Tom Gilbert

Tom Gilbert

Professor


  1. 2021
  2. Accepteret/In press

    The potential of aquatic bloodfeeding and nonbloodfeeding leeches as a tool for iDNA characterisation

    Lynggaard, Christina Islas, Oceguera-Figueroa, A., Kvist, S., Gilbert, M Thomas P & Bohmann, Kristine, 17 aug. 2021, (Accepteret/In press) I: Molecular Ecology Resources. 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  3. E-pub ahead of print

    Historical population declines prompted significant genomic erosion in the northern and southern white rhinoceros (Ceratotherium simum)

    Sanchez Barreiro, Fatima, Gopalakrishnan, Shyam, Ramos Madrigal, Jazmin, Westbury, Michael Vincent, de Manuel, M., Margaryan, Ashot, Ciucani, M. M., Vieira, Filipe Garrett, Patramanis, Ioannis, Kalthoff, D. C., Timmons, Z., Sicheritz-Pontén, Thomas, Dalén, L., Ryder, O. A., Zhang, Guojie, Marques-Bonet, T., Moodley, Y. & Gilbert, M Thomas P, 7 jul. 2021, (E-pub ahead of print) I: Molecular Ecology. 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  4. Udgivet

    A genomic exploration of the early evolution of extant cats and their sabre-toothed relatives: [version 2; peer review: 2 approved]

    Westbury, Michael Vincent, Barnett, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Gower, Graham, Vieira, Filipe Garrett, de Manuel, M., Hansen, Anders Johannes, Yamaguchi, N., Werdelin, L., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & Lorenzen, Eline, 2021, I: Open Research Europe. 1, 16 s., 25.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  5. Udgivet

    A towering genome: Experimentally validated adaptations to high blood pressure and extreme stature in the giraffe

    Liu, C., Gao, J., Cui, X., Li, Z., Chen, L., Yuan, Y., Zhang, Y., Mei, L., Zhao, L., Cai, D., Hu, M., Zhou, B., Li, Z., Qin, T., Si, H., Li, G., Lin, Z., Xu, Y., Zhu, C., Yin, Y., Zhang, C., Xu, W., Li, Q., Wang, K., Gilbert, M Thomas P, Heller, Rasmus, Wang, W., Huang, J. & Qiu, Q., 2021, I: Science Advances. 7, 12, 13 s., eabe9459.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  6. Udgivet

    An integrated morphological-molecular approach reveals new insights on the systematics of the octocoral Telestula humilis (Thomson, 1927) (Octocorallia: Alcyonacea : Clavulariidae)

    Poliseno, A., Altuna, A., Puetz, Lara Christine, Mak, Sarah Siu Tze, Rios, P., Petroni, E., McFadden, C. S., Sørensen, Martin Vinther & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Invertebrate Systematics. 35, 3, s. 261-281 21 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  7. Udgivet

    Ancient and modern stickleback genomes reveal the demographic constraints on adaptation

    Kirch, M., Romundset, A., Gilbert, M Thomas P, Jones, F. C. & Foote, A. D., 2021, I: Current Biology. 31, 9, s. 2027-2036.e8 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  8. Udgivet

    Ancient microRNA profiles of 14,300-yr-old canid samples confirm taxonomic origin and provide glimpses into tissue-specific gene regulation from the Pleistocene

    Fromm, B., Tarbier, M., Smith, O., Marmol-Sanchez, E., Dalen, L., Gilbert, M Thomas P & Friedlander, M. R., 2021, I: RNA. 27, 3, s. 324-334 11 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  9. Afsendt

    Contrasting dates of rainforest fragmentation in Africa inferred from trees with different dispersal abilities

    Pineiro, R., Hardy, O. J., Tovar, C., Gopalakrishnan, Shyam, Vieira, Filipe Garrett & Gilbert, M Thomas P, 2021, (Afsendt) I: bioRxiv. 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskning

  10. Udgivet

    Contrasting genetic signal of recolonization after rainforest fragmentation in African trees with different dispersal abilities

    Piñeiro, R., Hardy, O. J., Tovar, C., Gopalakrishnan, Shyam, Vieira, Filipe Garrett & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 118, 27, 9 s., e2013979118.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  11. Udgivet

    Dire wolves were the last of an ancient New World canid lineage

    Perri, A. R., Mitchell, K. J., Mouton, A., Alvarez-Carretero, S., Hulme-Beaman, A., Haile, J., Jamieson, A., Meachen, J., Lin, A. T., Schubert, B. W., Ameen, C., Antipina, E. E., Bover, P., Brace, S., Carmagnini, A., Carøe, Christian, Samaniego Castruita, J. A., Chatters, J. C., Dobney, K., dos Reis, M., Evin, A., Gaubert, P., Gopalakrishnan, Shyam, Gower, Graham, Heiniger, H., Helgen, K. M., Kapp, J., Kosintsev, P. A., Linderholm, A., Ozga, A. T., Presslee, S., Salis, A. T., Saremi, N. F., Shew, C., Skerry, K., Taranenko, D. E., Thompson, M., Sablin, M. V., Kuzmin, Y. V., Collins, Matthew James, Sinding, M. S., Gilbert, M Thomas P, Stone, A. C., Shapiro, B., Van Valkenburgh, B., Wayne, R. K., Larson, G., Cooper, A. & Frantz, L. A. F., 2021, I: Nature. 591, s. 87-91

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  12. Udgivet

    Extended survival of Pleistocene Siberian wolves into the early 20th century on the island of Honshu

    Niemann, Jonas, Gopalakrishnan, Shyam, Yamaguchi, N., Ramos Madrigal, Jazmin, Wales, N., Gilbert, M Thomas P & Sinding, M. S., 2021, I: iScience. 24, 25 s., 101904.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  13. Udgivet

    Feasibility of applying shotgun metagenomic analyses to grapevine leaf, rhizosphere and soil microbiome characterisation

    Azevedo-Silva, D., Rasmussen, Jacob Agerbo, Carneiro, M., Gilbert, M Thomas P & Azevedo, H., 2021, I: Australian Journal of Grape and Wine Research. 27, 4, s. 519-526 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  14. Udgivet

    Genome-resolved metagenomics suggests a mutualistic relationship between Mycoplasma and salmonid hosts

    Rasmussen, Jacob Agerbo, Villumsen, Kasper Rømer, Duchene, David, Puetz, Lara Christine, Delmont, T. O., Sveier, H., Jørgensen, Louise von Gersdorff, Præbel, K., Martin, M. D., Bojesen, Anders Miki, Gilbert, M Thomas P, Kristiansen, Karsten & Limborg, Morten Tønsberg, 2021, I: Communications Biology. 4, 10 s., 579.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  15. Udgivet

    Genomic insights into the conservation status of the world's last remaining Sumatran rhinoceros populations

    von Seth, J., Dussex, N., Diez-del-Molino, D., van der Valk, T., Kutschera, V. E., Kierczak, M., Steiner, C. C., Liu, S., Gilbert, M Thomas P, Sinding, Mikkel Holger Strander, Prost, S., Guschanski, K., Nathan, S. K. S. S., Brace, S., Chan, Y. L., Wheat, C. W., Skoglund, P., Ryder, O. A., Goossens, B., Gotherstrom, A. & Dalen, L., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 11 s., 2393.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  16. Udgivet

    Leech blood-meal invertebrate-derived DNA reveals differences in Bornean mammal diversity across habitats

    Drinkwater, R., Jucker, T., Potter, J. H. T., Swinfield, T., Coomes, D. A., Slade, E. M., Gilbert, M Thomas P, Lewis, O. T., Bernard, H., Struebig, M. J., Clare, E. L. & Rossiter, S. J., 2021, I: Molecular Ecology. 30, 13, s. 3299-3312 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  17. Udgivet

    Mitochondrial genomes of Danish vertebrate species generated for the national DNA reference database, DNAmark

    Margaryan, Ashot, Noer, Christina Lehmkuhl, Richter, S. R., Restrup, M. E., Bülow‐hansen, J. L., Leerhøi, F., Langkjær, Emilia Marie Rolander, Gopalakrishnan, Shyam, Carøe, Christian, Gilbert, M Thomas P & Bohmann, Kristine, 2021, I: Environmental DNA. 3, 2, s. 472-480

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  18. Udgivet

    Molecular parallelisms between pigmentation in the avian iris and the integument of ectothermic vertebrates

    Andrade, P., Gazda, M. A., Araújo, P. M., Afonso, S., Rasmussen, Jacob Agerbo, Marques, C. I., Lopes, R. J., Gilbert, M Thomas P & Carneiro, M., 2021, I: PLOS Genetics. 17, 2, 16 s., 1009404.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  19. E-pub ahead of print

    Non-invasive surveys of mammalian viruses using environmental DNA

    Alfano, N., Dayaram, A., Axtner, J., Tsangaras, K., Kampmann, Marie-Louise, Mohamed, A., Wong, S. T., Gilbert, M Thomas P, Wilting, A. & Greenwood, A. D., 2021, (E-pub ahead of print) I: Methods in Ecology and Evolution. 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  20. Accepteret/In press

    Reconsidering domestication from a process archaeology perspective

    Bogaard, A., Allaby, R., Arbuckle, B. S., Bendrey, R., Crowley, S., Cucchi, T., Denham, T., Frantz, L., Fuller, D., Gilbert, M Thomas P, Karlsson, E., Manin, A., Marshall, F., Mueller, N., Peters, J., Stépanoff, C., Weide, A. & Larson, G., 2021, (Accepteret/In press) I: World Archaeology. 22 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  21. Udgivet

    Salmon gut microbiota correlates with disease infection status: potential for monitoring health in farmed animals

    Bozzi, D., Rasmussen, Jacob Agerbo, Carøe, Christian, Sveier, H., Nordøy, K., Gilbert, M Thomas P & Limborg, Morten Tønsberg, 2021, I: BMC Animal Microbiome. 3, 17 s., 30.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  22. Udgivet

    The germline mutational process in rhesus macaque and its implications for phylogenetic dating

    Bergeron, L. A., Besenbacher, S., Bakker, J., Zheng, J., Li, P., Pacheco, G., Sinding, Mikkel Holger Strander, Kamilari, M., Gilbert, M Thomas P, Schierup, M. H. & Zhang, Guojie, 2021, I: GigaScience. 10, 5, 14 s., giab029.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  23. Udgivet

    Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species

    Rhie, A., McCarthy, S. A., Fedrigo, O., Damas, J., Formenti, G., Koren, S., Uliano-Silva, M., Chow, W., Fungtammasan, A., Kim, J., Lee, C., Ko, B. J., Chaisson, M., Gedman, G. L., Cantin, L. J., Thibaud-Nissen, F., Haggerty, L., Bista, I., Smith, M., Haase, B., Mountcastle, J., Winkler, S., Paez, S., Howard, J., Vernes, S. C., Lama, T. M., Grutzner, F., Warren, W. C., Balakrishnan, C. N., Burt, D., George, J. M., Biegler, M. T., Iorns, D., Digby, A., Eason, D., Robertson, B., Edwards, T., Wilkinson, M., Turner, G., Meyer, A., Kautt, A. F., Franchini, P., Detrich, H. W., Svardal, H., Wagner, M., Naylor, G. J. P., Pippel, M., Malinsky, M., Mooney, M., Simbirsky, M., Hannigan, B. T., Pesout, T., Houck, M., Misuraca, A., Kingan, S. B., Hall, R., Kronenberg, Z., Sović, I., Dunn, C., Ning, Z., Hastie, A., Lee, J., Selvaraj, S., Green, R. E., Putnam, N. H., Gut, I., Ghurye, J., Garrison, E., Sims, Y., Collins, J., Pelan, S., Torrance, J., Tracey, A., Wood, J., Dagnew, R. E., Guan, D., London, S. E., Clayton, D. F., Mello, C. V., Friedrich, S. R., Lovell, P. V., Osipova, E., Al-Ajli, F. O., Secomandi, S., Kim, H., Theofanopoulou, C., Hiller, M., Zhou, Y., Harris, R. S., Makova, K. D., Medvedev, P., Hoffman, J., Masterson, P., Clark, K., Martin, F., Howe, K., Flicek, P., Walenz, B. P., Kwak, W., Clawson, H., Diekhans, M., Nassar, L., Paten, B., Kraus, R. H. S., Crawford, A. J., Gilbert, M Thomas P, Zhang, Guojie, Venkatesh, B., Murphy, R. W., Koepfli, K., Shapiro, B., Johnson, W. E., Di Palma, F., Marques-Bonet, T., Teeling, E. C., Warnow, T., Graves, J. M., Ryder, O. A., Haussler, D., O’Brien, S. J., Korlach, J., Lewin, H. A., Howe, K., Myers, E. W., Durbin, R., Phillippy, A. M. & Jarvis, E. D., 2021, I: Nature. 592, 7856, s. 737-746 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  24. Udgivet

    eDNA‐based biomonitoring at an experimental German vineyard to characterize how management regimes shape ecosystem diversity

    Rasmussen, Jacob Agerbo, Nielsen, M., Mak, Sarah Siu Tze, Döring, J., Klincke, F., Gopalakrishnan, Shyam, Dunn, Rob, Kauer, R. & Gilbert, M Thomas P, 2021, I: Environmental DNA. 3, 1, s. 70-82 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  25. 2020
  26. Udgivet

    Using paleo-archives to safeguard biodiversity under climate change

    Fordham, D. A., Jackson, S. T., Brown, S. C., Huntley, B., Dahl-Jensen, Dorthe, Gilbert, M Thomas P, Otto-Bliesner, B., Svensson, Anders, Theodoridis, S., Wilmshurst, J. M., Buettel, J. C., Canteri, Elisabetta, McDowell, M., Orlando, L. A. A., Pilowsky, Julia Aaron, Rahbek, Carsten & Nogues, David Bravo, 28 aug. 2020, I: Science. 369, 6507, s. 1072-1083 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  27. Udgivet

    DNA metabarcoding and spatial modelling link diet diversification with distribution homogeneity in European bats

    Alberdi Estibaritz, Antton, Razgour, O., Aizpurua, O., Novella-Fernandez, R., Aihartza, J., Budinski, I., Garin, I., Ibanez, C., Izagirre, E., Rebelo, H., Russo, D., Vlaschenko, A., Zhelyazkova, V., Zrncic, V. & Gilbert, M Thomas P, 2 mar. 2020, I: Nature Communications. 11, 1, 8 s., 1154.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  28. Udgivet

    A draft genome sequence of the elusive giant squid, Architeuthis dux

    Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Couto, A., Machado, A. M., Brejova, B., Albertin, C. B., Silva, F., Gardner, P., Baril, T., Hayward, A., Campos, A., Ribeiro, Â. M., Barrio-Hernandez, I., Hoving, H., Tafur-Jimenez, R., Chu, C., Frazão, B., Petersen, Bent, Peñaloza, F., Musacchia, F., Alexander, G. C., Osório, H., Winkelmann, I., Simakov, O., Rasmussen, Simon, Rahman, M. Z., Pisani, D., Vinther, J., Jarvis, E., Zhang, Guojie, Strugnell, J. M., Castro, L. F. C., Fedrigo, O., Patricio, M., Li, Q., Rocha, S., Antunes, A., Wu, Y., Ma, B., Sanges, R., Vinar, T., Blagoev, B., Sicheritz-Pontén, Thomas, Nielsen, Rasmus & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: GigaScience. 9, 1, 12 s., giz152.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  29. Udgivet

    Adaptive venom evolution and toxicity in octopods is driven by extensive novel gene formation, expansion, and loss

    Whitelaw, B. L., Cooke, I. R., Finn, J., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Ritschard, E. A., Gilbert, M Thomas P, Simakov, O. & Strugnell, J. M., 2020, I: GigaScience. 9, 11, 15 s., giaa120.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  30. Udgivet

    Ancient DNA suggests modern wolves trace their origin to a Late Pleistocene expansion from Beringia

    Loog, L., Thalmann, O., Sinding, Mikkel Holger Strander, Schuenemann, V. J., Perri, A., Germonpré, M., Bocherens, H., Witt, K. E., Samaniego Castruita, J. A., Sandoval-Velasco, Marcela, Lundstrøm, I. K. C., Wales, N., Sonet, G., Frantz, L., Schroeder, Hannes, Budd, J., Jimenez, E. L., Fedorov, S., Gasparyan, B., Kandel, A. W., Lázničková-Galetová, M., Napierala, H., Uerpmann, H. P., Nikolskiy, P. A., Pavlova, E. Y., Pitulko, V. V., Herzig, K., Malhi, R. S., Willerslev, Eske, Hansen, Anders Johannes, Dobney, K., Gilbert, M Thomas P, Krause, J., Larson, G., Eriksson, A. & Manica, A., 2020, I: Molecular Ecology. 29, 9, s. 1596-1610 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  31. Udgivet

    Arctic-adapted dogs emerged at the Pleistocene-Holocene transition

    Sinding, Mikkel Holger Strander, Gopalakrishnan, Shyam, Ramos Madrigal, Jazmin, de Manuel, M., Pitulko, V. V., Kuderna, L., Feuerborn, T. R., Frantz, L. A. F., Vieira, Filipe Garrett, Niemann, Jonas, Samaniego Castruita, J. A., Carøe, Christian, Andersen-Ranberg, Emilie Ulrikka, Jordan, P. D., Pavlova, E. Y., Nikolskiy, P. A., Kasparov, A. K., Ivanova, V. V., Willerslev, Eske, Skoglund, P., Fredholm, Merete, Wennerberg, S. E., Heide-Jørgensen, M. P., Dietz, R., Sonne, C., Meldgaard, Morten, Dalén, L., Larson, G., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, Thomas, Bachmann, L., Wiig, Ø., Marques-Bonet, T., Hansen, Anders Johannes & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Science (New York, N.Y.). 368, 6498, s. 1495-1499 5 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  32. Udgivet

    Beyond DNA barcoding: The unrealized potential of genome skim data in sample identification

    Bohmann, Kristine, Mirarab, S., Bafna, V. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Molecular Ecology. 29, 14, s. 2521-2534

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  33. Udgivet

    Bone biodeterioration - The effect of marine and terrestrial depositional environments on early diagenesis and bone bacterial community

    Eriksen, A. M. H., Nielsen, T. K., Matthiesen, H., Carøe, Christian, Hansen, Lars Hestbjerg, Gregory, D. J., Turner-Walker, G., Collins, Matthew James & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: PLoS ONE. 15, 10 October, 24 s., e0240512.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  34. Udgivet

    DNA-Based Arthropod Diversity Assessment in Amazonian Iron Mine Lands Show Ecological Succession Towards Undisturbed Reference Sites

    Lynggaard, Christina Islas, Yu, D. W., Oliveira, G., Caldeira, C. F., Ramos, S. J., Ellegaard, M. R., Gilbert, M Thomas P, Gastauer, M. & Bohmann, Kristine, 2020, I: Frontiers in Ecology and Evolution. 8, 15 s., 590976.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  35. Udgivet

    Darwin's Fancy Revised: An Updated Understanding of the Genomic Constitution of Pigeon Breeds

    Pacheco, G., van Grouw, H., Shapiro, M. D., Gilbert, M Thomas P & Vieira, Filipe Garrett, 2020, I: Genome Biology and Evolution. 12, 3, s. 136-150 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  36. Udgivet

    Dense sampling of bird diversity increases power of comparative genomics

    Feng, S., Stiller, Josefin, DENG, Yuan, Armstrong, J., Fang, Qi, Hart Reeve, A., Xie, D., Chen, G., Guo, C., Faircloth, B. C., Petersen, Bent, Wang, Z., Zhou, Q., Diekhans, M., Chen, W., Andreu-Sánchez, S., Margaryan, Ashot, Howard, J. T., Parent, C., Pacheco, G., Sinding, Mikkel Holger Strander, Puetz, Lara Christine, Cavill, Emily Louisa, Ribeiro, Â. M., Eckhart, L., Fjeldså, Jon, Hosner, Peter Andrew, Brumfield, R. T., Christidis, L., Bertelsen, Mads Frost, Sicheritz-Pontén, Thomas, Tietze, D. T., Robertson, B. C., Song, G., Borgia, G., Claramunt, S., Lovette, I. J., Cowen, S. J., Njoroge, P., Dumbacher, J. P., Ryder, O. A., Fuchs, J., Bunce, M., Burt, D. W., Cracraft, J., Meng, G., Hackett, S. J., Ryan, P. G., Jønsson, Knud Andreas, Jamieson, I. G., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Braun, E. L., Houde, P., Mirarab, S., Suh, A., Hansson, B., Ponnikas, S., Sigeman, H., Stervander, M., Frandsen, P. B., van der Zwan, H., van der Sluis, R., Visser, C., Balakrishnan, C. N., Clark, A. G., Fitzpatrick, J. W., Bowman, R., Chen, N., Cloutier, A., Sackton, T. B., Edwards, S. V., Foote, D. J., Shakya, S. B., Sheldon, F. H., Vignal, A., Soares, A. E. R., Shapiro, B., González-Solís, J., Ferrer-Obiol, J., Rozas, J., Riutort, M., Tigano, A., Friesen, V., Dalén, L., Urrutia, A. O., Székely, T., Liu, Y., Campana, M. G., Corvelo, A., Fleischer, R. C., Rutherford, K. M., Gemmell, N. J., Dussex, N., Mouritsen, H., Thiele, N., Delmore, K., Liedvogel, M., Franke, A., Hoeppner, M. P., Krone, O., Fudickar, A. M., Milá, B., Ketterson, E. D., Fidler, A. E., Friis, G., Parody-Merino, Á. M., Battley, P. F., Cox, M. P., Lima, N. C. B., Prosdocimi, F., Parchman, T. L., Schlinger, B. A., Loiselle, B. A., Blake, J. G., Lim, H. C., Day, L. B., Fuxjager, M. J., Baldwin, M. W., Braun, M. J., Wirthlin, M., Dikow, R. B., Ryder, T. B., Camenisch, G., Keller, L. F., Dacosta, J. M., Hauber, M. E., Louder, M. I. M., Witt, C. C., McGuire, J. A., Mudge, J., Megna, L. C., Carling, M. D., Wang, B., Taylor, S. A., Del-Rio, G., Aleixo, A., Vasconcelos, A. T. R., Mello, C. V., Weir, J. T., Haussler, D., Li, Q., Yang, H., Wang, J., Lei, F., Rahbek, Carsten, Gilbert, M Thomas P, Graves, G. R., Jarvis, E. D., Paten, B. & Zhang, Guojie, 2020, I: Nature. 587, 7833, s. 252-257

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  37. Udgivet

    Evolutionary History, Genomic Adaptation to Toxic Diet, and Extinction of the Carolina Parakeet

    Gelabert, P., Sandoval-Velasco, Marcela, Serres, A., de Manuel, M., Renom, P., Margaryan, Ashot, Stiller, Josefin, de-Dios, T., Fang, Qi, Feng, S., Mañosa, S., Pacheco, G., Ferrando-Bernal, M., Shi, G., Hao, F., Chen, X., Petersen, Bent, Olsen, R., Navarro, A., DENG, Yuan, Dalén, L., Marquès-Bonet, T., Zhang, Guojie, Antunes, A., Gilbert, M Thomas P & Lalueza-Fox, C., 2020, I: Current Biology. 30, 1, s. 108-114, e1-e5

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  38. Udgivet

    GC bias affects genomic and metagenomic reconstructions, underrepresenting GC-poor organisms

    Browne, P. D., Nielsen, T. K., Kot, Witold, Aggerholm, A., Gilbert, M Thomas P, Puetz, Lara Christine, Rasmussen, M., Zervas, A. & Hansen, Lars Hestbjerg, 2020, I: GigaScience. 9, 2, 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  39. Udgivet

    Genomes of Pleistocene Siberian Wolves Uncover Multiple Extinct Wolf Lineages

    Ramos Madrigal, Jazmin, Sinding, M. S., Carøe, Christian, Mak, Sarah Siu Tze, Niemann, J., Samaniego Castruita, J. A., Fedorov, S., Kandyba, A., Germonpré, M., Bocherens, H., Feuerborn, T. R., Pitulko, V. V., Pavlova, E. Y., Nikolskiy, P. A., Kasparov, A. K., Ivanova, V. V., Larson, G., Frantz, L. A. F., Willerslev, Eske, Meldgaard, Morten, Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, Thomas, Bachmann, L., Wiig, Ø., Hansen, Anders Johannes, Gilbert, M Thomas P & Gopalakrishnan, Shyam, 2020, I: Current biology : CB. 31, s. 198-206

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  40. Udgivet

    Genomic Adaptations and Evolutionary History of the Extinct Scimitar-Toothed Cat, Homotherium latidens

    Barnett, R., Westbury, Michael Vincent, Sandoval-Velasco, Marcela, Vieira, Filipe Garrett, Jeon, S., Zazula, G., Martin, M. D., Ho, S. Y. W., Mather, N., Gopalakrishnan, Shyam, Ramos Madrigal, Jazmin, de Manuel, M., Zepeda-Mendoza, M. L., Antunes, A., Baez, A. C., De Cahsan, Binia, Larson, G., O’Brien, S. J., Eizirik, E., Johnson, W. E., Koepfli, K., Wilting, A., Fickel, J., Dalén, L., Lorenzen, Eline, Marques-Bonet, T., Hansen, Anders Johannes, Zhang, Guojie, Bhak, J., Yamaguchi, N. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Current Biology. 30, s. 5018-5025

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  41. Udgivet

    Genomic and proteomic evidence for Mycobacterium leprae in human medieval dental calculus from Trondheim, Norway

    Vagene, A. J., Fotaki, Anna Katerina, Denham, S. D., Orbegozo, M., Mackie, Meaghan, Olsen, Jesper Velgaard, Cappellini, Enrico, Christophersen, A. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: American Journal of Physical Anthropology. 171, s. 291 1 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskning

  42. Udgivet

    Hi-C chromosome conformation capture sequencing of avian genomes using the BGISEQ-500 platform

    Sandoval-Velasco, Marcela, Antonio Rodriguez, J., Estrada, C. P., Zhang, G., Aiden, E. L., Marti-Renom, M. A., Gilbert, M Thomas P & Smith, O., 2020, I: GigaScience. 9, 8, 7 s., 087.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  43. Udgivet

    Historical isolation facilitates species radiation by sexual selection: Insights from Chorthippus grasshoppers

    Nolen, Z. J., Yildirim, B., Irisarri, I., Liu, S., Groot Crego, C., Amby, Daniel Buchvaldt, Mayer, F., Gilbert, M Thomas P & Pereira, R. J., 2020, I: Molecular Ecology. 29, 24, s. 4985-5002

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  44. Udgivet

    Holo-Omics: Integrated Host-Microbiota Multi-omics for Basic and Applied Biological Research

    Jessen, Lasse Nyholm, Koziol, Adam Leslie, Marcos, S., qrf142, qrf142, Aizpurua, O., Gopalakrishnan, Shyam, Limborg, Morten Tønsberg, Gilbert, M Thomas P & Alberdi Estibaritz, Antton, 2020, I: iScience. 23, 8, s. 1-16 101414.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  45. Udgivet

    Molecular identification and phylogenetic analysis of a Callosciurus notatus complete mitogenome from Peninsular Malaysia

    Jahari, P. N. S., Mohd Azman, S., Munian, K., Ahmad Ruzman, N. H., Shamsir, M. S., Richter, S. R., Gilbert, M Thomas P & Mohd Salleh, F., 2020, I: Mitochondrial DNA Part B: Resources. 5, 3, s. 3022-3024 3 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  46. Udgivet

    Multi-omic detection of Mycobacterium leprae in archaeological human dental calculus

    Fotaki, Anna Katerina, Denham, S. D., Mackie, Meaghan, Iraeta Orbegozo, Miren, Mylopotamitaki, D., Gopalakrishnan, Shyam, Sicheritz-Pontén, Thomas, Olsen, Jesper Velgaard, Cappellini, Enrico, Zhang, Guojie, Christophersen, A., Gilbert, M Thomas P & Vågene, Åshild Joanne, 2020, I: Philosophical Transactions of the Royal Society B: Biological Sciences. 375, 1812, 10 s., 20190584.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  47. Udgivet

    Near-Random Distribution of Chromosome-Derived Circular DNA in the Condensed Genome of Pigeons and the Larger, More Repeat-Rich Human Genome

    Møller, H. D., Ramos Madrigal, Jazmin, Prada Luengo, Inigo, Gilbert, M Thomas P & Regenberg, Birgitte, 2020, I: Genome Biology and Evolution. 12, 2, s. 3762-3777 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  48. Udgivet

    Phylogeny of Neotropical Seirinae (Collembola, Entomobryidae) based on mitochondrial genomes

    Godeiro, N. N., Pacheco, G., Liu, S., Gioia Cipola, N., Berbel-Filho, W. M., Zhang, F., Gilbert, M Thomas P & Bellini, B. C., 2020, I: Zoologica Scripta. 49, 3, s. 329-339

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  49. Udgivet

    Plasmodium vivax Malaria Viewed through the Lens of an Eradicated European Strain

    van Dorp, L., Gelabert, P., Rieux, A., de Manuel, M., de-Dios, T., Gopalakrishnan, Shyam, Carøe, Christian, Sandoval-Velasco, Marcela, Fregel, R., Olalde, I., Escosa, R., Aranda, C., Huijben, S., Mueller, I., Marques-Bonet, T., Balloux, F., Gilbert, M Thomas P & Lalueza-Fox, C., 2020, I: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 37, 3, s. 773-785 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  50. Udgivet

    Population genomics of the Viking world: [incl. correction]

    Margaryan, Ashot, Lawson, D. J., Sikora, Martin, Racimo, Fernando, Rasmussen, Simon, Moltke, Ida, Cassidy, L. M., Jørsboe, Emil, Ingason, A., Pedersen, Mikkel Winther, Korneliussen, Thorfinn Sand, Wilhelmson, H., Buś, M. M., de Barros Damgaard, P., Martiniano, R., Renaud, Gabriel, Bhérer, C., Moreno Mayar, José Victor, Fotaki, Anna Katerina, Allen, M., Allmäe, R., Molak, M., Cappellini, Enrico, Scorrano, Gabriele, McColl, H., Buzhilova, A., Fox, A., Albrechtsen, Anders, Schütz, B., Skar, B., Arcini, C., Lundstrøm, I., Cheng, J., Stenderup, J., Iversen, Katrine Højholt, Arge, S. V., Ellingvåg, S., Orlando, L., Pentz, P., Jessen, M. D., Pedersen, A., Jørkov, M L S, Lynnerup, Niels, Gilbert, M Thomas P, Allentoft, Morten Erik, Sindbæk, S. M., Kristiansen, K., Nielsen, Rasmus, Werge, Thomas & Willerslev, Eske, 2020, I: Nature. 585, 7825, s. 390-396 7 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  51. Udgivet

    Pre-extinction Demographic Stability and Genomic Signatures of Adaptation in the Woolly Rhinoceros

    Lord, E., Dussex, N., Kierczak, M., Díez-del-Molino, D., Ryder, O. A., Stanton, D. W. G., Gilbert, M Thomas P, Sanchez Barreiro, Fatima, Zhang, Guojie, Sinding, Mikkel Holger Strander, Lorenzen, Eline, Willerslev, Eske, Protopopov, A., Shidlovskiy, F., Fedorov, S., Bocherens, H., Nathan, S. K. S. S., Goossens, B., van der Plicht, J., Chan, Y. L., Prost, S., Potapova, O., Kirillova, I., Lister, A. M., Heintzman, P. D., Kapp, J. D., Shapiro, B., Vartanyan, S., Götherström, A. & Dalén, L., 2020, I: Current Biology. 30, 19, s. 3871-3879, e1-e7 16 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  52. Udgivet

    Rapid loss of endogenous DNA in pig bone buried in five different environments

    Eriksen, A. M. H., Matthiesen, H., Kontopoulos, Ioannis, Gregory, D., Snoeck, C., Zhang, Guojie, Collins, Matthew James & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Archaeometry. 62, 4, s. 827-846 20 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  53. Udgivet

    Recent mitochondrial lineage extinction in the critically endangered Javan rhinoceros

    Margaryan, Ashot, Sinding, Mikkel Holger Strander, Shanlin, L. I. U., Vieira, Filipe Garrett, Chan, Y. L., Nathan, S. K. S. S., Moodley, Y., Bruford, M. W. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Zoological Journal of the Linnean Society. 190, 1, s. 372-383 12 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  54. Udgivet

    Releasing the microbes from old bones: the effect of different DNA extraction protocols on microbial community profiling

    Eriksen, A. M. H., Puetz, Lara Christine, Rocha, C., Nielsen, T. K., Hansen, Lars Hestbjerg & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: STAR: Science & Technology of Archaeological Research. 6, 1, s. 1-15 15 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  55. Udgivet

    The evolutionary history of extinct and living lions

    de Manuel, M., Barnett, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Yamaguchi, N., Vieira, Filipe Garrett, Mendoza, M. L. Z., Liu, S., Martin, M. D., Sinding, M. S., Mak, Sarah Siu Tze, Carøe, Christian, Liu, S., Guo, C., Zheng, J., Zazula, G., Baryshnikov, G., Eizirik, E., Koepfli, K., Johnson, W. E., Antunes, A., Sicheritz-Pontén, Thomas, Gopalakrishnan, Shyam, Larson, G., Yang, H., O'Brien, S. J., Hansen, Anders Johannes, Zhang, Guojie, Marques-Bonet, T. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 117, 20, s. 10927-10934 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  56. Udgivet

    The first complete mitochondrial genome data of Hippocampus kuda originating from Malaysia

    Jahari, P. N. S., Malik, N. F. A., Shamsir, M. S., Gilbert, M Thomas P & Salleh, F. M., 2020, I: Data in Brief. 31, 8 s., 105721.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  57. Udgivet

    The secrets of Sobek - A crocodile mummy mitogenome from ancient Egypt

    Hekkala, E. R., Aardema, M. L., Narechania, A., Amato, G., Ikram, S., Shirley, M. H., Vliet, K. A., Cunningham, S. W., Gilbert, M Thomas P & Smith, O., 2020, I: Journal of Archaeological Science: Reports. 33, s. 1-10 10 s., 102483.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  58. Udgivet

    Tracking the history of grapevine cultivation in Georgia by combining geometric morphometrics and ancient DNA

    Bouby, L., Wales, N., Jalabadze, M., Rusishvili, N., Bonhomme, V., Ramos Madrigal, Jazmin, Evin, A., Ivorra, S., Lacombe, T., Pagnoux, C., Boaretto, E., Gilbert, M Thomas P, Bacilieri, R., Lordkipanidze, D. & Maghradze, D., 2020, I: Vegetation History and Archaeobotany. 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  59. Udgivet

    Using in silico predicted ancestral genomes to improve the efficiency of paleogenome reconstruction

    Vieira, Filipe Garrett, Castruita, J. A. S. & Gilbert, M Thomas P, 2020, I: Ecology and Evolution. 10, 23, s. 12700-12709 10 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  60. 2019
  61. Udgivet

    Resolving a clinical tuberculosis outbreak using palaeogenomic genome reconstruction methodologies

    Jones, R., Sandoval-Velasco, Marcela, Harris, L. G., Morgan, S., Temple, M., Ruddy, M. C., Williams, R., Perry, M. D., Hitchings, M., Wilkinson, T. S., Humphrey, T., Gilbert, M Thomas P & Davies, A. P., dec. 2019, I: Tuberculosis. 119, 5 s., 101865.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  62. Udgivet

    Promises and pitfalls of using high-throughput sequencing for diet analysis

    Alberdi Estibaritz, Antton, Aizpurua Arrieta, Ostaizka, Bohmann, Kristine, Gopalakrishnan, Shyam, Lynggaard, Christina Islas, Nielsen, M. & Gilbert, M Thomas P, mar. 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 2, s. 327-348

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  63. Udgivet

    Ancient DNA reveals the timing and persistence of organellar genetic bottlenecks over 3,000 years of sunflower domestication and improvement

    Wales, N., Akman, M., Watson, R. H. B., Sanchez Barreiro, Fatima, Smith, B. D., Gremillion, K. J., Gilbert, M Thomas P & Blackman, B. K., 1 jan. 2019, I: Evolutionary Applications. 12, 1, s. 38-53

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  64. Udgivet

    DNA extraction from keratin and chitin

    Campos, P. F. & Gilbert, M Thomas P, 1 jan. 2019, Methods in Molecular Biology. Humana Press, s. 57-63 7 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1963).

    Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapportBidrag til bog/antologiForskningfagfællebedømt

  65. Udgivet

    31° South: Dietary niche of an arid‐zone endemic passerine

    Ribeiro, Â. M., Smit, B. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Environmental Engineering. 1, 2, s. 109-118

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  66. Udgivet

    31º South: The physiology of adaptation to arid conditions in a passerine bird

    Ribeiro, Â. M., Puetz, Lara Christine, Pattinson, N. B., Dalén, L., Deng, Y., Zhang, Guojie, Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Smit, B. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Molecular Ecology. 28, 16, s. 3709-3721 13 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  67. Udgivet

    A 5700 year-old human genome and oral microbiome from chewed birch pitch

    Jensen, Theis Zetner Trolle, Niemann, Jonas, Iversen, K. H., Fotaki, Anna Katerina, Gopalakrishnan, Shyam, Vågene, Åshild Joanne, Pedersen, Mikkel Winther, Sinding, Mikkel Holger Strander, Ellegaard, Martin René, Allentoft, Morten Erik, Lanigan, Liam Thomas, Taurozzi, A. J., Nielsen, S. H., Dee, M. W., Mortensen, M. N., Christensen, M. C., Sørensen, S. A., Collins, Matthew James, Gilbert, M Thomas P, Sikora, Martin, Rasmussen, Simon & Schroeder, Hannes, 2019, I: Nature Communications. 10, 10 s., 5520.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  68. Udgivet

    A comparison of storage methods for gut microbiome studies in teleosts: insights from rainbow trout (Oncorhynchus mykiss)

    Hildonen, M., Kodama, M., Puetz, Lara Christine, Gilbert, M Thomas P & Limborg, Morten Tønsberg, 2019, I: Journal of Microbiological Methods. 160, s. 42-48

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  69. Udgivet

    A guide to the application of Hill numbers to DNA-based diversity analyses

    Alberdi Estibaritz, Antton & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 4, s. 804-817 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  70. Udgivet

    A simplified DNA extraction protocol for unsorted bulk arthropod samples that maintains exoskeletal integrity

    Nielsen, M., Gilbert, M Thomas P, Pape, Thomas & Bohmann, Kristine, 2019, I: Environmental DNA. 1, 2, s. 144-154

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  71. Udgivet

    Ancient RNA from Late Pleistocene permafrost and historical canids shows tissue-specific transcriptome survival

    Smith, O., Dunshea, G., Sinding, M. S., Fedorov, S., Germonpre, M., Bocherens, H. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: PLOS Biology. 17, 7, s. 1-28 e3000166.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  72. Udgivet

    Ancient pigs reveal a near-complete genomic turnover following their introduction to Europe

    Frantz, L. A. F., Haile, J., Lin, A. T., Scheu, A., Geoerg, C., Benecke, N., Alexander, M., Linderholm, A., Mullin, V. E., Daly, K. G., Battista, V. M., Price, M., Gron, K. J., Alexandri, P., Arbogast, R., Arbuckle, B., Balasescu, A., Barnett, R., Bartosiewicz, L., Baryshnikov, G., Bonsall, C., Boric, D., Boroneant, A., Bulatovic, J., Cakirlar, C., Carretero, J., Chapman, J., Church, M., Crooijmans, R., De Cupere, B., Detry, C., Dimitrijevic, V., Dumitrascu, V., du Plessis, L., Edwards, C. J., Erek, C. M., Erim-Ozdogan, A., Ervynck, A., Fulgione, D., Gligor, M., Gotherstrom, A., Gourichon, L., Groenen, M. A. M., Helmer, D., Hongo, H., Horwitz, L. K., Irving-Pease, E. K., Lebrasseur, O., Lesur, J., Malone, C., Manaseryan, N., Marciniak, A., Martlew, H., Mashkour, M., Matthews, R., Matuzeviciute, G. M., Maziar, S., Meijaard, E., McGovern, T., Megens, H., Miller, R., Mohaseb, A. F., Orschiedt, J., Orton, D., Papathanasiou, A., Pearson, M. P., Pinhasi, R., Radmanovic, D., Ricaut, F., Richards, M., Sabin, R., Sarti, L., Schier, W., Sheikhi, S., Stephan, E., Stewart, J. R., Stoddart, S., Tagliacozzo, A., Tasic, N., Trantalidou, K., Tresset, A., Valdiosera, C., van den Hurk, Y., Van Poucke, S., Vigne, J., Yanevich, A., Zeeb-Lanz, A., Triantafyllidis, A., Gilbert, M Thomas P, Schibler, J., Rowley-Conwy, P., Zeder, M., Peters, J., Cucchi, T., Bradley, D. G., Dobney, K., Burger, J., Evin, A., Girdland-Flink, L. & Larson, G., 2019, I: Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. 116, 35, s. 17231-17238

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  73. Udgivet

    Avian Binocularity and Adaptation to Nocturnal Environments: Genomic Insights from a Highly Derived Visual Phenotype

    Borges, R., Fonseca, J., Gomes, C., Johnson, W. E., O'Brien, S. J., Zhang, Guojie, Gilbert, M Thomas P, Jarvis, E. D. & Antunes, A., 2019, I: Genome Biology and Evolution. 11, 8, s. 2244-2255

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  74. Udgivet

    Biological adaptations in the Arctic cervid, the reindeer (Rangifer tarandus)

    Lin, Z., Chen, L., Chen, X., Zhong, Y., Yang, Y., Xia, W., Liu, C., Zhu, W., Wang, H., Yan, B., Yang, Y., Liu, X., Kvie, K. S., Røed, K. H., Wang, K., Xiao, W., Wei, H., Li, G., Heller, Rasmus, Gilbert, M Thomas P, Qiu, Q., Wang, W. & Li, Z., 2019, I: Science. 364, 6446, s. 1154-+ 7 s., eaav6312.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  75. Udgivet

    DNA metabarcoding - need for robust experimental designs to draw sound ecological conclusions

    Zinger, L., Bonin, A., Alsos, I. G., Bálint, M., Bik, H., Boyer, F., Chariton, A. A., Creer, S., Coissac, E., Deagle, B. E., De Barba, M., Dickie, I. A., Dumbrell, A. J., Ficetola, G. F., Fierer, N., Fumagalli, L., Gilbert, M Thomas P, Jarman, S., Jumpponen, A., Kauserud, H., Orlando, L., Pansu, J., Pawlowski, J., Tedersoo, L., Thomsen, P. F., Willerslev, Eske & Taberlet, P., 2019, I: Molecular Ecology. 28, 8, s. 1857-1862 6 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLederForskningfagfællebedømt

  76. Udgivet

    Demographic reconstruction from ancient DNA supports rapid extinction of the great auk

    Thomas, J. E., Carvalho, G. R., Haile, J., Rawlence, N. J., Martin, M. D., Ho, S. Y. W., Sigfusson, A. P., Josefsson, V. A., Frederiksen, M., Linnebjerg, J. F., Castruita, J. A. S., Niemann, Jonas, Sinding, Mikkel Holger Strander, Sandoval-Velasco, M., Soares, A. E. R., Lacy, R., Barilaro, C., Best, J., Brandis, D., Cavallo, C., Elorza, M., Garrett, K. L., Groot, M., Johansson, F., Lifjeld, J. T., Nilson, G., Serjeanston, D., Sweet, P., Fuller, E., Hufthammer, A. K., Meldgaard, Morten, Fjeldså, Jon, Shapiro, B., Hofreiter, M., Stewart, J. R., Gilbert, M Thomas P & Knapp, M., 2019, I: eLife. 8, 35 s., e47509.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  77. Udgivet

    Diabetic cats have decreased gut microbial diversity and a lack of butyrate producing bacteria

    Kieler, Ida Nordang, Osto, M., Hugentobler, L., Puetz, Lara Christine, Gilbert, M Thomas P, Hansen, Torben, Pedersen, Oluf Borbye, Reusch, C. E., Zini, E., Lutz, T. A. & Bjørnvad, Charlotte Reinhard, 2019, I: Scientific Reports. 9, s. 1-13 13 s., 4822.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  78. Udgivet

    Early Pleistocene enamel proteome from Dmanisi resolves Stephanorhinus phylogeny

    Cappellini, Enrico, Welker, Frido, Pandolfi, L., Ramos Madrigal, Jazmin, Samodova, Diana, Rüther, Patrick, Fotaki, Anna Katerina, Lyon, D., Moreno Mayar, José Victor, Bukhsianidze, M., Rakownikow Jersie-Christensen, R., Mackie, Meaghan, Ginolhac, A., Ferring, R., Tappen, M., Palkopoulou, E., Dickinson, M. R., Stafford, T. W., Chan, Y. L., Götherström, A., Nathan, S. K. S. S., Heintzman, P. D., Kapp, J. D., Kirillova, I., Moodley, Y., Agusti, J., Kahlke, R. D., Kiladze, G., Martínez-Navarro, B., Liu, S., Sandoval-Velasco, Marcela, Sinding, Mikkel Holger Strander, Kelstrup, C. D., Allentoft, Morten Erik, Orlando, L., Penkman, K., Shapiro, B., Rook, L., Dalén, L., Gilbert, M Thomas P, Olsen, Jesper Velgaard, Lordkipanidze, D. & Willerslev, Eske, 2019, I: Nature. 574, 7776, s. 103-107

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  79. Udgivet

    Genetic affinities of an eradicated European Plasmodium falciparum strain

    de-Dios, T., van Dorp, L., Gelabert, P., Carøe, Christian, Sandoval-Velasco, Marcela, Fregel, R., Escosa, R., Aranda, C., Huijben, S., Balloux, F., Gilbert, M Thomas P & Lalueza-Fox, C., 2019, I: Microbial Genomics. 5, 9, 7 s., 289.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  80. Udgivet

    High-coverage genomes to elucidate the evolution of penguins

    Pan, H., Cole, T. L., Bi, X., Fang, M., Zhou, C., Yang, Z., Ksepka, D. T., Hart, T., Bouzat, J. L., Argilla, L. S., Bertelsen, Mads Frost, Boersma, P. D., Bost, C. A., Cherel, Y., Dann, P., Fiddaman, S. R., Howard, P., Labuschagne, K., Mattern, T., Miller, G., Parker, P., Phillips, R. A., Quillfeldt, P., Ryan, P. G., Taylor, H., Thompson, D. R., Young, M. J., Ellegaard, Martin René, Gilbert, M Thomas P, Sinding, Mikkel Holger Strander, Pacheco, G., Shepherd, L. D., Tennyson, A. J. D., Grosser, S., Kay, E., Nupen, L. J., Ellenberg, U., Houston, D. M., Reeve, A. H., Johnson, K., Masello, J. F., Stracke, T., McKinlay, B., Borboroglu, P. G., Zhang, D. X. & Zhang, Guojie, 2019, I: GigaScience. 8, 9, s. 1-17

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  81. Udgivet

    Host-derived population genomics data provides insights into bacterial and diatom composition of the killer whale skin

    Hooper, R., Brealey, J. C., van der Valk, T., Alberdi Estibaritz, Antton, Durban, J. W., Fearnbach, H., Robertson, K. M., Baird, R. W., Bradley Hanson, M., Wade, P., Gilbert, M Thomas P, Morin, P. A., Wolf, J. B. W., Foote, A. D. & Guschanski, K., 2019, I: Molecular Ecology. 28, 2, s. 484-502 19 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  82. Udgivet

    Killer whale genomes reveal a complex history of recurrent admixture and vicariance

    Foote, A. D., Martin, M. D., Louis, M., Pacheco, G., Robertson, K. M., Sinding, M. S., Amaral, A. R., Baird, R. W., Baker, C. S., Ballance, L., Barlow, J., Brownlow, A., Collins, T., Constantine, R., Dabin, W., Dalla Rosa, L., Davison, N. J., Durban, J. W., Esteban, R., Ferguson, S. H., Gerrodette, T., Guinet, C., Hanson, M. B., Hoggard, W., Matthews, C. J. D., Samarra, F. I. P., de Stephanis, R., Tavares, S. B., Tixier, P., Totterdell, J. A., Wade, P., Excoffier, L., Gilbert, M Thomas P, Wolf, J. B. W. & Morin, P. A., 2019, I: Molecular Ecology. 28, 14, s. 3427-3444 18 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  83. Udgivet

    Large-scale ruminant genome sequencing provides insights into their evolution and distinct traits

    Chen, L., Qin, Q., Jiang, Y., Wang, K., Lin, Z., Li, Z., Bibi, F., Yang, Y., Wang, J., Nie, W., Su, W., Liu, G., Li, Q., Fu, W., Pan, X., Liu, C., Yang, J., Zhang, C., Yin, Y., Wang, Y., Zhao, Y., Zhang, C., Wang, Z., Qin, Y., Liu, W., Wang, B., Ren, Y., Zhang, R., Zeng, Y., Rodrigues da Fonseca, Rute Andreia, Wei, B., Li, R., Wan, W., Zhao, R., Zhu, W., Wang, Y., Duan, S., Gao, Y., Zhang, Y. E., Chen, C., Hvilsom, C., Epps, C. W., Chemnick, L. G., Doug, Y., Mirarab, S., Siegismund, Hans Redlef, Ryder, O. A., Gilbert, M Thomas P, Lewin, H. A., Zhang, Guojie, Heller, Rasmus & Wang, W., 2019, I: Science. 364, 6446, s. 1152-

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  84. Udgivet

    Mitogenomic evidence of close relationships between New Zealand's extinct giant raptors and small-sized Australian sister-taxa

    Knapp, M., Thomas, J. E., Haile, J., Prost, S., Ho, S. Y. W., Dussex, N., Cameron-Christie, S., Kardailsky, O., Barnett, R., Bunce, M., Gilbert, M Thomas P & Scofield, R. P., 2019, I: Molecular Phylogenetics and Evolution. 134, s. 122-128

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  85. Udgivet

    MobiSeq: De novo SNP discovery in model and non-model species through sequencing the flanking region of transposable elements

    Rey-Iglesia, A., Gopalakrishan, S., Carøe, Christian, Alquezar-Planas, D. E., Nielsen, A. A., Röder, T., Pedersen, L. B., Næsborg-Nielsen, C., Sinding, Mikkel Holger Strander, Rath, Martin Fredensborg, Li, Z., Petersen, Bent, Gilbert, M Thomas P, Bunce, M., Mourier, T. & Hansen, Anders Johannes, 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 2, s. 512-525 14 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  86. Udgivet

    Multi-omics and potential applications in wine production

    Sirén, Kimmo, Mak, Sarah Siu Tze, Fischer, U., Hansen, Lars Hestbjerg & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Current Opinion in Biotechnology. 56, s. 172-178

    Publikation: Bidrag til tidsskriftReviewForskningfagfællebedømt

  87. Udgivet

    Palaeogenomic insights into the origins of French grapevine diversity

    Ramos Madrigal, Jazmin, Runge, A. K. W., Bouby, L., Lacombe, T., Samaniego Castruita, J. A., Adam-Blondon, A., Figueiral, I., Hallavant, C., Schaal, C., Töpfer, R., Petersen, Bent, Sicheritz-Pontén, T., This, P., Bacilieri, R., Gilbert, M Thomas P & Wales, N., 2019, I: Nature Plants. 5, 6, s. 595-603 9 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  88. Udgivet

    Parallel adaptation of rabbit populations to myxoma virus

    Alves, J. M., Carneiro, M., Cheng, J. Y., Matos, A. L. D., Rahman, M. M., Loog, L., Campos, P. F., Wales, N., Eriksson, A., Manica, A., Strive, T., Graham, S. C., Afonso, S., Bell, D. J., Belmont, L., Day, J. P., Fuller, S. J., Marchandeau, S., Palmer, W. J., Queney, G., Surridge, A. K., Vieira, Filipe Garrett, McFadden, G., Nielsen, R., Gilbert, M Thomas P, Esteves, P. J., Ferrand, N. & Jiggins, F. M., 2019, I: Science. 363, 6433

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  89. Udgivet

    Postglacial Colonization of Northern Coastal Habitat by Bottlenose Dolphins: a Marine Leading-Edge Expansion?

    Nykänen, M., Kaschner, K., Dabin, W., Brownlow, A., Davison, N. J., Deaville, R., Garilao, C., Kesner-Reyes, K., Gilbert, M Thomas P, Penrose, R., Islas-Villanueva, V., Wales, N., Ingram, S. N., Rogan, E., Louis, M. & Foote, A. D., 2019, I: The Journal of Heredity. 110, 6, s. 662-674

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  90. Udgivet

    Progress for research of grape and wine culture in Georgia, the South Caucasus

    Maghradze, D., Aslanishvili, A., Mdinaradze, I., Tkemaladze, D., Mekhuzla, L., Lordkipanidze, D., Jalabadze, M., Kvavadze, E., Rusishvili, N., Mcgovern, P., This, P., Bacilieri, R., Failla, O., Cola, G., Mariani, L., Toffolatti, S. L., Lorenzis, G. D., Bianco, P. A., Quaglino, F., Wales, N., Gilbert, M Thomas P, Bouby, L., Kazeli, T., Ujmajuridze, L., Mamasakhlisashili, L., Batiuk, S., Graham, A., Boaretto, E., Cheishvili, A., Davitashvili, A. L. & Aurand, J. (red.), 2019. 10 s.

    Publikation: KonferencebidragPaperForskningfagfællebedømt

  91. Udgivet

    Skmer: assembly-free and alignment-free sample identification using genome skims

    Sarmashghi, S., Bohmann, Kristine, Gilbert, M Thomas P, Bafna, V. & Mirarab, S., 2019, I: Genome Biology. 20, 20 s., 34.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  92. Udgivet

    Specialized sledge dogs accompanied Inuit dispersal across the North American Arctic

    Ameen, C., Feuerborn, T. R., Brown, S. K., Linderholm, A., Hulme-Beaman, A., Lebrasseur, O., Sinding, Mikkel Holger Strander, Lounsberry, Z. T., Lin, A. T., Appelt, M., Bachmann, L., Betts, M., Britton, K., Darwent, J., Dietz, R., Fredholm, Merete, Gopalakrishnan, Shyam, Goriunova, O. I., Grønnow, B., Haile, J., Hallsson, J. H., Harrison, R., Heide-Jørgensen, M. P., Knecht, R., Losey, R. J., Masson-MacLean, E., McGovern, T. H., McManus-Fry, E., Meldgaard, Morten, Midtdal, Å., Moss, M. L., Nikitin, I. G., Nomokonova, T., Pálsdóttir, A. H., Perri, A., Popov, A. N., Rankin, L., Reuther, J. D., Sablin, M., Schmidt, A. L., Shirar, S., Smiarowski, K., Sonne, C., Stiner, M. C., Vasyukov, M., West, C. F., Ween, G. B., Wennerberg, S. E., Wiig, Ø., Woollett, J., Dalén, L., Hansen, Anders Johannes, Gilbert, M Thomas P, Sacks, B. N., Frantz, L., Larson, G., Dobney, K., Darwent, C. M. & Evin, A., 2019, I: Proceedings. Biological sciences. 286, 1916, s. 20191929

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  93. Udgivet

    Taxonomic and Functional Characterization of the Microbial Community During Spontaneous in vitro Fermentation of Riesling Must

    Sirén, Kimmo, Mak, Sarah Siu Tze, Melkonian, C., Carøe, Christian, Swiegers, J. H., Molenaar, D., Fischer, U. & Gilbert, M Thomas P, 2019, I: Frontiers in Microbiology. 10, 17 s., 697.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  94. Udgivet

    The Genomic Footprints of the Fall and Recovery of the Crested Ibis

    Feng, S., Fang, Qi, Barnett, R., Li, C., Han, S., Kuhlwilm, M., Zhou, L., Pan, H., DENG, Yuan, Chen, G., Gamauf, A., Woog, F., Prys-Jones, R., Marques-Bonet, T., Gilbert, M Thomas P & Zhang, Guojie, 2019, I: Current Biology. 29, 2, s. 340-349, e1-e7

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  95. Udgivet

    The Vertebrate TLR Supergene Family Evolved Dynamically by Gene Gain/Loss and Positive Selection Revealing a Host-Pathogen Arms Race in Birds

    Khan, I., Maldonado, E., Silva, L., Almeida, D., Johnson, W. E., O'Brien, S. J., Zhang, Guojie, Jarvis, E. D., Gilbert, M Thomas P & Antunes, A., 2019, I: Diversity. 11, 8, 25 s., 131.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  96. Udgivet

    The discovery of Neotropical Lepidosira (Collembola, Entomobryidae) and its systematic position

    Nunes, R. C., Godeiro, N. N., Pacheco, G., Liu, S., Gilbert, M Thomas P, Alvarez-Valin, F., Zhang, F. & Bellini, B. C., 2019, I: Zoologica Scripta. 48, 6, s. 783-800

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  97. Udgivet

    Using metabarcoding to compare the suitability of two blood-feeding leech species for sampling mammalian diversity in North Borneo

    Drinkwater, R., Schnell, I. B., Bohmann, Kristine, Bernard, H., Veron, G., Clare, E., Gilbert, M Thomas P & Rossiter, S. J., 2019, I: Molecular Ecology Resources. 19, 1, s. 105-117

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  98. 2018
  99. Udgivet

    Multiproxy evidence highlights a complex evolutionary legacy of maize in South America

    Kistler, L., Maezumi, S. Y., Gregorio De Souza, J., Przelomska, N. A. S., Malaquias Costa, F., Smith, O., Loiselle, H., Ramos Madrigal, Jazmin, Wales, N., Ribeiro, E. R., Morrison, R. R., Grimaldo, C., Prous, A. P., Arriaza, B., Gilbert, M Thomas P, De Oliveira Freitas, F. & Allaby, R. G., 14 dec. 2018, I: Science. 362, 6420, s. 1309-1313

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  100. Udgivet

    Ancient DNA analysis of Scandinavian medieval drinking horns and the horn of the last aurochs bull

    Bro-Jørgensen, M. H., Carøe, Christian, Vieira, Filipe Garrett, Nestor, S., Hallström, A., Gregersen, K. M., Etting, V., Gilbert, M Thomas P & Sinding, Mikkel Holger Strander, 1 nov. 2018, I: Journal of Archaeological Science. 99, s. 47-54 8 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  101. Udgivet

    Testosterone in ancient hair from an extinct species

    Koren, L., Matas, D., Pečnerová, P., Dalén, L., Tikhonov, A., Gilbert, M Thomas P, Wynne-edwards, K. E. & Geffen, E., 1 nov. 2018, I: Special Papers in Palaeontology. 61, 6, s. 797-802

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  102. Udgivet

    Pan-genome Analysis of Ancient and Modern Salmonella enterica Demonstrates Genomic Stability of the Invasive Para C Lineage for Millennia

    Zhou, Z., Lundstrøm, I. K. C., Tran-Dien, A., Duchêne, S., Alikhan, N., Sergeant, M. J., Langridge, G., Fotaki, Anna Katerina, Nair, S., Stenøien, H. K., Hamre, S. S., Casjens, S., Christophersen, A., Quince, C., Thomson, N. R., Weill, F., Ho, S. Y. W., Gilbert, M Thomas P & Achtman, M., 6 aug. 2018, I: Current Biology. 28, 15, s. 2420-2429 20 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftTidsskriftartikelForskningfagfællebedømt

  103. Udgivet

    Whole-Genome Sequencing of African Dogs Provides Insights into Adaptations against Tropical Parasites

    Liu, Y., Wang, L., Xu, T., Guo, X., Li, Y., Yin, T., Yang, H., Hu, Y., Adeola, A. C., Sanke, O. J., Otecko, N. O., Wang, M., Ma, Y., Charles, O. S., Sinding, Mikkel Holger Strander, Gopalakrishnan, Shyam, Alfredo Samaniego, J., Hansen, Anders Johannes, Fernandes, C., Gaubert, P., Budd, J., Dawuda, P. M., Knispel Rueness, E., Jiang, L., Zhai, W., Gilbert, M Thomas P, Peng, M., Qi, X., Wang, G. & Zhang, Y., 1 feb. 2018, I: MOLECULAR BIOLOGY AND EVOLUTION . 35, 2, s. 287-298

    Publikation: Bidrag til tidsskriftLetterForskningfagfællebedømt

  104. Udgivet

    Assembly-free and alignment-free sample identification using genome skims

    Sarmashghi, S., Bohmann, Kristine, Gilbert, M Thomas P, Bafna, V. & Mirarab, S., 1 jan. 2018, I: Lecture Notes in Computer Science (including subseries Lecture Notes in Artificial Intelligence and Lecture Notes in Bioinformatics). 10812, s. 276-277 2 s.

    Publikation: Bidrag til tidsskriftKonferenceabstrakt i tidsskriftForskningfagfællebedømt

Forrige 1 2 3 4 Næste

ID: 12980