Krister Wennerberg

Krister Wennerberg

Professor

Medlem af:

    ORCID: 0000-0002-1352-4220

    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 122 ud af 122Pr. side: 500
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 2024
    2. Udgivet

      Robust scoring of selective drug responses for patient-tailored therapy selection

      Chen, Y., He, L., Ianevski, A., Ayuda-Durán, P., Potdar, S., Saarela, J., Miettinen, J. J., Kytölä, S., Miettinen, S., Manninen, M., Heckman, C. A., Enserink, J. M., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2024, I: Nature Protocols. 19, s. 60-82

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. 2023
    4. Udgivet

      Ex vivo venetoclax sensitivity testing predicts treatment response in acute myeloid leukemia

      Kuusanmäki, H., Kytölä, S., Vänttinen, I., Ruokoranta, T., Ranta, A., Huuhtanen, J., Suvela, M., Parsons, A., Holopainen, A., Partanen, A., Kuusisto, M. E. L., Koskela, S., Räty, R., Itälä-Remes, M., Västrik, I., Dufva, O., Siitonen, S., Porkka, K., Wennerberg, K., Heckman, C. A. & 5 flere, Ettala, P., Pyörälä, M., Rimpiläinen, J., Siitonen, T. & Kontro, M., 2023, I: Haematologica. 108, 7, s. 1768-1781 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      A platform for efficient establishment and drug-response profiling of high-grade serous ovarian cancer organoids

      Senkowski, W., Gall-Mas, L., Falco, M. M., Li, Y., Lavikka, K., Kriegbaum, M. C., Oikkonen, J., Bulanova, D., Pietras, E. J., Voßgröne, K., Chen, Y. J., Erkan, E. P., Dai, J., Lundgren, A., Grønning Høg, M. K., Larsen, I. M., Lamminen, T., Kaipio, K., Huvila, J., Virtanen, A. & 9 flere, Engelholm, Lars Henning, Christiansen, P., Santoni Rugiu, Eric, Huhtinen, K., Carpén, O., Hynninen, J., Hautaniemi, S., Vähärautio, A. & Wennerberg, Krister, 2023, I: Developmental Cell. 58, 12, s. 1106-1121.e7 24 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      Breeze 2.0: an interactive web-tool for visual analysis and comparison of drug response data

      Potdar, S., Ianevski, F., Ianevski, A., Tanoli, Ziaurrehman, Wennerberg, Krister, Seashore-Ludlow, B., Kallioniemi, O., Ostling, P., Aittokallio, T. & Saarela, J., 2023, I: Nucleic Acids Research. 51, W1, s. W57-W61 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      Erythroid/megakaryocytic differentiation confers BCL-XL dependency and venetoclax resistance in acute myeloid leukemia

      Kuusanmäki, H., Dufva, O., Vähä-Koskela, M., Leppä, A-M., Huuhtanen, J., Vänttinen, I. M., Nygren, P. J., Klievink, J., Bouhlal, J. O. V., Pölönen, P., Zhang, Q., Adnan Awad, S., Mancebo-Pérez, C., Saad, J., Miettinen, J. J., Javarappa, K. K., Aakko, S., Ruokoranta, T., Eldfors, S., Heinäniemi, M. & 9 flere, Theilgaard-Mønch, Kim, Wartiovaara-Kautto, U., Keränen, M. A. I., Porkka, K., Konopleva, M., Wennerberg, Krister, Kontro, M., Heckman, C. A. & Mustjoki, S., 2023, I: Blood. 141, 13, s. 1610-1625

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      PI3Kβ inhibition enhances ALK-inhibitor sensitivity in ALK-rearranged lung cancer

      Talwelkar, S. S., Mayranpaa, M. I., Schuler, J., Linnavirta, N., Hemmes, A., Adinolfi, S., Kankainen, M., Sommergruber, W., Levonen, A., Rasanen, J., Knuuttila, A., Verschuren, E. W. & Wennerberg, Krister, 2023, I: Molecular Oncology. 17, 5, s. 747-764 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    9. Udgivet

      PP2A-based triple-strike therapy overcomes mitochondrial apoptosis resistance in brain cancer cells

      Denisova, O. V., Merisaari, J., Huhtaniemi, R., Qiao, X., Yetukuri, L., Jumppanen, M., Kaur, A., Pääkkönen, M., von Schantz-Fant, С., Ohlmeyer, M., Wennerberg, Krister, Kauko, O., Koch, R., Aittokallio, T., Taipale, M. & Westermarck, J., 2023, I: Molecular Oncology. 17, 9, s. 1803-1820 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      Standardized assays to monitor drug sensitivity in hematologic cancers

      Ayuda-Durán, P., Hermansen, J. U., Giliberto, M., Yin, Y., Hanes, R., Gordon, Sandra, Kuusanmäki, Heikki Aleksi, Brodersen, A. M., Andersen, A. N., Taskén, K., Wennerberg, Krister, Enserink, J. M. & Skånland, S. S., 2023, I: Cell Death Discovery. 9, 13 s., 435.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      Synthetic lethal interaction between WEE1 and PKMYT1 is a target for multiple low-dose treatment of high-grade serous ovarian carcinoma

      Benada, Jan, Bulanova, Daria, Azzoni, Violette Iridé Liliane, Petrosius, V., Ghazanfar, S., Wennerberg, Krister & Sørensen, Claus Storgaard, 2023, I: NAR Cancer. 5, 3, 13 s., zcad029.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. 2022
    13. Udgivet

      Comprehensive and unbiased multiparameter high-throughput screening by compaRe finds effective and subtle drug responses in AML models

      Chalabi Hajkarim, M., Karjalainen, E., Osipovitch, M., Dimopoulos, K., Gordon, Sandra, Ambri, F., Rasmussen, K. D., Grønbæk, Kirsten, Helin, K., Wennerberg, Krister & Won, K., 2022, I: eLife. 11, e73760.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. Udgivet

      Concurrent Inhibition of IGF1R and ERK Increases Pancreatic Cancer Sensitivity to Autophagy Inhibitors

      Stalnecker, C. A., Grover, K. R., Edwards, A. C., Coleman, M. F., Yang, R., DeLiberty, J. M., Papke, B., Goodwin, C. M., Pierobon, M., Petricoin, E. F., Gautam, P., Wennerberg, Krister, Cox, A. D., Der, C. J., Hursting, S. D. & Bryant, K. L., 2022, I: Cancer Research. 82, 4, s. 586-598 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    15. Udgivet

      Development of actionable targets of multi-kinase inhibitors (AToMI) screening platform to dissect kinase targets of staurosporines in glioblastoma cells

      Denisova, O. V., Merisaari, J., Kaur, A., Yetukuri, L., Jumppanen, M., von Schantz-Fant, C., Ohlmeyer, M., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T., Taipale, M. & Westermarck, J., 2022, I: Scientific Reports. 12, 9 s., 13796.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    16. Udgivet

      Effects of Wee1 inhibitor adavosertib on patient-derived high-grade serous ovarian cancer cells are multiple and independent of homologous recombination status

      Roering, P., Siddiqui, A., Heuser, V. D., Potdar, S., Mikkonen, P., Oikkonen, J., Li, Y., Pikkusaari, S., Wennerberg, Krister, Hynninen, J., Grenman, S., Huhtinen, K., Auranen, A., Carpén, O. & Kaipio, K., 2022, I: Frontiers in Oncology. 12, 14 s., 954430.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      Implementing a Functional Precision Medicine Tumor Board for Acute Myeloid Leukemia

      Malani, D., Kumar, A., Brück, O., Kontro, M., Yadav, B., Hellesøy, M., Kuusanmäki, H., Dufva, O., Kankainen, M., Eldfors, S., Potdar, S., Saarela, J., Turunen, L., Parsons, A., Västrik, I., Kivinen, K., Saarela, J., Räty, R., Lehto, M., Wolf, M. & 7 flere, Gjertsen, B. T., Mustjoki, S., Aittokallio, T., Wennerberg, Krister, Heckman, C. A., Kallioniemi, O. & Porkka, K., 2022, I: Cancer Discovery. 12, 2, s. 388-401 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      Minimal information for chemosensitivity assays (MICHA): a next-generation pipeline to enable the FAIRification of drug screening experiments

      Tanoli, Z., Aldahdooh, J., Alam, F., Wang, Y., Seemab, U., Fratelli, M., Pavlis, P., Hajduch, M., Bietrix, F., Gribbon, P., Zaliani, A., Hall, M. D., Shen, M., Brimacombe, K., Kulesskiy, E., Saarela, J., Wennerberg, Krister, Vähä-Koskela, M. & Tang, J., 2022, I: Briefings in Bioinformatics. 23, 1, 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      Protocol to utilize fresh uncultured human lung tumor cells for personalized functional diagnostics

      Talwelkar, S. S., Lähdeniemi, I. A. K., Mäyränpää, M. I., Hemmes, A., Linnavirta, N., Räsänen, J., Knuuttila, A., Wennerberg, Krister & Verschuren, E. W., 2022, I: STAR Protocols. 3, 4, 19 s., 101720.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    20. 2021
    21. Udgivet

      Bayesian multi-source regression and monocyte-associated gene expression predict BCL-2 inhibitor resistance in acute myeloid leukemia

      White, B. S., Khan, S. A., Mason, M. J., Ammad-ud-din, M., Potdar, S., Malani, D., Kuusanmäki, Heikki Aleksi, Druker, B. J., Heckman, C., Kallioniemi, O., Kurtz, S. E., Porkka, K., Tognon, C. E., Tyner, J. W., Aittokallio, T., Wennerberg, Krister & Guinney, J., 2021, I: n p j Precision Oncology. 5, 1, 11 s., 71.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      Crowdsourced mapping of unexplored target space of kinase inhibitors

      Cichonska, A., Ravikumar, B., Allaway, R. J., Wan, F., Isayev, O., Li, S., Mason, M., Lamb, A., Tanoli, Z., Jeon, M., Kim, S., Popova, M., Capuzzi, S., Zeng, J., Dang, K., Koytiger, G., Kang, J., Wells, C. I., Willson, T. M., Oprea, T. I. & 6 flere, Schlessinger, A., Drewry, D. H., Stolovitzky, G., Wennerberg, Krister, Guinney, J. & Aittokallio, T., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 18 s., 3307.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Exploration of databases and methods supporting drug repurposing: A comprehensive survey

      Tanoli, Z., Seemab, U., Scherer, A., Wennerberg, Krister, Tang, J. & Vähä-Koskela, M., 2021, I: Briefings in Bioinformatics. 22, 2, s. 1656-1678 23 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      Functional diagnostics using fresh uncultured lung tumor cells to guide personalized treatments

      Talwelkar, S. S., Mäyränpää, M. I., Søraas, L., Potdar, S., Bao, J., Hemmes, A., Linnavirta, N., Lømo, J., Räsänen, J., Knuuttila, A., Wennerberg, Krister & Verschuren, E. W., 2021, I: Cell Reports Medicine. 2, 8, 21 s., 100373.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      Multi-modal meta-analysis of cancer cell line omics profiles identifies ECHDC1 as a novel breast tumor suppressor

      Jaiswal, A., Gautam, P., Pietilä, E. A., Timonen, S., Nordström, N., Akimov, Y., Sipari, N., Tanoli, Z., Fleischer, T., Lehti, K., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2021, I: Molecular Systems Biology. 17, 3, s. 1-25 e9526.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    26. Udgivet

      Network-guided identification of cancer-selective combinatorial therapies in ovarian cancer

      He, L., Bulanova, Daria, Oikkonen, J., Häkkinen, A., Zhang, K., Zheng, S., Wang, W., Erkan, E. P., Carpén, O., Joutsiniemi, T., Hietanen, S., Hynninen, J., Huhtinen, K., Hautaniemi, S., Vähärautio, A., Tang, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2021, I: Briefings in Bioinformatics. 22, 6, 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    27. Udgivet

      Patient-tailored design for selective co-inhibition of leukemic cell subpopulations

      Ianevski, A., Lahtela, J., Javarappa, K. K., Sergeev, P., Ghimire, B. R., Gautam, P., Vähä-Koskela, M., Turunen, L., Linnavirta, N., Kuusanmäki, Heikki Aleksi, Kontro, M., Porkka, K., Heckman, C. A., Mattila, P., Wennerberg, Krister, Giri, A. K. & Aittokallio, T., 2021, I: Science Advances. 7, 8, eabe4038.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. Udgivet

      Selective drug combination vulnerabilities in STAT3- And TP53-mutant malignant NK cells

      Parri, E., Kuusanmäki, Heikki Aleksi, Bulanova, Daria, Mustjoki, S. & Wennerberg, Krister, 2021, I: Blood advances. 5, 7, s. 1862-1875

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    29. 2020
    30. Udgivet

      A normalized drug response metric improves accuracy and consistency of anticancer drug sensitivity quantification in cell-based screening

      Gupta, A., Gautam, P., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2020, I: Communications Biology. 3, 1, s. 1-12

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Udgivet

      ALDH1A1‐related stemness in high‐grade serous ovarian cancer is a negative prognostic indicator but potentially targetable by EGFR/mTOR‐PI3K/aurora kinase inhibitors

      Kaipio, K., Chen, P., Roering, P., Huhtinen, K., Mikkonen, P., Östling, P., Lehtinen, L., Mansuri, N., Korpela, T., Potdar, S., Hynninen, J., Auranen, A., Grénman, S., Wennerberg, Krister, Hautaniemi, S. & Carpén, O., 2020, I: Journal of Pathology. 250, 2, s. 159-169 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. Udgivet

      Abstract P6-10-28: Therapeutic stratification of triple negative breast cancer by integrating chemosensitivity & phospho-proteome profiles

      Gautam, P., Qin, X., Vainonen, J., Nagelli, S., Lampe, J., Klefström, J., Westermarck, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2020.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning › fagfællebedømt

    33. Udgivet

      Atypical KRASG12R mutant is impaired in PI3K signaling and macropinocytosis in pancreatic cancer

      Hobbs, G. A., Baker, N. M., Miermont, A. M., Thurman, R. D., Pierobon, M., Tran, T. H., Anderson, A. O., Waters, A. M., Diehl, J. N., Papke, B., Hodge, R. G., Klomp, J. E., Goodwin, C. M., DeLiberty, J. M., Wang, J., Ng, R. W. S., Gautam, P., Bryant, K. L., Esposito, D., Campbell, S. L. & 8 flere, Petricoin, E. F., Simanshu, D. K., Aguirre, A. J., Wolpin, B. M., Wennerberg, Krister, Rudloff, U., Cox, A. D. & Der, C. J., 2020, I: Cancer Discovery. 10, 1, s. 104-123 20 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Udgivet

      Breeze: an integrated quality control and data analysis application for high-throughput drug screening

      Potdar, S., Ianevski, A., Mpindi, J., Bychkov, D., Fiere, C., Ianevski, P., Yadav, B., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T., Kallioniemi, O., Saarela, J. & Östling, P., 2020, I: Bioinformatics. 36, 11, s. 3602-3604

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    35. Udgivet

      Human Tumor–Derived Matrix Improves the Predictability of Head and Neck Cancer Drug Testing

      Tuomainen, K., Al-samadi, A., Potdar, S., Turunen, L., Turunen, M., Karhemo, P., Bergman, P., Risteli, M., Åström, P., Tiikkaja, R., Grenman, R., Wennerberg, Krister, Monni, O. & Salo, T., 2020, I: Cancers. 12, 1, 92.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    36. Udgivet

      Identification of novel regulators of STAT3 activity

      Parri, E., Kuusanmäki, Heikki Aleksi, Van Adrichem, A. J., Kaustio, M. & Wennerberg, Krister, 2020, I: PLoS ONE. 15, 3, s. 1-18 e0230819.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    37. Udgivet

      Improved detection of differentially represented DNA barcodes for high-throughput clonal phenomics

      Akimov, Y., Bulanova, Daria, Timonen, S., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2020, I: Molecular Systems Biology. 16, 3, s. 1-18 e9195.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    38. Udgivet

      Interactive visual analysis of drug–target interaction networks using Drug Target Profiler, with applications to precision medicine and drug repurposing

      Tanoli, Z., Alam, Z., Ianevski, A., Wennerberg, Krister, Vähä-koskela, M. & Aittokallio, T., 2020, I: Briefings in Bioinformatics. 21, 1, s. 211-220

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      KIT pathway upregulation predicts dasatinib efficacy in acute myeloid leukemia

      Malani, D., Yadav, B., Kumar, A., Potdar, S., Kontro, M., Kankainen, M., Javarappa, K. K., Porkka, K., Wolf, M., Aittokallio, T., Wennerberg, Krister, Heckman, C. A., Murumägi, A. & Kallioniemi, O., 2020, I: Leukemia. 34, s. 2780-2784

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    40. Udgivet

      Mitochondria in Their Prime Drive Venetoclax Response in Acute Myeloid Leukemia

      Kriegbaum, M. C. & Wennerberg, Krister, 2020, I: Cancer Cell. 38, 6, s. 776-778 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning

    41. Udgivet

      Multi-parametric single cell evaluation defines distinct drug responses in healthy hematologic cells that are retained in corresponding malignant cell types

      Majumder, M. M., Leppä, A., Hellesøy, M., Dowling, P., Malyutina, A., Kopperud, R., Bazou, D., Andersson, E., Parsons, A., Tang, J., Kallioniemi, O., Mustjoki, S., O’gorman, P., Wennerberg, Krister, Porkka, K., Gjertsen, B. T. & Heckman, C. A., 2020, I: Haematologica. 105, 6, s. 1527-1538

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    42. Udgivet

      Pan-RAF inhibition induces apoptosis in acute myeloid leukemia cells and synergizes with BCL2 inhibition

      Tambe, M., Karjalainen, E., Vähä-Koskela, M., Bulanova, Daria, Gjertsen, B. T., Kontro, M., Porkka, K., Heckman, C. A. & Wennerberg, Krister, 2020, I: Leukemia. 34, s. 3186-3196

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    43. Udgivet

      Phosphoproteome and drug-response effects mediated by the three protein phosphatase 2A inhibitor proteins CIP2A, SET, and PME-1

      Kauko, O., Imanishi, S. Y., Kulesskiy, E., Yetukuri, L., Laajala, T. D., Sharma, M., Pavic, K., Aakula, A., Rupp, C., Jumppanen, M., Haapaniemi, P., Ruan, L., Yadav, B., Suni, V., Varila, T., Corthals, G. L., Reimand, J., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T. & Westermarck, J., 2020, I: Journal of Biological Chemistry. 295, 13, s. 4194-4211

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    44. Udgivet

      Therapeutic targeting of KSP in preclinical models of high-risk neuroblastoma

      Hansson, K., Radke, K., Aaltonen, K., Saarela, J., Mañas, A., Sjölund, J., Smith, E. M., Pietras, K., Påhlman, S., Wennerberg, Krister, Gisselsson, D. & Bexell, D., 2020, I: Science Translational Medicine. 12, 562, s. 1-17 eaba4434.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    45. 2019
    46. Udgivet

      Abstract P2-06-25: A phenotypic screening and machine learning platform efficiently identifies triple negative breast cancer-selective and readily druggable targets

      Gautam, P., Jaiswal, A., Aittokallio, T., Hassan, A. & Wennerberg, Krister, 2019, I: Cancer Research. s. P2-06-25-P2-06-25

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning

    47. Udgivet

      Chemogenomic Analysis of the Druggable Kinome and Its Application to Repositioning and Lead Identification Studies

      Ravikumar, B., Timonen, S., Alam, Z., Parri, E., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2019, I: Cell Chemical Biology. 26, 11, s. 1608-1622

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    48. Udgivet

      Drug screening and molecular profiling identifies INKA1 as a predictive biomarker for sensitivity to MAPK inhibition-antimitotic combination treatment in pancreatic ductal adenocarcinoma

      Gautam, P., Vaha-Koskela, M., Tomlinson, M., Cox, A. D., Der, C. J., Aittokallio, T. & Wennerberg, Krister, 2019, I: Molecular Cancer Therapeutics. 18, 12, A137.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    49. Udgivet

      Drug sensitivity testing on patient-derived sarcoma cells predicts patient response to treatment and identifies c-Sarc inhibitors as active drugs for translocation sarcomas

      Brodin, B. A., Wennerberg, Krister, Lidbrink, E., Brosjö, O., Potdar, S., Wilson, J. N., Ma, L., Moens, L. N., Hesla, A., Porovic, E., Bernhardsson, E., Papakonstantinou, A., Bauer, H., Tsagkozis, P., Von Sivers, K., Wejde, J., Östling, P., Kallioniemi, O. & Stragliotto, C. L., 2019, I: British Journal of Cancer. 120, 4, s. 435-443 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    50. Udgivet

      Network pharmacology modeling identifies synergistic Aurora B and ZAK interaction in triple-negative breast cancer

      Tang, J., Gautam, P., Gupta, A., He, L., Timonen, S., Akimov, Y., Wang, W., Szwajda, A., Jaiswal, A., Turei, D., Yadav, B., Kankainen, M., Saarela, J., Saez-rodriguez, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2019, I: npj Systems Biology and Applications. 5, 1, 5.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    51. Udgivet

      Phenotypic Screening Combined with Machine Learning for Efficient Identification of Breast Cancer-Selective Therapeutic Targets

      Gautam, P., Jaiswal, A., Aittokallio, T., Al-ali, H. & Wennerberg, Krister, 2019, I: Cell Chemical Biology. 26, 7, s. 970-979

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    52. Udgivet

      Prediction of drug combination effects with a minimal set of experiments

      Ianevski, A., Giri, A. K., Gautam, P., Kononov, A., Potdar, S., Saarela, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2019, I: Nature Machine Intelligence. 1, 12, s. 568-577

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    53. Udgivet

      Receptor Tyrosine Kinase Signaling Networks Define Sensitivity to ERBB Inhibition and Stratify Kras-Mutant Lung Cancers

      Talwelkar, S. S., Nagaraj, A. S., Devlin, J. R., Hemmes, A., Potdar, S., Kiss, E. A., Saharinen, P., Salmenkivi, K., Mäyränpää, M. I., Wennerberg, Krister & Verschuren, E. W., 2019, I: Molecular Cancer Therapeutics. 18, 10, s. 1863-1874

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    54. 2018
    55. Udgivet

      Genomic Perturbations Reveal Distinct Regulatory Networks in Intrahepatic Cholangiocarcinoma

      Nepal, C., O'Rourke, Colm, Oliveira, D. V., Taranta, A., Shema, S., Gautam, P., Calderaro, J., Barbour, A., Raggi, C., Wennerberg, Krister, Wang, X. W., Lautem, A., Roberts, L. R. & Andersen, Jesper Bøje, sep. 2018, I: Hepatology. 68, 3, s. 949-963 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    56. Udgivet

      PP2A inhibition is a druggable MEK inhibitor resistance mechanism in KRAS-mutant lung cancer cells

      Kauko, O., O’Connor, C. M., Kulesskiy, E., Sangodkar, J., Aakula, A., Izadmehr, S., Yetukuri, L., Yadav, B., Padzik, A., Laajala, T. D., Haapaniemi, P., Momeny, M., Varila, T., Ohlmeyer, M., Aittokallio, T., Wennerberg, Krister, Narla, G. & Westermarck, J., 18 jul. 2018, I: Science Translational Medicine. 10, 450, s. 1-12 12 s., eaaq1093.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    57. Patient-Customized Drug Combination Prediction and Testing for T-cell Prolymphocytic Leukemia Patients

      He, L., Tang, J., Andersson, E. I., Timonen, S., Koschmieder, S., Wennerberg, Krister, Mustjoki, S. & Aittokallio, T., 1 maj 2018, I: Cancer Research. 78, 9, s. 2407-2418 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    58. Global proteomics profiling improves drug sensitivity prediction: results from a multi-omics, pan-cancer modeling approach

      Ali, M., Khan, S. A., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 15 apr. 2018, I: Bioinformatics (Online). 34, 8, s. 1353-1362 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    59. Drug Target Commons: A Community Effort to Build a Consensus Knowledge Base for Drug-Target Interactions

      Tang, J., Tanoli, Z-U-R., Ravikumar, B., Alam, Z., Rebane, A., Vähä-Koskela, M., Peddinti, G., van Adrichem, A. J., Wakkinen, J., Jaiswal, A., Karjalainen, E., Gautam, P., He, L., Parri, E., Khan, S., Gupta, A., Ali, M., Yetukuri, L., Gustavsson, A-L., Seashore-Ludlow, B. & 6 flere, Hersey, A., Leach, A. R., Overington, J. P., Repasky, G., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 15 feb. 2018, I: Cell Chemical Biology. 25, 2, s. 224-229.e2

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    60. Udgivet

      Drug Target Commons 2.0: a community platform for systematic analysis of drug-target interaction profiles

      Tanoli, Z. R., Alam, Z., Vähä-Koskela, M., Ravikumar, B., Malyutina, A., Jaiswal, A., Tang, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2018, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2018, 2018, s. 1-13 13 s., bay083.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    61. Drug-sensitivity screening and genomic characterization of 45 hpV-negative head and neck carcinoma cell lines for novel biomarkers of drug efficacy

      Lepikhova, T., Karhemo, P. R., Louhimo, R., Yadav, B., Murumagi, A., Kulesskiy, E., Kivento, M., Sihto, H., Grenman, R., Syrjanen, S. M., Kallioniemi, O., Aittokallio, T., Wennerberg, Krister, Joensuu, H. & Monni, O., 2018, I: Molecular Cancer Therapeutics. 17, 9, s. 2060-2071 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    62. KRAS Suppression-Induced Degradation of MYC Is Antagonized by a MEK5-ERK5 Compensatory Mechanism

      Vaseva, A. V., Blake, D. R., Gilbert, T. S. K., Ng, S., Hostetter, G., Azam, S. H., Ozkan-Dagliyan, I., Gautam, P., Bryant, K. L., Pearce, K. H., Herring, L. E., Han, H., Graves, L. M., Witkiewicz, A. K., Knudsen, E. S., Pecot, C. V., Rashid, N., Houghton, P. J., Wennerberg, K., Cox, A. D. & 1 flere, Der, C. J., 2018, I: Cancer Cell. 34, 5, s. 807-822.e1-e7 23 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    63. Methods for High-throughput Drug Combination Screening and Synergy Scoring

      He, L., Kulesskiy, E., Saarela, J., Turunen, L., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T. & Tang, J., 2018, I: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 1711, s. 351-398 48 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    64. Targeting autophagy by small molecule inhibitors of vacuolar protein sorting 34 (Vps34) improves the sensitivity of breast cancer cells to Sunitinib

      Dyczynski, M., Yu, Y., Otrocka, M., Parpal, S., Braga, T., Henley, A. B., Zazzi, H., Lerner, M., Wennerberg, Krister, Viklund, J., Martinsson, J., Grandér, D., De Milito, A. & Pokrovskaja Tamm, K., 2018, I: Cancer Letters. 435, s. 32-43 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    65. Toward universal protein post-translational modification detection in high throughput format

      Härmä, H., Tong-Ochoa, N., van Adrichem, A. J., Jelesarov, I., Wennerberg, Krister & Kopra, K., 2018, I: Chemical communications (Cambridge, England). 54, 23, s. 2910-2913 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    66. 2017

    67. A Community Challenge for Inferring Genetic Predictors of Gene Essentialities through Analysis of a Functional Screen of Cancer Cell Lines

      Broad-DREAM Community, B. C., 22 nov. 2017, I: Cell Systems. 5, 5, s. 485-497.e3

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    68. Drug sensitivity profiling identifies potential therapies for lymphoproliferative disorders with overactive JAK/STAT3 signaling

      Kuusanmäki, H., Dufva, O., Parri, E., van Adrichem, A. J., Rajala, H., Majumder, M. M., Yadav, B., Parsons, A., Chan, W. C., Wennerberg, Krister, Mustjoki, S. & Heckman, C. A., 14 nov. 2017, I: OncoTarget. 8, 57, s. 97516-97527 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    69. JAK1/2 and BCL2 inhibitors synergize to counteract bone marrow stromal cell-induced protection of AML

      Karjalainen, R., Pemovska, T., Popa, M., Liu, M., Javarappa, K. K., Majumder, M. M., Yadav, B., Tamborero, D., Tang, J., Bychkov, D., Kontro, M., Parsons, A., Suvela, M., Mayoral Safont, M., Porkka, K., Aittokallio, T., Kallioniemi, O., McCormack, E., Gjertsen, B. T., Wennerberg, K. & 2 flere, Knowles, J. & Heckman, C. A., 10 aug. 2017, I: Blood. 130, 6, s. 789-802 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    70. Computational-experimental approach to drug-target interaction mapping: A case study on kinase inhibitors

      Cichonska, A., Ravikumar, B., Parri, E., Timonen, S., Pahikkala, T., Airola, A., Wennerberg, Krister, Rousu, J. & Aittokallio, T., aug. 2017, I: PLOS Computational Biology. 13, 8, s. e1005678

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    71. Systematic identification of feature combinations for predicting drug response with Bayesian multi-view multi-task linear regression

      Ammad-Ud-Din, M., Khan, S. A., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 15 jul. 2017, I: Bioinformatics (Online). 33, 14, s. i359-i368

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    72. A transcriptomics data-driven gene space accurately predicts liver cytopathology and drug-induced liver injury

      Kohonen, P., Parkkinen, J. A., Willighagen, E. L., Ceder, R., Wennerberg, Krister, Kaski, S. & Grafström, R. C., 3 jul. 2017, I: Nature Communications. 8, s. 15932

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    73. Seed-effect modeling improves the consistency of genome-wide loss-of-function screens and identifies synthetic lethal vulnerabilities in cancer cells

      Jaiswal, A., Peddinti, G., Akimov, Y., Wennerberg, Krister, Kuznetsov, S., Tang, J. & Aittokallio, T., 1 jun. 2017, I: Genome Medicine. 9, 1, s. 51

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    74. High-Throughput Dual Screening Method for Ras Activities and Inhibitors

      Kopra, K., van Adrichem, A. J., Salo-Ahen, O. M. H., Peltonen, J., Wennerberg, Krister & Härmä, H., 18 apr. 2017, I: Analytical Chemistry. 89, 8, s. 4508-4516 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    75. Differentiation status of primary chronic myeloid leukemia cells affects sensitivity to BCR-ABL1 inhibitors

      Pietarinen, P. O., Eide, C. A., Ayuda-Durán, P., Potdar, S., Kuusanmäki, H., Andersson, E. I., Mpindi, J. P., Pemovska, T., Kontro, M., Heckman, C. A., Kallioniemi, O., Wennerberg, Krister, Hjorth-Hansen, H., Druker, B. J., Enserink, J. M., Tyner, J. W., Mustjoki, S. & Porkka, K., 4 apr. 2017, I: OncoTarget. 8, 14, s. 22606-22615 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    76. Comprehensive Drug Testing of Patient-derived Conditionally Reprogrammed Cells from Castration-resistant Prostate Cancer

      Saeed, K., Rahkama, V., Eldfors, S., Bychkov, D., Mpindi, J. P., Yadav, B., Paavolainen, L., Aittokallio, T., Heckman, C., Wennerberg, Krister, Peehl, D. M., Horvath, P., Mirtti, T., Rannikko, A., Kallioniemi, O., Östling, P. & Af Hällström, T. M., mar. 2017, I: European Urology (Italian Edition). 71, 3, s. 319-327 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    77. Systematic drug sensitivity testing reveals synergistic growth inhibition by dasatinib or mTOR inhibitors with paclitaxel in ovarian granulosa cell tumor cells

      Haltia, U., Andersson, N., Yadav, B., Färkkilä, A., Kulesskiy, E., Kankainen, M., Tang, J., Bützow, R., Riska, A., Leminen, A., Heikinheimo, M., Kallioniemi, O., Unkila-Kallio, L., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T. & Anttonen, M., mar. 2017, I: Gynecologic Oncology. 144, 3, s. 621-630 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    78. 2016

    79. Consistency in drug response profiling

      Mpindi, J. P., Yadav, B., Östling, P., Gautam, P., Malani, D., Murumägi, A., Hirasawa, A., Kangaspeska, S., Wennerberg, Krister, Kallioniemi, O. & Aittokallio, T., 30 nov. 2016, I: Nature. 540, 7631, s. E5-E6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    80. Cancer Cell Drug Response Transcriptomes in 3D

      Wennerberg, Krister, 17 nov. 2016, I: Cell Chemical Biology. 23, 11, s. 1323-1324 2 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    81. Identification of selective cytotoxic and synthetic lethal drug responses in triple negative breast cancer cells

      Gautam, P., Karhinen, L., Szwajda, A., Jha, S. K., Yadav, B., Aittokallio, T. & Wennerberg, Krister, 10 maj 2016, I: Molecular Cancer. 15, 1, s. 34

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    82. Discovery of berberine, abamectin and ivermectin as antivirals against chikungunya and other alphaviruses

      Varghese, F. S., Kaukinen, P., Gläsker, S., Bespalov, M., Hanski, L., Wennerberg, Krister, Kümmerer, B. M. & Ahola, T., feb. 2016, I: Antiviral Research. 126, s. 117-24 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    83. Precision Cancer Medicine in the Acoustic Dispensing Era: Ex Vivo Primary Cell Drug Sensitivity Testing

      Kulesskiy, E., Saarela, J., Turunen, L. & Wennerberg, Krister, feb. 2016, I: Journal of laboratory automation. 21, 1, s. 27-36 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    84. Long-Term ERK Inhibition in KRAS-Mutant Pancreatic Cancer Is Associated with MYC Degradation and Senescence-like Growth Suppression

      Hayes, T. K., Neel, N. F., Hu, C., Gautam, P., Chenard, M., Long, B., Aziz, M., Kassner, M., Bryant, K. L., Pierobon, M., Marayati, R., Kher, S., George, S. D., Xu, M., Wang-Gillam, A., Samatar, A. A., Maitra, A., Wennerberg, K., Petricoin, E. F., Yin, H. H. & 4 flere, Nelkin, B., Cox, A. D., Yeh, J. J. & Der, C. J., 11 jan. 2016, I: Cancer Cell. 29, 1, s. 75-89 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    85. c-Abl Inhibitors Enable Insights into the Pathophysiology and Neuroprotection in Parkinson's Disease

      Lindholm, D., Pham, D. D., Cascone, A., Eriksson, O., Wennerberg, Krister & Saarma, M., 2016, I: Frontiers in Aging Neuroscience. 8, s. 254

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    86. 2015

    87. MgcRacGAP inhibition stimulates JAK-dependent STAT3 activity

      van Adrichem, A. J. & Wennerberg, Krister, 21 dec. 2015, I: FEBS Letters. 589, 24 Pt B, s. 3859-65 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    88. Impact of normalization methods on high-throughput screening data with high hit rates and drug testing with dose-response data

      Mpindi, J., Swapnil, P., Dmitrii, B., Jani, S., Saeed, K., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T., Östling, P. & Kallioniemi, O., 1 dec. 2015, I: Bioinformatics (Online). 31, 23, s. 3815-21 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    89. Relevance Rank Platform (RRP) for Functional Filtering of High Content Protein-Protein Interaction Data

      Pokharel, Y. R., Saarela, J., Szwajda, A., Rupp, C., Rokka, A., Lal Kumar Karna, S., Teittinen, K., Corthals, G., Kallioniemi, O., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T. & Westermarck, J., dec. 2015, I: Molecular and Cellular Proteomics. 14, 12, s. 3274-83 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    90. From drug response profiling to target addiction scoring in cancer cell models

      Yadav, B., Gopalacharyulu, P., Pemovska, T., Khan, S. A., Szwajda, A., Tang, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 1 okt. 2015, I: Disease models & mechanisms. 8, 10, s. 1255-64 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    91. Bioluminescent, Nonlytic, Real-Time Cell Viability Assay and Use in Inhibitor Screening

      Duellman, S. J., Zhou, W., Meisenheimer, P., Vidugiris, G., Cali, J. J., Gautam, P., Wennerberg, Krister & Vidugiriene, J., okt. 2015, I: ASSAY and Drug Development Technologies. 13, 8, s. 456-65 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    92. Rational Polypharmacology: Systematically Identifying and Engaging Multiple Drug Targets To Promote Axon Growth

      Al-Ali, H., Lee, D., Danzi, M. C., Nassif, H., Gautam, P., Wennerberg, Krister, Zuercher, B., Drewry, D. H., Lee, J. K., Lemmon, V. P. & Bixby, J. L., 21 aug. 2015, I: ACS chemical biology. 10, 8, s. 1939-51 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    93. Systematic Mapping of Kinase Addiction Combinations in Breast Cancer Cells by Integrating Drug Sensitivity and Selectivity Profiles

      Szwajda, A., Gautam, P., Karhinen, L., Jha, S. K., Saarela, J., Shakyawar, S., Turunen, L., Yadav, B., Tang, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 20 aug. 2015, I: Chemistry & Biology. 22, 8, s. 1144-55 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    94. Network pharmacology applications to map the unexplored target space and therapeutic potential of natural products

      Kibble, M., Saarinen, N., Tang, J., Wennerberg, Krister, Mäkelä, S. & Aittokallio, T., aug. 2015, I: Natural Product Reports. 32, 8, s. 1249-66 18 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    95. TIMMA-R: an R package for predicting synergistic multi-targeted drug combinations in cancer cell lines or patient-derived samples

      He, L., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T. & Tang, J., 1 jun. 2015, I: Bioinformatics (Online). 31, 11, s. 1866-8 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    96. Axitinib effectively inhibits BCR-ABL1(T315I) with a distinct binding conformation

      Pemovska, T., Johnson, E., Kontro, M., Repasky, G. A., Chen, J., Wells, P., Cronin, C. N., McTigue, M., Kallioniemi, O., Porkka, K., Murray, B. W. & Wennerberg, Krister, 5 mar. 2015, I: Nature. 519, 7541, s. 102-5 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    97. Discovery of MINC1, a GTPase-activating protein small molecule inhibitor, targeting MgcRacGAP

      van Adrichem, A. J., Fagerholm, A., Turunen, L., Lehto, A., Saarela, J., Koskinen, A., Repasky, G. A. & Wennerberg, Krister, 2015, I: Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. 18, 1, s. 3-17 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    98. KIFC1 is a novel potential therapeutic target for breast cancer

      Li, Y., Lu, W., Chen, D., Boohaker, R. J., Zhai, L., Padmalayam, I., Wennerberg, Krister, Xu, B. & Zhang, W., 2015, I: Cancer Biology & Therapy. 16, 9, s. 1316-22 7 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    99. Searching for Drug Synergy in Complex Dose-Response Landscapes Using an Interaction Potency Model

      Yadav, B., Wennerberg, Krister, Aittokallio, T. & Tang, J., 2015, I: Computational and Structural Biotechnology Journal. 13, s. 504-13 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    100. What is synergy? The Saariselkä agreement revisited

      Tang, J., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2015, I: Frontiers in Pharmacology. 6, s. 181

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    101. 2014

    102. Bioluminescent cell-based NAD(P)/NAD(P)H assays for rapid dinucleotide measurement and inhibitor screening

      Vidugiriene, J., Leippe, D., Sobol, M., Vidugiris, G., Zhou, W., Meisenheimer, P., Gautam, P., Wennerberg, Krister & Cali, J. J., 17 dec. 2014, I: ASSAY and Drug Development Technologies. 12, 9-10, s. 514-26 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    103. A community effort to assess and improve drug sensitivity prediction algorithms

      NCI DREAM Community, N. D. C., dec. 2014, I: Nature Biotechnology. 32, 12, s. 1202-12 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    104. Identification of structural features in chemicals associated with cancer drug response: a systematic data-driven analysis

      Khan, S. A., Virtanen, S., Kallioniemi, O. P., Wennerberg, Krister, Poso, A. & Kaski, S., 1 sep. 2014, I: Bioinformatics (Online). 30, 17, s. i497-504

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    105. Integrative and personalized QSAR analysis in cancer by kernelized Bayesian matrix factorization

      Ammad-ud-din, M., Georgii, E., Gönen, M., Laitinen, T., Kallioniemi, O., Wennerberg, Krister, Poso, A. & Kaski, S., 25 aug. 2014, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 54, 8, s. 2347-59 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    106. Global Human-Kinase Screening Identifies Therapeutic Host Targets against Influenza

      Atkins, C., Evans, C. W., Nordin, B., Patricelli, M. P., Reynolds, R., Wennerberg, Krister & Noah, J. W., jul. 2014, I: Journal of Biomolecular Screening. 19, 6, s. 936-46 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    107. Quantitative scoring of differential drug sensitivity for individually optimized anticancer therapies

      Yadav, B., Pemovska, T., Szwajda, A., Kulesskiy, E., Kontro, M., Karjalainen, R., Majumder, M. M., Malani, D., Murumägi, A., Knowles, J., Porkka, K., Heckman, C., Kallioniemi, O., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 5 jun. 2014, I: Scientific Reports. 4, s. 5193

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    108. The high throughput biomedicine unit at the institute for molecular medicine Finland: high throughput screening meets precision medicine

      Pietiainen, V., Saarela, J., von Schantz, C., Turunen, L., Ostling, P. & Wennerberg, Krister, maj 2014, I: Combinatorial Chemistry & High Throughput Screening. 17, 4, s. 377-86 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    109. Making sense of large-scale kinase inhibitor bioactivity data sets: a comparative and integrative analysis

      Tang, J., Szwajda, A., Shakyawar, S., Xu, T., Hintsanen, P., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 24 mar. 2014, I: Journal of Chemical Information and Modeling. 54, 3, s. 735-43 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    110. Utilization of in situ ELISA method for examining Trk receptor phosphorylation in cultured cells

      Antila, H., Autio, H., Turunen, L., Harju, K., Tammela, P., Wennerberg, Krister, Yli-Kauhaluoma, J., Huttunen, H. J., Castrén, E. & Rantamäki, T., 30 jan. 2014, I: Journal of Neuroscience Methods. 222, s. 142-6 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    111. Antifungal application of nonantifungal drugs

      Stylianou, M., Kulesskiy, E., Lopes, J. P., Granlund, M., Wennerberg, Krister & Urban, C. F., 2014, I: Antimicrobial Agents and Chemotherapy. 58, 2, s. 1055-62 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    112. 2013

    113. Individualized systems medicine strategy to tailor treatments for patients with chemorefractory acute myeloid leukemia

      Pemovska, T., Kontro, M., Yadav, B., Edgren, H., Eldfors, S., Szwajda, A., Almusa, H., Bespalov, M. M., Ellonen, P., Elonen, E., Gjertsen, B. T., Karjalainen, R., Kulesskiy, E., Lagström, S., Lehto, A., Lepistö, M., Lundán, T., Majumder, M. M., Marti, J. M. L., Mattila, P. & 16 flere, Murumägi, A., Mustjoki, S., Palva, A., Parsons, A., Pirttinen, T., Rämet, M. E., Suvela, M., Turunen, L., Västrik, I., Wolf, M., Knowles, J., Aittokallio, T., Heckman, C. A., Porkka, K., Kallioniemi, O. & Wennerberg, Krister, dec. 2013, I: Cancer Discovery. 3, 12, s. 1416-29 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    114. A chemical proteomics approach to profiling the ATP-binding proteome of Mycobacterium tuberculosis

      Wolfe, L. M., Veeraraghavan, U., Idicula-Thomas, S., Schürer, S., Wennerberg, Krister, Reynolds, R., Besra, G. S. & Dobos, K. M., jun. 2013, I: Molecular and Cellular Proteomics. 12, 6, s. 1644-60 17 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    115. Discovery of somatic STAT5b mutations in large granular lymphocytic leukemia

      Rajala, H. L. M., Eldfors, S., Kuusanmäki, H., van Adrichem, A. J., Olson, T., Lagström, S., Andersson, E. I., Jerez, A., Clemente, M. J., Yan, Y., Zhang, D., Awwad, A., Ellonen, P., Kallioniemi, O., Wennerberg, Krister, Porkka, K., Maciejewski, J. P., Loughran, T. P., Heckman, C. & Mustjoki, S., 30 maj 2013, I: Blood. 121, 22, s. 4541-50 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    116. Target inhibition networks: predicting selective combinations of druggable targets to block cancer survival pathways

      Tang, J., Karhinen, L., Xu, T., Szwajda, A., Yadav, B., Wennerberg, Krister & Aittokallio, T., 2013, I: PLOS Computational Biology. 9, 9, s. e1003226

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    117. 2012

    118. Comprehensive data-driven analysis of the impact of chemoinformatic structure on the genome-wide biological response profiles of cancer cells to 1159 drugs

      Khan, S. A., Faisal, A., Mpindi, J. P., Parkkinen, J. A., Kalliokoski, T., Poso, A., Kallioniemi, O. P., Wennerberg, Krister & Kaski, S., 30 maj 2012, I: BMC Bioinformatics. 13, s. 112

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    119. Somatic STAT3 mutations in large granular lymphocytic leukemia

      Koskela, H. L. M., Eldfors, S., Ellonen, P., van Adrichem, A. J., Kuusanmäki, H., Andersson, E. I., Lagström, S., Clemente, M. J., Olson, T., Jalkanen, S. E., Majumder, M. M., Almusa, H., Edgren, H., Lepistö, M., Mattila, P., Guinta, K., Koistinen, P., Kuittinen, T., Penttinen, K., Parsons, A. & 9 flere, Knowles, J., Saarela, J., Wennerberg, Krister, Kallioniemi, O., Porkka, K., Loughran, T. P., Heckman, C. A., Maciejewski, J. P. & Mustjoki, S., 17 maj 2012, I: The New England Journal of Medicine. 366, 20, s. 1905-13 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    120. 2011

    121. Identification of novel small molecule activators of nuclear factor-κB with neuroprotective action via high-throughput screening

      Manuvakhova, M. S., Johnson, G. G., White, M. C., Ananthan, S., Sosa, M., Maddox, C., McKellip, S., Rasmussen, L., Wennerberg, Krister, Hobrath, J. V., White, E. L., Maddry, J. A. & Grimaldi, M., jan. 2011, I: Journal of Neuroscience Research. 89, 1, s. 58-72 15 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    122. 2010

    123. A high-throughput screen for chemical inhibitors of exocytic transport in yeast

      Zhang, L., Nebane, N. M., Wennerberg, Krister, Li, Y., Neubauer, V., Hobrath, J. V., McKellip, S., Rasmussen, L., Shindo, N., Sosa, M., Maddry, J. A., Ananthan, S., Piazza, G. A., White, E. L. & Harsay, E., 14 jun. 2010, I: ChemBioChem. 11, 9, s. 1291-301 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    124. 2008

    125. MLK3 limits activated Galphaq signaling to Rho by binding to p63RhoGEF

      Swenson-Fields, K. I., Sandquist, J. C., Rossol-Allison, J., Blat, I. C., Wennerberg, Krister, Burridge, K. & Means, A. R., 10 okt. 2008, I: Molecular Cell. 32, 1, s. 43-56 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    126. 2007

    127. A novel role for Lsc/p115 RhoGEF and LARG in regulating RhoA activity downstream of adhesion to fibronectin

      Dubash, A. D., Wennerberg, Krister, García-Mata, R., Menold, M. M., Arthur, W. T. & Burridge, K., 15 nov. 2007, I: Journal of Cell Science. 120, Pt 22, s. 3989-98 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    128. 2006

    129. Analysis of activated GAPs and GEFs in cell lysates

      García-Mata, R., Wennerberg, Krister, Arthur, W. T., Noren, N. K., Ellerbroek, S. M. & Burridge, K., 2006, I: Methods in Enzymology. 406, s. 425-37 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    130. 2005

    131. The Ras superfamily at a glance

      Wennerberg, Krister, Rossman, K. L. & Der, C. J., 1 mar. 2005, I: Journal of Cell Science. 118, Pt 5, s. 843-6 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    132. 2004

    133. SGEF, a RhoG guanine nucleotide exchange factor that stimulates macropinocytosis

      Ellerbroek, S. M., Wennerberg, Krister, Arthur, W. T., Dunty, J. M., Bowman, D. R., DeMali, K. A., Der, C. & Burridge, K., jul. 2004, I: Molecular Biology of the Cell. 15, 7, s. 3309-19 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    134. p68RacGAP is a novel GTPase-activating protein that interacts with vascular endothelial zinc finger-1 and modulates endothelial cell capillary formation

      Aitsebaomo, J., Wennerberg, Krister, Der, C. J., Zhang, C., Kedar, V., Moser, M., Kingsley-Kallesen, M. L., Zeng, G. & Patterson, C., 23 apr. 2004, I: The Journal of Biological Chemistry. 279, 17, s. 17963-72 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    135. Rho-family GTPases: it's not only Rac and Rho (and I like it)

      Wennerberg, Krister & Der, C. J., 15 mar. 2004, I: Journal of Cell Science. 117, Pt 8, s. 1301-12 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    136. Rho and Rac take center stage

      Burridge, K. & Wennerberg, Krister, 23 jan. 2004, I: Cell. 116, 2, s. 167-79 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    137. 2003

    138. Integrin signaling to the actin cytoskeleton

      DeMali, K. A., Wennerberg, Krister & Burridge, K., okt. 2003, I: Current Opinion in Cell Biology. 15, 5, s. 572-82 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    139. Rnd proteins function as RhoA antagonists by activating p190 RhoGAP

      Wennerberg, Krister, Forget, M., Ellerbroek, S. M., Arthur, W. T., Burridge, K., Settleman, J., Der, C. J. & Hansen, S. H., 1 jul. 2003, I: Current biology : CB. 13, 13, s. 1106-15 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    140. Serine phosphorylation negatively regulates RhoA in vivo

      Ellerbroek, S. M., Wennerberg, Krister & Burridge, K., 23 maj 2003, I: The Journal of Biological Chemistry. 278, 21, s. 19023-31 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    141. 2002

    142. RhoG signals in parallel with Rac1 and Cdc42

      Wennerberg, Krister, Ellerbroek, S. M., Liu, R., Karnoub, A. E., Burridge, K. & Der, C. J., 6 dec. 2002, I: The Journal of Biological Chemistry. 277, 49, s. 47810-7 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    143. XPLN, a guanine nucleotide exchange factor for RhoA and RhoB, but not RhoC

      Arthur, W. T., Ellerbroek, S. M., Der, C. J., Burridge, K. & Wennerberg, Krister, 8 nov. 2002, I: The Journal of Biological Chemistry. 277, 45, s. 42964-72 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    144. Polymerization of type I and III collagens is dependent on fibronectin and enhanced by integrins alpha 11beta 1 and alpha 2beta 1

      Velling, T., Risteli, J., Wennerberg, Krister, Mosher, D. F. & Johansson, S., 4 okt. 2002, I: The Journal of Biological Chemistry. 277, 40, s. 37377-81 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    ID: 181406515