Simon Rasmussen

Simon Rasmussen

Lektor, gruppeleder, Professor

ORCID: 0000-0001-6323-9041

Udgivelsesår:
Alle
1 - 25 ud af 110Pr. side: 25
Sortering: Titel
  1. Udgivet

    100 ancient genomes show repeated population turnovers in Neolithic Denmark

    Allentoft, M. E., Sikora, M., Fischer, A., Sjögren, K-G., Ingason, A., Macleod, R., Rosengren, A., Schulz Paulsson, B., Jørkov, M. L. S., Novosolov, M., Stenderup, J., Price, T. D., Mortensen, M. F., Nielsen, A. B., Hede, M. U., Sørensen, L., Nielsen, P. O., Rasmussen, P., Jensen, T. Z. T., Refoyo-Martínez, A. & 48 flere, Irving-Pease, Evan, Barrie, William, Pearson, A., Sousa da Mota, B., Demeter, Fabrice, Henriksen, Rasmus Henrik Amund, Vimala, Tharsika, McColl, Hugh, Vaughn, Andrew Howland, Vinner, Lasse, Renaud, Gabriel, Stern, A., Johannsen, N. N., Ramsøe, Abigail Daisy, Schork, A. J., Ruter, Anthony Henry, Gotfredsen, Anne Birgitte, Nielsen, B. H., Petersen, Erik Brinch, Kannegaard, E., Hansen, J., Pedersen, K. B., Pedersen, L., Klassen, L., Meldgaard, Morten, Johansen, M., Uldum, O. C., Lotz, P., Lysdahl, P., Bangsgaard, Pernille, Petersen, P. V., Maring, R., Iversen, Rune, Wåhlin, S., Sørensen, S. A., Andersen, S. H., Jørgensen, T., Lynnerup, Niels, Lawson, D. J., Rasmussen, Simon, Korneliussen, Thorfinn Sand, Kjær, Kurt H., Durbin, R., Nielsen, Rasmus, Delaneau, O., Werge, Thomas, Kristiansen, Kristian & Willerslev, Eske, 2024, I: Nature. 625, 7994, s. 329-337 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  2. Udgivet

    137 ancient human genomes from across the Eurasian steppes

    Damgaard, P. D. B., Marchi, N., Rasmussen, S., Peyrot, M., Renaud, G., Korneliussen, T. S., Moreno-Mayar, J. V., Pedersen, M. W., Goldberg, A., Usmanova, E., Baimukhanov, N., Loman, V., Hedeager, L., Pedersen, A. G., Nielsen, K., Afanasievl, G., Akmatov, K., Aldashev, A., Alpaslan, A., Baimbetov, G. & 55 flere, Bazaliiskii, V. I., Beisenov, A., Boldbaatar, B., Boldgiv, B., Dorzhu, C., Ellingvag, S., Erdenebaatar, D., Dajani, R., Dmitriev, E., Evdokimov, V., Frei, K. M., Gromov, A., Goryachev, A., Hakonarson, H., Hegay, T., Khachatryan, Z., Khaskhanov, R., Kitov', E., Kolbina, A., Kubatbek, T., Kukushkin, A., Kukushkin, I., Lau, N., Margaryan, Ashot, Merkyte, Inga, Mertz, I. V., Mertz, V. K., Mijiddorj, E., Moiyesev, V., Mukhtarova, G., Nurmukhanbetov, B., Orozbekova, Z., Panyushkina, I., Pieta, K., Smrčka, V., Shevnina, I., Logvin, A., Sjögren, K., Štolcová, T., Tashbaeva, K., Tkachev, A., Tulegenov, T., Voyakin, D., Yepiskoposyan, L., Undrakhbold, S., Varfolomeev, V., Weber, A., Kradin, N., Allentoft, Morten Erik, Orlando, L. A. A., Nielsen, Rasmus, Sikora, Martin, Heyer, E., Kristiansen, K. & Willerslev, Eske, 2018, I: Nature. 557, 7705, s. 369-374 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Bifidobacterium bifidum actively changes the gene expression profile induced by Lactobacillus acidophilus in murine dendritic cells

    Weiss, G. M., Rasmussen, Simon, Fink, L. N., Jarmer, H. Ø., Nielsen, B. M. N. & Frøkiær, Hanne, 2010, I: PLoS ONE. 5, 6, 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    Lactobacillus acidophilus induces virus immune defence genes in murine dendritic cells by a Toll-like receptor-2-dependent mechanism

    Weiss, G. M., Rasmussen, Simon, Zeuthen, L., Nielsen, B. M. N., Jarmer, H. Ø., Jespersen, Lene & Frøkiær, Hanne, 2010, I: Immunology. 131, 2, s. 268-281 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    Streptococcus pseudopneumoniae: Use of whole-genome sequences to validate species identification methods

    Jensen, C. S., Iversen, K. H., Dargis, R., Shewmaker, P., Rasmussen, Simon, Christensen, J. J. & Nielsen, X. C., 2021, I: Journal of Clinical Microbiology. 59, 2, 11 s., e02503-20.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    A 5700 year-old human genome and oral microbiome from chewed birch pitch

    Jensen, T. Z. T., Niemann, J., Iversen, K. H., Fotakis, A. K., Gopalakrishnan, S., Vågene, Å. J., Pedersen, M. W., Sinding, M-H. S., Ellegaard, M. R., Allentoft, M. E., Lanigan, L. T., Taurozzi, A. J., Nielsen, S. H., Dee, M. W., Mortensen, M. N., Christensen, M. C., Sørensen, S. A., Collins, M. J., Gilbert, M. T. P., Sikora, M. & 2 flere, Rasmussen, Simon & Schroeder, Hannes, 2019, I: Nature Communications. 10, 10 s., 5520.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux

    da Fonseca, R. R., Couto, A., Machado, A. M., Brejova, B., Albertin, C. B., Silva, F., Gardner, P., Baril, T., Hayward, A., Campos, A., Ribeiro, Â. M., Barrio-Hernandez, I., Hoving, H-J., Tafur-Jimenez, R., Chu, C., Frazão, B., Petersen, B., Peñaloza, F., Musacchia, F., Alexander, G. C. & 24 flere, Osório, H., Winkelmann, I., Simakov, O., Rasmussen, Simon, Rahman, M. Z., Pisani, D., Vinther, J., Jarvis, E., KU, thw266, Strugnell, J. M., Castro, L. F. C., Fedrigo, O., Patricio, M., Li, Q., Rocha, S., Antunes, A., Wu, Y., Ma, B., Sanges, R., Vinar, T., Blagoev, B., Sicheritz-Pontén, Thomas, Nielsen, Rasmus & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: GigaScience. 9, 1, 12 s., giz152.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    A genomic history of aboriginal Australia

    Malaspinas, A. S., Westaway, M. C., Muller, C. E., Sousa, V. C., Lao, O., Alves, I., Bergström, A., Athanasiadis, G., Cheng, J. Y., Crawford, J. E., Heupink, T. H., Macholdt, E., Peischl, S., Rasmussen, S., Schiffels, S., Subramanian, S., Wright, J. L., Albrechtsen, A., Barbieri, C., Dupanloup, I. & 55 flere, Eriksson, A., Margaryan, Ashot, Moltke, Ida, Pugach, I., Korneliussen, Thorfinn Sand, Levkivskyi, I. P., Moreno Mayar, J. Víctor, Ni, S., Racimo, F., Sikora, Martin, Xue, Y., Aghakhanian, F. A., Brucato, N., Brunak, Søren, Campos, P., Clark, W., Ellingvåg, S., Fourmile, G., Gerbault, P., Injie, D., Koki, G., Leavesley, M., Logan, B., Lynch, A., Matisoo-Smith, E. A., McAllister, P. J., Mentzer, A. J., Metspalu, M., Migliano, A. B., Murgha, L., Phipps, M. E., Pomat, W., Reynolds, D., Ricaut, F., Siba, P., Thomas, M. G., Wales, T., Wall, C. M., Oppenheimer, S. J., Tyler-Smith, C., Durbin, R., Dortch, J., Manica, A., Schierup, M. H., Foley, R. A., Lahr, M. M., Bowern, C., Wall, J. D., Mailund, T., Stoneking, M., Nielsen, Rasmus, Sandhu, M. S., Excoffier, L., Lambert, D. M. & Willerslev, Eske, 2016, I: Nature. 538, 7624, s. 207-214 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    A large-scale investigation into the role of classical HLA loci in multiple types of severe infections, with a focus on overlaps with autoimmune and mental disorders

    Nudel, R., Allesøe, R. L., Thompson, W. K., Werge, Thomas, Rasmussen, Simon & Benros, Michael Eriksen, 2021, I: Journal of Translational Medicine. 19, 230.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. Udgivet

    A selective sweep on a deleterious mutation in CPT1A in Arctic populations

    Clemente, F. J., Cardona, A., Inchly, C. E., Peters, B. M., Jacobs, G., Pagani, L., Lawson, D. J., Añtao, T., Vicente, M., Mitt, M., DiGiorgio, M., Faltyskova, Z., Xue, Y., Ayub, Q., Szpak, M., Mägi, R., Eriksson, A., Manica, A., Raghavan, M., Rasmussen, M. & 10 flere, Rasmussen, Simon, Willerslev, Eske, Vidal-Puig, A., Tyler-Smith, C., Willems, R., Nielsen, R., Metspalu, M., Malyarchuk, B., Derenko, M. & Kivisild, T., 2014, I: American Journal of Human Genetics. 95, 5, s. 584-589 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    Acknowledging Lack of Inclusion in Genetic Analyses-Reply

    Benros, Michael Eriksen, Allesøe, R. L. & Rasmussen, Simon, 2023, I: JAMA Psychiatry. 80, 6, s. 647-648

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  12. Alpha proteobacterial ancestry of the [Fe-Fe]-hydrogenases in anaerobic eukaryotes

    Degli Esposti, M., Cortez, D., Lozano, L., Rasmussen, Simon, Nielsen, H. B. & Martinez Romero, E., 30 jul. 2016, I: Biology Direct. 11, s. 34

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. Udgivet

    An Aboriginal Australian genome reveals separate human dispersals into Asia

    Rasmussen, M., Guo, X., Wang, Y., Lohmueller, K. E., Rasmussen, S., Albrechtsen, A., Skotte, L., Lindgreen, S., Metspalu, M., Jombart, T., Kivisild, T., Zhai, W., Eriksson, A., Manica, A., Orlando, L., De La Vega, F. M., Tridico, S., Metspalu, E., Nielsen, K., Avila Arcos, M. D. C. & 38 flere, Moreno Mayar, J. Víctor, Muller, C., Dortch, J., Gilbert, M Thomas P, Lund, O., Wesolowska, A., Karmin, M., Weinert, L. A., Wang, B., Li, J., Tai, S., Xiao, F., Hanihara, T., van Driem, G., Jha, A. R., Ricaut, F., de Knijff, P., Migliano, A. B., Gallego Romero, I., Kristiansen, Karsten, Lambert, D. M., Brunak, Søren, Forster, P., Brinkmann, B., Nehlich, O., Bunce, M., Richards, M., Gupta, R., Bustamante, C. D., Krogh, Anders, Foley, R. A., Lahr, M. M., Balloux, F., Sicheritz-Pontén, T., Villems, R., Nielsen, Rasmus, Wang, J. & Willerslev, Eske, 2011, I: Science. 334, 6052, s. 94-98 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    An immunogenetic investigation of 30 autoimmune and autoinflammatory diseases and their links to psychiatric disorders in a nationwide sample

    Nudel, R., Allesøe, R. L., Werge, Thomas, Thompson, W. K., Rasmussen, Simon & Benros, Michael Eriksen, 2023, I: Immunology. 168, 4, s. 622-639

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion

    Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Udgivet

    Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers

    Sikora, M., Seguin-Orlando, A., Sousa, V. C., Albrechtsen, A., Korneliussen, T. S., Ko, A., Rasmussen, S., Dupanloup, I., Nigst, P. R., Bosch, M. D., Renaud, G., Allentoft, M. E., Margaryan, A., Vasilyev, S. V., Veselovskaya, E. V., Borutskaya, S. B., Deviese, T., Comeskey, D., Higham, T., Manica, A. & 7 flere, Foley, R., Meltzer, D. J., Nielsen, Rasmus, Excoffler, L., Lahr, M. M., Orlando, L. A. A. & Willerslev, Eske, 3 nov. 2017, I: Science. 358, 6363, s. 659-662 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    Ancient hepatitis B viruses from the Bronze Age to the Medieval period

    Mühlemann, B., Jones, T. C., Damgaard, P. D. B., Allentoft, M. E., Shevnina, I., Logvin, A., Usmanova, E., Panyushkina, I. P., Boldgiv, B., Bazartseren, T., Tashbaeva, K., Merz, V., Lau, N., Smrcka, V., Voyakin, D., Kitov, E., Epimakhov, A., Pokutta, D., Vicze, M., Price, T. D. & 14 flere, Moiseyev, V., Hansen, Anders Johannes, Orlando, L. A. A., Rasmussen, Simon, Sikora, Martin, Vinner, Lasse, Osterhaus, A. D. M. E., Smith, D. J., Glebe, D., Fouchier, R. A. M., Drosten, C., Sjögren, K., Kristiansen, K. & Willerslev, Eske, 2018, I: Nature. 557, 7705, s. 418-423 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Ancient nuclear genomes enable repatriation of Indigenous human remains

    Wright, J. L., Wasef, S., Heupink, T. H., Westaway, M. C., Rasmussen, S., Pardoe, C., Fourmile, G. G., Young, M., Johnson, T., Slade, J., Kennedy, R., Winch, P., Pappin, M., Wales, T., Bates, W. ., Hamilton, S., Whyman, N., Van Holst Pellekaan, S., Mcallister, P. J., Taçon, P. S. C. & 8 flere, Curnoe, D., Li, R., Millar, C., Subramanian, S., Willerslev, Eske, Malaspinas, A., Sikora, Martin & Lambert, D. M., 1 dec. 2018, I: Science Advances. 4, 12, 13 s., eaau5064.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    Ancient pathogen DNA in human teeth and petrous bones

    Margaryan, Ashot, Hansen, H., Rasmussen, Simon, Sikora, Martin, Moiseyev, V., Khoklov, A., Epimakhov, A., Yepiskoposyan, L., Kriiska, A., Varul, L., Saag, L., Lynnerup, Niels, Willerslev, Eske & Allentoft, Morten Erik, 2018, I: Ecology and Evolution. 8, 6, s. 3534-3542 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. Udgivet

    Assembly and analysis of 100 full MHC haplotypes from the Danish population

    Jensen, J. M., Villesen, P., Friborg, R. M., Mailund, T., Besenbacher, S., Sørensen, L. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R. & 39 flere, Ye, W., Rao, J., Guo, X., Sun, J., Cao, H., Ye, C., Beusekom, J. V., Espeseth, T., Flindt, E., Halager, A. E., Hellard, S. L., Hultman, C. M., Lescai, F., Li, S., Lund, O., Løngren, P., Matey-Hernandez, M. L., Mors, O., Pedersen, C. N. S., Sicheritz-Pontén, T., Sullivan, P., Syed, A., Westergaard, D., Yadav, R., Li, N., Xu, X., Hansen, Torben, Bolund, L., Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Gupta, R., Rasmussen, Simon, Børglum, A. D., Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Kristiansen, Karsten, Brunak, Søren & Schierup, M. H., sep. 2017, I: Genome Research. 27, 9, s. 1597-1607 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Bacterial natural transformation by highly fragmented and damaged DNA

    Overballe-Petersen, S., Harms, K., Orlando, L. A. A., Moreno Mayar, J. Víctor, Rasmussen, Simon, Dahl, Tais Wittchen, Rosing, Minik Thorleif, Poole, A. M., Sicheritz-Ponten, T., Brunak, S., Inselmann, S., de Vries, J., Wackernagel, W., Pybus, O. G., Nielsen, Rasmus, Johnsen, P. J., Nielsen, K. M. & Willerslev, Eske, 3 dec. 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 49, s. 19860–19865 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Benchmarking of methods for genomic taxonomy

    Larsen, M. V., Cosentino, S., Lukjancenko, O., Saputra, D., Rasmussen, Simon, Hasman, H., Sicheritz-Pontén, T., Aarestrup, F. M., Ussery, D. W. & Lund, O., 2014, I: Journal of Clinical Microbiology. 52, 5, s. 1529-39 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Binning microbial genomes using deep learning

    Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).

    Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

  24. Udgivet

    Biosynthesis of bioactive diterpenoids in the medicinal plant Vitex agnus-castus

    Heskes, A., Sundram, T. C. M., Boughton, B. A., Bjerg Jensen, N., Hansen, N. L., Crocoll, C., Cozzi, F., Rasmussen, Simon, Hamberger, B., Hamberger, B. R., Stærk, Dan, Møller, Birger Lindberg & Pateraki, Irini, 2018, I: Plant Journal. 93, s. 943-958 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. Udgivet

    Centenarians have a diverse gut virome with the potential to modulate metabolism and promote healthy lifespan

    Johansen, Joachim, Atarashi, K., Arai, Y., Hirose, N., Sørensen, Søren Johannes, Vatanen, T., Knip, M., Honda, K., Xavier, R. J., Rasmussen, Simon & Plichta, D. R., 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 1064-1078 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 3 4 5 Næste

ID: 204201681