Ole Winther

Ole Winther

Professor MSO, Gæsteprofessor

Medlem af:

    ORCID: 0000-0002-1966-3205

    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 50 ud af 84Pr. side: 50
    Sortering: 1. forfatter
    1. Udgivet

      Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning

      Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    2. Udgivet

      DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning

      Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. Udgivet

      SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks

      Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

    4. Udgivet

      HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis

      Bagger, F. O., Rapin, N. P. J., Theilgaard-Mønch, Kim, Kaczkowski, B., Thorén, L. A. M., Jendholm, L. J., Winther, Ole & Porse, Bo Torben, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, Database issue, s. D1034-D1039 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis

      Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning

      Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age

      Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      JASPAR, the open access database of transcription factor-binding profiles: new content and tools in the 2008 update.

      Bryne, J. C., Valen, E., Tang, M. E., Marstrand, T., Winther, Ole, da Piedade, I., Krogh, Anders, Lenhard, B. & Sandelin, Albin Gustav, 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, Database issue, s. D102-6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    9. Udgivet

      Graph neural network interatomic potential ensembles with calibrated aleatoric and epistemic uncertainty on energy and forces

      Busk, J., Schmidt, M. N., Winther, Ole, Vegge, T. & Jørgensen, P. B., 2023, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 25, s. 25828-25837 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach

      Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Calibrated uncertainty for molecular property prediction using ensembles of message passing neural networks

      Busk, J., Jørgensen, P. B., Bhowmik, A., Schmidt, M. N., Winther, Ole & Vegge, T., 2022, I: Machine Learning: Science and Technology. 3, 1, 12 s., 015012.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments

      Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements

      Carstensen, L., Sandelin, Albin Gustav, Winther, Ole & Hansen, Niels Richard, 2010, I: BMC Bioinformatics. 11, s. 456

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      RSK is a principal effector of the RAS-ERK pathway for eliciting a coordinate promotile/invasive gene program and phenotype in epithelial cells

      Doehn, U., Hauge, C., Frank, S. R., Jensen, C. A. J., Duda, K., Nielsen, J. V., Cohen, M. S., Johansen, Jens Vilstrup, Winther, B. R., Lund, L. R., Winther, Ole, Taunton, J., Hansen, S. H. & Frödin, Morten, 2009, I: Molecular Cell. 35, 4, s. 511-22 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. Udgivet

      Molecular Representations in Machine-Learning-Based Prediction of PK Parameters for Insulin Analogs

      Einarson, K. A., Bendtsen, K. M., Li, K., Thomsen, M., Kristensen, N. R., Winther, Ole, Fulle, S., Clemmensen, L. & Refsgaard, H. H. F., 2023, I: ACS Omega. 8, 26, s. 23566-23578 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. Udgivet

      Reducing the rate of psychiatric re-admissions in bipolar disorder using smartphones - The RADMIS trial

      Faurholt-Jepsen, M., Lindbjerg Tønning, M., Fros, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlund, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 143, 5, s. 453-465 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      Sequential neural models with stochastic layers

      Fraccaro, M., Sønderby, S. K., Paquet, U. & Winther, Ole, 2016, Neural Information Processing Systems 2016. Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Neural Information Processing Systems Foundation, s. 2207-2215 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      Gene expression of the endolymphatic sac

      Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Friis-Hansen, Lennart Jan, Winther, Ole, Henao Giraldo, R., Sørensen, Mads Sølvsten & Qvortrup, Klaus, 2011, I: Acta Oto-Laryngologica. 131, 12, s. 1257-63 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data

      Gabrielaite, M., Torp, M., Rasmussen, M., Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C., Kinalis, S., Madsen, M., Yde, C., Rønn, O. L., Marvig, R., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, bioRxiv, 29 s.

      Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

    20. Udgivet

      A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data

      Gabrielaite, M., Torp, M. H., Rasmussen, Malthe Sebro, Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C. B., Kinalis, S., Madsen, M. B., Kodama, M., Demircan, G. S., Simonyan, A., Yde, C. W., Olsen, L. R., Marvig, R. L., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, I: Cancers. 13, 24, 6283.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. Robust multi-scale clustering of large DNA microarray datasets with the consensus algorithm

      Grotkjær, T., Winther, Ole, Regenberg, Birgitte, Nielsen, J. & Hansen, L. K., 2006, I: Bioinformatics. 22, 1, s. 58-67 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data

      Grønbech, Christopher Heje, Vording, M. F., Timshel, P., Sønderby, C. K., Pers, Tune H & Winther, Ole, 2020, I: Bioinformatics. 36, 16, s. 4415-4422 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Molecular signatures of thyroid follicular neoplasia

      Helweg-Larsen, R. B., Rossing, M., Henao Giraldo, R., Yamamoto, Y., Krogdahl, A., Godballe, C., Winther, Ole, Kiss, K., Christensen, L. H., Høgdall, Estrid Vilma Solyom, Bennedbæk, F. N. & Nielsen, Finn Cilius, 2010, I: Endocrine - Related Cancer. 17, 3, s. 691-708 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      Predictive active set selection methods for Gaussian processes

      Henao, R. & Winther, Ole, 2012, I: Neurocomputing. 80, s. 10-18 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning

      Horlacher, M., Wagner, N., Moyon, L., Kuret, K., Goedert, N., Salvatore, Marco, Ule, J., Gagneur, J., Winther, Ole & Marsico, A., 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 37 s., 180.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    26. Udgivet

      Airway inflammation in chronic rhinosinusitis with nasal polyps and asthma: the united airways concept further supported

      Håkansson, K., Bachert, C., Konge, Lars, Thomsen, Simon Francis, Pedersen, Anders Elm, Poulsen, Steen Seier, Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Backer, Vibeke & von Buchwald, Christian, 2015, I: PloS one. 10, 7, 11 s., e0127228.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations

      Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. Udgivet

      NetSurfP-3.0: accurate and fast prediction of protein structural features by protein language models and deep learning

      Høie, M. H., Kiehl, E. N., Petersen, Bent, Nielsen, M., Winther, Ole, Nielsen, H., Hallgren, J. & Marcatili, P., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W510-W515 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    29. Udgivet

      Explainable Image Quality Assessments in Teledermatological Photography

      Jalaboi, R., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Telemedicine and e-Health. 29, 9, s. 1342-1348 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Udgivet

      DermX: An end-to-end framework for explainable automated dermatological diagnosis

      Jalaboi, R., Faye, F., Orbes-Arteaga, M., Jørgensen, D., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Medical Image Analysis. 83, 12 s., 102647.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Udgivet

      An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions

      Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    32. Udgivet

      Integrative analyses reveal novel strategies in HPV11,-16 and -45 early infection

      Kaczkowski, B., Rossing, M., Andersen, D. K., Dreher, A., Morevati, M., Visser, M. A., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Norrild, B., 2012, I: Scientific Reports. 2, s. 515

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    33. Udgivet

      The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study

      Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Udgivet

      Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data

      Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    35. Udgivet

      NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning

      Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    36. Udgivet

      Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric

      Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    37. Udgivet

      MicroRNA expression analysis and Multiplex ligation-dependent probe amplification in metastatic and non-metastatic uveal melanoma

      Larsen, A., Holst, L. M., Kaczkowski, B., Andersen, M. T., Manfé, V., Siersma, Volkert Dirk, Kolko, Miriam, Kiilgaard, Jens Folke, Winther, Ole, Prause, J. U., Gniadecki, R. & Heegaard, Steffen, 2014, I: Acta Ophthalmologica. 92, 6, s. 541-549

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    38. Udgivet

      Can large language models reason about medical questions?

      Liévin, V., Hother, C. E., Motzfeldt, A. G. & Winther, Ole, 2024, I: Patterns. 5, 3, 12 s., 100943.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      Optimal Variance Control of the Score-Function Gradient Estimator for Importance Weighted Bounds

      Liévin, V., Dittadi, A., Christensen, Anders & Winther, Ole, 2020, I: Advances in Neural Information Processing Systems. 2020-December, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

    40. Udgivet

      Variational Open-Domain Question Answering

      Liévin, V., Motzfeldt, A. G., Jensen, I. R. & Winther, Ole, 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 202, s. 20950-20977 28 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt

    41. Udgivet

      NetTCR-2.0 enables accurate prediction of TCR-peptide binding by using paired TCRα and β sequence data

      Montemurro, A., Schuster, Viktoria, Povlsen, H. R., Bentzen, A. K., Jurtz, V., Chronister, W. D., Crinklaw, A., Hadrup, S. R., Winther, Ole, Peters, B., Jessen, L. E. & Nielsen, M., 2021, I: Communications Biology . 4, 13 s., 1060.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    42. Udgivet

      Cellular origin of prognostic chromosomal aberrations in AML patients

      Mora-Jensen, H., Jendholm, L. J., Rapin, N. P. J., Andersen, M. K., Roug, A. S., Bagger, F. O., Bullinger, L., Winther, Ole, Borregaard, N., Porse, Bo Torben & Theilgaard-Mønch, Kim, 11 feb. 2015, I: Leukemia. 29, s. 1785-1789 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    43. Udgivet

      Differential gene expression in the otic capsule and the middle ear-an annotation of bone-related signaling genes

      Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Rye-Jørgensen, N., Bloch, S. & Sørensen, Mads Sølvsten, 2015, I: Otology & Neurotology. 36, 4, s. 727-732 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    44. Udgivet

      Bone signaling in middle ear development: a genome-wide differential expression analysis

      Nielsen, M. C., Martin-Bertelsen, T., Friis, M., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan, Cayé-Thomasen, Per & Sørensen, Mads Sølvsten, 2014, I: Anatomical Record. 297, 12, s. 2349-2355 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    45. Udgivet

      The middle ear immune defense changes with age

      Nielsen, M. C., Friis, M., Martin-Bertelsen, T., Winther, Ole, Friis-Hansen, Lennart Jan & Cayé-Thomasen, Per, 2016, I: European Archives of Oto-Rhino-Laryngology. 273, 1, s. 81-86 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    46. Udgivet

      Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders

      Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    47. Udgivet

      Binning microbial genomes using deep learning

      Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).

      Publikation: Working paper › Preprint › Forskning

    48. Udgivet

      Tumor antigens as proteogenomic biomarkers in invasive ductal carcinomas

      Olsen, L. R., Campos, B., Winther, Ole, Sgroi, D. C., Karger, B. L. & Brusic, V., 2014, I: B M C Medical Genomics. 7, 3, s. 1-13 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    49. Udgivet

      A computational method for identification of vaccine targets from protein regions of conserved human leukocyte antigen binding

      Olsen, L. R., Simon, C., Kudahl, U. J., Bagger, F. O., Winther, Ole, Reinherz, E. L., Zhang, G. L. & Brusic, V., 2015, I: B M C Medical Genomics. 8, Suppl 4, 6 s., 5.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    50. Udgivet

      Bioinformatics for cancer immunotherapy target discovery

      Olsen, L. R., Campos, B., Stein Barnkob, M., Winther, Ole, Brusic, V. & Andersen, M. H., 2014, I: Cancer Immunology, Immunotherapy. 63, 12, s. 1235-1249 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 Næste

    ID: 171145930