Jan Gorodkin
Professor
- 2024
- E-pub ahead of print
Systematic analysis and characterization of long non-coding RNA genes in inflammatory bowel disease
Velissari, R., Ilieva, M., Dao, J., Miller, H. E., Madsen, J. H., Gorodkin, Jan, Aikawa, M., Ishii, H. & Uchida, S., 2024, (E-pub ahead of print) I: Briefings in Functional Genomics.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2023
- Udgivet
Alteration of microglial metabolism and inflammatory profile contributes to neurotoxicity in a hiPSC-derived microglia model of frontotemporal dementia 3
Haukedal, H., Syshøj Lorenzen, S., Westi, Emil Winther, Corsi, G., Gadekar, V. P., McQuade, A., Davtyan, H., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Schmid, B., Chandrasekaran, Abinaya, Seemann, Ernst Stefan, Cirera, Susanna, Blurton-Jones, M., Meyer, M., Gorodkin, Jan, Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2023, I: Brain, Behavior, and Immunity. 113, s. 353-373Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPRi screen for enhancing heterologous alpha-amylase yield in Bacillus subtilis
Geissler, Adrian Sven, Fehler, A. O., Poulsen, L. D., Gonzalez-Tortuero, E., Kallehauge, T. B., Alkan, F., Anthon, Christian, Seemann, Ernst Stefan, Rasmussen, M. D., Breuener, A., Hjort, C., Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2023, I: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 50, 1, 16 s., kuac028.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Cross-species high-resolution transcriptome profiling suggests biomarkers and therapeutic targets for ulcerative colitis
Yarani, R., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Pilecki, B., Svane, C. A. S., Mirza, A. H., Litman, Thomas, Holmskov, U., Bang-Berthelsen, C. H., Vilien, M., Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2023, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 1081176.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Golgi fragmentation: One of the earliest organelle phenotypes in Alzheimer's disease neurons
Haukedal, H., Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Doncheva, N. T., Kedia, S., de Haan, N., Chandrasekaran, A., Jensen, P., Schiønning, P., Vallin, S., Marlet, F. R., Poon, A., Pires, C., Agha, F. K., Wandall, H. H., Cirera, S., Simonsen, A. H., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Hyttel, P. & 7 flere, , 2023, I: Frontiers in Neuroscience. 17, 17 s., 1120086.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Letter to the editor: Testing on external independent datasets is necessary to corroborate machine learning model improvement
Corsi, G. I., Anthon, Christian & Gorodkin, Jan, 2023, I: Bioinformatics. 39, 6, btad327.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Progress and harmonization of gene editing to treat human diseases: Proceeding of COST Action CA21113 GenE-HumDi
Cavazza, A., Hendel, A., Bak, R. O., Rio, P., Güell, M., Lainšček, D., Arechavala-Gomeza, V., Peng, L., Hapil, F. Z., Harvey, J., Ortega, F. G., Gonzalez-Martinez, C., Lederer, C. W., Mikkelsen, K., Gasiunas, G., Kalter, N., Gonçalves, M. A. F. V., Petersen, J., Garanto, A., Montoliu, L. & 20 flere, , 2023, I: Molecular Therapy Nucleic Acids. 34, 14 s., 102066.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RNA-Seq Study on the Longissimus thoracis Muscle of Italian Large White Pigs Fed Extruded Linseed with or without Antioxidants and Polyphenols
Vegni, J., Sun, Y., Seemann, Ernst Stefan, Zappaterra, M., Davoli, R., Dall’Olio, S., Gorodkin, Jan & Zambonelli, P., 2023, I: Animals. 13, 7, 1187.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The transcriptomic landscape of neurons carrying PSEN1 mutations reveals changes in extracellular matrix components and non-coding gene expression
Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Haukedal, H., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Ambardar, S., Palakodeti, D., Hyttel, P., Freude, Kristine, Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2023, I: Neurobiology of Disease. 178, 17 s., 105980.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Translational control of furina by an RNA regulon is important for left-right patterning, heart morphogenesis and cardiac valve function
Nagorska, A., Zaucker, A., Lambert, F., Inman, A., Toral-Perez, S., Gorodkin, Jan, Wan, Y., Smutny, M. & Sampath, K., 2023, I: Development (Cambridge). 150, 23, 15 s., 201657.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Utilizing directed evolution to interrogate and optimize CRISPR/Cas guide RNA scaffolds
Bush, K., Corsi, G. I., Yan, A. C., Haynes, K., Layzer, J. M., Zhou, J. H., Llanga, T., Gorodkin, Jan & Sullenger, B. A., 2023, I: Cell Chemical Biology. 30, 8, s. 879-892.e5Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Single cell mapping the evolution of the spatial processing centre within the brain
Ralbovszki, Dorottya Maria, Bertelsen, Mads Frost, Buchmann, Kurt, Mori, Yuki, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Seemann, Ernst Stefan, Khodosevich, Konstantin & Hall, Vanessa Jane, 1 maj 2022.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Formidling
- Udgivet
CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context
Corsi, G. I., Qu, Kunli, Alkan, F., Pan, Xiaoguang, Luo, Y. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 3006.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPRon/off: CRISPR/Cas9 on- and off-target gRNA design
Anthon, Christian, Corsi, G. I. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Bioinformatics. 38, 24, s. 5437-5439 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
CRISPRroots: On-and off-target assessment of RNA-seq data in CRISPR-Cas9 edited cells
Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 4, 12 s., E20.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Differentially Expressed miRNAs in Ulcerative Colitis and Crohn's Disease
Yarani, R., Shojaeian, A., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 21 s., 865777.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Does rapid sequence divergence preclude RNA structure conservation in vertebrates?
Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Tommerup, Niels, Gorodkin, Jan & Ruzzo, W. L., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 5, s. 2452-2463 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Flagella disruption in Bacillus subtilis increases amylase production yield
Fehler, A. O., Kallehauge, T. B., Geissler, Adrian Sven, González-Tortuero, E., Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan & Vinther, Jeppe, 2022, I: Microbial Cell Factories. 21, 11 s., 131.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Massively targeted evaluation of therapeutic CRISPR off-targets in cells
Pan, X., Qu, K., Yuan, H., Xiang, X., Anthon, C., Pashkova, L., Liang, X., Han, P., Corsi, G. I., Xu, F., Liu, P., Zhong, J., Zhou, Y., Ma, T., Jiang, H., Liu, J., Wang, J., Jessen, N., Bolund, L., Yang, H. & 5 flere, , 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 4049.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Production of human entorhinal stellate cell-like cells by forward programming shows an important role of Foxp1 in reprogramming
Bergmann, T., Liu, Y., Skov, J., Mogus, L., Lee, J., Pfisterer, U., Handfield, L. F., Asenjo-Martinez, A., Lisa-Vargas, I., Seemann, S. E., Lee, J. T. H., Patikas, N., Kornum, B. R., Denham, M., Hyttel, P., Witter, M. P., Gorodkin, J., Pers, T. H., Hemberg, M., Khodosevich, K. & 1 flere, , 2022, I: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 976549.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Bacillaceae-1 RNA motif comprises two distinct classes
González-Tortuero, E., Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull, Geissler, Adrian Sven, Breüner, A., Hjort, C., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Gene. 841, 146756.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The impact of PrsA over-expression on the Bacillus subtilis transcriptome during fed-batch fermentation of alpha-amylase production
Geissler, Adrian Sven, Poulsen, L. D., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Seemann, Ernst Stefan, González-Tortuero, E., Breüner, A., Jensen, Lars Juhl, Hjort, C., Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2022, I: Frontiers in Microbiology. 13, 17 s., 909493.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
A non-enzymatic, isothermal strand displacement and amplification assay for rapid detection of SARS-CoV-2 RNA
Mohammadniaei, M., Zhang, M., Ashley, J., Christensen, U. B., Friis-Hansen, L. J., Gregersen, R., Lisby, J. G., Benfield, Thomas, Nielsen, F. E., Henning Rasmussen, J., Pedersen, E. B., Olinger, A. C. R., Kolding, L. T., Naseri, M., Zheng, T., Wang, W., Gorodkin, Jan & Sun, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 5089.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Astrocytic reactivity triggered by defective autophagy and metabolic failure causes neurotoxicity in frontotemporal dementia type 3
Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G. I., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Zhang, Y., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Kolko, M., Kobolák, J., Dinnyés, A., Hyttel, P., Palakodeti, D. & 5 flere, , 2021, I: Stem Cell Reports. 16, 11, s. 2736-2751Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Bsgatlas: A unified bacillus subtilis genome and transcriptome annotation atlas with enhanced information access
Geissler, Adrian Sven, Anthon, Christian, Alkan, F., González-Tortuero, E., Poulsen, L. D., Kallehauge, T. B., Breüner, A., Seemann, Ernst Stefan, Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2021, I: Microbial Genomics. 7, 2, 17 s., 000524.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4356276
Flest downloads
-
2862
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1375
downloads
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1305
downloads
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet