Jan Gorodkin

Jan Gorodkin

Professor

Medlem af:


    1. Udgivet

      From structure prediction to genomic screens for novel non-coding RNAs

      Gorodkin, Jan & Hofacker, I. L., 2011, I: PLoS Computational Biology. 7, 8, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    2. Udgivet

      Full-length RNA structure prediction of the HIV-1 genome reveals a conserved core domain

      Sükösd, Z., Andersen, E. S., Seemann, Ernst Stefan, Jensen, M. K., Hansen, M., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2 dec. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 21, s. 10168-79 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    3. Udgivet

      Gender and obesity specific MicroRNA expression in adipose tissue from lean and obese pigs

      Mentzel, Caroline M. Junker, Anthon, Christian, Jacobsen, M. J., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 29 jul. 2015, I: P L o S One. 10, 7, 19 s., e0131650.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    4. Udgivet
    5. Udgivet

      Genome-wide identification of clusters of predicted microRNA binding sites as microRNA sponge candidates

      Pan, X., Wenzel, Anne, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2018, I: PLoS ONE. 13, 8, 15 s., e0202369.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    6. Udgivet
    7. Udgivet

      Global microRNA analysis of the NCI-60 cancer cell panel

      Søkilde, R., Kaczkowski, B., Podolska, A., Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Møller, S. & Litman, T., 2011, I: Molecular Cancer Therapeutics. 10, 3, s. 375-384 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    8. Udgivet

      Golgi fragmentation: One of the earliest organelle phenotypes in Alzheimer's disease neurons

      Haukedal, H., Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Doncheva, N. T., Kedia, S., de Haan, N., Chandrasekaran, A., Jensen, P., Schiønning, P., Vallin, S., Marlet, F. R., Poon, A., Pires, C., Agha, F. K., Wandall, H. H., Cirera, S., Simonsen, A. H., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Hyttel, P. & 7 flere, Muddashetty, R., Aldana, Blanca, Gorodkin, Jan, Nair, D., Meyer, M., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, 2023, I: Frontiers in Neuroscience. 17, 17 s., 1120086.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    9. Udgivet

      Good guide, bad guide: spacer sequence-dependent cleavage efficiency of Cas12a

      Creutzburg, S. C. A., Wu, W. Y., Mohanraju, P., Swartjes, T., Alkan, F., Gorodkin, Jan, Staals, R. H. J. & van der Oost, J., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 6, s. 3228-3243 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    10. Udgivet

      Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2010, I: Algorithms for Molecular Biology. 5, 22, 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    11. Udgivet

      Human pathways in animal models: possibilities and limitations

      Doncheva, Nadezhda Tsankova, Palasca, Oana, Yarani, R., Litman, Thomas, Anthon, Christian, Groenen, M. A. M., Stadler, P. F., Pociot, Flemming, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 4, s. 1859-1871 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    12. Udgivet

      IFN-λ and microRNAs are important modulators of the pulmonary innate immune response against influenza A (H1N2) infection in pigs

      Brogaard, L., Larsen, Lars, Heegaard, P. M. H., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan, Dürrwald, R. & Skovgaard, K., 2018, I: PLOS ONE. 13, 4, 23 s., e0194765.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    13. Udgivet

      Identification and characterization of novel conserved RNA structures in Drosophila

      Kirsch, Rebecca, Seemann, Ernst Stefan, Ruzzo, W. L., Cohen, S. M., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2018, I: BMC Genomics. 19, 20 s., 899.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    14. Udgivet

      Identification of 10 882 porcine microsatellite sequences and virtual mapping of 4528 of these sequences

      Karlskov-Mortensen, Peter, Hu, Z. L., Gorodkin, Jan, Reecy, J. M. & Fredholm, Merete, 2007, I: Animal Genetics. 38, 4, s. 401-405 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    15. Udgivet

      Inferring disease-associated long non-coding RNAs using genome - wide tissue expression profiles

      Pan, X., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2019, I: Bioinformatics. 35, 9, s. 1494-1502 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    16. Udgivet

      Joint profiling of miRNAs and mRNAs reveals miRNA mediated gene regulation in the Göttingen minipig obesity model

      Mentzel, Caroline M. Junker, Alkan, F., Keinicke, H., Jacobsen, M. J., Gorodkin, Jan, Fredholm, Merete & Cirera, Susanna, 30 nov. 2016, I: P L o S One. 11, 11, 16 s., e0167285.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    17. Udgivet

      Letter to the editor: Testing on external independent datasets is necessary to corroborate machine learning model improvement

      Corsi, G. I., Anthon, Christian & Gorodkin, Jan, 2023, I: Bioinformatics. 39, 6, btad327.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

    18. Udgivet

      Linkage mapping of gene-associated SNPs to pig chromosome 11

      Sawera, M., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan & Fredholm, Merete, 2006, I: Animal Genetics. 37, 3, s. 199-204 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    19. Udgivet

      Mapping and expression studies of the mir17-92 cluster on pig chromosome 11

      Sawera, M., Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 2005, I: Mammalian Genome. 16, 8, s. 594-598 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    20. Udgivet

      Massively targeted evaluation of therapeutic CRISPR off-targets in cells

      Pan, X., Qu, K., Yuan, H., Xiang, X., Anthon, C., Pashkova, L., Liang, X., Han, P., Corsi, G. I., Xu, F., Liu, P., Zhong, J., Zhou, Y., Ma, T., Jiang, H., Liu, J., Wang, J., Jessen, N., Bolund, L., Yang, H. & 5 flere, Xu, X., Church, G. M., Gorodkin, Jan, Lin, L. & Luo, Y., 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 4049.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    21. Udgivet

      Maximum likelihood estimation of weight matrices for targeted homology search

      Menzel, P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, Proceedings of the German Conference on Bioinformatics 2009. Grosse, I., Neumann, S., Posch, S., Schreiber, F. & Stadler, P. (red.). Gesellschaft für Informatik, s. 211-220 10 s. (Lecture Notes in Informatics).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportKonferencebidrag i proceedingsForskningfagfællebedømt

    22. Udgivet

      MicroRNA sequence motifs reveal asymmetry between the stem arms

      Gorodkin, Jan, Havgaard, Jakob Hull, Ensterö, M., Sawera, M., Jensen, P., Öhman, M. & Fredholm, Merete, 2006, I: Computational Biology and Chemistry. 30, 4, s. 249-254 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    23. Udgivet

      Multiple Sequence Alignments Enhance Boundary Definition of RNA Structures

      Sabarinathan, R., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 4 dec. 2018, I: Genes. 9, 12, 17 s., 604.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    24. Udgivet

      Multiple independent analyses reveal only transcription factors as an enriched functional class associated with microRNAs

      Croft, L. J., Szklarczyk, D., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2012, I: B M C Systems Biology. 6, 1, s. 90

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    25. Udgivet

      Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis

      Torarinsson, E., Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    26. Udgivet

      Mutation in FTD3 CHMP2B causes impaired autography and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes

      Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, Muddashetty, R., Meyer, M., Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2020.

      Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

    27. Udgivet

      Mutations in FTD3 CHMP2B causes impaired autophagy and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes

      Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Doncheva, N. T., Haukedal, H., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, Muddashetty, R., Meyer, M., Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2020.

      Publikation: KonferencebidragPosterForskning

    28. Udgivet

      Novel circRNA discovery in sheep shows evidence of high backsplice junction conservation

      Varela-Martínez, E., Corsi, G. I., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Jugo, B. M., 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 11 s., 427.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    29. Udgivet

      Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop

      Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    30. Udgivet

      PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences

      Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gesell, T., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 2, s. 211-219 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    31. Udgivet

      Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%

      Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    32. Udgivet

      Patient iPSC-Derived Neorons for Disease Modeling of Familiar Alzheimer's Disease with Mutations in Presenilin 1

      Haukedal, H., Poon, A. F., Jensen, P., Aldana, Blanca, Pires, C., Chandrasekaran, Abinaya, Christensen, S. K., Schiønning, P., Vallin, S., Simonsen, A. H., Nielsen, J., Dinnyes, A., Gorodkin, Jan, Ramakrishna, S., Muddashetty, R., Palakodeti, D., Hyttel, P., Waagepetersen, Helle S., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, okt. 2020.

      Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

    33. Udgivet

      Patient iPSC-Derived Neurons for Disease Modeling of Familiar Alzheier's Disease with Mutations in Presenilin 1

      Haukedal, H., Poon, A. F., Jensen, P., Aldana, Blanca, Pires, C., Chandrasekaran, Abinaya, Christensen, S. K., Schiønning, P., Vallin, S., Simonsen, A. H., Nielsen, J., Dinnyes, A., Gorodkin, Jan, Ramakrishna, S., Muddashetty, R., Palakodeti, D., Hyttel, P., Waagepetersen, Helle S., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, 26 mar. 2019.

      Publikation: KonferencebidragPosterFormidling

    34. Udgivet

      Pigs in sequence space: a 0.66X coverage Sino-Danish pig genome survey

      Rasmus, W., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, Jan, Panitz, F., Stærfeldt, H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, Merete, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005. 1 s.

      Publikation: KonferencebidragPosterForskning

    35. Udgivet

      Pigs in sequence space: a 0.66X coverage pig genome survey based on shotgun sequencing

      Wernersson, R., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, J., Panitz, F., Stærfeldt, H-H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Liu, B., Hu, S., Dong, W., Li, W., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, M. & 3 flere, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005, I: BMC Genomics. 70, 6, s. 1-7 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    36. Udgivet

      Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags

      Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W. & 16 flere, Li, W., Yu, J., Wang, J., Staefeldt, H., Wernersson, R., Madsen, L. B., Thomsen, B. S., Hornshøj, H., Bujie, Z., Wang, X., Wang, X., Bolund, L., Brunak, Søren, Yang, H., Bendixen, C. & Fredholm, Merete, 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    37. Udgivet

      Principles and limitations of computational microRNA gene and target finding

      Lindow, M. & Gorodkin, Jan, 2007, I: DNA and Cell Biology. 26, 5, s. 339-351 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    38. Udgivet

      Production of human entorhinal stellate cell-like cells by forward programming shows an important role of Foxp1 in reprogramming

      Bergmann, T., Liu, Y., Skov, J., Mogus, L., Lee, J., Pfisterer, U., Handfield, L. F., Asenjo-Martinez, A., Lisa-Vargas, I., Seemann, S. E., Lee, J. T. H., Patikas, N., Kornum, B. R., Denham, M., Hyttel, P., Witter, M. P., Gorodkin, J., Pers, T. H., Hemberg, M., Khodosevich, K. & 1 flere, Hall, Vanessa Jane, 2022, I: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 976549.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    39. Udgivet

      Production of stellate cells from induced pluripotent stem cells to study Alzheimer's disease pathology

      Mogus, L., Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019. 1 s.

      Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceFormidling

    40. Udgivet

      Profiling microRNAs in lung tissue from pigs infected with Actinobacillus pleuropneumoniae

      Podolska, A., Anthon, Christian, Bak, M., Tommerup, Niels, Skovgaard, K., Heegaard, P. M., Gorodkin, Jan, Cirera, S. & Fredholm, Merete, sep. 2012, I: B M C Genomics. 13, 1, s. 459

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    41. Udgivet

      Profiling of Ribose Methylations in RNA by High-Throughput Sequencing

      Birkedal, U., Christensen-Dalsgaard, M., Krogh, Nicolai, Radhakrishnan, S., Gorodkin, Jan & Nielsen, Henrik, 7 jan. 2015, I: Angewandte Chemie (International ed. in English). 54, 2, s. 451-455 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    42. Udgivet

      Progress and harmonization of gene editing to treat human diseases: Proceeding of COST Action CA21113 GenE-HumDi

      Cavazza, A., Hendel, A., Bak, R. O., Rio, P., Güell, M., Lainšček, D., Arechavala-Gomeza, V., Peng, L., Hapil, F. Z., Harvey, J., Ortega, F. G., Gonzalez-Martinez, C., Lederer, C. W., Mikkelsen, K., Gasiunas, G., Kalter, N., Gonçalves, M. A. F. V., Petersen, J., Garanto, A., Montoliu, L. & 20 flere, Maresca, M., Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan, Mazini, L., Sanchez, R., Rodriguez-Madoz, J. R., Maldonado-Pérez, N., Laura, T., Schmueck-Henneresse, M., Maccalli, C., Grünewald, J., Carmona, G., Kachamakova-Trojanowska, N., Miccio, A., Martin, F., Turchiano, G., Cathomen, T., Luo, Y., Tsai, S. Q. & Benabdellah, K., 2023, I: Molecular Therapy Nucleic Acids. 34, 14 s., 102066.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    43. Udgivet

      Protein-driven inference of miRNA-disease associations

      Mørk, S., Pletscher-Frankild, S., Palleja, A., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2014, I: Bioinformatics (Oxford, England). 30, 3, s. 392-397 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    44. Udgivet

      Quality Assessment of Domesticated Animal Genome Assemblies

      Seemann, Ernst Stefan, Anthon, Christian, Palasca, Oana & Gorodkin, Jan, 2015, I: Bioinformatics and Biology Insights. 9, Suppl 4, s. 49-58 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    45. Udgivet

      RAIN: RNA-protein Association and Interaction Networks

      Junge, A., Refsgaard, J. C., Garde, C., Pan, X., Santos, A., Alkan, F., Anthon, Christian, von Mering, C., Workman, C. T., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2017, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2017, 9 s., baw167.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    46. Udgivet

      RILogo: visualising RNA-RNA interactions

      Menzel, K. P., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 19, s. 2523-2526 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    47. Udgivet

      RIsearch: fast RNA-RNA interaction search using a simplified nearest-neighbor energy model

      Wenzel, Anne, Akbasli, E. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 21, s. 2738-2746 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    48. Udgivet

      RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA-RNA interactions and siRNA off-targets

      Alkan, F., Wenzel, Anne, Palasca, Oana, Kerpedjiev, P., Rudebeck, A. F., Stadler, P. F., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 8, 13 s., e60.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    49. Udgivet

      RNA 3D modules in genome-wide predictions of RNA 2D structure

      Theis, C., Zirbel, C. L., Zu Siederdissen, C. H., Anthon, Christian, Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: PLOS ONE. 10, 10, 13 s., e0139900.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    50. Udgivet

      RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments

      Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

    ID: 4356276