Ole Winther

Ole Winther

Professor MSO, Gæsteprofessor

Medlem af:

    ORCID: 0000-0002-1966-3205

    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 84 ud af 84Pr. side: 100
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 2024
    2. Udgivet

      Can large language models reason about medical questions?

      Liévin, V., Hother, C. E., Motzfeldt, A. G. & Winther, Ole, 2024, I: Patterns. 5, 3, 12 s., 100943.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. Udgivet

      DeepLocRNA: an interpretable deep learning model for predicting RNA subcellular localization with domain-specific transfer-learning

      Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 10 s., btae065.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    4. Udgivet

      DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations

      Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. 2023
    6. Udgivet

      Deep integrative models for large-scale human genomics

      Sigurdsson, Arnór Ingi, Louloudis, Ioannis, Banasik, Karina, Westergaard, David, Winther, Ole, Lund, O., Ostrowski, Sisse Rye, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nyegaard, Mette, Brunak, Søren, Vilhjálmsson, B. & Rasmussen, Simon, 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      DeepPeptide predicts cleaved peptides in proteins using conditional random fields

      Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 10, 6 s., btad616.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      Deorphanizing Peptides Using Structure Prediction

      Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Kasimova, M. A., Deibler, K., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 63, 9, 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    9. Udgivet

      DermX: An end-to-end framework for explainable automated dermatological diagnosis

      Jalaboi, R., Faye, F., Orbes-Arteaga, M., Jørgensen, D., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Medical Image Analysis. 83, 12 s., 102647.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      Explainable Image Quality Assessments in Teledermatological Photography

      Jalaboi, R., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Telemedicine and e-Health. 29, 9, s. 1342-1348 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Graph neural network interatomic potential ensembles with calibrated aleatoric and epistemic uncertainty on energy and forces

      Busk, J., Schmidt, M. N., Winther, Ole, Vegge, T. & Jørgensen, P. B., 2023, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 25, s. 25828-25837 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      GraphPart: homology partitioning for biological sequence analysis

      Teufel, Felix Georg, Gíslason, M. H., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Winther, Ole & Nielsen, H., 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 4, 9 s., lqad088.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      Molecular Representations in Machine-Learning-Based Prediction of PK Parameters for Insulin Analogs

      Einarson, K. A., Bendtsen, K. M., Li, K., Thomsen, M., Kristensen, N. R., Winther, Ole, Fulle, S., Clemmensen, L. & Refsgaard, H. H. F., 2023, I: ACS Omega. 8, 26, s. 23566-23578 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      RNA trafficking and subcellular localization—a review of mechanisms, experimental and predictive methodologies

      Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2023, I: Briefings in Bioinformatics. 24, 5, 14 s., bbad249.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. Udgivet

      Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

      Horlacher, M., Wagner, N., Moyon, L., Kuret, K., Goedert, N., Salvatore, Marco, Ule, J., Gagneur, J., Winther, Ole & Marsico, A., 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 37 s., 180.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. Udgivet

      Transfer learning identifies sequence determinants of cell-type specific regulatory element accessibility

      Salvatore, Marco, Horlacher, M., Marsico, A., Winther, Ole & Andersson, Robin, 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 2, 10 s., 026.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      Uncertainty-aware and explainable machine learning for early prediction of battery degradation trajectory

      Rieger, L. H., Flores, E., Nielsen, K. F., Norby, P., Ayerbe, E., Winther, Ole, Vegge, T. & Bhowmik, A., 2023, I: Digital Discovery. 2, 1, s. 112-122 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      Variational Open-Domain Question Answering

      Liévin, V., Motzfeldt, A. G., Jensen, I. R. & Winther, Ole, 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 202, s. 20950-20977 28 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. 2022
    20. Udgivet

      Calibrated uncertainty for molecular property prediction using ensembles of message passing neural networks

      Busk, J., Jørgensen, P. B., Bhowmik, A., Schmidt, M. N., Winther, Ole & Vegge, T., 2022, I: Machine Learning: Science and Technology. 3, 1, 12 s., 015012.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. Udgivet

      DeepLoc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models

      Thumuluri, V., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Nielsen, H. & Winther, Ole, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W228-W234

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      Interpretable autoencoders trained on single cell sequencing data can transfer directly to data from unseen tissues

      Walbech, J. S., Kinalis, S., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Bagger, F. O., 2022, I: Cells. 11, 12 s., 85.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      NetSurfP-3.0: accurate and fast prediction of protein structural features by protein language models and deep learning

      Høie, M. H., Kiehl, E. N., Petersen, Bent, Nielsen, M., Winther, Ole, Nielsen, H., Hallgren, J. & Marcatili, P., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W510-W515 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models

      Teufel, Felix Georg, Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, Konstantinos, Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1023-1025

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

    25. Udgivet

      Transfer learning reveals sequence determinants of regulatory element accessibility

      Salvatore, Marco, Horlacher, M., Winther, Ole & Andersson, Robin, 2022, bioRxiv, 24 s.

      Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

    26. Udgivet

      Transition1x: a dataset for building generalizable reactive machine learning potentials

      Schreiner, M., Bhowmik, A., Vegge, T., Busk, J. & Winther, Ole, 2022, I: Scientific Data. 9, 1, 9 s., 779.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. 2021
    28. Udgivet

      A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data

      Gabrielaite, M., Torp, M., Rasmussen, M., Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C., Kinalis, S., Madsen, M., Yde, C., Rønn, O. L., Marvig, R., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, bioRxiv, 29 s.

      Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

    29. Udgivet

      A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data

      Gabrielaite, M., Torp, M. H., Rasmussen, Malthe Sebro, Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C. B., Kinalis, S., Madsen, M. B., Kodama, M., Demircan, G. S., Simonyan, A., Yde, C. W., Olsen, L. R., Marvig, R. L., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, I: Cancers. 13, 24, 6283.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Udgivet

      Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders

      Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Udgivet

      NetTCR-2.0 enables accurate prediction of TCR-peptide binding by using paired TCRα and β sequence data

      Montemurro, A., Schuster, Viktoria, Povlsen, H. R., Bentzen, A. K., Jurtz, V., Chronister, W. D., Crinklaw, A., Hadrup, S. R., Winther, Ole, Peters, B., Jessen, L. E. & Nielsen, M., 2021, I: Communications Biology . 4, 13 s., 1060.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. Udgivet

      Reducing the rate of psychiatric re-admissions in bipolar disorder using smartphones - The RADMIS trial

      Faurholt-Jepsen, M., Lindbjerg Tønning, M., Fros, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlund, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 143, 5, s. 453-465 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    33. Udgivet

      The effect of smartphone-based monitoring and treatment on the rate and duration of psychiatric readmission in patients with unipolar depressive disorder: The RADMIS randomized controlled trial

      Tønning, M. L., Faurholt-Jepsen, Maria , Frost, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Melbye, S. A., Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlundh, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Journal of Affective Disorders. 282, s. 354-363 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. 2020
    35. Udgivet

      Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach

      Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    36. Udgivet

      Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments

      Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    37. Udgivet

      Deep Learning for Diagnostic Binary Classification of Multiple-Lesion Skin Diseases

      Thomsen, K., Christensen, A. L., Iversen, L., Lomholt, H. B. & Winther, Ole, 2020, I: Frontiers in Medicine. 7, 7 s., 574329.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    38. Udgivet

      Identification and validation of 174 COVID-19 vaccine candidate epitopes reveals low performance of common epitope prediction tools

      Prachar, Marek, Justesen, S., Steen-Jensen, D. B., Thorgrimsen, S., Jurgons, E., Winther, Ole & Bagger, F. O., 2020, I: Scientific Reports. 10, 8 s., 20465.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      Optimal Variance Control of the Score-Function Gradient Estimator for Importance Weighted Bounds

      Liévin, V., Dittadi, A., Christensen, Anders & Winther, Ole, 2020, I: Advances in Neural Information Processing Systems. 2020-December, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

    40. Udgivet

      Systematic review of machine learning for diagnosis and prognosis in dermatology

      Thomsen, K., Iversen, L., Titlestad, T. L. & Winther, Ole, 2020, I: Journal of Dermatological Treatment. 31, 5, s. 496-510

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    41. Udgivet

      scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data

      Grønbech, Christopher Heje, Vording, M. F., Timshel, P., Sønderby, C. K., Pers, Tune H & Winther, Ole, 2020, I: Bioinformatics. 36, 16, s. 4415-4422 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    42. 2019
    43. Udgivet

      SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks

      Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

    44. Udgivet

      A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning

      Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    45. Udgivet

      Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data

      Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    46. Udgivet

      Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning

      Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    47. Udgivet

      NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning

      Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    48. 2018
    49. Udgivet

      Binning microbial genomes using deep learning

      Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).

      Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

    50. Udgivet

      SinaPlot: an enhanced chart for simple and truthful representation of single observations over multiple classes

      Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, Bo Torben, Winther, Ole, Rapin, N. & Bagger, F. O., 2018, I: Journal of Computational and Graphical Statistics. 27, 3, s. 673-676 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    51. 2017
    52. Udgivet

      An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions

      Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    53. Udgivet

      DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning

      Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    54. Udgivet

      The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study

      Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    55. 2016
    56. Udgivet

      Angiotensinogen and HLA class II predict bevacizumab response in recurrent glioblastoma patients

      Urup, T., Michaelsen, Signe Regner, Olsen, L. R., Toft, A., Christensen, I. J., Grunnet, K., Winther, Ole, Broholm, H., Kosteljanetz, M., Issazadeh-Navikas, Shohreh, Poulsen, H. S. & Lassen, Ulrik Niels, okt. 2016, I: Molecular Oncology. 10, 8, s. 1160-1168

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    57. Udgivet

      BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis

      Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    58. Udgivet

      Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric

      Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    59. Udgivet

      Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age

      Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    60. Udgivet

      Ladder variational autoencoders

      Sønderby, C. K., Raiko, T., Maaløe, L., Sønderby, S. K. & Winther, Ole, 2016, Advances in Neural Information Processing Systems 29 (NIPS 2016). Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Curran Associates, Inc., s. 3745-3753 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    61. Udgivet

      Sequential neural models with stochastic layers

      Fraccaro, M., Sønderby, S. K., Paquet, U. & Winther, Ole, 2016, Neural Information Processing Systems 2016. Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Neural Information Processing Systems Foundation, s. 2207-2215 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    62. Udgivet

      The middle ear immune defense changes with age

      Nielsen, M. C., Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan & Cayé-Thomasen, Per, 2016, I: European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 273, 1, s. 81-86 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    63. 2015
    64. Udgivet

      Cellular origin of prognostic chromosomal aberrations in AML patients

      Mora-Jensen, H., Jendholm, L. J., Rapin, N. P. J., Andersen, M. K., Roug, A. S., Bagger, F. O., Bullinger, L., Winther, Ole, Borregaard, N., Porse, Bo Torben & Theilgaard-Mønch, Kim, 11 feb. 2015, I: Leukemia. 29, s. 1785-1789 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    65. Udgivet

      A computational method for identification of vaccine targets from protein regions of conserved human leukocyte antigen binding

      Olsen, L. R., Simon, C., Kudahl, U. J., Bagger, F. O., Winther, Ole, Reinherz, E. L., Zhang, G. L. & Brusic, V., 2015, I: B M C Medical Genomics. 8, Suppl 4, 6 s., 5.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    66. Udgivet

      Airway inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps and asthma: the united airways concept further supported

      Håkansson, K., Bachert, C., Konge, Lars, Thomsen, Simon Francis, Pedersen, Anders Elm, Poulsen, Steen Seier, Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Backer, Vibeke & von Buchwald, Christian, 2015, I: PloS one. 10, 7, 11 s., e0127228.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    67. Udgivet

      Cancers of unknown primary origin (CUP) are characterized by chromosomal instability (CIN) compared to metastasis of know origin

      Vikeså, J., Møller, A. K. H., Kaczkowski, B., Helweg-Larsen, R. B., Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Krogh, Anders, Perell, K., Jensen, F., Daugaard, G. & Nielsen, Finn Cilius, 2015, I: B M C Cancer. 15, 14 s., 151.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    68. Udgivet

      Convolutional LSTM networks for subcellular localization of proteins

      Sønderby, S. K., Sønderby, C. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 2015, Algorithms for Computational Biology. Dediu, A-H., Hernández-Quiroz, F., Martín-Vide, C. & Rosenblueth, D. A. (red.). Springer, s. 68-80 13 s. (Lecture notes in computer science, Bind 9199).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    69. Udgivet

      Differential gene expression in the otic capsule and the middle ear-an annotation of bone-related signaling genes

      Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Rye-Jørgensen, N., Bloch, S. & Sørensen, Mads Sølvsten, 2015, I: Otology & Neurotology. 36, 4, s. 727-732 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    70. Udgivet

      Tumor suppressor ASXL1 is essential for the activation of INK4B expression in response to oncogene activity and anti-proliferative signals

      Wu, X., Bekker-Jensen, I. H., Christensen, J., Rasmussen, K. D., Sidoli, S., Qi, Y., Kong, Y., Wang, X., Cui, Y., Xiao, Z., Xu, G., Williams, K., Rappsilber, J., Sønderby, C. K., Winther, Ole, Jensen, O. N. & Helin, K., 2015, I: Cell Research. 25, s. 1205-1218 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    71. 2014
    72. Udgivet

      Comparing cancer vs normal gene expression profiles identifies new disease entities and common transcriptional programs in AML patients

      Rapin, N. P. J., Bagger, F. O., Jendholm, L. J., Mora-Jensen, H., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 6 feb. 2014, I: Blood (online). 123, 6, s. 894-904 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    73. Udgivet

      Bioinformatics for cancer immunotherapy target discovery

      Olsen, L. R., Campos, B., Stein Barnkob, M., Winther, Ole, Brusic, V. & Andersen, M. H., 2014, I: Cancer Immunology, Immunotherapy. 63, 12, s. 1235-1249 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    74. Udgivet

      Bone signaling in middle ear development: a genome-wide differential expression analysis

      Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Cayé-Thomasen, Per & Sørensen, Mads Sølvsten, 2014, I: Anatomical Record. 297, 12, s. 2349-2355 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    75. Udgivet

      MicroRNA expression analysis and Multiplex ligation-dependent probe amplification in metastatic and non-metastatic uveal melanoma

      Larsen, A., Holst, L. M., Kaczkowski, B., Andersen, M. T., Manfé, V., Siersma, Volkert Dirk, Kolko, Miriam, Kiilgaard, Jens Folke, Winther, Ole, Prause, J. U., Gniadecki, R. & Heegaard, Steffen, 2014, I: Acta Ophthalmologica. 92, 6, s. 541-549

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    76. Udgivet

      Tumor antigens as proteogenomic biomarkers in invasive ductal carcinomas

      Olsen, L. R., Campos, B., Winther, Ole, Sgroi, D. C., Karger, B. L. & Brusic, V., 2014, I: B M C Medical Genomics. 7, 3, s. 1-13 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    77. 2013
    78. Udgivet

      Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells

      Strickertsson, J. A. B., Desler, Claus, Martin-Bertelsen, T., Machado, A. M. D., Wadstrøm, T., Winther, Ole, Rasmussen, Lene Juel & Friis-Hansen, Lennart Jan, 2013, I: PLOS ONE. 8, 4, s. 1-13 13 s., e63147.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    79. Udgivet

      HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis

      Bagger, F. O., Rapin, N. P. J., Theilgaard-Mønch, Kim, Kaczkowski, B., Thorén, L. A. M., Jendholm, L. J., Winther, Ole & Porse, Bo Torben, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, Database issue, s. D1034-D1039 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    80. Udgivet

      Improving The Analysis Of Gene Expression Profiles By Comparing AML Blasts With Their Nearest Normal Counterparts

      Rapin, N., Bagger, F. O., Jendholm, J., Mora-Jensen, H. I., Krogh, Anders, Kohlmann, A., Thiede, C., Borregaard, N., Bullinger, L., Winther, Ole, Theilgaard-Mønch, Kim & Porse, Bo Torben, 2013, I: Blood. 122, 21

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    81. Udgivet

      Literature classification for semi-automated updating of biological knowledgebases

      Olsen, L. R., Kudahl, U. J., Winther, Ole & Brusic, V., 2013, I: B M C Genomics. 14(Suppl 5), 10 s., S14.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    82. 2012
    83. Udgivet

      Down-regulation of microRNAs controlling tumourigenic factors in follicular thyroid carcinoma

      Rossing, M., Helweg-Larsen, R. B., Henao Giraldo, R., Winther, Ole, Vikeså, J., Niazi, O., Godballe, C., Krogdahl, A., Glud, M., Sørensen, C. H., Kiss, K., Bennedbæk, F. N. & Nielsen, Finn Cilius, 2012, I: Journal of Molecular Endocrinology. 48, 1, s. 11-23 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    84. Udgivet

      Integrative analyses reveal novel strategies in HPV11,-16 and -45 early infection

      Kaczkowski, B., Rossing, M., Andersen, D. K., Dreher, A., Morevati, M., Visser, M. A., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Norrild, B., 2012, I: Scientific Reports. 2, s. 515

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    85. Udgivet

      Predictive active set selection methods for Gaussian processes

      Henao, R. & Winther, Ole, 2012, I: Neurocomputing. 80, s. 10-18 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

    86. 2011
    87. Udgivet

      Gene expression of the endolymphatic sac

      Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Friis-Hansen, Lennart Jan, Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Sørensen, Mads Sølvsten & Qvortrup, Klaus, 2011, I: Acta Oto-Laryngologica. 131, 12, s. 1257-63 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    88. 2010
    89. Udgivet

      Molecular signatures of thyroid follicular neoplasia

      Helweg-Larsen, R. B., Rossing, M., Henao Giraldo, R., Yamamoto, Y., Krogdahl, A., Godballe, C., Winther, Ole, Kiss, K., Christensen, L. H., Høgdall, Estrid Vilma Solyom, Bennedbæk, F. N. & Nielsen, Finn Cilius, 2010, I: Endocrine - Related Cancer. 17, 3, s. 691-708 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    90. Udgivet

      Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements

      Carstensen, L., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Hansen, Niels Richard, 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, s. 456

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    91. Udgivet

      Transcriptional regulation of gene expression clusters in motor neurons following spinal cord injury

      Ryge, J., Winther, Ole, Wienecke, Jacob, Sandelin, Albin Gustav, Westerdahl, A., Hultborn, Hans & Kiehn, O., 2010, I: BMC Genomics. 11, 1, s. 365 22 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    92. 2009
    93. Udgivet

      Discovery of regulatory elements is improved by a discriminatory approach

      Valen, E., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Krogh, Anders, 2009, I: PLoS Computational Biology. 5, 11, s. e1000562

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    94. Udgivet

      Genome-wide detection and analysis of hippocampus core promoters using DeepCAGE

      Valen, E., Pascarella, G., Chalk, A., Maeda, N., Kojima, M., Kawazu, C., Murata, M., Nishiyori, H., Lazarevic, D., Motti, D., Marstrand, T. T., Tang, M-H. E., Zhao, X., Krogh, A., Winther, O., Arakawa, T., Kawai, J., Wells, C., Daub, C., Harbers, M. & 4 flere, Hayashizaki, Y., Gustincich, S., Sandelin, Albin Gustav & Carninci, P., 2009, I: Genome Research. 19, 2, s. 255-65 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    95. Udgivet

      RSK is a principal effector of the RAS-ERK pathway for eliciting a coordinate promotile/invasive gene program and phenotype in epithelial cells

      Doehn, U., Hauge, C., Frank, S. R., Jensen, C. A. J., Duda, K., Nielsen, J. V., Cohen, M. S., Johansen, Jens Vilstrup, Winther, B. R., Lund, L. R., Winther, Ole, Taunton, J., Hansen, S. H. & Frödin, Morten, 2009, I: Molecular Cell. 35, 4, s. 511-22 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    96. Udgivet

      The transcriptional network that controls growth arrest and differentiation in a human myeloid leukemia cell line

      Suzuki, H., Forrest, A. R. R., van Nimwegen, E., Daub, C. O., Balwierz, P. J., Irvine, K. M., Lassmann, T., Ravasi, T., Hasegawa, Y., de Hoon, M. J. L., Katayama, S., Schroder, K., Carninci, P., Tomaru, Y., Kanamori-Katayama, M., Kubosaki, A., Akalin, A., Ando, Y., Arner, E., Asada, M. & 31 flere, Asahara, H., Bailey, T., Bajic, V. B., Bauer, D., Beckhouse, A. G., Bertin, N., Björkegren, J., Brombacher, F., Bulger, E., Chalk, A. M., Chiba, J., Cloonan, N., Dawe, A., Dostie, J., Engström, P. G., Essack, M., Faulkner, G. J., Fink, J. L., Fredman, D., Fujimori, K., Furuno, M., Gojobori, T., Gough, J., Grimmond, S. M., Jacobsen, A., Krogh, Anders, Nygaard, S., Sandelin, Albin Gustav, Valen, E., Winther, Ole & Riken Omics Science Center, R. O. S. C., 2009, I: Nature Genetics. 41, 5, s. 553-62 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    97. 2008
    98. Udgivet

      BayesMD: Flexible Biological Modeling for Motif Discovery

      Tang, M. E., Krogh, Anders & Winther, Ole, 2008, I: Journal of Computational Biology. 15, 10, s. 1347-63 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    99. Udgivet

      JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.

      Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    100. 2006
    101. Udgivet

      Growth-rate regulated genes have profound impact on interpretation of transcriptome profiling in Saccharomyces cerevisiae

      Regenberg, Birgitte, Grotkjaer, T., Winther, Ole, Fausbøll, A., Akesson, M., Bro, C., Hansen, L. K., Brunak, Søren & Nielsen, Jens Bo, 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7, 11, s. R107

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    102. Robust multi-scale clustering of large DNA microarray datasets with the consensus algorithm

      Grotkjær, T., Winther, Ole, Regenberg, Birgitte, Nielsen, J. & Hansen, L. K., 2006, I: Bioinformatics. 22, 1, s. 58-67 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    ID: 171145930