Mikkel Schubert
Forskningsfuldmægtig
Platforms
Blegdamsvej 3B, Mærsk Tårnet, 6-7-8. sal
2200 København N.
- 2024
- Udgivet
African bushpigs exhibit porous species boundaries and appeared in Madagascar concurrently with human arrival
Balboa, R. F., Bertola, L. D., Brüniche-Olsen, A., Rasmussen, M. S., Liu, X., Besnard, G., Salmona, J., Santander, C. G., He, S., Zinner, D., Pedrono, M., Muwanika, V., Masembe, C., Schubert, M., Kuja, J., Quinn, L., Garcia-Erill, G., Stæger, F. F., Rakotoarivony, R., Henrique, M. & 14 flere, , 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 15 s., 172.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Accepteret/In press
Genetic underpinnings of fasting and oral glucose-stimulated based insulin sensitivity indices
Suleman, Sufyan, Madsen, Anne Lundager, Ängquist, Lars, Schubert, Mikkel, Linneberg, Allan René, Loos, Ruth, Hansen, Torben & Grarup, Niels, 2024, (Accepteret/In press) I: Journal of Clinical Endocrinology and Metabolism.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Giraffe lineages are shaped by major ancient admixture events
Bertola, L. D., Quinn, L., Hanghøj, K., Garcia-Erill, G., Rasmussen, M. S., Balboa, R. F., Meisner, J., Bøggild, T., Wang, X., Lin, L., Nursyifa, C., Liu, X., Li, Z., Chege, M., Moodley, Y., Brüniche-Olsen, A., Kuja, J., Schubert, M., Agaba, M., Santander, C. G. & 7 flere, , 2024, I: Current Biology. 34, 7, s. 1576-1586.e5 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Introgression and disruption of migration routes have shaped the genetic integrity of wildebeest populations
Liu, X., Lin, L., Sinding, M. H. S., Bertola, L. D., Hanghøj, K., Quinn, L., Garcia-Erill, G., Rasmussen, M. S., Schubert, M., Pečnerová, P., Balboa, R. F., Li, Z., Heaton, M. P., Smith, T. P. L., Pinto, R. R., Wang, X., Kuja, J., Brüniche-Olsen, A., Meisner, J., Santander, C. G. & 8 flere, , 2024, I: Nature Communications. 15, 1, 16 s., 2921.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
Identification of genetic variants associated with a wide spectrum of phenotypes clinically diagnosed as Sanfilippo and Morquio syndromes using whole genome sequencing
Gul, Rutaba, Firasat, S., Schubert, Mikkel, Ullah, A., Peña Lozano, Elionora, Thuesen, Anne Cathrine Baun, Gjesing, A. P., Hussain, M., Tufail, M., Saqib, M., Afshan, K. & Hansen, Torben, 2023, I: Frontiers in Genetics. 14, 14 s., 1254909.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identifying the genetic causes of phenotypically diagnosed Pakistani mucopolysaccharidoses patients by whole genome sequencing
Gul, Rutaba, Firasat, S., Schubert, Mikkel, Ullah, A., Peña, E., Thuesen, Anne Cathrine Baun, Hussain, M., Stæger, Frederik Filip Vinggaard, Gjesing, A. P., Albrechtsen, Anders & Hansen, Torben, 2023, I: Frontiers in Genetics. 14, 13 s., 1128850.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Authentication and assessment of contamination in ancient DNA
Renaud, Gabriel, Schubert, Mikkel, Sawyer, S. & Orlando, L., 2019, Ancient DNA: Methods and Protocols. Shapiro, B., Barlow, A., Heintzman, P. D., Hofreiter, M., Paijmans, J. L. A. & Soares, A. E. R. (red.). 2. ed. udg. Humana Press, s. 163-194 32 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1963).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Horse Y chromosome assembly displays unique evolutionary features and putative stallion fertility genes
Janečka, J. E., Davis, B. W., Ghosh, S., Paria, N., Das, P. J., Orlando, L., Schubert, Mikkel, Nielsen, M. K., Stout, T. A. E., Brashear, W., Li, G., Johnson, C. D., Metz, R. P., Zadjali, A. M. A., Love, C. C., Varner, D. D., Bellott, D. W., Murphy, W. J., Chowdhary, B. P. & Raudsepp, T., 1 dec. 2018, I: Nature Communications. 9, 1, 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient genomes revisit the ancestry of domestic and Przewalski's horses
Gaunitz, C., Fages, A. A., Hanghøj, K. E., Albrechtsen, A., Khan, N., Schubert, M., Seguin-Orlando, A., Owens, I. J., Felkel, S., Bignon-Lau, O., Damgaard, P. D. B., Mittnik, A., Mohaseb, A. F., Davoudi, H., Alquraishi, S., Alfarhan, A. H., Al-Rasheid, K. A. S., Crubézy, E., Benecke, N., Olsen, S. & 27 flere, , 2018, I: Science. 360, 6384, s. 111-114 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
High-Throughput DNA sequencing of ancient wood
Wagner, S., Lagane, F., Seguin-Orlando, A., Schubert, M., Leroy, T., Guichoux, E., Chancerel, E., Bech-Hebelstrup, I., Bernard, V., Billard, C., Billaud, Y., Bolliger, M., Croutsch, C., Cufar, K., Eynaud, F., Heussner, K. U., Koeninger, J., Langenegger, F., Leroy, F., Lima, C. & 15 flere, , 2018, I: Molecular Ecology. 27, 5, s. 1138-1154 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Developing a 670k genotyping array to tag ~2M SNPs across 24 horse breeds
Schaefer, R. J., Schubert, M., Bailey, E., Bannasch, D. L., Barrey, E., Bar-Gal, G. K., Brem, G., Brooks, S. A., Distl, O., Fries, R., Finno, C. J., Gerber, V., Haase, B., Jagannathan, V., Kalbfleisch, T., Leeb, T., Lindgren, G., Lopes, M. S., Mach, N., Machado, A. D. C. & 15 flere, , 27 jul. 2017, I: BMC Genomics. 18, 18 s., 565.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient genomic changes associated with domestication of the horse
Sanz, P. L., Gamba, C., Gaunitz, C., Der Sarkissian, C., Pruvost, M., Albrechtsen, A., Fages, A. A., Khan, N., Schubert, M., Jagannathan, V., Serres-Armero, A., Kuderna, L. F. K., Povolotskaya, I. S., Seguin-Orlando, A., Lepetz, S., Neuditschko, M., Thèves, C., Alquraishi, S., Alfarhan, A. H., AL-Rasheid, K. & 13 flere, , 28 apr. 2017, I: Science. 356, 6336, s. 442-445 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Zonkey: a simple, accurate and sensitive pipeline to genetically identify equine Fl-hybrids in archaeological assemblages
Schubert, Mikkel, Mashkour, M., Gaunitz, Charleen, Fages, A. A., Seguin-Orlando, A., Sheikhi, S., Alfarhan, A. H., Alquraishi, S. A., Al-Rasheid, K. A. S., Chuang, R., Ermini, L., Gamba, C., Weinstock, J., Vedat, O. & Orlando, L. A. A., feb. 2017, I: Journal of Archaeological Science. 78, s. 147-157 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolutionary patterns and processes: lessons from ancient DNA
Leonardi, M., Sanz, P. L., Der Sarkissian, C., Schubert, Mikkel, Alfarhan, A. H., Alquraishi, S. A., Al-Rasheid, K. A. S., Gamba, C., Willerslev, Eske & Orlando, L. A. A., 2017, I: Systematic Biology. 66, 1, s. e1-e29 29 s., syw059.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
The evolutionary origin and genetic makeup of domestic horses
Sanz, P. L., Fages, A. A., Gaunitz, Charleen, Leonardi, M., Wagner, S., Khan, N., Hanghøj, Kristian Ebbesen, Alquraishi, S. A., Alfarhan, A. H., Al-Rasheid, K. A., Der Sarkissian, C., Schubert, Mikkel & Orlando, L. A. A., okt. 2016, I: Genetics. 204, 2, s. 423-434 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genomewide catalogue of single nucleotide polymorphisms in white-beaked and Atlantic white-sided dolphins
Fernandez Garcia, R., Schubert, Mikkel, Vargas-Velazquez, A. M., Brownlow, A., Vikingsson, G. A., Siebert, U., Jensen, L. F., Øien, N., Wall, D., Rogan, E., Mikkelsen, B., Dabin, W., Alfarhan, A. H., Alquraishi, S. A., Al-Rasheid, K. A. S., Guillot, G. & Orlando, L. A. A., 2016, I: Molecular Ecology Resources. 16, 1, s. 266-276 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
AdapterRemoval v2: rapid adapter trimming, identification, and read merging
Schubert, Mikkel, Lindgreen, S. & Orlando, L. A. A., 2016, I: BMC Research Notes. 9, 7 s., 88.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast, accurate and automatic ancient nucleosome and methylation maps with epiPALEOMIX
Hanghøj, Kristian Ebbesen, Seguin-Orlando, A., Schubert, Mikkel, Madsen, T., Pedersen, J. S., Willerslev, Eske & Orlando, L. A. A., 2016, I: Molecular Biology and Evolution. 33, 12, s. 3284-3298 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic characterization of a South American Phytophthora hybrid mandates reassessment of the geographic origins of Phytophthora infestans
Martin, M. D., Vieira, Filipe Garrett, Ho, S. Y. W., Wales, N., Schubert, Mikkel, Seguin-Orlando, A., Ristaino, J. B. & Gilbert, M Thomas P, 2016, I: Molecular Biology and Evolution. 33, 2, s. 478-491 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Regulatory mutations in TBX3 disrupt asymmetric hair pigmentation that underlies Dun camouflage color in horses
Imsland, F., McGowan, K., Rubin, C., Henegar, C., Sundström, E., Berglund, J., Schwochow, D., Gustafson, U., Imsland, P., Lindblad-Toh, K., Lindgren, G., Mikko, S., Millon, L., Wade, C., Schubert, Mikkel, Orlando, L. A. A., Penedo, M. C. T., Barsh, G. S. & Andersson, L., 2016, I: Nature Genetics. 48, 2, s. 152-158 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Ancient genomics
Der Sarkissian, C., Allentoft, M. E., Avila Arcos, M. D. C., Barnett, R., Campos, P. F., Cappellini, E., Ermini, L., Fernandez Garcia, R., Rodrigues da Fonseca, R. A., Ginolhac, A., Hansen, A. J., Jónsson, H., Korneliussen, T. S., Margaryan, A., Martin, M. D., Moreno Mayar, J. V., Raghavan, M., Rasmussen, M., Sandoval Velasco, M., Schroeder, H. & 6 flere, , 2015, I: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 370, 1660, 12 s., 20130387.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Early divergent strains of Yersinia pestis in Eurasia 5,000 years ago
Rasmussen, S., Allentoft, M. E., Nielsen, K., Orlando, L. A. A., Sikora, M., Sjögren, K-G., Pedersen, A. G., Schubert, M., Van Dam, A., Kapel, C. M. O., Nielsen, H. B., Brunak, S., Avetisyan, P., Epimakhov, A., Khalyapin, M. V., Gnuni, A., Kriiska, A., Lasak, I., Metspalu, M., Moiseyev, V. & 11 flere, , 2015, I: Cell. 163, 3, s. 571-582 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolutionary genomics and conservation of the endangered Przewalski's horse
Der Sarkissian, C., Ermini, L., Schubert, M., Yang, M. A., Sanz, P. L., Fumagalli, M., Jónsson, H., Bar-Gal, G. K., Albrechtsen, A., Garrett Vieira, F. J., Petersen, B., Ginolhac, A., Seguin-Orlando, A., Magnussen, K., Fages, A. A., Gamba, C., Lorente-Galdos, B., Polani, S., Steiner, C., Neuditschko, M. & 17 flere, , 2015, I: Current Biology. 25, 19, s. 2577-2583 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mitochondrial genomes reveal the extinct Hippidion as an outgroup to all living equids
Der Sarkissian, C., Mouatt, J. T. V., Schubert, Mikkel, Seguin-Orlando, A., Eme, D., Weinstock, J., Teresa Alberdi, M., Martin, F., Lopez, P. M., Prado, J. L., Prieto, A., Douady, C. J., Stafford jr., T., Willerslev, Eske & Orlando, L. A. A., 2015, I: Biology Letters. 11, 3, 5 s., 20141058.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Tracking the origins of Yakutian horses and the genetic basis for their fast adaptation to subarctic environments
Sanz, P. L., Der Sarkissian, C., Ermini, L., Schubert, M., Jónsson, H., Albrechtsen, A., Fumagalli, M., Yang, M. A., Gamba, C., Seguin-Orlando, A., Mortensen, C. D., Petersen, B., Hoover, C. A., Lorente-Galdos, B., Nedoluzhko, A., Boulygina, E., Tsygankova, S., Neuditschko, M., Jagannathan, V., Theves, C. & 20 flere, , 2015, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 112, 50, s. E6889-E6897 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Characterization of ancient and modern genomes by SNP detection and phylogenomic and metagenomic analysis using PALEOMIX
Schubert, Mikkel, Ermini, L., Der Sarkissian, C., Jónsson, H., Ginolhac, A., Schaefer, R., Martin, M. D., Fernandez Garcia, R., Kircher, M., McCue, M., Willerslev, Eske & Orlando, L. A. A., 2014, I: Nature Protocols. 9, 5, s. 1056-82 27 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative genomics reveals insights into avian genome evolution and adaptation
Zhang, G., Li, C., Li, Q., Li, B., Larkin, D. M., Lee, C., Storz, J. F., Antunes, A., Greenwold, M. J., Meredith, R. W., Ödeen, A., Cui, J., Zhou, Q., Xu, L., Pan, H., Wang, Z., Jin, L., Zhang, P., Hu, H., Yang, W. & 85 flere, , 2014, I: Science. 346, 6215, s. 1311-1320 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Prehistoric genomes reveal the genetic foundation and cost of horse domestication
Schubert, M., Jónsson, H., Chang, D., Der Sarkissian, C., Ermini, L., Ginolhac, A., Albrechtsen, A., Dupanloup, I., Foucal, A., Petersen, B., Fumagalli, M., Raghavan, M., Seguin-Orlando, A., Korneliussen, T. S., Velazquez, A. M. V., Stenderup, J., Hoover, C. A., Rubin, C-J., Alfarhan, A. H., Alquraishi, S. A. & 15 flere, , 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 52, s. E5661–E5669 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Speciation with gene flow in equids despite extensive chromosomal plasticity
Jónsson, H., Schubert, M., Seguin-Orlando, A., Ginolhac, A., Petersen, L., Fumagalli, M., Albrechtsen, A., Petersen, B., Korneliussen, T. S., Mouatt, J. T. V., Lear, T., Myka, J. L., Lundquist, J., Miller, D. C., Alfarhan, A. H., Alquraishi, S. A., Al-Rasheid, K. A. S., Stagegaard, J., Strauss, G., Bertelsen, M. F. & 6 flere, , 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 52, s. 18655–18660 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
Ligation bias in Illumina next-generation DNA libraries: implications for sequencing ancient genomes
Seguin-Orlando, A., Schubert, Mikkel, Clary, J., Stagegaard, J., Alberdi, M. T., Prado, J. L., Prieto, A., Willerslev, Eske & Orlando, L. A. A., 29 okt. 2013, I: PLoS ONE. 8, 10, 11 s., e78575.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse
Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, , 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
mapDamage2.0: fast approximate Bayesian estimates of ancient DNA damage parameters
Jónsson, H., Ginolhac, A., Schubert, Mikkel, Johnson, P. L. F. & Orlando, L. A. A., 1 jul. 2013, I: Bioinformatics. 29, 13, s. 1682-1684 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes
Schubert, Mikkel, Ginolhac, A., Lindgreen, S., Thompson, J. F., Al-Rasheid, K. A. S., Willerslev, Eske, Krogh, Anders & Orlando, L. A. A., 2012, I: BMC Genomics. 13, 15 s., 178.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 336978246
Flest downloads
-
3598
downloads
Ligation bias in Illumina next-generation DNA libraries: implications for sequencing ancient genomes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
3328
downloads
Improving ancient DNA read mapping against modern reference genomes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1003
downloads
Ancient genomics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet