Joachim Johansen
Postdoc
Rasmussen Group
Blegdamsvej 3, 2200 København N., 06 Bygning 6, Bygning: 06-2-36
- 2023
- Udgivet
Adversarial and variational autoencoders improve metagenomic binning
Piera Líndez, Pau, Johansen, Joachim, Kutuzova, Svetlana, Sigurdsson, Arnór Ingi, Nissen, Jakob Nybo & Rasmussen, Simon, 2023, I: Communications Biology . 6, 10 s., 1073.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Centenarians have a diverse gut virome with the potential to modulate metabolism and promote healthy lifespan
Johansen, Joachim, Atarashi, K., Arai, Y., Hirose, N., Sørensen, Søren Johannes, Vatanen, T., Knip, M., Honda, K., Xavier, R. J., Rasmussen, Simon & Plichta, D. R., 2023, I: Nature Microbiology. 8, s. 1064-1078 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Discovery of drug-omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models: [with Author Correction]
Allesøe, R. L., Lundgaard, A. T., Hernández Medina, R., Aguayo-Orozco, A., Johansen, J., Nissen, J. N., Brorsson, C., Mazzoni, G., Niu, L., Biel, J. H., Brasas, V., Webel, H., Benros, M. E., Pedersen, A. G., Chmura, P. J., Jacobsen, U. P., Mari, A., Koivula, R., Mahajan, A., Vinuela, A. & 31 flere, , 2023, I: Nature Biotechnology. 41, 3, s. 399–408 18 s.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Genetic analysis of blood molecular phenotypes reveals common properties in the regulatory networks affecting complex traits
Brown, A. A., Fernandez-Tajes, J. J., Hong, M. G., Brorsson, C. A., Koivula, R. W., Davtian, D., Dupuis, T., Sartori, A., Michalettou, T. D., Forgie, I. M., Adam, J., Allin, K. H., Caiazzo, R., Cederberg, H., De Masi, F., Elders, P. J. M., Giordano, G. N., Haid, M., Hansen, T., Hansen, T. H. & 134 flere, , 2023, I: Nature Communications. 14, 17 s., 5062.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Global within-species phylogenetics of sewage microbes suggest that local adaptation shapes geographical bacterial clustering
Jespersen, Marie Louise, Munk, P., Johansen, Joachim, Kaas, R. S., Webel, Henry, Vigre, H., Nielsen, H. B., Rasmussen, Simon & Aarestrup, F. M., 2023, I: Communications Biology . 6, 9 s., 700.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2022
- Udgivet
Genome binning of viral entities from bulk metagenomics data
Johansen, Joachim, Plichta, D. R., Nissen, J. N., Jespersen, Marie Louise, Shah, S. A., Deng, Ling, Stokholm, Jakob, Bisgaard, H., Nielsen, Dennis Sandris, Sørensen, Søren Johannes & Rasmussen, Simon, 2022, I: Nature Communications. 13, 12 s., 965.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
Machine learning and deep learning applications in microbiome research
Hernandez Medina, Ricardo, Kutuzova, Svetlana, Nielsen, Knud Nor, Johansen, Joachim, Hansen, Lars Hestbjerg, Nielsen, Mads & Rasmussen, Simon, 2022, I: ISME Communications. 2, 7 s., 98.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
SCAI promotes error-free repair of DNA interstrand crosslinks via the Fanconi anemia pathway
Schubert, Lisa, Hendriks, Ivo Alexander, Hertz, Emil Peter Thrane, Wu, Wei, Sellés Baiget, Selene, Hoffmann, Saskia, Bagge, Keerthana Stine Viswalingam, Gallina, I., Pentakota, S., Benedict, Bente, Johansen, Joachim, Apelt, K., Luijsterburg, M. S., Rasmussen, Simon, Lisby, Michael, Liu, Ying, Nielsen, Michael Lund, Mailand, Niels & Duxin, Julien, 2022, I: EMBO Reports. 23, 4, 20 s., e53639.Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- Udgivet
The CD4+ T cell response to a commensal-derived epitope transitions from a tolerant to an inflammatory state in Crohn's disease
Pedersen, T. K., Brown, E. M., Plichta, D. R., Johansen, Joachim, Twardus, S. W., Delorey, T. M., Lau, H., Vlamakis, H., Moon, J. J., Xavier, R. J. & Graham, D. B., 2022, I: Immunity. 55, 10, s. 1909-1923.e6Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
- 2021
- Udgivet
Improved metagenome binning and assembly using deep variational autoencoders
Nissen, J. N., Johansen, Joachim, Allesoe, R. L., Sonderby, C. K., Armenteros, J. J. A., Grønbech, Christopher Heje, Jensen, Lars Juhl, Nielsen, H. B., Petersen, T. N., Winther, Ole & Rasmussen, Simon, 2021, I: Nature Biotechnology. 39, s. 555-560Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
ID: 224983789
Flest downloads
-
145
downloads
The ubiquitin ligase RFWD3 is required for translesion DNA synthesis
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
130
downloads
Genetic studies of abdominal MRI data identify genes regulating hepcidin as major determinants of liver iron concentration
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet -
74
downloads
Discovery of drug-omics associations in type 2 diabetes with generative deep-learning models: [with Author Correction]
Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt
Udgivet