Matthias Mann

Matthias Mann

Professor, forskningschef, Professor


  1. 2013
  2. Proteomic approaches in circadian biology

    Robles, M. S. & Mann, Matthias, 2013, Handbook of experimental pharmacology: Circadian Clocks. s. 389-407 19 s. (Handbook of Experimental Pharmacology).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiFormidling

  3. Udgivet

    The SH2 domain interaction landscape

    Tinti, M., Kiemer, L., Costa, S., Miller, M. L., Sacco, F., Olsen, Jesper Velgaard, Carducci, M., Paoluzi, S., Langone, F., Workman, C., Blom, N., Machida, K., Thompson, C. M., Schutkowski, M., Brunak, Søren, Mann, Matthias, Mayer, B. J., Castagnoli, L. & Cesareni, G., 2013, I: Cell Reports. 3, 4, s. 1293-1305 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. The proteome of the calcified layer organic matrix of turkey (Meleagris gallopavo) eggshell

    Mann, K. & Mann, Matthias, 2013, I: Proteome Science. 11, 1, s. 40

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. 2012
  6. Udgivet

    Advancing cell biology through proteomics in space and time (PROSPECTS)

    Lamond, A. I., Uhlen, M., Horning, S., Makarov, A., Robinson, C. V., Serrano, L., Hartl, F. U., Baumeister, W., Werenskiold, A. K., Mann, Matthias, Andersen, J. S., Vorm, O., Linial, M. & Aebersold, R., 1 mar. 2012, I: Molecular & Cellular Proteomics. 11, 3, 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Proteomics for biomedicine: A half-completed journey

    Mann, Matthias, 1 feb. 2012, I: EMBO Molecular Medicine. 4, 2, s. 75-77 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Extensive quantitative remodeling of the proteome between normal colon tissue and adenocarcinoma

    Wiśniewski, J. R., Ostasiewicz, P., Duś, K., Zielińska, D. F., Gnad, F. & Mann, Matthias, 1 jan. 2012, I: Molecular Systems Biology. 8, 611.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. 1D and 2D annotation enrichment: a statistical method integrating quantitative proteomics with complementary high-throughput data

    Cox, J. & Mann, Matthias, 2012, I: B M C Bioinformatics. 13 Suppl 16, s. S12

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Correction to Feasibility of Large-Scale Phosphoproteomics with Higher Energy Collisional Dissociation Fragmentation

    Nagaraj, N., D'Souza, R. C. J., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2012, I: Journal of Proteome Research.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Proteomic investigations reveal a role for RNA processing factor THRAP3 in the DNA damage response

    Beli, P., Lukashchuk, N., Wagner, S. A., Weinert, B. T., Olsen, Jesper Velgaard, Baskcomb, L., Mann, Matthias, Jackson, S. P. & Choudhary, Chunaram, 2012, I: Molecular Cell. 46, 2, s. 212-25 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. 2011
  13. Udgivet

    A Proteome-wide, Quantitative Survey of In Vivo Ubiquitylation Sites Reveals Widespread Regulatory Roles

    Wagner, S. A., Beli, P., Weinert, B. T., Nielsen, Michael Lund, Cox, J., Mann, Matthias & Choudhary, Chunaram, 1 okt. 2011, I: Molecular and Cellular Proteomics. 10, 10, s. M111.013284

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Quantitative, high-resolution proteomics for data-driven systems biology

    Cox, J. & Mann, Matthias, 7 jul. 2011, I: Annual Review of Biochemistry. 80, s. 273-299 27 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Andromeda - a peptide search engine integrated into the MaxQuant environment

    Cox, J., Neuhauser, N., Michalski, A., Scheltema, R. A., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 apr. 2011, I: Journal of Proteome Research. 10, 4, s. 1794-805 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Effective representation and storage of mass spectrometry-based proteomic data sets for the scientific community

    Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 jan. 2011, I: Science Signaling. 4, 160, s. pe7

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    System-wide temporal characterization of the proteome and phosphoproteome of human embryonic stem cell differentiation

    Rigbolt, K. T. G., Prokhorova, T., Akimov, V., Løkkegaard, Jeanette, Johansen, P. T., Kratchmarova, I., Kassem, M. S. E., Mann, Matthias, Olsen, Jesper Velgaard & Blagoev, B., 2011, I: Science Signaling. 4, 164, s. rs3

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. 2010
  19. Udgivet

    Decoding signalling networks by mass spectrometry-based proteomics

    Choudhary, Chunaram & Mann, Matthias, 1 jun. 2010, I: Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 11, 6, s. 427-39 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Yeast expression proteomics by high-resolution mass spectrometry

    Walther, T. C., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 jan. 2010, I: Methods in Enzymology. 470, s. 259-80 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. MSQuant, an Open Source Platform for Mass Spectrometry-Based Quantitative Proteomics

    Mortensen, P., Gouw, J. W., Olsen, Jesper Velgaard, Ong, S., Rigbolt, K. T. G., Bunkenborg, J., Cox, J., Foster, L. J., Heck, A. J. R., Blagoev, B., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, jan. 2010, I: Journal of Proteome Research.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Quantitative phosphoproteomics reveals widespread full phosphorylation site occupancy during mitosis

    Olsen, Jesper Velgaard, Vermeulen, M., Santamaria, A., Kumar, C., Miller, M. L., Jensen, Lars Juhl, Gnad, F., Cox, J., Jensen, T. S., Nigg, E. A., Brunak, Søren & Mann, Matthias, 2010, I: Science Signaling. 3, 104, s. ra3 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. 2009
  24. A dual pressure linear ion trap orbitrap instrument with very high sequencing speed

    Olsen, Jesper Velgaard, Schwartz, J. C., Griep-Raming, J., Nielsen, Michael Lund, Damoc, E., Denisov, E., Lange, O., Remes, P., Taylor, D., Splendore, M., Wouters, E. R., Senko, M., Makarov, A., Mann, Matthias & Horning, S., 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 12, s. 2759-69 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Global and site-specific quantitative phosphoproteomics: principles and applications

    Macek, B., Mann, Matthias & Olsen, J. V., 2009, I: Annual Review of Pharmacology and Toxicology. 49, s. 199-221 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Global effects of kinase inhibitors on signaling networks revealed by quantitative phosphoproteomics

    Pan, C., Olsen, Jesper Velgaard, Daub, H. & Mann, Matthias, 2009, I: Molecular and Cellular Proteomics. 8, 12, s. 2796-808 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    High-accuracy identification and bioinformatic analysis of in vivo protein phosphorylation sites in yeast

    Gnad, F., de Godoy, L. M. F., Cox, J., Neuhauser, N., Ren, S., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2009, I: Proteomics. 9, 20, s. 4642-4652 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Lysine acetylation targets protein complexes and co-regulates major cellular functions

    Choudhary, Chunaram, Kumar, C., Gnad, F., Nielsen, Michael Lund, Rehman, M., Walther, T. C., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2009, I: Science. 325, 5942, s. 834-40 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Mislocalized activation of oncogenic RTKs switches downstream signaling outcomes

    Choudhary, Chunaram, Olsen, Jesper Velgaard, Brandts, C., Cox, J., Reddy, P. N. G., Böhmer, F. D., Gerke, V., Schmidt-Arras, D., Berdel, W. E., Müller-Tidow, C., Mann, Matthias & Serve, H., 2009, I: Molecular Cell. 36, 2, s. 326-39 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. 2008
  31. Identification of new chicken egg proteins by mass spectrometry-based proteomic analysis

    Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, MaĉEk, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, jun. 2008, I: World's Poultry Science Journal. 64, 2, s. 209-218 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. The serine/threonine/tyrosine phosphoproteome of the model bacterium Bacillus subtilis

    Macek, B., Mijakovic, I., Olsen, Jesper Velgaard, Gnad, F., Kumar, C., Jensen, P. R. & Mann, Matthias, feb. 2008, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 4, s. 697-707 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Quantitative phosphoproteome analysis of a mouse liver cell line reveals specificity of phosphatase inhibitors

    Pan, C., Gnad, F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2008, I: Proteomics. 8, 21, s. 4534-46 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. 2007
  35. Nanoelectrospray peptide mapping revisited: Composite survey spectra allow high dynamic range protein characterization without LCMS on an orbitrap mass spectrometer

    Lu, A., Waanders, L. F., Almeida, R., Li, G., Allen, M., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Bonaldi, T. & Mann, Matthias, 1 dec. 2007, I: International Journal of Mass Spectrometry. 268, 2-3, s. 158-167 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. MAPU: Max-Planck Unified database of organellar, cellular, tissue and body fluid proteomes

    Zhang, Y., Zhang, Y., Adachi, J., Olsen, Jesper Velgaard, Shi, R., de Souza, G., Pasini, E., Foster, L. J., Macek, B., Zougman, A., Kumar, C., Wisniewski, J. R., Jun, W. & Mann, Matthias, jan. 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, Database issue, s. D771-9

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. A mass spectrometry-friendly database for cSNP identification

    Schandorff, S., Olsen, Jesper Velgaard, Bunkenborg, J., Blagoev, B., Zhang, Y., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, 2007, I: Nature Methods. 4, 6, s. 465-6 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Functional characterization of Rad18 domains for Rad6, ubiquitin, DNA binding and PCNA modification

    Notenboom, V., Hibbert, R. G., van Rossum-Fikkert, S. E., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, Matthias & Sixma, T. K., 2007, I: Nucleic Acids Research. 35, 17, s. 5819-30 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Higher-energy C-trap dissociation for peptide modification analysis

    Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Lange, O., Makarov, A., Horning, S. & Mann, Matthias, 2007, I: Nature Methods. 4, 9, s. 709-12 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Noncovalent interaction between Ubc9 and SUMO promotes SUMO chain formation

    Knipscheer, P., van Dijk, W. J., Olsen, Jesper Velgaard, Mann, Matthias & Sixma, T. K., 2007, I: EMBO Journal. 26, 11, s. 2797-807 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. PHOSIDA (phosphorylation site database): management, structural and evolutionary investigation, and prediction of phosphosites

    Gnad, F., Ren, S., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Oroshi, M. & Mann, Matthias, 2007, I: Genome Biology. 8, 11, s. R250

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. Phosphoproteins of the chicken eggshell calcified layer

    Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, 2007, I: Proteomics. 7, 1, s. 106-15 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Phosphoproteome analysis of E. coli reveals evolutionary conservation of bacterial Ser/Thr/Tyr phosphorylation

    Macek, B., Gnad, F., Soufi, B., Kumar, C., Olsen, Jesper Velgaard, Mijakovic, I. & Mann, Matthias, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 7, 2, s. 299-307 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Quantitative proteomic assessment of very early cellular signaling events

    Dengjel, J., Akimov, V., Olsen, Jesper Velgaard, Bunkenborg, J., Mann, Matthias, Blagoev, B. & Andersen, J. S., 2007, I: Nature Biotechnology. 25, 5, s. 566-8 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Quantitative proteomic profiling of membrane proteins from the mouse brain cortex, hippocampus, and cerebellum using the HysTag reagent: mapping of neurotransmitter receptors and ion channels

    Olsen, Jesper Velgaard, Nielsen, P. A., Andersen, J. R., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., 2007, I: Brain Research. 1134, 1, s. 95-106 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. The low molecular weight proteome of Halobacterium salinarum

    Klein, C., Aivaliotis, M., Olsen, Jesper Velgaard, Falb, M., Besir, H., Scheffer, B., Bisle, B., Tebbe, A., Konstantinidis, K., Siedler, F., Pfeiffer, F., Mann, Matthias & Oesterhelt, D., 2007, I: Journal of Proteome Research. 6, 4, s. 1510-8 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. 2006
  48. Udgivet

    Actin homolog MreB and RNA polymerase interact and are both required for chromosome segregation in Escherichia coli

    Kruse, Thomas, Blagoev, B., Løbner-Olesen, Anders, Wachi, M., Sasaki, K., Iwai, N., Mann, Matthias & Gerdes, K., 1 jan. 2006, I: Genes & Development. 20, 1, s. 113-124 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Global, in vivo, and site-specific phosphorylation dynamics in signaling networks

    Olsen, Jesper Velgaard, Blagoev, B., Gnad, F., Macek, B., Kumar, C., Mortensen, P. & Mann, Matthias, 2006, I: Cell. 127, 3, s. 635-48 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. In-gel digestion for mass spectrometric characterization of proteins and proteomes

    Shevchenko, A., Tomas, H., Havlis, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Nature Protocols (Print Edition). 1, 6, s. 2856-60 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Status of complete proteome analysis by mass spectrometry: SILAC labeled yeast as a model system

    de Godoy, L. M. F., Olsen, Jesper Velgaard, de Souza, G. A., Li, G., Mortensen, P. & Mann, Matthias, 2006, I: Genome Biology. 7, 6, s. R50

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  52. The human urinary proteome contains more than 1500 proteins, including a large proportion of membrane proteins

    Adachi, J., Kumar, C., Zhang, Y., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Genome Biology. 7, 9, s. R80

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  53. Top-down protein sequencing and MS3 on a hybrid linear quadrupole ion trap-orbitrap mass spectrometer

    Macek, B., Waanders, L. F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Molecular and Cellular Proteomics. 5, 5, s. 949-58 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  54. 2005
  55. Parts per million mass accuracy on an Orbitrap mass spectrometer via lock mass injection into a C-trap

    Olsen, Jesper Velgaard, de Godoy, L. M. F., Li, G., Macek, B., Mortensen, P., Pesch, R., Makarov, A., Lange, O., Horning, S. & Mann, Matthias, 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 12, s. 2010-21 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  56. Proteomic mapping of brain plasma membrane proteins

    Nielsen, P. A., Olsen, Jesper Velgaard, Podtelejnikov, A. V., Andersen, J. R., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 4, s. 402-8 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  57. Quantitative phosphoproteomics applied to the yeast pheromone signaling pathway

    Gruhler, A., Olsen, Jesper Velgaard, Mohammed, S., Mortensen, P., Faergeman, N. J., Mann, Matthias & Jensen, O. N., 2005, I: Molecular and Cellular Proteomics. 4, 3, s. 310-27 17 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  58. 2004
  59. HysTag--a novel proteomic quantification tool applied to differential display analysis of membrane proteins from distinct areas of mouse brain

    Olsen, Jesper Velgaard, Andersen, J. R., Nielsen, P. A., Nielsen, Michael Lund, Figeys, D., Mann, Matthias & Wisniewski, J. R., jan. 2004, I: Molecular and Cellular Proteomics. 3, 1, s. 82-92 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  60. Improved peptide identification in proteomics by two consecutive stages of mass spectrometric fragmentation

    Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2004, I: Proceedings of the National Academy of Science of the United States of America. 101, 37, s. 13417-22 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 5650809