Jan Gorodkin
Professor
- Udgivet
Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM
Havgaard, Jakob Hull, Kaur, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments
Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%
Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The FOLDALIGN web server for pairwise structural RNA alignment and mutual motif search
Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Nucleic Acids Research. 33, s. W650-W653 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Associating transcription factors and conserved RNA structures with gene regulation in the human brain
Hecker, N., Seemann, Ernst Stefan, Silahtaroglu, Asli, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Scientific Reports. 7, 1, 16 s., 5776.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop
Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A study of alternative splicing in the pig
Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2010, I: BMC Research Notes. 3, 123, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells: [Plus] Corrigendum
Hölzer, M., Krähling, V., Amman, F., Barth, E., Bernhart, S. H., Carmelo, V. A. O., Collatz, M., Doose, G., Eggenhofer, F., Ewald, J., Fallmann, J., Feldhahn, L. M., Fricke, M., Gebauer, J., Gruber, A. J., Hufsky, F., Indrischek, H., Kanton, S., Linde, J., Mostajo, N. & 19 flere, , 7 okt. 2016, I: Scientific Reports. 6, 16 s., 34589.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Utilization of ESTs from Cassava: Progress on Development of EST-SSR Markers and an Oligo DNA Microarray
Ingelbrecht, I. L., Jørgensen, Kirsten, Bak, Søren, Gorodkin, Jan, Raji, A., Winter, S., Lokko, Y., Gedil, M., Anderson, J. V. & Møller, Birger Lindberg, 2008.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs
Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Mentzel, Caroline M. Junker, Sørensen, P. M., Pundhir, Sachin, Anthon, Christian, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Barrès, Romain & Fredholm, Merete, 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Epigenetic and Transcriptomic Characterization of Pure Adipocyte Fractions From Obese Pigs Identifies Candidate Pathways Controlling Metabolism
Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Anthon, Christian, Mentzel, Caroline M. Junker, Cirera, Susanna, Krogh, P. M., Pundhir, Sachin, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, C. S., Lesnik, P., Guerin, M., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Barrès, Romain, 2019, I: Frontiers in Genetics. 10, 13 s., 1268.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global Analysis of Genetic and Epigenetic differences associated with Obesity
Jacobsen, M. J., Mentzel, Caroline M. Junker, Kogelman, L., Mark, T., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Kadarmideen, H., Barrès, Romain, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2013.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia
Junge, A., Zandi, R., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RAIN: RNA-protein Association and Interaction Networks
Junge, A., Refsgaard, J. C., Garde, C., Pan, X., Santos, A., Alkan, F., Anthon, Christian, von Mering, C., Workman, C. T., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2017, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2017, 9 s., baw167.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering
Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of 10 882 porcine microsatellite sequences and virtual mapping of 4528 of these sequences
Karlskov-Mortensen, Peter, Hu, Z. L., Gorodkin, Jan, Reecy, J. M. & Fredholm, Merete, 2007, I: Animal Genetics. 38, 4, s. 401-405 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots
Kato, Y., Gorodkin, Jan & Havgaard, Jakob Hull, dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and characterization of novel conserved RNA structures in Drosophila
Kirsch, Rebecca, Seemann, Ernst Stefan, Ruzzo, W. L., Cohen, S. M., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2018, I: BMC Genomics. 19, 20 s., 899.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolutionary rate variation and RNA secondary structure prediction
Knudsen, B., Andersen, E. S., Damgaard, C., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2004, I: Computational Biology and Chemistry. 28, 3, s. 219-226 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A high-resolution comparative map between pig chromosome 17 and human chromosomes 4, 8, and 20: Identification of synteny breakpoints
Lahbib-Mansais, Y., Karlskov-Mortensen, Peter, Mompart, F., Milan, D., Jørgensen, Claus Bøttcher, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Faraut, T., Yerle, M. & Fredholm, Merete, 2005, I: Genomics. 86, 4, s. 405-413 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepBlockAlign: a tool for aligning RNA-seq profiles of read block patterns
Langenberger, D., Pundhir, Sachin, Ekstrøm, Claus Thorn, Stadler, P. F., Hoffmann, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 1, s. 17-24 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Principles and limitations of computational microRNA gene and target finding
Lindow, M. & Gorodkin, Jan, 2007, I: DNA and Cell Biology. 26, 5, s. 339-351 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sandwich cortial lamination and single-cell analysis decodes the developing spatial processing system
Liu, Y., Bergmann, T. B., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L-F., Mori, Y., Asenjo Martinez, A., Lisa Vargas, I., Seemann, E. S., Lee, J. T. H., Patikis, N., Peralvo Vidal, J. M., Pihl, M., Kornum, B. R., Thomsen, P. D., Hyttel, P., Witter, M., Khodosevich, K., Gorodkin, J., Hemberg, M. & 2 flere, , 2019. 45 s.Publikation: Konferencebidrag › Paper › Formidling
- Udgivet
Development of the entorhinal cortex occurs via parallel lamination during neurogenesis
Liu, Y., Bergmann, T., Mori, Yuki, Peralvo Vidal, Juan Miguel, Pihl, M., Vasistha, Navneet A, Thomsen, Preben Dybdahl, Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan, Hyttel, P., Khodosevich, Konstantin, Witter, M. P. & Hall, Vanessa Jane, 2021, I: Frontiers in Neuroanatomy. 15, 19 s., 663667.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncovering the anatomical and molecular landscape of the developing entorhinal cortex.
Liu, Y., Bergmann, T. B., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Lee, J., Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Gorodkin, Jan, Hyttel, P., Pers, Tune H, witter, M. & Hall, Vanessa Jane, 2018.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
Gender and obesity specific MicroRNA expression in adipose tissue from lean and obese pigs
Mentzel, Caroline M. Junker, Anthon, Christian, Jacobsen, M. J., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 29 jul. 2015, I: P L o S One. 10, 7, 19 s., e0131650.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Joint profiling of miRNAs and mRNAs reveals miRNA mediated gene regulation in the Göttingen minipig obesity model
Mentzel, Caroline M. Junker, Alkan, F., Keinicke, H., Jacobsen, M. J., Gorodkin, Jan, Fredholm, Merete & Cirera, Susanna, 30 nov. 2016, I: P L o S One. 11, 11, 16 s., e0167285.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The tedious task of finding homologous noncoding RNA genes
Menzel, K. P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, I: RNA: A publication of the RNA Society. 15, 12, s. 2075-2082 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RILogo: visualising RNA-RNA interactions
Menzel, K. P., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 19, s. 2523-2526 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
maxAlike: maximum likelihood-based sequence reconstruction with application to improved primer design for unknown sequences
Menzel, K. P., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 3, s. 317-325 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Maximum likelihood estimation of weight matrices for targeted homology search
Menzel, P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, Proceedings of the German Conference on Bioinformatics 2009. Grosse, I., Neumann, S., Posch, S., Schreiber, F. & Stadler, P. (red.). Gesellschaft für Informatik, s. 211-220 10 s. (Lecture Notes in Informatics).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs
Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and expression analysis of gaps in human chromosome 20
Minocherhomji, S., Seemann, Ernst Stefan, Mang, Y., Elschich, Z., Bak, M., Hansen, C., Papadopoulos, N., Josefsen, K., Nielsen, Henrik, Gorodkin, Jan, Tommerup, Niels & Silahtaroglu, Asli, aug. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6660-6672 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptomic landscape of lncRNAs in inflammatory bowel disease
Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Seemann, Ernst Stefan, Pan, X., Frederiksen, K. S., Vilien, M., Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2015, I: Genome Medicine. 7, 22 s., 39.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Production of stellate cells from induced pluripotent stem cells to study Alzheimer's disease pathology
Mogus, L., Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Formidling
- Udgivet
A non-enzymatic, isothermal strand displacement and amplification assay for rapid detection of SARS-CoV-2 RNA
Mohammadniaei, M., Zhang, M., Ashley, J., Christensen, U. B., Friis-Hansen, L. J., Gregersen, R., Lisby, J. G., Benfield, Thomas, Nielsen, F. E., Henning Rasmussen, J., Pedersen, E. B., Olinger, A. C. R., Kolding, L. T., Naseri, M., Zheng, T., Wang, W., Gorodkin, Jan & Sun, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 5089.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein-driven inference of miRNA-disease associations
Mørk, S., Pletscher-Frankild, S., Palleja, A., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2014, I: Bioinformatics (Oxford, England). 30, 3, s. 392-397 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Translational control of furina by an RNA regulon is important for left-right patterning, heart morphogenesis and cardiac valve function
Nagorska, A., Zaucker, A., Lambert, F., Inman, A., Toral-Perez, S., Gorodkin, Jan, Wan, Y., Smutny, M. & Sampath, K., 2023, I: Development (Cambridge). 150, 23, 15 s., 201657.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast local fragment chaining using sum-of-pair gap costs
Otto, C., Hoffmann, S., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2011, I: Algorithms for Molecular Biology. 6, 4Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
TISSUES 2.0: an integrative web resource on mammalian tissue expression
Palasca, Oana, Santos, A., Stolte, C., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2018, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2018, 1, s. 1-12Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Massively targeted evaluation of therapeutic CRISPR off-targets in cells
Pan, X., Qu, K., Yuan, H., Xiang, X., Anthon, C., Pashkova, L., Liang, X., Han, P., Corsi, G. I., Xu, F., Liu, P., Zhong, J., Zhou, Y., Ma, T., Jiang, H., Liu, J., Wang, J., Jessen, N., Bolund, L., Yang, H. & 5 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 4049.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide identification of clusters of predicted microRNA binding sites as microRNA sponge candidates
Pan, X., Wenzel, Anne, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2018, I: PLoS ONE. 13, 8, 15 s., e0202369.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Inferring disease-associated long non-coding RNAs using genome - wide tissue expression profiles
Pan, X., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2019, I: Bioinformatics. 35, 9, s. 1494-1502 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
WebCircRNA: Classifying the Circular RNA Potential of Coding and Noncoding RNA.
Pan, X., Xiong, K., Anthon, Christian, Hyttel, P., Freude, Kristine, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 6 nov. 2018, I: Genes. 9, 11, 11 s., 536.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation
Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T. & 5 flere, , 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Profiling microRNAs in lung tissue from pigs infected with Actinobacillus pleuropneumoniae
Podolska, A., Anthon, Christian, Bak, M., Tommerup, Niels, Skovgaard, K., Heegaard, P. M., Gorodkin, Jan, Cirera, S. & Fredholm, Merete, sep. 2012, I: B M C Genomics. 13, 1, s. 459Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spatially conserved regulatory elements identified within human and mouse Cd247 gene using high-throughput sequencing data from the ENCODE project.
Pundhir, Sachin, Hannibal, T. D., Bang-Berthelsen, C. H., Wegener, A. K., Pociot, Flemming, Holmberg, D. I. & Gorodkin, Jan, 2 maj 2014, I: Gene. 545, 1, s. 80-87 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emerging applications of read profiles towards the functional annotation of the genome
Pundhir, Sachin, Poirazi, P. & Gorodkin, Jan, 19 maj 2015, I: Frontiers in Genetics. 6, 11 s., 188.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differential and coherent processing patterns from small RNAs
Pundhir, Sachin & Gorodkin, Jan, 13 jul. 2015, I: Scientific Reports. 5, 16 s., 12062.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational approaches for predicting mutation effects on RNA Sstructure
Radhakrishnan, S. & Gorodkin, Jan, 2014, Bioinformatics. Persson, B. (red.). Elsevier, s. 111-121 11 s. (Comprehensive biomedical physics, Bind 6).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4356276
Flest downloads
-
2865
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1378
downloads
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1305
downloads
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet