Mani Arumugam
- 2004
- Udgivet
EMPRR: A high-dimensional EM-based piecewise regression algorithm
Arumugam, Mani & Scott, S. D., 2004, Proceedings of the 2004 International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA '04. Kantardzic, M., Nasraoui, O. & Milanova, M. (red.). s. 264-271 8 s. (Proceedings of the 2004 International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA '04).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution
Gibbs, R. A., Weinstock, G. M., Metzker, M. L., Muzny, D. M., Sodergren, E. J., Scherer, S., Scott, G., Steffen, D., Worley, K. C., Burch, P. E., Okwuonu, G., Hines, S., Lewis, L., DeRamo, C., Delgado, O., Dugan-Rocha, S., Miner, G., Morgan, M., Hawes, A., Gill, R. & 31 flere, , 2004, I: Nature. 428, 6982, s. 493-521 29 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of rat genes by TWINSCAN gene prediction, RT-PCR, and direct sequencing
Wu, J. Q., Shteynberg, D., Arumugam, Mani, Gibbs, R. A. & Brent, M. R., 2004, I: Genome Research. 14, 4, s. 665-71 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
- Udgivet
Closing in on the C. elegans ORFeome by cloning TWINSCAN predictions
Wei, C., Lamesch, P., Arumugam, Mani, Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M. & Brent, M. R., 2005, I: Genome Research. 15, 4, s. 577-82 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
Molecular properties of adult mouse gastric and intestinal epithelial progenitors in their niches
Giannakis, M., Stappenbeck, T. S., Mills, J. C., Leip, D. G., Lovett, M., Clifton, S. W., Ippolito, J. E., Glasscock, J. I., Arumugam, Mani, Brent, M. R. & Gordon, J. I., 2006, I: Journal of Biological Chemistry. 281, 16, s. 11292-300 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pairagon+N-SCAN_EST: a model-based gene annotation pipeline
Arumugam, Mani, Wei, C., Brown, R. H. & Brent, M. R., 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7 Suppl 1, s. S5.1-10Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
The Treeterbi and Parallel Treeterbi algorithms: efficient, optimal decoding for ordinary, generalized and pair HMMs.
Keibler, E., Arumugam, Mani & Brent, M. R., mar. 2007, I: Bioinformatics. 23, 5, s. 545-554 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2009
- Udgivet
Pairagon: a highly accurate, HMM-based cDNA-to-genome aligner.
Lu, D. V., Brown, R. H., Arumugam, Mani & Brent, M. R., jul. 2009, I: Bioinformatics. 25, 13, s. 1587-1593 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium.
Güell, M., van Noort, V., Yus, E., Chen, W., Leigh-Bell, J., Michalodimitrakis, K., Yamada, T., Arumugam, Mani, Doerks, T., Kühner, S., Rode, M., Suyama, M., Schmidt, S., Gavin, A., Bork, P. & Serrano, L., nov. 2009, I: Science. 326, 5957, s. 1268-1271 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing
MetaHIT Consortium, M. C., 2010, I: Nature. 464, 7285, s. 59-65 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SmashCell: A software framework for the analysis of single-cell amplified genome sequences.
Harrington, E. D., Arumugam, Mani, Raes, J., Bork, P. & Relman, D. A., okt. 2010, I: Bioinformatics. 26, 23, s. 2979-2980 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SmashCommunity: A metagenomic annotation and analysis tool.
Arumugam, Mani, Harrington, E. D., Foerstner, K. U., Raes, J. & Bork, P., okt. 2010, I: Bioinformatics. 26, 23, s. 2977-2978 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
Enterotypes of the human gut microbiome: [Plus]Corrigendum [Plus]Addendum
Arumugam, M., Raes, J., Pelletier, E., Le Paslier, D., Yamada, T., Mende, D. R., Fernandes, G. R., Tap, J., Bruls, T., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Borruel, N., Casellas, F., Fernandez, L., Gautier, L., Hansen, T., Hattori, M., Hayashi, T., Kleerebezem, M., Kurokawa, K. & 31 flere, , 2011, I: Nature. 473, 7346, s. 174-180 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Insight into structure and assembly of the nuclear pore complex by utilizing the genome of a eukaryotic thermophile
Amlacher, S., Sarges, P., Flemming, D., van Noort, V., Kunze, R., Devos, D. P., Arumugam, Mani, Bork, P. & Hurt, E., 2011, I: Cell. 146, 2, s. 277-89 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications
Yilmaz, P., Kottmann, R., Field, D., Knight, R., Cole, J. R., Amaral-Zettler, L., Gilbert, J. A., Karsch-Mizrachi, I., Johnston, A., Cochrane, G., Vaughan, R., Hunter, C., Park, J., Morrison, N., Rocca-Serra, P., Sterk, P., Arumugam, M., Bailey, M., Baumgartner, L., Birren, B. W. & 78 flere, , 2011, I: Nature Biotechnology. 29, 5, s. 415-20 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2012
- Udgivet
Assessment of metagenomic assembly using simulated next generation sequencing data
Mende, D. R., Waller, A. S., Sunagawa, S., Järvelin, A. I., Chan, M. M., Arumugam, Mani, Raes, J. & Bork, P., 2012, I: P L o S One. 7, 2, s. e31386Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit
Kultima, J. R., Sunagawa, S., Li, J., Chen, W., Chen, H., Mende, D. R., Arumugam, Mani, Pan, Q., Liu, B., Qin, J., Wang, J. & Bork, P., 2012, I: PLOS ONE. 7, 10, s. e47656Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The human small intestinal microbiota is driven by rapid uptake and conversion of simple carbohydrates
Zoetendal, E. G., Raes, J., van den Bogert, B., Arumugam, Mani, Booijink, C. C. G. M., Troost, F. J., Bork, P., Wels, M., de Vos, W. M. & Kleerebezem, M., 2012, I: I S M E Journal. 6, 7, s. 1415-26 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2013
Consistent mutational paths predict eukaryotic thermostability
van Noort, V., Bradatsch, B., Arumugam, Mani, Amlacher, S., Bange, G., Creevey, C., Falk, S., Mende, D. R., Sinning, I., Hurt, E. & Bork, P., 2013, I: B M C Evolutionary Biology. 13, s. 7Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic variation landscape of the human gut microbiome
Schloissnig, S., Arumugam, Mani, Sunagawa, S., Mitreva, M., Tap, J., Zhu, A., Waller, A., Mende, D. R., Kultima, J. R., Martin, J., Kota, K., Sunyaev, S. R., Weinstock, G. M. & Bork, P., 2013, I: Nature. 493, 7430, s. 45-50 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes
Sunagawa, S., Mende, D. R., Zeller, G., Izquierdo-Carrasco, F., Berger, S. A., Kultima, J. R., Coelho, L. P., Arumugam, M., Tap, J., Nielsen, H. B., Rasmussen, S., Brunak, S., Pedersen, O. B., Guarner, F., de Vos, W. M., Wang, J., Li, J., Doré, J., Ehrlich, S. D., Stamatakis, A. & 1 flere, , 2013, I: Nature Methods. 10, 12, s. 1196-1199 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers
Le Chatelier, E., Nielsen, T., Qin, J., Prifti, E., Hildebrand, F., Falony, G., Almeida, M., Arumugam, M., Batto, J-M., Kennedy, S., Leonard, P., Li, J., Burgdorf, K. S., Grarup, N., Jørgensen, T., Brandslund, I., Nielsen, H. B., Juncker, A., dos Santos, M. B. Q., Levenez, F. & 62 flere, , 2013, I: Nature. 500, 7464, s. 541-546 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Country-specific antibiotic use practices impact the human gut resistome
Forslund, K., Sunagawa, S., Kultima, J. R., Mende, D. R., Arumugam, Mani, Typas, A. & Bork, P., jul. 2013, I: Genome Research. 23, 7, s. 1163-9 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2014
- Udgivet
An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome
Li, J., Jia, H., Cai, X., Zhong, H., Feng, Q., Sunagawa, S., Arumugam, M., Kultima, J. R., Prifti, E., Nielsen, T., Juncker, A., Manichanh, C., Chen, B., Zhang, W., Levenez, F., Wang, J., Xu, X., Xiao, L., Liang, S., Zhang, D. & 17 flere, , 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 834-845 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
Nielsen, H. B., Almeida, M., Juncker, A., Rasmussen, S., Li, J., Sunagawa, S., Plichta, D. R., Gautier, L., Pedersen, A. G., Le Chatelier, E., Pelletier, E., Bonde, I., Nielsen, T., Manichanh, C., Arumugam, M., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Blom, N., Borruel, N., Burgdorf, K. S. & 31 flere, , 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 822–828 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 41056735
Flest downloads
-
1245
downloads
A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
636
downloads
Circulating microbiome in blood of different circulatory compartments
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
446
downloads
An Improved Method for High Quality Metagenomics DNA Extraction from Human and Environmental Samples
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet