Filipe Jorge Garrett Vieira
Forskningskonsulent
- 2023
- Udgivet
Uncovering neutral and adaptive genomic differentiation among European perch with brackish water and freshwater origin in the western Baltic Sea region
Skovrind, Mikkel, Antunes Pacheco, George, Christensen, E. A. F., Gopalakrishnan, Shyam, Fietz, K., Holm-Hansen, T. H., Vieira, Filipe Garrett, Krag, M. A., Carl, Henrik, Gilbert, M Thomas P, Olsen, Morten Tange & Møller, Peter Rask, 2023, I: Fisheries Research. 268, 11 s., 106846.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Intestinal metaplasia is a precursor lesion for sinonasal intestinal-type adenocarcinoma: genomic investigation of a case proving this hypothesis
Sjöstedt, S., Schmidt, A. Y., Vieira, Filipe Garrett, Woller, N. C., Nielsen, Finn Cilius & von Buchwald, Christian, jan. 2022, I: APMIS. 130, 1, s. 53-56 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differences in gene expression despite identical histomorphology in sinonasal intestinal-type adenocarcinoma and metastases from colorectal adenocarcinoma
Sjöstedt, S., Vieira, Filipe Garrett, Karnov, K., Agander, T. K., Willemoe, G. L., Rohrberg, K. S., Nielsen, Finn Cilius & von Buchwald, Christian, 2022, I: APMIS. 130, 9, s. 551-559Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Origin and expansion of the world’s most widespread pinniped: Range-wide population genomics of the harbour seal (Phoca vitulina)
Liu, X., Schjøtt, S. R., Granquist, S. M., Rosing-Asvid, A., Dietz, R., Teilmann, J., Galatius, A., Cammen, K., O’Corry-Crowe, G., Harding, K., Härkönen, T., Hall, A., Carroll, E. L., Kobayashi, Y., Hammill, M., Stenson, G., Kirstine Frie, A., Lydersen, C., Kovacs, K. M., Andersen, L. W. & 6 flere, , 2022, I: Molecular Ecology. 31, 6, s. 1682-1699Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Palaeoproteomics identifies beaver fur in Danish high-status Viking Age burials - direct evidence of fur trade
Brandt, Luise Ørsted, Taurozzi, Alberto John, Mackie, Meaghan, Sinding, Mikkel Holger Strander, Vieira, Filipe Garrett, Schmidt, A. L., Rimstad, C., Collins, Matthew James & Mannering, U., 2022, I: PLoS ONE. 17, 7, 14 s., e0270040.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The population genomic legacy of the second plague pandemic
Gopalakrishnan, S., Ebenesersdóttir, S. S., Lundstrøm, I. K. C., Turner-Walker, G., Moore, K. H. S., Luisi, P., Margaryan, A., Martin, M. D., Ellegaard, M. R., Magnússon, Ó., Sigurðsson, Á., Snorradóttir, S., Magnúsdóttir, D. N., Laffoon, J. E., van Dorp, L., Liu, X., Moltke, I., Ávila-Arcos, M. C., Schraiber, J. G., Rasmussen, S. & 40 flere, , 2022, I: Current Biology. 32, 21, s. 4743-4751.e6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Travel Tales of a Worldwide Weed: Genomic Signatures of Plantago major L. Reveal Distinct Genotypic Groups With Links to Colonial Trade Routes
Iwanycki Ahlstrand, N., Gopalakrishnan, S., Vieira, F. G., Bieker, V. C., Meudt, H. M., Dunbar-Co, S., Rothfels, C. J., Martinez-Swatson, K. A., Maldonado, C., Hassemer, G., Shipunov, A., Bowers, M. D., Gardner, E., Xu, M., Ghorbani, A., Amano, M., Grace, O. M., Pringle, J. S., Bishop, M., Manzanilla, V. & 18 flere, , 2022, I: Frontiers in Plant Science. 13, 16 s., 838166.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Viral and Genomic Drivers of Squamous Cell Neoplasms Arising in the Lacrimal Drainage System
Ramberg, Ingvild Margrethe Sellæg, Vieira, Filipe Garrett, Toft, Peter Bjerre, von Buchwald, Christian & Heegaard, Steffen, 2022, I: Cancers. 14, 10, 2558.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Major driver mutations are shared between sinonasal intestinal-type adenocarcinoma and the morphologically identical colorectal adenocarcinoma
Sjöstedt, S., Schmidt, A. Y., Vieira, Filipe Garrett, Willemoe, G. L., Agander, T. K., Olsen, C., Nielsen, Finn Cilius & von Buchwald, Christian, apr. 2021, I: Journal of Cancer Research and Clinical Oncology. 147, 4, s. 1019-1027 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data
Gabrielaite, M., Torp, M., Rasmussen, M., Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C., Kinalis, S., Madsen, M., Yde, C., Rønn, O. L., Marvig, R., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, bioRxiv, 29 s.Publikation: Working paper › Preprint
- Udgivet
A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data
Gabrielaite, M., Torp, M. H., Rasmussen, Malthe Sebro, Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C. B., Kinalis, S., Madsen, M. B., Kodama, M., Demircan, G. S., Simonyan, A., Yde, C. W., Olsen, L. R., Marvig, R. L., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, I: Cancers. 13, 24, 6283.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genomic exploration of the early evolution of extant cats and their sabre-toothed relatives: [version 2; peer review: 2 approved]
Westbury, Michael Vincent, Barnett, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Gower, Graham, Vieira, Filipe Garrett, de Manuel, M., Hansen, Anders Johannes, Yamaguchi, N., Werdelin, L., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & Lorenzen, Eline, 2021, I: Open Research Europe. 1, 16 s., 25.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A genomic exploration of the early evolution of extant cats and their sabre-toothed relatives: [version 1; peer review: 2 approved]
Westbury, Michael Vincent, Barnett, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Gower, Graham, Vieira, Filipe Garrett, de Manuel, M., Hansen, Anders Johannes, Yamaguchi, N., Werdelin, L., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & Lorenzen, Eline, 2021, I: Open Research Europe. 1, 15 s., 25.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Contrasting genetic signal of recolonization after rainforest fragmentation in African trees with different dispersal abilities
Piñeiro, R., Hardy, O. J., Tovar, C., Gopalakrishnan, Shyam, Vieira, Filipe Garrett & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 27, 9 s., e2013979118.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic alterations in human papillomavirus-positive and -negative conjunctival squamous cell carcinomas
Ramberg, Ingvild Margrethe Sellæg, Vieira, Filipe Garrett, Toft, Peter Bjerre, von Buchwald, Christian, Funding, M., Nielsen, Finn Cilius & Heegaard, Steffen, 2021, I: Investigative Ophthalmology and Visual Science. 62, 14, 11.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Germline RET Leu56Met Variant Is Likely Not Causative of Multiple Endocrine Neoplasia Type 2
Hansen, A. R., Borgwardt, L., Rasmussen, Å. K., Godballe, C., Poulsen, M. M., Vieira, Filipe Garrett, Mathiesen, J. S. & Rossing, Caroline Maria, 2021, I: Frontiers in Endocrinology. 12, 764512.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Historical population declines prompted significant genomic erosion in the northern and southern white rhinoceros (Ceratotherium simum)
Sánchez-Barreiro, F., Gopalakrishnan, Shyam, Ramos Madrigal, Jazmin, Westbury, Michael Vincent, de Manuel, M., Margaryan, Ashot, Ciucani, M. M., Vieira, Filipe Garrett, Patramanis, Ioannis, Kalthoff, D. C., Timmons, Z., Sicheritz-Pontén, Thomas, Dalén, L., Ryder, O. A., KU, thw266, Marques-Bonet, T., Moodley, Y. & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Molecular Ecology. 30, 23, s. 6355-6369 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Kouprey (Bos sauveli) genomes unveil polytomic origin of wild Asian Bos
Sinding, M. S., Ciucani, M. M., Ramos Madrigal, Jazmin, Carmagnini, A., Rasmussen, Jacob Agerbo, Feng, S., Chen, G., Vieira, Filipe Garrett, Mattiangeli, V., Ganjoo, R. K., Larson, G., Sicheritz-Pontén, Thomas, Petersen, Bent, Frantz, L., Gilbert, M Thomas P & Bradley, D. G., 2021, I: iScience. 24, 11, 18 s., 103226.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Arctic-adapted dogs emerged at the Pleistocene-Holocene transition
Sinding, M. H. S., Gopalakrishnan, S., Ramos-Madrigal, J., de Manuel, M., Pitulko, V. V., Kuderna, L., Feuerborn, T. R., Frantz, L. A. F., Vieira, F. G., Niemann, J., Samaniego Castruita, J. A., Carøe, C., Andersen-Ranberg, E. U., Jordan, P. D., Pavlova, E. Y., Nikolskiy, P. A., Kasparov, A. K., Ivanova, V. V., Willerslev, E., Skoglund, P. & 15 flere, , 2020, I: Science (New York, N.Y.). 368, 6498, s. 1495-1499 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Conservation genetics of the critically endangered Siamese rosewood (Dalbergia cochinchinensis): recommendations for management and sustainable use
Hartvig, Ida, So, T., Changtragoon, S., Tran, H. T., Bouamanivong, S., Ogden, R., Senn, H., Vieira, Filipe Garrett, Turner, F., Talbot, R., Theilade, Ida, Nielsen, Lene Rostgaard & Kjær, Erik Dahl, 2020, I: Conservation Genetics. 21, s. 677-692Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Darwin's Fancy Revised: An Updated Understanding of the Genomic Constitution of Pigeon Breeds
Antunes Pacheco, George, van Grouw, H., Shapiro, M. D., Gilbert, M Thomas P & Vieira, Filipe Garrett, 2020, I: Genome Biology and Evolution. 12, 3, s. 136-150 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic Adaptations and Evolutionary History of the Extinct Scimitar-Toothed Cat, Homotherium latidens
Barnett, R., Westbury, M. V., Sandoval-Velasco, M., Vieira, F. G., Jeon, S., Zazula, G., Martin, M. D., Ho, S. Y. W., Mather, N., Gopalakrishnan, S., Ramos-Madrigal, J., de Manuel, M., Zepeda-Mendoza, M. L., Antunes, A., Baez, A. C., De Cahsan, B., Larson, G., O’Brien, S. J., Eizirik, E., Johnson, W. E. & 11 flere, , 2020, I: Current Biology. 30, s. 5018-5025Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recent mitochondrial lineage extinction in the critically endangered Javan rhinoceros
Margaryan, Ashot, Sinding, Mikkel Holger Strander, Liu, Shanlin, Vieira, Filipe Garrett, Chan, Y. L., Nathan, S. K. S. S., Moodley, Y., Bruford, M. W. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Zoological Journal of the Linnean Society. 190, 1, s. 372-383 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The evolutionary history of extinct and living lions
de Manuel, M., Barnett, R., Sandoval-Velasco, M., Yamaguchi, N., Vieira, F. G., Mendoza, M. L. Z., Liu, S., Martin, M. D., Sinding, M-H. S., Mak, S. S. T., Caroe, C., Liu, S., Guo, C., Zheng, J., Zazula, G., Baryshnikov, G., Eizirik, E., Koepfli, K-P., Johnson, W. E., Antunes, A. & 9 flere, , 2020, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117, 20, s. 10927-10934 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Using in silico predicted ancestral genomes to improve the efficiency of paleogenome reconstruction
Vieira, Filipe Garrett, Castruita, J. A. S. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Ecology and Evolution. 10, 23, s. 12700-12709Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 105377460
Flest downloads
-
478
downloads
Comparative performance of the BGISEQ-500 vs Illumina HiSeq2500 sequencing platforms for palaeogenomic sequencing
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
285
downloads
Genomic insights into the Ixodes scapularis tick vector of Lyme disease
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
260
downloads
Asian wild rice is a hybrid swarm with extensive gene flow and feralization from domesticated rice
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet