Jan Gorodkin
Professor
- 2018
- Udgivet
Comparative RNA genomics
Backofen, R., Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 2018, Comparative Genomics: Methods and Protocols. Humana Press, Bind 1704. s. 363-400 38 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1704).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The developmental neurogenic niche of the Entorhinal cortex revealed by single-cell transcriptomics.
Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Gorodkin, Jan, Hall, Vanessa Jane & Pers, Tune H, 2018.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
IFN-λ and microRNAs are important modulators of the pulmonary innate immune response against influenza A (H1N2) infection in pigs
Brogaard, L., Larsen, Lars, Heegaard, P. M. H., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan, Dürrwald, R. & Skovgaard, K., 2018, I: PLOS ONE. 13, 4, 23 s., e0194765.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Warburg Effect Metabolism Drives Neoplasia in a Drosophila Genetic Model of Epithelial Cancer
Eichenlaub, T., Villadsen, René, Freitas, F. C. P., Andrejeva, Diana, Aldana, Blanca, Nguyen, H. T., Petersen, Ole William, Gorodkin, Jan, Herranz, Hector & Cohen, S. M., 2018, I: Current Biology. 28, 20, s. 3220-3228.e6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and characterization of novel conserved RNA structures in Drosophila
Kirsch, Rebecca, Seemann, Ernst Stefan, Ruzzo, W. L., Cohen, S. M., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2018, I: BMC Genomics. 19, 20 s., 899.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncovering the anatomical and molecular landscape of the developing entorhinal cortex.
Liu, Y., Bergmann, T. B., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Lee, J., Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Gorodkin, Jan, Hyttel, P., Pers, Tune H, witter, M. & Hall, Vanessa Jane, 2018.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
TISSUES 2.0: an integrative web resource on mammalian tissue expression
Palasca, Oana, Santos, A., Stolte, C., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2018, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2018, 1, s. 1-12Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome-wide identification of clusters of predicted microRNA binding sites as microRNA sponge candidates
Pan, X., Wenzel, Anne, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2018, I: PLoS ONE. 13, 8, 15 s., e0202369.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
WebCircRNA: Classifying the Circular RNA Potential of Coding and Noncoding RNA.
Pan, X., Xiong, K., Anthon, Christian, Hyttel, P., Freude, Kristine, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 6 nov. 2018, I: Genes. 9, 11, 11 s., 536.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiple Sequence Alignments Enhance Boundary Definition of RNA Structures
Sabarinathan, R., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 4 dec. 2018, I: Genes. 9, 12, 17 s., 604.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Translational co-regulation of a ligand and inhibitor by a conserved RNA element
Zaucker, A., Nagorska, A., Kumari, P., Hecker, N., Wang, Y., Huang, S., Cooper, L., Sivashanmugam, L., VijayKumar, S., Brosens, J., Gorodkin, Jan & Sampath, K., jan. 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, 1, s. 104–119Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA-RNA interactions and siRNA off-targets
Alkan, F., Wenzel, Anne, Palasca, Oana, Kerpedjiev, P., Rudebeck, A. F., Stadler, P. F., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 8, 13 s., e60.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Associating transcription factors and conserved RNA structures with gene regulation in the human brain
Hecker, N., Seemann, Ernst Stefan, Silahtaroglu, Asli, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Scientific Reports. 7, 1, 16 s., 5776.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia
Junge, A., Zandi, R., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RAIN: RNA-protein Association and Interaction Networks
Junge, A., Refsgaard, J. C., Garde, C., Pan, X., Santos, A., Alkan, F., Anthon, Christian, von Mering, C., Workman, C. T., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2017, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2017, 9 s., baw167.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots
Kato, Y., Gorodkin, Jan & Havgaard, Jakob Hull, dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs
Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The identification and functional annotation of RNA structures conserved in vertebrates
Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Hansen, C., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Torarinsson, E., Yao, Z., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Nielsen, Henrik, Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Genome Research. 27, s. 1371-1383 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment
Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells: [Plus] Corrigendum
Hölzer, M., Krähling, V., Amman, F., Barth, E., Bernhart, S. H., Carmelo, V. A. O., Collatz, M., Doose, G., Eggenhofer, F., Ewald, J., Fallmann, J., Feldhahn, L. M., Fricke, M., Gebauer, J., Gruber, A. J., Hufsky, F., Indrischek, H., Kanton, S., Linde, J., Mostajo, N. & 19 flere, , 7 okt. 2016, I: Scientific Reports. 6, 16 s., 34589.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs
Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Mentzel, Caroline M. Junker, Sørensen, P. M., Pundhir, Sachin, Anthon, Christian, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Barrès, Romain & Fredholm, Merete, 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Joint profiling of miRNAs and mRNAs reveals miRNA mediated gene regulation in the Göttingen minipig obesity model
Mentzel, Caroline M. Junker, Alkan, F., Keinicke, H., Jacobsen, M. J., Gorodkin, Jan, Fredholm, Merete & Cirera, Susanna, 30 nov. 2016, I: P L o S One. 11, 11, 16 s., e0167285.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment
Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, Jan, 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2015
- Udgivet
Profiling of Ribose Methylations in RNA by High-Throughput Sequencing
Birkedal, U., Christensen-Dalsgaard, M., Krogh, Nicolai, Radhakrishnan, S., Gorodkin, Jan & Nielsen, Henrik, 7 jan. 2015, I: Angewandte Chemie (International ed. in English). 54, 2, s. 451-455 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop
Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Gender and obesity specific MicroRNA expression in adipose tissue from lean and obese pigs
Mentzel, Caroline M. Junker, Anthon, Christian, Jacobsen, M. J., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 29 jul. 2015, I: P L o S One. 10, 7, 19 s., e0131650.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptomic landscape of lncRNAs in inflammatory bowel disease
Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Seemann, Ernst Stefan, Pan, X., Frederiksen, K. S., Vilien, M., Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2015, I: Genome Medicine. 7, 22 s., 39.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differential and coherent processing patterns from small RNAs
Pundhir, Sachin & Gorodkin, Jan, 13 jul. 2015, I: Scientific Reports. 5, 16 s., 12062.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emerging applications of read profiles towards the functional annotation of the genome
Pundhir, Sachin, Poirazi, P. & Gorodkin, Jan, 19 maj 2015, I: Frontiers in Genetics. 6, 11 s., 188.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Emerging tools for RNA structure analysis in polymorphic data
Radhakrishnan, S., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2015, I: Biozoom. 2, s. 10-13 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
Quality Assessment of Domesticated Animal Genome Assemblies
Seemann, Ernst Stefan, Anthon, Christian, Palasca, Oana & Gorodkin, Jan, 2015, I: Bioinformatics and Biology Insights. 9, Suppl 4, s. 49-58 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Simultaneous DNA and RNA mapping of somatic mitochondrial mutations across diverse human cancers
Stewart, J. B., Alaei-Mahabadi, B., Radhakrishnan, S., Samuelsson, T., Gorodkin, Jan, Gustafsson, C. M. & Larsson, E., jun. 2015, I: P L o S Genetics. 11, 6, 15 s., e1005333.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Full-length RNA structure prediction of the HIV-1 genome reveals a conserved core domain
Sükösd, Z., Andersen, E. S., Seemann, Ernst Stefan, Jensen, M. K., Hansen, M., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2 dec. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 21, s. 10168-79 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA 3D modules in genome-wide predictions of RNA 2D structure
Theis, C., Zirbel, C. L., Zu Siederdissen, C. H., Anthon, Christian, Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: PLOS ONE. 10, 10, 13 s., e0139900.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
Structured RNAs and synteny regions in the pig genome
Anthon, Christian, Tafer, H., Havgaard, Jakob Hull, Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, Ernst Stefan, Pundhir, Sachin, Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, Merete, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Concepts and introduction to RNA bioinformatics
Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L. & Ruzzo, W. L., 2014, I: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 1097, s. 1-31 31 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments
Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Protein-driven inference of miRNA-disease associations
Mørk, S., Pletscher-Frankild, S., Palleja, A., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2014, I: Bioinformatics (Oxford, England). 30, 3, s. 392-397 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Spatially conserved regulatory elements identified within human and mouse Cd247 gene using high-throughput sequencing data from the ENCODE project.
Pundhir, Sachin, Hannibal, T. D., Bang-Berthelsen, C. H., Wegener, A. K., Pociot, Flemming, Holmberg, D. I. & Gorodkin, Jan, 2 maj 2014, I: Gene. 545, 1, s. 80-87 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Computational approaches for predicting mutation effects on RNA Sstructure
Radhakrishnan, S. & Gorodkin, Jan, 2014, Bioinformatics. Persson, B. (red.). Elsevier, s. 111-121 11 s. (Comprehensive biomedical physics, Bind 6).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Radhakrishnan, S., Wenzel, Anne, Novotny, P., Tang, X., Kalari, K. R. & Gorodkin, Jan, 2014, I: P L o S One. 9, 1, 16 s., e82699.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
De Novo Discovery of Structured ncRNA Motifs in Genomic Sequences
Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). Bind 1097. s. 303-18 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
- Udgivet
Discovery of a divergent HPIV4 from respiratory secretions using second and third generation metagenomic sequencing
Alquezar Planas, D. E., Mourier, T., Bruhn, C. A. W., Hansen, Anders Johannes, Vitcetz, S. N., Mørk, S., Gorodkin, Jan, Nielsen, H. A., Guo, Y., Sethuraman, A., Paxinos, E. E., Shan, T., Delwart, E. L. & Nielsen, L. P., 3 sep. 2013, I: Scientific Reports. 3, 10 s., 2468.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global Analysis of Genetic and Epigenetic differences associated with Obesity
Jacobsen, M. J., Mentzel, Caroline M. Junker, Kogelman, L., Mark, T., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Kadarmideen, H., Barrès, Romain, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2013.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNAsnp: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs
Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Human Mutation. 34, 4, s. 546-556 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The RNAsnp web server: predicting SNP effects on local RNA secondary structure
Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, s. W475-W479 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Automated identification of RNA 3D modules with discriminative power in RNA structural alignments
Theis, C., Höner zu Siederdissen, C., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, 22, s. 9999-10009 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Multiple independent analyses reveal only transcription factors as an enriched functional class associated with microRNAs
Croft, L. J., Szklarczyk, D., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2012, I: B M C Systems Biology. 6, 1, s. 90Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution
Groenen, M. A., Archibald, A. L., Uenishi, H., Tuggle, C. K., Takeuchi, Y., Rothschild, M. F., Rogel-Gaillard, C., Park, C., Milan, D., Megens, H-J., Li, S., Larkin, D. M., Kim, H., Frantz, L. A. F., Caccamo, M., Ahn, H., Aken, B. L., Anselmo, A., Anthon, C., Auvil, L. & 116 flere, , 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 393-398 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM
Havgaard, Jakob Hull, Kaur, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4356276
Flest downloads
-
2867
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1378
downloads
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1305
downloads
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet