Matthias Mann

Matthias Mann

Professor, forskningschef, Professor


  1. 2012
  2. Udgivet

    Correction to Feasibility of Large-Scale Phosphoproteomics with Higher Energy Collisional Dissociation Fragmentation

    Nagaraj, N., D'Souza, R. C. J., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2012, I: Journal of Proteome Research.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. Udgivet

    Proteomic investigations reveal a role for RNA processing factor THRAP3 in the DNA damage response

    Beli, P., Lukashchuk, N., Wagner, S. A., Weinert, B. T., Olsen, Jesper Velgaard, Baskcomb, L., Mann, Matthias, Jackson, S. P. & Choudhary, Chunaram, 2012, I: Molecular Cell. 46, 2, s. 212-25 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Extensive quantitative remodeling of the proteome between normal colon tissue and adenocarcinoma

    Wiśniewski, J. R., Ostasiewicz, P., Duś, K., Zielińska, D. F., Gnad, F. & Mann, Matthias, 1 jan. 2012, I: Molecular Systems Biology. 8, 611.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Proteomics for biomedicine: A half-completed journey

    Mann, Matthias, 1 feb. 2012, I: EMBO Molecular Medicine. 4, 2, s. 75-77 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    Advancing cell biology through proteomics in space and time (PROSPECTS)

    Lamond, A. I., Uhlen, M., Horning, S., Makarov, A., Robinson, C. V., Serrano, L., Hartl, F. U., Baumeister, W., Werenskiold, A. K., Mann, Matthias, Andersen, J. S., Vorm, O., Linial, M. & Aebersold, R., 1 mar. 2012, I: Molecular & Cellular Proteomics. 11, 3, 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. 2013
  8. Proteomic approaches in circadian biology

    Robles, M. S. & Mann, Matthias, 2013, Handbook of experimental pharmacology: Circadian Clocks. s. 389-407 19 s. (Handbook of Experimental Pharmacology).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiFormidling

  9. Udgivet

    The SH2 domain interaction landscape

    Tinti, M., Kiemer, L., Costa, S., Miller, M. L., Sacco, F., Olsen, Jesper Velgaard, Carducci, M., Paoluzi, S., Langone, F., Workman, C., Blom, N., Machida, K., Thompson, C. M., Schutkowski, M., Brunak, Søren, Mann, Matthias, Mayer, B. J., Castagnoli, L. & Cesareni, G., 2013, I: Cell Reports. 3, 4, s. 1293-1305 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. The proteome of the calcified layer organic matrix of turkey (Meleagris gallopavo) eggshell

    Mann, K. & Mann, Matthias, 2013, I: Proteome Science. 11, 1, s. 40

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Quantification of the N-glycosylated secretome by super-SILAC during breast cancer progression and in human blood Samples

    Boersema, P. J., Geiger, T., Wiśniewski, J. R. & Mann, Matthias, 1 jan. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 1, s. 158-171 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Phosphorylation Variation during the Cell Cycle Scales with Structural Propensities of Proteins

    Tyanova, S., Frishman, D., Cox, J., Mann, Matthias & Olsen, Jesper Velgaard, 10 jan. 2013, I: P L o S Computational Biology (Online). 9, 1, s. e1002842 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Proteomic and genetic analyses demonstrate that Plasmodium berghei blood stages export a large and diverse repertoire of proteins

    Pasini, E. M., Braks, J. A., Fonager, J., Klop, O., Aime, E., Spaccapelo, R., Otto, T. D., Berriman, M., Hiss, J. A., Thomas, A. W., Mann, Matthias, Janse, C. J., Kocken, C. H. M. & Franke-Fayard, B., feb. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 2, s. 426-48 23 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. A systematic mammalian genetic interaction map reveals pathways underlying ricin susceptibility

    Bassik, M. C., Kampmann, M., Lebbink, R. J., Wang, S., Hein, M. Y., Poser, I., Weibezahn, J., Horlbeck, M. A., Chen, S., Mann, Matthias, Hyman, A. A., Leproust, E. M., McManus, M. T. & Weissman, J. S., 14 feb. 2013, I: Cell. 152, 4, s. 909-22 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    In Vivo SILAC-Based Proteomics Reveals Phosphoproteome Changes during Mouse Skin Carcinogenesis

    Zanivan, S., Meves, A., Behrendt, K., Schoof, E., Neilson, L. J., Cox, J., Tang, H. R., Kalna, G., van Ree, J. H., van Deursen, J. M., Trempus, C. S., Machesky, L. M., Linding, R., Wickström, S. A., Fässler, R. & Mann, Matthias, 21 feb. 2013, I: Cell Reports. 3, 2, s. 552-566 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    The Coming Age of Complete, Accurate, and Ubiquitous Proteomes

    Mann, Matthias, Kulak, N. A., Nagaraj, N. & Cox, J., 21 feb. 2013, I: Molecular Cell. 49, 4, s. 583-590 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Direct proteomic quantification of the secretome of activated immune cells

    Meissner, F., Scheltema, R. A., Mollenkopf, H. & Mann, Matthias, 26 apr. 2013, I: Science (New York, N.Y.). 340, 6131, s. 475-8 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. A SILAC-based approach identifies substrates of caspase-dependent cleavage upon TRAIL-induced apoptosis

    Stoehr, G., Schaab, C., Graumann, J. & Mann, Matthias, maj 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 5, s. 1436-50 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. Protein correlation profiles identify lipid droplet proteins with high confidence

    Krahmer, N., Hilger, M., Kory, N., Wilfling, F., Stoehr, G., Mann, Matthias, Farese, R. V. & Walther, T. C., maj 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 5, s. 1115-26 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Stabilization of integrin-linked kinase by the Hsp90-CHIP axis impacts cellular force generation, migration and the fibrotic response

    Radovanac, K., Morgner, J., Schulz, J., Blumbach, K., Patterson, C., Geiger, T., Mann, Matthias, Krieg, T., Eckes, B., Fässler, R. & Wickström, S. A., 15 maj 2013, I: E M B O Journal. 32, 10, s. 1409-24 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. The chromodomain helicase Chd4 is required for Polycomb-mediated inhibition of astroglial differentiation

    Sparmann, A., Xie, Y., Verhoeven, E., Vermeulen, M., Lancini, C., Gargiulo, G., Hulsman, D., Mann, Matthias, Knoblich, J. A. & van Lohuizen, M., 29 maj 2013, I: E M B O Journal. 32, 11, s. 1598-612 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. A large synthetic peptide and phosphopeptide reference library for mass spectrometry-based proteomics

    Marx, H., Lemeer, S., Schliep, J. E., Matheron, L., Mohammed, S., Cox, J., Mann, Matthias, Heck, A. J. R. & Kuster, B., jun. 2013, I: Nature Biotechnology. 31, 6, s. 557-64 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Initial quantitative proteomic map of 28 mouse tissues using the SILAC mouse

    Geiger, T., Velic, A., Macek, B., Lundberg, E., Kampf, C., Nagaraj, N., Uhlen, M., Cox, J. & Mann, Matthias, jun. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, 6, s. 1709-22 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Quantitative proteomic analysis reveals concurrent RNA-protein interactions and identifies new RNA-binding proteins in Saccharomyces cerevisiae

    Klass, D. M., Scheibe, M., Butter, F., Hogan, G. J., Mann, Matthias & Brown, P. O., jun. 2013, I: Genome Research. 23, 6, s. 1028-38 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. β1- and αv-class integrins cooperate to regulate myosin II during rigidity sensing of fibronectin-based microenvironments

    Schiller, H. B., Hermann, M., Polleux, J., Vignaud, T., Zanivan, S., Friedel, C. C., Sun, Z., Raducanu, A., Gottschalk, K., Théry, M., Mann, Matthias & Fässler, R., jun. 2013, I: Nature Cell Biology. 15, 6, s. 625-36 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  26. High performance computational analysis of large-scale proteome data sets to assess incremental contribution to coverage of the human genome

    Neuhauser, N., Nagaraj, N., McHardy, P., Zanivan, S., Scheltema, R., Cox, J. & Mann, Matthias, 7 jun. 2013, I: Journal of Proteome Research. 12, 6, s. 2858-68 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. HOT1 is a mammalian direct telomere repeat-binding protein contributing to telomerase recruitment

    Kappei, D., Butter, F., Benda, C., Scheibe, M., Draškovič, I., Stevense, M., Novo, C. L., Basquin, C., Araki, M., Araki, K., Krastev, D. B., Kittler, R., Jessberger, R., Londoño-Vallejo, J. A., Mann, Matthias & Buchholz, F., 12 jun. 2013, I: E M B O Journal. 32, 12, s. 1681-701 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Alleles of a polymorphic ETV6 binding site in DCDC2 confer risk of reading and language impairment

    Powers, N. R., Eicher, J. D., Butter, F., Kong, Y., Miller, L. L., Ring, S. M., Mann, Matthias & Gruen, J. R., 11 jul. 2013, I: American Journal of Human Genetics. 93, 1, s. 19-28 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Interaction between AP-5 and the hereditary spastic paraplegia proteins SPG11 and SPG15

    Hirst, J., Borner, G. H. H., Edgar, J., Hein, M. Y., Mann, Matthias, Buchholz, F., Antrobus, R. & Robinson, M. S., aug. 2013, I: Molecular Biology of the Cell. 24, 16, s. 2558-69 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. SILAC-based proteomics of human primary endothelial cell morphogenesis unveils tumor angiogenic markers

    Zanivan, S., Maione, F., Hein, M. Y., Hernández-Fernaud, J. R., Ostasiewicz, P., Giraudo, E. & Mann, Matthias, 26 aug. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. DEAD box protein DDX1 regulates cytoplasmic localization of KSRP

    Chou, C., Lin, W., Lin, C., Luber, C. A., Godbout, R., Mann, Matthias & Chen, C., 4 sep. 2013, I: P L o S One. 8, 9, e73752.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  32. Quantitative interaction screen of telomeric repeat-containing RNA reveals novel TERRA regulators

    Scheibe, M., Arnoult, N., Kappei, D., Buchholz, F., Decottignies, A., Butter, F. & Mann, Matthias, 22 okt. 2013, I: Genome Research.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Quantitative interaction screen of telomeric repeat-containing RNA reveals novel TERRA regulators

    Scheibe, M., Arnoult, N., Kappei, D., Buchholz, F., Decottignies, A., Butter, F. & Mann, Matthias, 22 okt. 2013, I: Genome Research.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. A DNA-Centric Protein Interaction Map of Ultraconserved Elements Reveals Contribution of Transcription Factor Binding Hubs to Conservation

    Viturawong, T., Meissner, F., Butter, F. & Mann, Matthias, 31 okt. 2013, I: Plant Cell Reports. 5, 2, s. 531-45 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  35. Udgivet

    Status of large-scale analysis of post-translational modifications by mass spectrometry

    Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 1 nov. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics. 12, s. 3444-52

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. N-linked glycosylation enrichment for in-depth cell surface proteomics of diffuse large B-cell lymphoma subtypes

    Deeb, S. J., Cox, J., Schmidt-Supprian, M. & Mann, Matthias, 4 nov. 2013, I: Molecular & Cellular Proteomics.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. 2014
  38. Udgivet

    Specificity and commonality of the phosphoinositide-binding proteome analyzed by quantitative mass spectrometry

    Jungmichel, S., Sylvestersen, K. B., Choudhary, Chunaram, Nguyen, S., Mann, Matthias & Nielsen, Michael Lund, 13 feb. 2014, I: Cell Reports. 6, 3, s. 578-91 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Time-resolved dissection of early phosphoproteome and ensuing proteome changes in response to TGF-β

    J D'Souza, R. C., Knittle, A. M., Nagaraj, N., van Dinther, M., Choudhary, Chunaram, Ten Dijke, P., Mann, Matthias & Sharma, K., jul. 2014, I: Science Signaling. 7, 335, s. rs5 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    The growing landscape of lysine acetylation links metabolism and cell signalling

    Choudhary, Chunaram, Weinert, B. T., Nishida, Y., Verdin, E. & Mann, Matthias, 23 jul. 2014, I: Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 15, 8, s. 536-50 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  41. Overexpression of Q-rich prion-like proteins suppresses polyQ cytotoxicity and alters the polyQ interactome

    Ripaud, L., Chumakova, V., Antonin, M., Hastie, A. R., Pinkert, S., Körner, R., Ruff, K. M., Pappu, R. V., Hornburg, D., Mann, Matthias, Hartl, F. U. & Hipp, M. S., 23 dec. 2014, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 111, 51, s. 18219-24 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. 2015
  43. Udgivet

    Proteomics reveals dynamic assembly of repair complexes during bypass of DNA cross-links

    Räschle, M., Smeenk, G., Hansen, R. K., Temu, T., Oka, Y., Hein, M. Y., Nagaraj, N., Long, D. T., Walter, J. C., Hofmann, K., Storchova, Z., Cox, J., Bekker-Jensen, Simon Holst, Mailand, Niels & Mann, Matthias, 2015, I: Science. 348, 6234, s. 539- 10 s., 1253671.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Mass Spectrometry of Human Leukocyte Antigen Class I Peptidomes Reveals Strong Effects of Protein Abundance and Turnover on Antigen Presentation

    Bassani-Sternberg, M., Pletscher-Frankild, S., Jensen, Lars Juhl & Mann, Matthias, mar. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 3, s. 658-73 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Single muscle fiber proteomics reveals unexpected mitochondrial specialization

    Murgia, M., Nagaraj, N., Deshmukh, Atul Shahaji, Zeiler, M., Cancellara, P., Moretti, I., Reggiani, C., Schiaffino, S. & Mann, Matthias, 1 mar. 2015, I: E M B O Reports. 16, 3, s. 387-95 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Antisense-mediated exon skipping: a therapeutic strategy for titin-based dilated cardiomyopathy

    Gramlich, M., Pane, L. S., Zhou, Q., Chen, Z., Murgia, M., Schötterl, S., Goedel, A., Metzger, K., Brade, T., Parrotta, E., Schaller, M., Gerull, B., Thierfelder, L., Aartsma-Rus, A., Labeit, S., Atherton, J. J., McGaughran, J., Harvey, R. P., Sinnecker, D., Mann, M. & 3 flere, Laugwitz, K., Gawaz, M. P. & Moretti, A., 9 mar. 2015, I: EMBO Molecular Medicine. 7, 5, s. 562-576 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Deep proteomics of mouse skeletal muscle enables quantitation of protein isoforms, metabolic pathways and transcription factors

    Deshmukh, Atul Shahaji, Murgia, M., Nagaraja, N., Treebak, Jonas Thue, Cox, J. & Mann, Matthias, apr. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 4, s. 841-853

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. A double-barrel LC-MS/MS system to quantify 96 interactomes per day

    Hosp, F., Scheltema, R. A., Eberl, C., Kulak, N. A., Keilhauer, E. C., Mayr, K. & Mann, Matthias, 17 apr. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 7, s. 2030-41 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Systems Analyses Reveal Shared and Diverse Attributes of Oct4 Regulation in Pluripotent Cells

    Ding, L., Paszkowski-Rogacz, M., Winzi, M., Chakraborty, D., Theis, M., Singh, S., Ciotta, G., Poser, I., Roguev, A., Chu, W. K., Choudhary, Chunaram, Mann, Matthias, Stewart, A. F., Krogan, N. & Buchholz, F., 26 aug. 2015, I: Cell Systems. 1, 2, s. 141-151 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Secretome Analysis of Lipid-Induced Insulin Resistance in Skeletal Muscle Cells by a Combined Experimental and Bioinformatics Workflow

    Deshmukh, Atul Shahaji, Cox, J., Jensen, Lars Juhl, Meissner, F. & Mann, Matthias, 6 nov. 2015, I: Journal of Proteome Research. 14, 11, s. 4885-95 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Mitochondrial specialization revealed by single muscle fiber proteomics: focus on the Krebs cycle

    Schiaffino, S., Reggiani, C., Kostrominova, T. Y., Mann, Matthias & Murgia, M., dec. 2015, I: Scandinavian Journal of Medicine & Science in Sports. 25, Suppl 4, s. 41-8 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  52. 2016
  53. Udgivet

    Proteomic maps of breast cancer subtypes

    Tyanova, S., Albrechtsen, Reidar, Kronqvist, P., Cox, J., Mann, Matthias & Geiger, T., 4 jan. 2016, I: Nature Communications. 7, 11 s., 10259.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  54. Udgivet

    TRAIP is a PCNA-binding ubiquitin ligase that protects genome stability after replication stress

    Hoffmann, Saskia, Smedegaard, S., Nakamura, K., Mortuza, G. B., Räschle, M., Ibañez de Opakua, A., Oka, Y., Feng, Y., Blanco, F. J., Mann, Matthias, Montoya, Guillermo, Groth, Anja, Bekker-Jensen, Simon Holst & Mailand, Niels, 4 jan. 2016, I: The Journal of Cell Biology. 212, 1, s. 63-75

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  55. Cytoplasmic protein aggregates interfere with nucleocytoplasmic transport of protein and RNA

    Woerner, A. C., Frottin, F., Hornburg, D., Feng, L. R., Meissner, F., Patra, M., Tatzelt, J., Mann, Matthias, Winklhofer, K. F., Hartl, F. U. & Hipp, M. S., 8 jan. 2016, I: Science (New York, N.Y.). 351, 6269, s. 173-6 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 5650809