Simon Rasmussen
Professor
Rasmussen Group
- Udgivet
A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux
da Fonseca, R. R., Couto, A., Machado, A. M., Brejova, B., Albertin, C. B., Silva, F., Gardner, P., Baril, T., Hayward, A., Campos, A., Ribeiro, Â. M., Barrio-Hernandez, I., Hoving, H-J., Tafur-Jimenez, R., Chu, C., Frazão, B., Petersen, B., Peñaloza, F., Musacchia, F., Alexander, G. C. & 24 flere, , 2020, I: GigaScience. 9, 1, 12 s., giz152.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Identification of acquired antimicrobial resistance genes
Zankari, E., Hasman, H., Cosentino, S., Vestergaard, M., Rasmussen, Simon, Lund, O., Aarestrup, F. M. & Larsen, M. V., 2012, I: Journal of Antimicrobial Chemotherapy. 67, 11, s. 2640-4 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient nuclear genomes enable repatriation of Indigenous human remains
Wright, J. L., Wasef, S., Heupink, T. H., Westaway, M. C., Rasmussen, S., Pardoe, C., Fourmile, G. G., Young, M., Johnson, T., Slade, J., Kennedy, R., Winch, P., Pappin, M., Wales, T., Bates, W. ., Hamilton, S., Whyman, N., Van Holst Pellekaan, S., Mcallister, P. J., Taçon, P. S. C. & 8 flere, , 1 dec. 2018, I: Science Advances. 4, 12, 13 s., eaau5064.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic studies of abdominal MRI data identify genes regulating hepcidin as major determinants of liver iron concentration
Wilman, H. R., Parisinos, C. A., Atabaki-Pasdar, N., Kelly, M., Thomas, E. L., Neubauer, S., Jennison, C., Ehrhardt, B., Baum, P., Schoelsch, C., Freijer, J., Grempler, R., Graefe-Mody, U., Hennige, A., Dings, C., Lehr, T., Scherer, N., Sihinecich, I., Pattou, F., Raverdi, V. & 31 flere, , 2019, I: Journal of Hepatology. 71, 3, s. 594-602 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Lactobacillus acidophilus induces virus immune defence genes in murine dendritic cells by a Toll-like receptor-2-dependent mechanism
Weiss, G. M., Rasmussen, Simon, Zeuthen, L., Nielsen, B. M. N., Jarmer, H. Ø., Jespersen, Lene & Frøkiær, Hanne, 2010, I: Immunology. 131, 2, s. 268-281 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bifidobacterium bifidum actively changes the gene expression profile induced by Lactobacillus acidophilus in murine dendritic cells
Weiss, G. M., Rasmussen, Simon, Fink, L. N., Jarmer, H. Ø., Nielsen, B. M. N. & Frøkiær, Hanne, 2010, I: PLoS ONE. 5, 6, 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cross-generational bacterial strain transfer to an infant after fecal microbiota transplantation to a pregnant patient: a case report
Wei, S., Jespersen, Marie Louise, Baunwall, S. M. D., Myers, P. N., Smith, E. M., Dahlerup, J. F., Rasmussen, Simon, Nielsen, H. B., Licht, T. R., Bahl, M. I. & Hvas, C. L., 2022, I: Microbiome. 10, 1, 14 s., 193.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Mass spectrometry-based proteomics data from thousands of HeLa control samples
Webel, Henry, Perez-Riverol, Y., Nielsen, A. B. & Rasmussen, Simon, 2024, I: Scientific Data. 11, 7 s., 112.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gut microbial changes of patients with psychotic and affective disorders: A systematic review
Vindegaard, N., Speyer, H., Nordentoft, Merete, Rasmussen, Simon & Benros, Michael Eriksen, 2021, I: Schizophrenia Research. 234, s. 41-50 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Whole-Exome Sequencing Implicates Neuronal Calcium Channel with Familial Atrial Fibrillation
Vad, Oliver Tim Bundgaard, Yan, Y., Denti, F., Ahlberg, Gustav, Refsgaard, L., Bomholtz, Sofia Hammami, Santos, J. L., Rasmussen, Simon, Haunsø, Stig, Svendsen, Jesper Hastrup, Christophersen, I. E., Schmitt, Nicole, Olesen, Morten Steen Salling & Bentzen, Bo Hjorth, 2022, I: Frontiers in Genetics. 13, 8 s., 806429.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Targeted metabolic engineering guided by computational analysis of single-nucleotide polymorphisms (SNPs)
Udatha, D. B. R. K. G., Rasmussen, Simon, Sicheritz-Pontén, T. & Panagiotou, G., 2013, I: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 985, s. 409-28 20 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hybridization capture using short PCR products enriches small genomes by Capturing Flanking Sequences (CapFlank)
Tsangaras, K., Wales, N., Sicheritz-Pontén, T., Rasmussen, Simon, Michaux, J., Ishida, Y., Morand, S., Kampmann, Marie-Louise, Gilbert, M Thomas P & Greenwood, A. D., 2014, I: PLoS ONE. 9, 10, 10 s., e109101.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Genome sequence of Talaromyces atroroseus, which produces red colorants for the food industry
Thrane, U., Rasmussen, K. B., Petersen, Bent, Rasmussen, Simon, Sicheritz-Pontén, Thomas & Mortensen, U. H., 2017, I: Genome Announcements. 5, 9, 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference
Sørensen, L. M., Jensen, J. M., Petersen, B., Sibbesen, J. A., Liu, S., Villesen, P., Skov, L., Belling, K. G., Have, C. T., Izarzugaza, J. M. G., Grosjean, M., Bork-Jensen, J., Grove, J., Als, T. D., Huang, S., Chang, Y., Xu, R., Ye, W., Rao, J., Guo, X. & 39 flere, , 2017, I: Nature. 548, 7665, s. 87-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes
Sunagawa, S., Mende, D. R., Zeller, G., Izquierdo-Carrasco, F., Berger, S. A., Kultima, J. R., Coelho, L. P., Arumugam, M., Tap, J., Nielsen, H. B., Rasmussen, S., Brunak, S., Pedersen, O. B., Guarner, F., de Vos, W. M., Wang, J., Li, J., Doré, J., Ehrlich, S. D., Stamatakis, A. & 1 flere, , 2013, I: Nature Methods. 10, 12, s. 1196-1199 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic predisposition & evolutionary traces of pediatric cancer risk: a prospective 5-year population-based genome sequencing study of children with CNS tumors
Stoltze, U. K., Foss-Skiftesvik, J., Hansen, Thomas van Overeem, Byrjalsen, A., Sehested, A., Scheie, David, Mikkelsen, T. S., Rasmussen, Simon, Bak, M., Okkels, H., Callesen, M. T., Skjøth-Rasmussen, J., Gerdes, Anne-Marie Axø, Schmiegelow, Kjeld, Mathiasen, R. & Wadt, Karin Anna Wallentin, 2023, I: Neuro-Oncology. 25, 4, s. 761-773Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The evolutionary impact of childhood cancer on the human gene pool
Stoltze, U. K., Foss-Skiftesvik, J., Hansen, Thomas van Overeem, Rasmussen, Simon, Karczewski, K. J., Wadt, Karin Anna Wallentin & Schmiegelow, Kjeld, 2024, I: Nature Communications. 15, 15 s., 1881.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Combinatorial batching of DNA for ultralow-cost detection of pathogenic variants
Stoltze, U. K., Hagen, C. M., Hansen, Thomas van Overeem, Byrjalsen, A., Gerdes, Anne-Marie Axø, Yakimov, V., Rasmussen, Simon, Bækvad-Hansen, M., Hougaard, D. M., Schmiegelow, Kjeld, Hjalgrim, Henrik, Wadt, Karin Anna Wallentin & Bybjerg-Grauholm, J., 2023, I: Genome Medicine. 15, 12 s., 17.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Complete genes may pass from food to human blood
Spisák, S., Solymosi, N., Ittzés, P., Bodor, A., Kondor, D., Vattay, G., Barták, B. K., Sipos, F., Galamb, O., Tulassay, Z., Szállási, Z., Rasmussen, Simon, Sicheritz-Ponten, T., Brunak, Søren, Molnár, B. & Csabai, I., 2013, I: PloS one. 8, 7, s. e69805Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analysis of 62 hybrid assembled human Y chromosomes exposes rapid structural changes and high rates of gene conversion
Skov, L., Schierup, M. H., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Rasmussen, Simon, Kristiansen, Karsten & Brunak, Søren, 2017, I: PLOS Genetics. 13, 8, s. e1006834Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The population history of northeastern Siberia since the Pleistocene
Sikora, M., Pitulko, V. V., Sousa, V. C., Allentoft, M. E., Vinner, L., Rasmussen, S., Margaryan, A., Damgaard, P. D. B., de la Fuente Castro, C., Renaud, G., Yang, M. A., Fu, Q., Dupanloup, I., Giampoudakis, K., Nogues, D. B., Rahbek, C., Kroonen, G., Peyrot, M., McColl, H., Vasilyev, S. V. & 27 flere, , 2019, I: Nature. 570, s. 182–188Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Ancient genomes show social and reproductive behavior of early Upper Paleolithic foragers
Sikora, M., Seguin-Orlando, A., Sousa, V. C., Albrechtsen, A., Korneliussen, T. S., Ko, A., Rasmussen, S., Dupanloup, I., Nigst, P. R., Bosch, M. D., Renaud, G., Allentoft, M. E., Margaryan, A., Vasilyev, S. V., Veselovskaya, E. V., Borutskaya, S. B., Deviese, T., Comeskey, D., Higham, T., Manica, A. & 7 flere, , 3 nov. 2017, I: Science. 358, 6363, s. 659-662 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep integrative models for large-scale human genomics
Sigurdsson, Arnór Ingi, Louloudis, Ioannis, Banasik, Karina, Westergaard, D., Winther, Ole, Lund, O., Ostrowski, Sisse Rye, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nyegaard, Mette, Brunak, Søren, Vilhjálmsson, B. & Rasmussen, Simon, 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Transcriptome analysis of root-knot nematode (Meloidogyne incognita)-infected tomato (Solanum lycopersicum) roots reveals complex gene expression profiles and metabolic networks of both host and nematode during susceptible and resistance responses
Shukla, N., Yadav, R., Kaur, P., Rasmussen, Simon, Goel, S., Agarwal, M., Jagannath, A., Gupta, R. & Kumar, A., 2018, I: Molecular Plant Pathology. 19, 3, s. 615-633 19 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SCAI promotes error-free repair of DNA interstrand crosslinks via the Fanconi anemia pathway
Schubert, Lisa, Hendriks, Ivo Alexander, Hertz, Emil Peter Thrane, Wu, Wei, Sellés Baiget, Selene, Hoffmann, Saskia, Bagge, Keerthana Stine Viswalingam, Gallina, I., Pentakota, S., Benedict, Bente, Johansen, Joachim, Apelt, K., Luijsterburg, M. S., Rasmussen, Simon, Lisby, Michael, Liu, Ying, Nielsen, Michael Lund, Mailand, Niels & Duxin, Julien, 2022, I: EMBO Reports. 23, 4, 20 s., e53639.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 204201681
Flest downloads
-
1365
downloads
Genome-scale cold stress response regulatory networks in ten Arabidopsis thaliana ecotypes
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
608
downloads
Bifidobacterium bifidum actively changes the gene expression profile induced by Lactobacillus acidophilus in murine dendritic cells
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
433
downloads
Discovery, genotyping and characterization of structural variation and novel sequence at single nucleotide resolution from de novo genome assemblies on a population scale
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet