Jan Gorodkin

Jan Gorodkin

Professor

Medlem af:


    Udgivelsesår:
    Alle
    101 - 150 ud af 151Pr. side: 50
    Sortering: 1. forfatter
    1. Udgivet

      Emerging tools for RNA structure analysis in polymorphic data

      Radhakrishnan, S., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2015, I: Biozoom. 2, s. 10-13 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

    2. Udgivet

      The RNAsnp web server: predicting SNP effects on local RNA secondary structure

      Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, s. W475-W479 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. Udgivet

      RNAsnp: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs

      Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Human Mutation. 34, 4, s. 546-556 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    4. Udgivet

      Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites

      Radhakrishnan, S., Wenzel, Anne, Novotny, P., Tang, X., Kalari, K. R. & Gorodkin, Jan, 2014, I: P L o S One. 9, 1, 16 s., e82699.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      Single cell mapping the evolution of the spatial processing centre within the brain

      Ralbovszki, Dorottya Maria, Bertelsen, Mads Frost, Buchmann, Kurt, Mori, Yuki, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Seemann, Ernst Stefan, Khodosevich, Konstantin & Hall, Vanessa Jane, 1 maj 2022.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Formidling

    6. Udgivet

      Pigs in sequence space: a 0.66X coverage Sino-Danish pig genome survey

      Rasmus, W., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, Jan, Panitz, F., Stærfeldt, H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, Merete, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005. 1 s.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    7. Udgivet

      SRPDB: Signal Recognition Particle Database

      Rosenblad, M. A., Gorodkin, Jan, Knudsen, B., Zwieb, C. & Samuelsson, T., 2003, I: Nucleic Acids Research. 31, 1, s. 363-364 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      De Novo Discovery of Structured ncRNA Motifs in Genomic Sequences

      Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). Bind 1097. s. 303-18 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    9. Udgivet

      Multiple Sequence Alignments Enhance Boundary Definition of RNA Structures

      Sabarinathan, R., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 4 dec. 2018, I: Genes. 9, 12, 17 s., 604.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      Linkage mapping of gene-associated SNPs to pig chromosome 11

      Sawera, M., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan & Fredholm, Merete, 2006, I: Animal Genetics. 37, 3, s. 199-204 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Mapping and expression studies of the mir17-92 cluster on pig chromosome 11

      Sawera, M., Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 2005, I: Mammalian Genome. 16, 8, s. 594-598 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      SNP-finding in pig mitochondrial ESTs

      Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2008, I: Animal Genetics. 39, 2, s. 193-195 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      EST analysis on pig mitochondria reveal novel expression differences between developmental and adult tissues

      Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 367, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      Sequence assembly

      Scheibye-Alsing, K., Hoffmann, S., Frankel, A. M., Jensen, P., Stadler, P. F., Mang, Y., Tommerup, Niels, Gilchrist, M. J., Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2009, I: Computational Biology and Chemistry. 33, 2, s. 121-136 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    15. Udgivet

      Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2010, I: Algorithms for Molecular Biology. 5, 22, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. Udgivet

      PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gesell, T., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 2, s. 211-219 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments

      Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, 20, s. 6355-6362 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      The PETfold and PETcofold web servers for intra- and intermolecular structures of multiple RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Menzel, K. P., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Suppl. 2, s. W107-W111 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      Detection of RNA structures in porcine EST data and related mammals

      Seemann, Ernst Stefan, Gilchrist, M. J., Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 316, 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    20. Udgivet

      Transcripts with in silico predicted RNA structure are enriched everywhere in the mouse brain

      Seemann, Ernst Stefan, Sunkin, S. M., Hawrylycz, M. J., Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2012, I: BMC Genomics. 13, 1, s. 214-227 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. Udgivet

      The identification and functional annotation of RNA structures conserved in vertebrates

      Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Hansen, C., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Torarinsson, E., Yao, Z., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Nielsen, Henrik, Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Genome Research. 27, s. 1371-1383 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      Quality Assessment of Domesticated Animal Genome Assemblies

      Seemann, Ernst Stefan, Anthon, Christian, Palasca, Oana & Gorodkin, Jan, 2015, I: Bioinformatics and Biology Insights. 9, Suppl 4, s. 49-58 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Does rapid sequence divergence preclude RNA structure conservation in vertebrates?

      Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Tommerup, Niels, Gorodkin, Jan & Ruzzo, W. L., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 5, s. 2452-2463 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      Simultaneous DNA and RNA mapping of somatic mitochondrial mutations across diverse human cancers

      Stewart, J. B., Alaei-Mahabadi, B., Radhakrishnan, S., Samuelsson, T., Gorodkin, Jan, Gustafsson, C. M. & Larsson, E., jun. 2015, I: P L o S Genetics. 11, 6, 15 s., e1005333.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities

      Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Melo, A. C. M. A., 2020, I: Concurrency Computation. 32, 10, e5468.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    26. Udgivet

      CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment

      Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment

      Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, Jan, 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. Udgivet

      RNAcentral 2021: Secondary structure integration, improved sequence search and new member databases

      Sweeney, B. A., Petrov, A. I., Ribas, C. E., Finn, R. D., Bateman, A., Szymanski, M., Karlowski, W. M., Seemann, S. E., Gorodkin, J., Cannone, J. J., Gutell, R. R., Kay, S., Marygold, S., Dos Santos, G., Frankish, A., Mudge, J. M., Barshir, R., Fishilevich, S., Chan, P. P., Lowe, T. M. & 26 flere, Seal, R., Bruford, E., Panni, S., Porras, P., Karagkouni, D., Hatzigeorgiou, A. G., Ma, L., Zhang, Z., Volders, P. J., Mestdagh, P., Griffiths-Jones, S., Fromm, B., Peterson, K. J., Kalvari, I., Nawrocki, E. P., Petrov, A. S., Weng, S., Bouchard-Bourelle, P., Scott, M., Lui, L. M., Hoksza, D., Lovering, R. C., Kramarz, B., Mani, P., Ramachandran, S. & Weinberg, Z., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, D1, s. D212-D220

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    29. Udgivet

      Global microRNA analysis of the NCI-60 cancer cell panel

      Søkilde, R., Kaczkowski, B., Podolska, A., Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Møller, S. & Litman, T., 2011, I: Molecular Cancer Therapeutics. 10, 3, s. 375-384 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Udgivet

      Full-length RNA structure prediction of the HIV-1 genome reveals a conserved core domain

      Sükösd, Z., Andersen, E. S., Seemann, Ernst Stefan, Jensen, M. K., Hansen, M., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2 dec. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 21, s. 10168-79 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Udgivet

      RNA 3D modules in genome-wide predictions of RNA 2D structure

      Theis, C., Zirbel, C. L., Zu Siederdissen, C. H., Anthon, Christian, Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: PLOS ONE. 10, 10, 13 s., e0139900.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. Udgivet

      Automated identification of RNA 3D modules with discriminative power in RNA structural alignments

      Theis, C., Höner zu Siederdissen, C., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, 22, s. 9999-10009 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    33. Udgivet

      Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure

      Torarinsson, E., Sawera, M., Havgaard, Jakob Hull, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2006, I: Genome Research. 16, 7, s. 885-889 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Udgivet

      Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis

      Torarinsson, E., Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    35. Udgivet

      Novel circRNA discovery in sheep shows evidence of high backsplice junction conservation

      Varela-Martínez, E., Corsi, G. I., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Jugo, B. M., 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 11 s., 427.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    36. Udgivet

      RNA-Seq Study on the Longissimus thoracis Muscle of Italian Large White Pigs Fed Extruded Linseed with or without Antioxidants and Polyphenols

      Vegni, J., Sun, Y., Seemann, Ernst Stefan, Zappaterra, M., Davoli, R., Dall’Olio, S., Gorodkin, Jan & Zambonelli, P., 2023, I: Animals. 13, 7, 1187.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    37. E-pub ahead of print

      Systematic analysis and characterization of long non-coding RNA genes in inflammatory bowel disease

      Velissari, R., Ilieva, M., Dao, J., Miller, H. E., Madsen, J. H., Gorodkin, Jan, Aikawa, M., Ishii, H. & Uchida, S., 2024, (E-pub ahead of print) I: Briefings in Functional Genomics.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    38. Udgivet

      RIsearch: fast RNA-RNA interaction search using a simplified nearest-neighbor energy model

      Wenzel, Anne, Akbasli, E. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 21, s. 2738-2746 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      Pigs in sequence space: a 0.66X coverage pig genome survey based on shotgun sequencing

      Wernersson, R., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, J., Panitz, F., Stærfeldt, H-H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Liu, B., Hu, S., Dong, W., Li, W., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, M. & 3 flere, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005, I: BMC Genomics. 70, 6, s. 1-7 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    40. Udgivet

      Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning

      Xiang, X., Corsi, G. I., Anthon, C., Qu, K., Pan, X., Liang, X., Han, P., Dong, Z., Liu, L., Zhong, J., Ma, T., Wang, J., Zhang, X., Jiang, H., Xu, F., Liu, X., Xu, X., Wang, J., Yang, H., Bolund, L. & 4 flere, Church, G. M., Lin, L., Gorodkin, Jan & Luo, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 9 s., 3238.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    41. Udgivet

      Transcriptome landscape of protein-coding genes and long noncoding RNAs in the colon and blood of DSS-induced mouse model of Acute ulcerative colitis

      Yarani, R., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Pilecki, B., Litman, Thomas, Holmskov, U., Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2019, I: Journal of Crohn's and Colitis. 13, s. S129-S130

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    42. Udgivet

      Differentially Expressed miRNAs in Ulcerative Colitis and Crohn's Disease

      Yarani, R., Shojaeian, A., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 21 s., 865777.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    43. Udgivet

      Cross-species high-resolution transcriptome profiling suggests biomarkers and therapeutic targets for ulcerative colitis

      Yarani, R., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Pilecki, B., Svane, C. A. S., Mirza, A. H., Litman, Thomas, Holmskov, U., Bang-Berthelsen, C. H., Vilien, M., Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2023, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 1081176.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    44. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009, I: BMC Genomics. 10, 574, 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    45. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    46. Udgivet

      Genes involved in metabolism of cyanogenic glucosides in Zygaena filipendulae determined by 454 pyrosequencing

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    47. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    48. Udgivet

      Translational co-regulation of a ligand and inhibitor by a conserved RNA element

      Zaucker, A., Nagorska, A., Kumari, P., Hecker, N., Wang, Y., Huang, S., Cooper, L., Sivashanmugam, L., VijayKumar, S., Brosens, J., Gorodkin, Jan & Sampath, K., jan. 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, 1, s. 104–119

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    49. Udgivet

      tmRDB (tmRNA database)

      Zwieb, C., Gorodkin, Jan, Knudsen, B., Burks, J. & Wower, J., 2003, I: Nucleic Acids Research. 31, 1, s. 446-447 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    50. Udgivet

      Comparative genomics beyond sequence-based alignments: RNA structures in the ENCODE regions

      Þórarinsson, E., Yao, Z., Wiklund, E. D., Bramsen, J. B., Hansen, C., Kjems, J., Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2008, I: Genome Research. 18, 2, s. 242-251 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 3 4 Næste

    ID: 4356276