Jan Gorodkin
Professor
- 2012
- Udgivet
DeepBlockAlign: a tool for aligning RNA-seq profiles of read block patterns
Langenberger, D., Pundhir, Sachin, Ekstrøm, Claus Thorn, Stadler, P. F., Hoffmann, S. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 1, s. 17-24 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RILogo: visualising RNA-RNA interactions
Menzel, K. P., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 19, s. 2523-2526 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence and expression analysis of gaps in human chromosome 20
Minocherhomji, S., Seemann, Ernst Stefan, Mang, Y., Elschich, Z., Bak, M., Hansen, C., Papadopoulos, N., Josefsen, K., Nielsen, Henrik, Gorodkin, Jan, Tommerup, Niels & Silahtaroglu, Asli, aug. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6660-6672 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Profiling microRNAs in lung tissue from pigs infected with Actinobacillus pleuropneumoniae
Podolska, A., Anthon, Christian, Bak, M., Tommerup, Niels, Skovgaard, K., Heegaard, P. M., Gorodkin, Jan, Cirera, S. & Fredholm, Merete, sep. 2012, I: B M C Genomics. 13, 1, s. 459Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcripts with in silico predicted RNA structure are enriched everywhere in the mouse brain
Seemann, Ernst Stefan, Sunkin, S. M., Hawrylycz, M. J., Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2012, I: BMC Genomics. 13, 1, s. 214-227 14 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
RIsearch: fast RNA-RNA interaction search using a simplified nearest-neighbor energy model
Wenzel, Anne, Akbasli, E. & Gorodkin, Jan, 2012, I: Bioinformatics. 28, 21, s. 2738-2746 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2011
- Udgivet
From structure prediction to genomic screens for novel non-coding RNAs
Gorodkin, Jan & Hofacker, I. L., 2011, I: PLoS Computational Biology. 7, 8, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
maxAlike: maximum likelihood-based sequence reconstruction with application to improved primer design for unknown sequences
Menzel, K. P., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 3, s. 317-325 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast local fragment chaining using sum-of-pair gap costs
Otto, C., Hoffmann, S., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2011, I: Algorithms for Molecular Biology. 6, 4Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
PETcofold: predicting conserved interactions and structures of two multiple alignments of RNA sequences
Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gesell, T., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Bioinformatics. 27, 2, s. 211-219 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The PETfold and PETcofold web servers for intra- and intermolecular structures of multiple RNA sequences
Seemann, Ernst Stefan, Menzel, K. P., Backofen, R. & Gorodkin, Jan, 2011, I: Nucleic Acids Research. 39, Suppl. 2, s. W107-W111 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global microRNA analysis of the NCI-60 cancer cell panel
Søkilde, R., Kaczkowski, B., Podolska, A., Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Møller, S. & Litman, T., 2011, I: Molecular Cancer Therapeutics. 10, 3, s. 375-384 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2010
- Udgivet
De novo prediction of structured RNAs from genomic sequences
Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L., Þórarinsson, E., Yao, Z., Havgaard, Jakob Hull & Ruzzo, W. L., 2010, I: Trends in Biotechnology. 28, 1, s. 9-19 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A study of alternative splicing in the pig
Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2010, I: BMC Research Notes. 3, 123, 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Hierarchical folding of multiple sequence alignments for the prediction of structures and RNA-RNA interactions
Seemann, Ernst Stefan, Richter, A. S., Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2010, I: Algorithms for Molecular Biology. 5, 22, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2010.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- 2009
- Udgivet
Structural profiles of human miRNA families from pairwise clustering
Kaczkowski, B., Þórarinsson, E., Reiche, K., Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2009, I: Bioinformatics. 25, 3, s. 291-294 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The tedious task of finding homologous noncoding RNA genes
Menzel, K. P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, I: RNA: A publication of the RNA Society. 15, 12, s. 2075-2082 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Maximum likelihood estimation of weight matrices for targeted homology search
Menzel, P., Gorodkin, Jan & Stadler, P. F., 2009, Proceedings of the German Conference on Bioinformatics 2009. Grosse, I., Neumann, S., Posch, S., Schreiber, F. & Stadler, P. (red.). Gesellschaft für Informatik, s. 211-220 10 s. (Lecture Notes in Informatics).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Sequence assembly
Scheibye-Alsing, K., Hoffmann, S., Frankel, A. M., Jensen, P., Stadler, P. F., Mang, Y., Tommerup, Niels, Gilchrist, M. J., Hillig, A. N., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2009, I: Computational Biology and Chemistry. 33, 2, s. 121-136 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Zagrobelny, Mika, Scheibye-Alsing, K., Jensen, N. B., Møller, Birger Lindberg, Gorodkin, Jan & Bak, Søren, 2009, I: BMC Genomics. 10, 574, 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
- 2008
- Udgivet
Utilization of ESTs from Cassava: Progress on Development of EST-SSR Markers and an Oligo DNA Microarray
Ingelbrecht, I. L., Jørgensen, Kirsten, Bak, Søren, Gorodkin, Jan, Raji, A., Winter, S., Lokko, Y., Gedil, M., Anderson, J. V. & Møller, Birger Lindberg, 2008.Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning
- Udgivet
SNP-finding in pig mitochondrial ESTs
Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2008, I: Animal Genetics. 39, 2, s. 193-195 3 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Unifying evolutionary and thermodynamic information for RNA folding of multiple alignments
Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2008, I: Nucleic Acids Research. 36, 20, s. 6355-6362 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparative genomics beyond sequence-based alignments: RNA structures in the ENCODE regions
Þórarinsson, E., Yao, Z., Wiklund, E. D., Bramsen, J. B., Hansen, C., Kjems, J., Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2008, I: Genome Research. 18, 2, s. 242-251 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2007
- Udgivet
Semiautomated improvement of RNA alignments
Andersen, E. S., Lind-Thomsen, A., Knudsen, B., Kristensen, S. E., Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E., Larsen, N., Zwieb, C., Sestoft, P., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2007, I: RNA: A publication of the RNA Society. 13, 11, s. 1850-1859 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Gorodkin, J., Cirera, S., Hedegaard, J., Gilchrist, M. J., Panitz, F., Jørgensen, C., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T., Nielsen, B., Havgaard, J. H., Rosenkilde, C., Wang, J., Li, H., Li, R., Liu, B., Hu, S., Dong, W. & 16 flere, , 2007, I: Genome Biology. 8, R45, s. R45 16 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Fast pairwise structural RNA alignments by pruning of the dynamical programming matrix
Havgaard, Jakob Hull, Torarinsson, E. & Gorodkin, Jan, 2007, I: PLoS Computational Biology. 3, 10, s. 1896-1908 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification of 10 882 porcine microsatellite sequences and virtual mapping of 4528 of these sequences
Karlskov-Mortensen, Peter, Hu, Z. L., Gorodkin, Jan, Reecy, J. M. & Fredholm, Merete, 2007, I: Animal Genetics. 38, 4, s. 401-405 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Principles and limitations of computational microRNA gene and target finding
Lindow, M. & Gorodkin, Jan, 2007, I: DNA and Cell Biology. 26, 5, s. 339-351 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SNP mining porcine ESTs with MAVIANT, a novel tool for SNP evaluation and annotation
Panitz, F., Stengaard, H., Hornshøj, H., Gorodkin, J., Hedegaard, J., Cirera, S., Thomsen, B. S., Madsen, L. B., Høj, A., Vingborg, R., Zahn, B., Wang, X., Wang, X., Wernersson, R., Jørgensen, C. B., Scheibye-Knudsen, K., Arvin, T., Lumholdt, S., Sawera, M., Green, T. & 5 flere, , 2007, I: Bioinformatics. 23, 13, s. i387-91 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
EST analysis on pig mitochondria reveal novel expression differences between developmental and adult tissues
Scheibye-Alsing, K., Cirera, Susanna, Gilchrist, M. J., Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 367, 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Detection of RNA structures in porcine EST data and related mammals
Seemann, Ernst Stefan, Gilchrist, M. J., Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2007, I: BMC Genomics. 8, 316, 17 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Multiple structural alignment and clustering of RNA sequences: sequence analysis
Torarinsson, E., Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2007, I: Bioinformatics. 23, 8, s. 926-32 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2006
- Udgivet
The tmRDB and SRPDB resources
Andersen, E. S., Rosenblad, M. A., Larsen, N., Westergaard, Jesper Cairo, Burks, J., Wower, I. K., Wower, J., Gorodkin, Jan, Samuelsson, T. & Zwieb, C., 2006, I: Nucleic Acids Research. 34, s. D163-D168 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
MicroRNA sequence motifs reveal asymmetry between the stem arms
Gorodkin, Jan, Havgaard, Jakob Hull, Ensterö, M., Sawera, M., Jensen, P., Öhman, M. & Fredholm, Merete, 2006, I: Computational Biology and Chemistry. 30, 4, s. 249-254 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Linkage mapping of gene-associated SNPs to pig chromosome 11
Sawera, M., Cirera, Susanna, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan & Fredholm, Merete, 2006, I: Animal Genetics. 37, 3, s. 199-204 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Thousands of corresponding human and mouse genomic regions unalignable in primary sequence contain common RNA structure
Torarinsson, E., Sawera, M., Havgaard, Jakob Hull, Fredholm, Merete & Gorodkin, Jan, 2006, I: Genome Research. 16, 7, s. 885-889 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2005
- Udgivet
Pairwise local structural alignment of RNA sequences with sequence similarity less than 40%
Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B., Stormo, G. D. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Bioinformatics. 21, 9, s. 1815-1824 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The FOLDALIGN web server for pairwise structural RNA alignment and mutual motif search
Havgaard, Jakob Hull, Lyngsø, R. B. & Gorodkin, Jan, 2005, I: Nucleic Acids Research. 33, s. W650-W653 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
A high-resolution comparative map between pig chromosome 17 and human chromosomes 4, 8, and 20: Identification of synteny breakpoints
Lahbib-Mansais, Y., Karlskov-Mortensen, Peter, Mompart, F., Milan, D., Jørgensen, Claus Bøttcher, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Faraut, T., Yerle, M. & Fredholm, Merete, 2005, I: Genomics. 86, 4, s. 405-413 9 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pigs in sequence space: a 0.66X coverage Sino-Danish pig genome survey
Rasmus, W., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, Jan, Panitz, F., Stærfeldt, H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, Merete, Brunak, S., Yang, H. & Bolund, L., 2005. 1 s.Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning
- Udgivet
Mapping and expression studies of the mir17-92 cluster on pig chromosome 11
Sawera, M., Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 2005, I: Mammalian Genome. 16, 8, s. 594-598 5 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pigs in sequence space: a 0.66X coverage pig genome survey based on shotgun sequencing
Wernersson, R., Schierup, M. H., Jørgensen, F. G., Gorodkin, J., Panitz, F., Stærfeldt, H-H., Christensen, O. F., Mailund, T., Hornshøj, H., Klein, A., Wang, J., Liu, B., Hu, S., Dong, W., Li, W., Wong, G. K. S., Yu, J., Wang, J., Bendixen, C., Fredholm, M. & 3 flere, , 2005, I: BMC Genomics. 70, 6, s. 1-7 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2004
- Udgivet
RNA interactions in the 5' region of the HIV-1 genome
Damgaard, C. K., Andersen, E. S., Knudsen, B., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2004, I: Journal of Molecular Biology. 336, 2, s. 369-379 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Comparing two K-category assignments by a K-category correlation coefficient
Gorodkin, Jan, 2004, I: Computational Biology and Chemistry. 28, 5-6, s. 367-374 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Evolutionary rate variation and RNA secondary structure prediction
Knudsen, B., Andersen, E. S., Damgaard, C., Kjems, J. & Gorodkin, Jan, 2004, I: Computational Biology and Chemistry. 28, 3, s. 219-226 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2003
- Udgivet
SRPDB: Signal Recognition Particle Database
Rosenblad, M. A., Gorodkin, Jan, Knudsen, B., Zwieb, C. & Samuelsson, T., 2003, I: Nucleic Acids Research. 31, 1, s. 363-364 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 4356276
Flest downloads
-
2863
downloads
Porcine transcriptome analysis based on 97 non-normalized cDNA libraries and assembly of 1,021,891 expressed sequence tags
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1378
downloads
454 pyrosequencing based transcriptome analysis of Zygaena filipendulae with focus on genes involved in biosynthesis of cyanogenic glucosides
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
1305
downloads
Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet