Tom Gilbert

Tom Gilbert

Professor

Medlem af:


    1. 2020
    2. Udgivet

      DNA-Based Arthropod Diversity Assessment in Amazonian Iron Mine Lands Show Ecological Succession Towards Undisturbed Reference Sites

      Lynggaard, Christina Islas, Yu, D. W., Oliveira, G., Caldeira, C. F., Ramos, S. J., Ellegaard, M. R., Gilbert, M Thomas P, Gastauer, M. & Bohmann, Kristine, 2020, I: Frontiers in Ecology and Evolution. 8, 15 s., 590976.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    3. Udgivet

      Darwin's Fancy Revised: An Updated Understanding of the Genomic Constitution of Pigeon Breeds

      Antunes Pacheco, George, van Grouw, H., Shapiro, M. D., Gilbert, M Thomas P & Vieira, Filipe Garrett, 2020, I: Genome Biology and Evolution. 12, 3, s. 136-150 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    4. Udgivet

      Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics

      Feng, S., Stiller, J., Deng, Y., Armstrong, J., Fang, Q., Hart Reeve, A., Xie, D., Chen, G., Guo, C., Faircloth, B. C., Petersen, B., Wang, Z., Zhou, Q., Diekhans, M., Chen, W., Andreu-Sánchez, S., Margaryan, A., Howard, J. T., Parent, C., Pacheco, G. & 130 flere, Sinding, Mikkel Holger Strander, Puetz, Lara Christine, Cavill, Emily Louisa, Ribeiro, Â. M., Eckhart, L., Fjeldså, Jon, Hosner, Peter Andrew, Brumfield, R. T., Christidis, L., Bertelsen, Mads Frost, Sicheritz-Pontén, Thomas, Tietze, D. T., Robertson, B. C., Song, G., Borgia, G., Claramunt, S., Lovette, I. J., Cowen, S. J., Njoroge, P., Dumbacher, J. P., Ryder, O. A., Fuchs, J., Bunce, M., Burt, D. W., Cracraft, J., Meng, G., Hackett, S. J., Ryan, P. G., Jønsson, Knud Andreas, Jamieson, I. G., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Braun, E. L., Houde, P., Mirarab, S., Suh, A., Hansson, B., Ponnikas, S., Sigeman, H., Stervander, M., Frandsen, P. B., van der Zwan, H., van der Sluis, R., Visser, C., Balakrishnan, C. N., Clark, A. G., Fitzpatrick, J. W., Bowman, R., Chen, N., Cloutier, A., Sackton, T. B., Edwards, S. V., Foote, D. J., Shakya, S. B., Sheldon, F. H., Vignal, A., Soares, A. E. R., Shapiro, B., González-Solís, J., Ferrer-Obiol, J., Rozas, J., Riutort, M., Tigano, A., Friesen, V., Dalén, L., Urrutia, A. O., Székely, T., Liu, Y., Campana, M. G., Corvelo, A., Fleischer, R. C., Rutherford, K. M., Gemmell, N. J., Dussex, N., Mouritsen, H., Thiele, N., Delmore, K., Liedvogel, M., Franke, A., Hoeppner, M. P., Krone, O., Fudickar, A. M., Milá, B., Ketterson, E. D., Fidler, A. E., Friis, G., Parody-Merino, Á. M., Battley, P. F., Cox, M. P., Lima, N. C. B., Prosdocimi, F., Parchman, T. L., Schlinger, B. A., Loiselle, B. A., Blake, J. G., Lim, H. C., Day, L. B., Fuxjager, M. J., Baldwin, M. W., Braun, M. J., Wirthlin, M., Dikow, R. B., Ryder, T. B., Camenisch, G., Keller, L. F., Dacosta, J. M., Hauber, M. E., Louder, M. I. M., Witt, C. C., McGuire, J. A., Mudge, J., Megna, L. C., Carling, M. D., Wang, B., Taylor, S. A., Del-Rio, G., Aleixo, A., Vasconcelos, A. T. R., Mello, C. V., Weir, J. T., Haussler, D., Li, Q., Yang, H., Wang, J., Lei, F., Rahbek, Carsten, Gilbert, M Thomas P, Graves, G. R., Jarvis, E. D., Paten, B. & KU, thw266, 2020, I: Nature. 587, 7833, s. 252-257

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    5. Udgivet

      Evolutionary History, Genomic Adaptation to Toxic Diet, and Extinction of the Carolina Parakeet

      Gelabert, P., Sandoval-Velasco, M., Serres, A., de Manuel, M., Renom, P., Margaryan, A., Stiller, J., de-Dios, T., Fang, Q., Feng, S., Mañosa, S., Pacheco, G., Ferrando-Bernal, M., Shi, G., Hao, F., Chen, X., Petersen, B., Olsen, R-A., Navarro, A., Deng, Y. & 6 flere, Dalén, L., Marquès-Bonet, T., KU, thw266, Antunes, A., Gilbert, M Thomas P & Lalueza-Fox, C., 2020, I: Current Biology. 30, 1, s. 108-114, e1-e5

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    6. Udgivet

      GC bias affects genomic and metagenomic reconstructions, underrepresenting GC-poor organisms

      Browne, Patrick Denis, Nielsen, Tue Kjærgaard, Kot, Witold, Aggerholm, A., Gilbert, M Thomas P, Puetz, Lara Christine, Rasmussen, M., Zervas, A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: GigaScience. 9, 2, 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    7. Udgivet

      Genomes of Pleistocene Siberian Wolves Uncover Multiple Extinct Wolf Lineages

      Ramos-Madrigal, J., Sinding, M-H. S., Carøe, C., Mak, S. S. T., Niemann, J., Samaniego Castruita, J. A., Fedorov, S., Kandyba, A., Germonpré, M., Bocherens, H., Feuerborn, T. R., Pitulko, V. V., Pavlova, E. Y., Nikolskiy, P. A., Kasparov, A. K., Ivanova, V. V., Larson, G., Frantz, L. A. F., Willerslev, E., Meldgaard, M. & 7 flere, Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, Thomas, Bachmann, L., Wiig, Ø., Hansen, Anders Johannes, Gilbert, M Thomas P & Gopalakrishnan, Shyam, 2020, I: Current biology : CB. 31, s. 198-206

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    8. Udgivet

      Genomic Adaptations and Evolutionary History of the Extinct Scimitar-Toothed Cat, Homotherium latidens

      Barnett, R., Westbury, M. V., Sandoval-Velasco, M., Vieira, F. G., Jeon, S., Zazula, G., Martin, M. D., Ho, S. Y. W., Mather, N., Gopalakrishnan, S., Ramos-Madrigal, J., de Manuel, M., Zepeda-Mendoza, M. L., Antunes, A., Baez, A. C., De Cahsan, B., Larson, G., O’Brien, S. J., Eizirik, E., Johnson, W. E. & 11 flere, Koepfli, K., Wilting, A., Fickel, J., Dalén, L., Lorenzen, Eline, Marques-Bonet, T., Hansen, Anders Johannes, KU, thw266, Bhak, J., Yamaguchi, N. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Current Biology. 30, s. 5018-5025

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    9. Udgivet

      Genomic and proteomic evidence for Mycobacterium leprae in human medieval dental calculus from Trondheim, Norway

      Vagene, A. J., Fotaki, Anna Katerina, Denham, S. D., Orbegozo, M., Mackie, Meaghan, Olsen, Jesper Velgaard, Cappellini, Enrico, Christophersen, A. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: American Journal of Physical Anthropology. 171, s. 291 1 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

    10. Udgivet

      Hi-C chromosome conformation capture sequencing of avian genomes using the BGISEQ-500 platform

      Sandoval-Velasco, Marcela, Rodríguez, Juan Antonio, Estrada, C. P., Zhang, G., Aiden, E. L., Marti-Renom, M. A., Gilbert, M Thomas P & Smith, O., 2020, I: GigaScience. 9, 8, 7 s., giaa087.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    11. Udgivet

      Historical isolation facilitates species radiation by sexual selection: Insights from Chorthippus grasshoppers

      Nolen, Z. J., Yildirim, B., Irisarri, I., Liu, Shanlin, Groot Crego, C., Amby, Daniel Buchvaldt, Mayer, F., Gilbert, M Thomas P & Pereira, R. J., 2020, I: Molecular Ecology. 29, 24, s. 4985-5002

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    12. Udgivet

      Holo-Omics: Integrated Host-Microbiota Multi-omics for Basic and Applied Biological Research

      Jessen, Lasse Nyholm, Koziol, Adam Leslie, Marcos, S., Botnen, A. B., Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Gopalakrishnan, Shyam, Limborg, Morten Tønsberg, Gilbert, M Thomas P & Alberdi, Antton, 2020, I: iScience. 23, 8, s. 1-16 101414.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    13. Udgivet

      Molecular identification and phylogenetic analysis of a Callosciurus notatus complete mitogenome from Peninsular Malaysia

      Jahari, P. N. S., Mohd Azman, S., Munian, K., Ahmad Ruzman, N. H., Shamsir, M. S., Richter, S. R., Gilbert, M Thomas P & Mohd Salleh, F., 2020, I: Mitochondrial DNA Part B: Resources. 5, 3, s. 3022-3024 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    14. Udgivet

      Multi-omic detection of Mycobacterium leprae in archaeological human dental calculus

      Fotaki, Anna Katerina, Denham, S. D., Mackie, Meaghan, Iraeta Orbegozo, Miren, Mylopotamitaki, Dorothea, Gopalakrishnan, Shyam, Sicheritz-Pontén, Thomas, Olsen, Jesper Velgaard, Cappellini, Enrico, KU, thw266, Christophersen, A., Gilbert, M Thomas P & Vågene, Åshild Joanne, 2020, I: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 375, 1812, 10 s., 20190584.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    15. Udgivet

      Near-Random Distribution of Chromosome-Derived Circular DNA in the Condensed Genome of Pigeons and the Larger, More Repeat-Rich Human Genome

      Møller, H. D., Ramos Madrigal, Jazmin, Prada Luengo, Inigo, Gilbert, M Thomas P & Regenberg, Birgitte, 2020, I: Genome Biology and Evolution. 12, 2, s. 3762-3777 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    16. Udgivet

      Phylogeny of Neotropical Seirinae (Collembola, Entomobryidae) based on mitochondrial genomes

      Godeiro, N. N., Antunes Pacheco, George, Liu, Shanlin, Gioia Cipola, N., Berbel-Filho, W. M., Zhang, F., Gilbert, M Thomas P & Bellini, B. C., 2020, I: Zoologica Scripta. 49, 3, s. 329-339

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    17. Udgivet

      Plasmodium vivax Malaria Viewed through the Lens of an Eradicated European Strain

      van Dorp, L., Gelabert, P., Rieux, A., de Manuel, M., de-Dios, T., Gopalakrishnan, Shyam, Caroe, C., Sandoval-Velasco, Marcela, Fregel, R., Olalde, I., Escosa, R., Aranda, C., Huijben, S., Mueller, I., Marques-Bonet, T., Balloux, F., Gilbert, M Thomas P & Lalueza-Fox, C., 2020, I: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 37, 3, s. 773-785 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    18. Udgivet

      Population genomics of the Viking world: [incl. correction]

      Margaryan, A., Lawson, D. J., Sikora, M., Racimo, F., Rasmussen, S., Moltke, I., Cassidy, L. M., Jørsboe, E., Ingason, A., Pedersen, M. W., Korneliussen, T., Wilhelmson, H., Buś, M. M., de Barros Damgaard, P., Martiniano, R., Renaud, G., Bhérer, C., Moreno-Mayar, J. V., Fotakis, A. K., Allen, M. & 30 flere, Allmäe, R., Molak, M., Cappellini, Enrico, Scorrano, Gabriele, McColl, Hugh, Buzhilova, A., Fox, A., Albrechtsen, Anders, Schütz, B., Skar, B., Arcini, C., Lundstrøm, I., Cheng, J., Stenderup, Jesper Tandberg, Iversen, K. H., Arge, S. V., Ellingvåg, S., Orlando, L., Pentz, P., Jessen, M. D., Pedersen, A., Jørkov, M L S, Lynnerup, Niels, Gilbert, M Thomas P, Allentoft, Morten Erik, Sindbæk, S. M., Kristiansen, K., Nielsen, Rasmus, Werge, Thomas & Willerslev, Eske, 2020, I: Nature. 585, 7825, s. 390-396 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    19. Udgivet

      Pre-extinction Demographic Stability and Genomic Signatures of Adaptation in the Woolly Rhinoceros

      Lord, E., Dussex, N., Kierczak, M., Díez-del-Molino, D., Ryder, O. A., Stanton, D. W. G., Gilbert, M. T. P., Sánchez-Barreiro, F., Zhang, G., Sinding, M. H. S., Lorenzen, E. D., Willerslev, E., Protopopov, A., Shidlovskiy, F., Fedorov, S., Bocherens, H., Nathan, S. K. S. S., Goossens, B., van der Plicht, J., Chan, Y. L. & 10 flere, Prost, S., Potapova, O., Kirillova, I., Lister, A. M., Heintzman, P. D., Kapp, J. D., Shapiro, B., Vartanyan, S., Götherström, A. & Dalén, L., 2020, I: Current Biology. 30, 19, s. 3871-3879, e1-e7 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    20. Udgivet

      Rapid loss of endogenous DNA in pig bone buried in five different environments

      Eriksen, A. M. H., Matthiesen, H., Kontopoulos, I., Gregory, D., Snoeck, C., KU, thw266, Collins, Matthew James & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Archaeometry. 62, 4, s. 827-846 20 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    21. Udgivet

      Recent mitochondrial lineage extinction in the critically endangered Javan rhinoceros

      Margaryan, Ashot, Sinding, Mikkel Holger Strander, Liu, Shanlin, Vieira, Filipe Garrett, Chan, Y. L., Nathan, S. K. S. S., Moodley, Y., Bruford, M. W. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Zoological Journal of the Linnean Society. 190, 1, s. 372-383 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    22. Udgivet

      Releasing the microbes from old bones: the effect of different DNA extraction protocols on microbial community profiling

      Eriksen, A. M. H., Puetz, Lara Christine, Rocha, C., Nielsen, Tue Kjærgaard, Hansen, Lars Hestbjerg & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: STAR: Science & Technology of Archaeological Research. 6, 1, s. 1-15 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    23. Udgivet

      The evolutionary history of extinct and living lions

      de Manuel, M., Barnett, R., Sandoval-Velasco, M., Yamaguchi, N., Vieira, F. G., Mendoza, M. L. Z., Liu, S., Martin, M. D., Sinding, M-H. S., Mak, S. S. T., Caroe, C., Liu, S., Guo, C., Zheng, J., Zazula, G., Baryshnikov, G., Eizirik, E., Koepfli, K-P., Johnson, W. E., Antunes, A. & 9 flere, Sicheritz-Pontén, Thomas, Gopalakrishnan, Shyam, Larson, G., Yang, H., O'Brien, S. J., Hansen, Anders Johannes, KU, thw266, Marques-Bonet, T. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117, 20, s. 10927-10934 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    24. Udgivet

      The first complete mitochondrial genome data of Hippocampus kuda originating from Malaysia

      Jahari, P. N. S., Malik, N. F. A., Shamsir, M. S., Gilbert, M Thomas P & Salleh, F. M., 2020, I: Data in Brief. 31, 8 s., 105721.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    25. Udgivet

      The secrets of Sobek - A crocodile mummy mitogenome from ancient Egypt

      Hekkala, E. R., Aardema, M. L., Narechania, A., Amato, G., Ikram, S., Shirley, M. H., Vliet, K. A., Cunningham, S. W., Gilbert, M Thomas P & Smith, O., 2020, I: Journal of Archaeological Science: Reports. 33, s. 1-10 10 s., 102483.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    26. Udgivet

      Tracking the history of grapevine cultivation in Georgia by combining geometric morphometrics and ancient DNA

      Bouby, L., Wales, N., Jalabadze, M., Rusishvili, N., Bonhomme, V., Ramos Madrigal, Jazmin, Evin, A., Ivorra, S., Lacombe, T., Pagnoux, C., Boaretto, E., Gilbert, M Thomas P, Bacilieri, R., Lordkipanidze, D. & Maghradze, D., 2020, I: Vegetation History and Archaeobotany. 30, s. 63-76 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    27. Udgivet

      Using in silico predicted ancestral genomes to improve the efficiency of paleogenome reconstruction

      Vieira, Filipe Garrett, Castruita, J. A. S. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Ecology and Evolution. 10, 23, s. 12700-12709

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    28. 2019
    29. Udgivet

      Resolving a clinical tuberculosis outbreak using palaeogenomic genome reconstruction methodologies

      Jones, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Harris, L. G., Morgan, S., Temple, M., Ruddy, M. C., Williams, R., Perry, M. D., Hitchings, M., Wilkinson, T. S., Humphrey, T., Gilbert, M Thomas P & Davies, A. P., dec. 2019, I: Tuberculosis. 119, 5 s., 101865.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    30. Udgivet

      Promises and pitfalls of using high-throughput sequencing for diet analysis

      Alberdi, Antton, Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Bohmann, Kristine, Gopalakrishnan, Shyam, Lynggaard, Christina Islas, Nielsen, M. & Gilbert, M Thomas P, mar. 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 2, s. 327-348

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    31. Udgivet

      Ancient DNA reveals the timing and persistence of organellar genetic bottlenecks over 3,000 years of sunflower domestication and improvement

      Wales, N., Akman, M., Watson, R. H. B., Sánchez Barreiro, F., Smith, B. D., Gremillion, K. J., Gilbert, M Thomas P & Blackman, B. K., 1 jan. 2019, I: Evolutionary Applications. 12, 1, s. 38-53

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    32. Udgivet

      DNA extraction from keratin and chitin

      Campos, P. F. & Gilbert, M Thomas P, 1 jan. 2019, Methods in Molecular Biology. Humana Press, s. 57-63 7 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1963).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

    33. Udgivet

      31° South: Dietary niche of an arid‐zone endemic passerine

      Ribeiro, Â. M., Smit, B. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Environmental Engineering. 1, 2, s. 109-118

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    34. Udgivet

      31º South: The physiology of adaptation to arid conditions in a passerine bird

      Ribeiro, Â. M., Puetz, Lara Christine, Pattinson, N. B., Dalén, L., Deng, Y., KU, thw266, Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Smit, B. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Molecular Ecology. 28, 16, s. 3709-3721 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    35. Udgivet

      A 5700 year-old human genome and oral microbiome from chewed birch pitch

      Jensen, T. Z. T., Niemann, J., Iversen, K. H., Fotakis, A. K., Gopalakrishnan, S., Vågene, Å. J., Pedersen, M. W., Sinding, M-H. S., Ellegaard, M. R., Allentoft, M. E., Lanigan, L. T., Taurozzi, A. J., Nielsen, S. H., Dee, M. W., Mortensen, M. N., Christensen, M. C., Sørensen, S. A., Collins, M. J., Gilbert, M. T. P., Sikora, M. & 2 flere, Rasmussen, Simon & Schroeder, Hannes, 2019, I: Nature Communications. 10, 10 s., 5520.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    36. Udgivet

      A comparison of storage methods for gut microbiome studies in teleosts: insights from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

      Hildonen, M., Kodama, M., Puetz, Lara Christine, Gilbert, M Thomas P & Limborg, Morten Tønsberg, 2019, I: Journal of Microbiological Methods. 160, s. 42-48

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    37. Udgivet

      A guide to the application of Hill numbers to DNA-based diversity analyses

      Alberdi, Antton & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 4, s. 804-817 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    38. Udgivet

      A simplified DNA extraction protocol for unsorted bulk arthropod samples that maintains exoskeletal integrity

      Nielsen, M., Gilbert, M Thomas P, Pape, Thomas & Bohmann, Kristine, 2019, I: Environmental DNA. 1, 2, s. 144-154

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    39. Udgivet

      Ancient RNA from Late Pleistocene permafrost and historical canids shows tissue-specific transcriptome survival

      Smith, O., Dunshea, G., Sinding, M. S., Fedorov, S., Germonpre, M., Bocherens, H. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: PLOS Biology. 17, 7, s. 1-28 e3000166.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    40. Udgivet

      Ancient pigs reveal a near-complete genomic turnover following their introduction to Europe

      Frantz, L. A. F., Haile, J., Lin, A. T., Scheu, A., Geoerg, C., Benecke, N., Alexander, M., Linderholm, A., Mullin, V. E., Daly, K. G., Battista, V. M., Price, M., Gron, K. J., Alexandri, P., Arbogast, R-M., Arbuckle, B., Balasescu, A., Barnett, R., Bartosiewicz, L., Baryshnikov, G. & 80 flere, Bonsall, C., Boric, D., Boroneant, A., Bulatovic, J., Cakirlar, C., Carretero, J., Chapman, J., Church, M., Crooijmans, R., De Cupere, B., Detry, C., Dimitrijevic, V., Dumitrascu, V., du Plessis, L., Edwards, C. J., Erek, C. M., Erim-Ozdogan, A., Ervynck, A., Fulgione, D., Gligor, M., Gotherstrom, A., Gourichon, L., Groenen, M. A. M., Helmer, D., Hongo, H., Horwitz, L. K., Irving-Pease, E. K., Lebrasseur, O., Lesur, J., Malone, C., Manaseryan, N., Marciniak, A., Martlew, H., Mashkour, M., Matthews, R., Matuzeviciute, G. M., Maziar, S., Meijaard, E., McGovern, T., Megens, H., Miller, R., Mohaseb, A. F., Orschiedt, J., Orton, D., Papathanasiou, A., Pearson, M. P., Pinhasi, R., Radmanovic, D., Ricaut, F., Richards, M., Sabin, R., Sarti, L., Schier, W., Sheikhi, S., Stephan, E., Stewart, J. R., Stoddart, S., Tagliacozzo, A., Tasic, N., Trantalidou, K., Tresset, A., Valdiosera, C., van den Hurk, Y., Van Poucke, S., Vigne, J., Yanevich, A., Zeeb-Lanz, A., Triantafyllidis, A., Gilbert, M Thomas P, Schibler, J., Rowley-Conwy, P., Zeder, M., Peters, J., Cucchi, T., Bradley, D. G., Dobney, K., Burger, J., Evin, A., Girdland-Flink, L. & Larson, G., 2019, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116, 35, s. 17231-17238

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    41. Udgivet

      Avian Binocularity and Adaptation to Nocturnal Environments: Genomic Insights from a Highly Derived Visual Phenotype

      Borges, R., Fonseca, J., Gomes, C., Johnson, W. E., O'Brien, S. J., KU, thw266, Gilbert, M Thomas P, Jarvis, E. D. & Antunes, A., 2019, I: Genome Biology and Evolution. 11, 8, s. 2244-2255

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    42. Udgivet

      Biological adaptations in the Arctic cervid, the reindeer (Rangifer tarandus)

      Lin, Z., Chen, L., Chen, X., Zhong, Y., Yang, Y., Xia, W., Liu, C., Zhu, W., Wang, H., Yan, B., Yang, Y., Liu, X., Kvie, K. S., Røed, K. H., Wang, K., Xiao, W., Wei, H., Li, G., Heller, R., Gilbert, M. T. P. & 3 flere, Qiu, Q., Wang, W. & Li, Z., 2019, I: Science. 364, 6446, s. 1154-+ 7 s., eaav6312.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    43. Udgivet

      Contrasting dates of rainforest fragmentation in Africa inferred from trees with different dispersal abilities

      Pineiro, R., Hardy, O. J., Tovar, C., Gopalakrishnan, Shyam, Vieira, Filipe Garrett & Gilbert, M Thomas P, 2019, 19 s. (bioRxiv).

      Publikation: Working paperPreprintForskning

    44. Udgivet

      DNA metabarcoding - need for robust experimental designs to draw sound ecological conclusions

      Zinger, L., Bonin, A., Alsos, I. G., Bálint, M., Bik, H., Boyer, F., Chariton, A. A., Creer, S., Coissac, E., Deagle, B. E., De Barba, M., Dickie, I. A., Dumbrell, A. J., Ficetola, G. F., Fierer, N., Fumagalli, L., Gilbert, M. T. P., Jarman, S., Jumpponen, A., Kauserud, H. & 7 flere, Orlando, L., Pansu, J., Pawlowski, J., Tedersoo, L., Thomsen, P. F., Willerslev, Eske & Taberlet, P., 2019, I: Molecular Ecology. 28, 8, s. 1857-1862 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskningfagfællebedømt

    45. Udgivet

      Demographic reconstruction from ancient DNA supports rapid extinction of the great auk

      Thomas, J. E., Carvalho, G. R., Haile, J., Rawlence, N. J., Martin, M. D., Ho, S. Y. W., Sigfusson, A. P., Josefsson, V. A., Frederiksen, M., Linnebjerg, J. F., Castruita, J. A. S., Niemann, J., Sinding, M-H. S., Sandoval-Velasco, M., Soares, A. E. R., Lacy, R., Barilaro, C., Best, J., Brandis, D., Cavallo, C. & 17 flere, Elorza, M., Garrett, K. L., Groot, M., Johansson, F., Lifjeld, J. T., Nilson, G., Serjeanston, D., Sweet, P., Fuller, E., Hufthammer, A. K., Meldgaard, Morten, Fjeldså, Jon, Shapiro, B., Hofreiter, M., Stewart, J. R., Gilbert, M Thomas P & Knapp, M., 2019, I: eLife. 8, 35 s., e47509.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    46. Udgivet

      Diabetic cats have decreased gut microbial diversity and a lack of butyrate producing bacteria

      Kieler, Ida Nordang, Osto, M., Hugentobler, L., Puetz, Lara Christine, Gilbert, M Thomas P, Hansen, Torben, Pedersen, Oluf Borbye, Reusch, C. E., Zini, E., Lutz, T. A. & Bjørnvad, Charlotte Reinhard, 2019, I: Scientific Reports. 9, s. 1-13 13 s., 4822.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    47. Udgivet

      Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinus phylogeny

      Cappellini, E., Welker, F., Pandolfi, L., Ramos-Madrigal, J., Samodova, D., Rüther, P. L., Fotakis, A. K., Lyon, D., Moreno-Mayar, J. V., Bukhsianidze, M., Rakownikow Jersie-Christensen, R., Mackie, M., Ginolhac, A., Ferring, R., Tappen, M., Palkopoulou, E., Dickinson, M. R., Stafford, T. W., Chan, Y. L., Götherström, A. & 23 flere, Nathan, S. K. S. S., Heintzman, P. D., Kapp, J. D., Kirillova, I., Moodley, Y., Agusti, J., Kahlke, R. D., Kiladze, G., Martínez-Navarro, B., Liu, Shanlin, Sandoval-Velasco, Marcela, Sinding, Mikkel Holger Strander, Kelstrup, C. D., Allentoft, Morten Erik, Orlando, L., Penkman, K., Shapiro, B., Rook, L., Dalén, L., Gilbert, M Thomas P, Olsen, Jesper Velgaard, Lordkipanidze, D. & Willerslev, Eske, 2019, I: Nature. 574, 7776, s. 103-107

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    48. Udgivet

      Genetic affinities of an eradicated European Plasmodium falciparum strain

      de-Dios, T., van Dorp, L., Gelabert, P., Carøe, C., Sandoval-Velasco, Marcela, Fregel, R., Escosa, R., Aranda, C., Huijben, S., Balloux, F., Gilbert, M Thomas P & Lalueza-Fox, C., 2019, I: Microbial Genomics. 5, 9, 7 s., 289.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    49. Udgivet

      High-coverage genomes to elucidate the evolution of penguins

      Pan, H., Cole, T. L., Bi, X., Fang, M., Zhou, C., Yang, Z., Ksepka, D. T., Hart, T., Bouzat, J. L., Argilla, L. S., Bertelsen, M. F., Boersma, P. D., Bost, C. A., Cherel, Y., Dann, P., Fiddaman, S. R., Howard, P., Labuschagne, K., Mattern, T., Miller, G. & 26 flere, Parker, P., Phillips, R. A., Quillfeldt, P., Ryan, P. G., Taylor, H., Thompson, D. R., Young, M. J., Ellegaard, M. R., Gilbert, M Thomas P, Sinding, Mikkel Holger Strander, Antunes Pacheco, George, Shepherd, L. D., Tennyson, A. J. D., Grosser, S., Kay, E., Nupen, L. J., Ellenberg, U., Houston, D. M., Reeve, A. H., Johnson, K., Masello, J. F., Stracke, T., McKinlay, B., Borboroglu, P. G., Zhang, D. X. & KU, thw266, 2019, I: GigaScience. 8, 9, s. 1-17

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    50. Udgivet

      Host-derived population genomics data provides insights into bacterial and diatom composition of the killer whale skin

      Hooper, R., Brealey, J. C., van der Valk, T., Alberdi, Antton, Durban, J. W., Fearnbach, H., Robertson, K. M., Baird, R. W., Bradley Hanson, M., Wade, P., Gilbert, M Thomas P, Morin, P. A., Wolf, J. B. W., Foote, A. D. & Guschanski, K., 2019, I: Molecular Ecology. 28, 2, s. 484-502 19 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    51. Udgivet

      Killer whale genomes reveal a complex history of recurrent admixture and vicariance

      Foote, A. D., Martin, M. D., Louis, M., Pacheco, G., Robertson, K. M., Sinding, M-H. S., Amaral, A. R., Baird, R. W., Baker, C. S., Ballance, L., Barlow, J., Brownlow, A., Collins, T., Constantine, R., Dabin, W., Dalla Rosa, L., Davison, N. J., Durban, J. W., Esteban, R., Ferguson, S. H. & 15 flere, Gerrodette, T., Guinet, C., Hanson, M. B., Hoggard, W., Matthews, C. J. D., Samarra, F. I. P., de Stephanis, R., Tavares, S. B., Tixier, P., Totterdell, J. A., Wade, P., Excoffier, L., Gilbert, M Thomas P, Wolf, J. B. W. & Morin, P. A., 2019, I: Molecular Ecology. 28, 14, s. 3427-3444 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    52. Udgivet

      Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits

      Chen, L., Qin, Q., Jiang, Y., Wang, K., Lin, Z., Li, Z., Bibi, F., Yang, Y., Wang, J., Nie, W., Su, W., Liu, G., Li, Q., Fu, W., Pan, X., Liu, C., Yang, J., Zhang, C., Yin, Y., Wang, Y. & 32 flere, Zhao, Y., Zhang, C., Wang, Z., Qin, Y., Liu, W., Wang, B., Ren, Y., Zhang, R., Zeng, Y., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Wei, B., Li, R., Wan, W., Zhao, R., Zhu, W., Wang, Y., Duan, S., Gao, Y., Zhang, Y. E., Chen, C., Hvilsom, C., Epps, C. W., Chemnick, L. G., Doug, Y., Mirarab, S., Siegismund, Hans Redlef, Ryder, O. A., Gilbert, M Thomas P, Lewin, H. A., KU, thw266, Heller, Rasmus & Wang, W., 2019, I: Science. 364, 6446, s. 1152-

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    53. Udgivet

      Mitogenomic evidence of close relationships between New Zealand's extinct giant raptors and small-sized Australian sister-taxa

      Knapp, M., Thomas, J. E., Haile, James Seymour, Prost, S., Ho, S. Y. W., Dussex, N., Cameron-Christie, S., Kardailsky, O., Barnett, R., Bunce, M., Gilbert, M Thomas P & Scofield, R. P., 2019, I: Molecular Phylogenetics and Evolution. 134, s. 122-128

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    54. Udgivet

      MobiSeq: De novo SNP discovery in model and non-model species through sequencing the flanking region of transposable elements

      Rey de la Iglesia, Alba, Gopalakrishan, S., Carøe, C., Alquezar-Planas, D. E., Nielsen, A. A., Röder, T., Pedersen, Lene Bruhn, Næsborg-Nielsen, C., Sinding, Mikkel Holger Strander, Rath, Martin Fredensborg, Li, Z., Petersen, Bent, Gilbert, M Thomas P, Bunce, M., Mourier, T. & Hansen, Anders Johannes, 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 2, s. 512-525 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    55. Udgivet

      Multi-omics and potential applications in wine production

      Sirén, K., Mak, Sarah Siu Tze, Fischer, U., Hansen, Lars Hestbjerg & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Current Opinion in Biotechnology. 56, s. 172-178

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    56. Udgivet

      Palaeogenomic insights into the origins of French grapevine diversity

      Ramos Madrigal, Jazmin, Runge, Anne Kathrine Wiborg, Bouby, L., Lacombe, T., Samaniego Castruita, J. A., Adam-Blondon, A., Figueiral, I., Hallavant, C., Schaal, C., Töpfer, R., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, T., This, P., Bacilieri, R., Gilbert, M Thomas P & Wales, N., 2019, I: Nature Plants. 5, 6, s. 595-603 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    57. Udgivet

      Parallel adaptation of rabbit populations to myxoma virus

      Alves, J. M., Carneiro, M., Cheng, J. Y., Matos, A. L. D., Rahman, M. M., Loog, L., Campos, P. F., Wales, N., Eriksson, A., Manica, A., Strive, T., Graham, S. C., Afonso, S., Bell, D. J., Belmont, L., Day, J. P., Fuller, S. J., Marchandeau, S., Palmer, W. J., Queney, G. & 8 flere, Surridge, A. K., Vieira, Filipe Garrett, McFadden, G., Nielsen, Rasmus, Gilbert, M Thomas P, Esteves, P. J., Ferrand, N. & Jiggins, F. M., 2019, I: Science. 363, 6433

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    58. Udgivet

      Postglacial Colonization of Northern Coastal Habitat by Bottlenose Dolphins: a Marine Leading-Edge Expansion?

      Nykänen, M., Kaschner, K., Dabin, W., Brownlow, A., Davison, N. J., Deaville, R., Garilao, C., Kesner-Reyes, K., Gilbert, M Thomas P, Penrose, R., Islas-Villanueva, V., Wales, N., Ingram, S. N., Rogan, E., Louis, Marie Georgette Yolande J & Foote, A. D., 2019, I: The Journal of Heredity. 110, 6, s. 662-674

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    59. Udgivet

      Progress for research of grape and wine culture in Georgia, the South Caucasus

      Maghradze, D., Aslanishvili, A., Mdinaradze, I., Tkemaladze, D., Mekhuzla, L., Lordkipanidze, D., Jalabadze, M., Kvavadze, E., Rusishvili, N., Mcgovern, P., This, P., Bacilieri, R., Failla, O., Cola, G., Mariani, L., Toffolatti, S. L., Lorenzis, G. D., Bianco, P. A., Quaglino, F., Wales, N. & 11 flere, Gilbert, M Thomas P, Bouby, L., Kazeli, T., Ujmajuridze, L., Mamasakhlisashili, L., Batiuk, S., Graham, A., Boaretto, E., Cheishvili, A., Davitashvili, A. L. & Aurand, J. (red.), 2019. 10 s.

      Publikation: KonferencebidragPaperForskningfagfællebedømt

    60. Udgivet

      Skmer: assembly-free and alignment-free sample identification using genome skims

      Sarmashghi, S., Bohmann, Kristine, Gilbert, M Thomas P, Bafna, V. & Mirarab, S., 2019, I: Genome Biology. 20, 20 s., 34.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    61. Udgivet

      Specialized sledge dogs accompanied Inuit dispersal across the North American Arctic

      Ameen, C., Feuerborn, T. R., Brown, S. K., Linderholm, A., Hulme-Beaman, A., Lebrasseur, O., Sinding, M-H. S., Lounsberry, Z. T., Lin, A. T., Appelt, M., Bachmann, L., Betts, M., Britton, K., Darwent, J., Dietz, R., Fredholm, M., Gopalakrishnan, S., Goriunova, O. I., Grønnow, B., Haile, J. & 39 flere, Hallsson, J. H., Harrison, R., Heide-Jørgensen, M. P., Knecht, R., Losey, R. J., Masson-MacLean, E., McGovern, T. H., McManus-Fry, E., Meldgaard, Morten, Midtdal, Å., Moss, M. L., Nikitin, I. G., Nomokonova, T., Pálsdóttir, A. H., Perri, A., Popov, A. N., Rankin, L., Reuther, J. D., Sablin, M., Schmidt, A. L., Shirar, S., Smiarowski, K., Sonne, C., Stiner, M. C., Vasyukov, M., West, C. F., Ween, G. B., Wennerberg, S. E., Wiig, Ø., Woollett, J., Dalén, L., Hansen, Anders Johannes, Gilbert, M Thomas P, Sacks, B. N., Frantz, L., Larson, G., Dobney, K., Darwent, C. M. & Evin, A., 2019, I: Proceedings. Biological sciences. 286, 1916, s. 20191929

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    62. Udgivet

      Taxonomic and Functional Characterization of the Microbial Community During Spontaneous in vitro Fermentation of Riesling Must

      Sirén, K., Mak, Sarah Siu Tze, Melkonian, C., Carøe, C., Swiegers, J. H., Molenaar, D., Fischer, U. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, 17 s., 697.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    63. Udgivet

      The Genomic Footprints of the Fall and Recovery of the Crested Ibis

      Feng, S., Fang, Q., Barnett, R., Li, C., Han, S., Kuhlwilm, M., Zhou, L., Pan, H., Deng, Y., Chen, G., Gamauf, A., Woog, F., Prys-Jones, R., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & KU, thw266, 2019, I: Current Biology. 29, 2, s. 340-349, e1-e7

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    64. Udgivet

      The Vertebrate TLR Supergene Family Evolved Dynamically by Gene Gain/Loss and Positive Selection Revealing a Host-Pathogen Arms Race in Birds

      Khan, I., Maldonado, E., Silva, L., Almeida, D., Johnson, W. E., O'Brien, S. J., KU, thw266, Jarvis, E. D., Gilbert, M Thomas P & Antunes, A., 2019, I: Diversity. 11, 8, 25 s., 131.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    65. Udgivet

      The discovery of Neotropical Lepidosira (Collembola, Entomobryidae) and its systematic position

      Nunes, R. C., Godeiro, N. N., Antunes Pacheco, George, Liu, Shanlin, Gilbert, M Thomas P, Alvarez-Valin, F., Zhang, F. & Bellini, B. C., 2019, I: Zoologica Scripta. 48, 6, s. 783-800

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    66. Udgivet

      The genetic origins of Saint Helena’s liberated Africans

      Sandoval-Velasco, Marcela, Jagadeesan, A., Ávila-Arcos, M. C., Gopalakrishnan, Shyam, Ramos Madrigal, Jazmin, Moreno Mayar, J. Víctor, Renaud, Gabriel, Cruz-Dávalos, D. I., Johannesdóttir, E., Watson, J., Robson-Brown, K., Pearson, A., Helgason, A., Gilbert, M Thomas P & Schroeder, Hannes, 2019, bioRxiv, 16 s.

      Publikation: Working paperPreprintForskning

    67. Udgivet

      Using metabarcoding to compare the suitability of two blood-feeding leech species for sampling mammalian diversity in North Borneo

      Drinkwater, R., Schnell, I. B., Bohmann, Kristine, Bernard, H., Veron, G., Clare, E., Gilbert, M Thomas P & Rossiter, S. J., 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 1, s. 105-117

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    68. 2018
    69. Udgivet

      Multiproxy evidence highlights a complex evolutionary legacy of maize in South America

      Kistler, L., Maezumi, S. Y., Gregorio De Souza, J., Przelomska, N. A. S., Malaquias Costa, F., Smith, O., Loiselle, H., Ramos Madrigal, Jazmin, Wales, N., Ribeiro, E. R., Morrison, R. R., Grimaldo, C., Prous, A. P., Arriaza, B., Gilbert, M Thomas P, De Oliveira Freitas, F. & Allaby, R. G., 14 dec. 2018, I: Science. 362, 6420, s. 1309-1313

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    70. Udgivet

      Ancient DNA analysis of Scandinavian medieval drinking horns and the horn of the last aurochs bull

      Bro-Jørgensen, M. H., Carøe, C., Vieira, Filipe Garrett, Nestor, S., Hallström, A., Gregersen, K. M., Etting, V., Gilbert, M Thomas P & Sinding, Mikkel Holger Strander, 1 nov. 2018, I: Journal of Archaeological Science. 99, s. 47-54 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    71. Udgivet

      Testosterone in ancient hair from an extinct species

      Koren, L., Matas, D., Pečnerová, P., Dalén, L., Tikhonov, A., Gilbert, M Thomas P, Wynne-edwards, K. E. & Geffen, E., 1 nov. 2018, I: Special Papers in Palaeontology. 61, 6, s. 797-802

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    72. Udgivet

      Pan-genome Analysis of Ancient and Modern Salmonella enterica Demonstrates Genomic Stability of the Invasive Para C Lineage for Millennia

      Zhou, Z., Lundstrøm, I. K. C., Tran-Dien, A., Duchêne, S., Alikhan, N., Sergeant, M. J., Langridge, G., Fotaki, Anna Katerina, Nair, S., Stenøien, H. K., Hamre, S. S., Casjens, S., Christophersen, A., Quince, C., Thomson, N. R., Weill, F., Ho, S. Y. W., Gilbert, M Thomas P & Achtman, M., 6 aug. 2018, I: Current Biology. 28, 15, s. 2420-2429 20 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    73. Udgivet

      Whole-Genome Sequencing of African Dogs Provides Insights into Adaptations against Tropical Parasites

      Liu, Y., Wang, L., Xu, T., Guo, X., Li, Y., Yin, T., Yang, H., Hu, Y., Adeola, A. C., Sanke, O. J., Otecko, N. O., Wang, M., Ma, Y., Charles, O. S., Sinding, M. S., Gopalakrishnan, S., Alfredo Samaniego, J., Hansen, A. J., Fernandes, C., Gaubert, P. & 10 flere, Budd, J., Dawuda, P. M., Knispel Rueness, E., Jiang, L., Zhai, W., Gilbert, M Thomas P, Peng, M., Qi, X., Wang, G. & Zhang, Y., 1 feb. 2018, I: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 35, 2, s. 287-298

      Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

    74. Udgivet

      Assembly-free and alignment-free sample identification using genome skims

      Sarmashghi, S., Bohmann, Kristine, Gilbert, M Thomas P, Bafna, V. & Mirarab, S., 1 jan. 2018, I: Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 10812, s. 276-277 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningfagfællebedømt

    75. Udgivet

      Agriculture shapes the trophic niche of a bat preying on multiple pest arthropods across Europe: Evidence from DNA metabarcoding

      Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Budinski, I., Georgiakakis, P., Gopalakrishnan, Shyam, Ibanez, C., Mata, V., Rebelo, H., Russo, D., Szodoray-Paradi, F., Zhelyazkova, V., Zrncic, V., Gilbert, M Thomas P & Alberdi, Antton, 2018, I: Molecular Ecology. 27, 3, s. 815-825 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    76. Udgivet

      Ancient genomes from Iceland reveal the making of a human population

      Ebenesersdóttir, S. S., Sandoval Velasco, M., Gunnarsdóttir, E. D., Jagadeesan, A., Guðmundsdóttir, V. B., Thordardóttir, E. L., Einarsdóttir, M. S., Moore, K. H. S., Sigurðsson, Á., Magnusdóttir, D. N., Jonsson, H., Snorradóttir, S., Hovig, E., Møller, P., Kockum, I., Olsson, T., Alfredsson, L., Hansen, T. F., Werge, T., Cavalleri, G. L. & 10 flere, Gilbert, E., Lalueza-Fox, C., Walser, J. ,. I., Kristjánsdóttir, S., Gopalakrishnan, Shyam, Árnadóttir, L., Magnússon, Ó. Þ., Gilbert, M Thomas P, Stefánsson, K. & Helgason, A., 2018, I: Science. 360, 6392, s. 1028-1032 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    77. Udgivet

      Applied Hologenomics: Feasibility and Potential in Aquaculture

      Limborg, Morten Tønsberg, Alberdi, Antton, Kodama, M., Roggenbuck, M., Kristiansen, Karsten & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Trends in Biotechnology. 36, 3, s. 252-264 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    78. Udgivet

      Bat biology, genomes, and the Bat1K project: to generate chromosome-level genomes for all living bat species

      Teeling, E. C., Vernes, S. C., Dávalos, L. M., Ray, D. A., Gilbert, M Thomas P & Myers, E., 2018, I: Annual Review of Animal Biosciences. 6, s. 23-46 24 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    79. Udgivet

      Debugging diversity – a pan-continental exploration of the potential of terrestrial blood-feeding leeches as a vertebrate monitoring tool

      Schnell, I. B., Bohmann, K., Schultze, S. E., Richter, S. R., Murray, D. C., Sinding, M. H. S., Bass, D., Cadle, J. E., Campbell, M. J., Dolch, R., Edwards, D. P., Gray, T. N. E., Hansen, T., Hoa, A. N. Q., Noer, C. L., Heise-Pavlov, S., Sander Pedersen, A. F., Ramamonjisoa, J. C., Siddall, M. E., Tilker, A. & 7 flere, Traeholt, C., Wilkinson, N., Woodcock, P., Yu, D. W., Bertelsen, Mads Frost, Bunce, M. & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Molecular Ecology Resources. 18, 6, s. 1282-1298 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    80. Udgivet

      Earth BioGenome Project: sequencing life for the future of life

      Lewin, H. A., Robinson, G. E., Kress, W. J., Baker, W. J., Coddington, J., Crandall, K. A., Durbin, R., Edwards, S. V., Forest, F., Gilbert, M. T. P., Goldstein, M. M., Grigoriev, I. V., Hackett, K. J., Haussler, D., Jarvis, E. D., Johnson, W. E., Patrinos, A., Richards, S., Castilla-Rubio, J. C., van Sluys, M-A. & 4 flere, Soltis, P. S., Xu, X., Yang, H. & KU, thw266, 2018, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 115, 17, s. 4325-4333 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    81. Udgivet

      Greenland sled dogs at risk of extinction

      Sonne, C., Langebæk, Rikke, Dietz, R., Andersen-Ranberg, E., Houser, G., Hansen, Anders Johannes, Sinding, Mikkel Holger Strander, Olsen, Morten Tange, Egevang, C., Gilbert, M Thomas P & Meldgaard, Morten, 2018, I: Science. 360, 6393, s. 1080-1080

      Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

    82. Udgivet

      Hologenomic adaptations underlying the evolution of sanguivory in the common vampire bat

      Zepeda Mendoza, M. L., Xiong, Z., Escalera-Zamudio, M., Runge, A. K. W., Thézé, J., Streicker, D., Frank, H. K., Loza-Rubio, E., Liu, S., Ryder, O. A., Castruita, J. A. S., Katzourakis, A., Pacheco, G. A., Taboada, B., Löber, U., Pybus, O. G., Li, Y., Rojas-Anaya, E., Bohmann, K., Carmona Baez, A. & 9 flere, Arias, C. F., Liu, S., Greenwood, A. D., Bertelsen, Mads Frost, White, N. E., Bunce, M., KU, thw266, Sicheritz-Ponten, T. & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Nature Ecology & Evolution. 2, 4, s. 659-668 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    83. Udgivet

      Improved Genome Assembly and Annotation for the Rock Pigeon (Columba livia)

      Holt, C., Campbell, M., Keays, D. A., Edelman, N., Kapusta, A., Maclary, E., Domyan, E. T., Suh, A., Warren, W. C., Yandell, M., Gilbert, M Thomas P & Shapiro, M. D., 2018, I: G3: Genes, Genomes, Genetics (Bethesda). 8, 5, s. 1391-1398 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    84. Udgivet

      Mind the gut: genomic insights to population divergence and gut microbial composition of two marine keystone species

      Fietz, K., Hintze, C. O. R., Skovrind, Mikkel, Nielsen, Tue Kjærgaard, Limborg, Morten Tønsberg, Krag, M. A., Palsboll, P. J., Hansen, L. H., Møller, Peter Rask & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Microbiome. 6, 16 s., 82.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    85. Udgivet

      No longer locally extinct? Tracing the origins of a lion (Panthera leo) living in Gabon

      Barnett, R., Sinding, M. S., Vieira, Filipe Garrett, Mendoza, M. L. Z., Bonnet, M., Araldi, A., Kienast, I., Zambarda, A., Yamaguchi, N., Henschel, P. & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Conservation Genetics. 19, 3, s. 611-618 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    86. Udgivet

      Population genomics of grey wolves and wolf-like canids in North America

      Sinding, Mikkel Holger Strander, Gopalakrishan, S., Vieira, Filipe Garrett, Samaniego Castruita, J. A., Raundrup, K., Heide-Jørgensen, M. P., Meldgaard, Morten, Petersen, Bent, Sicheritz-Ponten, T., Mikkelsen, J. B., Marquard-Petersen, U., Dietz, R., Sonne, C., Dalén, L., Bachmann, L., Wiig, Ø., Hansen, Anders Johannes & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: PLOS Genetics. 14, 11, 23 s., e1007745.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    87. Udgivet

      Protective role of the vulture facial skin and gut microbiomes aid adaptation to scavenging

      Zepeda Mendoza, M. L., Roggenbuck, M., Manzano Vargas, K., Hansen, L. H., Brunak, Søren, Gilbert, M Thomas P & Sicheritz-Pontén, Thomas, 2018, I: Acta Veterinaria Scandinavica. 60, 1, s. 1-19 19 s., 61.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    88. Udgivet

      Quantifying Temporal Genomic Erosion in Endangered Species

      Diez-del-Molino, D., Sanchez Barreiro, F., Barnes, I., Gilbert, M Thomas P & Dalen, L., 2018, I: Trends in Ecology & Evolution. 33, 3, s. 176-185 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    89. Udgivet

      Scrutinizing key steps for reliable metabarcoding of environmental samples

      Alberdi, Antton, Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Gilbert, M Thomas P & Bohmann, Kristine, 2018, I: Methods in Ecology and Evolution. 9, 1, s. 134-147 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    90. Udgivet

      Single-tube library preparation for degraded DNA

      Carøe, C., Gopalakrishnan, Shyam, Vinner, Lasse, Mak, Sarah Siu Tze, Sinding, Mikkel Holger Strander, Samaniego, J. A., Wales, N., Sicheritz-Ponten, T. & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Methods in Ecology and Evolution. 9, 2, s. 410-419 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    91. Udgivet
    92. Udgivet

      The evolutionary history of dogs in the Americas

      Leathlobhair, M. N., Perri, A. R., Irving-Pease, E. K., Witt, K. E., Linderholm, A., Haile, J., Lebrasseur, O., Ameen, C., Blick, J., Boyko, A. R., Brace, S., Cortes, Y. N., Crockford, S. J., Devault, A., Dimopoulos, E. A., Eldridge, M., Enk, J., Gopalakrishnan, S., Gori, K., Grimes, V. & 30 flere, Guiry, E., Hansen, Anders Johannes, Hulme-Beaman, A., Johnson, J., Kitchen, A., Kasparov, A. K., Kwon, Y., Nikolskiy, P. A., Lope, C. P., Manin, A., Martin, T., Meyer, M., Myers, K. N., Omura, M., Rouillard, J., Pavlova, E. Y., Sciulli, P., Sinding, M. S., Strakova, A., Ivanova, V. V., Widga, C., Willerslev, Eske, Pitulko, V. V., Barnes, I., Gilbert, M Thomas P, Dobney, K. M., Malhi, R. S., Murchison, E. P., Larson, G. & Frantz, L. A. F., 2018, I: Science. 361, 6397, s. 81-85 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    93. Udgivet

      Using DNA metabarcoding for simultaneous inference of common vampire bat diet and population structure

      Bohmann, Kristine, Gopalakrishnan, Shyam, Nielsen, M., Santos-Bay, Luisa, Jones, G., Streicker, D. G. & Gilbert, M Thomas P, 2018, I: Molecular Ecology Resources. 18, 5, s. 1050-1063 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    94. 2017
    95. Udgivet

      Natural selection shaped the rise and fall of passenger pigeon genomic diversity

      Murray, G. G. R., Soares, A. E. R., Novak, B. J., Schaefer, N. K., Cahill, J. A., Baker, A. J., Demboski, J. R., Doll, A., Rodrigues da Fonseca, R. A., Fulton, T. L., Gilbert, T., Heintzman, P. D., Letts, B., McIntosh, G., O'Connell, B. L., Peck, M., Pipes, M-L., Rice, E. S., Santos, K. M., Sohrweide, A. G. & 4 flere, Vohr, S. H., Corbett-Detig, R. B., Green, R. E. & Shapiro, B., 17 nov. 2017, I: Science. 358, 6365, s. 951-954 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    96. Udgivet

      Evolutionary history of Saber-toothed cats based on ancient mitogenomics

      Paijmans, J. L. A., Barnett, R., Gilbert, M Thomas P, Zepeda Mendoza, M. L., Reumer, J. W. F., de Vos, J., Zazula, G., Nagel, D., Baryshnikov, G. F., Leonard, J. A., Rohland, N., Westbury, Michael Vincent, Barlow, A. & Hofreiter, M., 6 nov. 2017, I: Current Biology. 27, 21, s. 3330-3336 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    97. Udgivet

      Genome-wide ancestry and demographic history of African-descendant Maroon communities from French Guiana and Suriname

      Fortes-Lima, C., Gessain, A., Ruiz-Linares, A., Bortolini, M., Migot-Nabias, F., Bellis, G., Moreno Mayar, J. Víctor, Restrepo, B. N., Rojas, W., Avendaño-Tamayo, E., Bedoya, G., Orlando, L. A. A., Salas, A., Helgason, A., Gilbert, M Thomas P, Sikora, Martin, Schroeder, Hannes & Dugoujon, J., 2 nov. 2017, I: American Journal of Human Genetics. 101, 5, s. 725-736 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    98. Udgivet

      An expanded mammal mitogenome dataset from Southeast Asia

      Mohd Salleh, F. B., Ramos Madrigal, Jazmin, Peñaloza, F., Liu, Shanlin, Sinding, Mikkel Holger Strander, Patel, R. P., Martins, R., Lenz, D., Fickel, J., Roos, C., Shamsir, M. S., Azman, M. S., Lim, B. K., Rossiter, S. J., Wilting, A. & Gilbert, M Thomas P, aug. 2017, I: GigaScience. 6, 8, s. 1–8 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    99. Udgivet

      Comparative performance of the BGISEQ-500 vs Illumina HiSeq2500 sequencing platforms for palaeogenomic sequencing

      Mak, Sarah Siu Tze, Gopalakrishnan, Shyam, Carøe, C., Geng, C., Liu, Shanlin, Sinding, Mikkel Holger Strander, Kuderna, L. F. K., Zhang, W., Fu, S., Vieira, Filipe Garrett, Germonpré, M., Bocherens, H., Fedorov, S., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, T., Marques-Bonet, T., KU, thw266, Jiang, H. & Gilbert, M Thomas P, aug. 2017, I: GigaScience. 6, 8, s. 1–13 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    100. Udgivet

      Connecting Earth observation to high-throughput biodiversity data

      Bush, A., Sollmann, R., Wilting, A., Bohmann, K., Cole, B., Balzter, H., Martius, C., Zlinszky, A., Calvignac-Spencer, S., Cobbold, C. A., Dawson, T. P., Emerson, B. C., Ferrier, S., Gilbert, T., Herold, M., Jones, L., Leendertz, F. H., Matthews, L., Millington, J. D. A., Olson, J. R. & 11 flere, Ovaskainen, O., Raffaelli, D., Reeve, R., Rödel, M., Rodgers, T. W., Snape, S., Visseren-Hamakers, I., Vogler, A. P., White, P. C. L., Wooster, M. J. & Yu, D. W., 22 jun. 2017, I: Nature Ecology and Evolution. 1, 7, 0176.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

    101. Udgivet

      An ‛aukward’ tale: a genetic approach to discover the whereabouts of the last Great Auks

      Thomas, J. E., Carvalho, G. R., Haile, James Seymour, Martin, M. D., Samaniego Castruita, J. A., Niemann, Jonas, Sinding, Mikkel Holger Strander, Sandoval-Velasco, Marcela, Rawlence, N. J., Fuller, E., Fjeldså, Jon, Hofreiter, M., Stewart, J. R., Gilbert, M Thomas P & Knapp, M., 15 jun. 2017, I: Genes. 8, 6, 12 s., 164.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    102. Udgivet

      Eggshell palaeogenomics: palaeognath evolutionary history revealed through ancient nuclear and mitochondrial DNA from Madagascan elephant bird (Aepyornis sp.) eggshell

      Grealy, A., Phillips, M., Miller, G., Gilbert, M Thomas P, Rouillard, J., Lambert, D., Bunce, M. & Haile, J., apr. 2017, I: Molecular Phylogenetics and Evolution. 109, s. 151-163 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    103. Udgivet

      Molecular clocks indicate turnover and diversification of modern coleoid cephalopods during the Mesozoic Marine Revolution

      Tanner, A. R., Fuchs, D., Winkelmann, I. E. H., Gilbert, M Thomas P, Pankey, M. S., Oliveira Ribeiro, Â. M., Kocot, K. M., Halanych, K. M., Oakley, T. H., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Pisani, D. & Vinther, J., 15 mar. 2017, I: Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences. 284, 1850, 7 s., 20162818.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    104. Udgivet

      Functional roles of Aves class-specific cis-regulatory elements on macroevolution of bird-specific features

      Seki, R., Li, C., Fang, Q., Hayashi, S., Egawa, S., Hu, J., Xu, L., Pan, H., Kondo, M., Sato, T., Matsubara, H., Kamiyama, N., Kitajima, K., Saito, D., Liu, Y., Gilbert, T., Zhou, Q., Xu, X-Z., Shiroishi, T., Irie, N. & 2 flere, Tamura, K. & KU, thw266, 6 feb. 2017, I: Nature Communications. 8, 14 s., 14229.

      Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

    ID: 12980