Kresten Lindorff-Larsen

Kresten Lindorff-Larsen

Professor

ORCID: 0000-0002-4750-6039

Udgivelsesår:
Alle
1 - 100 ud af 207Pr. side: 100
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2000

  2. Thiol alkylation below neutral pH

    Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, J. R., 2000, I: Analytical Biochemistry. 286, 2, s. 308-10 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  3. 2001
  4. Udgivet

    Barley lipid transfer protein, LTP1, contains a new type of lipid-like post-translational modification

    Lindorff-Larsen, Kresten, Lerche, M. H., Poulsen, F. M., Roepstorff, P. & Winther, J. R., 2001, I: Journal of Biological Chemistry. 276, 36, s. 33547-53 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. Surprisingly high stability of barley lipid transfer protein, LTP1, towards denaturant, heat and proteases

    Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 2001, I: FEBS Letters. 488, 3, s. 145-148 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  6. 2003

  7. Calculation of mutational free energy changes in transition states for protein folding

    Lindorff-Larsen, Kresten, Paci, E., Serrano, L., Dobson, C. M. & Vendruscolo, M., 2003, I: Biophysical Journal. 85, 2, s. 1207-14 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  8. Parallel protein-unfolding pathways revealed and mapped

    Wright, C. F., Lindorff-Larsen, Kresten, Randles, L. G. & Clarke, J., 2003, I: Nature Structural and Molecular Biology. 10, 8, s. 658-62 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. 2004

  10. Comparison of the transition state ensembles for folding of Im7 and Im9 determined using all-atom molecular dynamics simulations with phi value restraints

    Paci, E., Friel, C. T., Lindorff-Larsen, Kresten, Radford, S. E., Karplus, M. & Vendruscolo, M., 2004, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 54, 3, s. 513-25 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  11. Determination of an ensemble of structures representing the denatured state of the bovine acyl-coenzyme a binding protein

    Lindorff-Larsen, Kresten, Kristjansdottir, S., Teilum, K., Fieber, W., Dobson, C. M., Poulsen, F. M. & Vendruscolo, M., 2004, I: Journal of the American Chemical Society. 126, 10, s. 3291-3219 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. Transition states for protein folding have native topologies despite high structural variability

    Lindorff-Larsen, Kresten, Vendruscolo, M., Paci, E. & Dobson, C. M., 2004, I: Nature Structural and Molecular Biology. 11, 5, s. 443-9 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  13. 2005
  14. Udgivet

    Formation of Native and Non-native Interactions in Ensembles of Denatured ACBP Molecules from Paramagnetic Relaxation Enhancement Studies

    Kristjansdottir, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Dobson, C. M., Vendruscolo, M. & Poulsen, F. M., 2005, I: Journal of Molecular Biology. 347, 5, s. 1053-1062

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. Udgivet

    Interpreting Dynamically-Averaged Scalar Couplings in Proteins

    Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Vendruscolo, M., 2005, I: Journal of Biomolecular NMR. 32, 4, s. 273-280

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  16. Mapping Long-Range Interactions in a-Synuclein using Spin-Label NMR and Ensemble Molecular Dynamics Simulations

    Dedmon, M. M., Lindorff-Larsen, Kresten, Christodoulou, J., Vendruscolo, M. & Dobson, C. M., 2005, I: Journal of the American Chemical Society. 127, 2, s. 476-477

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Protein folding and the organization of the protein topology universe

    Lindorff-Larsen, Kresten, Røgen, P., Paci, E., Vendruscolo, M. & Dobson, C. M., 2005, I: TIBS -Trends in Biochemical Sciences. Regular ed.. 30, 1, s. 13-19

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  18. Udgivet

    Simultaneous determination of protein structure and dynamics

    Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B., DePristo, M. A., Dobson, C. M. & Vendruscolo, M., 2005, I: Nature. 433, 7022, s. 128-132

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. Transition State Contact Orders Correlate with Protein Folding Rates

    Paci, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Dobson, C. M., Karplus, M. & Vendruscolo, M., 2005, I: Journal of Molecular Biology. 352, 3, s. 495-500

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  20. 2006
  21. Udgivet

    Characterization of the residual structure in the unfolded state of the Delta 131 Delta fragment of staphylococcal nuclease

    Francis, C. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Best, R. B. & Bendruscolo, M., 2006, I: Proteins - Structure Function and Bioinformatics. 65, 1, s. 145-52

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Conformational fluctuations affect protein alignment in dilute liquid crystal media.

    Louhivuori, M., Otten, R., Lindorff-Larsen, Kresten & Annila, A., 2006, I: Journal of the American Chemical Society. 128, 13, s. 4371-4376 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. Udgivet

    Relation between native ensembles and experimental structures of proteins.

    Best, R. B., Lindorff-Larsen, Kresten, DePristo, M. A. & VEndruscolo, M., 2006, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 103, 29, s. 10901-6

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  24. Structure of the regulatory apparatus of a calcium-dependent protein kinase (CDPK): a novel mode of calmodulin-target recognition

    Chandran, V., Stollar, E. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Harper, J. F., Chazin, W. J., Dobson, C. M., Luisi, B. F. & Christodoulou, J., 2006, I: Journal of Molecular Biology. 357, 2, s. 400-10 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. 2007

  26. BPPred: a Web-based computational tool for predicting biophysical parameters of proteins

    Geierhaas, C. D., Nickson, A. A., Lindorff-Larsen, Kresten, Clarke, J. & Vendruscolo, M., 2007, I: Protein Science. 16, 1, s. 125-34 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  27. Udgivet

    Detection of initiation sites in protein folding of the four helix bundle ACBP by chemical shift analysis.

    Modig, K., Jürgensen, V. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Fieber, W., Bohr, H. G. & Poulsen, F. M., 2007, I: FEBS Letters. 581, 25, s. 4965-4971 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  28. 2008
  29. Udgivet

    Experimental parameterization of an energy function for the simulation of unfolded proteins

    Nørgaard, A. B., Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2008, I: Biophysical Journal. 94, 1, s. 182-192

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Microsecond molecular dynamics simulation shows effect of slow loop dynamics on backbone amide order parameters of proteins

    Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Eastwood, M. P., Dror, R. O., Klepeis, J. L., Arkin, I. T., Jensen, M. Ø., Xu, H., Trbovic, N., Friesner, R. A., Iii, A. G. P. & Shaw, D. E., 2008, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 112, 19, s. 6155-6158 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. 2009

  32. Long-timescale molecular dynamics simulations of protein structure and function

    Klepeis, J. L., Lindorff-Larsen, Kresten, Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2009, I: Current Opinion in Structural Biology. 19, 2, s. 120-7 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. Millisecond-scale molecular dynamics simulations on Anton

    Shaw, D. E., Dror, R. O., Salmon, J. K., Grossman, J. P., Mackenzie, K. M., Bank, J. A., Young, C., Deneroff, M. M., Batson, B., Bowers, K. J., Chow, E., Eastwood, M. P., Ierardi, D., Klepeis, J. L., Kuskin, J., Larson, R. H., Lindorff-Larsen, K., Maragakis, P., Moraes, M. A., Piana, S. & 2 flere, Shan, Y. & Towles, B., 2009, Proceedings of the Conference on High Performance Computing Networking, Storage and Analysis. Association for Computing Machinery, 11 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  34. Udgivet

    Similarity measures for protein ensembles

    Lindorff-Larsen, Kresten & Ferkinghoff-Borg, J., 2009, I: PLoS ONE. 4, 1, 13 s., e4203.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  35. Automated Event Detection and Activity Monitoring in Long Molecular Dynamics Simulations

    Wriggers, W., Stafford, K. A., Shan, Y., Piana, S., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Miller, P. J., Gullingsrud, J., Rendleman, C. A., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 1 okt. 2009, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 5, 10, s. 2595-2605 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  36. 2010

  37. Atomic-level characterization of the structural dynamics of proteins

    Shaw, D. E., Maragakis, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O., Eastwood, M. P., Bank, J. A., Jumper, J. M., Salmon, J. K., Shan, Y. & Wriggers, W., 2010, I: Science (New York, N.Y.). 330, 6002, s. 341-6 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  38. Principles of conduction and hydrophobic gating in K+ channels

    Jensen, M. Ø., Borhani, D. W., Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Jogini, V., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2010, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 107, 13, s. 5833-8 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  39. Improved side-chain torsion potentials for the Amber ff99SB protein force field

    Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Palmo, K., Maragakis, P., Klepeis, J. L., Dror, R. O. & Shaw, D. E., jun. 2010, I: Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics. 78, 8, s. 1950-8 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. 2011

  41. How fast-folding proteins fold

    Lindorff-Larsen, Kresten, Piana, S., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2011, I: Science (New York, N.Y.). 334, 6055, s. 517-20 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  42. How robust are protein folding simulations with respect to force field parameterization?

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2011, I: Biophysical Journal (2011). 100, 9, s. L47-L49

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  43. Computational design and experimental testing of the fastest-folding ß-sheet protein

    Piana, S., Sarkar, K., Lindorff-Larsen, Kresten, Guo, M., Gruebele, M. & Shaw, D. E., 7 jan. 2011, I: Journal of Molecular Biology. 405, 1, s. 43-48 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. 2012

  45. Evaluating the effects of cutoffs and treatment of long-range electrostatics in protein folding simulations

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Dirks, R. M., Salmon, J. K., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 6, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  46. Udgivet

    Paths of long-range communication in the E2 enzymes of family 3: a molecular dynamics investigation

    Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Gioia, L. D., 2012, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 14, s. 12515-12525 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  47. Protein folding kinetics and thermodynamics from atomistic simulation

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2012, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 109, 44, s. 17845-17850 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. Structure and dynamics of an unfolded protein examined by molecular dynamics simulation

    Lindorff-Larsen, Kresten, Trbovic, N., Maragakis, P., Piana, S. & Shaw, D. E., 2012, I: Journal of the American Chemical Society. 134, 8, s. 3787-3791 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  49. Systematic validation of protein force fields against experimental data

    Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Piana, S., Eastwood, M. P., Dror, R. O. & Shaw, D. E., 2012, I: P L o S One. 7, 2, 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  50. 2013
  51. Udgivet

    A sticky cage can slow down folding

    Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2013, I: Biophysical Journal. 104, 5, s. 964-965 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  52. Atomic-level description of ubiquitin folding

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 110, 15, s. 5915-5920 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  53. Atomistic description of the folding of a dimeric protein

    Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Shaw, D. E., 2013, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 117, 42, s. 12935-12942 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  54. Udgivet

    PHAISTOS: a framework for Markov chain Monte Carlo simulation and inference of protein structure

    Boomsma, Wouter, Frellsen, J., Harder, T. P., Bottaro, S., Johansson, Kristoffer Enøe, Tian, P., Stovgaard, K., Andreetta, C., Olsson, S., Valentin, J., Antonov, L. D., Christensen, A. S., Borg, M., Jensen, Jan Halborg, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J. & Hamelryck, Thomas Wim, 2013, I: Journal of Computational Chemistry. 34, 19, s. 1697-1705 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  55. Udgivet

    Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics

    Christensen, A. S., Linnet, T. E., Borg, M., Boomsma, Wouter, Lindorff-Larsen, Kresten, Hamelryck, Thomas Wim & Jensen, Jan Halborg, 2013, I: PLoS ONE. 8, 12, 10 s., e84123.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  56. Udgivet

    The Structure of the Central Side Chain is Crucial for Anoplin Hemolytic Activity

    Munk, J., Thøgersen, L., Uggerhøj, L. E., Wimmer, R., Frimodt-Møller, N., Lindorff-Larsen, Kresten & Hansen, Paul Robert, 2013, Proceedings of the 23rd American Peptide Symposium. Lebl, M. (red.). American Peptide Society

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  57. Udgivet

    Variational optimization of an all-atom implicit solvent force field to match explicit solvent simulation data

    Bottaro, S., Lindorff-Larsen, Kresten & Best, R. B., 2013, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 9, 12, s. 5641-5652 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  58. 2014
  59. Udgivet

    CECAM workshop on intrinsically disordered proteins

    Rösner, Heike Ilona, Papaleo, E., Haxholm, G. W., Best, R. B., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Intrinsically Disordered Proteins. 2, 1, s. 1-5 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

  60. Udgivet

    Combining experiments and simulations using the maximum entropy principle

    Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: PLoS Computational Biology. 10, 2, 9 s., e1003406.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  61. Udgivet

    Communication routes in ARID domains between distal residues in Helix 5 and the DNA-binding loops

    Invernizzi, G., Tiberti, M., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten & Papaleo, E., 2014, I: P L o S Computational Biology (Online). 10, 9, 13 s., e1003744.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  62. Udgivet

    Conformational changes and free energies in a Proline isomerase

    Papaleo, E., Sutto, L., Gervasio, F. L. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 9, s. 4169-4174 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  63. Udgivet

    Equilibrium simulations of proteins using molecular fragment replacement and NMR chemical shifts

    Boomsma, Wouter, Tian, P., Frellsen, J., Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim, Lindorff-Larsen, Kresten & Vendruscolo, M., 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 38, s. 13852-13857 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  64. Udgivet

    Probabilistic determination of native state ensembles of proteins

    Olsson, S., Vögeli, B. R., Cavalli, A., Boomsma, Wouter, Ferkinghoff-Borg, J., Lindorff-Larsen, Kresten & Hamelryck, Thomas Wim, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 8, s. 3484-3491 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  65. Udgivet

    Robust estimation of diffusion-optimized ensembles for enhanced sampling

    Tian, P., Jónsson, S. Æ., Ferkinghoff-Borg, J., Krivov, S. V. .., Lindorff-Larsen, Kresten, Irbäck, A. & Boomsma, Wouter, 2014, I: Journal of Chemical Theory and Computation. 10, 2, s. 543–553 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  66. 2015
  67. Udgivet

    A two-step protein quality control pathway for a misfolded DJ-1 variant in fission yeast

    Mathiassen, S. G., Larsen, I. B., Poulsen, E. G., Madsen, C. T., Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten, Kragelund, Birthe Brandt, Nielsen, Michael Lund, Kriegenburg, F. & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2015, I: The Journal of Biological Chemistry. 290, 34, s. 21141-21153 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  68. Udgivet

    Comparing molecular dynamics force fields in the essential subspace

    Martin-García, F., Papaleo, E., Gomez-Puertas, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS ONE. 10, 3, 16 s., e0121114.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  69. Udgivet

    ENCORE: Software for Quantitative Ensemble Comparison

    Tiberti, M., Papaleo, E., Bengtsen, T., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: PLoS Computational Biology. 11, 10, 16 s., e1004415.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  70. Udgivet

    Exploiting hydrophobicity for efficient production of transmembrane helices for structure determination by NMR spectroscopy

    Bugge, K. Ø., Steinocher, H., Brooks, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2015, I: Analytical Chemistry. 87, 18, s. 9126–9131 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  71. Interaction networks in protein folding via atomic-resolution experiments and long-time-scale molecular dynamics simulations

    Sborgi, L., Verma, A., Piana, S., Lindorff-Larsen, Kresten, Cerminara, M., Santiveri, C. M., Shaw, D. E., De Alba, E. & Muñoz, V., 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 20, s. 6506-6516 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  72. Udgivet

    Structure of a functional amyloid protein subunit computed using sequence variation

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Journal of the American Chemical Society. 137, 1, s. 22–25 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  73. Udgivet

    What does evolution tell us about the structure of a functional amyloid protein?

    Tian, P., Boomsma, Wouter, Wang, Y., Otzen, D. E., Jensen, Mogens Høgh & Lindorff-Larsen, Kresten, 2015, I: Biophysical Journal. 108, 2, Supplement 1, s. 227a 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  74. 2016
  75. Udgivet

    A Monte Carlo study of the early steps of functional amyloid formation

    Tian, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Boomsma, Wouter, Jensen, Mogens Høgh & Otzen, D. E., 2016, I: P L o S One. 11, 1, 18 s., e0146096.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  76. Udgivet

    A combined computational and structural model of the full-length human prolactin receptor

    Bugge, K. Ø., Papaleo, E., Haxholm, G. W., Hopper, J. T. S., Robinson, C. V., Olsen, Johan Gotthardt, Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 11578.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  77. Udgivet

    A soluble, folded protein without charged amino acid residues

    Højgaard, C., Kofoed, Christian, Espersen, R., Johansson, Kristoffer Enøe, Villa, M., Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Teilum, Kaare & Winther, Jakob R., 2016, I: Biochemistry. 55, 28, s. 3949–3956 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  78. Udgivet

    Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases

    Boomsma, Wouter, Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Hartmann-Petersen, Rasmus & Ellgaard, Lars, 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  79. Udgivet

    Computational redesign of thioredoxin is hypersensitive towards minor conformational changes in the backbone template

    Johansson, Kristoffer Enøe, Johansen, Nicolai Tidemand, Christensen, S., Horowitz, S., Bardwell, J. C. A., Olsen, Johan Gotthardt, Willemoës, Martin, Lindorff-Larsen, Kresten, Ferkinghoff-Borg, J., Hamelryck, Thomas Wim & Winther, Jakob R., 2016, I: Journal of Molecular Biology. 428, 21, s. 4361-4377 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  80. Udgivet

    DNA-binding protects p53 from interactions with cofactors involved in transcription-independent functions

    Lambrughi, M., De Gioia, L., Gervasio, F. L., Lindorff-Larsen, Kresten, Nussinov, R., Urani, C., Bruschi, M. & Papaleo, E., 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, 19, s. 9096-9109 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  81. Udgivet

    Mapping transiently formed and sparsely populated conformations on a complex energy landscape

    Wang, Y., Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: eLife. 5, 35 s., e17505.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  82. Picosecond to Millisecond Structural Dynamics in Human Ubiquitin

    Lindorff-Larsen, Kresten, Maragakis, P., Piana, S. & Shaw, D. E., 2016, I: Journal of Physical Chemistry B. 120, 33, s. 8313-8320 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  83. Udgivet

    Structure of the bacterial cytoskeleton protein bactofilin by NMR chemical shifts and sequence variation

    Kassem, M. M., Wang, Y., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: Biophysical Journal. 110, 11, s. 2342-2348 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  84. Udgivet

    The role of protein loops and linkers in conformational dynamics and allostery

    Papaleo, E., Saladino, G., Lambrughi, M., Lindorff-Larsen, Kresten, Gervasio, F. L. & Nussinov, R., 2016, I: Chemical Reviews. 116, 11, s. 6391-6423 33 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  85. Udgivet

    Topological constraints and modular structure in the folding and functional motions of GlpG, an intramembrane protease

    Schafer, N. P., Truong, H. H., Otzen, D. E., Lindorff-Larsen, Kresten & Wolynes, P. G., 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 8, s. 2098-2103 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  86. Udgivet

    Understanding single-pass transmembrane receptor signaling from a structural viewpoint—what are we missing?

    Bugge, K. Ø., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, dec. 2016, I: The FEBS Journal. 283, 24, s. 4424-4451 28 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  87. 2017
  88. Udgivet

    Class I Cytokine Receptors: Towards the Inside

    Steinocher, H., Bugge, K. Ø., Nikolajsen, L. F., Lindorff-Larsen, Kresten, Brooks, A. & Kragelund, Birthe Brandt, 2017, I: Biophysical Society. Annual Meeting. Abstracts. 112, 3. Suppl. 1, s. 171A 1 s., 845-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

  89. Udgivet

    Conformational rigidity and protein dynamics at distinct timescales regulate PTP1B activity and allostery

    Choy, M. S., Li, Y., Machado, L. E. S. F., Kunze, M. B. A., Connors, C. R., Wei, X., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 16 feb. 2017, I: Molecular Cell. 65, 4, s. 644-658 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  90. Udgivet

    Diversity-oriented peptide stapling: a third generation copper-catalysed azide–alkyne cycloaddition stapling and functionalisation strategy

    Tran, T. P., Larsen, C. Ø., Røndbjerg, T., de Foresta, M., Kunze, M. B. A., Marek, A., Hartvig Løper, J., Boyhus, L., Knuhtsen, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Pedersen, D. S., 8 mar. 2017, I: Chemistry: A European Journal. 23, 14, s. 3490-3495 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  91. Udgivet

    Predicting the impact of Lynch syndrome-causing missense mutations from structural calculations

    Nielsen, S. V., Stein, Amelie, Dinitzen, A. B., Papaleo, E., Tatham, M. H., Poulsen, E. G., Kassem, M. M., Rasmussen, Lene Juel, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, 19 apr. 2017, I: PLoS Genetics. 13, 4, 26 s., e1006739.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  92. Udgivet

    Mapping the universe of RNA tetraloop folds

    Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 25 jul. 2017, I: Biophysical Journal. 113, 2, s. 257-267 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  93. Udgivet

    An efficient method for estimating the hydrodynamic radius of disordered protein conformations

    Nygaard, M., Kragelund, Birthe Brandt, Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 8 aug. 2017, I: Biophysical Journal. 113, 3, s. 550-557 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  94. Udgivet

    A phosphorylation-motif for tuneable helix stabilisation in intrinsically disordered proteins - Lessons from the sodium proton exchanger 1 (NHE1)

    Hendus-Altenburger, R., Lambrughi, M., Terkelsen, Thilde Bagger, Pedersen, Stine Helene Falsig, Papaleo, E., Lindorff-Larsen, Kresten & Kragelund, Birthe Brandt, sep. 2017, I: Cellular Signalling. 37, s. 40-51 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  95. Udgivet

    Biomolecular conformational changes and ligand binding: from kinetics to thermodynamics

    Wang, Y., Martins, J. & Lindorff-Larsen, Kresten, sep. 2017, I: Chemical Science. 8, 9, s. 6466-6473 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  96. Udgivet

    Blocking protein quality control to counter hereditary cancers

    Kampmeyer, Caroline, Nielsen, S. V., Bjørnkjær, Lene, Stein, Amelie, Gerdes, Anne-Marie Axø, Lindorff-Larsen, Kresten & Hartmann-Petersen, Rasmus, dec. 2017, I: Genes, Chromosomes & Cancer. 56, 12, s. 823-831 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  97. Udgivet

    Evolution i overhalingsbanen

    Abildgaard, A. B., Hartmann-Petersen, Rasmus, Lindorff-Larsen, Kresten & Winther, Jakob R., 15 dec. 2017, I: Weekendavisen. 2017, 50, s. Ideer: 13 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Bidrag til avis - Kronik › Formidling

  98. 2018
  99. Udgivet

    A Robust Proton Flux (pHlux) Assay for Studying the Function and Inhibition of the Influenza A M2 Proton Channel

    Santner, P., Martins, J. M. D. S., Laursen, J. S., Behrendt, L., Riber, Leise, Olsen, Christian Adam, Arkin, I. T., Winther, Jakob R., Willemoës, Martin & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5949-5956

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  100. Udgivet

    Biophysical experiments and biomolecular simulations: a perfect match?

    Bottaro, S. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Science. 361, 6400, s. 355-360 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  101. Udgivet

    Cancer Mutations of the Tumor Suppressor SPOP Disrupt the Formation of Active, Phase-Separated Compartments

    Bouchard, J. J., Otero, J. H., Scott, D. C., Szulc, E., Martin, E. W., Sabri, N., Granata, D., Marzahn, M. R., Lindorff-Larsen, Kresten, Salvatella, X., Schulman, B. A. & Mittag, T., 2018, I: Molecular Cell. 72, 1, s. 19-36, e1-e8

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  102. Udgivet

    Editorial overview: Theory and simulation: Interpreting experimental data at the molecular level

    Best, R. B. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 49, s. iv-v 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning › fagfællebedømt

  103. Udgivet

    Enhancing coevolution-based contact prediction by imposing structural self-consistency of the contacts

    Kassem, M. M., Christoffersen, L. B., Cavalli, A. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Scientific Reports. 8, 11112.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  104. Udgivet

    Frequency adaptive metadynamics for the calculation of rare-event kinetics

    Wang, Y., Valsson, O., Tiwary, P., Parrinello, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Chemical Physics. 149, 7, s. 1-7 072309.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  105. Udgivet

    Gs protein peptidomimetics as allosteric modulators of the β2-adrenergic receptor

    Boyhus, L. E., Danielsen, Mia, Bengtson, N. S., Kunze, M. B. A., Kubiak, X., Sminia, T. J., Løper, J. H., Tran, P. T., Lindorff-Larsen, Kresten, Rasmussen, Søren Gøgsig Faarup, Mathiesen, Jesper M. & Pedersen, D. S., 2018, I: RSC Advances. 8, 4, s. 2219-2228 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  106. Udgivet

    How well do force fields capture the strength of salt bridges in proteins?

    Ahmed, M. C. H., Papaleo, E. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: PeerJ. 6, 17 s., 4967.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  107. Udgivet

    Molecular dynamics ensemble refinement of the heterogeneous native state of NCBD using chemical shifts and NOEs

    Papaleo, E., Camilloni, C., Teilum, Kaare, Vendruscolo, M. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: PeerJ. 6, s. 1-24 e5125.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  108. Udgivet

    Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias

    Wang, Y., Tian, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  109. Udgivet

    Random mutagenesis analysis of the Influenza A M2 proton channel reveals novel resistance mutants

    Santner, P., Martins, J. M. D. S., Kampmeyer, Caroline, Hartmann-Petersen, Rasmus, Laursen, J. S., Stein, Amelie, Olsen, Christian Adam, Arkin, I. T., Winther, Jakob R., Willemoës, Martin & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Biochemistry. 57, 41, s. 5957-5968

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  110. Udgivet

    Role of protein dynamics in transmembrane receptor signalling

    Wang, Y., Bugge, K. Ø., Kragelund, Birthe Brandt & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 48, s. 74-82 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

  111. Udgivet

    Structural Basis of Membrane Protein Chaperoning through the Mitochondrial Intermembrane Space

    Weinhaupl, K., Lindau, C., Hessel, A., Wang, Y., Schültze, C., Jores, T., Melchionda, L., Schönfisch, B., Kalbacher, H., Bersch, B., Rapaport, D., Brennich, M., Lindorff-Larsen, Kresten, Wiedemann, N. & Schanda, P., 2018, I: Cell. 175, 5, s. 1365-1379, e25

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  112. Udgivet

    Structural heterogeneity and dynamics in protein evolution and design

    Johansson, Kristoffer Enøe & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Current Opinion in Structural Biology. 48, s. 157-163 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  113. Udgivet

    A Combined Simulation and SAXS Study of the Dynamics of Lipid Nanodiscs

    Bengtsen, T., Holm-Janas, Viktor, Midtgaard, S. R., Arleth, Lise & Lindorff-Larsen, Kresten, 17 feb. 2018, I: Biophysical Journal. 114, 3, Supp. 1, s. 559A-559A 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  114. Udgivet

    Dynamic activation and regulation of the mitogen-activated protein kinase p38

    Kumar, G. S., Clarkson, M. W., Kunze, M. B. A., Granata, D., Wand, A. J., Lindorff-Larsen, Kresten, Page, R. & Peti, W., 1 maj 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 18, s. 4655-4660 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  115. Udgivet

    Conformational ensembles of RNA oligonucleotides from integrating NMR and molecular simulations

    Bottaro, S., Bussi, G., Kennedy, S. D., Turner, D. H. & Lindorff-Larsen, Kresten, 18 maj 2018, I: Science Advances. 4, 5, 8 s., eaar8521.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  116. Udgivet

    On the Calculation of SAXS Profiles of Folded and Intrinsically Disordered Proteins from Computer Simulations

    Henriques, J., Arleth, Lise, Lindorff-Larsen, Kresten & Skepo, M., 3 aug. 2018, I: Journal of Molecular Biology. 430, 16, SI, s. 2521-2539

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  117. 2019
  118. Udgivet

    PSX, Protein-Solvent Exchange: software for calculation of deuterium-exchange effects in small-angle neutron scattering measurements from protein coordinates

    Pedersen, Martin Cramer, Wang, Y., Tidemand, Frederik Grønbæk, Martel, A., Lindorff-Larsen, Kresten & Arleth, Lise, 2019, I: Journal of Applied Crystallography. 52, 6, s. 1427-1436 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  119. Udgivet

    A Multi-State Coarse-Grained Simulation Model Captures Conformational Cycling in P-Type ATPases

    Wang, Y., Saleh, N., Chu, X. & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: Biophysical Journal. 116, 3, suppl. 1, s. 300a 1484-Plat.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 3 Næste

ID: 35228567