Mani Arumugam

Mani Arumugam


  1. Udgivet

    Pairagon+N-SCAN_EST: a model-based gene annotation pipeline

    Arumugam, Mani, Wei, C., Brown, R. H. & Brent, M. R., 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7 Suppl 1, s. S5.1-10

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    Pairagon: a highly accurate, HMM-based cDNA-to-genome aligner.

    Lu, D. V., Brown, R. H., Arumugam, Mani & Brent, M. R., jul. 2009, I: Bioinformatics. 25, 13, s. 1587-1593 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Perturbation of gut microbiota decreases susceptibility but does not modulate ongoing autoimmune neurological disease

    Gödel, C., Kunkel, B., Kashani, A., Lassmann, H., Arumugam, Mani & Krishnamoorthy, G., 2020, I: Journal of Neuroinflammation. 17, 1, s. 79

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Prognostic performance of 7 biomarkers compared to liver biopsy in early alcohol-related liver disease

    Rasmussen, D. N., Thiele, M., Johansen, S., Kjærgaard, M., Lindvig, K. P., Israelsen, M., Antonsen, S., Detlefsen, S., Krag, A., Anastasiadou, E., Arumugam, M., Bork, P., Hansen, T., Hartoft, C., Israelsen, H., Karsdal, M., Legido-Quigley, C., Melberg, H. O., Trebicka, J., Mann, M. & 2 flere, Matthijnssens, J. & MicrobLiver consortia, M. C., 2021, I: Journal of Hepatology. 75, 5, s. 1017-1025 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Quantitative differences in synthetic gut microbial inoculums do not affect the final stabilized in vitro community compositions

    Gnanasekaran, Thiyagarajan, Sarathi, Arjun, Fang, Q., Azarm, A., Geraldo, Juliana Assis, Nigro, E. & Arumugam, Mani, 2023, I: mSystems. 8, 4, 16 s., e0124922.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure

    Palleja, A., Mikkelsen, K. H., Forslund, S. K., Kashani, A., Allin, K. H., Nielsen, T., Hansen, T. H., Liang, S., Feng, Q., Zhang, C., Pyl, P. T., Coelho, L. P., Yang, H., Wang, J., Typas, A., Nielsen, M. F., Nielsen, H. B., Bork, P., Wang, J., Vilsbøll, T. & 4 flere, Hansen, Torben, Knop, Filip Krag, Arumugam, Mani & Pedersen, Oluf Borbye, nov. 2018, I: Nature Microbiology. 3, 11, s. 1255-1265 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Reporting guidelines for human microbiome research: the STORMS checklist

    Mirzayi, C., Renson, A., Furlanello, C., Sansone, S. A., Zohra, F., Elsafoury, S., Geistlinger, L., Kasselman, L. J., Eckenrode, K., van de Wijgert, J., Loughman, A., Marques, F. Z., MacIntyre, D. A., Arumugam, M., Azhar, R., Beghini, F., Bergstrom, K., Bhatt, A., Bisanz, J. E., Braun, J. & 32 flere, Bravo, H. C., Buck, G. A., Bushman, F., Casero, D., Clarke, G., Collado, M. C., Cotter, P. D., Cryan, J. F., Demmer, R. T., Devkota, S., Elinav, E., Escobar, J. S., Fettweis, J., Finn, R. D., Fodor, A. A., Forslund, S., Franke, A., Furlanello, C., Gilbert, J., Grice, E., Haibe-Kains, B., Handley, S., Herd, P., Holmes, S., Jacobs, J. P., Karstens, L., Knight, R., Knights, D., Koren, O., Kwon, D. S., Genomic Standards Consortium, G. S. C. & Massive Analysis and Quality Control Society, M. A. A. Q. C. S., 2021, I: Nature Medicine. 27, 11, s. 1885-1892 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2

    Bolyen, E., Rideout, J. R., Dillon, M. R., Bokulich, N., Abnet, C. C., Al-Ghalith, G. A., Alexander, H., Alm, E. J., Arumugam, M., Asnicar, F., Bai, Y., Bisanz, J. E., Bittinger, K., Brejnrod, A., Brislawn, C. J., Brown, C. T., Callahan, B. J., Caraballo-Rodriguez, A. M., Chase, J., Cope, E. K. & 92 flere, Da Silva, R., Diener, C., Dorrestein, P. C., Douglas, G. M., Durall, D. M., Duvallet, C., Edwardson, C. F., Ernst, M., Estaki, M., Fouquier, J., Gauglitz, J. M., Gibbons, S. M., Gibson, D. L., Gonzalez, A., Gorlick, K., Guo, J., Hillmann, B., Holmes, S., Holste, H., Huttenhower, C., Huttley, G. A., Janssen, S., Jarmusch, A. K., Jiang, L., Kaehler, B. D., Bin Kang, K., Keefe, C. R., Keim, P., Kelley, S. T., Knights, D., Koester, I., Kosciolek, T., Kreps, J., Langille, M. G. I., Lee, J., Ley, R., Liu, Y., Loftfield, E., Lozupone, C., Maher, M., Marotz, C., Martin, B. D., McDonald, D., McIver, L. J., Melnik, A. V., Metcalf, J. L., Morgan, S. C., Morton, J. T., Naimey, A. T., Navas-Molina, J. A., Nothias, L. F., Orchanian, S. B., Pearson, T., Peoples, S. L., Petras, D., Preuss, M. L., Pruesse, E., Rasmussen, L. B., Rivers, A., Robeson, M. S. ,. I., Rosenthal, P., Segata, N., Shaffer, M., Shiffer, A., Sinha, R., Song, S. J., Spear, J. R., Swafford, A. D., Thompson, L. R., Torres, P. J., Trinh, P., Tripathi, A., Turnbaugh, P. J., Ul-Hasan, S., vander Hooft, J. J. J., Vargas, F., Vazquez-Baeza, Y., Vogtmann, E., von Hippel, M., Walters, W., Wan, Y., Wang, M., Warren, J., Weber, K. C., Williamson, C. H. D., Willis, A. D., Xu, Z. Z., Zaneveld, J. R., Zhang, Y., Zhu, Q., Knight, R. & Caporaso, J. G., 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 8, s. 852-857

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers

    Le Chatelier, E., Nielsen, T., Qin, J., Prifti, E., Hildebrand, F., Falony, G., Almeida, M., Arumugam, M., Batto, J-M., Kennedy, S., Leonard, P., Li, J., Burgdorf, K. S., Grarup, N., Jørgensen, T., Brandslund, I., Nielsen, H. B., Juncker, A., dos Santos, M. B. Q., Levenez, F. & 62 flere, Pons, N., Rasmussen, Simon, Sunagawa, S., Tap, J., Tims, S., Zoetendal, E. G., Brunak, S., Clément, K., Doré, J., Kleerebezem, M., Kristiansen, Karsten, Renault, P., Sicheritz-Ponten, T., de Vos, W. M., Zucker, J., Raes, J., Hansen, Torben, Bork, P., Wang, J., Ehrlich, S. D., Pedersen, Oluf Borbye, Guedon, E., Delorme, C., Layec, S., Khaci, G., van de Guchte, M., Vandemeulebrouck, G., Jamet, A., Dervyn, R., Sanchez, N., Maguin, E., Haimet, F., Winogradski, Y., Cultrone, A., Leclerc, M., Juste, C., Blottière, H., Pelletier, E., LePaslier, D., Artiguenave, F., Bruls, T., Weissenbach, J., Turner, K., Parkhill, J., Antolin, M., Manichanh, C., Casellas, F., Boruel, N., Varela, E., Torrejon, A., Guarner, F., Denariaz, G., Derrien, M., van Hylckama Vlieg, J. E. T., Veiga, P., Oozeer, R., Knol, J., Rescigno, M., Brechot, C., Mérieux, A., M'Rini, C. & Yamada, T., 2013, I: Nature. 500, 7464, s. 541-546 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Rifaximin-α for liver fibrosis in patients with alcohol-related liver disease (GALA-RIF): a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2 trial

    Israelsen, M., Madsen, B. S., Torp, N., Johansen, S., Hansen, C. D., Detlefsen, S., Andersen, P., Hansen, J. K., Lindvig, K. P., Rasmussen, D. N., Thorhauge, K. H., Kjærgaard, M., Karsdal, M., Hansen, Torben, Arumugam, Mani, Trebicka, J., Thiele, M., Krag, A. & GALAXY, G., 2023, I: The Lancet Gastroenterology and Hepatology. 8, 6, s. 523-532 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 41056735