Bent Petersen
Seniorforsker
Section for Hologenomics
Øster Farimagsgade 5
1353 København K
Improved ontology for eukaryotic single-exon coding sequences in biological databases
Jorquera, R., González, C., Clausen, P. T. L. C., Petersen, Bent & Holmes, D. S., 2018, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2018, 6 s., bay089.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Speciation with gene flow in equids despite extensive chromosomal plasticity
Jónsson, H., Schubert, M., Seguin-Orlando, A., Ginolhac, A., Petersen, L., Fumagalli, M., Albrechtsen, A., Petersen, B., Korneliussen, T. S., Mouatt, J. T. V., Lear, T., Myka, J. L., Lundquist, J., Miller, D. C., Alfarhan, A. H., Alquraishi, S. A., Al-Rasheid, K. A. S., Stagegaard, J., Strauss, G., Bertelsen, M. F. & 6 flere, , 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 52, s. 18655–18660 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Genome and mRNA Transcriptome of the Cosmopolitan Calanoid Copepod Acartia tonsa Dana Improve the Understanding of Copepod Genome Size Evolution
Jørgensen, T. S., Petersen, Bent, Petersen, H. C. B., Browne, Patrick Denis, Prost, S., Stillman, J. H., Hansen, Lars Hestbjerg & Hansen, B. W., 2019, I: Genome Biology and Evolution. 11, 5, s. 1440-1450Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning
Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Structural Conservation Despite Huge Sequence Diversity Allows EPCR Binding by the PfEMP1 Family Implicated in Severe Childhood Malaria
Lau, C. K. Y., Turner, Louise, Jespersen, Jakob Schmidt, Lowe, E. D., Petersen, Bent, Wang, Christian William, Petersen, J. E. V., Lusingu, J., Theander, Thor Grundtvig, Lavstsen, Thomas & Higgins, M. K., 14 jan. 2015, I: Cell Host & Microbe. 17, 1, s. 118-29 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
"Out of the Can": A Draft Genome Assembly, Liver Transcriptome, and Nutrigenomics of the European Sardine, Sardina pilchardus
Machado, A. M., Tørresen, O. K., Kabeya, N., Couto, A., Petersen, Bent, Felicio, M., Campos, P. F., Fonseca, E., Bandarra, N., Lopes-Marques, M., Ferraz, R., Ruivo, R., Fonseca, M. M., Jentoft, S., Monroig, Ó., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia & Castro, L. F. C., 2018, I: Genes. 9, 10, s. 1-13 485.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative performance of the BGISEQ-500 vs Illumina HiSeq2500 sequencing platforms for palaeogenomic sequencing
Mak, Sarah Siu Tze, Gopalakrishnan, Shyam, Carøe, C., Geng, C., Liu, Shanlin, Sinding, Mikkel Holger Strander, Kuderna, L. F. K., Zhang, W., Fu, S., Vieira, Filipe Garrett, Germonpré, M., Bocherens, H., Fedorov, S., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, T., Marques-Bonet, T., KU, thw266, Jiang, H. & Gilbert, M Thomas P, aug. 2017, I: GigaScience. 6, 8, s. 1–13 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Within-host microevolution of Pseudomonas aeruginosa in Italian cystic fibrosis patients
Marvig, R. L., Dolce, D., Sommer, L. M., Petersen, Bent, Ciofu, Oana, Campana, S., Molin, S., Taccetti, G. & Johansen, Helle Krogh, 19 okt. 2015, I: B M C Microbiology. 15, 13 s., 218.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Benchmarking the HLA typing performance of Polysolver and Optitype in 50 Danish parental trios
Matey-Hernandez, M. L., Danish Pan Genome Consortium, D. P. G. C., Brunak, Søren, Izarzugaza, J. M. G., Sørensen, L. M., Petersen, Bent, Sibbesen, Jonas Andreas, Liu, S., Belling, K. G., Have, C. T., Bork-Jensen, J., Sun, J., Hansen, Torben, Krogh, Anders, Sørensen, Thorkild I.A., Pedersen, Oluf Borbye, Wang, J., Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff & Kristiansen, Karsten, 2018, I: BMC Bioinformatics. 19, s. 1-12 239.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Complete Genome Sequence of Salmonella enterica Bacteriophage PRF-SP1
Mutusamy, P., Jothi, S. J., Lee, S. Y., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, Thomas, Clokie, M. R. J., Loke, S., Millard, A., Parimannan, Sivachandran & Rajandas, Heera, 2021, I: Microbiology resource announcements. 10, 47, 3 s., e00965-21.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Phenotypic Characterization and Comparative Genomic Analysis of Novel Salmonella Bacteriophages Isolated from a Tropical Rainforest
Mutusamy, P., Singh, K. K. B., Yin, L. S., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, Thomas, Clokie, M. R. J., Loke, S., Millard, A., Parimannan, Sivachandran & Rajandas, Heera, 2023, I: International Journal of Molecular Sciences. 24, 4, 15 s., 3678.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- Udgivet
Recalibrating Equus evolution using the genome sequence of an early Middle Pleistocene horse
Orlando, L. A. A., Ginolhac, A., Zhang, G., Froese, D., Albrechtsen, A., Stiller, M., Schubert, M., Cappellini, E., Petersen, B., Moltke, I., Johnson, P. L. F., Fumagalli, M., Mouatt, J. T. V., Raghavan, M., Korneliussen, T. S., Malaspinas, A. S., Vogt, J., Szklarczyk, D. M., Kelstrup, C., Vinther, J. & 36 flere, , 4 jul. 2013, I: Nature. 499, 7456, s. 74-78 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Connecting moss lipid droplets to patchoulol biosynthesis
Peramuna, A., Bae, H., Quiñonero López, C., Fromberg, A., Petersen, Bent & Simonsen, H. T., 2020, I: PLoS ONE. 15, 12, 19 s., e0243620.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
NetTurnP - Neural Network Prediction of Beta-turns by Use of Evolutionary information and predicted Protein Sequence Features
Petersen, Bent, Lundegaard, C. & Petersen, T. N., 2010, I: PLoS ONE. 5, 11, 9 s., e15079.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A generic method for assignment of reliability scores applied to solvent accessibility predictions
Petersen, Bent, Petersen, T. N., Andersen, P., Nielsen, M. & Lundegaard, C., 2009, I: BMC Structural Biology. 9, 10 s., 51.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative analyses identify genomic features potentially involved in the evolution of birds-of-paradise
Prost, S., Armstrong, E. E., Nylander, J., Thomas, G. W. C., Suh, A., Petersen, Bent, Dalen, L., Benz, B. W., Blom, M. P. K., Palkopoulou, E., Ericson, P. G. P. & Irestedt, M., 2019, I: GigaScience. 8, 5, 12 s., giz003.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Genome analyses show strong selection on coloration, morphological and behavioral phenotypes in birds-of-paradise
Prost, S., Armstrong, E. E., Nylander, J., Thomas, G. W. C., Suh, A., Petersen, Bent, Dalen, L., Benz, B. W., Blom, M. P. K., Palkopoulou, E., Ericson, P. G. P. & Irestedt, M., 16 maj 2018, (Accepteret/In press) I: bioRxiv.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Palaeogenomic insights into the origins of French grapevine diversity
Ramos Madrigal, Jazmin, Runge, Anne Kathrine Wiborg, Bouby, L., Lacombe, T., Samaniego Castruita, J. A., Adam-Blondon, A., Figueiral, I., Hallavant, C., Schaal, C., Töpfer, R., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, T., This, P., Bacilieri, R., Gilbert, M Thomas P & Wales, N., 2019, I: Nature Plants. 5, 6, s. 595-603 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomes of Pleistocene Siberian Wolves Uncover Multiple Extinct Wolf Lineages
Ramos-Madrigal, J., Sinding, M-H. S., Carøe, C., Mak, S. S. T., Niemann, J., Samaniego Castruita, J. A., Fedorov, S., Kandyba, A., Germonpré, M., Bocherens, H., Feuerborn, T. R., Pitulko, V. V., Pavlova, E. Y., Nikolskiy, P. A., Kasparov, A. K., Ivanova, V. V., Larson, G., Frantz, L. A. F., Willerslev, E., Meldgaard, M. & 7 flere, , 2020, I: Current biology : CB. 31, s. 198-206Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
From Trees to Clouds: PhageClouds for Fast Comparison of ∼640,000 Phage Genomic Sequences and Host-Centric Visualization Using Genomic Network Graphs
Rangel Piñeros, Guillermo Andres, Millard, A., Michniewski, S., Scanlan, D., Sirén, K., Reyes, A., Petersen, Bent, Clokie, M. R. J. & Sicheritz-Pontén, Thomas, 2021, I: PHAGE: Therapy, Applications, and Research. 2, 4, s. 194-203Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Using expected sequence features to improve basecalling accuracy of amplicon pyrosequencing data
Rask, T. S., Petersen, Bent, Chen, D. S., Day, K. P. & Pedersen, A. G., 22 apr. 2016, I: BMC Bioinformatics. 17, s. 176Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The formation of the Indo-Pacific montane avifauna
Reeve, A. H., Kennedy, J. D., Pujolar, J. M., Petersen, Bent, Blom, M. P. K., Alström, P., Haryoko, T., Ericson, P. G. P., Irestedt, M., Nylander, J. A. A. & Jønsson, Knud Andreas, 2023, I: Nature Communications. 14, 15 s., 8215.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved de novo genomic assembly for the domestic donkey
Renaud, Gabriel, Petersen, Bent, Seguin-orlando, A., Bertelsen, Mads Frost, Waller, A., Newton, R., Paillot, R., Bryant, N., Vaudin, M., Librado, P. & Orlando, L., 2018, I: Science Advances. 4, 4, eaaq0392.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MobiSeq: De novo SNP discovery in model and non-model species through sequencing the flanking region of transposable elements
Rey de la Iglesia, Alba, Gopalakrishan, S., Carøe, C., Alquezar-Planas, D. E., Nielsen, A. A., Röder, T., Pedersen, Lene Bruhn, Næsborg-Nielsen, C., Sinding, Mikkel Holger Strander, Rath, Martin Fredensborg, Li, Z., Petersen, Bent, Gilbert, M Thomas P, Bunce, M., Mourier, T. & Hansen, Anders Johannes, 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 2, s. 512-525 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 203154234
Flest downloads
-
477
downloads
Comparative performance of the BGISEQ-500 vs Illumina HiSeq2500 sequencing platforms for palaeogenomic sequencing
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
394
downloads
Sequencing and de novo assembly of 150 genomes from Denmark as a population reference
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
287
downloads
The wolf reference genome sequence (Canis lupus lupus) and its implications for Canis spp. population genomics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet