrand, C., Severinsen, M. C. K., Holst, B., Kjaer, A., Tang-Christensen, M., Sanfridson, A., Garred, P., Privé, G. G., Pedersen, B. K., Gerhart-Hines, Z. & 4 flere, Nielsen, S., Drucker, D. J., Mann, Matthias & Schéele, Camilla Charlotte Nielsen, 2019, I: Cell Metabolism. 30, 5, s. 963-975.e7 21 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    224. Udgivet

      Quick and clean: Cracking sentences encoded in E. coli by LC-MS/MS, de novo sequencing, and dictionary search

      Niu, Lili & Mann, Matthias, 2019, I: EuPA Open Proteomics. 22-23, s. 30-35 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    225. Udgivet

      Replication-Coupled DNA-Protein Crosslink Repair by SPRTN and the Proteasome in Xenopus Egg Extracts

      Larsen, N. B., Gao, A. O., Sparks, J. L., Gallina, I., Wu, R. A., Mann, Matthias, Räschle, M., Walter, J. C. & Duxin, Julien, 2019, I: Molecular Cell. 73, 3, s. 574-588.e7 23 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    226. Udgivet

      Response to Raaijmakers & Medema

      Zhang, G., Kruse, Thomas, Boldú, C. G., Garvanska, Dimitriya Hristoforova, Coscia, F., Mann, Matthias, Barisic, Marin & Nilsson, Jakob, 2019, I: The EMBO Journal. 38, 22, 5 s., e103547.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

    227. Udgivet

      SILAC-based quantitative mass spectrometry-based proteomics quantifies endoplasmic reticulum stress in whole HeLa cells

      Itzhak, D. N., Sacco, F., Nagaraj, N., Tyanova, S., Mann, Matthias & Murgia, M., 2019, I: Disease Models & Mechanisms. 12, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    228. Udgivet

      Sleep-wake cycles drive daily dynamics of synaptic phosphorylation

      Brüning, F., Noya, S. B., Bange, T., Koutsouli, S., Rudolph, J. D., Tyagarajan, S. K., Cox, J., Mann, Matthias, Brown, S. A. & Robles, M. S., 2019, I: Science (New York, N.Y.). 366, 6462, eaav3617 .

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    229. Udgivet

      The CMG Helicase Bypasses DNA-Protein Cross-Links to Facilitate Their Repair

      Sparks, J. L., Chistol, G., Gao, A. O., Räschle, M., Larsen, N. B., Mann, Matthias, Duxin, Julien & Walter, J. C., 2019, I: Cell. 176, 1-2, s. 167-181.e21

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    230. Udgivet

      The Case for Proteomics and Phospho-Proteomics in Personalized Cancer Medicine

      Doll, S., Gnad, F. & Mann, Matthias, 2019, I: Proteomics - Clinical Applications. 13, 2, 10 s., e1800113.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    231. Udgivet

      The ever expanding scope of electrospray mass spectrometry-a 30 year journey

      Mann, Matthias, 2019, I: Nature Communications. 10, 3744.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

    232. Udgivet

      The forebrain synaptic transcriptome is organized by clocks but its proteome is driven by sleep

      Noya, S. B., Colameo, D., Brüning, F., Spinnler, A., Mircsof, D., Opitz, L., Mann, Matthias, Tyagarajan, S. K., Robles, M. S. & Brown, S. A., 2019, I: Science. 366, 6462, eaav2642 .

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    233. An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics

      Angelidis, I., Simon, L. M., Fernandez, I. E., Strunz, M., Mayr, C. H., Greiffo, F. R., Tsitsiridis, G., Ansari, M., Graf, E., Strom, T., Nagendran, M., Desai, T., Eickelberg, O., Mann, Matthias, Theis, F. J. & Schiller, H. B., 27 feb. 2019, I: Nature Communications. 10, 1, s. 963

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    234. A protein-interaction network of interferon-stimulated genes extends the innate immune system landscape

      Hubel, P., Urban, C., Bergant, V., Schneider, W. M., Knauer, B., Stukalov, A., Scaturro, P., Mann, A., Brunotte, L., Hoffmann, H. H., Schoggins, J. W., Schwemmle, M., Mann, Matthias, Rice, C. M. & Pichlmair, A., 4 mar. 2019, (E-pub ahead of print) I: Nature Immunology.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    235. Phosphoproteomics Reveals the GSK3-PDX1 Axis as a Key Pathogenic Signaling Node in Diabetic Islets

      Sacco, F., Seelig, A., Humphrey, S. J., Krahmer, N., Volta, F., Reggio, A., Marchetti, P., Gerdes, J. & Mann, Matthias, 7 mar. 2019, (E-pub ahead of print) I: Cell Metabolism.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    236. Cortical circuit alterations precede motor impairments in Huntington's disease mice

      Burgold, J., Schulz-Trieglaff, E. K., Voelkl, K., Gutiérrez-Ángel, S., Bader, J. M., Hosp, F., Mann, Matthias, Arzberger, T., Klein, R., Liebscher, S. & Dudanova, I., 29 apr. 2019, I: Scientific Reports. 9, 1, s. 6634

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    237. Multi-omic Profiling Reveals Dynamics of the Phased Progression of Pluripotency

      Yang, P., Humphrey, S. J., Cinghu, S., Pathania, R., Oldfield, A. J., Kumar, D., Perera, D., Yang, J. Y. H., James, D. E., Mann, Matthias & Jothi, R., 22 maj 2019, I: Cell Systems. 8, 5, s. 427-445.e10

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    238. Fibro-adipogenic progenitors of dystrophic mice are insensitive to NOTCH regulation of adipogenesis

      Marinkovic, M., Fuoco, C., Sacco, F., Cerquone Perpetuini, A., Giuliani, G., Micarelli, E., Pavlidou, T., Petrilli, L. L., Reggio, A., Riccio, F., Spada, F., Vumbaca, S., Zuccotti, A., Castagnoli, L., Mann, Matthias, Gargioli, C. & Cesareni, G., jun. 2019, I: Life Science Alliance. 2, 3

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    239. Key Features Relevant to Select Antigens and TCR From the MHC-Mismatched Repertoire to Treat Cancer

      Audehm, S., Glaser, M., Pecoraro, M., Bräunlein, E., Mall, S., Klar, R., Effenberger, M., Albers, J., Bianchi, H. D. O., Peper, J., Yusufi, N., Busch, D. H., Stevanović, S., Mann, Matthias, Antes, I. & Krackhardt, A. M., 28 jun. 2019, I: Frontiers in Immunology. 10, 1485.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    240. Udgivet

      Plasma proteome profiling discovers potential biomarkers of non-alcoholic fatty liver disease

      Niu, Lili, Gupta, R., Geyer, P. E., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Gluud, Lise Lotte, Santos, A., Doll, S., Holst, Jens Juul, Knop, Filip Krag, Vilsbøll, Tina, Junker, A., Sachs, S., Stemmer, K., Mueller, T. D., Tschoep, M. H., Hofmann, S. M. & Mann, Matthias, aug. 2019, I: Molecular & Cellular Proteomics. 18, 8, s. S71 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    241. The Atherosclerosis Risk Variant rs2107595 Mediates Allele-Specific Transcriptional Regulation of HDAC9 via E2F3 and Rb1

      Prestel, M., Prell-Schicker, C., Webb, T., Malik, R., Lindner, B., Ziesch, N., Rex-Haffner, M., Röh, S., Viturawong, T., Lehm, M., Mokry, M., den Ruijter, H., Haitjema, S., Asare, Y., Söllner, F., Najafabadi, M. G., Aherrahrou, R., Civelek, M., Samani, N. J., Mann, M. & 2 flere, Haffner, C. & Dichgans, M., okt. 2019, I: Stroke. 50, 10, s. 2651-2660 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    242. Interconversion between Anticipatory and Active GID E3 Ubiquitin Ligase Conformations via Metabolically Driven Substrate Receptor Assembly

      Qiao, S., Langlois, C. R., Chrustowicz, J., Sherpa, D., Karayel, O., Hansen, F. M., Beier, V., von Gronau, S., Bollschweiler, D., Schäfer, T., Alpi, A. F., Mann, Matthias, Prabu, J. R. & Schulman, B. A., 1 nov. 2019, (E-pub ahead of print) I: Molecular Cell.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    243. Defective glycosylation and multisystem abnormalities characterize the primary immunodeficiency XMEN disease

      Ravell, J. C., Matsuda-Lennikov, M., Chauvin, S. D., Zou, J., Biancalana, M., Deeb, S. J., Price, S., Su, H. C., Notarangelo, G., Jiang, P., Morawski, A., Kanellopoulou, C., Binder, K. W., Mukherjee, R., Anibal, J. T., Sellers, B., Zheng, L., He, T., George, A. B., Pittaluga, S. & 34 flere, Powers, A., Kleiner, D. E., Kapuria, D., Ghany, M., Hunsberger, S., Cohen, J. I., Uzel, G., Bergerson, J., Wolfe, L., Toro, C., Gahl, W., Folio, L. R., Matthews, H., Angelus, P., Chinn, I. K., Orange, J. S., Trujillo-Vargas, C. M., Franco, J. L., Orrego-Arango, J., Gutiérrez-Hincapié, S., Patel, N. C., Raymond, K., Patiroglu, T., Unal, E., Karakukcu, M., Day, A. G., Mehta, P., Masutani, E., De Ravin, S. S., Malech, H. L., Altan-Bonnet, G., Rao, V. K., Mann, Matthias & Lenardo, M. J., 5 nov. 2019, (E-pub ahead of print) I: The Journal of Clinical Investigation.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    244. A mass spectrometry guided approach for the identification of novel vaccine candidates in gram-negative pathogens

      Hornburg, D., Kruse, T., Anderl, F., Daschkin, C., Semper, R. P., Klar, K., Guenther, A., Mejías-Luque, R., Schneiderhan-Marra, N., Mann, Matthias, Meissner, F. & Gerhard, M., 22 nov. 2019, I: Scientific Reports. 9, 1, s. 17401

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    245. 2020
    246. Udgivet

      A Cell-Autonomous Signature of Dysregulated Protein Phosphorylation Underlies Muscle Insulin Resistance in Type 2 Diabetes

      Batista, T. M., Jayavelu, A. K., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Iovino, S., Lebastchi, J., Pan, H., Dreyfuss, J. M., Krook, A., Zierath, Juleen R, Mann, Matthias & Kahn, C. R., 2020, I: Cell Metabolism. 32, 5, s. 844-859.e5

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    247. Udgivet

      A Multi-Omics Approach to Liver Diseases: Integration of Single Nuclei Transcriptomics with Proteomics and HiCap Bulk Data in Human Liver

      Cavalli, M., Diamanti, K., Pan, G., Spalinskas, R., Kumar, C., Deshmukh, Atul Shahaji, Mann, Matthias, Sahlén, P., Komorowski, J. & Wadelius, C., 2020, I: O M I C S: A Journal of Integrative Biology. 24, 4, 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    248. Udgivet

      A streamlined mass spectrometry-based proteomics workflow for large scale FFPE tissue analysis

      Coscia, F., Doll, S., Bech, J. M., Schweizer, L., Mund, Andreas, Lengyel, E., Lindebjerg, J., Madsen, G. I., Moreira, José & Mann, Matthias, 2020, I: Journal of Pathology. 251, s. 110-112

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    249. Accurate MS-based Rab10 Phosphorylation Stoichiometry Determination as Readout for LRRK2 Activity in Parkinson’s Disease

      Karayel, O., Tonelli, F., Virreira Winter, S., Geyer, P. E., Fan, Y., Sammler, E. M., Alessi, D., Steger, M. & Mann, Matthias, 2020, I: Molecular and Cellular Proteomics. s. 1546-1560

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    250. Udgivet

      Atorvastatin for prevention of disease progression and hospitalisation in liver cirrhosis: protocol for a randomised, double-blind, placebo-controlled trial

      Kimer, N., Grønbæk, H., Fred, Rikard Göran, Hansen, Torben, Deshmukh, Atul Shahaji, Mann, Matthias & Bendtsen, Flemming, 2020, I: BMJ Open. 10, 1, 7 s., e035284.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    251. Udgivet

      Cell-Type- and Brain-Region-Resolved Mouse Brain Lipidome

      Fitzner, D., Bader, J. M., Penkert, H., Bergner, C. G., Su, M., Weil, M., Surma, M. A., Mann, Matthias, Klose, C. & Simons, M., 2020, I: Cell Reports. 32, 21 s., 108132.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    252. Udgivet

      FAM111 protease activity undermines cellular fitness and is amplified by gain-of-function mutations in human disease

      Hoffmann, Saskia, Pentakota, S., Mund, Andreas, Haahr, Peter Thorlund, Coscia, F., Gallo, M., Mann, Matthias, Taylor, Nicholas M I & Mailand, Niels, 2020, I: EMBO Reports. 21, 10, 14 s., e50662.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    253. Udgivet

      Integrative Analysis Identifies Key Molecular Signatures Underlying Neurodevelopmental Deficits in Fragile X Syndrome

      Utami, K. H., Skotte, Niels Henning, Colaço, A. R., Yusof, N. A. B. M., Sim, B., Yeo, X. Y., Bae, H., Garcia-Miralles, M., Radulescu, C. I., Chen, Q., Chaldaiopoulou, G., Liany, H., Nama, S., Peteri, U. A., Sampath, P., Castrén, M. L., Jung, S., Mann, Matthias & Pouladi, M. A., 2020, I: Biological Psychiatry. 88, 6, s. 500-511

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    254. Udgivet

      Integrative proteomics reveals principles of dynamic phosphosignaling networks in human erythropoiesis

      Karayel, O., Xu, P., Bludau, I., Bhoopalan, S. V., Yao, Y., Rita, F. C. A., Santos, A., Schulman, B. A., Alpi, A. F., Weiss, M. J. & Mann, Matthias, 2020, I: Molecular Systems Biology. 16, 12, 22 s., 9813.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    255. Udgivet

      LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine

      Rajewsky, N., Almouzni, G., Gorski, S. A., Aerts, S., Amit, I., Bertero, M. G., Bock, C., Bredenoord, A. L., Cavalli, G., Chiocca, S., Clevers, H., De Strooper, B., Eggert, A., Ellenberg, J., Fernández, X. M., Figlerowicz, M., Gasser, S. M., Hubner, N., Kjems, J., Knoblich, J. A. & 31 flere, Krabbe, G., Lichter, P., Linnarsson, S., Marine, J. C., Marioni, J. C., Marti-Renom, M. A., Netea, M. G., Nickel, D., Nollmann, M., Novak, H. R., Parkinson, H., Piccolo, S., Pinheiro, I., Pombo, A., Popp, C., Reik, W., Roman-Roman, S., Rosenstiel, P., Schultze, J. L., Stegle, O., Tanay, A., Testa, G., Thanos, D., Theis, F. J., Torres-Padilla, M. E., Valencia, A., Vallot, C., van Oudenaarden, A., Mann, Matthias, Nielsen, A. F. & LifeTime Community Working Groups, L. C. W. G., 2020, I: Nature. 587, 7834, s. 377-386 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    256. Udgivet

      Limited Environmental Serine and Glycine Confer Brain Metastasis Sensitivity to PHGDH Inhibition

      Ngo, B., Kim, E., Osorio-Vasquez, V., Doll, S., Bustraan, S., Liang, R. J., Luengo, A., Davidson, S. M., Ali, A., Ferraro, G. B., Fischer, G. M., Eskandari, R., Kang, D. S., Ni, J., Plasger, A., Rajasekhar, V. K., Kastenhuber, E. R., Bacha, S., Sriram, R. K., Stein, B. D. & 20 flere, Bakhoum, S. F., Snuderl, M., Cotzia, P., Healey, J. H., Mainolfi, N., Suri, V., Friedman, A., Manfredi, M., Sabatini, D. M., Jones, D. R., Yu, M., Zhao, J. J., Jain, R. K., Keshari, K. R., Davies, M. A., Vander Heiden, M. G., Hernando, E., Mann, Matthias, Cantley, L. C. & Pacold, M. E., 2020, I: Cancer Discovery. 10, 9, s. 1352-1373

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    257. Udgivet

      MiT/TFEfactors controlER-phagy via transcriptional regulation ofFAM134B

      Cinque, L., De Leonibus, C., Iavazzo, M., Krahmer, N., Intartaglia, D., Salierno, F. G., De Cegli, R., Di Malta, C., Svelto, M., Lanzara, C., Maddaluno, M., Wanderlingh, L. G., Huebner, A. K., Cesana, M., Bonn, F., Polishchuk, E., Huebner, C. A., Conte, I., Dikic, I., Mann, M. & 4 flere, Ballabio, A., Sacco, F., Grumati, P. & Settembre, C., 2020, I: EMBO Journal. 39, 17, 22 s., 105696.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    258. Pervasive functional translation of noncanonical human open reading frames

      Chen, J., Brunner, A., Cogan, J. Z., Nuñez, J. K., Fields, A. P., Adamson, B., Itzhak, D. N., Li, J. Y., Mann, Matthias, Leonetti, M. D. & Weissman, J. S., 2020, I: Science. 367, 6482, s. 1140-1146 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    259. Udgivet

      Plasma proteome profiles treatment efficacy of incretin dual agonism in diet-induced obese female and male mice

      Sachs, S., Niu, Lili, Geyer, P., Jall, S., Kleinert, Maximilian, Feuchtinger, A., Stemmer, K., Brielmeier, M., Finan, B., DiMarchi, R. D., Tschop, M. H., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Mann, Matthias, Mueller, T. D. & Hofmann, S. M., 2020, I: Diabetes, Obesity and Metabolism. 23, 1, s. 195-207 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    260. Udgivet

      Proteome profiling in cerebrospinal fluid reveals novel biomarkers of Alzheimer's disease

      Bader, J. M., Geyer, P. E., Müller, J. B., Strauss, M. T., Koch, M., Leypoldt, F., Koertvelyessy, P., Bittner, D., Schipke, C. G., Incesoy, E. I., Peters, O., Deigendesch, N., Simons, M., Jensen, Majken Karoline, Zetterberg, H. & Mann, Matthias, 2020, I: Molecular Systems Biology. 16, 6, 17 s., e9356.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    261. SHP1 regulates a STAT6-ITGB3 axis in FLT3ITD-positive AML cells

      Reich, D., Kresinsky, A., Müller, J. P., Bauer, R., Kallenbach, J., Schnoeder, T. M., Heidel, F. H., Fässler, R., Mann, Matthias, Böhmer, F. & Jayavelu, A. K., 2020, I: Leukemia. 34, s. 1444-1449

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

    262. Udgivet

      Sequencing of the First Draft of the Human Acetylome

      Choudhary, Chunaram & Mann, Matthias, 2020, I: Clinical Chemistry. 66, 6, s. 852-853 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    263. Udgivet

      Spatially and cell-type resolved quantitative proteomic atlas of healthy human skin

      Dyring-Andersen, Beatrice, Løvendorf, M. B., Coscia, F., Santos, A., Møller, L. B. P., Colaço, A. R., Niu, Lili, Bzorek, M., Doll, S., Andersen, J. L., Clark, R. A., Skov, Lone, Teunissen, M. B. M. & Mann, Matthias, 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 5587.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    264. Udgivet

      The Origins of Organellar Mapping by Protein Correlation Profiling

      Mann, Matthias, 2020, I: Proteomics. 20, 23, 4 s., e1900330.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    265. Udgivet

      The proteome landscape of the kingdoms of life

      Müller, J. B., Geyer, P. E., Colaço, A. R., Treit, P. V., Strauss, M. T., Oroshi, M., Doll, S., Virreira Winter, S., Bader, J. M., Köhler, N., Theis, F., Santos, A. & Mann, Matthias, 2020, I: Nature. 582, s. 592-596

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    266. Udgivet

      Trapped ion mobility spectrometry and PASEF enable in-depth lipidomics from minimal sample amounts

      Vasilopoulou, C. G., Sulek, K., Brunner, A., Meitei, N. S., Schweiger-Hufnagel, U., Meyer, S. W., Barsch, A., Mann, Matthias & Meier, F., 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 11 s., 331.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    267. Udgivet

      diaPASEF: parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition

      Meier, F., Brunner, A., Frank, M., Ha, A., Bludau, I., Voytik, E., Kaspar-Schoenefeld, S., Lubeck, M., Raether, O., Bache, N., Aebersold, R., Collins, B. C., Roest, H. L. & Mann, Matthias, 2020, I: Nature Methods. 17, 12, s. 1229-1236

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    268. Quantitative and Dynamic Catalogs of Proteins Released during Apoptotic and Necroptotic Cell Death

      Tanzer, M. C., Frauenstein, A., Stafford, C. A., Phulphagar, K., Mann, Matthias & Meissner, F., 28 jan. 2020, I: Cell Reports. 30, 4, s. 1260-1270.e5

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    269. Role for ribosome-associated quality control in sampling proteins for MHC class I-mediated antigen presentation

      Trentini, D. B., Pecoraro, M., Tiwary, S., Cox, J., Mann, Matthias, Hipp, M. S. & Hartl, F. U., 25 feb. 2020, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117, 8, s. 4099-4108 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    270. STAT3-dependent analysis reveals PDK4 as independent predictor of recurrence in prostate cancer

      Oberhuber, M., Pecoraro, M., Rusz, M., Oberhuber, G., Wieselberg, M., Haslinger, P., Gurnhofer, E., Schlederer, M., Limberger, T., Lagger, S., Pencik, J., Kodajova, P., Högler, S., Stockmaier, G., Grund-Gröschke, S., Aberger, F., Bolis, M., Theurillat, J-P., Wiebringhaus, R., Weiss, T. & 13 flere, Haitel, A., Brehme, M., Wadsak, W., Griss, J., Mohr, T., Hofer, A., Jäger, A., Pollheimer, J., Egger, G., Koellensperger, G., Mann, Matthias, Hantusch, B. & Kenner, L., apr. 2020, I: Molecular Systems Biology. 16, 4, s. e9247

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    271. Fam20C regulates protein secretion by Cab45 phosphorylation

      Hecht, T. K., Blank, B., Steger, M., Lopez, V., Beck, G., Ramazanov, B., Mann, Matthias, Tagliabracci, V. & von Blume, J., 1 jun. 2020, I: The Journal of Cell Biology. 219, 6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    272. Atomic-resolution mapping of transcription factor-DNA interactions by femtosecond laser crosslinking and mass spectrometry

      Reim, A., Ackermann, R., Font-Mateu, J., Kammel, R., Beato, M., Nolte, S., Mann, Matthias, Russmann, C. & Wierer, M., 15 jun. 2020, I: Nature Communications. 11, 1, s. 3019

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    273. Dynamics in protein translation sustaining T cell preparedness

      Wolf, T., Jin, W., Zoppi, G., Vogel, I. A., Akhmedov, M., Bleck, C. K. E., Beltraminelli, T., Rieckmann, J. C., Ramirez, N. J., Benevento, M., Notarbartolo, S., Bumann, D., Meissner, F., Grimbacher, B., Mann, Matthias, Lanzavecchia, A., Sallusto, F., Kwee, I. & Geiger, R., 6 jul. 2020, (E-pub ahead of print) I: Nature Immunology.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    274. Pharmacological and phosphoproteomic approaches to roles of protein kinase C in kappa opioid receptor-mediated effects in mice

      Liu, J. J., Chiu, Y., Chen, C., Huang, P., Mann, Matthias & Liu-Chen, L., 15 dec. 2020, I: Neuropharmacology. 181, s. 108324

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    275. DIA-based systems biology approach unveils E3 ubiquitin ligase-dependent responses to a metabolic shift

      Karayel, O., Michaelis, A. C., Mann, Matthias, Schulman, B. A. & Langlois, C. R., 22 dec. 2020, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117, 51, s. 32806-32815 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    276. 2021
    277. Udgivet

      A new parallel high-pressure packing system enables rapid multiplexed production of capillary columns

      Müller-Reif, J. B., Hansen, F. M., Schweizer, L., Treit, P. V., Geyer, P. E. & Mann, Matthias, 2021, I: Molecular and Cellular Proteomics. 20, 10 s., 100082.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    278. AlphaTims: Indexing Trapped Ion Mobility Spectrometry-TOF Data for Fast and Easy Accession and Visualization

      Willems, S., Voytik, E., Skowronek, P., Strauss, Maximilian & Mann, Matthias, 2021, I: Molecular and Cellular Proteomics. 20, s. 100149

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    279. Udgivet

      Cohort profile: the MUNICH Preterm and Term Clinical study (MUNICH-PreTCl), a neonatal birth cohort with focus on prenatal and postnatal determinants of infant and childhood morbidity

      Pangratz-Fuehrer, S., Genzel-Boroviczény, O., Bodensohn, W. E., Eisenburger, R., Scharpenack, J., Geyer, P. E., Müller-Reif, J. B., van Hagen, N., Müller, A. M., Jensen, Majken Karoline, Klein, C., Mann, Matthias & Nussbaum, C., 2021, I: BMJ Open. 11, 6, 13 s., e050652.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    280. Deep learning the collisional cross sections of the peptide universe from a million experimental values

      Meier, F., Köhler, N. D., Brunner, A. D., Wanka, J. M. H., Voytik, E., Strauss, M. T., Theis, F. J. & Mann, Matthias, 2021, I: Nature Communications. 12, 12 s., 1185.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    281. Udgivet

      Deep muscle-proteomic analysis of freeze-dried human muscle biopsies reveals fiber type-specific adaptations to exercise training

      Deshmukh, Atul Shahaji, Steenberg, D. E., Hostrup, Morten, Birk, Jesper Bratz, Larsen, Jeppe Kjærgaard, Santos, A., Kjøbsted, Rasmus, Hingst, J. R., Schéele, Camilla Charlotte Nielsen, Murgia, M., Kiens, Bente, Richter, Erik A., Mann, Matthias & Wojtaszewski, Jørgen F P, 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 304.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    282. Udgivet

      Defining NASH from a multi-omics systems biology perspective

      Niu, Lili, Sulek, K., Vasilopoulou, C. G., Santos, A., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Rasmussen, Simon, Meier, F. & Mann, Matthias, 2021, I: Journal of Clinical Medicine. 10, 20, 22 s., 4673.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    283. Udgivet

      Distinct signaling by insulin and IGF-1 receptors and their extra- and intracellular domains

      Nagao, H., Cai, W., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Steger, M., Batista, T. M., Pan, H., Dreyfuss, J. M., Mann, Matthias & Kahn, C. R., 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 17, e2019474118.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    284. Udgivet

      Ethical Principles, Constraints and Opportunities in Clinical Proteomics

      Porsdam Mann, Sebastian, Treit, P. V., Geyer, P. E., Omenn, G. S. & Mann, Matthias, 2021, I: Molecular and Cellular Proteomics. 20, 14 s., 100046.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    285. Udgivet

      Hepatocyte-specific perturbation of NAD+ biosynthetic pathways in mice induces reversible nonalcoholic steatohepatitis-like phenotypes

      Dall, M., Hassing, Anna Skab, Niu, Lili, Nielsen, Thomas Svava, Ingerslev, L. R., Sulek, K., Trammell, Sam, Gillum, M. P., Barrès, Romain, Larsen, Steen, Poulsen, Steen Seier, Mann, Matthias, Ørskov, Cathrine & Treebak, Jonas Thue, 2021, I: Journal of Biological Chemistry. 297, 6, 26 s., 101388.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    286. Udgivet

      High-resolution serum proteome trajectories in COVID-19 reveal patient-specific seroconversion

      Geyer, P. E., Arend, F. M., Doll, S., Louiset, M., Virreira Winter, S., Müller-Reif, J. B., Torun, F. M., Weigand, M., Eichhorn, P., Bruegel, M., Strauss, M. T., Holdt, L. M., Mann, Matthias & Teupser, D., 2021, I: EMBO Molecular Medicine. 13, 8, 16 s., e14167.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    287. Udgivet

      Hippocampal disruptions of synaptic and astrocyte metabolism are primary events of early amyloid pathology in the 5xFAD mouse model of Alzheimer's disease

      Andersen, Jens Velde, Skotte, Niels Henning, Christensen, S. K., Polli, F. S., Shabani, M., Markussen, K. H., Haukedal, H., Westi, Emil Winther, Diaz-delCastillo, M., Sun, R. C., Kohlmeier, Kristi Anne, Schousboe, Arne, Gentry, M. S., Tanila, H., Freude, Kristine, Aldana, Blanca, Mann, Matthias & Waagepetersen, Helle S., 2021, I: Cell Death & Disease. 12, 11, 13 s., 954 .

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    288. Udgivet

      Homology-directed repair protects the replicating genome from metabolic assaults

      Somyajit, K., Spies, J., Coscia, F., Kirik, U., Rask, M., Lee, J., Neelsen, K. J., Mund, Andreas, Jensen, Lars Juhl, Paull, T. T., Mann, Matthias & Lukas, Jiri, 2021, I: Developmental Cell. 56, 4, s. 461-477.e7

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    289. Integrative analysis of cell state changes in lung fibrosis with peripheral protein biomarkers

      Mayr, C. H., Simon, L. M., Leuschner, G., Ansari, M., Schniering, J., Geyer, P. E., Angelidis, I., Strunz, M., Singh, P., Kneidinger, N., Reichenberger, F., Silbernagel, E., Böhm, S., Adler, H., Lindner, M., Maurer, B., Hilgendorff, A., Prasse, A., Behr, J., Mann, M. & 3 flere, Eickelberg, O., Theis, F. J. & Schiller, H. B., 2021, I: EMBO Molecular Medicine. e12871.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    290. Udgivet

      Interaction of 7SK with the Smn complex modulates snRNP production

      Ji, C., Bader, J., Ramanathan, P., Hennlein, L., Meissner, F., Jablonka, S., Mann, Matthias, Fischer, U., Sendtner, M. & Briese, M., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 15 s., 1278.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    291. Udgivet

      Large scale discovery of coronavirus-host factor protein interaction motifs reveals SARS-CoV-2 specific mechanisms and vulnerabilities

      Kruse, T., Benz, C., Garvanska, D. H., Lindqvist, R., Mihalic, F., Coscia, F., Inturi, R., Sayadi, A., Simonetti, L., Nilsson, E., Ali, M., Kliche, J., Moliner Morro, A., Mund, A., Andersson, E., McInerney, G., Mann, M., Jemth, P., Davey, N. E., Överby, A. K. & 2 flere, Nilsson, Jakob & Ivarsson, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 13 s., 6761.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    292. Udgivet

      Loss of full-length hnRNP R isoform impairs DNA damage response in motoneurons by inhibiting Yb1 recruitment to chromatin

      Ghanawi, H., Hennlein, L., Zare, A., Bader, J., Salehi, S., Hornburg, D., Ji, C., Sivadasan, R., Drepper, C., Meissner, F., Mann, Matthias, Jablonka, S., Briese, M. & Sendtner, M., 2021, I: Nucleic Acids Symposium Series. 49, 21, s. 12284-12305 22 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    293. Udgivet

      Molecular Origin of Blood-based Infrared Spectroscopic Fingerprints

      Voronina, L., Leonardo, C., Mueller-Reif, J. B., Geyer, P. E., Huber, M., Trubetskov, M., Kepesidis, K. V., Behr, J., Mann, Matthias, Krausz, F. & Žigman, M., 2021, I: Angewandte Chemie International Edition. 60, 31, s. 17060-17069

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    294. Udgivet

      Molecular response to PARP1 inhibition in ovarian cancer cells as determined by mass spectrometry based proteomics

      Franz, A., Coscia, F., Shen, C., Charaoui, L., Mann, Matthias & Sander, C., 2021, I: Journal of Ovarian Research. 14, 14 s., 140.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    295. Udgivet

      Plasma proteomic data can contain personally identifiable, sensitive information and incidental findings

      Geyer, P. E., Porsdam Mann, Sebastian, Treit, P. V. & Mann, Matthias, 2021, I: Molecular and Cellular Proteomics. 20, 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    296. Udgivet

      Protein profile of fiber types in human skeletal muscle: a single-fiber proteomics study

      Murgia, M., Nogara, L., Baraldo, M., Reggiani, C., Mann, Matthias & Schiaffino, S., 2021, I: Skeletal Muscle. 11, 1, 19 s., 24.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    297. Udgivet

      Reply to "Quality control requirements for the correct annotation of lipidomics data"

      Vasilopoulou, C. G., Sulek, K., Brunner, A., Meitei, N. S., Schweiger-Hufnagel, U., Meyer, S. W., Barsch, A., Mann, Matthias & Meier, F., 2021, I: Nature Communications. 12, 4 s., 4772.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

    298. Transcription Factor MAFF (MAF Basic Leucine Zipper Transcription Factor F) Regulates an Atherosclerosis Relevant Network Connecting Inflammation and Cholesterol Metabolism

      von Scheidt, M., Zhao, Y., de Aguiar Vallim, T. Q., Che, N., Wierer, M., Seldin, M. M., Franzén, O., Kurt, Z., Pang, S., Bongiovanni, D., Yamamoto, M., Edwards, P. A., Ruusalepp, A., Kovacic, J. C., Mann, Matthias, Björkegren, J. L. M., Lusis, A. J., Yang, X. & Schunkert, H., 2021, I: Circulation. 143, 18, s. 1809-1823

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    299. Udgivet

      Urinary proteome profiling for stratifying patients with familial Parkinson’s disease

      Virreira Winter, S., Karayel, O., Strauss, M. T., Padmanabhan, S., Surface, M., Merchant, K., Alcalay, R. N. & Mann, Matthias, 2021, I: EMBO Molecular Medicine. 13, 3, 19 s., e13257.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    300. The Hippo pathway controls myofibril assembly and muscle fiber growth by regulating sarcomeric gene expression

      Kaya-Çopur, A., Marchiano, F., Hein, M. Y., Alpern, D., Russeil, J., Luis, N. M., Mann, Matthias, Deplancke, B., Habermann, B. H. & Schnorrer, F., 6 jan. 2021, I: eLife. 10

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    301. Data-independent acquisition method for ubiquitinome analysis reveals regulation of circadian biology

      Hansen, F. M., Tanzer, M. C., Brüning, F., Bludau, I., Stafford, C., Schulman, B. A., Robles, M. S., Karayel, O. & Mann, Matthias, 11 jan. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, s. 254

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    302. JAZF1, A Novel p400/TIP60/NuA4 Complex Member, Regulates H2A.Z Acetylation at Regulatory Regions

      Procida, T., Friedrich, T., Jack, A. P. M., Peritore, M., Bönisch, C., Eberl, H. C., Daus, N., Kletenkov, K., Nist, A., Stiewe, T., Borggrefe, T., Mann, Matthias, Bartkuhn, M. & Hake, S. B., 12 jan. 2021, I: International Journal of Molecular Sciences. 22, 2

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    303. Linkage-specific ubiquitin chain formation depends on a lysine hydrocarbon ruler

      Liwocha, J., Krist, D. T., van der Heden van Noort, G. J., Hansen, F. M., Truong, V. H., Karayel, O., Purser, N., Houston, D., Burton, N., Bostock, M. J., Sattler, M., Mann, Matthias, Harrison, J. S., Kleiger, G., Ovaa, H. & Schulman, B. A., mar. 2021, I: Nature Chemical Biology. 17, 3, s. 272-279 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    304. The tumor suppressor kinase DAPK3 drives tumor-intrinsic immunity through the STING-IFN-β pathway

      Takahashi, M., Lio, C. J., Campeau, A., Steger, M., Ay, F., Mann, Matthias, Gonzalez, D. J., Jain, M. & Sharma, S., apr. 2021, I: Nature Immunology. 22, 4, s. 485-496 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    305. A proteomic atlas of the neointima identifies novel druggable targets for preventive therapy

      Wierer, M., Werner, J., Wobst, J., Kastrati, A., Cepele, G., Aherrahrou, R., Sager, H. B., Erdmann, J., Dichgans, M., Flockerzi, V., Civelek, M., Dietrich, A., Mann, Matthias, Schunkert, H. & Kessler, T., 8 apr. 2021, (E-pub ahead of print) I: European Heart Journal.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    306. Multilevel proteomics reveals host perturbations by SARS-CoV-2 and SARS-CoV

      Stukalov, A., Girault, V., Grass, V., Karayel, O., Bergant, V., Urban, C., Haas, D. A., Huang, Y., Oubraham, L., Wang, A., Hamad, M. S., Piras, A., Hansen, F. M., Tanzer, M. C., Paron, I., Zinzula, L., Engleitner, T., Reinecke, M., Lavacca, T. M., Ehmann, R. & 10 flere, Wölfel, R., Jores, J., Kuster, B., Protzer, U., Rad, R., Ziebuhr, J., Thiel, V., Scaturro, P., Mann, Matthias & Pichlmair, A., 12 apr. 2021, (E-pub ahead of print) I: Nature.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    307. Tissue-specific modulation of gene expression in response to lowered insulin signalling in Drosophila

      Tain, L. S., Sehlke, R., Meilenbrock, R. L., Leech, T., Paulitz, J., Chokkalingam, M., Nagaraj, N., Grönke, S., Fröhlich, J., Atanassov, I., Mann, Matthias, Beyer, A. & Partridge, L., 21 apr. 2021, I: eLife. 10

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    308. GID E3 ligase supramolecular chelate assembly configures multipronged ubiquitin targeting of an oligomeric metabolic enzyme

      Sherpa, D., Chrustowicz, J., Qiao, S., Langlois, C. R., Hehl, L. A., Gottemukkala, K. V., Hansen, F. M., Karayel, O., von Gronau, S., Prabu, J. R., Mann, Matthias, Alpi, A. F. & Schulman, B. A., 22 apr. 2021, (E-pub ahead of print) I: Molecular Cell.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    309. Multi-omics profiling of living human pancreatic islet donors reveals heterogeneous beta cell trajectories towards type 2 diabetes

      Wigger, L., Barovic, M., Brunner, A-D., Marzetta, F., Schöniger, E., Mehl, F., Kipke, N., Friedland, D., Burdet, F., Kessler, C., Lesche, M., Thorens, B., Bonifacio, E., Legido-Quigley, C., Barbier Saint Hilaire, P., Delerive, P., Dahl, A., Klose, C., Gerl, M. J., Simons, K. & 7 flere, Aust, D., Weitz, J., Distler, M., Schulte, A. M., Mann, Matthias, Ibberson, M. & Solimena, M., 28 jun. 2021, (E-pub ahead of print) I: Nature Metabolism.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    310. Identification of covalent modifications regulating immune signaling complex composition and phenotype

      Frauenstein, A., Ebner, S., Hansen, F. M., Sinha, A., Phulphagar, K., Swatek, K., Hornburg, D., Mann, Matthias & Meissner, F., jul. 2021, I: Molecular Systems Biology. 17, 7, s. e10125

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    311. Identification of the transcription factor MAZ as a regulator of erythropoiesis

      Deen, D., Butter, F., Daniels, D. E., Ferrer-Vicens, I., Ferguson, D. C. J., Holland, M. L., Samara, V., Sloane-Stanley, J. A., Ayyub, H., Mann, Matthias, Frayne, J., Garrick, D. & Vernimmen, D., 10 aug. 2021, I: Blood advances. 5, 15, s. 3002-3015 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    312. Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) and Parallel Accumulation - Serial Fragmentation (PASEF) in Proteomics

      Meier, F., Park, M. A. & Mann, Matthias, 17 aug. 2021, (E-pub ahead of print) I: Molecular and Cellular Proteomics. s. 100138

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    313. Artificial intelligence for proteomics and biomarker discovery

      Mann, Matthias, Kumar, C., Zeng, W. & Strauss, M. T., 18 aug. 2021, I: Cell Systems. 12, 8, s. 759-770 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    314. Defining the RBPome of primary T helper cells to elucidate higher-order Roquin-mediated mRNA regulation

      Hoefig, K. P., Reim, A., Gallus, C., Wong, E. H., Behrens, G., Conrad, C., Xu, M., Kifinger, L., Ito-Kureha, T., Defourny, K. A. Y., Geerlof, A., Mautner, J., Hauck, S. M., Baumjohann, D., Feederle, R., Mann, Matthias, Wierer, M., Glasmacher, E. & Heissmeyer, V., 1 sep. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, s. 5208

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    315. Phosphoproteome profiling uncovers a key role for CDKs in TNF signaling

      Tanzer, M. C., Bludau, I., Stafford, C. A., Hornung, V. & Mann, Matthias, 18 okt. 2021, I: Nature Communications. 12, 1, s. 6053

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    316. Signaling defects associated with insulin resistance in nondiabetic and diabetic individuals and modification by sex

      Haider, N., Lebastchi, J., Jayavelu, A. K., Batista, T. M., Pan, H., Dreyfuss, J. M., Carcamo-Orive, I., Knowles, J. W., Mann, Matthias & Kahn, C. R., 1 nov. 2021, I: The Journal of Clinical Investigation. 131, 21

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    317. Proteomic Analysis Identifies NDUFS1 and ATP5O as Novel Markers for Survival Outcome in Prostate Cancer

      Wiebringhaus, R., Pecoraro, M., Neubauer, H. A., Trachtová, K., Trimmel, B., Wieselberg, M., Pencik, J., Egger, G., Krall, C., Moriggl, R., Mann, Matthias, Hantusch, B. & Kenner, L., 30 nov. 2021, I: Cancers. 13, 23

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    318. 2022
    319. Udgivet

      A knowledge graph to interpret clinical proteomics data

      Santos, A., Colaço, A. R., Nielsen, A. B., Niu, Lili, Strauss, Maximilian, Geyer, P. E., Coscia, F., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Mundt, F., Jensen, Lars Juhl & Mann, Matthias, 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 692–702

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    320. Udgivet

      AlphaMap: an open-source Python package for the visual annotation of proteomics data with sequence-specific knowledge

      Voytik, E., Bludau, I., Willems, S., Hansen, F. M., Brunner, A., Strauss, Maximilian & Mann, Matthias, 2022, I: Bioinformatics. 38, 3, s. 849-852

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    321. Udgivet

      AlphaPeptDeep: a modular deep learning framework to predict peptide properties for proteomics

      Zeng, W. F., Zhou, X. X., Willems, S., Ammar, C., Wahle, M., Bludau, I., Voytik, E., Strauss, Maximilian & Mann, Matthias, 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 7238.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    322. Udgivet

      Association of Complement and MAPK Activation With SARS-CoV-2-Associated Myocardial Inflammation

      Weckbach, L. T., Schweizer, L., Kraechan, A., Bieber, S., Ishikawa-Ankerhold, H., Hausleiter, J., Massberg, S., Straub, T., Klingel, K., Grabmaier, U., Zwiebel, M., Mann, Matthias & Schulz, C., 2022, I: JAMA Cardiology. 7, 3, s. 286-297 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    323. Cotranslational N-degron masking by acetylation promotes proteome stability in plants

      Linster, E., Forero Ruiz, F. L., Miklankova, P., Ruppert, T., Mueller, J., Armbruster, L., Gong, X., Serino, G., Mann, Matthias, Hell, R. & Wirtz, M., 2022, I: Nature Communications. 13, 1, s. 810

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    324. Cryo-EM structures of Gid12-bound GID E3 reveal steric blockade as a mechanism inhibiting substrate ubiquitylation

      Qiao, S., Lee, C., Sherpa, D., Chrustowicz, J., Cheng, J., Duennebacke, M., Steigenberger, B., Karayel, O., Vu, D. T., von Gronau, S., Mann, Matthias, Wilfling, F. & Schulman, B. A., 2022, I: Nature Communications. 13, 3041.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    325. Udgivet

      D13 Saliva biomarker discovery in Huntington’s disease

      Qvist, Filippa Liliendahl, Hellem, M. N., Nielsen, Jørgen Erik, Mann, Matthias & Skotte, Niels Henning, 2022, I: Journal of Neurology, Neurosurgery and Psychiatry. 93, Suppl. 1, s. A24-A25

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    326. Udgivet

      Deep Visual Proteomics defines single-cell identity and heterogeneity

      Mund, A., Coscia, F., Kriston, A., Hollandi, R., Kovács, F., Brunner, A-D., Migh, E., Schweizer, L., Santos, A., Bzorek, M., Naimy, S., Rahbek-Gjerdrum, L. M., Dyring-Andersen, B., Bulkescher, J., Lukas, C., Eckert, M. A., Lengyel, E., Gnann, C., Lundberg, E., Horvath, P. & 1 flere, Mann, Matthias, 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1231-1240

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    327. Udgivet

      Dynamic human liver proteome atlas reveals functional insights into disease pathways

      Niu, Lili, Geyer, P. E., Gupta, R., Santos, A., Meier, F., Doll, S., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Klein, S., Ortiz, C., Uschner, F. E., Schierwagen, R., Trebicka, J. & Mann, Matthias, 2022, I: Molecular Systems Biology. 18, 5, 24 s., e10947.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    328. Gel-like inclusions of C-terminal fragments of TDP-43 sequester stalled proteasomes in neurons

      Riemenschneider, H., Guo, Q., Bader, J., Frottin, F., Farny, D., Kleinberger, G., Haass, C., Mann, Matthias, Hartl, F. U., Baumeister, W., Hipp, M. S., Meissner, F., Fernández-Busnadiego, R. & Edbauer, D., 2022, I: EMBO Reports. 23, 6, e53890.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    329. Udgivet

      HYPK promotes the activity of the Nα-acetyltransferase A complex to determine proteostasis of nonAc-X2/N-degron-containing proteins

      Miklánková, P., Linster, E., Boyer, J., Weidenhausen, J., Mueller, J., Armbruster, L., Lapouge, K., De La Torre, C., Bienvenut, W., Sticht, C., Mann, Matthias, Meinnel, T., Sinning, I., Giglione, C., Hell, R. & Wirtz, M., 2022, I: Science Advances. 8, 24, 14 s., eabn6153.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    330. IKKβ primes inflammasome formation by recruiting NLRP3 to the trans-Golgi network

      Schmacke, N. A., O'Duill, F., Gaidt, M. M., Szymanska, I., Kamper, J. M., Schmid-Burgk, J. L., Mädler, S. C., Mackens-Kiani, T., Kozaki, T., Chauhan, D., Nagl, D., Stafford, C. A., Harz, H., Fröhlich, A. L., Pinci, F., Ginhoux, F., Beckmann, R., Mann, Matthias, Leonhardt, H. & Hornung, V., 2022, I: Immunity. 55, 12, s. 2271-2284.e7

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    331. Udgivet

      Identification of early neurodegenerative pathways in progressive multiple sclerosis

      Kaufmann, M., Schaupp, A. L., Sun, R., Coscia, F., Dendrou, C. A., Cortes, A., Kaur, G., Evans, H. G., Mollbrink, A., Navarro, J. F., Sonner, J. K., Mayer, C., DeLuca, G. C., Lundeberg, J., Matthews, P. M., Attfield, K. E., Friese, M. A., Mann, Matthias & Fugger, Lars, 2022, I: Nature Neuroscience. 25, s. 944-955

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    332. In vivo PDX CRISPR/Cas9 screens reveal mutual therapeutic targets to overcome heterogeneous acquired chemo-resistance

      Wirth, A-K., Wange, L., Vosberg, S., Henrich, K-O., Rausch, C., Özdemir, E., Zeller, C. M., Richter, D., Feuchtinger, T., Kaller, M., Hermeking, H., Greif, P. A., Senft, D., Jurinovic, V., Bahrami, E., Jayavelu, A. K., Westermann, F., Mann, M., Enard, W., Herold, T. & 1 flere, Jeremias, I., 2022, I: Leukemia. 36, s. 2863-2874 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    333. Udgivet

      Mast cells in lung damage of COVID-19 autopsies: A descriptive study

      Schaller, T., Märkl, B., Claus, R., Sholl, L., Hornick, J. L., Giannetti, M. P., Schweizer, L., Mann, Matthias & Castells, M., 2022, I: Allergy. 77, 7, s. 2237-2239 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

    334. Udgivet

      Noninvasive proteomic biomarkers for alcohol-related liver disease

      Niu, Lili, Thiele, M., Geyer, P. E., Rasmussen, D. N., Webel, Henry, Santos, A., Gupta, R., Meier, F., Strauss, Maximilian, Kjaergaard, M., Lindvig, K., Jacobsen, S., Rasmussen, Simon, Hansen, Torben, Krag, A. & Mann, Matthias, 2022, I: Nature Medicine. 28, 6, s. 1277-1287 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    335. Udgivet

      OpenCell: Endogenous tagging for the cartography of human cellular organization

      Cho, N. H., Cheveralls, K. C., Brunner, A. D., Kim, K., Michaelis, A. C., Raghavan, P., Kobayashi, H., Savy, L., Li, J. Y., Canaj, H., Kim, J. Y. S., Stewart, E. M., Gnann, C., McCarthy, F., Cabrera, J. P., Brunetti, R. M., Chhun, B. B., Dingle, G., Hein, M. Y., Huang, B. & 7 flere, Mehta, S. B., Weissman, J. S., Gómez-Sjöberg, R., Itzhak, D. N., Royer, L. A., Mann, Matthias & Leonetti, M. D., 2022, I: Science. 375, 6585, eabi6983.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    336. Udgivet

      Organ-specific metabolic pathways distinguish prediabetes, type 2 diabetes, and normal tissues

      Diamanti, K., Cavalli, M., Pereira, M. J., Pan, G., Castillejo-López, C., Kumar, C., Mundt Madsen, Filip Oskar, Komorowski, J., Deshmukh, Atul Shahaji, Mann, Matthias, Korsgren, O., Eriksson, J. W. & Wadelius, C., 2022, I: Cell Reports Medicine. 3, 10, 21 s., 100763.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    337. PLCG1 is required for AML1-ETO leukemia stem cell self-renewal

      Schnoeder, T. M., Schwarzer, A., Jayavelu, A. K., Hsu, C-J., Kirkpatrick, J., Döhner, K., Perner, F., Eifert, T., Huber, N., Arreba-Tutusaus, P., Dolnik, A., Assi, S. A., Nafria, M., Jiang, L., Dai, Y-T., Chen, Z., Chen, S-J., Kellaway, S. G., Ptasinska, A., Ng, E. S. & 17 flere, Stanley, E. G., Elefanty, A. G., Buschbeck, M., Bierhoff, H., Brodt, S., Matziolis, G., Fischer, K., Hochhaus, A., Chen, C., Heidenreich, O., Mann, Matthias, Lane, S. W., Bullinger, L., Ori, A., von Eyss, B., Bonifer, C. & Heidel, F. H., 2022, I: Blood. 139, 7, s. 1080-1097 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    338. Udgivet

      Phosphorylation of muramyl peptides by NAGK is required for NOD2 activation

      Stafford, C. A., Gassauer, A. M., de Oliveira Mann, C. C., Tanzer, M. C., Fessler, E., Wefers, B., Nagl, D., Kuut, G., Sulek, K., Vasilopoulou, C., Schwojer, S. J., Wiest, A., Pfautsch, M. K., Wurst, W., Yabal, M., Fröhlich, T., Mann, Matthias, Gisch, N., Jae, L. T. & Hornung, V., 2022, I: Nature. 609, s. 590-596 28 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    339. Udgivet

      Proteome profiling of cerebrospinal fluid reveals biomarker candidates for Parkinson's disease

      Karayel, O., Virreira Winter, S., Padmanabhan, S., Kuras, Y. I., Vu, D. T., Tuncali, I., Merchant, K., Wills, A. M., Scherzer, C. R. & Mann, Matthias, 2022, I: Cell Reports Medicine. 3, 6, 20 s., 100661.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    340. Udgivet

      Rapid and In-Depth Coverage of the (Phospho-)Proteome With Deep Libraries and Optimal Window Design for dia-PASEF

      Skowronek, P., Thielert, Marvin Christoffer, Voytik, E., Tanzer, M. C., Hansen, F. M., Willems, S., Karayel, O., Brunner, A., Meier, F. & Mann, Matthias, 2022, I: Molecular and Cellular Proteomics. 21, 9, 15 s., 100279.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    341. Udgivet

      Spatial characterization of single tumor cells by proteomics

      Mund, Andreas & Mann, Matthias, 2022, I: Nature Biotechnology. 40, 8, s. 1186-1187 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

    342. Udgivet

      Spatial proteomics in three-dimensional intact specimens

      Bhatia, H. S., Brunner, A-D., Öztürk, F., Kapoor, S., Rong, Z., Mai, H., Thielert, M., Ali, M., Al-Maskari, R., Paetzold, J. C., Kofler, F., Todorov, M. I., Molbay, M., Kolabas, Z. I., Negwer, M., Hoeher, L., Steinke, H., Dima, A., Gupta, B., Kaltenecker, D. & 11 flere, Caliskan, Ö. S., Brandt, D., Krahmer, N., Müller, S., Lichtenthaler, S. F., Hellal, F., Bechmann, I., Menze, B., Theis, F., Mann, Matthias & Ertürk, A., 2022, I: Cell. 185, 26, s. 5040-5058.e19

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    343. Udgivet

      The emerging role of mass spectrometry-based proteomics in drug discovery

      Meissner, F., Geddes-McAlister, J., Mann, Matthias & Bantscheff, M., 2022, I: Nature Reviews Drug Discovery. 21, s. 637-654 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    344. Udgivet

      The structural context of posttranslational modifications at a proteome-wide scale

      Bludau, I., Willems, S., Zeng, W. F., Strauss, Maximilian, Hansen, F. M., Tanzer, M. C., Karayel, O., Schulman, B. A. & Mann, Matthias, 2022, I: PLOS Biology. 20, 5, 23 s., e3001636.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    345. Udgivet

      Towards Precision Dermatology: Emerging Role of Proteomic Analysis of the Skin

      Fredman, G., Skov, Lone, Mann, Matthias & Dyring-Andersen, Beatrice, 2022, I: Dermatology. 238, s. 185–194

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    346. Udgivet

      Ultra-high sensitivity mass spectrometry quantifies single-cell proteome changes upon perturbation

      Brunner, A., Thielert, Marvin Christoffer, Vasilopoulou, C., Ammar, C., Coscia, F., Mund, Andreas, Hoerning, O. B., Bache, N., Apalategui, A., Lubeck, M., Richter, S., Fischer, D. S., Raether, O., Park, M. A., Meier, F., Theis, F. J. & Mann, Matthias, 2022, I: Molecular Systems Biology. 18, 3, 15 s., e10798.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    347. Udgivet

      Unbiased spatial proteomics with single-cell resolution in tissues

      Mund, Andreas, Brunner, A. & Mann, Matthias, 2022, I: Molecular Cell. 82, 12, s. 2335-2349 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    348. A20 and ABIN-1 cooperate in balancing CBM complex-triggered NF-κB signaling in activated T cells

      Yin, H., Karayel, O., Chao, Y., Seeholzer, T., Hamp, I., Plettenburg, O., Gehring, T., Zielinski, C., Mann, Matthias & Krappmann, D., 31 jan. 2022, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 79, 2, s. 112

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    349. YBX1 mediates translation of oncogenic transcripts to control cell competition in AML

      Perner, F., Schnoeder, T. M., Xiong, Y., Jayavelu, A. K., Mashamba, N., Santamaria, N. T., Huber, N., Todorova, K., Hatton, C., Perner, B., Eifert, T., Murphy, C., Hartmann, M., Hoell, J. I., Schröder, N., Brandt, S., Hochhaus, A., Mertens, P. R., Mann, M., Armstrong, S. A. & 2 flere, Mandinova, A. & Heidel, F. H., feb. 2022, I: Leukemia. 36, 2, s. 426-437 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    350. Amyloid-like aggregating proteins cause lysosomal defects in neurons via gain-of-function toxicity

      Riera-Tur, I., Schäfer, T., Hornburg, D., Mishra, A., da Silva Padilha, M., Fernández-Mosquera, L., Feigenbutz, D., Auer, P., Mann, Matthias, Baumeister, W., Klein, R., Meissner, F., Raimundo, N., Fernández-Busnadiego, R. & Dudanova, I., mar. 2022, I: Life Science Alliance. 5, 3

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    351. Phosphorylation of serine-893 in CARD11 suppresses the formation and activity of the CARD11-BCL10-MALT1 complex in T and B cells

      Kutzner, K., Woods, S., Karayel, O., Gehring, T., Yin, H., Flatley, A., Graß, C., Wimberger, N., Tofaute, M. J., Seeholzer, T., Feederle, R., Mann, Matthias & Krappmann, D., mar. 2022, I: Science Signaling. 15, 723, s. eabk3083

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    352. Adverse stem cell clones within a single patient's tumor predict clinical outcome in AML patients

      Zeller, C., Richter, D., Jurinovic, V., Valtierra-Gutiérrez, I. A., Jayavelu, A. K., Mann, Matthias, Bagnoli, J. W., Hellmann, I., Herold, T., Enard, W., Vick, B. & Jeremias, I., 12 mar. 2022, I: Journal of Hematology & Oncology. 15, 1, s. 25

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    353. Gene-selective transcription promotes the inhibition of tissue reparative macrophages by TNF

      Dichtl, S., Sanin, D. E., Koss, C. K., Willenborg, S., Petzold, A., Tanzer, M. C., Dahl, A., Kabat, A. M., Lindenthal, L., Zeitler, L., Satzinger, S., Strasser, A., Mann, Matthias, Roers, A., Eming, S. A., El Kasmi, K. C., Pearce, E. J. & Murray, P. J., apr. 2022, I: Life Science Alliance. 5, 4

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    354. Temporal resolution of gene derepression and proteome changes upon PROTAC-mediated degradation of BCL11A protein in erythroid cells

      Mehta, S., Buyanbat, A., Kai, Y., Karayel, O., Goldman, S. R., Seruggia, D., Zhang, K., Fujiwara, Y., Donovan, K. A., Zhu, Q., Yang, H., Nabet, B., Gray, N. S., Mann, Matthias, Fischer, E. S., Adelman, K. & Orkin, S. H., 18 aug. 2022, I: Cell Chemical Biology. 29, 8, s. 1273-1287.e8

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    355. Analysis of RANK-c interaction partners identifies TRAF3 as a critical regulator of breast cancer aggressiveness

      Sirinian, C., Papanastasiou, A. D., Karayel, O., Degn, S. E., Peroukidis, S., Chaniotis, D., Nonni, A., Repanti, M., Kriegsmann, M., Makatsoris, T., Koutras, A., Mann, Matthias & Kalofonos, H. P., nov. 2022, I: Neoplasia (New York, N.Y.). 33, s. 100836

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    356. 2023
    357. Udgivet

      A Standardized and Reproducible Workflow for Membrane Glass Slides in Routine Histology and Spatial Proteomics

      Nordmann, T. M., Schweizer, L., Metousis, A., Thielert, Marvin Christoffer, Rodriguez, E., Gjerdrum, Lise Mette Rahbek, Stadler, P., Bzorek, M., Mund, Andreas, Rosenberger, F. A. & Mann, Matthias, 2023, I: Molecular & cellular proteomics : MCP. 22, 10, 9 s., 100643.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    358. Udgivet

      A reversible state of hypometabolism in a human cellular model of sporadic Parkinson’s disease

      Schmidt, S., Stautner, C., Vu, D. T., Heinz, A., Regensburger, M., Karayel, O., Trümbach, D., Artati, A., Kaltenhäuser, S., Nassef, M. Z., Hembach, S., Steinert, L., Winner, B., Jürgen, W., Jastroch, M., Luecken, M. D., Theis, F. J., Westmeyer, G. G., Adamski, J., Mann, M. & 4 flere, Hiller, K., Giesert, F., Vogt Weisenhorn, D. M. & Wurst, W., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 24 s., 7674.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    359. Udgivet

      A unified classification approach rating clinical utility of protein biomarkers across neurologic diseases

      Bernhardt, A. M., Tiedt, S., Teupser, D., Dichgans, M., Meyer, B., Gempt, J., Kuhn, P. H., Simons, M., Palleis, C., Weidinger, E., Nübling, G., Holdt, L., Hönikl, L., Gasperi, C., Giesbertz, P., Müller, S. A., Breimann, S., Lichtenthaler, S. F., Kuster, B., Mann, M. & 8 flere, Imhof, A., Barth, T., Hauck, S. M., Zetterberg, H., Otto, M., Weichert, W., Hemmer, B. & Levin, J., 2023, I: EBioMedicine. 89, 13 s., 104456.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    360. Udgivet

      Activity-based profiling of cullin–RING E3 networks by conformation-specific probes

      Henneberg, L. T., Singh, J., Duda, D. M., Baek, K., Yanishevski, D., Murray, P. J., Mann, Matthias, Sidhu, S. S. & Schulman, B. A., 2023, I: Nature Chemical Biology. 19, s. 1513-1523

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    361. Udgivet

      AlphaPeptStats: an open-source Python package for automated and scalable statistical analysis of mass spectrometry-based proteomics

      Krismer, Elena, Bludau, I., Strauss, Maximilian & Mann, Matthias, 2023, I: Bioinformatics. 39, 8, 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    362. Udgivet

      Comprehensive chromatin proteomics resolves functional phases of pluripotency and identifies changes in regulatory components

      Ugur, E., de la Porte, A., Qin, W., Bultmann, S., Ivanova, A., Drukker, M., Mann, Matthias, Wierer, M. & Leonhardt, H., 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, 6, s. 2671-2690 20 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    363. Udgivet

      Consistency across multi-omics layers in a drug-perturbed gut microbial community

      Wuyts, S., Alves, R., Zimmermann-Kogadeeva, M., Nishijima, S., Blasche, S., Driessen, M., Geyer, P. E., Hercog, R., Kartal, E., Maier, L., Müller, J. B., Garcia Santamarina, S., Schmidt, T. S. B., Sevin, D. C., Telzerow, A., Treit, P. V., Wenzel, T., Typas, A., Patil, K. R., Mann, M. & 2 flere, Kuhn, M. & Bork, P., 2023, I: Molecular Systems Biology. 19, 9, 17 s., e11525.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    364. Udgivet

      Cytosolic Ptbp2 modulates axon growth in motoneurons through axonal localization and translation of Hnrnpr

      Salehi, S., Zare, A., Prezza, G., Bader, J., Schneider, C., Fischer, U., Meissner, F., Mann, Matthias, Briese, M. & Sendtner, M., 2023, I: Nature Communications. 14, 19 s., 4158.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    365. Udgivet

      Democratizing knowledge representation with BioCypher

      Lobentanzer, S., Aloy, P., Baumbach, J., Bohar, B., Carey, V. J., Charoentong, P., Danhauser, K., Doğan, T., Dreo, J., Dunham, I., Farr, E., Fernandez-Torras, A., Gyori, B. M., Hartung, M., Hoyt, C. T., Klein, C., Korcsmaros, T., Maier, A., Mann, M., Ochoa, D. & 12 flere, Pareja-Lorente, E., Popp, F., Preusse, M., Probul, N., Schwikowski, B., Sen, B., Strauss, Maximilian, Turei, D., Ulusoy, E., Waltemath, D., Wodke, J. A. H. & Saez-Rodriguez, J., 2023, I: Nature Biotechnology. 41, s. 1056-1059

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

    366. Udgivet

      Foresight in clinical proteomics: current status, ethical considerations, and future perspectives

      Mundt Madsen, Filip Oskar, Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Porsdam Mann, Sebastian, Treit, P., Ghodgaonkar-Steger, M., O’Flaherty, M., Raijmakers, R., Vizcaíno, J. A., Heck, A. J. R. & Mann, Matthias, 2023, I: Open Research Europe. 3, 19 s., 59.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

    367. Udgivet

      Leucine-973 is a crucial residue differentiating insulin and IGF-1 receptor signaling

      Nagao, H., Cai, W., Brandão, B. B., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Steger, M., Gattu, A. K., Pan, H., Dreyfuss, J. M., Thomas Wunderlich, F., Mann, Matthias & Ronald Kahn, C., 2023, I: Journal of Clinical Investigation. 133, 4, 18 s., e161472.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    368. Udgivet

      MS-Based Proteomics of Body Fluids: The End of the Beginning

      Bader, J. M., Albrecht, V. & Mann, Matthias, 2023, I: Molecular and Cellular Proteomics. 22, 7, 18 s., 100577.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    369. Udgivet

      Making single-cell proteomics biologically relevant

      Rosenberger, F. A., Thielert, Marvin Christoffer & Mann, Matthias, 2023, I: Nature Methods. 20, s. 320-323 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

    370. Udgivet

      Plasma proteome profiling of healthy subjects undergoing bed rest reveals unloading-dependent changes linked to muscle atrophy

      Murgia, M., Brocca, L., Monti, E., Franchi, M. V., Zwiebel, M., Steigerwald, S., Giacomello, E., Sartori, R., Zampieri, S., Capovilla, G., Gasparini, M., Biolo, G., Sandri, M., Mann, Matthias & Narici, M. V., 2023, I: Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle. 14, s. 439-451

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    371. Udgivet

      Proteomic Profiling of Colorectal Adenomas Identifies a Predictive Risk Signature for Development of Metachronous Advanced Colorectal Neoplasia

      Bech, J. M., Terkelsen, Thilde Bagger, Bartels, Annette Snejbjerg, Coscia, F., Doll, S., Zhao, S., Zhang, Z., Brünner, N., Lindebjerg, J., Madsen, G. I., Fang, X., Mann, Matthias & Moreira, José, 2023, I: Gastroenterology. 165, 1, s. 121-132.e5

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    372. Udgivet

      Proteomics separates adult-type diffuse high-grade gliomas in metabolic subgroups independent of 1p/19q codeletion and across IDH mutational status

      Bader, J. M., Deigendesch, N., Misch, M., Mann, Matthias, Koch, A. & Meissner, F., 2023, I: Cell Reports Medicine. 4, 1, 100877.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    373. Udgivet

      Robust dimethyl-based multiplex-DIA doubles single-cell proteome depth via a reference channel

      Thielert, M., Itang, E. C. M., Ammar, C., Rosenberger, F. A., Bludau, I., Schweizer, L., Nordmann, T. M., Skowronek, P., Wahle, M., Zeng, W. F., Zhou, X. X., Brunner, A. D., Richter, S., Levesque, M. P., Theis, F. J., Steger, M. & Mann, Matthias, 2023, I: Molecular Systems Biology. 19, 9, 23 s., e11503.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    374. Udgivet

      Spatial single-cell mass spectrometry defines zonation of the hepatocyte proteome

      Rosenberger, F. A., Thielert, Marvin Christoffer, Strauss, Maximilian, Schweizer, L., Ammar, C., Mädler, S. C., Metousis, A., Skowronek, P., Wahle, M., Madden, K., Gote-Schniering, J., Semenova, A., Schiller, H. B., Rodriguez, E., Nordmann, T. M., Mund, Andreas & Mann, Matthias, 2023, I: Nature Methods. 20, 10, s. 1530-1536 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    375. Udgivet

      Synchro-PASEF allows precursor-specific fragment ion extraction and interference removal in data-independent acquisition

      Skowronek, P., Krohs, F., Lubeck, M., Wallmann, G., Itang, E. C. M., Koval, P., Wahle, M., Thielert, Marvin Christoffer, Meier, F., Willems, S., Raether, O. & Mann, Matthias, 2023, I: Molecular and Cellular Proteomics. 22, 2, 14 s., 100489.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    376. Udgivet

      The Proteome of Hand Eczema Assessed by Tape Stripping

      Sølberg, J. B. K., Quaade, A. S., Drici, L., Sulek, K., Ulrich, N. H., Løvendorf, Marianne Bengtson, Thyssen, Jacob Pontoppidan, Mann, Matthias, Dyring-Andersen, Beatrice & Johansen, Jeanne Duus, 2023, I: Journal of Investigative Dermatology. 143, s. 1559-1568

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    377. Udgivet

      The social and structural architecture of the yeast protein interactome

      Michaelis, A. C., Brunner, A., Zwiebel, M., Meier, F., Strauss, Maximilian, Bludau, I. & Mann, Matthias, 2023, I: Nature. 624, 7990, s. 192-200 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    378. Unique ligand and kinase-independent roles of the insulin receptor in regulation of cell cycle, senescence and apoptosis

      Nagao, H., Jayavelu, A. K., Cai, W., Pan, H., Dreyfuss, J. M., Batista, T. M., Brandão, B. B., Mann, Matthias & Kahn, C. R., 4 jan. 2023, I: Nature Communications. 14, 1, s. 57

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    379. 2024
    380. Udgivet

      Artificial intelligence in mass spectrometry-based proteomics

      Zeng, W. F., Mann, Matthias & Strauss, Maximilian, 2024, Artificial Intelligence in Clinical Practice: How AI Technologies Impact Medical Research and Clinics. Elsevier, s. 389-394 6 s.

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    381. Udgivet

      Full Mass Range ΦSDM Orbitrap Mass Spectrometry for DIA Proteome Analysis

      Steigerwald, S., Sinha, A., Fort, K. L., Zeng, W., Niu, Lili, Wichmann, C., Kreutzmann, A., Mourad, D., Aizikov, K., Grinfeld, D., Makarov, A., Mann, Matthias & Meier, F., 2024, I: Molecular and Cellular Proteomics. 12 s., 100713.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    382. Udgivet

      In-Depth Proteomic Map of Innate Lymphoid Cells from Healthy Human Skin and Blood

      Teunissen, M. B. M., Pilgaard Møller, L. B., Løvendorf, Marianne Bengtson, Skov, Lone, Bonefeld, Charlotte Menne, Bekkenk, M. W., Clark, R. A., Mann, Matthias & Dyring-Andersen, Beatrice, 2024, I: Journal of Investigative Dermatology. 144, 2, 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    383. Udgivet

      The NSP3 protein of SARS-CoV-2 binds fragile X mental retardation proteins to disrupt UBAP2L interactions

      Garvanska, D. H., Alvarado, R. E., Mundt, F. O., Lindqvist, R., Duel, J. K., Coscia, F., Nilsson, E., Lokugamage, K., Johnson, B. A., Plante, J. A., Morris, D. R., Vu, M. N., Estes, L. K., McLeland, A. M., Walker, J., Crocquet-Valdes, P. A., Mendez, B. L., Plante, K. S., Walker, D. H., Weisser, M. B. & 4 flere, Överby, A. K., Mann, Matthias, Menachery, V. D. & Nilsson, Jakob, 2024, I: EMBO Reports.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    384. E-pub ahead of print

      Comparative quantitative proteomic analysis of melanoma subtypes, nevus-associated melanoma, and corresponding nevi

      Naimy, S., Sølberg, J. B. K., Kuczek, D. E., Løvendorf, Marianne Bengtson, Bzorek, M., Litman, Thomas, Mund, Andreas, Gjerdrum, Lise Mette Rahbek, Clark, R. A., Mann, Matthias & Dyring-Andersen, Beatrice, 5 jan. 2024, (E-pub ahead of print) I: The Journal of Investigative Dermatology.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    ID: 5650809