Piotr Jaroslaw Chmura

Piotr Jaroslaw Chmura

Videnskabelig programmør

ORCID: 0000-0002-9371-6918

Udgivelsesår:
Alle
1 - 18 ud af 18Pr. side: 25
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2024
  2. Udgivet

    Finding Ophthalmic Risk and Evaluating the Value of Eye exams and their predictive Reliability (FOREVER)—A cohort study in a Danish high street optician setting: Design and methodology

    Freiberg, J., Rovelt, J., Gazzard, G., Cour, M. L., Kolko, M., Torp‐Pedersen, C., Benn, M., Brunak, S., Cour, M. L., Tolstrup, J., Toft‐Petersen, A. P., Burgdorf, K. S., Banasik, K., Chmura, P. J., Freiberg, J., Rovelt, J., Thornit, D. N., Foster, P., Gazzard, G., Crabb, D. P. & 4 flere, Viswanathan, A., Barman, Sarah, Owen, C. G. & Rudnicka, A. R., 2024, I: Acta Ophthalmologica. 102, 1, s. 80-90 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. 2023
  4. Udgivet

    A deep learning algorithm to predict risk of pancreatic cancer from disease trajectories

    Placido, D., Yuan, B., Hjaltelin, J. X., Zheng, C., Haue, A. D., Chmura, P. J., Yuan, C., Kim, J., Umeton, R., Antell, G., Chowdhury, A., Franz, A., Brais, L., Andrews, E., Marks, D. S., Regev, A., Ayandeh, S., Brophy, M. T., Do, N. V., Kraft, P. & 5 flere, Wolpin, B. M., Rosenthal, M. H., Fillmore, N. R., Brunak, Søren & Sander, C., 2023, I: Nature Medicine. 29, s. 1113-1122

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Udgivet

    DanMAC5: a browser of aggregated sequence variants from 8,671 whole genome sequenced Danish individuals

    Banasik, K., Møller, P. L., Techlo, T. R., Holm, P. C., Walters, G. B., Ingason, A., Rosengren, A., Rohde, P. D., Kogelman, L. J. A., Westergaard, D., Siggaard, T., Chmura, P. J., Chalmer, M. A., Magnússon, Ó., Þórisson, G., Stefánsson, H., Guðbjartsson, D. F., Stefánsson, K., Olesen, J., Winther, S. & 5 flere, Bøttcher, M., Brunak, Søren, Werge, Thomas, Nyegaard, M. & Hansen, Thomas Folkmann, 2023, I: BMC Genomic Data. 24, 1, 4 s., 30.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt

  6. Udgivet

    Discovery of drug-omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models: [with Author Correction]

    Allesøe, R. L., Lundgaard, A. T., Hernández Medina, R., Aguayo-Orozco, A., Johansen, J., Nissen, J. N., Brorsson, C., Mazzoni, G., Niu, L., Biel, J. H., Brasas, V., Webel, H., Benros, M. E., Pedersen, A. G., Chmura, P. J., Jacobsen, U. P., Mari, A., Koivula, R., Mahajan, A., Vinuela, A. & 31 flere, Tajes, J. F., Sharma, S., Haid, M., Hong, M., Musholt, P. B., De Masi, F., Vogt, J., Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Jones, A., Kennedy, G., Bell, J., Thomas, E. L., Frost, G., Thomsen, Henrik S., Hansen, E., Hansen, T. H., drb459, drb459, Muilwijk, M., Blom, M. T., 't Hart, L. M., Pattou, F., Raverdy, V., Brage, S., Ridderstråle, M., Pedersen, Oluf Borbye, Hansen, Torben, Banasik, Karina, Rasmussen, Simon, Brunak, Søren & IMI-DIRECT consortium, I. C., 2023, I: Nature Biotechnology. 41, 3, s. 399–408 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. Udgivet

    Gene expression signature predicts rate of type 1 diabetes progression

    Suomi, T., Starskaia, I., Kalim, U. U., Rasool, O., Jaakkola, M. K., Grönroos, T., Välikangas, T., Brorsson, C., Mazzoni, G., Bruggraber, S., Overbergh, L., Dunger, D., Peakman, M., Chmura, P., Brunak, S., Schulte, A. M., Mathieu, C., Knip, M., Lahesmaa, R., Elo, L. L. & 4 flere, Pociot, Flemming, Johannesen, Jesper, Rossing, Peter & INNODIA consortium, I. C., 2023, I: EBioMedicine. 92, 18 s., 104625.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Udgivet

    Targeted serum proteomics of longitudinal samples from newly diagnosed youth with type 1 diabetes distinguishes markers of disease and C-peptide trajectory

    Moulder, R., Välikangas, T., Hirvonen, M. K., Suomi, T., Brorsson, C. A., Lietzén, N., Bruggraber, S. F. A., Overbergh, L., Dunger, D. B., Peakman, M., Chmura, Piotr Jaroslaw, Brunak, Søren, Schulte, A. M., Mathieu, C., Knip, M., Elo, L. L., Lahesmaa, R. & on behalf of the INNODIA consortium, O. B. O. T. I. C., 2023, I: Diabetologia. 66, s. 1983-1996

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. 2022
  10. Udgivet

    Classification of Left and Right Coronary Arteries in Coronary Angiographies Using Deep Learning

    Eschen, Christian Kim, Banasik, Karina, Christensen, Alex Hørby, Chmura, Piotr Jaroslaw, Pedersen, F., Køber, Lars Valeur, Engstrøm, Thomas, Dahl, A. B., Brunak, Søren & Bundgård, Henning, 2022, I: Electronics (Switzerland). 11, 13, 9 s., 2087.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Udgivet

    Discrete-time survival analysis in the critically ill: a deep learning approach using heterogeneous data

    Thorsen-Meyer, H., Placido, Davide, Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Nielsen, A. P., Lange, Theis, Nielsen, A. B., Toft, P., Schierbeck, J., Strøm, T., Chmura, Piotr Jaroslaw, Heimann, M., Belling, K., Perner, Anders & Brunak, Søren, 2022, I: npj Digital Medicine. 5, 10 s., 142.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Udgivet

    INNODIA Master Protocol for the evaluation of investigational medicinal products in children, adolescents and adults with newly diagnosed type 1 diabetes

    Dunger, D. B., Bruggraber, S. F. A., Mander, A. P., Marcovecchio, M. L., Tree, T., Chmura, Piotr Jaroslaw, Knip, M., Schulte, A. M., Mathieu, C. & INNODIA consortium, I. C., 2022, I: Trials. 23, 1, 9 s., 414.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. 2021
  14. Udgivet

    Study protocol Minimum effective low dose: Anti-human thymocyte globulin (MELD-ATG): Phase II, dose ranging, efficacy study of antithymocyte globulin (ATG) within 6 weeks of diagnosis of type 1 diabetes

    Wilhelm-Benartzi, C. S., Miller, S. E., Bruggraber, S., Picton, D., Wilson, M., Gatley, K., Chhabra, A., Marcovecchio, M. L., Hendriks, A. E. J., Morobé, H., Chmura, P. J., Bond, S., Aschemeier-Fuchs, B., Knip, M., Tree, T., Overbergh, L., Pall, J., Arnaud, O., Haller, M. J., Nitsche, A. & 4 flere, Schulte, A. M., Mathieu, C., Mander, A. & Dunger, D., 2021, I: BMJ Open. 11, 12, 24 s., e053669.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    biotoolsSchema: a formalized schema for bioinformatics software description

    Ison, J., Ienasescu, H., Rydza, E., Chmura, Piotr Jaroslaw, Rapacki, K., Gaignard, A., Schwämmle, V., Van Helden, J., Kalaš, M. & Ménager, H., 2021, I: GigaScience. 10, 1, 19 s., giaa157.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. 2020
  17. Udgivet

    Community curation of bioinformatics software and data resources

    Ison, J., Ménager, H., Brancotte, B., Jaaniso, E., Salumets, A., Raček, T., Lamprecht, A. L., Palmblad, M., Kalaš, M., Chmura, Piotr Jaroslaw, Hancock, J. M., Schwämmle, V. & Ienasescu, H. I., 2020, I: Briefings in Bioinformatics. 21, 5, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    Dynamic and explainable machine learning prediction of mortality in patients in the intensive care unit: a retrospective study of high-frequency data in electronic patient records

    Thorsen-Meyer, H., Nielsen, A. B., Nielsen, A. P., Kaas-Hansen, Benjamin Skov, Toft, P., Schierbeck, J., Strøm, T., Chmura, Piotr Jaroslaw, Heimann, M., Dybdahl, L., Spangsege, L., Hulsen, P., Belling, K., Brunak, Søren & Perner, Anders, 2020, I: The Lancet Digital Health. 2, 4, s. e179–91 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Udgivet

    High-throughput sequencing of circulating plasma microRNAs in newly diagnosed type 1 diabetes identifies four different patient clusters

    Sebastiani, G., Grieco, G. E., Fignani, D., Chmura, Piotr Jaroslaw, Brorsson, C. A., Bruggraber, S., Pugliese, A., Evans-Molina, C., Knip, M., Peakman, M., Schulte, A. M., Brunak, Søren, Dunger, D. B., Mathieu, C. & Dotta, F., 2020, I: Diabetologia. 63, Suppl. 1, s. S160 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

  20. Udgivet

    JIB.tools 2.0 - A Bioinformatics Registry for Journal Published Tools with Interoperability to bio.tools

    Friedrichs, M., Shoshi, A., Chmura, Piotr Jaroslaw, Ison, J., Schwammle, V., Schreiber, F., Hofestadt, R. & Sommer, B., 2020, I: Journal of integrative bioinformatics. 16, 8 s., 20190059.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Supercomputing and Secure Cloud Infrastructures in Biology and Medicine

    Jespersgaard, C., Syed, A., Chmura, Piotr Jaroslaw & Longreen, P., 2020, I: Annual Review of Biomedical Data Science. 3, s. 391-410 20 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  22. 2019
  23. Udgivet

    Survival prediction in intensive-care units based on aggregation of long-term disease history and acute physiology: a retrospective study of the Danish National Patient Registry and electronic patient records

    Nielsen, A. B., Thorsen-Meyer, H. C., Belling, K., Nielsen, A. P., Thomas, Cecilia Engel, Chmura, Piotr Jaroslaw, Lademann, M., Moseley, P. L., Heimann, M., Dybdahl, L., Spangsege, L., Hulsen, P., Perner, Anders & Brunak, Søren, 2019, I: The Lancet Digital Health. 1, 2, s. e78-e89 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Udgivet

    The bio.tools registry of software tools and data resources for the life sciences

    Ison, J., Ienasescu, H., Chmura, P., Rydza, E., Ménager, H., Kalaš, M., Schwämmle, V., Grüning, B., Beard, N., Lopez, R., Duvaud, S., Stockinger, H., Persson, B., Vařeková, R. S., Raček, T., Vondrášek, J., Peterson, H., Salumets, A., Jonassen, I., Hooft, R. & 16 flere, Nyrönen, T., Valencia, A., Capella, S., Gelpí, J., Zambelli, F., Savakis, B., Leskošek, B., Rapacki, K., Blanchet, C., Jimenez, R., Oliveira, A., Vriend, G., Collin, O., van Helden, J., Løngreen, P. & Brunak, Søren, 2019, I: Genome Biology. 20, 1, 4 s., 164.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

ID: 233701104