Kresten Lindorff-Larsen

Kresten Lindorff-Larsen

Professor

ORCID: 0000-0002-4750-6039

Udgivelsesår:
Alle
1 - 100 ud af 206Pr. side: 100
Sortering: Titel
  1. Udgivet

    14-fold increased prevalence of rare glucokinase gene variant carriers in unselected Danish patients with newly diagnosed type 2 diabetes

    Gjesing, A. P., Engelbrechtsen, L., Cathrine B. Thuesen, A., Have, C. T., Hollensted, M., Grarup, N., Linneberg, A., Steen Nielsen, J., Christensen, L. B., Thomsen, R. W., Johansson, K. E., Cagiada, M., Gersing, S., Hartmann-Petersen, R., Lindorff-Larsen, K., Vaag, A., Sørensen, H. T., Brandslund, I., Beck-Nielsen, H., Pedersen, O. & 2 flere, Rungby, Jørgen & Hansen, Torben, 2022, I: Diabetes Research and Clinical Practice. 194, 9 s., 110159.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  2. Udgivet

    PSX, Protein-Solvent Exchange: software for calculation of deuterium-exchange effects in small-angle neutron scattering measurements from protein coordinates

    Pedersen, Martin Cramer, Wang, Y., Tidemand, Frederik Grønbæk, Martel, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Arleth, Lise, 2019, I: Journal of Applied Crystallography. 52, 6, s. 1427-1436 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    A Combined Simulation and SAXS Study of the Dynamics of Lipid Nanodiscs

    Bengtsen, T., Holm-Janas, Viktor, Midtgaard, S. R., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 17 feb. 2018, I: Biophysical Journal. 114, 3, Supp. 1, s. 559A-559A 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    A Monte Carlo study of the early steps of functional amyloid formation

    Tian, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Boomsma, Wouter, Jensen, Mogens Høgh & Otzen, D. E., 2016, I: P L o S One. 11, 1, 18 s., e0146096.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    A Multi-State Coarse-Grained Simulation Model Captures Conformational Cycling in P-Type ATPases

    Wang, Y., Saleh, N., Chu, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Biophysical Journal. 116, 3, suppl. 1, s. 300a 1484-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    A Robust Proton Flux (pHlux) Assay for Studying the Function and Inhibition of the Influenza A M2 Proton Channel

    Santner, P., Martins, J. M. D. S., Laursen, J. S., Behrendt, L., Riber, Leise, Olsen, Christian Adam, Arkin, I. T., Winther, Jakob R., Willemoës, Martin & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5949-5956

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    A combined computational and structural model of the full-length human prolactin receptor

    Bugge, K. Ø., Papaleo, E., Haxholm, G. W., Hopper, J. T. S., Robinson, C. V., Olsen, Johan Gotthardt, Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 11578.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    A comprehensive map of human glucokinase variant activity

    Andersen, Sarah Gersing, Cagiada, Matteo, Gebbia, M., Gjesing, A. P., Coté, A. G., Seesankar, G., Li, R., Tabet, D., Weile, J., Stein, Amelie, Gloyn, A. L., Hansen, Torben, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 23 s., 97.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    A dual-reporter system for investigating and optimizing protein translation and folding in E. coli

    Zutz, A., Hamborg, L., Pedersen, L. E., Kassem, M. M., Papaleo, E., Koza, A., Herrgård, M. J., Ingemann Jensen, S., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Nielsen, A. T., 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6093.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    A mutational atlas for Parkin proteostasis

    Clausen, L., Voutsinos, Vasileios, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nariya, S., Powell, R. L., Have, M. K. N., Østergaard, Vibe Hallundbæk, Stein, Amelie, Fowler, D. M., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 17 s., 1541.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    A phosphorylation-motif for tuneable helix stabilisation in intrinsically disordered proteins - Lessons from the sodium proton exchanger 1 (NHE1)

    Hendus-Altenburger, R., Lambrughi, M., Terkelsen, Thilde Bagger, Pedersen, Stine Helene Falsig, Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, sep. 2017, I: Cellular Signalling. 37, s. 40-51 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    A soluble, folded protein without charged amino acid residues

    Højgaard, C., Kofoed, Christian, Espersen, R., Johansson, Kristoffer Enøe, Villa, M., Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Teilum, Kaare & Winther, Jakob R., 2016, I: Biochemistry. 55, 28, s. 3949–3956 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    A sticky cage can slow down folding

    Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  14. Udgivet

    A structural biology community assessment of AlphaFold2 applications

    Akdel, M., Pires, D. E., Porta Pardo, E., Jänes, J., Zalevsky, A. O., Meszaros, B., Bryant, P., Good, L. L., Laskowski, R. A., Pozzati, G., Shenoy, A., Zhu, W., Kundrotas, P., Serra, V. R., Rodrigues, C. H. M., Dunham, A. S., Burke, D., Borkakoti, N., Velankar, S., Frost, A. & 14 flere, Basquin, J., Lindorff-Larsen, Kresten, Bateman, A., Kajava, A., Valencia, A., Ovchinnikov, S., Durairaj, J., Ascher, D. B., Thornton, J. M., Davey, N. E., Stein, Amelie, Elofsson, A., Croll, T. & Beltrao, P., 2022, I: Nature Structural & Molecular Biology. 29, 11, 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    A two-step protein quality control pathway for a misfolded DJ-1 variant in fission yeast

    Mathiassen, S. G., Larsen, I. B., Poulsen, E. G., Madsen, C. T., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Kragelund, Birthe Brandt, Nielsen, Michael Lund, Kriegenburg, F. & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2015, I: The Journal of Biological Chemistry. 290, 34, s. 21141-21153 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Accurate model of liquid-liquid phase behavior of intrinsically disordered proteins from optimization of single-chain properties

    Tesei, Giulio, Schulze, T. K., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 44, 10 s., e2111696118.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    Accurate protein stability predictions from homology models

    Valanciute, A., Nygaard, L., Zschach, Henrike, Maglegaard Jepsen, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Stein, Amelie, 2023, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 21, s. 66-73 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Activation and substrate specificity of the human P4-ATPase ATP8B1

    Dieudonné, T., Kümmerer, Felix, Laursen, M. J., Stock, C., Flygaard, R. K., Khalid, S., Lenoir, G., Lyons, J. A., Lindorff-Larsen, Kresten & Nissen, P., 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 14 s., 7492.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Allosteric modulation of the sarcoplasmic reticulum Ca2+ ATPase by thapsigargin via decoupling of functional motions

    Saleh, N., Wang, Y., Nissen, P. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 21, 39, s. 21991-21995

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    An efficient method for estimating the hydrodynamic radius of disordered protein conformations

    Nygaard, M., Kragelund, Birthe Brandt, Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 8 aug. 2017, I: Biophysical Journal. 113, 3, s. 550-557 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Architecture and assembly dynamics of the essential mitochondrial chaperone complex TIM9·10·12

    Weinhäupl, K., Wang, Y., Hessel, A., Brennich, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Schanda, P., 2021, I: Structure. 29, 9, s. 1065-1073.e4

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Assessment of models for calculating the hydrodynamic radius of intrinsically disordered proteins

    Pesce, Francesco, Newcombe, Estella Anne, Seiffert, P., Tranchant, E. E., Olsen, Johan Gotthardt, Grace, C. R., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Biophysical Journal. 122, 2, s. 310-321 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Atomic-level characterization of the structural dynamics of proteins

    Shaw, D. E., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O., Eastwood, M. P., Bank, J. A., Jumper, J. M., Salmon, J. K., Shan, Y. & Wriggers, W., 2010, I: Science (New York, N.Y.). 330, 6002, s. 341-6 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Atomic-level description of ubiquitin folding

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 15, s. 5915-5920 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Atomistic description of the folding of a dimeric protein

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 117, 42, s. 12935-12942 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Automated Event Detection and Activity Monitoring in Long Molecular Dynamics Simulations

    Wriggers, W., Stafford, K. A., Shan, Y., Piana, S., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Miller, P. J., Gullingsrud, J., Rendleman, C. A., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 1 okt. 2009, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 10, s. 2595-2605 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  27. BPPred: a Web-based computational tool for predicting biophysical parameters of proteins

    Geierhaas, C. D., Nickson, A. A., Lindorff-Larsen, Kresten, Clarke, J. & Vendruscolo, M., 2007, I: Protein Science. 16, 1, s. 125-34 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  28. Udgivet

    Barley lipid transfer protein, LTP1, contains a new type of lipid-like post-translational modification

    Lindorff-Larsen, Kresten, Lerche, M. H., Poulsen, F. M., Roepstorff, P. & Winther, J. R., 2001, I: Journal of Biological Chemistry. 276, 36, s. 33547-53 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  29. Udgivet

    Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories

    Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Bayesian-Maximum-Entropy Reweighting of IDP Ensembles Based on NMR Chemical Shifts

    Crehuet, R., Buigues, P. J., Salvatella, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Entropy. 21, 9, 17 s., 898.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Udgivet

    Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases

    Boomsma, Wouter, Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Hartmann-Petersen, Rasmus & Ellgaard, Lars, 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  32. Udgivet

    Biomolecular conformational changes and ligand binding: from kinetics to thermodynamics

    Wang, Y., Martins, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, sep. 2017, I: Chemical Science. 8, 9, s. 6466-6473 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Udgivet

    Biophysical and Mechanistic Models for Disease-Causing Protein Variants

    Stein, Amelie, Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Trends in Biochemical Sciences. 44, 7, s. 575-588

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  34. Udgivet

    Biophysical experiments and biomolecular simulations: a perfect match?

    Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Science. 361, 6400, s. 355-360 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  35. Udgivet

    Blocking protein quality control to counter hereditary cancers

    Kampmeyer, Caroline, Nielsen, S. V., Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Gerdes, Anne-Marie Axø, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, dec. 2017, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 56, 12, s. 823-831 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  36. Udgivet

    CECAM workshop on intrinsically disordered proteins

    Rösner, Heike Ilona, Papaleo, E., Haxholm, G. W., Best, R. B., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Intrinsically Disordered Proteins. 2, 1, s. 1-5 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

  37. Calculation of mutational free energy changes in transition states for protein folding

    Lindorff-Larsen, Kresten, Paci, E., Serrano, L., Dobson, C. M. & Vendruscolo, M., 2003, I: Biophysical Journal. 85, 2, s. 1207-14 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. Udgivet

    Cancer Mutations of the Tumor Suppressor SPOP Disrupt the Formation of Active, Phase-Separated Compartments

    Bouchard, J. J., Otero, J. H., Scott, D. C., Szulc, E., Martin, E. W., Sabri, N., Granata, D., Marzahn, M. R., Lindorff-Larsen, Kresten, Salvatella, X., Schulman, B. A. & Mittag, T., 2018, I: Molecular Cell. 72, 1, s. 19-36, e1-e8

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  39. Udgivet

    Characterization of the residual structure in the unfolded state of the Delta 131 Delta fragment of staphylococcal nuclease

    Francis, C. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Bendruscolo, M., 2006, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 65, 1, s. 145-52

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. Udgivet

    Characterizing glucokinase variant mechanisms using a multiplexed abundance assay

    Gersing, S., Schulze, Thea Klarsø, Cagiada, Matteo, Stein, Amelie, Roth, F. P., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2024, I: Genome Biology. 25, 1, 22 s., 98.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  41. Udgivet

    Charge Interactions in a Highly Charge-Depleted Protein

    Hervø-Hansen, S., Højgaard, C., Johansson, Kristoffer Enøe, Wang, Y., Wahni, K., Young, D., Messens, J., Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 6, s. 2500-2508 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. Udgivet

    Class I Cytokine Receptors: Towards the Inside

    Steinocher, H., Bugge, K. Ø., Nikolajsen, L. F., Lindorff-Larsen, Kresten, Brooks, A. & Kragelund, Birthe Brandt, 2017, I: Biophysical Society. Annual Meeting. Abstracts. 112, 3. Suppl. 1, s. 171A 1 s., 845-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  43. Udgivet

    Classifying disease-associated variants using measures of protein activity and stability

    Jepsen, M. M., Fowler, D. M., Hartmann-Petersen, Rasmus, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Protein Homeostasis Diseases: Mechanisms and Novel Therapies. Pey, A. L. (red.). Elsevier, s. 91-107

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  44. Udgivet

    Co-Chaperones in Targeting and Delivery of Misfolded Proteins to the 26S Proteasome

    Abildgaard, A. B., Andersen, Sarah Gersing, Larsen-Ledet, Sven, Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: Biomolecules. 10, 8, 24 s., 1141.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  45. Udgivet

    Co-evolution of drug resistance and broadened substrate recognition in HIV protease variants isolated from an Escherichia coli genetic selection system

    Koivisto, J. M., Poulsen, N. R., Larsen, B. S., Weibull, M. G. M., Stein, Amelie, Doro, F., Winther, Jakob R., Lindorff-Larsen, Kresten & Willemoës, Martin, 2022, I: The Biochemical journal. 479, 4, s. 479-501

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  46. Udgivet

    Combining Experiments and Simulations to Examine the Temperature-Dependent Behavior of a Disordered Protein

    Pesce, Francesco & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Journal of Physical Chemistry B. 127, 28, s. 6277-6286 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. Udgivet

    Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle

    Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. Udgivet

    Combining molecular dynamics simulations with small-angle X-ray and neutron scattering data to study multi-domain proteins in solution

    Nørgrd Larsen, Andreas, Wang, Y., Bottaro, S., Grudinin, S., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, I: P L o S Computational Biology. 16, 4, 29 s., e1007870.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  49. Udgivet

    Communication routes in ARID domains between distal residues in Helix 5 and the DNA-binding loops

    Invernizzi, G., Tiberti, M., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Papaleo, E., 2014, I: P L o S Computational Biology (Online). 10, 9, 13 s., e1003744.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. Udgivet

    Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace

    Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  51. Comparison of the transition state ensembles for folding of Im7 and Im9 determined using all-atom molecular dynamics simulations with phi value restraints

    Paci, E., Friel, C. T., Lindorff-Larsen, Kresten, Radford, S. E., Karplus, M. & Vendruscolo, M., 2004, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 54, 3, s. 513-25 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  52. Udgivet

    Computational and Experimental Assessment of Backbone Templates for Computational Redesign of the Thioredoxin Fold

    Marin, Frederikke Isa, Johansson, Kristoffer Enøe, O'Shea, Charlotte, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, I: The Journal of Physical Chemistry B. 125, 40, s. 11141-11149

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  53. Udgivet

    Computational and cellular studies reveal structural destabilization and degradation of MLH1 variants in Lynch syndrome

    Abildgaard, A. B., Stein, Amelie, Nielsen, S. V., Schultz-Knudsen, Katrine, Papaleo, E., Shrikhande, A., Hoffmann, Eva, Bernstein, I., Gerdes, Anne-Marie Axø, Takahashi, M., Ishioka, C., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2019, I: eLife. 8, 28 s., e49138 .

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  54. Udgivet

    Computational and experimental assessment of backbone templates for computational protein design

    Marin, Frederikke Isa, Johansson, K. E., O'Shea, Charlotte, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2021, 15 s.

    Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

  55. Computational design and experimental testing of the fastest-folding ß-sheet protein

    Piana, S., Sarkar, K., Lindorff-Larsen, Kresten, Guo, M., Gruebele, M. & Shaw, D. E., 7 jan. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 405, 1, s. 43-48 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  56. Udgivet

    Computational redesign of thioredoxin is hypersensitive towards minor conformational changes in the backbone template

    Johansson, Kristoffer Enøe, Johansen, Nicolai Tidemand, Christensen, S., Horowitz, S., Bardwell, J. C. A., Olsen, Johan Gotthardt, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim & Winther, Jakob R., 2016, I: Journal of Molecular Biology. 428, 21, s. 4361-4377 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  57. Udgivet

    Computing, Analyzing, and Comparing the Radius of Gyration and Hydrodynamic Radius in Conformational Ensembles of Intrinsically Disordered Proteins

    Ahmed, M. C., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2020, Intrinsically Disordered Proteins: Methods and Protocols. Kragelund, B. B. & Skriver, K. (red.). Humana Press, s. 429-445 17 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 2141).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

  58. Udgivet

    Conformational Ensembles of Noncoding Elements in the SARS-CoV-2 Genome from Molecular Dynamics Simulations

    Bottaro, S., Bussi, G. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of the American Chemical Society. 143, 22, s. 8333-8343

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  59. Udgivet

    Conformational and oligomeric states of SPOP from small-angle X-ray scattering and molecular dynamics simulations

    Thomasen, Emil, Cuneo, M. J., Mittag, T. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 23 s., e84147.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  60. Udgivet

    Conformational changes and free energies in a Proline isomerase

    Papaleo, E., Sutto, L., Gervasio, F. L. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 9, s. 4169-4174 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  61. Udgivet

    Conformational ensembles of RNA oligonucleotides from integrating NMR and molecular simulations

    Bottaro, S., Bussi, G., Kennedy, S. D., Turner, D. H. & Lindorff-Larsen, Kresten, 18 maj 2018, I: Science Advances. 4, 5, 8 s., eaar8521.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  62. Udgivet

    Conformational ensembles of intrinsically disordered proteins and flexible multidomain proteins

    Thomasen, Emil & Lindorff-Larsen, Kresten, 2022, I: Biochemical Society Transactions. 50, 1, s. 541-554 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  63. Udgivet

    Conformational ensembles of the human intrinsically disordered proteome

    Tesei, Giulio, Trolle, A. I., Jonsson, Nicolas, Betz, J., Knudsen, F. E., Pesce, Francesco, Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Nature. 626, s. 897-904 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  64. Udgivet

    Conformational fluctuations affect protein alignment in dilute liquid crystal media.

    Louhivuori, M., Otten, R., Lindorff-Larsen, Kresten & Annila, A., 2006, I: Journal of the American Chemical Society. 128, 13, s. 4371-4376 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  65. Udgivet

    Conformational rigidity and protein dynamics at distinct timescales regulate PTP1B activity and allostery

    Choy, M. S., Li, Y., Machado, L. E. S. F., Kunze, M. B. A., Connors, C. R., Wei, X., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 16 feb. 2017, I: Molecular Cell. 65, 4, s. 644-658 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  66. Udgivet

    Conserved conformational dynamics determine enzyme activity

    Torgeson, K. R., Clarkson, M. W., Granata, D., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 2022, I: Science Advances. 8, 31, 10 s., eabo5546.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  67. Udgivet

    Conserved degronome features governing quality control associated proteolysis

    Mashahreh, B., Armony, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Chappleboim, A., Friedman, N., Gardner, R. G., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Ravid, T., 2022, I: Nature Communications. 13, 1, 13 s., 7588.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  68. Udgivet

    Cryo-EM reveals the architecture of placental malaria VAR2CSA and provides molecular insight into chondroitin sulfate binding

    Wang, Kaituo, Dagil, Robert, Lavstsen, Thomas, Misra, S. K., Spliid, C. B., Wang, Y., Gustavsson, Tobias, Sandoval, D. R., Vidal-Calvo, E. E., Choudhary, Swati, Agerbæk, Mette Ørskov, Lindorff-Larsen, Kresten, Nielsen, Morten Agertoug, Theander, Thor Grundtvig, Sharp, J. S., Clausen, Thomas Mandel, Gourdon, Pontus Emanuel & Salanti, Ali, 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 10 s., 2956.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  69. Udgivet

    Cryo-EM structure of the human NKCC1 transporter reveals mechanisms of ion coupling and specificity

    Neumann, C., Rosenbæk, L. L., Flygaard, R. K., Habeck, M., Karlsen, J. L., Wang, Y., Lindorff-Larsen, Kresten, Gad, H. H., Hartmann, R., Lyons, J. A., Fenton, R. A. & Nissen, P., 2022, I: EMBO Journal. 41, 23, 15 s., e110169.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  70. Udgivet

    DEER-PREdict: Software for efficient calculation of spin-labeling EPR and NMR data from conformational ensembles

    Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Wang, Y., Crehuet, R. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: PLOS Computational Biology. 17, 1, 18 s., e1008551.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  71. Udgivet

    DNA-binding protects p53 from interactions with cofactors involved in transcription-independent functions

    Lambrughi, M., De Gioia, L., Gervasio, F. L., Lindorff-Larsen, Kresten, Nussinov, R., Urani, C., Bruschi, M. & Papaleo, E., 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, 19, s. 9096-9109 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  72. Udgivet

    Deciphering the Alphabet of Disorder-Glu and Asp Act Differently on Local but Not Global Properties

    Roesgaard, M. A., Lundsgaard, J. E., Newcombe, Estella Anne, Jacobsen, Nina Louise, Pesce, Francesco, Tranchant, E. E., Lindemose, Søren, Prestel, Andreas, Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2022, I: Biomolecules. 12, 10, 19 s., 1426.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  73. Udgivet

    Detection of initiation sites in protein folding of the four helix bundle ACBP by chemical shift analysis.

    Modig, K., Jürgensen, V. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Bohr, H. G. & Poulsen, F. M., 2007, I: FEBS Letters. 581, 25, s. 4965-4971 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  74. Determination of an ensemble of structures representing the denatured state of the bovine acyl-coenzyme a binding protein

    Lindorff-Larsen, Kresten, Kristjansdottir, S., Teilum, K., Fieber, W., Dobson, C. M., Poulsen, F. M. & Vendruscolo, M., 2004, I: Journal of the American Chemical Society. 126, 10, s. 3291-3219 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  75. Udgivet

    Discovering functionally important sites in proteins

    Cagiada, Matteo, Bottaro, S., Lindemose, Søren, Schenstrøm, S. M., Stein, Amelie, Hartmann-Petersen, Rasmus & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: Nature Communications. 14, 1, 13 s., 4175.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  76. Udgivet

    Disease-linked mutations cause exposure of a protein quality control degron

    Kampmeyer, Caroline, Larsen-Ledet, Sven, Wagnkilde, M. R., Michelsen, M., Iversen, Henriette Kring Mangor, Nielsen, S. V., Lindemose, Søren, Caregnato, A., Ravid, T., Stein, Amelie, Teilum, Kaare, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2022, I: Structure. 30, 9, s. 1245-1253.e5

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  77. Udgivet

    Dissecting the statistical properties of the linear extrapolation method of determining protein stability

    Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Protein engineering, design & selection : PEDS. 32, 10, s. 471-479 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  78. Udgivet

    Diversity-oriented peptide stapling: a third generation copper-catalysed azide–alkyne cycloaddition stapling and functionalisation strategy

    Tran, T. P., Larsen, C. Ø., Røndbjerg, T., de Foresta, M., Kunze, M. B. A., Marek, A., Hartvig Løper, J., Boyhus, L., Knuhtsen, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Pedersen, D. S., 8 mar. 2017, I: Chemistry: A European Journal. 23, 14, s. 3490-3495 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  79. Udgivet

    Double Mutant of Chymotrypsin Inhibitor 2 Stabilized through Increased Conformational Entropy

    Gavrilov, Y., Kümmerer, Felix, Orioli, S., Prestel, Andreas, Lindorff-Larsen, Kresten & Teilum, Kaare, 2022, I: Biochemistry. 61, 3, s. 160-170 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  80. Udgivet

    Dynamic activation and regulation of the mitogen-activated protein kinase p38

    Kumar, G. S., Clarkson, M. W., Kunze, M. B. A., Granata, D., Wand, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 1 maj 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 18, s. 4655-4660 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  81. Udgivet

    ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison

    Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  82. Udgivet

    Editorial overview: Theory and simulation: Interpreting experimental data at the molecular level

    Best, R. B. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 49, s. iv-v 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt

  83. Udgivet

    Effect of naturally-occurring mutations on the stability and function of cancer-associated NQO1: Comparison of experiments and computation

    Pacheco-Garcia, J. L., Cagiada, Matteo, Tienne-Matos, K., Salido, E., Lindorff-Larsen, Kresten & L. Pey, A., 2022, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 17 s., 1063620.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  84. Udgivet

    Enhancing coevolution-based contact prediction by imposing structural self-consistency of the contacts

    Kassem, M. M., Christoffersen, L. B., Cavalli, A. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Scientific Reports. 8, 11112.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  85. Udgivet

    Ensuring scientific reproducibility in bio-macromolecular modeling via extensive, automated benchmarks

    Koehler Leman, J., Lyskov, S., Lewis, S. M., Adolf-Bryfogle, J., Alford, R. F., Barlow, K., Ben-Aharon, Z., Farrell, D., Fell, J., Hansen, W. A., Harmalkar, A., Jeliazkov, J., Kuenze, G., Krys, J. D., Ljubetič, A., Loshbaugh, A. L., Maguire, J., Moretti, R., Mulligan, V. K., Nance, M. L. & 30 flere, Nguyen, P. T., Ó Conchúir, S., Roy Burman, S. S., Samanta, R., Smith, S. T., Teets, F., Tiemann, Johanna Katarina Sofie, Watkins, A., Woods, H., Yachnin, B. J., Bahl, C. D., Bailey-Kellogg, C., Baker, D., Das, R., DiMaio, F., Khare, S. D., Kortemme, T., Labonte, J. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Meiler, J., Schief, W., Schueler-Furman, O., Siegel, J. B., Stein, Amelie, Yarov-Yarovoy, V., Kuhlman, B., Leaver-Fay, A., Gront, D., Gray, J. J. & Bonneau, R., 2021, I: Nature Communications. 12, 15 s., 6947.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  86. Udgivet

    Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

    Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  87. Evaluating the effects of cutoffs and treatment of long-range electrostatics in protein folding simulations

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Dirks, R. M., Salmon, J. K., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 6, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  88. Udgivet

    Evolution i overhalingsbanen

    Abildgaard, A. B., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 15 dec. 2017, I: Weekendavisen. 2017, 50, s. Ideer: 13 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Bidrag til avis - Kronik › Formidling

  89. Udgivet

    Experimental parameterization of an energy function for the simulation of unfolded proteins

    Nørgaard, A. B., Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2008, I: Biophysical Journal. 94, 1, s. 182-192

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  90. Udgivet

    Exploiting hydrophobicity for efficient production of transmembrane helices for structure determination by NMR spectroscopy

    Bugge, K. Ø., Steinocher, H., Brooks, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2015, I: Analytical Chemistry. 87, 18, s. 9126–9131 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  91. Udgivet

    FRETpredict: a Python package for FRET efficiency predictions using rotamer libraries

    Montepietra, D., Tesei, Giulio, Martins, J. M., Kunze, M. B. A., Best, R. B. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2024, I: Communications Biology . 7, 1, 10 s., 298.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  92. Udgivet

    Fitting Corrections to an RNA Force Field Using Experimental Data

    Cesari, A., Bottaro, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Banás, P., Sponer, J. & Bussi, G., 2019, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 15, 6, s. 3425-3431

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  93. Udgivet

    Fitting Force Field Parameters to NMR Relaxation Data

    Kümmerer, Felix, Orioli, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 5 jun. 2023, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 19, 12, s. 3741-3751 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  94. Udgivet

    Fitting Side-Chain NMR Relaxation Data Using Molecular Simulations

    Kümmerer, Felix, Orioli, S., Harding-Larsen, D., Hoffmann, F., Gavrilov, Y., Teilum, Kaare & Lindorff-Larsen, Kresten, 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 8, s. 5262-5275 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  95. Udgivet

    Folding of heterologous proteins in bacterial cell factories: Cellular mechanisms and engineering strategies

    Rong, Y., Jensen, S. I., Lindorff-Larsen, Kresten & Nielsen, A. T., 2023, I: Biotechnology Advances. 63, 21 s., 108079.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  96. Udgivet

    Folliculin variants linked to Birt-Hogg-Dubé syndrome are targeted for proteasomal degradation

    Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Grønbæk-Thygesen, Martin, Nygaard, L., Søltoft, C. L., Nielsen, S. V., Lisby, Michael, Ravid, T., Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2020, I: PLOS Genetics. 16, 11, 28 s., e1009187.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  97. Udgivet

    Force Field Effects in Simulations of Flexible Peptides with Varying Polyproline II Propensity

    Jephthah, S., Pesce, Francesco, Lindorff-Larsen, Kresten & Skepö, M., 2021, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 17, 10, s. 6634-6646 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  98. Udgivet

    Formation of Native and Non-native Interactions in Ensembles of Denatured ACBP Molecules from Paramagnetic Relaxation Enhancement Studies

    Kristjansdottir, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Dobson, C. M., Vendruscolo, M. & Poulsen, F. M., 2005, I: Journal of Molecular Biology. 347, 5, s. 1053-1062

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  99. Udgivet

    Frequency adaptive metadynamics for the calculation of rare-event kinetics

    Wang, Y., Valsson, O., Tiwary, P., Parrinello, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Chemical Physics. 149, 7, s. 1-7 072309.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  100. Udgivet

    Gs protein peptidomimetics as allosteric modulators of the β2-adrenergic receptor

    Boyhus, L. E., Danielsen, Mia, Bengtson, N. S., Kunze, M. B. A., Kubiak, X., Sminia, T. J., Løper, J. H., Tran, P. T., Lindorff-Larsen, Kresten, Rasmussen, Søren Gøgsig Faarup, Mathiesen, Jesper M. & Pedersen, D. S., 2018, I: RSC Advances. 8, 4, s. 2219-2228 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 35228567