Ole Winther
Professor MSO, Gæsteprofessor
- 2024
- Udgivet
DiscoTope-3.0: improved B-cell epitope prediction using inverse folding latent representations
Høie, M. H., Gade, F. S., Johansen, J., Würtzen, C., Winther, Ole, Nielsen, M. & Marcatili, P., 2024, I: Frontiers in Immunology. 15, 12 s., 1322712.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Can large language models reason about medical questions?
Liévin, V., Hother, C. E., Motzfeldt, A. G. & Winther, Ole, 2024, I: Patterns. 5, 3, 12 s., 100943.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepLocRNA: an interpretable deep learning model for predicting RNA subcellular localization with domain-specific transfer-learning
Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2024, I: Bioinformatics. 40, 2, 10 s., btae065.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
Graph neural network interatomic potential ensembles with calibrated aleatoric and epistemic uncertainty on energy and forces
Busk, J., Schmidt, M. N., Winther, Ole, Vegge, T. & Jørgensen, P. B., 2023, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 25, s. 25828-25837 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Molecular Representations in Machine-Learning-Based Prediction of PK Parameters for Insulin Analogs
Einarson, K. A., Bendtsen, K. M., Li, K., Thomsen, M., Kristensen, N. R., Winther, Ole, Fulle, S., Clemmensen, L. & Refsgaard, H. H. F., 2023, I: ACS Omega. 8, 26, s. 23566-23578 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Towards in silico CLIP-seq: predicting protein-RNA interaction via sequence-to-signal learning
Horlacher, M., Wagner, N., Moyon, L., Kuret, K., Goedert, N., Salvatore, Marco, Ule, J., Gagneur, J., Winther, Ole & Marsico, A., 2023, I: Genome Biology. 24, 1, 37 s., 180.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DermX: An end-to-end framework for explainable automated dermatological diagnosis
Jalaboi, R., Faye, F., Orbes-Arteaga, M., Jørgensen, D., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Medical Image Analysis. 83, 12 s., 102647.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Explainable Image Quality Assessments in Teledermatological Photography
Jalaboi, R., Winther, Ole & Galimzianova, A., 2023, I: Telemedicine and e-Health. 29, 9, s. 1342-1348 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Variational Open-Domain Question Answering
Liévin, V., Motzfeldt, A. G., Jensen, I. R. & Winther, Ole, 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 202, s. 20950-20977 28 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Uncertainty-aware and explainable machine learning for early prediction of battery degradation trajectory
Rieger, L. H., Flores, E., Nielsen, K. F., Norby, P., Ayerbe, E., Winther, Ole, Vegge, T. & Bhowmik, A., 2023, I: Digital Discovery. 2, 1, s. 112-122 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transfer learning identifies sequence determinants of cell-type specific regulatory element accessibility
Salvatore, Marco, Horlacher, M., Marsico, A., Winther, Ole & Andersson, Robin, 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 2, 10 s., 026.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep integrative models for large-scale human genomics
Sigurdsson, Arnór Ingi, Louloudis, Ioannis, Banasik, Karina, Westergaard, David, Winther, Ole, Lund, O., Ostrowski, Sisse Rye, Erikstrup, C., Pedersen, Ole Birger Vesterager, Nyegaard, Mette, Brunak, Søren, Vilhjálmsson, B. & Rasmussen, Simon, 2023, I: Nucleic Acids Symposium Series. 51, 12, 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepPeptide predicts cleaved peptides in proteins using conditional random fields
Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Bioinformatics (Oxford, England). 39, 10, 6 s., btad616.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deorphanizing Peptides Using Structure Prediction
Teufel, Felix Georg, Refsgaard, J. C., Kasimova, M. A., Deibler, K., Madsen, C. T., Stahlhut, C., Grønborg, M., Winther, Ole & Madsen, D., 2023, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 63, 9, 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
GraphPart: homology partitioning for biological sequence analysis
Teufel, Felix Georg, Gíslason, M. H., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Winther, Ole & Nielsen, H., 2023, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 5, 4, 9 s., lqad088.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA trafficking and subcellular localization—a review of mechanisms, experimental and predictive methodologies
Wang, Jun, Horlacher, M., Cheng, L. & Winther, Ole, 2023, I: Briefings in Bioinformatics. 24, 5, 14 s., bbad249.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Calibrated uncertainty for molecular property prediction using ensembles of message passing neural networks
Busk, J., Jørgensen, P. B., Bhowmik, A., Schmidt, M. N., Winther, Ole & Vegge, T., 2022, I: Machine Learning: Science and Technology. 3, 1, 12 s., 015012.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetSurfP-3.0: accurate and fast prediction of protein structural features by protein language models and deep learning
Høie, M. H., Kiehl, E. N., Petersen, Bent, Nielsen, M., Winther, Ole, Nielsen, H., Hallgren, J. & Marcatili, P., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W510-W515 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transfer learning reveals sequence determinants of regulatory element accessibility
Salvatore, Marco, Horlacher, M., Winther, Ole & Andersson, Robin, 2022, bioRxiv, 24 s.Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
Transition1x: a dataset for building generalizable reactive machine learning potentials
Schreiner, M., Bhowmik, A., Vegge, T., Busk, J. & Winther, Ole, 2022, I: Scientific Data. 9, 1, 9 s., 779.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SignalP 6.0 predicts all five types of signal peptides using protein language models
Teufel, Felix Georg, Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Gíslason, M. H., Pihl, S. I., Tsirigos, Konstantinos, Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1023-1025Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning
- Udgivet
DeepLoc 2.0: multi-label subcellular localization prediction using protein language models
Thumuluri, V., Almagro Armenteros, J. J., Johansen, A. R., Nielsen, H. & Winther, Ole, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, W1, s. W228-W234Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Interpretable autoencoders trained on single cell sequencing data can transfer directly to data from unseen tissues
Walbech, J. S., Kinalis, S., Winther, Ole, Nielsen, Finn Cilius & Bagger, F. O., 2022, I: Cells. 11, 12 s., 85.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Reducing the rate of psychiatric re-admissions in bipolar disorder using smartphones - The RADMIS trial
Faurholt-Jepsen, M., Lindbjerg Tønning, M., Fros, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlund, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 143, 5, s. 453-465 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data
Gabrielaite, M., Torp, M., Rasmussen, M., Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C., Kinalis, S., Madsen, M., Yde, C., Rønn, O. L., Marvig, R., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, bioRxiv, 29 s.Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
A comparison of tools for copy-number variation detection in germline whole exome and whole genome sequencing data
Gabrielaite, M., Torp, M. H., Rasmussen, Malthe Sebro, Andreu-Sánchez, S., Vieira, Filipe Garrett, Pedersen, C. B., Kinalis, S., Madsen, M. B., Kodama, M., Demircan, G. S., Simonyan, A., Yde, C. W., Olsen, L. R., Marvig, R. L., Østrup, O., Rossing, Caroline Maria, Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2021, I: Cancers. 13, 24, 6283.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetTCR-2.0 enables accurate prediction of TCR-peptide binding by using paired TCRα and β sequence data
Montemurro, A., Schuster, Viktoria, Povlsen, H. R., Bentzen, A. K., Jurtz, V., Chronister, W. D., Crinklaw, A., Hadrup, S. R., Winther, Ole, Peters, B., Jessen, L. E. & Nielsen, M., 2021, I: Communications Biology . 4, 13 s., 1060.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders
Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effect of smartphone-based monitoring and treatment on the rate and duration of psychiatric readmission in patients with unipolar depressive disorder: The RADMIS randomized controlled trial
Tønning, M. L., Faurholt-Jepsen, Maria , Frost, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Melbye, S. A., Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlundh, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Journal of Affective Disorders. 282, s. 354-363 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data
Grønbech, Christopher Heje, Vording, M. F., Timshel, P., Sønderby, C. K., Pers, Tune H & Winther, Ole, 2020, I: Bioinformatics. 36, 16, s. 4415-4422 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimal Variance Control of the Score-Function Gradient Estimator for Importance Weighted Bounds
Liévin, V., Dittadi, A., Christensen, Anders & Winther, Ole, 2020, I: Advances in Neural Information Processing Systems. 2020-December, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and validation of 174 COVID-19 vaccine candidate epitopes reveals low performance of common epitope prediction tools
Prachar, Marek, Justesen, S., Steen-Jensen, D. B., Thorgrimsen, S., Jurgons, E., Winther, Ole & Bagger, F. O., 2020, I: Scientific Reports. 10, 8 s., 20465.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep Learning for Diagnostic Binary Classification of Multiple-Lesion Skin Diseases
Thomsen, K., Christensen, A. L., Iversen, L., Lomholt, H. B. & Winther, Ole, 2020, I: Frontiers in Medicine. 7, 7 s., 574329.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Systematic review of machine learning for diagnosis and prognosis in dermatology
Thomsen, K., Iversen, L., Titlestad, T. L. & Winther, Ole, 2020, I: Journal of Dermatological Treatment. 31, 5, s. 496-510Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning
Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks
Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning
Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data
Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning
Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Binning microbial genomes using deep learning
Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
SinaPlot: an enhanced chart for simple and truthful representation of single observations over multiple classes
Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, Bo Torben, Winther, Ole, Rapin, N. & Bagger, F. O., 2018, I: Journal of Computational and Graphical Statistics. 27, 3, s. 673-676 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning
Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions
Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study
Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis
Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age
Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequential neural models with stochastic layers
Fraccaro, M., Sønderby, S. K., Paquet, U. & Winther, Ole, 2016, Neural Information Processing Systems 2016. Lee, D. D., Sugiyama, M., Luxburg, U. V., Guyon, I. & Garnett, R. (red.). Neural Information Processing Systems Foundation, s. 2207-2215 9 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 29).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric
Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
ID: 171145930
Flest downloads
-
2988
downloads
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2495
downloads
HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
986
downloads
Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet