Tom Gilbert

Tom Gilbert

Professor


  1. 2021
  2. Udgivet
  3. Udgivet

    A genomic exploration of the early evolution of extant cats and their sabre-toothed relatives: [version 2; peer review: 2 approved]

    Westbury, Michael Vincent, Barnett, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Gower, Graham, Vieira, Filipe Garrett, de Manuel, M., Hansen, Anders Johannes, Yamaguchi, N., Werdelin, L., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & Lorenzen, Eline, 2021, I: Open Research Europe. 1, 16 s., 25.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  4. Udgivet

    A genomic exploration of the early evolution of extant cats and their sabre-toothed relatives: [version 1; peer review: 2 approved]

    Westbury, Michael Vincent, Barnett, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Gower, Graham, Vieira, Filipe Garrett, de Manuel, M., Hansen, Anders Johannes, Yamaguchi, N., Werdelin, L., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & Lorenzen, Eline, 2021, I: Open Research Europe. 1, 15 s., 25.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  5. Udgivet

    A towering genome: Experimentally validated adaptations to high blood pressure and extreme stature in the giraffe

    Liu, C., Gao, J., Cui, X., Li, Z., Chen, L., Yuan, Y., Zhang, Y., Mei, L., Zhao, L., Cai, D., Hu, M., Zhou, B., Li, Z., Qin, T., Si, H., Li, G., Lin, Z., Xu, Y., Zhu, C., Yin, Y. & 9 flere, Zhang, C., Xu, W., Li, Q., Wang, K., Gilbert, M Thomas P, Heller, Rasmus, Wang, W., Huang, J. & Qiu, Q., 2021, I: Science Advances. 7, 12, 13 s., eabe9459.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  6. Udgivet

    An integrated morphological-molecular approach reveals new insights on the systematics of the octocoral Telestula humilis (Thomson, 1927) (Octocorallia: Alcyonacea : Clavulariidae)

    Poliseno, A., Altuna, A., Puetz, Lara Christine, Mak, Sarah Siu Tze, Rios, P., Petroni, E., McFadden, C. S., Sørensen, Martin Vinther & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Invertebrate Systematics. 35, 3, s. 261-281 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Ancient and modern genomes unravel the evolutionary history of the rhinoceros family

    Liu, S., Westbury, M. V., Dussex, N., Mitchell, K. J., Sinding, M. H. S., Heintzman, P. D., Duchêne, D. A., Kapp, J. D., von Seth, J., Heiniger, H., Sánchez-Barreiro, F., Margaryan, A., André-Olsen, R., De Cahsan, B., Meng, G., Yang, C., Chen, L., van der Valk, T., Moodley, Y., Rookmaaker, K. & 19 flere, Bruford, M. W., Ryder, O., Steiner, C., Sonsbeek, L. G. R. B., Vartanyan, S., Guo, C., Cooper, A., Kosintsev, P., Kirillova, I., Lister, A. M., Marques-Bonet, T., Gopalakrishnan, Shyam, Dunn, Rob, Lorenzen, Eline, Shapiro, B., KU, thw266, Antoine, P. O., Dalén, L. & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Cell. 184, 19, s. 4874-4885.e16

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Ancient and modern stickleback genomes reveal the demographic constraints on adaptation

    Kirch, M., Romundset, A., Gilbert, M Thomas P, Jones, F. C. & Foote, A. D., 2021, I: Current Biology. 31, 9, s. 2027-2036.e8 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  9. Udgivet

    Ancient microRNA profiles of 14,300-yr-old canid samples confirm taxonomic origin and provide glimpses into tissue-specific gene regulation from the Pleistocene

    Fromm, B., Tarbier, M., Smith, O., Marmol-Sanchez, E., Dalen, L., Gilbert, M Thomas P & Friedlander, M. R., 2021, I: RNA. 27, 3, s. 324-334 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  10. Udgivet

    Contrasting genetic signal of recolonization after rainforest fragmentation in African trees with different dispersal abilities

    Piñeiro, R., Hardy, O. J., Tovar, C., Gopalakrishnan, Shyam, Vieira, Filipe Garrett & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 27, 9 s., e2013979118.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Dire wolves were the last of an ancient New World canid lineage

    Perri, A. R., Mitchell, K. J., Mouton, A., Alvarez-Carretero, S., Hulme-Beaman, A., Haile, J., Jamieson, A., Meachen, J., Lin, A. T., Schubert, B. W., Ameen, C., Antipina, E. E., Bover, P., Brace, S., Carmagnini, A., Carøe, C., Samaniego Castruita, J. A., Chatters, J. C., Dobney, K., dos Reis, M. & 29 flere, Evin, A., Gaubert, P., Gopalakrishnan, Shyam, Gower, Graham, Heiniger, H., Helgen, K. M., Kapp, J., Kosintsev, P. A., Linderholm, A., Ozga, A. T., Presslee, S., Salis, A. T., Saremi, N. F., Shew, C., Skerry, K., Taranenko, D. E., Thompson, M., Sablin, M. V., Kuzmin, Y. V., Collins, Matthew James, Sinding, M. S., Gilbert, M Thomas P, Stone, A. C., Shapiro, B., Van Valkenburgh, B., Wayne, R. K., Larson, G., Cooper, A. & Frantz, L. A. F., 2021, I: Nature. 591, s. 87-91

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Evolutionary history of the extinct Sardinian dhole

    Ciucani, M. M., Jensen, J. K., Sinding, M. S., Smith, O., Lucenti, S. B., Rosengren, E., Rook, L., Tuveri, C., Arca, M., Cappellini, Enrico, Galaverni, M., Randi, E., Guo, C., KU, thw266, Sicheritz-Pontén, Thomas, Dalén, L., Gilbert, M Thomas P & Gopalakrishnan, Shyam, 2021, I: Current Biology. 31, 24, s. 5571-5579.e6 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Extended survival of Pleistocene Siberian wolves into the early 20th century on the island of Honshu

    Niemann, Jonas, Gopalakrishnan, Shyam, Yamaguchi, N., Ramos Madrigal, Jazmin, Wales, N., Gilbert, M Thomas P & Sinding, M. S., 2021, I: iScience. 24, 25 s., 101904.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Feasibility of applying shotgun metagenomic analyses to grapevine leaf, rhizosphere and soil microbiome characterisation

    Azevedo-Silva, D., Rasmussen, Jacob Agerbo, Carneiro, M., Gilbert, M Thomas P & Azevedo, H., 2021, I: Australian Journal of Grape and Wine Research. 27, 4, s. 519-526 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Fine-tuning biodiversity assessments: A framework to pair eDNA metabarcoding and morphological approaches

    Pereira, Catia Lucio, Gilbert, M Thomas P, Araújo, M. B. & Matias, M. G., 2021, I: Methods in Ecology and Evolution. 12, 12, s. 2397-2409 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  16. Udgivet
  17. Udgivet

    Genomic insights into the conservation status of the world's last remaining Sumatran rhinoceros populations

    von Seth, J., Dussex, N., Diez-del-Molino, D., van der Valk, T., Kutschera, V. E., Kierczak, M., Steiner, C. C., Liu, S., Gilbert, M. T. P., Sinding, M-H. S., Prost, S., Guschanski, K., Nathan, S. K. S. S., Brace, S., Chan, Y. L., Wheat, C. W., Skoglund, P., Ryder, O. A., Goossens, B., Gotherstrom, A. & 1 flere, Dalen, L., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 11 s., 2393.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Gut Microbiota Linked with Reduced Fear of Humans in Red Junglefowl Has Implications for Early Domestication

    Puetz, Lara Christine, Delmont, T. O., Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Guo, C., KU, thw266, Katajamaa, R., Jensen, P. & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Advanced Genetics. 2, 4, 12 s., 2100018.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  19. Udgivet

    Historical population declines prompted significant genomic erosion in the northern and southern white rhinoceros (Ceratotherium simum)

    Sánchez-Barreiro, F., Gopalakrishnan, Shyam, Ramos Madrigal, Jazmin, Westbury, Michael Vincent, de Manuel, M., Margaryan, Ashot, Ciucani, M. M., Vieira, Filipe Garrett, Patramanis, Ioannis, Kalthoff, D. C., Timmons, Z., Sicheritz-Pontén, Thomas, Dalén, L., Ryder, O. A., KU, thw266, Marques-Bonet, T., Moodley, Y. & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Molecular Ecology. 30, 23, s. 6355-6369 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  20. Udgivet

    Identification of African swine fever virus transcription within peripheral blood mononuclear cells of acutely infected pigs

    Olesen, A. S., Kodama, M., Lohse, L., Accensi, F., Rasmussen, T. B., Lazov, Christina Marie, Limborg, Morten Tønsberg, Gilbert, M Thomas P, Bøtner, A. & Belsham, Graham John, 2021, I: Viruses. 13, 11, 2333.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Kouprey (Bos sauveli) genomes unveil polytomic origin of wild Asian Bos

    Sinding, M. S., Ciucani, M. M., Ramos Madrigal, Jazmin, Carmagnini, A., Rasmussen, Jacob Agerbo, Feng, S., Chen, G., Vieira, Filipe Garrett, Mattiangeli, V., Ganjoo, R. K., Larson, G., Sicheritz-Pontén, Thomas, Petersen, Bent, Frantz, L., Gilbert, M Thomas P & Bradley, D. G., 2021, I: iScience. 24, 11, 18 s., 103226.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  22. Udgivet

    Leech blood-meal invertebrate-derived DNA reveals differences in Bornean mammal diversity across habitats

    Drinkwater, R., Jucker, T., Potter, J. H. T., Swinfield, T., Coomes, D. A., Slade, E. M., Gilbert, M Thomas P, Lewis, O. T., Bernard, H., Struebig, M. J., Clare, E. L. & Rossiter, S. J., 2021, I: Molecular Ecology. 30, 13, s. 3299-3312 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Mitochondrial genomes of Danish vertebrate species generated for the national DNA reference database, DNAmark

    Margaryan, Ashot, Noer, Christina, Richter, S. R., Restrup, M. E., Bülow‐hansen, J. L., Leerhøi, Frederik, Langkjær, Emilia Marie Rolander, Gopalakrishnan, Shyam, Carøe, C., Gilbert, M Thomas P & Bohmann, Kristine, 2021, I: Environmental DNA. 3, 2, s. 472-480

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  24. Udgivet

    Modern Siberian dog ancestry was shaped by several thousand years of Eurasian-wide trade and human dispersal

    Feuerborn, T. R., Carmagnini, A., Losey, R. J., Nomokonova, T., Askeyev, A., Askeyev, I., Askeyev, O., Antipina, E. E., Appelt, M., Bachura, O. P., Beglane, F., Bradley, D. G., Daly, K. G., Gopalakrishnan, S., Gregersen, K. M., Guo, C., Gusev, A. V., Jones, C., Kosintsev, P. A., Kuzmin, Y. V. & 17 flere, Mattiangeli, V., Perri, A. R., Plekhanov, A. V., Ramos Madrigal, Jazmin, Schmidt, A. L., Shaymuratova, D., Smith, O., Yavorskaya, L. V., KU, thw266, Willerslev, Eske, Meldgaard, Morten, Gilbert, M Thomas P, Larson, G., Dalén, L., Hansen, Anders Johannes, Sinding, Mikkel Holger Strander & Frantz, L., 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 39, e2100338118.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  25. Udgivet

    Molecular parallelisms between pigmentation in the avian iris and the integument of ectothermic vertebrates

    Andrade, P., Gazda, M. A., Araújo, P. M., Afonso, S., Rasmussen, Jacob Agerbo, Marques, C. I., Lopes, R. J., Gilbert, M Thomas P & Carneiro, M., 2021, I: PLOS Genetics. 17, 2, 16 s., 1009404.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  26. Udgivet

    Non-invasive surveys of mammalian viruses using environmental DNA

    Alfano, N., Dayaram, A., Axtner, J., Tsangaras, K., Kampmann, Marie-Louise, Mohamed, A., Wong, S. T., Gilbert, M Thomas P, Wilting, A. & Greenwood, A. D., 2021, I: Methods in Ecology and Evolution. 12, 10, s. 1941-1952

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  27. Udgivet

    Rapid discovery of novel prophages using biological feature engineering and machine learning

    Sirén, K., Millard, A., Petersen, Bent, Gilbert, M Thomas P, Clokie, M. R. J. & Sicheritz-Pontén, Thomas, 2021, I: NAR Genomics and Bioinformatics. 3, 1, 10 s., lqaa109.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  28. Udgivet

    Reconsidering domestication from a process archaeology perspective

    Bogaard, A., Allaby, R., Arbuckle, B. S., Bendrey, R., Crowley, S., Cucchi, T., Denham, T., Frantz, L., Fuller, D., Gilbert, M Thomas P, Karlsson, E., Manin, A., Marshall, F., Mueller, N., Peters, J., Stépanoff, C., Weide, A. & Larson, G., 2021, I: World Archaeology. 53, 1, s. 56-77 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Runs of homozygosity in killer whale genomes provide a global record of demographic histories

    Foote, A. D., Hooper, R., Alexander, A., Baird, R. W., Baker, C. S., Ballance, L., Barlow, J., Brownlow, A., Collins, T., Constantine, R., Dalla Rosa, L., Davison, N. J., Durban, J. W., Esteban, R., Excoffier, L., Martin, S. L. F., Forney, K. A., Gerrodette, T., Gilbert, M. T. P., Guinet, C. & 14 flere, Hanson, M. B., Li, S., Martin, M. D., Robertson, K. M., Samarra, F. I. P., de Stephanis, R., Tavares, S. B., Tixier, P., Totterdell, J. A., Wade, P., Wolf, J. B. W., Fan, G., Zhang, Y. & Morin, P. A., 2021, I: Molecular Ecology. 30, 23, s. 6162-6177 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Salmon gut microbiota correlates with disease infection status: potential for monitoring health in farmed animals

    Bozzi, D., Rasmussen, Jacob Agerbo, Carøe, C., Sveier, H., Nordøy, K., Gilbert, M Thomas P & Limborg, Morten Tønsberg, 2021, I: BMC Animal Microbiome. 3, 1, 17 s., 30.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  31. Udgivet

    The genetic impact of an Ebola outbreak on a wild gorilla population

    Fontsere, C., Frandsen, P., Hernandez-Rodriguez, J., Niemann, Jonas, Scharff-Olsen, Camilla Hjorth, Vallet, D., Le Gouar, P., Ménard, N., Navarro, A., Siegismund, Hans Redlef, Hvilsom, C., Gilbert, M Thomas P, Kuhlwilm, M., Hughes, D. & Marques-Bonet, T., 2021, I: BMC Genomics. 22, 12 s., 735.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  32. Udgivet

    The genome sequence of the grey wolf, Canis lupus Linnaeus 1758

    Sinding, Mikkel Holger Strander, Gopalakrishnan, Shyam, Raundrup, K., Dalén, L., Threlfall, J., Gilbert, M Thomas P, Darwin Tree of Life Barcoding collective, D. T. O. L. B. C., Wellcome Sanger Institute Tree of Life programme, W. S. I. T. O. L. P., Wellcome Sanger Institute Scientific Operations: DNA Pipelines collective, W. S. I. S. O. D. P. C. & Tree of Life Core Informatics collective, Darwin Tree of Life Consortium, T. O. L. C. I. C. D. T. O. L. C., 2021, I: Wellcome Open Research. 6, 12 s., 310.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  33. Udgivet

    The germline mutational process in rhesus macaque and its implications for phylogenetic dating

    Bergeron, Lucie Adrienne, Besenbacher, S., Bakker, J., Zheng, J., Li, P., Antunes Pacheco, George, Sinding, Mikkel Holger Strander, Kamilari, M., Gilbert, M Thomas P, Schierup, M. H. & KU, thw266, 2021, I: GigaScience. 10, 5, 14 s., giab029.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  34. Udgivet

    The role of the gut microbiota in the dietary niche expansion of fishing bats

    Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Jessen, Lasse Nyholm, Morris, E., Chaverri, G., Montalvo, L. G. H., Flores-Martinez, J. J., Lin, A., Razgour, O., Gilbert, M Thomas P & Alberdi, Antton, 2021, I: BMC Animal Microbiome. 3, 14 s., 76.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species

    Rhie, A., McCarthy, S. A., Fedrigo, O., Damas, J., Formenti, G., Koren, S., Uliano-Silva, M., Chow, W., Fungtammasan, A., Kim, J., Lee, C., Ko, B. J., Chaisson, M., Gedman, G. L., Cantin, L. J., Thibaud-Nissen, F., Haggerty, L., Bista, I., Smith, M., Haase, B. & 107 flere, Mountcastle, J., Winkler, S., Paez, S., Howard, J., Vernes, S. C., Lama, T. M., Grutzner, F., Warren, W. C., Balakrishnan, C. N., Burt, D., George, J. M., Biegler, M. T., Iorns, D., Digby, A., Eason, D., Robertson, B., Edwards, T., Wilkinson, M., Turner, G., Meyer, A., Kautt, A. F., Franchini, P., Detrich, H. W., Svardal, H., Wagner, M., Naylor, G. J. P., Pippel, M., Malinsky, M., Mooney, M., Simbirsky, M., Hannigan, B. T., Pesout, T., Houck, M., Misuraca, A., Kingan, S. B., Hall, R., Kronenberg, Z., Sović, I., Dunn, C., Ning, Z., Hastie, A., Lee, J., Selvaraj, S., Green, R. E., Putnam, N. H., Gut, I., Ghurye, J., Garrison, E., Sims, Y., Collins, J., Pelan, S., Torrance, J., Tracey, A., Wood, J., Dagnew, R. E., Guan, D., London, S. E., Clayton, D. F., Mello, C. V., Friedrich, S. R., Lovell, P. V., Osipova, E., Al-Ajli, F. O., Secomandi, S., Kim, H., Theofanopoulou, C., Hiller, M., Zhou, Y., Harris, R. S., Makova, K. D., Medvedev, P., Hoffman, J., Masterson, P., Clark, K., Martin, F., Howe, K., Flicek, P., Walenz, B. P., Kwak, W., Clawson, H., Diekhans, M., Nassar, L., Paten, B., Kraus, R. H. S., Crawford, A. J., Gilbert, M Thomas P, KU, thw266, Venkatesh, B., Murphy, R. W., Koepfli, K., Shapiro, B., Johnson, W. E., Di Palma, F., Marques-Bonet, T., Teeling, E. C., Warnow, T., Graves, J. M., Ryder, O. A., Haussler, D., O’Brien, S. J., Korlach, J., Lewin, H. A., Howe, K., Myers, E. W., Durbin, R., Phillippy, A. M. & Jarvis, E. D., 2021, I: Nature. 592, 7856, s. 737-746 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

  36. Udgivet

    eDNA‐based biomonitoring at an experimental German vineyard to characterize how management regimes shape ecosystem diversity

    Rasmussen, Jacob Agerbo, Nielsen, M., Mak, Sarah Siu Tze, Döring, J., Klincke, F., Gopalakrishnan, Shyam, Dunn, Rob, Kauer, R. & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Environmental DNA. 3, 1, s. 70-82 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelfagfællebedømt

ID: 12980