Ole Winther

Ole Winther

Professor MSO, Gæsteprofessor


  1. 2021
  2. Udgivet

    Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders

    Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    NetTCR-2.0 enables accurate prediction of TCR-peptide binding by using paired TCRα and β sequence data

    Montemurro, A., Schuster, Viktoria, Povlsen, H. R., Bentzen, A. K., Jurtz, V., Chronister, W. D., Crinklaw, A., Hadrup, S. R., Winther, Ole, Peters, B., Jessen, L. E. & Nielsen, M., 2021, I: Communications Biology . 4, 13 s., 1060.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Reducing the rate of psychiatric re-admissions in bipolar disorder using smartphones - The RADMIS trial

    Faurholt-Jepsen, M., Lindbjerg Tønning, M., Fros, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlund, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Acta Psychiatrica Scandinavica. 143, 5, s. 453-465 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    The effect of smartphone-based monitoring and treatment on the rate and duration of psychiatric readmission in patients with unipolar depressive disorder: The RADMIS randomized controlled trial

    Tønning, M. L., Faurholt-Jepsen, Maria , Frost, M., Martiny, Klaus, Tuxen, N., Rosenberg, N., Busk, J., Winther, Ole, Melbye, S. A., Thaysen-Petersen, D., Aamund, K. A., Tolderlundh, L., Bardram, J. E. & Kessing, Lars Vedel, 2021, I: Journal of Affective Disorders. 282, s. 354-363 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. 2020
  7. Udgivet

    Forecasting Mood in Bipolar Disorder From Smartphone Self-assessments: Hierarchical Bayesian Approach

    Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 1 apr. 2020, I: JMIR mHealth and uHealth. 8, 4, 14 s., e15028.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Daily estimates of clinical severity of symptoms in bipolar disorder from smartphone-based self-assessments

    Busk, J., Faurholt-Jepsen, M., Frost, M., Bardram, J. E., Kessing, Lars Vedel & Winther, Ole, 2020, I: Translational Psychiatry. 10, 12 s., 194.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Deep Learning for Diagnostic Binary Classification of Multiple-Lesion Skin Diseases

    Thomsen, K., Christensen, A. L., Iversen, L., Lomholt, H. B. & Winther, Ole, 2020, I: Frontiers in Medicine. 7, 7 s., 574329.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Identification and validation of 174 COVID-19 vaccine candidate epitopes reveals low performance of common epitope prediction tools

    Prachar, Marek, Justesen, S., Steen-Jensen, D. B., Thorgrimsen, S., Jurgons, E., Winther, Ole & Bagger, F. O., 2020, I: Scientific Reports. 10, 8 s., 20465.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Optimal Variance Control of the Score-Function Gradient Estimator for Importance Weighted Bounds

    Liévin, V., Dittadi, A., Christensen, Anders & Winther, Ole, 2020, I: Advances in Neural Information Processing Systems. 2020-December, 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Systematic review of machine learning for diagnosis and prognosis in dermatology

    Thomsen, K., Iversen, L., Titlestad, T. L. & Winther, Ole, 2020, I: Journal of Dermatological Treatment. 31, 5, s. 496-510

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    scVAE: variational auto-encoders for single-cell gene expression data

    Grønbech, Christopher Heje, Vording, M. F., Timshel, P., Sønderby, C. K., Pers, Tune H & Winther, Ole, 2020, I: Bioinformatics. 36, 16, s. 4415-4422 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. 2019
  15. Udgivet

    SignalP 5.0 improves signal peptide predictions using deep neural networks

    Armenteros, J. J. A., Tsirigos, Konstantinos, Sønderby, C. K., Petersen, T. N., Winther, Ole, Brunak, Søren, von Heijne, G. & Nielsen, H., 18 feb. 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 4, s. 420-423

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelFormidling

  16. Udgivet

    A perspective on inverse design of battery interphases using multi-scale modelling, experiments and generative deep learning

    Bhowmik, A., Castelli, I. E., Garcia-Lastra, J. M., Bjørn-Jørgensen, P., Winther, Ole & Vegge, T., 2019, I: Energy Storage Materials. 21, s. 446-456

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Deconvolution of autoencoders to learn biological regulatory modules from single cell mRNA sequencing data

    Kinalis, S., Nielsen, Finn Cilius, Winther, Ole & Bagger, F. O., 2019, I: BMC Bioinformatics. 20, 9 s., 379.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Detecting sequence signals in targeting peptides using deep learning

    Almagro Armenteros, J. J., Salvatore, Marco, Emanuelsson, O., Winther, Ole, von Heijne, G., Elofsson, A. & Nielsen, H., 2019, I: Life Science Alliance. 2, 5, 14 s., 201900429.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Udgivet

    NetSurfP-2.0: improved prediction of protein structural features by integrated deep learning

    Klausen, M. S., Jespersen, M. C., Nielsen, H., Jensen, K. K., Jurtz, V. I., Sønderby, C. K., Sommer, M. O. A., Winther, Ole, Nielsen, M., Petersen, Bent & Marcatili, P., 2019, I: Proteins: Structure, Function and Bioinformatics. 87, 6, s. 520-527

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. 2018
  21. Udgivet

    Binning microbial genomes using deep learning

    Nissen, J. N., Sønderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2018, (bioRxiv).

    Publikation: Working paperPreprintForskning

  22. Udgivet

    SinaPlot: an enhanced chart for simple and truthful representation of single observations over multiple classes

    Sidiropoulos, N., Sohi, S. H., Pedersen, T. L., Porse, Bo Torben, Winther, Ole, Rapin, N. & Bagger, F. O., 2018, I: Journal of Computational and Graphical Statistics. 27, 3, s. 673-676 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. 2017
  24. Udgivet

    An introduction to deep learning on biological sequence data: examples and solutions

    Jurtz, V. I., Johansen, A. R., Nielsen, M., Almagro Armenteros, J. J., Nielsen, H., Sønderby, C. K., Winther, Ole & Sønderby, S. K., 15 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 22, s. 3685-3690 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  25. Udgivet

    DeepLoc: prediction of protein subcellular localization using deep learning

    Almagro Armenteros, J. J., Sønderby, C. K., Sønderby, S. K., Nielsen, H. & Winther, Ole, 1 nov. 2017, I: Bioinformatics. 33, 21, s. 3387-3395 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    The Bipolar Illness Onset study: research protocol for the BIO cohort study

    Kessing, Lars Vedel, Munkholm, K., Faurholt-Jepsen, M., Miskowiak, Kamilla, Nielsen, L. B., Frikke-Schmidt, Ruth, Ekstrøm, Claus Thorn, Winther, Ole, Pedersen, Bente Klarlund, Poulsen, Henrik Enghusen, McIntyre, R. S., Kapczinski, F., Gattaz, W. F., Bardram, J., Frost, M., Mayora, O., Knudsen, Gitte Moos, Phillips, M. & Vinberg, Maj, 2017, I: BMJ Open. 7, 6, 12 s., e015462.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. 2016
  28. Udgivet

    Angiotensinogen and HLA class II predict bevacizumab response in recurrent glioblastoma patients

    Urup, T., Michaelsen, Signe Regner, Olsen, L. R., Toft, A., Christensen, I. J., Grunnet, K., Winther, Ole, Broholm, H., Kosteljanetz, M., Issazadeh-Navikas, Shohreh, Poulsen, H. S. & Lassen, Ulrik Niels, okt. 2016, I: Molecular Oncology. 10, 8, s. 1160-1168

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    BloodSpot: a database of gene expression profiles and transcriptional programs for healthy and malignant haematopoiesis

    Bagger, F. O., Sasivarevic, D., Hadi Sohi, S., Laursen, L. G., Pundhir, Sachin, Sønderby, C. K., Winther, Ole, Rapin, N. & Porse, Bo Torben, 4 jan. 2016, I: Nucleic Acids Research. 44, D1, s. D917-24 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Autoencoding beyond pixels using a learned similarity metric

    Larsen, A. B. L., Sønderby, S. K., Larochelle, H. & Winther, Ole, 2016, Proceedings of The 33rd International Conference on Machine Learning. Balcan, M. F. & Weinberger, K. Q. (red.). s. 1558–1566 9 s. (JMLR: Workshop and Conference Proceedings, Bind 48).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Competence classification of cumulus and granulosa cell transcriptome in embryos matched by morphology and female age

    Borup, R., Thuesen, L. L., tcg964, tcg964, Andersen, A. N., Ziebe, S., Winther, Ole & Grøndahl, M. L., 2016, I: P L o S One. 11, 4, s. 1-19 19 s., e0153562.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 171145930