Jan Gorodkin

Jan Gorodkin

Professor

Medlem af:


    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 50 ud af 151Pr. side: 50
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 2003
    2. Udgivet

      SRPDB: Signal Recognition Particle Database

      Rosenblad, M. A., Gorodkin, Jan, Knudsen, B., Zwieb, C. & Samuelsson, T., 2003, I: Nucleic Acids Research. 31, 1, s. 363-364 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. Udgivet

      tmRDB (tmRNA database)

      Zwieb, C., Gorodkin, Jan, Knudsen, B., Burks, J. & Wower, J., 2003, I: Nucleic Acids Research. 31, 1, s. 446-447 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    4. 2004
    5. Udgivet

      Comparing two K-category assignments by a K-category correlation coefficient

      Gorodkin, Jan, 2004, I: Computational Biology and Chemistry. 28, 5-6, s. 367-374 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      Evolutionary rate variation and RNA secondary structure prediction

      Knudsen, B., Andersen, E. S., Damgaard, C., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2004, I: Computational Biology and Chemistry. 28, 3, s. 219-226 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      RNA interactions in the 5' region of the HIV-1 genome

      Damgaard, C. K., Andersen, E. S., Knudsen, B., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2004, I: Journal of Molecular Biology. 336, 2, s. 369-379 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. 2005
    9. Udgivet

      A high-resolution comparative map between pig chromosome 17 and human chromosomes 4, 8, and 20: Identification of synteny breakpoints

      Lahbib-Mansais, Y., Karlskov-Mortensen, Peter, Mompart, F., Milan, D., Jørgensen, Claus Bøttcher, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Faraut, T., Yerle, M. & Fredholm, Merete, 2005, I: Genomics. 86, 4, s. 405-413 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      Mapping and expression studies of the mir17-92 cluster on pig chromosome 11

      Sawera, M., Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 2005, I: Mammalian Genome. 16, 8, s. 594-598 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%

      Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      Pigs in sequence space: a 0.66X coverage pig genome survey based on shotgun sequencing

      Wernersson, R., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, J., Panitz, F., Stærfeldt, H-H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Liu, B., Hu, S., Dong, W., Li, W., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, M. & 3 flere, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005, I: BMC Genomics. 70, 6, s. 1-7 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      Pigs in sequence space: a 0.66X coverage Sino-Danish pig genome survey

      Rasmus, W., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, Jan, Panitz, F., Stærfeldt, H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, Merete, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005. 1 s.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    14. Udgivet

      The FOLDALIGN web server for pairwise structural RNA alignment and mutual motif search

      Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Nucleic Acids Research. 33, s. W650-W653 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. 2006
    16. Udgivet

      Linkage mapping of gene-associated SNPs to pig chromosome 11

      Sawera, M., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan & Fredholm, Merete, 2006, I: Animal Genetics. 37, 3, s. 199-204 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      MicroRNA sequence motifs reveal asymmetry between the stem arms

      Gorodkin, Jan, Havgaard, Jakob Hull, Ensterö, M., Sawera, M., Jensen, P., Öhman, M. & Fredholm, Merete, 2006, I: Computational Biology and Chemistry. 30, 4, s. 249-254 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      The tmRDB and SRPDB resources

      Andersen, E. S., Rosenblad, M. A., Larsen, N., Westergaard, Jesper Cairo, Burks, J., Wower, I. K., Wower, J., Gorodkin, Jan, Samuelsson, T. & Zwieb, C., 2006, I: Nucleic Acids Research. 34, s. D163-D168 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure

      Torarinsson, E., Sawera, M., Havgaard, Jakob Hull, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2006, I: Genome Research. 16, 7, s. 885-889 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    20. 2007
    21. Udgivet

      Detection of RNA structures in porcine EST data and related mammals

      Seemann, Ernst Stefan, Gilchrist, M. J., Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 316, 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      EST analysis on pig mitochondria reveal novel expression differences between developmental and adult tissues

      Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 367, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix

      Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E. & Gorodkin, Jan, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 10, s. 1896-1908 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      Identification of 10 882 porcine microsatellite sequences and virtual mapping of 4528 of these sequences

      Karlskov-Mortensen, Peter, Hu, Z. L., Gorodkin, Jan, Reecy, J. M. & Fredholm, Merete, 2007, I: Animal Genetics. 38, 4, s. 401-405 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis

      Torarinsson, E., Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    26. Udgivet

      Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags

      Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W. & 16 flere, Li, W., Yu, J., Wang, J., Staefeldt, H., Wernersson, R., Madsen, L. B., Thomsen, B. S., Hornshøj, H., Bujie, Z., Wang, X., Wang, X., Bolund, L., Brunak, Søren, Yang, H., Bendixen, C. & Fredholm, Merete, 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      Principles and limitations of computational microRNA gene and target finding

      Lindow, M. & Gorodkin, Jan, 2007, I: DNA and Cell Biology. 26, 5, s. 339-351 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. Udgivet

      SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation

      Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T. & 5 flere, Nielsen, B., Havgaard, Jakob Hull, Brunak, Søren, Fredholm, Merete & Bendixen, C., 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    29. Udgivet

      Semiautomated improvement of RNA alignments

      Andersen, E. S., Lind-Thomsen, A., Knudsen, B., Kristensen, S. E., Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E., Larsen, N., Zwieb, C., Sestoft, P., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2007, I: RNA: A publication of the RNA Society. 13, 11, s. 1850-1859 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. 2008
    31. Udgivet

      Comparative genomics beyond sequence-based alignments: RNA structures in the ENCODE regions

      Þórarinsson, E., Yao, Z., Wiklund, E. D., Bramsen, J. B., Hansen, C., Kjems, J., Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2008, I: Genome Research. 18, 2, s. 242-251 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. Udgivet

      SNP-finding in pig mitochondrial ESTs

      Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2008, I: Animal Genetics. 39, 2, s. 193-195 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    33. Udgivet

      Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments

      Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, 20, s. 6355-6362 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Udgivet

      Utilization of ESTs from Cassava: Progress on Development of EST-SSR Markers and an Oligo DNA Microarray

      Ingelbrecht, I. L., Jørgensen, Kirsten, Bak, Søren, Gorodkin, Jan, Raji, A., Winter, S., Lokko, Y., Gedil, M., Anderson, J. V. & Møller, Birger Lindberg, 2008.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    35. 2009
    36. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, M., Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009, I: BMC Genomics. 10, 574, 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    37. Udgivet

      Genes involved in metabolism of cyanogenic glucosides in Zygaena filipendulae determined by 454 pyrosequencing

      Zagrobelny, M., Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    38. Udgivet

      Maximum likelihood estimation of weight matrices for targeted homology search

      Menzel, P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, Proceedings of the German Conference on Bioinformatics 2009. Grosse, I., Neumann, S., Posch, S., Schreiber, F. & Stadler, P. (red.). Gesellschaft für Informatik, s. 211-220 10 s. (Lecture Notes in Informatics).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      Sequence assembly

      Scheibye-Alsing, K., Hoffmann, S., Frankel, A. M., Jensen, P., Stadler, P. F., Mang, Y., Tommerup, Niels, Gilchrist, M. J., Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2009, I: Computational Biology and Chemistry. 33, 2, s. 121-136 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    40. Udgivet

      Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering

      Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    41. Udgivet

      The tedious task of finding homologous noncoding RNA genes

      Menzel, K. P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, I: RNA: A publication of the RNA Society. 15, 12, s. 2075-2082 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    42. 2010
    43. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, M., Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    44. Udgivet

      454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides

      Zagrobelny, M., Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    45. Udgivet

      De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences

      Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, Jakob Hull & Ruzzo, W. L., 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    46. Udgivet

      A study of alternative splicing in the pig

      Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2010, I: BMC Research Notes. 3, 123, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    47. Udgivet

      Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2010, I: Algorithms for Molecular Biology. 5, 22, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    48. 2011
    49. Udgivet

      Fast local fragment chaining using sum-of-pair gap costs

      Otto, C., Hoffmann, S., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2011, I: Algorithms for Molecular Biology. 6, 4

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    50. Udgivet

      From structure prediction to genomic screens for novel non-coding RNAs

      Gorodkin, Jan & Hofacker, I. L., 2011, I: PLoS Computational Biology. 7, 8, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    51. Udgivet

      Global microRNA analysis of the NCI-60 cancer cell panel

      Søkilde, R., Kaczkowski, B., Podolska, A., Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Møller, S. & Litman, T., 2011, I: Molecular Cancer Therapeutics. 10, 3, s. 375-384 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    52. Udgivet

      PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gesell, T., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 2, s. 211-219 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    53. Udgivet

      The PETfold and PETcofold web servers for intra- and intermolecular structures of multiple RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Menzel, K. P., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Suppl. 2, s. W107-W111 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    54. Udgivet

      maxAlike: maximum likelihood-based sequence reconstruction with application to improved primer design for unknown sequences

      Menzel, K. P., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 3, s. 317-325 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    55. 2012
    56. Udgivet

      Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution

      Groenen, M. A., Archibald, A. L., Uenishi, H., Tuggle, C. K., Takeuchi, Y., Rothschild, M. F., Rogel-Gaillard, C., Park, C., Milan, D., Megens, H-J., Li, S., Larkin, D. M., Kim, H., Frantz, L. A. F., Caccamo, M., Ahn, H., Aken, B. L., Anselmo, A., Anthon, C., Auvil, L. & 116 flere, Badaoui, B., Beattie, C. W., Bendixen, C., Berman, D., Blecha, F., Blomberg, J., Bolund, L., Bosse, M., Botti, S., Zhan, B., Bystrom, M., Capitanu, B., Carvalho-Silva, D., Chardon, P., Chen, C., Cheng, R., Choi, S., Chow, W., Clark, R. C., Clee, C., Crooijmans, R. P. M. A., Dawson, H. D., Dehais, P., Sapio, F. D., Dibbits, B., Drou, N., Du, Z., Eversole, K., Fadista, J., Fairley, S., Faraut, T., Faulkner, G. J., Fowler, K. E., Fredholm, Merete, Fritz, E., Gilbert, J. G. R., Giuffra, E., Gorodkin, Jan, Griffin, D. K., Harrow, J. L., Hayward, A., Howe, K., Hu, Z., Humphray, S. J., Hunt, T., Jensen, H. H., Jeon, J., Jern, P., Jones, M., Jurka, J., Kanamori, H., Kapetanovic, R., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, T., Larson, G., Lee, K., Lee, K., Leggett, R., Lewin, H. A., Li, Y., Liu, W., Loveland, J. E., Lu, Y., Lunney, J. K., Ma, J., Madsen, O., Mann, K., Matthews, L., McLaren, S., Morozumi, T., Murtaugh, M. P., Narayan, J., Nguyen, D. T., Ni, P., Oh, S., Onteru, S., Panitz, F., Park, E., Park, H., Pascal, G., Paudel, Y., Perez-Enciso, M., Ramirez-Gonzalez, R., Reecy, J. M., Rodriguez-Zas, S., Rohrer, G. A., Rund, L., Sang, Y., Schachtschneider, K., Schraiber, J. G., Schwartz, J., Scobie, L., Scott, C., Searle, S., Servin, B., Southey, B. R., Sperber, G., Stadler, P., Sweedler, J. V., Tafer, H., Thomsen, B., Wali, R., Wang, J., Wang, J., White, S., Xu, X., Yerke, M., Zhang, G., Zhang, J., Zhang, J., Zhao, S., Rogers, J., Churcher, C. & Schook, L. B., 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 393-398 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    57. Udgivet

      Comparative ncRNA gene and structure prediction using Foldalign and FoldalignM

      Havgaard, Jakob Hull, Kaur, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Current Protocols in Bioinformatics. 39, s. 12.11.1-12.11.15 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    58. Udgivet

      DeepBlockAlign: a tool for aligning RNA-seq profiles of read block patterns

      Langenberger, D., Pundhir, Sachin, Ekstrøm, Claus Thorn, Stadler, P. F., Hoffmann, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 1, s. 17-24 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    59. Udgivet

      Multiple independent analyses reveal only transcription factors as an enriched functional class associated with microRNAs

      Croft, L. J., Szklarczyk, D., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2012, I: B M C Systems Biology. 6, 1, s. 90

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    60. Udgivet

      RILogo: visualising RNA-RNA interactions

      Menzel, K. P., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 19, s. 2523-2526 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 3 4 Næste

    ID: 4356276