Matthias Mann

Matthias Mann

Professor, forskningschef, Professor


  1. Linkage-specific ubiquitin chain formation depends on a lysine hydrocarbon ruler

    Liwocha, J., Krist, D. T., van der Heden van Noort, G. J., Hansen, F. M., Truong, V. H., Karayel, O., Purser, N., Houston, D., Burton, N., Bostock, M. J., Sattler, M., Mann, Matthias, Harrison, J. S., Kleiger, G., Ovaa, H. & Schulman, B. A., mar. 2021, I: Nature Chemical Biology. 17, 3, s. 272-279 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  2. Udgivet

    Democratizing knowledge representation with BioCypher

    Lobentanzer, S., Aloy, P., Baumbach, J., Bohar, B., Carey, V. J., Charoentong, P., Danhauser, K., Doğan, T., Dreo, J., Dunham, I., Farr, E., Fernandez-Torras, A., Gyori, B. M., Hartung, M., Hoyt, C. T., Klein, C., Korcsmaros, T., Maier, A., Mann, M., Ochoa, D. & 12 flere, Pareja-Lorente, E., Popp, F., Preusse, M., Probul, N., Schwikowski, B., Sen, B., Strauss, Maximilian, Turei, D., Ulusoy, E., Waltemath, D., Wodke, J. A. H. & Saez-Rodriguez, J., 2023, I: Nature Biotechnology. 41, s. 1056-1059

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  3. Nanoelectrospray peptide mapping revisited: Composite survey spectra allow high dynamic range protein characterization without LCMS on an orbitrap mass spectrometer

    Lu, A., Waanders, L. F., Almeida, R., Li, G., Allen, M., Cox, J., Olsen, Jesper Velgaard, Bonaldi, T. & Mann, Matthias, 1 dec. 2007, I: International Journal of Mass Spectrometry. 268, 2-3, s. 158-167 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    Erratum: Evidence of extrapancreatic glucagon secretion in man. Diabetes 2016;65:585-597

    Lund, Asger Bach, Bagger, J. I., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Christensen, M., Grøndahl, M., Hartmann, Bolette, Mathiesen, Elisabeth, Hansen, C. P., Storkholm, J. H., van Hall, Gerrit, Rehfeld, Jens Frederik, Hornburg, D., Meissner, F., Mann, Matthias, Larsen, S., Holst, Jens Juul, Vilsbøll, Tina & Knop, Filip Krag, 1 jun. 2016, I: Diabetes. 65, 6, s. 1752 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    Evidence of Extrapancreatic Glucagon Secretion in Man

    Lund, Asger Bach, Bagger, J. I., Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Christensen, M., Grøndahl, M., Hartmann, Bolette, Mathiesen, Elisabeth, Hansen, C. P., Storkholm, J. H., van Hall, Gerrit, Rehfeld, Jens Frederik, Hornburg, D., Meissner, F., Mann, Matthias, Larsen, S., Holst, Jens Juul, Vilsbøll, Tina & Knop, Filip Krag, mar. 2016, I: Diabetes. 65, 3, s. 585-597 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. p53 down-regulates SARS coronavirus replication and is targeted by the SARS-unique domain and PLpro via E3 ubiquitin ligase RCHY1

    Ma-Lauer, Y., Carbajo-Lozoya, J., Hein, M. Y., Müller, M. A., Deng, W., Lei, J., Meyer, B., Kusov, Y., von Brunn, B., Bairad, D. R., Hünten, S., Drosten, C., Hermeking, H., Leonhardt, H., Mann, Matthias, Hilgenfeld, R. & von Brunn, A., 30 aug. 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 35, s. E5192-201

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Top-down protein sequencing and MS3 on a hybrid linear quadrupole ion trap-orbitrap mass spectrometer

    Macek, B., Waanders, L. F., Olsen, Jesper Velgaard & Mann, Matthias, 2006, I: Molecular and Cellular Proteomics. 5, 5, s. 949-58 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Global and site-specific quantitative phosphoproteomics: principles and applications

    Macek, B., Mann, Matthias & Olsen, J. V., 2009, I: Annual Review of Pharmacology and Toxicology. 49, s. 199-221 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. The serine/threonine/tyrosine phosphoproteome of the model bacterium Bacillus subtilis

    Macek, B., Mijakovic, I., Olsen, Jesper Velgaard, Gnad, F., Kumar, C., Jensen, P. R. & Mann, Matthias, feb. 2008, I: Molecular and Cellular Proteomics. 6, 4, s. 697-707 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  10. Phosphoproteome analysis of E. coli reveals evolutionary conservation of bacterial Ser/Thr/Tyr phosphorylation

    Macek, B., Gnad, F., Soufi, B., Kumar, C., Olsen, Jesper Velgaard, Mijakovic, I. & Mann, Matthias, 2007, I: Molecular and Cellular Proteomics. 7, 2, s. 299-307 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Identification of new chicken egg proteins by mass spectrometry-based proteomic analysis

    Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, MaĉEk, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, jun. 2008, I: World's Poultry Science Journal. 64, 2, s. 209-218 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Phosphoproteins of the chicken eggshell calcified layer

    Mann, K., Olsen, Jesper Velgaard, Macek, B., Gnad, F. & Mann, Matthias, 2007, I: Proteomics. 7, 1, s. 106-15 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. The proteome of the calcified layer organic matrix of turkey (Meleagris gallopavo) eggshell

    Mann, K. & Mann, Matthias, 2013, I: Proteome Science. 11, 1, s. 40

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. In-depth proteomic analyses of (greenlip abalone) nacre and prismatic organic shell matrix

    Mann, K., Cerveau, N., Gummich, M., Fritz, M., Mann, Matthias & Jackson, D. J., 2018, I: Proteome Science. 16, s. 11

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Error-tolerant identification of peptides in sequence databases by peptide sequence tags

    Mann, Matthias & Wilm, M., 15 dec. 1994, I: Analytical Chemistry. 66, 24, s. 4390-9 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Proteomics for biomedicine: A half-completed journey

    Mann, Matthias, 1 feb. 2012, I: EMBO Molecular Medicine. 4, 2, s. 75-77 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    The Coming Age of Complete, Accurate, and Ubiquitous Proteomes

    Mann, Matthias, Kulak, N. A., Nagaraj, N. & Cox, J., 21 feb. 2013, I: Molecular Cell. 49, 4, s. 583-590 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    The ever expanding scope of electrospray mass spectrometry-a 30 year journey

    Mann, Matthias, 2019, I: Nature Communications. 10, 3744.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskning

  19. Artificial intelligence for proteomics and biomarker discovery

    Mann, Matthias, Kumar, C., Zeng, W. & Strauss, M. T., 18 aug. 2021, I: Cell Systems. 12, 8, s. 759-770 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  20. Udgivet

    The Origins of Organellar Mapping by Protein Correlation Profiling

    Mann, Matthias, 2020, I: Proteomics. 20, 23, 4 s., e1900330.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Plenary Lecture Proteomics technologies for signaling, clinical applications

    Mann, Matthias, 2017, s. S62. 1 s.

    Publikation: KonferencebidragKonferenceabstrakt til konferenceForskning

  22. Udgivet

    Development, use, application of novel TIMS-Tof system

    Mann, Matthias, 2019, I: Molecular & Cellular Proteomics. 18, 8, s. S20 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

  23. Origins of mass spectrometry-based proteomics

    Mann, Matthias, nov. 2016, I: Nature Reviews. Molecular Cell Biology. 17, 11, s. 678

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Ethical Principles, Constraints and Opportunities in Clinical Proteomics

    Porsdam Mann, Sebastian, Treit, P. V., Geyer, P. E., Omenn, G. S. & Mann, Matthias, 2021, I: Molecular and Cellular Proteomics. 20, 14 s., 100046.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. Inflammatory signaling in human tuberculosis granulomas is spatially organized

    Marakalala, M. J., Raju, R. M., Sharma, K., Zhang, Y. J., Eugenin, E. A., Prideaux, B., Daudelin, I. B., Chen, P., Booty, M. G., Kim, J. H., Eum, S. Y., Via, L. E., Behar, S. M., Barry, C. E., Mann, Matthias, Dartois, V. & Rubin, E. J., maj 2016, I: Nature Medicine. 22, 5, s. 531-8 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  26. Fibro-adipogenic progenitors of dystrophic mice are insensitive to NOTCH regulation of adipogenesis

    Marinkovic, M., Fuoco, C., Sacco, F., Cerquone Perpetuini, A., Giuliani, G., Micarelli, E., Pavlidou, T., Petrilli, L. L., Reggio, A., Riccio, F., Spada, F., Vumbaca, S., Zuccotti, A., Castagnoli, L., Mann, Matthias, Gargioli, C. & Cesareni, G., jun. 2019, I: Life Science Alliance. 2, 3

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. A large synthetic peptide and phosphopeptide reference library for mass spectrometry-based proteomics

    Marx, H., Lemeer, S., Schliep, J. E., Matheron, L., Mohammed, S., Cox, J., Mann, Matthias, Heck, A. J. R. & Kuster, B., jun. 2013, I: Nature Biotechnology. 31, 6, s. 557-64 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Integrative analysis of cell state changes in lung fibrosis with peripheral protein biomarkers

    Mayr, C. H., Simon, L. M., Leuschner, G., Ansari, M., Schniering, J., Geyer, P. E., Angelidis, I., Strunz, M., Singh, P., Kneidinger, N., Reichenberger, F., Silbernagel, E., Böhm, S., Adler, H., Lindner, M., Maurer, B., Hilgendorff, A., Prasse, A., Behr, J., Mann, M. & 3 flere, Eickelberg, O., Theis, F. J. & Schiller, H. B., 2021, I: EMBO Molecular Medicine. e12871.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Temporal resolution of gene derepression and proteome changes upon PROTAC-mediated degradation of BCL11A protein in erythroid cells

    Mehta, S., Buyanbat, A., Kai, Y., Karayel, O., Goldman, S. R., Seruggia, D., Zhang, K., Fujiwara, Y., Donovan, K. A., Zhu, Q., Yang, H., Nabet, B., Gray, N. S., Mann, Matthias, Fischer, E. S., Adelman, K. & Orkin, S. H., 18 aug. 2022, I: Cell Chemical Biology. 29, 8, s. 1273-1287.e8

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    BoxCar acquisition method enables single-shot proteomics at a depth of 10,000 proteins in 100 minutes

    Meier, F., Geyer, P. E., Virreira Winter, S., Cox, J. & Mann, Matthias, 2018, I: Nature Methods. 15, 6, s. 440-448 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    diaPASEF: parallel accumulation-serial fragmentation combined with data-independent acquisition

    Meier, F., Brunner, A., Frank, M., Ha, A., Bludau, I., Voytik, E., Kaspar-Schoenefeld, S., Lubeck, M., Raether, O., Bache, N., Aebersold, R., Collins, B. C., Roest, H. L. & Mann, Matthias, 2020, I: Nature Methods. 17, 12, s. 1229-1236

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Deep learning the collisional cross sections of the peptide universe from a million experimental values

    Meier, F., Köhler, N. D., Brunner, A. D., Wanka, J. M. H., Voytik, E., Strauss, M. T., Theis, F. J. & Mann, Matthias, 2021, I: Nature Communications. 12, 12 s., 1185.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Trapped Ion Mobility Spectrometry (TIMS) and Parallel Accumulation - Serial Fragmentation (PASEF) in Proteomics

    Meier, F., Park, M. A. & Mann, Matthias, 17 aug. 2021, (E-pub ahead of print) I: Molecular and Cellular Proteomics. s. 100138

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    Online parallel accumulation - serial fragmentation (PASEF) with a novel trapped ion mobility mass spectrometer

    Meier, F., Brunner, A., Koch, S., Koch, H., Lubeck, M., Krause, M., Goedecke, N., Decker, J., Kosinski, T., Park, M. A., Bache, N., Hoerning, O., Cox, J., Räther, O. & Mann, Matthias, 2018, I: Molecular and Cellular Proteomics. 17, 12, s. 2534-2545

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Parallel accumulation - serial fragmentation combined with data-independent acquisition (diaPASEF)

    Meier, F., Brunner, A., Frank, M., Ha, A., Voytik, E., Kaspar-Schoenefeld, S., Lubeck, M., Raether, O., Aebersold, R., Collins, B. C., Roest, H. L. & Mann, Matthias, 2019, I: Molecular & Cellular Proteomics. 18, 8, s. S17 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

  36. Udgivet

    The emerging role of mass spectrometry-based proteomics in drug discovery

    Meissner, F., Geddes-McAlister, J., Mann, Matthias & Bantscheff, M., 2022, I: Nature Reviews Drug Discovery. 21, s. 637-654 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  37. Direct proteomic quantification of the secretome of activated immune cells

    Meissner, F., Scheltema, R. A., Mollenkopf, H. & Mann, Matthias, 26 apr. 2013, I: Science (New York, N.Y.). 340, 6131, s. 475-8 4 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    The social and structural architecture of the yeast protein interactome

    Michaelis, A. C., Brunner, A., Zwiebel, M., Meier, F., Strauss, Maximilian, Bludau, I. & Mann, Matthias, 2023, I: Nature. 624, 7990, s. 192-200 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    HYPK promotes the activity of the Nα-acetyltransferase A complex to determine proteostasis of nonAc-X2/N-degron-containing proteins

    Miklánková, P., Linster, E., Boyer, J., Weidenhausen, J., Mueller, J., Armbruster, L., Lapouge, K., De La Torre, C., Bienvenut, W., Sticht, C., Mann, Matthias, Meinnel, T., Sinning, I., Giglione, C., Hell, R. & Wirtz, M., 2022, I: Science Advances. 8, 24, 14 s., eabn6153.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. IKAP: A heuristic framework for inference of kinase activities from Phosphoproteomics data

    Mischnik, M., Sacco, F., Cox, J., Schneider, H., Schäfer, M., Hendlich, M., Crowther, D., Mann, Matthias & Klabunde, T., 1 feb. 2016, I: Bioinformatics (Online). 32, 3, s. 424-31 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Integrated analysis of protein composition, tissue diversity, and gene regulation in mouse mitochondria

    Mootha, V. K., Bunkenborg, J., Olsen, Jesper Velgaard, Hjerrild, M., Wisniewski, J. R., Stahl, E., Bolouri, M. S., Ray, H. N., Sihag, S., Kamal, M., Patterson, N., Lander, E. S. & Mann, Matthias, 2003, I: Cell. 115, 5, s. 629-40 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  42. MSQuant, an Open Source Platform for Mass Spectrometry-Based Quantitative Proteomics

    Mortensen, P., Gouw, J. W., Olsen, Jesper Velgaard, Ong, S., Rigbolt, K. T. G., Bunkenborg, J., Cox, J., Foster, L. J., Heck, A. J. R., Blagoev, B., Andersen, J. S. & Mann, Matthias, jan. 2010, I: Journal of Proteome Research.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Spatial characterization of single tumor cells by proteomics

    Mund, Andreas & Mann, Matthias, 2022, I: Nature Biotechnology. 40, 8, s. 1186-1187 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKommentar/debatForskning

  44. Udgivet

    Unbiased spatial proteomics with single-cell resolution in tissues

    Mund, Andreas, Brunner, A. & Mann, Matthias, 2022, I: Molecular Cell. 82, 12, s. 2335-2349 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Deep Visual Proteomics defines single-cell identity and heterogeneity

    Mund, A., Coscia, F., Kriston, A., Hollandi, R., Kovács, F., Brunner, A-D., Migh, E., Schweizer, L., Santos, A., Bzorek, M., Naimy, S., Rahbek-Gjerdrum, L. M., Dyring-Andersen, B., Bulkescher, J., Lukas, C., Eckert, M. A., Lengyel, E., Gnann, C., Lundberg, E., Horvath, P. & 1 flere, Mann, Matthias, 2022, I: Nature Biotechnology. 40, s. 1231-1240

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Foresight in clinical proteomics: current status, ethical considerations, and future perspectives

    Mundt Madsen, Filip Oskar, Albrechtsen, Nicolai Jacob Wewer, Porsdam Mann, Sebastian, Treit, P., Ghodgaonkar-Steger, M., O’Flaherty, M., Raijmakers, R., Vizcaíno, J. A., Heck, A. J. R. & Mann, Matthias, 2023, I: Open Research Europe. 3, 19 s., 59.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  47. Single Muscle Fiber Proteomics Reveals Fiber-Type-Specific Features of Human Muscle Aging

    Murgia, M., Toniolo, L., Nagaraj, N., Ciciliot, S., Vindigni, V., Schiaffino, S., Reggiani, C. & Mann, Matthias, 13 jun. 2017, I: Cell Reports. 19, 11, s. 2396-2409 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Protein profile of fiber types in human skeletal muscle: a single-fiber proteomics study

    Murgia, M., Nogara, L., Baraldo, M., Reggiani, C., Mann, Matthias & Schiaffino, S., 2021, I: Skeletal Muscle. 11, 1, 19 s., 24.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Plasma proteome profiling of healthy subjects undergoing bed rest reveals unloading-dependent changes linked to muscle atrophy

    Murgia, M., Brocca, L., Monti, E., Franchi, M. V., Zwiebel, M., Steigerwald, S., Giacomello, E., Sartori, R., Zampieri, S., Capovilla, G., Gasparini, M., Biolo, G., Sandri, M., Mann, Matthias & Narici, M. V., 2023, I: Journal of Cachexia, Sarcopenia and Muscle. 14, s. 439-451

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Single muscle fiber proteomics reveals unexpected mitochondrial specialization

    Murgia, M., Nagaraj, N., Deshmukh, Atul Shahaji, Zeiler, M., Cancellara, P., Moretti, I., Reggiani, C., Schiaffino, S. & Mann, Matthias, 1 mar. 2015, I: E M B O Reports. 16, 3, s. 387-95 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

ID: 5650809