Wouter Boomsma
Professor
Machine Learning
Universitetsparken 1
2100 København Ø
- 2023
- Udgivet
Adaptive Cholesky Gaussian Processes
Bartels, S., Stensbo-Smidt, K., Moreno-Muñoz, P., Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Hauberg, S., 2023, I: Proceedings of Machine Learning Research. 206, s. 408--452 44 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Implicit Variational Inference for High-Dimensional Posteriors
Uppal, A., Stensbo-Smidt, K., Boomsma, Wouter & Frellsen, J., 2023, Advances in Neural Information Processing Systems 36 pre-proceedings (NeurIPS 2023). NeurIPS Proceedings, 24 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 36).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Kernel-Matrix Determinant Estimates from stopped Cholesky Decomposition
Bartels, S., Boomsma, Wouter, Frellsen, J. & Garreau, D., 2023, I: Journal of Machine Learning Research. 24, s. 1-57 71.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Lysine deserts prevent adventitious ubiquitylation of ubiquitin-proteasome components
Kampmeyer, Caroline, Grønbæk-Thygesen, Martin, Oelerich, N., Tatham, M. H., Cagiada, Matteo, Lindorff-Larsen, K., Boomsma, Wouter, Hofmann, K. & Hartmann-Petersen, Rasmus, 2023, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 80, 6, 18 s., 143.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Phosphorylation of Schizosaccharomyces pombe Dss1 mediates direct binding to the ubiquitin-ligase Dma1 in vitro
Jacobsen, Nina Louise, Bloch, Magnus Borup, Millard, P. S., Ruidiaz, Sarah Frederiksen, Elsborg, Jonas Damgaard, Boomsma, Wouter, Hendus-Altenburger, R., Hartmann-Petersen, Rasmus & Kragelund, Birthe Brandt, 2023, I: Protein Science. 32, 9, 16 s., e4733.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid protein stability prediction using deep learning representations
Blaabjerg, Lasse Møller, Kassem, M. M., Good, L. L., Jonsson, Nicolas, Cagiada, Matteo, Johansson, Kristoffer Enøe, Boomsma, Wouter, Stein, Amelie & Lindorff-Larsen, Kresten, 2023, I: eLife. 12, 19 s., e82593.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
A context-dependent and disordered ubiquitin-binding motif
Dreier, Jesper Elmsted, Prestel, Andreas, Martins, J. M., Brøndum, S. S., Nielsen, Olaf, Garbers, Anna Engstrøm, Suga, H., Boomsma, Wouter, Rogers, Joseph Matthew, Hartmann-Petersen, Rasmus & Kragelund, Birthe Brandt, 2022, I: Cellular and molecular life sciences : CMLS. 79, 9, 21 s., 484.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Learning meaningful representations of protein sequences
Detlefsen, N. S., Hauberg, S. & Boomsma, Wouter, 2022, I: Nature Communications. 13, 1, s. 1-12 1914.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Developing and validating COVID-19 adverse outcome risk prediction models from a bi-national European cohort of 5594 patients
Jimenez-Solem, E., Petersen, T. S., Hansen, C., Hansen, C., Lioma, C., Igel, C., Boomsma, W., Krause, O., Lorenzen, S., Selvan, R., Petersen, J., Nyeland, M. E., Ankarfeldt, M. Z., Virenfeldt, G. M., Winther-Jensen, M., Linneberg, A., Ghazi, M. M., Detlefsen, N., Lauritzen, A. D., Smith, A. G. & 15 flere, , 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 12 s., 3246.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Single-particle diffusional fingerprinting: A machine-learning framework for quantitative analysis of heterogeneous diffusion
Pinholt, H. D., Bohr, S. S. R., Iversen, J. F., Boomsma, Wouter & Hatzakis, Nikos, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 31, 7 s., e2104624118.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- 2020
- Udgivet
Orchestration of signaling by structural disorder in class 1 cytokine receptors
Seiffert, P., Bugge, K., Nygaard, M., Haxholm, G. W., Martinsen, J. H., Pedersen, M. N., Arleth, Lise, Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 24 aug. 2020, I: Cell Communication and Signaling. 18, 1, 30 s., 132.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Context Matters in Disorder Based Protein Communication
Kragelund, Birthe Brandt, Prestel, Andreas, Wickmann, N., Martins, J., Boomsma, Wouter, Staby, L., Hendus-Altenburger, R. & Skriver, Karen, 2020, I: Biophysical Journal. 118, 3, suppl. 1, s. 491A 2407-Plat.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › fagfællebedømt
- Udgivet
IDDomainSpotter: Compositional bias reveals domains in long disordered protein regions—Insights from transcription factors
Millard, P. S., Bugge, K., Marabini, R., Boomsma, Wouter, Burow, Meike & Kragelund, Birthe Brandt, 2020, I: Protein Science. 29, 1, s. 169-183 15 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- 2019
- Udgivet
Barnaba: software for analysis of nucleic acid structures and trajectories
Bottaro, S., Bussi, G., Pinamonti, G., Reisser, S., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2019, I: RNA. 25, 2, s. 219-231Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Random coil chemical shifts for serine, threonine and tyrosine phosphorylation over a broad pH range
Hendus-Altenburger, R., Fernandes, Catarina, Bugge, K., Kunze, M. B. A., Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 2019, I: Journal of Biomolecular NMR. 73, 12, s. 713–725 13 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
The PCNA interaction motifs revisited: thinking outside the PIP-box
Prestel, Andreas, Wichmann, N., Martins, J. M., Marabini, R., Kassem, N., Broendum, S. S., Otterlei, M., Nielsen, Olaf, Willemoës, Martin, Ploug, Michael, Boomsma, Wouter & Kragelund, Birthe Brandt, 2019, I: Cellular and Molecular Life Sciences. 76, 24, s. 4923-4943Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- 2018
- Udgivet
Driving Structural Transitions in Molecular Simulations Using the Nonequilibrium Candidate Monte Carlo
Kurut, A., Fonseca, R. & Boomsma, Wouter, 25 jan. 2018, I: Journal of Physical Chemistry Part B: Condensed Matter, Materials, Surfaces, Interfaces & Biophysical. 122, 3, s. 1195-1204Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
3D steerable CNNs: Learning rotationally equivariant features in volumetric data
Weiler, M., Geiger, M., Welling, M., Boomsma, Wouter & Cohen, T., 2018, Proceedings of the 32nd International Conference on Neural Information Processing Systems. derc udg. NIPS Proceedings, Bind 2018. s. 10381-10392 12 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 31).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Monte Carlo Sampling of Protein Folding by Combining an All-Atom Physics-Based Model with a Native State Bias
Wang, Yong, Tian, P., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2018, I: Journal of Physical Chemistry B. 122, 49, s. 11174-11185Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- 2017
- Udgivet
Spherical convolutions and their application in molecular modelling
Boomsma, Wouter & Frellsen, J., 2017, Neural Information Processing Systems 2017. Guyon, I., Luxburg, U. V., Bengio, S., Wallach, H., Fergus, R., Vishwanathan, S. & Garnett, R. (red.). NIPS Proceedings, 11 s. (Advances in Neural Information Processing Systems, Bind 30).Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt
- 2016
- Udgivet
A Monte Carlo study of the early steps of functional amyloid formation
Tian, P., Lindorff-Larsen, Kresten, Boomsma, Wouter, Jensen, Mogens Høgh & Otzen, D. E., 2016, I: P L o S One. 11, 1, 18 s., e0146096.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Bayesian inference of protein ensembles from SAXS data
Antonov, L. D., Olsson, S., Boomsma, Wouter & Hamelryck, Thomas Wim, 2016, I: Physical Chemistry Chemical Physics. 18, 8, s. 5832-5838 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Bioinformatics analysis identifies several intrinsically disordered human E3 ubiquitin-protein ligases
Boomsma, Wouter, Nielsen, S. V., Lindorff-Larsen, Kresten, Hartmann-Petersen, Rasmus & Ellgaard, Lars, 2016, I: PeerJ. 4, 18 s., e1725.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Rapid expansion of the protein disulfide isomerase gene family facilitates the folding of venom peptides
Safavi, Helena, Li, Q., Jackson, R. L., Song, A. S., Boomsma, Wouter, Bandyopadhyay, P. K., Gruber, C. W., Purcell, A. W., Yandell, M., Olivera, B. M. & Ellgaard, Lars, 2016, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 113, 12, s. 3227-3232 6 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
- Udgivet
Structure of the bacterial cytoskeleton protein bactofilin by NMR chemical shifts and sequence variation
Kassem, M. M., Wang, Y., Boomsma, Wouter & Lindorff-Larsen, Kresten, 2016, I: Biophysical Journal. 110, 11, s. 2342-2348 7 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
ID: 40103911
Flest downloads
-
2303
downloads
Protein structure validation and refinement using amide proton chemical shifts derived from quantum mechanics
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
Udgivet -
1431
downloads
Inference of structure ensembles of flexible biomolecules from sparse, averaged data
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
Udgivet -
1427
downloads
Potentials of mean force for protein structure prediction vindicated, formalized and generalized
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › fagfællebedømt
Udgivet