Ole Winther
Professor MSO, Gæsteprofessor
- 2021
- Udgivet
Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders
Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetTCR-2.0 enables accurate prediction of TCR-peptide binding by using paired TCRα and β sequence data
Montemurro, A., Schuster, Viktoria, Povlsen, H. R., Bentzen, A. K., Jurtz, V., Chronister, W. D., Crinklaw, A., Hadrup, S. R., Winther, Ole, Peters, B., Jessen, L. E. & Nielsen, M., 2021, I: Communications Biology . 4, 13 s., 1060.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reducing the rate of psychiatric re-admissions in bipolar disorder using smartphones - The RADMIS trial
Faurholt-Jepsen, M., Lindbjerg Tønning, M., Fros, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlund, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 143, 5, s. 453-465 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The effect of smartphone-based monitoring and treatment on the rate and duration of psychiatric readmission in patients with unipolar depressive disorder: The RADMIS randomized controlled trial
Tønning, M. L., Faurholt-Jepsen, Maria , Frost, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Melbye, S. A., Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlundh, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Journal of Affective Disorders. 282, s. 354-363 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments
Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deep Learning for Diagnostic Binary Classification of Multiple-Lesion Skin Diseases
Thomsen, K., Christensen, A. L., Iversen, L., Lomholt, H. B. & Winther, Ole, 2020, I: Frontiers in Medicine. 7, 7 s., 574329.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and validation of 174 COVID-19 vaccine candidate epitopes reveals low performance of common epitope prediction tools
Prachar, Marek, Justesen, S., Steen-Jensen, D. B., Thorgrimsen, S., Jurgons, E., Winther, Ole & Bagger, F. O., 2020, I: Scientific Reports. 10, 8 s., 20465.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Optimal Variance Control of the Score-Function Gradient Estimator for Importance Weighted Bounds
Liévin, V., Dittadi, A., Christensen, Anders & Winther, Ole, 2020, I: Advances in Neural Information Processing Systems. 2020-December, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Systematic review of machine learning for diagnosis and prognosis in dermatology
Thomsen, K., Iversen, L., Titlestad, T. L. & Winther, Ole, 2020, I: Journal of Dermatological Treatment. 31, 5, s. 496-510Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data
Grønbech, Christopher Heje, Vording, M. F., Timshel, P., Sønderby, C. K., Pers, Tune H & Winther, Ole, 2020, I: Bioinformatics. 36, 16, s. 4415-4422 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks
Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling
- Udgivet
A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning
Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data
Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning
Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning
Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Binning microbial genomes using deep learning
Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).Publikation: Working paper › Preprint › Forskning
- Udgivet
SinaPlot: an enhanced chart for simple and truthful representation of single observations over multiple classes
Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, Bo Torben, Winther, Ole, Rapin, N. & Bagger, F. O., 2018, I: Journal of Computational and Graphical Statistics. 27, 3, s. 673-676 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions
Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning
Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study
Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
Angiotensinogen and HLA class II predict bevacizumab response in recurrent glioblastoma patients
Urup, T., Michaelsen, Signe Regner, Olsen, L. R., Toft, A., Christensen, I. J., Grunnet, K., Winther, Ole, Broholm, H., Kosteljanetz, M., Issazadeh-Navikas, Shohreh, Poulsen, H. S. & Lassen, Ulrik Niels, okt. 2016, I: Molecular Oncology. 10, 8, s. 1160-1168Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis
Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric
Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age
Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 171145930
Flest downloads
-
2986
downloads
Multivariate Hawkes process models of the occurrence of regulatory elements
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
2481
downloads
HemaExplorer: a database of mRNA expression profiles in normal and malignant haematopoiesis
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
984
downloads
Enterococcus faecalis infection causes inflammation, intracellular oxphos-independent ROS production, and DNA damage in human gastric cancer cells
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet