Mani Arumugam
- Udgivet
Perturbation of gut microbiota decreases susceptibility but does not modulate ongoing autoimmune neurological disease
Gödel, C., Kunkel, B., Kashani, A., Lassmann, H., Arumugam, Mani & Krishnamoorthy, G., 2020, I: Journal of Neuroinflammation. 17, 1, s. 79Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Transcriptome complexity in a genome-reduced bacterium.
Güell, M., van Noort, V., Yus, E., Chen, W., Leigh-Bell, J., Michalodimitrakis, K., Yamada, T., Arumugam, Mani, Doerks, T., Kühner, S., Rode, M., Suyama, M., Schmidt, S., Gavin, A., Bork, P. & Serrano, L., nov. 2009, I: Science. 326, 5957, s. 1268-1271 4 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SmashCell: A software framework for the analysis of single-cell amplified genome sequences.
Harrington, E. D., Arumugam, Mani, Raes, J., Bork, P. & Relman, D. A., okt. 2010, I: Bioinformatics. 26, 23, s. 2979-2980 2 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impact of acute alcohol consumption on circulating microbiome in asymptomatic alcohol-related liver disease
Israelsen, M., Alvarez Silva, Maria Camila, Madsen, B. S., Hansen, C. D., Torp, N. C., Johansen, S., Hansen, J. K., Prier Lindvig, K., Insonere, J., Riviere, V., Juel, H. B., Brejnrod, A., Jensen, Lars Juhl, Thiele, M., Lelouvier, B., Hansen, Torben, Arumugam, Mani & Krag, A., 2024, I: Gut. 73, 6, s. 1041-1044 gutjnl-2023-330360.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Rifaximin-α for liver fibrosis in patients with alcohol-related liver disease (GALA-RIF): a randomised, double-blind, placebo-controlled, phase 2 trial
Israelsen, M., Madsen, B. S., Torp, N., Johansen, S., Hansen, C. D., Detlefsen, S., Andersen, P., Hansen, J. K., Lindvig, K. P., Rasmussen, D. N., Thorhauge, K. H., Kjærgaard, M., Karsdal, M., Hansen, Torben, Arumugam, Mani, Trebicka, J., Thiele, M., Krag, A. & GALAXY, G., 2023, I: The Lancet Gastroenterology and Hepatology. 8, 6, s. 523-532 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genomic diversity and ecology of human-associated Akkermansia species in the gut microbiome revealed by extensive metagenomic assembly
Karcher, N., Nigro, E., Puncochar, M., Blanco-Miguez, A., Ciciani, M., Manghi, P., Zolfo, M., Cumbo, F., Manara, S., Golzato, D., Cereseto, A., Arumugam, Mani, Bui, T. P. N., Tytgat, H. L. P., Valles-Colomer, M., de Vos, W. M. & Segata, N., 2021, I: Genome Biology. 22, 24 s., 209.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Impaired glucose metabolism and altered gut microbiome despite calorie restriction of ob/ob mice
Kashani, A., Brejnrod, A. D., Jin, C., Kern, T., Madsen, A. N., Holm, L. A., Gerber, G. K., Holm, Jens-Christian, Hansen, Torben, Holst, Birgitte & Arumugam, Mani, 2019, I: Animal Microbiome. 1, 1, 16 s., 11.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The Treeterbi and Parallel Treeterbi algorithms: efficient, optimal decoding for ordinary, generalized and pair HMMs.
Keibler, E., Arumugam, Mani & Brent, M. R., mar. 2007, I: Bioinformatics. 23, 5, s. 545-554 10 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
MOCAT: a metagenomics assembly and gene prediction toolkit
Kultima, J. R., Sunagawa, S., Li, J., Chen, W., Chen, H., Mende, D. R., Arumugam, Mani, Pan, Q., Liu, B., Qin, J., Wang, J. & Bork, P., 2012, I: PLOS ONE. 7, 10, s. e47656Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Richness of human gut microbiome correlates with metabolic markers
Le Chatelier, E., Nielsen, T., Qin, J., Prifti, E., Hildebrand, F., Falony, G., Almeida, M., Arumugam, M., Batto, J-M., Kennedy, S., Leonard, P., Li, J., Burgdorf, K. S., Grarup, N., Jørgensen, T., Brandslund, I., Nielsen, H. B., Juncker, A., dos Santos, M. B. Q., Levenez, F. & 62 flere, , 2013, I: Nature. 500, 7464, s. 541-546 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
An integrated catalog of reference genes in the human gut microbiome
Li, J., Jia, H., Cai, X., Zhong, H., Feng, Q., Sunagawa, S., Arumugam, M., Kultima, J. R., Prifti, E., Nielsen, T., Juncker, A., Manichanh, C., Chen, B., Zhang, W., Levenez, F., Wang, J., Xu, X., Xiao, L., Liang, S., Zhang, D. & 17 flere, , 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 834-845 12 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Metagenomic evidence for co-occurrence of antibiotic, biocide and metal resistance genes in pigs
Li, Xuan Ji, Rensing, C., Vestergaard, G., Arumugam, Mani, Nesme, Joseph, Gupta, S., Brejnrod, A. D. & Sørensen, Søren Johannes, 2022, I: Environment International. 158, 10 s., 106899.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Pairagon: a highly accurate, HMM-based cDNA-to-genome aligner.
Lu, D. V., Brown, R. H., Arumugam, Mani & Brent, M. R., jul. 2009, I: Bioinformatics. 25, 13, s. 1587-1593 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The role of the bacterial microbiota in alcoholic and non-alcoholic fatty liver disease
Madsen, Anne Lundager, Brach, Thorsten, Kern, T., Bak, Emilie Glad, Nielsen, T. & Arumugam, Mani, 9 nov. 2018, The Human Gut-Liver-Axis in Health and Disease. Springer, s. 89-104 16 s.Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Undervisning
- Udgivet
Antifibrotic and molecular aspects of rifaximin in alcoholic liver disease: study protocol for a randomized controlled trial
Madsen, B. S., Trebicka, J., Thiele, M., Israelsen, M., Arumugam, Mani, Havelund, T. & Krag, A., 2018, I: Trials. 19, s. 1-5 5 s., 143.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Assessment of metagenomic assembly using simulated next generation sequencing data
Mende, D. R., Waller, A. S., Sunagawa, S., Järvelin, A. I., Chan, M. M., Arumugam, Mani, Raes, J. & Bork, P., 2012, I: P L o S One. 7, 2, s. e31386Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Reporting guidelines for human microbiome research: the STORMS checklist
Mirzayi, C., Renson, A., Furlanello, C., Sansone, S. A., Zohra, F., Elsafoury, S., Geistlinger, L., Kasselman, L. J., Eckenrode, K., van de Wijgert, J., Loughman, A., Marques, F. Z., MacIntyre, D. A., Arumugam, M., Azhar, R., Beghini, F., Bergstrom, K., Bhatt, A., Bisanz, J. E., Braun, J. & 32 flere, , 2021, I: Nature Medicine. 27, 11, s. 1885-1892 8 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Identification and assembly of genomes and genetic elements in complex metagenomic samples without using reference genomes
Nielsen, H. B., Almeida, M., Juncker, A., Rasmussen, S., Li, J., Sunagawa, S., Plichta, D. R., Gautier, L., Pedersen, A. G., Le Chatelier, E., Pelletier, E., Bonde, I., Nielsen, T., Manichanh, C., Arumugam, M., Batto, J-M., dos Santos, M. B. Q., Blom, N., Borruel, N., Burgdorf, K. S. & 31 flere, , 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 8, s. 822–828 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Roux-en-Y gastric bypass surgery of morbidly obese patients induces swift and persistent changes of the individual gut microbiota
Palleja, A., Kashani, A., Allin, K. H., Nielsen, T., Zhang, C., Li, Y., Brach, Thorsten, Liang, S., Feng, Q., Jørgensen, N. B., Bojsen-Møller, K. N., Dirksen, C., Burgdorf, Kristoffer Sølvsten, Holst, Jens Juul, Madsbad, Sten, Wang, J., Pedersen, Oluf Borbye, Hansen, Torben & Arumugam, Mani, 2016, I: Genome Medicine. 8, 13 s., 67.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Recovery of gut microbiota of healthy adults following antibiotic exposure
Palleja, A., Mikkelsen, K. H., Forslund, S. K., Kashani, A., Allin, K. H., Nielsen, T., Hansen, T. H., Liang, S., Feng, Q., Zhang, C., Pyl, P. T., Coelho, L. P., Yang, H., Wang, J., Typas, A., Nielsen, M. F., Nielsen, H. B., Bork, P., Wang, J., Vilsbøll, T. & 4 flere, , nov. 2018, I: Nature Microbiology. 3, 11, s. 1255-1265 11 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Human gut microbes impact host serum metabolome and insulin sensitivity
Pedersen, H. K., Gudmundsdottir, V., Nielsen, H. B., Hyotylainen, T., Nielsen, T., Jensen, B. A. H., Forslund, K., Hildebrand, F., Prifti, E., Falony, G., Le Chatelier, E., Levenez, F., Doré, J., Mattila, I., Plichta, D. R., Pöhö, P., Hellgren, L. I., Arumugam, M., Sunagawa, S., Vieira-Silva, S. & 14 flere, , 2016, I: Nature. 535, 7612, s. 376-381 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Oral supplementation of nicotinamide riboside alters intestinal microbial composition in rats and mice, but not humans
Peluso, A. A., Lundgaard, A. T., Babaei, P., Mousovich-Neto, F., Rocha, A. L., Damgaard, M. V., Bak, E. G., Gnanasekaran, T., Dollerup, O. L., Trammell, S. A. J., Nielsen, T. S., Kern, T., Abild, C. B., Sulek, K., Ma, T., Gerhart-Hines, Z., Gillum, M. P., Arumugam, M., Ørskov, C., McCloskey, D. & 4 flere, , 2023, I: npj Aging. 9, 21 s., 7.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Butyrate producing colonic Clostridiales metabolise human milk oligosaccharides and cross feed on mucin via conserved pathways
Pichler, M. J., Yamada, C., Shuoker, B., Alvarez Silva, Maria Camila, Gotoh, A., Leth, M. L., Schoof, E., Katoh, T., Sakanaka, M., Katayama, T., Jin, C., Karlsson, N. G., Arumugam, Mani, Fushinobu, S. & Abou Hachem, M., 2020, I: Nature Communications. 11, 15 s., 3285.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Trans-ethnic gut microbial signatures of prediabetic subjects from India and Denmark
Pinna, N. K., Anjana, R. M., Saxena, S., Dutta, A., Gnanaprakash, V., Rameshkumar, G., Aswath, S., Raghavan, S., Rani, C. S. S., Radha, V., Balasubramanyam, M., Pant, A., Nielsen, T., Jørgensen, T., Færch, K., Kashani, A., Silva, M. C. A., Vestergaard, H., Hansen, T. H., Hansen, T. & 6 flere, , 2021, I: Genome Medicine. 13, 20 s., 36.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genes controlling the activation of natural killer lymphocytes are epigenetically remodeled in intestinal cells from germ-free mice
Poupeau, A., Garde, C., Sulek, K., Citirikkaya, K., Treebak, Jonas Thue, Arumugam, Mani, Simar, D., Olofsson, L. E., Bäckhed, F. & Barrès, Romain, 2019, I: F A S E B Journal. 33, 2, s. 2719-2731 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 41056735
Flest downloads
-
1248
downloads
A human gut microbial gene catalogue established by metagenomic sequencing
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
642
downloads
Circulating microbiome in blood of different circulatory compartments
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
448
downloads
An Improved Method for High Quality Metagenomics DNA Extraction from Human and Environmental Samples
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet