Mani Arumugam

Mani Arumugam

ORCID: 0000-0002-0886-9101

Udgivelsesår:
Alle
1 - 50 ud af 77Pr. side: 50
Sortering: Udgivelsesdato
  1. 2004
  2. Udgivet

    EMPRR: A high-dimensional EM-based piecewise regression algorithm

    Arumugam, Mani & Scott, S. D., 2004, Proceedings of the 2004 International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA '04. Kantardzic, M., Nasraoui, O. & Milanova, M. (red.). s. 264-271 8 s. (Proceedings of the 2004 International Conference on Machine Learning and Applications, ICMLA '04).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

  3. Udgivet

    Genome sequence of the Brown Norway rat yields insights into mammalian evolution

    Gibbs, R. A., Weinstock, G. M., Metzker, M. L., Muzny, D. M., Sodergren, E. J., Scherer, S., Scott, G., Steffen, D., Worley, K. C., Burch, P. E., Okwuonu, G., Hines, S., Lewis, L., DeRamo, C., Delgado, O., Dugan-Rocha, S., Miner, G., Morgan, M., Hawes, A., Gill, R. & 31 flere, Celera, Holt, R. A., Adams, M. D., Amanatides, P. G., Baden-Tillson, H., Barnstead, M., Chin, S., Evans, C. A., Ferriera, S., Fosler, C., Glodek, A., Gu, Z., Jennings, D., Kraft, C. L., Nguyen, T., Pfannkoch, C. M., Sitter, C., Sutton, G. G., Venter, J. C., Woodage, T., Smith, D., Lee, H., Gustafson, E., Cahill, P., Kana, A., Doucette-Stamm, L., Weinstock, K., Fechtel, K., Weiss, R. B., Arumugam, Mani & Rat Genome Sequencing Project Consortium, R. G. S. P. C., 2004, I: Nature. 428, 6982, s. 493-521 29 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  4. Udgivet

    Identification of rat genes by TWINSCAN gene prediction, RT-PCR, and direct sequencing

    Wu, J. Q., Shteynberg, D., Arumugam, Mani, Gibbs, R. A. & Brent, M. R., 2004, I: Genome Research. 14, 4, s. 665-71 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  5. 2005
  6. Udgivet

    Closing in on the C. elegans ORFeome by cloning TWINSCAN predictions

    Wei, C., Lamesch, P., Arumugam, Mani, Rosenberg, J., Hu, P., Vidal, M. & Brent, M. R., 2005, I: Genome Research. 15, 4, s. 577-82 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  7. 2006
  8. Udgivet

    Molecular properties of adult mouse gastric and intestinal epithelial progenitors in their niches

    Giannakis, M., Stappenbeck, T. S., Mills, J. C., Leip, D. G., Lovett, M., Clifton, S. W., Ippolito, J. E., Glasscock, J. I., Arumugam, Mani, Brent, M. R. & Gordon, J. I., 2006, I: Journal of Biological Chemistry. 281, 16, s. 11292-300 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  9. Udgivet

    Pairagon+N-SCAN_EST: a model-based gene annotation pipeline

    Arumugam, Mani, Wei, C., Brown, R. H. & Brent, M. R., 2006, I: Genome Biology (Online Edition). 7 Suppl 1, s. S5.1-10

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  10. 2007
  11. Udgivet

    The Treeterbi and Parallel Treeterbi algorithms: efficient, optimal decoding for ordinary, generalized and pair HMMs.

    Keibler, E., Arumugam, Mani & Brent, M. R., mar. 2007, I: Bioinformatics. 23, 5, s. 545-554 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  12. 2009
  13. Udgivet

    Pairagon: a highly accurate, HMM-based cDNA-to-genome aligner.

    Lu, D. V., Brown, R. H., Arumugam, Mani & Brent, M. R., jul. 2009, I: Bioinformatics. 25, 13, s. 1587-1593 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  14. Udgivet

    Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium.

    Güell, M., van Noort, V., Yus, E., Chen, W., Leigh-Bell, J., Michalodimitrakis, K., Yamada, T., Arumugam, Mani, Doerks, T., Kühner, S., Rode, M., Suyama, M., Schmidt, S., Gavin, A., Bork, P. & Serrano, L., nov. 2009, I: Science. 326, 5957, s. 1268-1271 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  15. 2010
  16. Udgivet

    A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing

    MetaHIT Consortium, M. C., 2010, I: Nature. 464, 7285, s. 59-65 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  17. Udgivet

    SmashCell: A software framework for the analysis of single-cell amplified genome sequences.

    Harrington, E. D., Arumugam, Mani, Raes, J., Bork, P. & Relman, D. A., okt. 2010, I: Bioinformatics. 26, 23, s. 2979-2980 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  18. Udgivet

    SmashCommunity: A metagenomic annotation and analysis tool.

    Arumugam, Mani, Harrington, E. D., Foerstner, K. U., Raes, J. & Bork, P., okt. 2010, I: Bioinformatics. 26, 23, s. 2977-2978 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  19. 2011
  20. Udgivet

    Enterotypes of the human gut microbiome: [Plus]Corrigendum [Plus]Addendum

    Arumugam, M., Raes, J., Pelletier, E., Le Paslier, D., Yamada, T., Mende, D. R., Fernandes, G. R., Tap, J., Bruls, T., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Borruel, N., Casellas, F., Fernandez, L., Gautier, L., Hansen, T., Hattori, M., Hayashi, T., Kleerebezem, M., Kurokawa, K. & 31 flere, Leclerc, M., Levenez, F., Manichanh, C., Nielsen, H. B., Nielsen, T., Pons, N., Poulain, J., Qin, J., Sicheritz-Ponten, T., Tims, S., Torrents, D., Ugarte, E., Zoetendal, E. G., Wang, J., Guarner, F., Pedersen, Oluf Borbye, de Vos, W. M., Brunak, Søren, Doré, J., Antolín, M., Artiguenave, F., Blottiere, H. M., Almeida, M., Brechot, C., Cara, C., Chervaux, C., Cultrone, A., Delorme, C., Denariaz, G., Kristiansen, Karsten & MetaHIT Consortium, M. C., 2011, I: Nature. 473, 7346, s. 174-180 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  21. Udgivet

    Insight into structure and assembly of the nuclear pore complex by utilizing the genome of a eukaryotic thermophile

    Amlacher, S., Sarges, P., Flemming, D., van Noort, V., Kunze, R., Devos, D. P., Arumugam, Mani, Bork, P. & Hurt, E., 2011, I: Cell. 146, 2, s. 277-89 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  22. Udgivet

    Minimum information about a marker gene sequence (MIMARKS) and minimum information about any (x) sequence (MIxS) specifications

    Yilmaz, P., Kottmann, R., Field, D., Knight, R., Cole, J. R., Amaral-Zettler, L., Gilbert, J. A., Karsch-Mizrachi, I., Johnston, A., Cochrane, G., Vaughan, R., Hunter, C., Park, J., Morrison, N., Rocca-Serra, P., Sterk, P., Arumugam, M., Bailey, M., Baumgartner, L., Birren, B. W. & 78 flere, Blaser, M. J., Bonazzi, V., Booth, T., Bork, P., Bushman, F. D., Buttigieg, P. L., Chain, P. S. G., Charlson, E., Costello, E. K., Huot-Creasy, H., Dawyndt, P., DeSantis, T., Fierer, N., Fuhrman, J. A., Gallery, R. E., Gevers, D., Gibbs, R. A., San Gil, I., Gonzalez, A., Gordon, J. I., Guralnick, R., Hankeln, W., Highlander, S., Hugenholtz, P., Jansson, J., Kau, A. L., Kelley, S. T., Kennedy, J., Knights, D., Koren, O., Kuczynski, J., Kyrpides, N., Larsen, R., Lauber, C. L., Legg, T., Ley, R. E., Lozupone, C. A., Ludwig, W., Lyons, D., Maguire, E., Methé, B. A., Meyer, F., Muegge, B., Nakielny, S., Nelson, K. E., Nemergut, D., Neufeld, J. D., Newbold, L. K., Oliver, A. E., Pace, N. R., Palanisamy, G., Peplies, J., Petrosino, J., Proctor, L., Pruesse, E., Quast, C., Raes, J., Ratnasingham, S., Ravel, J., Relman, D. A., Assunta-Sansone, S., Schloss, P. D., Schriml, L., Sinha, R., Smith, M. I., Sodergren, E., Spo, A., Stombaugh, J., Tiedje, J. M., Ward, D. V., Weinstock, G. M., Wendel, D., White, O., Whiteley, A., Wilke, A., Wortman, J. R., Yatsunenko, T. & Glöckner, F. O., 2011, I: Nature Biotechnology. 29, 5, s. 415-20 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  23. 2012
  24. Udgivet

    Assessment of metagenomic assembly using simulated next generation sequencing data

    Mende, D. R., Waller, A. S., Sunagawa, S., Järvelin, A. I., Chan, M. M., Arumugam, Mani, Raes, J. & Bork, P., 2012, I: P L o S One. 7, 2, s. e31386

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  25. MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit

    Kultima, J. R., Sunagawa, S., Li, J., Chen, W., Chen, H., Mende, D. R., Arumugam, Mani, Pan, Q., Liu, B., Qin, J., Wang, J. & Bork, P., 2012, I: PLOS ONE. 7, 10, s. e47656

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  26. Udgivet

    The human small intestinal microbiota is driven by rapid uptake and conversion of simple carbohydrates

    Zoetendal, E. G., Raes, J., van den Bogert, B., Arumugam, Mani, Booijink, C. C. G. M., Troost, F. J., Bork, P., Wels, M., de Vos, W. M. & Kleerebezem, M., 2012, I: I S M E Journal. 6, 7, s. 1415-26 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  27. 2013

  28. Consistent mutational paths predict eukaryotic thermostability

    van Noort, V., Bradatsch, B., Arumugam, Mani, Amlacher, S., Bange, G., Creevey, C., Falk, S., Mende, D. R., Sinning, I., Hurt, E. & Bork, P., 2013, I: B M C Evolutionary Biology. 13, s. 7

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  29. Udgivet

    Genomic variation landscape of the human gut microbiome

    Schloissnig, S., Arumugam, Mani, Sunagawa, S., Mitreva, M., Tap, J., Zhu, A., Waller, A., Mende, D. R., Kultima, J. R., Martin, J., Kota, K., Sunyaev, S. R., Weinstock, G. M. & Bork, P., 2013, I: Nature. 493, 7430, s. 45-50 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  30. Udgivet

    Metagenomic species profiling using universal phylogenetic marker genes

    Sunagawa, S., Mende, D. R., Zeller, G., Izquierdo-Carrasco, F., Berger, S. A., Kultima, J. R., Coelho, L. P., Arumugam, M., Tap, J., Nielsen, H. B., Rasmussen, S., Brunak, S., Pedersen, O. B., Guarner, F., de Vos, W. M., Wang, J., Li, J., Doré, J., Ehrlich, S. D., Stamatakis, A. & 1 flere, Bork, P., 2013, I: Nature Methods. 10, 12, s. 1196-1199 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  31. Udgivet

    Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers

    Le Chatelier, E., Nielsen, T., Qin, J., Prifti, E., Hildebrand, F., Falony, G., Almeida, M., Arumugam, M., Batto, J-M., Kennedy, S., Leonard, P., Li, J., Burgdorf, K. S., Grarup, N., Jørgensen, T., Brandslund, I., Nielsen, H. B., Juncker, A., dos Santos, M. B. Q., Levenez, F. & 62 flere, Pons, N., Rasmussen, Simon, Sunagawa, S., Tap, J., Tims, S., Zoetendal, E. G., Brunak, S., Clément, K., Doré, J., Kleerebezem, M., Kristiansen, Karsten, Renault, P., Sicheritz-Ponten, T., de Vos, W. M., Zucker, J., Raes, J., Hansen, Torben, Bork, P., Wang, J., Ehrlich, S. D., Pedersen, Oluf Borbye, Guedon, E., Delorme, C., Layec, S., Khaci, G., van de Guchte, M., Vandemeulebrouck, G., Jamet, A., Dervyn, R., Sanchez, N., Maguin, E., Haimet, F., Winogradski, Y., Cultrone, A., Leclerc, M., Juste, C., Blottière, H., Pelletier, E., LePaslier, D., Artiguenave, F., Bruls, T., Weissenbach, J., Turner, K., Parkhill, J., Antolin, M., Manichanh, C., Casellas, F., Boruel, N., Varela, E., Torrejon, A., Guarner, F., Denariaz, G., Derrien, M., van Hylckama Vlieg, J. E. T., Veiga, P., Oozeer, R., Knol, J., Rescigno, M., Brechot, C., Mérieux, A., M'Rini, C. & Yamada, T., 2013, I: Nature. 500, 7464, s. 541-546 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  32. Udgivet

    Country-specific antibiotic use practices impact the human gut resistome

    Forslund, K., Sunagawa, S., Kultima, J. R., Mende, D. R., Arumugam, Mani, Typas, A. & Bork, P., jul. 2013, I: Genome Research. 23, 7, s. 1163-9 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  33. 2014
  34. Udgivet

    An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome

    Li, J., Jia, H., Cai, X., Zhong, H., Feng, Q., Sunagawa, S., Arumugam, M., Kultima, J. R., Prifti, E., Nielsen, T., Juncker, A., Manichanh, C., Chen, B., Zhang, W., Levenez, F., Wang, J., Xu, X., Xiao, L., Liang, S., Zhang, D. & 17 flere, Zhang, Z., Chen, W., Zhao, H., Al-Aama, J. Y., Edris, S., Yang, H., Wang, J., Hansen, Torben, Nielsen, H. B., Brunak, S., Kristiansen, Karsten, Guarner, F., Pedersen, Oluf Borbye, Doré, J., Ehrlich, S. D., Bork, P. & Wang, J., 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 834-845 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  35. Udgivet

    Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes

    Nielsen, H. B., Almeida, M., Juncker, A., Rasmussen, S., Li, J., Sunagawa, S., Plichta, D. R., Gautier, L., Pedersen, A. G., Le Chatelier, E., Pelletier, E., Bonde, I., Nielsen, T., Manichanh, C., Arumugam, M., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Blom, N., Borruel, N., Burgdorf, K. S. & 31 flere, Boumezbeur, F., Casellas, F., Doré, J., Dworzynski, P., Guarner, F., Hansen, Torben, Hildebrand, F., Kaas, R. S., Kennedy, S., Kristiansen, Karsten, Kultima, J. R., Léonard, P., Levenez, F., Lund, O., Moumen, B., Le Paslier, D., Pons, N., Pedersen, Oluf Borbye, Prifti, E., Qin, J., Raes, J., Sørensen, Søren Johannes, Tap, J., Tims, S., Ussery, D., Yamada, T., Renault, P., Sicheritz-Pontén, T., Bork, P., Wang, J. & MetaHIT Consortium, M. C., 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 822–828 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  36. Udgivet

    Interplay between FGF21 and insulin action in the liver regulates metabolism

    Emanuelli, Brice, Vienberg, S. G., Smyth, G., Cheng, C., Stanford, K. I., Arumugam, Mani, Michael, M. D., Adams, A. C., Kharitonenkov, A. & Kahn, C. R., 3 feb. 2014, I: The Journal of Clinical Investigation. 124, 2, s. 515-27 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  37. 2015
  38. Udgivet

    A catalog of the mouse gut metagenome: [incl. Author Correction]

    Xiao, L., Feng, Q., Liang, S., Sonne, S. B., Xia, Z., Qiu, X., Li, X., Long, H., Zhang, J., Zhang, D., Liu, C., Fang, Z., Chou, J., Glanville, J., Hao, Q., Kotowska, D. E., Colding, C. S., Licht, T. R., Wu, D., Yu, J. & 17 flere, Sung, J. J. Y., Liang, Q., Li, J., Jia, H., Lan, Z., Tremaroli, V., Dworzynski, P., Nielsen, H. B., Bäckhed, G. F., Dore, J., Le Chatelier, E., Ehrlich, S. D., Lin, J. C., Arumugam, Mani, Wang, J., Madsen, L. & Kristiansen, Karsten, 2015, I: Nature Biotechnology. 33, 10, s. 1103-1108 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  39. Udgivet

    Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota

    Forslund, K., Hildebrand, F., Nielsen, T., Falony, G., Le Chatelier, E., Sunagawa, S., Prifti, E., Vieira-Silva, S., Gudmundsdottir, V., Pedersen, H. K., Arumugam, M., Kristiansen, K., Yvonne Voigt, A., Vestergaard, H., Hercog, R., Igor Costea, P., Roat Kultima, J., Li, J., Jørgensen, T., Levenez, F. & 9 flere, Dore, J., Nielsen, H. B., Brunak, Søren, Raes, J., Hansen, Torben, Wang, J., Dusko Ehrlich, S., Bork, P. & Pedersen, Oluf Borbye, 2015, I: Nature. 528, 7581, s. 262-266 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  40. Udgivet

    Gut microbiome development along the colorectal adenoma-carcinoma sequence

    Feng, Q., Liang, S., Jia, H., Stadlmayr, A., Tang, L., Lan, Z., Zhang, D., Xia, H., Xu, X., Jie, Z., Su, L., Li, X., Li, X., Li, J., Xiao, L., Huber-Schönauer, U., Niederseer, D., Xu, X., Al-Aama, J. Y., Yang, H. & 6 flere, Wang, J., Kristiansen, Karsten, Arumugam, Mani, Tilg, H., Datz, C. & Wang, J., 2015, I: Nature Communications. 6, 13 s., 6528.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  41. Udgivet

    Interplay between FGF21 and insulin action in the liver regulates metabolism

    Emanuelli, Brice, Vienberg, S. G., Smyth, G., Cheng, C., Stanford, K. I., Arumugam, Mani, Michael, M. D., Adams, A. C., Kharitonenkov, A. & Kahn, C. R., jan. 2015, I: The Journal of Clinical Investigation. 125, 1, s. 458

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning › fagfællebedømt

  42. 2016
  43. Udgivet

    An Improved Method for High Quality Metagenomics DNA Extraction from Human and Environmental Samples

    Bag, S., Saha, B., Mehta, O., Anbumani, D., Kumar, N., Dayal, M., Pant, A., Kumar, P., Saxena, S., Allin, K. H., Hansen, T., Arumugam, M., Vestergaard, H., Pedersen, O., Pereira, V., Abraham, P., Tripathi, R., Wadhwa, N., Bhatnagar, S., Prakash, V. G. & 7 flere, Radha, V., Anjana, R. M., Mohan, V., Takeda, K., Kurakawa, T., Nair, G. B. & Das, B., 2016, I: Scientific Reports. 6, 9 s., 26775.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  44. Udgivet

    Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity

    Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Nielsen, H. B., Hyotylainen, T., Nielsen, T., Jensen, B. A. H., Forslund, K., Hildebrand, F., Prifti, E., Falony, G., Le Chatelier, E., Levenez, F., Doré, J., Mattila, I., Plichta, D. R., Pöhö, P., Hellgren, L. I., Arumugam, M., Sunagawa, S., Vieira-Silva, S. & 14 flere, Jørgensen, T., Holm, J. B., Trošt, K., Kristiansen, Karsten, Brix, Susanne, Raes, J., Wang, J., Hansen, Torben, Bork, P., Brunak, Søren, Oresic, M., Ehrlich, S. D., Pedersen, Oluf Borbye & MetaHIT Consortium, M. C., 2016, I: Nature. 535, 7612, s. 376-381 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  45. Udgivet

    Roux-en-Y gastric bypass surgery of morbidly obese patients induces swift and persistent changes of the individual gut microbiota

    Palleja, A., Kashani, A., Allin, K. H., Nielsen, T., Zhang, C., Li, Y., Brach, Thorsten, Liang, S., Feng, Q., Jørgensen, N. B., Bojsen-Møller, K. N., Dirksen, C., Burgdorf, Kristoffer Sølvsten, Holst, Jens Juul, Madsbad, Sten, Wang, J., Pedersen, Oluf Borbye, Hansen, Torben & Arumugam, Mani, 2016, I: Genome Medicine. 8, 13 s., 67.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  46. 2017
  47. Udgivet

    Metagenomic analysis of faecal microbiome as a tool towards targeted non-invasive biomarkers for colorectal cancer

    Yu, J., Feng, Q., Wong, S. H., Zhang, D., Liang, Q. Y., Qin, Y., Tang, L., Zhao, H., Stenvang, J., Li, Y., Wang, X., Xu, X., Chen, N., Wu, W. K. K., Al-Aama, J., Nielsen, H. J., Kiilerich, P., Jensen, B. A. H., Yau, T. O., Lan, Z. & 19 flere, Jia, H., Li, J., Xiao, L., Lam, T. Y. T., Ng, S. C., Cheng, A. S., Wong, V. W., Chan, F. K. L., Xu, X., Yang, H., Madsen, L., Datz, C., Tilg, H., Wang, J., Brünner, N., Kristiansen, Karsten, Arumugam, Mani, Sung, J. J. & Wang, J., 2017, I: Gut. 66, s. 70-78 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  48. Udgivet

    High-fat feeding rather than obesity drives taxonomical and functional changes in the gut microbiota in mice

    Xiao, L., Sonne, S. B., Feng, Q., Chen, N., Xia, Z., Li, X., Fang, Z., Zhang, D., Fjære, E., Midtbø, L. K., Derrien, M., Hugenholtz, F., Tang, L., Li, J., Zhang, J., Liu, C., Hao, Q., Vogel, U. B., Mortensen, A., Kleerebezem, M. & 8 flere, Licht, T. R., Yang, H., Wang, J., Li, Y., Arumugam, Mani, Wang, J., Madsen, L. & Kristiansen, Karsten, 8 apr. 2017, I: Microbiome. 5, 12 s., 43.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  49. Udgivet

    Corrigendum: Disentangling type 2 diabetes and metformin treatment signatures in the human gut microbiota

    Forslund, K., Hildebrand, F., Nielsen, T., Falony, G., Le Chatelier, E., Sunagawa, S., Prifti, E., Vieira-Silva, S., Gudmundsdottir, V., Pedersen, H. K., Arumugam, M., Kristiansen, K., Voigt, A. Y., Vestergaard, H., Hercog, R., Costea, P. I., Kultima, J. R., Li, J., Jørgensen, T., Levenez, F. & 10 flere, Doré, J., Nielsen, H. B., Brunak, Søren, Raes, J., Hansen, Torben, Wang, J., Ehrlich, S. D., Bork, P., Pedersen, Oluf Borbye & MetaHIT consortium, M. C., 3 maj 2017, I: Nature. 545, 116, 1 s., 22318.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Kommentar/debat › Forskning

  50. Udgivet

    Complete Genome Sequences of emm111 Type Streptococcus pyogenes Strain GUR, with Antitumor Activity, and Its Derivative Strain GURSA1 with an Inactivated emm Gene

    Suvorova, M. A., Tsapieva, A. N., Bak, Emilie Glad, Chereshnev, V. A., Kiseleva, E. P., Suvorov, A. N. & Arumugam, Mani, 21 sep. 2017, I: Genome Announcements. 5, 38, 2 s., e00939-17.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

  51. 2018
  52. Udgivet

    Antifibrotic and molecular aspects of rifaximin in alcoholic liver disease: study protocol for a randomized controlled trial

    Madsen, B. S., Trebicka, J., Thiele, M., Israelsen, M., Arumugam, Mani, Havelund, T. & Krag, A., 2018, I: Trials. 19, s. 1-5 5 s., 143.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  53. Udgivet

    Enterotypes in the landscape of gut microbial community composition

    Costea, P. I., Hildebrand, F., Manimozhiyan, A., Bäckhed, F., Blaser, M. J., Bushman, F. D., De Vos, W. M., Ehrlich, S. D., Fraser, C. M., Hattori, M., Huttenhower, C., Jeffery, I. B., Knights, D., Lewis, J. D., Ley, R. E., Ochman, H., O'Toole, P. W., Quince, C., Relman, D. A., Shanahan, F. & 9 flere, Sunagawa, S., Wang, J., Weinstock, G. M., Wu, G. D., Zeller, G., Zhao, L., Raes, J., Knight, R. & Bork, P., 2018, I: Nature Microbiology. 3, 1, s. 8-16 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  54. Udgivet

    Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure

    Palleja, A., Mikkelsen, K. H., Forslund, S. K., Kashani, A., Allin, K. H., Nielsen, T., Hansen, T. H., Liang, S., Feng, Q., Zhang, C., Pyl, P. T., Coelho, L. P., Yang, H., Wang, J., Typas, A., Nielsen, M. F., Nielsen, H. B., Bork, P., Wang, J., Vilsbøll, T. & 4 flere, Hansen, Torben, Knop, Filip Krag, Arumugam, Mani & Pedersen, Oluf Borbye, nov. 2018, I: Nature Microbiology. 3, 11, s. 1255-1265 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  55. Udgivet

    The role of the bacterial microbiota in alcoholic and non-alcoholic fatty liver disease

    Madsen, Anne Lundager, Brach, Thorsten, Kern, T., Bak, Emilie Glad, Nielsen, T. & Arumugam, Mani, 9 nov. 2018, The Human Gut-Liver-Axis in Health and Disease. Springer, s. 89-104 16 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning

  56. Udgivet

    The role of the mycobiota in the gut-liver axis

    Alvarez Silva, Maria Camila, Brach, Thorsten, Brejnrod, A. D. & Arumugam, Mani, 9 nov. 2018, The Human Gut-Liver-Axis in Health and Disease. Springer, s. 133-145 13 s.

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning

  57. 2019
  58. Udgivet

    Circulating microbiome in blood of different circulatory compartments

    Schierwagen, R., Alvarez Silva, Maria Camila, Madsen, M. S. A., Kolbe, C. C., Meyer, C., Thomas, D., Uschner, F. E., Magdaleno, F., Jansen, C., Pohlmann, A., Praktiknjo, M., Hischebeth, G. T., Molitor, E., Latz, E., Lelouvier, B., Trebicka, J. & Arumugam, Mani, 2019, I: Gut. 68, 3, s. 578-580

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

  59. Udgivet

    Compartmentalization of Immune Response and Microbial Translocation in Decompensated Cirrhosis

    Alvarez Silva, Maria Camila, Schierwagen, R., Pohlmann, A., Magdaleno, F., Uschner, F. E., Ryan, P., Vehreschild, M. J. G. T., Claria, J., Latz, E., Lelouvier, B., Arumugam, Mani & Trebicka, J., 2019, I: Frontiers in Immunology. 10, 11 s., 69.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  60. Udgivet

    Genes controlling the activation of natural killer lymphocytes are epigenetically remodeled in intestinal cells from germ-free mice

    Poupeau, A., Garde, C., Sulek, K., Citirikkaya, K., Treebak, Jonas Thue, Arumugam, Mani, Simar, D., Olofsson, L. E., Bäckhed, F. & Barrès, Romain, 2019, I: F A S E B Journal. 33, 2, s. 2719-2731 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  61. Udgivet

    Genetic studies of abdominal MRI data identify genes regulating hepcidin as major determinants of liver iron concentration

    Wilman, H. R., Parisinos, C. A., Atabaki-Pasdar, N., Kelly, M., Thomas, E. L., Neubauer, S., Jennison, C., Ehrhardt, B., Baum, P., Schoelsch, C., Freijer, J., Grempler, R., Graefe-Mody, U., Hennige, A., Dings, C., Lehr, T., Scherer, N., Sihinecich, I., Pattou, F., Raverdi, V. & 31 flere, Caiazzo, R., Torres, F., Verkindt, H., Mari, A., Tura, A., Giorgino, T., Bizzotto, Froguel, P., Brorsson, C., Brunak, Søren, De Masi, F., Pedersen, H., Banasik, Karina, Thomas, Cecilia Engel, Lundgaard, Agnete Troen, Nielsen, A., Mazzoni, G., Karaderi, Tugce, Rasmussen, Simon, Johansen, Joachim, Allesøe, R., Arumugam, Mani, Allin, K., Hansen, Torben, Hansen, T., Jonsson, Anna Elisabet, Pedersen, Oluf Borbye, Dutta, A., Vogt, J., drb459, drb459 & IMI-DIRECT consortium, I. C., 2019, I: Journal of Hepatology. 71, 3, s. 594-602 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  62. Udgivet

    Impaired glucose metabolism and altered gut microbiome despite calorie restriction of ob/ob mice

    Kashani, A., Brejnrod, A. D., Jin, C., Kern, T., Madsen, A. N., Holm, L. A., Gerber, G. K., Holm, Jens-Christian, Hansen, Torben, Holst, Birgitte & Arumugam, Mani, 2019, I: Animal Microbiome. 1, 1, 16 s., 11.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  63. Udgivet

    Meta-analysis of fecal metagenomes reveals global microbial signatures that are specific for colorectal cancer

    Wirbel, J., Pyl, P. T., Kartal, E., Zych, K., Kashani, A., Milanese, A., Fleck, J. S., Voigt, A. Y., Palleja, A., Ponnudurai, R., Sunagawa, S., Coelho, L. P., Schrotz-King, P., Vogtmann, E., Habermann, N., Niméus, E., Thomas, A. M., Manghi, P., Gandini, S., Serrano, D. & 15 flere, Mizutani, S., Shiroma, H., Shiba, S., Shibata, T., Yachida, S., Yamada, T., Waldron, L., Naccarati, A., Segata, N., Sinha, R., Ulrich, C. M., Brenner, H., Arumugam, Mani, Bork, P. & Zeller, G., 2019, I: Nature Medicine. 25, 4, s. 679-689 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  64. Udgivet

    Metagenomic analysis of colorectal cancer datasets identifies cross-cohort microbial diagnostic signatures and a link with choline degradation

    Thomas, A. M., Manghi, P., Asnicar, F., Pasolli, E., Armanini, F., Zolfo, M., Beghini, F., Manara, S., Karcher, N., Pozzi, C., Gandini, S., Serrano, D., Tarallo, S., Francavilla, A., Gallo, G., Trompetto, M., Ferrero, G., Mizutani, S., Shiroma, H., Shiba, S. & 19 flere, Shibata, T., Yachida, S., Yamada, T., Wirbel, J., Schrotz-King, P., Ulrich, C. M., Brenner, H., Arumugam, Mani, Bork, P., Zeller, G., Cordero, F., Dias-Neto, E., Setubal, J. C., Tett, A., Pardini, B., Rescigno, M., Waldron, L., Naccarati, A. & Segata, N., 2019, I: Nature Medicine. 25, 4, s. 667-678 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

  65. Udgivet

    Reproducible, interactive, scalable and extensible microbiome data science using QIIME 2

    Bolyen, E., Rideout, J. R., Dillon, M. R., Bokulich, N., Abnet, C. C., Al-Ghalith, G. A., Alexander, H., Alm, E. J., Arumugam, M., Asnicar, F., Bai, Y., Bisanz, J. E., Bittinger, K., Brejnrod, A., Brislawn, C. J., Brown, C. T., Callahan, B. J., Caraballo-Rodriguez, A. M., Chase, J., Cope, E. K. & 92 flere, Da Silva, R., Diener, C., Dorrestein, P. C., Douglas, G. M., Durall, D. M., Duvallet, C., Edwardson, C. F., Ernst, M., Estaki, M., Fouquier, J., Gauglitz, J. M., Gibbons, S. M., Gibson, D. L., Gonzalez, A., Gorlick, K., Guo, J., Hillmann, B., Holmes, S., Holste, H., Huttenhower, C., Huttley, G. A., Janssen, S., Jarmusch, A. K., Jiang, L., Kaehler, B. D., Bin Kang, K., Keefe, C. R., Keim, P., Kelley, S. T., Knights, D., Koester, I., Kosciolek, T., Kreps, J., Langille, M. G. I., Lee, J., Ley, R., Liu, Y., Loftfield, E., Lozupone, C., Maher, M., Marotz, C., Martin, B. D., McDonald, D., McIver, L. J., Melnik, A. V., Metcalf, J. L., Morgan, S. C., Morton, J. T., Naimey, A. T., Navas-Molina, J. A., Nothias, L. F., Orchanian, S. B., Pearson, T., Peoples, S. L., Petras, D., Preuss, M. L., Pruesse, E., Rasmussen, L. B., Rivers, A., Robeson, M. S. ,. I., Rosenthal, P., Segata, N., Shaffer, M., Shiffer, A., Sinha, R., Song, S. J., Spear, J. R., Swafford, A. D., Thompson, L. R., Torres, P. J., Trinh, P., Tripathi, A., Turnbaugh, P. J., Ul-Hasan, S., vander Hooft, J. J. J., Vargas, F., Vazquez-Baeza, Y., Vogtmann, E., von Hippel, M., Walters, W., Wan, Y., Wang, M., Warren, J., Weber, K. C., Williamson, C. H. D., Willis, A. D., Xu, Z. Z., Zaneveld, J. R., Zhang, Y., Zhu, Q., Knight, R. & Caporaso, J. G., 2019, I: Nature Biotechnology. 37, 8, s. 852-857

    Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

Forrige 1 2 Næste

ID: 41056735