Jan Gorodkin

Jan Gorodkin

Professor

Medlem af:


    Udgivelsesår:
    Alle
    1 - 100 ud af 151Pr. side: 100
    Sortering: Udgivelsesdato
    1. 2024
    2. E-pub ahead of print

      Systematic analysis and characterization of long non-coding RNA genes in inflammatory bowel disease

      Velissari, R., Ilieva, M., Dao, J., Miller, H. E., Madsen, J. H., Gorodkin, Jan, Aikawa, M., Ishii, H. & Uchida, S., 2024, (E-pub ahead of print) I: Briefings in Functional Genomics.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    3. 2023
    4. Udgivet

      Alteration of microglial metabolism and inflammatory profile contributes to neurotoxicity in a hiPSC-derived microglia model of frontotemporal dementia 3

      Haukedal, H., Syshøj Lorenzen, S., Westi, Emil Winther, Corsi, G., Gadekar, V. P., McQuade, A., Davtyan, H., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Schmid, B., Chandrasekaran, Abinaya, Seemann, Ernst Stefan, Cirera, Susanna, Blurton-Jones, M., Meyer, M., Gorodkin, Jan, Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2023, I: Brain, Behavior, and Immunity. 113, s. 353-373

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    5. Udgivet

      CRISPRi screen for enhancing heterologous alpha-amylase yield in Bacillus subtilis

      Geissler, Adrian Sven, Fehler, A. O., Poulsen, L. D., Gonzalez-Tortuero, E., Kallehauge, T. B., Alkan, F., Anthon, Christian, Seemann, Ernst Stefan, Rasmussen, M. D., Breuener, A., Hjort, C., Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2023, I: Journal of Industrial Microbiology and Biotechnology. 50, 1, 16 s., kuac028.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    6. Udgivet

      Cross-species high-resolution transcriptome profiling suggests biomarkers and therapeutic targets for ulcerative colitis

      Yarani, R., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Pilecki, B., Svane, C. A. S., Mirza, A. H., Litman, Thomas, Holmskov, U., Bang-Berthelsen, C. H., Vilien, M., Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2023, I: Frontiers in Molecular Biosciences. 9, 1081176.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    7. Udgivet

      Golgi fragmentation: One of the earliest organelle phenotypes in Alzheimer's disease neurons

      Haukedal, H., Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Doncheva, N. T., Kedia, S., de Haan, N., Chandrasekaran, A., Jensen, P., Schiønning, P., Vallin, S., Marlet, F. R., Poon, A., Pires, C., Agha, F. K., Wandall, H. H., Cirera, S., Simonsen, A. H., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Hyttel, P. & 7 flere, Muddashetty, R., Aldana, Blanca, Gorodkin, Jan, Nair, D., Meyer, M., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, 2023, I: Frontiers in Neuroscience. 17, 17 s., 1120086.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    8. Udgivet

      Letter to the editor: Testing on external independent datasets is necessary to corroborate machine learning model improvement

      Corsi, G. I., Anthon, Christian & Gorodkin, Jan, 2023, I: Bioinformatics. 39, 6, btad327.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Letter › Forskning › fagfællebedømt

    9. Udgivet

      Progress and harmonization of gene editing to treat human diseases: Proceeding of COST Action CA21113 GenE-HumDi

      Cavazza, A., Hendel, A., Bak, R. O., Rio, P., Güell, M., Lainšček, D., Arechavala-Gomeza, V., Peng, L., Hapil, F. Z., Harvey, J., Ortega, F. G., Gonzalez-Martinez, C., Lederer, C. W., Mikkelsen, K., Gasiunas, G., Kalter, N., Gonçalves, M. A. F. V., Petersen, J., Garanto, A., Montoliu, L. & 20 flere, Maresca, M., Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan, Mazini, L., Sanchez, R., Rodriguez-Madoz, J. R., Maldonado-Pérez, N., Laura, T., Schmueck-Henneresse, M., Maccalli, C., Grünewald, J., Carmona, G., Kachamakova-Trojanowska, N., Miccio, A., Martin, F., Turchiano, G., Cathomen, T., Luo, Y., Tsai, S. Q. & Benabdellah, K., 2023, I: Molecular Therapy Nucleic Acids. 34, 14 s., 102066.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    10. Udgivet

      RNA-Seq Study on the Longissimus thoracis Muscle of Italian Large White Pigs Fed Extruded Linseed with or without Antioxidants and Polyphenols

      Vegni, J., Sun, Y., Seemann, Ernst Stefan, Zappaterra, M., Davoli, R., Dall’Olio, S., Gorodkin, Jan & Zambonelli, P., 2023, I: Animals. 13, 7, 1187.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    11. Udgivet

      The transcriptomic landscape of neurons carrying PSEN1 mutations reveals changes in extracellular matrix components and non-coding gene expression

      Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Haukedal, H., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Ambardar, S., Palakodeti, D., Hyttel, P., Freude, Kristine, Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2023, I: Neurobiology of Disease. 178, 17 s., 105980.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    12. Udgivet

      Translational control of furina by an RNA regulon is important for left-right patterning, heart morphogenesis and cardiac valve function

      Nagorska, A., Zaucker, A., Lambert, F., Inman, A., Toral-Perez, S., Gorodkin, Jan, Wan, Y., Smutny, M. & Sampath, K., 2023, I: Development (Cambridge). 150, 23, 15 s., 201657.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    13. Udgivet

      Utilizing directed evolution to interrogate and optimize CRISPR/Cas guide RNA scaffolds

      Bush, K., Corsi, G. I., Yan, A. C., Haynes, K., Layzer, J. M., Zhou, J. H., Llanga, T., Gorodkin, Jan & Sullenger, B. A., 2023, I: Cell Chemical Biology. 30, 8, s. 879-892.e5

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    14. 2022
    15. Udgivet

      Single cell mapping the evolution of the spatial processing centre within the brain

      Ralbovszki, Dorottya Maria, Bertelsen, Mads Frost, Buchmann, Kurt, Mori, Yuki, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Seemann, Ernst Stefan, Khodosevich, Konstantin & Hall, Vanessa Jane, 1 maj 2022.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Formidling

    16. Udgivet

      CRISPR/Cas9 gRNA activity depends on free energy changes and on the target PAM context

      Corsi, G. I., Qu, Kunli, Alkan, F., Pan, Xiaoguang, Luo, Y. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 3006.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    17. Udgivet

      CRISPRon/off: CRISPR/Cas9 on- and off-target gRNA design

      Anthon, Christian, Corsi, G. I. & Gorodkin, Jan, 2022, I: Bioinformatics. 38, 24, s. 5437-5439 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    18. Udgivet

      CRISPRroots: On-and off-target assessment of RNA-seq data in CRISPR-Cas9 edited cells

      Corsi, G. I., Gadekar, V. P., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 4, 12 s., E20.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    19. Udgivet

      Differentially Expressed miRNAs in Ulcerative Colitis and Crohn's Disease

      Yarani, R., Shojaeian, A., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2022, I: Frontiers in Immunology. 13, 21 s., 865777.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Review › Forskning › fagfællebedømt

    20. Udgivet

      Does rapid sequence divergence preclude RNA structure conservation in vertebrates?

      Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Tommerup, Niels, Gorodkin, Jan & Ruzzo, W. L., 2022, I: Nucleic Acids Research. 50, 5, s. 2452-2463 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    21. Udgivet

      Flagella disruption in Bacillus subtilis increases amylase production yield

      Fehler, A. O., Kallehauge, T. B., Geissler, Adrian Sven, González-Tortuero, E., Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan & Vinther, Jeppe, 2022, I: Microbial Cell Factories. 21, 11 s., 131.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    22. Udgivet

      Massively targeted evaluation of therapeutic CRISPR off-targets in cells

      Pan, X., Qu, K., Yuan, H., Xiang, X., Anthon, C., Pashkova, L., Liang, X., Han, P., Corsi, G. I., Xu, F., Liu, P., Zhong, J., Zhou, Y., Ma, T., Jiang, H., Liu, J., Wang, J., Jessen, N., Bolund, L., Yang, H. & 5 flere, Xu, X., Church, G. M., Gorodkin, Jan, Lin, L. & Luo, Y., 2022, I: Nature Communications. 13, 14 s., 4049.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    23. Udgivet

      Production of human entorhinal stellate cell-like cells by forward programming shows an important role of Foxp1 in reprogramming

      Bergmann, T., Liu, Y., Skov, J., Mogus, L., Lee, J., Pfisterer, U., Handfield, L. F., Asenjo-Martinez, A., Lisa-Vargas, I., Seemann, S. E., Lee, J. T. H., Patikas, N., Kornum, B. R., Denham, M., Hyttel, P., Witter, M. P., Gorodkin, J., Pers, T. H., Hemberg, M., Khodosevich, K. & 1 flere, Hall, Vanessa Jane, 2022, I: Frontiers in Cell and Developmental Biology. 10, 976549.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    24. Udgivet

      The Bacillaceae-1 RNA motif comprises two distinct classes

      González-Tortuero, E., Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull, Geissler, Adrian Sven, Breüner, A., Hjort, C., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2022, I: Gene. 841, 146756.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    25. Udgivet

      The impact of PrsA over-expression on the Bacillus subtilis transcriptome during fed-batch fermentation of alpha-amylase production

      Geissler, Adrian Sven, Poulsen, L. D., Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Seemann, Ernst Stefan, González-Tortuero, E., Breüner, A., Jensen, Lars Juhl, Hjort, C., Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2022, I: Frontiers in Microbiology. 13, 17 s., 909493.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    26. 2021
    27. Udgivet

      A non-enzymatic, isothermal strand displacement and amplification assay for rapid detection of SARS-CoV-2 RNA

      Mohammadniaei, M., Zhang, M., Ashley, J., Christensen, U. B., Friis-Hansen, L. J., Gregersen, R., Lisby, J. G., Benfield, Thomas, Nielsen, F. E., Henning Rasmussen, J., Pedersen, E. B., Olinger, A. C. R., Kolding, L. T., Naseri, M., Zheng, T., Wang, W., Gorodkin, Jan & Sun, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 5089.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    28. Udgivet

      Astrocytic reactivity triggered by defective autophagy and metabolic failure causes neurotoxicity in frontotemporal dementia type 3

      Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G. I., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Zhang, Y., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J. E., Kolko, M., Kobolák, J., Dinnyés, A., Hyttel, P., Palakodeti, D. & 5 flere, Gorodkin, Jan, Muddashetty, R. S., Meyer, M., Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2021, I: Stem Cell Reports. 16, 11, s. 2736-2751

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    29. Udgivet

      Bsgatlas: A unified bacillus subtilis genome and transcriptome annotation atlas with enhanced information access

      Geissler, Adrian Sven, Anthon, Christian, Alkan, F., González-Tortuero, E., Poulsen, L. D., Kallehauge, T. B., Breüner, A., Seemann, Ernst Stefan, Vinther, Jeppe & Gorodkin, Jan, 2021, I: Microbial Genomics. 7, 2, 17 s., 000524.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    30. Udgivet

      Development of the entorhinal cortex occurs via parallel lamination during neurogenesis

      Liu, Y., Bergmann, T., Mori, Yuki, Peralvo Vidal, Juan Miguel, Pihl, M., Vasistha, Navneet A, Thomsen, Preben Dybdahl, Seemann, Ernst Stefan, Gorodkin, Jan, Hyttel, P., Khodosevich, Konstantin, Witter, M. P. & Hall, Vanessa Jane, 2021, I: Frontiers in Neuroanatomy. 15, 19 s., 663667.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    31. Udgivet

      Enhancing CRISPR-Cas9 gRNA efficiency prediction by data integration and deep learning

      Xiang, X., Corsi, G. I., Anthon, C., Qu, K., Pan, X., Liang, X., Han, P., Dong, Z., Liu, L., Zhong, J., Ma, T., Wang, J., Zhang, X., Jiang, H., Xu, F., Liu, X., Xu, X., Wang, J., Yang, H., Bolund, L. & 4 flere, Church, G. M., Lin, L., Gorodkin, Jan & Luo, Y., 2021, I: Nature Communications. 12, 1, 9 s., 3238.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    32. Udgivet

      Human pathways in animal models: possibilities and limitations

      Doncheva, Nadezhda Tsankova, Palasca, Oana, Yarani, R., Litman, Thomas, Anthon, Christian, Groenen, M. A. M., Stadler, P. F., Pociot, Flemming, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, 4, s. 1859-1871 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    33. Udgivet

      Novel circRNA discovery in sheep shows evidence of high backsplice junction conservation

      Varela-Martínez, E., Corsi, G. I., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Jugo, B. M., 2021, I: Scientific Reports. 11, 1, 11 s., 427.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    34. Udgivet

      RNAcentral 2021: Secondary structure integration, improved sequence search and new member databases

      Sweeney, B. A., Petrov, A. I., Ribas, C. E., Finn, R. D., Bateman, A., Szymanski, M., Karlowski, W. M., Seemann, S. E., Gorodkin, J., Cannone, J. J., Gutell, R. R., Kay, S., Marygold, S., Dos Santos, G., Frankish, A., Mudge, J. M., Barshir, R., Fishilevich, S., Chan, P. P., Lowe, T. M. & 26 flere, Seal, R., Bruford, E., Panni, S., Porras, P., Karagkouni, D., Hatzigeorgiou, A. G., Ma, L., Zhang, Z., Volders, P. J., Mestdagh, P., Griffiths-Jones, S., Fromm, B., Peterson, K. J., Kalvari, I., Nawrocki, E. P., Petrov, A. S., Weng, S., Bouchard-Bourelle, P., Scott, M., Lui, L. M., Hoksza, D., Lovering, R. C., Kramarz, B., Mani, P., Ramachandran, S. & Weinberg, Z., 2021, I: Nucleic Acids Research. 49, D1, s. D212-D220

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    35. Udgivet

      iPSC-derived Microglia for Disease Modeling of Frontotemporal Dementia 3

      Haukedal, H., Freude, Kristine, Garcia, B. A., Corsi, G., Gadekar, V. & Gorodkin, Jan, 2021, I: Glia. 69, S1, s. E480-E481 T14-066D.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    36. 2020
    37. Udgivet

      Patient iPSC-Derived Neorons for Disease Modeling of Familiar Alzheimer's Disease with Mutations in Presenilin 1

      Haukedal, H., Poon, A. F., Jensen, P., Aldana, Blanca, Pires, C., Chandrasekaran, Abinaya, Christensen, S. K., Schiønning, P., Vallin, S., Simonsen, A. H., Nielsen, J., Dinnyes, A., Gorodkin, Jan, Ramakrishna, S., Muddashetty, R., Palakodeti, D., Hyttel, P., Waagepetersen, Helle S., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, okt. 2020.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    38. Udgivet

      Good guide, bad guide: spacer sequence-dependent cleavage efficiency of Cas12a

      Creutzburg, S. C. A., Wu, W. Y., Mohanraju, P., Swartjes, T., Alkan, F., Gorodkin, Jan, Staals, R. H. J. & van der Oost, J., 2020, I: Nucleic Acids Research. 48, 6, s. 3228-3243 16 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    39. Udgivet

      Mutation in FTD3 CHMP2B causes impaired autography and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes

      Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Haukedal, H., Doncheva, N. T., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, Muddashetty, R., Meyer, M., Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2020.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    40. Udgivet

      Mutations in FTD3 CHMP2B causes impaired autophagy and distorted energy metabolism cumulating in reactive astrocyte phenotypes

      Chandrasekaran, A., Dittlau, K. S., Corsi, G., Doncheva, N. T., Haukedal, H., Ramakrishna, S., Ambardar, S., Salcedo, C., Schmidt, S. I., Cirera, S., Pihl, M., Schmid, B., Nielsen, T. T., Nielsen, J., Kolko, M., Kobolak, J., Dinnyes, A., Hyttel, P., Palakodeti, D., Gorodkin, J. & 4 flere, Muddashetty, R., Meyer, M., Aldana, Blanca & Freude, Kristine, 2020.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning

    41. Udgivet

      Using GPU to accelerate the pairwise structural RNA alignment with base pair probabilities

      Sundfeld, D., Teodoro, G., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Melo, A. C. M. A., 2020, I: Concurrency Computation. 32, 10, e5468.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    42. 2019
    43. Udgivet

      The developing Entorhinal cortex - a cellular map

      Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 25 nov. 2019. 1 s.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Formidling

    44. Udgivet

      Patient iPSC-Derived Neurons for Disease Modeling of Familiar Alzheier's Disease with Mutations in Presenilin 1

      Haukedal, H., Poon, A. F., Jensen, P., Aldana, Blanca, Pires, C., Chandrasekaran, Abinaya, Christensen, S. K., Schiønning, P., Vallin, S., Simonsen, A. H., Nielsen, J., Dinnyes, A., Gorodkin, Jan, Ramakrishna, S., Muddashetty, R., Palakodeti, D., Hyttel, P., Waagepetersen, Helle S., Larsen, M. R. & Freude, Kristine, 26 mar. 2019.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Formidling

    45. Udgivet

      A splice-site variant in the lncRNA gene RP1-140A9.1 cosegregates in the large Volkmann cataract family

      Eiberg, Hans Rudolf Lytchoff, Mikkelsen, Annemette Friis, Bak, M., Tommerup, Niels, Lund, A. M., Wenzel, Anne, Sabarinathan, R., Gorodkin, Jan, Bang-Berthelsen, C. H. & Hansen, Lars, 2019, I: Molecular Vision. 25, s. 1-11 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    46. Udgivet

      Cytoscape stringApp: Network analysis and visualization of proteomics data

      Doncheva, Nadezhda Tsankova, Morris, J., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2019, I: Journal of Proteome Research. 18, 2, s. 623-632

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    47. Udgivet

      Epigenetic and Transcriptomic Characterization of Pure Adipocyte Fractions From Obese Pigs Identifies Candidate Pathways Controlling Metabolism

      Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Anthon, Christian, Mentzel, Caroline M. Junker, Cirera, Susanna, Krogh, P. M., Pundhir, Sachin, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, C. S., Lesnik, P., Guerin, M., Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Fredholm, Merete & Barrès, Romain, 2019, I: Frontiers in Genetics. 10, 13 s., 1268.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    48. Udgivet

      Inferring disease-associated long non-coding RNAs using genome - wide tissue expression profiles

      Pan, X., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2019, I: Bioinformatics. 35, 9, s. 1494-1502 9 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    49. Udgivet

      Production of stellate cells from induced pluripotent stem cells to study Alzheimer's disease pathology

      Mogus, L., Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Hemberg, M., Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019. 1 s.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Formidling

    50. Udgivet

      RNAcentral: a hub of information for non-coding RNA sequences

      The RNAcentral Constortium , T., Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 2019, I: Nucleic Acids Research. 47, D1, s. D221–D229

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    51. Udgivet

      Sandwich cortial lamination and single-cell analysis decodes the developing spatial processing system

      Liu, Y., Bergmann, T. B., Lee, J., Pfisterer, U. G., Handfield, L-F., Mori, Y., Asenjo Martinez, A., Lisa Vargas, I., Seemann, E. S., Lee, J. T. H., Patikis, N., Peralvo Vidal, J. M., Pihl, M., Kornum, B. R., Thomsen, P. D., Hyttel, P., Witter, M., Khodosevich, K., Gorodkin, J., Hemberg, M. & 2 flere, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019. 45 s.

      Publikation: Konferencebidrag › Paper › Formidling

    52. Udgivet

      Special issue: Computational analysis of RNA structure and function

      Gorodkin, Jan, 2019, I: Genes. 10, 1, 3 s., 55.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Leder › Forskning

    53. Udgivet

      The developing Entorhinal Cortex – a cellular map

      Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    54. Udgivet

      Transcriptome landscape of protein-coding genes and long noncoding RNAs in the colon and blood of DSS-induced mouse model of Acute ulcerative colitis

      Yarani, R., Palasca, Oana, Doncheva, Nadezhda Tsankova, Anthon, Christian, Pilecki, B., Litman, Thomas, Holmskov, U., Jensen, Lars Juhl, Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2019, I: Journal of Crohn's and Colitis. 13, s. S129-S130

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    55. Udgivet

      Uncovering the anatomical and molecular landscape of the starting point of Alzheimer’s disease in the brain

      Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Pfisterer, U. G., Asenjo Martinez, A., Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Khodosevich, Konstantin, Gorodkin, Jan, Pers, Tune H & Hall, Vanessa Jane, 2019.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    56. 2018
    57. Udgivet

      Multiple Sequence Alignments Enhance Boundary Definition of RNA Structures

      Sabarinathan, R., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan & Seemann, Ernst Stefan, 4 dec. 2018, I: Genes. 9, 12, 17 s., 604.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    58. Udgivet

      WebCircRNA: Classifying the Circular RNA Potential of Coding and Noncoding RNA.

      Pan, X., Xiong, K., Anthon, Christian, Hyttel, P., Freude, Kristine, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 6 nov. 2018, I: Genes. 9, 11, 11 s., 536.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    59. Udgivet

      Translational co-regulation of a ligand and inhibitor by a conserved RNA element

      Zaucker, A., Nagorska, A., Kumari, P., Hecker, N., Wang, Y., Huang, S., Cooper, L., Sivashanmugam, L., VijayKumar, S., Brosens, J., Gorodkin, Jan & Sampath, K., jan. 2018, I: Nucleic Acids Research. 46, 1, s. 104–119

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    60. Udgivet

      CRISPR-Cas9 off-targeting assessment with nucleic acid duplex energy parameters

      Alkan, F., Wenzel, Anne, Anthon, Christian, Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2018, I: Genome Biology. 19, 13 s., 177.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    61. Udgivet

      Comparative RNA genomics

      Backofen, R., Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L. & Stadler, P. F., 2018, Comparative Genomics: Methods and Protocols. Humana Press, Bind 1704. s. 363-400 38 s. (Methods in Molecular Biology, Bind 1704).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    62. Udgivet

      Genome-wide identification of clusters of predicted microRNA binding sites as microRNA sponge candidates

      Pan, X., Wenzel, Anne, Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2018, I: PLoS ONE. 13, 8, 15 s., e0202369.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    63. Udgivet

      IFN-λ and microRNAs are important modulators of the pulmonary innate immune response against influenza A (H1N2) infection in pigs

      Brogaard, L., Larsen, Lars, Heegaard, P. M. H., Anthon, Christian, Gorodkin, Jan, Dürrwald, R. & Skovgaard, K., 2018, I: PLOS ONE. 13, 4, 23 s., e0194765.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    64. Udgivet

      Identification and characterization of novel conserved RNA structures in Drosophila

      Kirsch, Rebecca, Seemann, Ernst Stefan, Ruzzo, W. L., Cohen, S. M., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2018, I: BMC Genomics. 19, 20 s., 899.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    65. Udgivet

      TISSUES 2.0: an integrative web resource on mammalian tissue expression

      Palasca, Oana, Santos, A., Stolte, C., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2018, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2018, 1, s. 1-12

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    66. Udgivet

      The developmental neurogenic niche of the Entorhinal cortex revealed by single-cell transcriptomics.

      Bergmann, T. B., Liu, Y., Lee, J., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Hyttel, P., witter, M., Gorodkin, Jan, Hall, Vanessa Jane & Pers, Tune H, 2018.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    67. Udgivet

      Uncovering the anatomical and molecular landscape of the developing entorhinal cortex.

      Liu, Y., Bergmann, T. B., Peralvo Vidal, Juan Miguel, Lee, J., Mori, Yuki, Seemann, Ernst Stefan, Pihl, M., Thomsen, Preben Dybdahl, Gorodkin, Jan, Hyttel, P., Pers, Tune H, witter, M. & Hall, Vanessa Jane, 2018.

      Publikation: Konferencebidrag › Konferenceabstrakt til konference › Forskning

    68. Udgivet

      Warburg Effect Metabolism Drives Neoplasia in a Drosophila Genetic Model of Epithelial Cancer

      Eichenlaub, T., Villadsen, René, Freitas, F. C. P., Andrejeva, Diana, Aldana, Blanca, Nguyen, H. T., Petersen, Ole William, Gorodkin, Jan, Herranz, Hector & Cohen, S. M., 2018, I: Current Biology. 28, 20, s. 3220-3228.e6

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    69. 2017
    70. Udgivet

      Alignment-free comparative genomic screen for structured RNAs using coarse-grained secondary structure dot plots

      Kato, Y., Gorodkin, Jan & Havgaard, Jakob Hull, dec. 2017, I: BMC Genomics. 18, 1, 935.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    71. Udgivet

      Assessing the miRNA sponge potential of RUNX1T1 in t(8;21) acute myeloid leukemia

      Junge, A., Zandi, R., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Cowland, J. B., 2017, I: Gene. 615, s. 35-40 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    72. Udgivet

      Associating transcription factors and conserved RNA structures with gene regulation in the human brain

      Hecker, N., Seemann, Ernst Stefan, Silahtaroglu, Asli, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Scientific Reports. 7, 1, 16 s., 5776.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    73. Udgivet

      CUDA-Sankoff: Using GPU to Accelerate the Pairwise Structural RNA Alignment

      Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & De Melo, A. C. M. A., 2017, Proceedings: 2017 25th Euromicro International Conference on Parallel, Distributed and Network-Based Processing, PDP 2017. IEEE, s. 295-302 8 s. 7912663

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Konferencebidrag i proceedings › Forskning › fagfællebedømt

    74. Udgivet

      RAIN: RNA-protein Association and Interaction Networks

      Junge, A., Refsgaard, J. C., Garde, C., Pan, X., Santos, A., Alkan, F., Anthon, Christian, von Mering, C., Workman, C. T., Jensen, Lars Juhl & Gorodkin, Jan, 2017, I: Database: The Journal of Biological Databases and Curation. 2017, 9 s., baw167.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    75. Udgivet

      RIsearch2: suffix array-based large-scale prediction of RNA-RNA interactions and siRNA off-targets

      Alkan, F., Wenzel, Anne, Palasca, Oana, Kerpedjiev, P., Rudebeck, A. F., Stadler, P. F., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Nucleic Acids Research. 45, 8, 13 s., e60.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    76. Udgivet

      RNAscClust: Clustering RNA sequences using structure conservation and graph based motifs

      Miladi, M., Junge, A., Costa, F., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Gorodkin, Jan & Backofen, R., 2017, I: Bioinformatics. 33, 14, s. 2089-2096 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    77. Udgivet

      The identification and functional annotation of RNA structures conserved in vertebrates

      Seemann, Ernst Stefan, Mirza, A. H., Hansen, C., Bang-Berthelsen, C. H., Garde, C., Christensen-Dalsgaard, M., Torarinsson, E., Yao, Z., Workman, C. T., Pociot, Flemming, Nielsen, Henrik, Tommerup, Niels, Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2017, I: Genome Research. 27, s. 1371-1383 14 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    78. 2016
    79. Udgivet

      Joint profiling of miRNAs and mRNAs reveals miRNA mediated gene regulation in the Göttingen minipig obesity model

      Mentzel, Caroline M. Junker, Alkan, F., Keinicke, H., Jacobsen, M. J., Gorodkin, Jan, Fredholm, Merete & Cirera, Susanna, 30 nov. 2016, I: P L o S One. 11, 11, 16 s., e0167285.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    80. Udgivet

      Adipocyte gene expression and DNA methylation patterns differ significantly between lean and obese pigs

      Jacobsen, M. J., Havgaard, Jakob Hull, Mentzel, Caroline M. Junker, Sørensen, P. M., Pundhir, Sachin, Anthon, Christian, Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Jørgensen, Claus Bøttcher, Barrès, Romain & Fredholm, Merete, 9 nov. 2016, I: Journal of Animal Science. 94, Supplement 4, s. 46-47 2 s., P2019.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Konferenceabstrakt i tidsskrift › Forskning › fagfællebedømt

    81. Udgivet

      Differential transcriptional responses to Ebola and Marburg virus infection in bat and human cells: [Plus] Corrigendum

      Hölzer, M., Krähling, V., Amman, F., Barth, E., Bernhart, S. H., Carmelo, V. A. O., Collatz, M., Doose, G., Eggenhofer, F., Ewald, J., Fallmann, J., Feldhahn, L. M., Fricke, M., Gebauer, J., Gruber, A. J., Hufsky, F., Indrischek, H., Kanton, S., Linde, J., Mostajo, N. & 19 flere, Ochsenreiter, R., Riege, K., Rivarola-Duarte, L., Sahyoun, A. H., Saunders, S. J., Seemann, Ernst Stefan, Tanzer, A., Vogel, B., Wehner, S., Wolfinger, M. T., Backofen, R., Gorodkin, Jan, Grosse, I., Hofacker, I., Hoffmann, S., Kaleta, C., Stadler, P. F., Becker, S. & Marz, M., 7 okt. 2016, I: Scientific Reports. 6, 16 s., 34589.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    82. Udgivet

      Foldalign 2.5: multithreaded implementation for pairwise structural RNA alignment

      Sundfeld, D., Havgaard, Jakob Hull, de Melo, A. C. M. A. & Gorodkin, Jan, 2016, I: Bioinformatics. 32, 8, s. 1238-1240 3 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    83. 2015
    84. Udgivet

      Full-length RNA structure prediction of the HIV-1 genome reveals a conserved core domain

      Sükösd, Z., Andersen, E. S., Seemann, Ernst Stefan, Jensen, M. K., Hansen, M., Gorodkin, Jan & Kjems, J., 2 dec. 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 21, s. 10168-79 12 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    85. Udgivet

      Gender and obesity specific MicroRNA expression in adipose tissue from lean and obese pigs

      Mentzel, Caroline M. Junker, Anthon, Christian, Jacobsen, M. J., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Jørgensen, Claus Bøttcher, Gorodkin, Jan, Cirera, Susanna & Fredholm, Merete, 29 jul. 2015, I: P L o S One. 10, 7, 19 s., e0131650.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    86. Udgivet

      Differential and coherent processing patterns from small RNAs

      Pundhir, Sachin & Gorodkin, Jan, 13 jul. 2015, I: Scientific Reports. 5, 16 s., 12062.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    87. Udgivet

      Simultaneous DNA and RNA mapping of somatic mitochondrial mutations across diverse human cancers

      Stewart, J. B., Alaei-Mahabadi, B., Radhakrishnan, S., Samuelsson, T., Gorodkin, Jan, Gustafsson, C. M. & Larsson, E., jun. 2015, I: P L o S Genetics. 11, 6, 15 s., e1005333.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    88. Udgivet

      Emerging applications of read profiles towards the functional annotation of the genome

      Pundhir, Sachin, Poirazi, P. & Gorodkin, Jan, 19 maj 2015, I: Frontiers in Genetics. 6, 11 s., 188.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    89. Udgivet

      Profiling of Ribose Methylations in RNA by High-Throughput Sequencing

      Birkedal, U., Christensen-Dalsgaard, M., Krogh, Nicolai, Radhakrishnan, S., Gorodkin, Jan & Nielsen, Henrik, 7 jan. 2015, I: Angewandte Chemie (International ed. in English). 54, 2, s. 451-455 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    90. Udgivet

      Emerging tools for RNA structure analysis in polymorphic data

      Radhakrishnan, S., Seemann, Ernst Stefan & Gorodkin, Jan, 2015, I: Biozoom. 2, s. 10-13 4 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Formidling

    91. Udgivet

      Optimizing RNA structures by sequence extensions using RNAcop

      Hecker, N., Christensen-Dalsgaard, M., Seemann, Ernst Stefan, Havgaard, Jakob Hull, Stadler, P. F., Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: Nucleic Acids Research. 43, 17, s. 8135-8145 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    92. Udgivet

      Quality Assessment of Domesticated Animal Genome Assemblies

      Seemann, Ernst Stefan, Anthon, Christian, Palasca, Oana & Gorodkin, Jan, 2015, I: Bioinformatics and Biology Insights. 9, Suppl 4, s. 49-58 10 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    93. Udgivet

      RNA 3D modules in genome-wide predictions of RNA 2D structure

      Theis, C., Zirbel, C. L., Zu Siederdissen, C. H., Anthon, Christian, Hofacker, I. L., Nielsen, Henrik & Gorodkin, Jan, 2015, I: PLOS ONE. 10, 10, 13 s., e0139900.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    94. Udgivet

      Transcriptomic landscape of lncRNAs in inflammatory bowel disease

      Mirza, A. H., Bang-Berthelsen, C. H., Seemann, Ernst Stefan, Pan, X., Frederiksen, K. S., Vilien, M., Gorodkin, Jan & Pociot, Flemming, 2015, I: Genome Medicine. 7, 22 s., 39.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    95. 2014
    96. Udgivet

      Spatially conserved regulatory elements identified within human and mouse Cd247 gene using high-throughput sequencing data from the ENCODE project.

      Pundhir, Sachin, Hannibal, T. D., Bang-Berthelsen, C. H., Wegener, A. K., Pociot, Flemming, Holmberg, D. I. & Gorodkin, Jan, 2 maj 2014, I: Gene. 545, 1, s. 80-87 8 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    97. Udgivet

      De Novo Discovery of Structured ncRNA Motifs in Genomic Sequences

      Ruzzo, W. L. & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). Bind 1097. s. 303-18 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    98. Udgivet

      Computational approaches for predicting mutation effects on RNA Sstructure

      Radhakrishnan, S. & Gorodkin, Jan, 2014, Bioinformatics. Persson, B. (red.). Elsevier, s. 111-121 11 s. (Comprehensive biomedical physics, Bind 6).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    99. Udgivet

      Concepts and introduction to RNA bioinformatics

      Gorodkin, Jan, Hofacker, I. L. & Ruzzo, W. L., 2014, I: Methods in molecular biology (Clifton, N.J.). 1097, s. 1-31 31 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    100. Udgivet

      Protein-driven inference of miRNA-disease associations

      Mørk, S., Pletscher-Frankild, S., Palleja, A., Gorodkin, Jan & Jensen, Lars Juhl, 2014, I: Bioinformatics (Oxford, England). 30, 3, s. 392-397 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    101. Udgivet

      RNA Structural Alignments, Part I: Sankoff-Based Approaches for Structural Alignments

      Havgaard, Jakob Hull & Gorodkin, Jan, 2014, RNA Sequence, Structure, and Function: Computational and Bioinformatic Methods. Gorodkin, J. & Ruzzo, W. L. (red.). s. 275-90 16 s. (Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)).

      Publikation: Bidrag til bog/antologi/rapport › Bidrag til bog/antologi › Forskning › fagfællebedømt

    102. Udgivet

      Structured RNAs and synteny regions in the pig genome

      Anthon, Christian, Tafer, H., Havgaard, Jakob Hull, Thomsen, B., Hedegaard, J., Seemann, Ernst Stefan, Pundhir, Sachin, Kehr, S., Bartschat, S., Nielsen, M., Nielsen, R. O., Fredholm, Merete, Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2014, I: BMC Genomics. 15, 27 s., 459.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    103. Udgivet

      Transcriptome-wide analysis of UTRs in non-small cell lung cancer reveals cancer-related genes with SNV-induced changes on RNA secondary structure and miRNA target sites

      Radhakrishnan, S., Wenzel, Anne, Novotny, P., Tang, X., Kalari, K. R. & Gorodkin, Jan, 2014, I: P L o S One. 9, 1, 16 s., e82699.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    104. 2013
    105. Udgivet

      Discovery of a divergent HPIV4 from respiratory secretions using second and third generation metagenomic sequencing

      Alquezar Planas, D. E., Mourier, T., Bruhn, C. A. W., Hansen, Anders Johannes, Vitcetz, S. N., Mørk, S., Gorodkin, Jan, Nielsen, H. A., Guo, Y., Sethuraman, A., Paxinos, E. E., Shan, T., Delwart, E. L. & Nielsen, L. P., 3 sep. 2013, I: Scientific Reports. 3, 10 s., 2468.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    106. Udgivet

      Automated identification of RNA 3D modules with discriminative power in RNA structural alignments

      Theis, C., Höner zu Siederdissen, C., Hofacker, I. L. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, 22, s. 9999-10009 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    107. Udgivet

      Global Analysis of Genetic and Epigenetic differences associated with Obesity

      Jacobsen, M. J., Mentzel, Caroline M. Junker, Kogelman, L., Mark, T., Karlskov-Mortensen, Peter, Bruun, Camilla Vibeke Sichlau, Cirera, Susanna, Gorodkin, Jan, Kadarmideen, H., Barrès, Romain, Jørgensen, Claus Bøttcher & Fredholm, Merete, 2013.

      Publikation: Konferencebidrag › Poster › Forskning › fagfællebedømt

    108. Udgivet

      RNAsnp: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs: efficient detection of local RNA secondary structure changes induced by SNPs

      Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Human Mutation. 34, 4, s. 546-556 11 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    109. Udgivet

      The RNAsnp web server: predicting SNP effects on local RNA secondary structure

      Radhakrishnan, S., Tafer, H., Seemann, Ernst Stefan, Hofacker, I. L., Stadler, P. F. & Gorodkin, Jan, 2013, I: Nucleic Acids Research. 41, s. W475-W479 5 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    110. 2012
    111. Udgivet

      Profiling microRNAs in lung tissue from pigs infected with Actinobacillus pleuropneumoniae

      Podolska, A., Anthon, Christian, Bak, M., Tommerup, Niels, Skovgaard, K., Heegaard, P. M., Gorodkin, Jan, Cirera, S. & Fredholm, Merete, sep. 2012, I: B M C Genomics. 13, 1, s. 459

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    112. Udgivet

      Sequence and expression analysis of gaps in human chromosome 20

      Minocherhomji, S., Seemann, Ernst Stefan, Mang, Y., Elschich, Z., Bak, M., Hansen, C., Papadopoulos, N., Josefsen, K., Nielsen, Henrik, Gorodkin, Jan, Tommerup, Niels & Silahtaroglu, Asli, aug. 2012, I: Nucleic Acids Research. 40, 14, s. 6660-6672 13 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    113. Udgivet

      Analyses of pig genomes provide insight into porcine demography and evolution

      Groenen, M. A., Archibald, A. L., Uenishi, H., Tuggle, C. K., Takeuchi, Y., Rothschild, M. F., Rogel-Gaillard, C., Park, C., Milan, D., Megens, H-J., Li, S., Larkin, D. M., Kim, H., Frantz, L. A. F., Caccamo, M., Ahn, H., Aken, B. L., Anselmo, A., Anthon, C., Auvil, L. & 116 flere, Badaoui, B., Beattie, C. W., Bendixen, C., Berman, D., Blecha, F., Blomberg, J., Bolund, L., Bosse, M., Botti, S., Zhan, B., Bystrom, M., Capitanu, B., Carvalho-Silva, D., Chardon, P., Chen, C., Cheng, R., Choi, S., Chow, W., Clark, R. C., Clee, C., Crooijmans, R. P. M. A., Dawson, H. D., Dehais, P., Sapio, F. D., Dibbits, B., Drou, N., Du, Z., Eversole, K., Fadista, J., Fairley, S., Faraut, T., Faulkner, G. J., Fowler, K. E., Fredholm, Merete, Fritz, E., Gilbert, J. G. R., Giuffra, E., Gorodkin, Jan, Griffin, D. K., Harrow, J. L., Hayward, A., Howe, K., Hu, Z., Humphray, S. J., Hunt, T., Jensen, H. H., Jeon, J., Jern, P., Jones, M., Jurka, J., Kanamori, H., Kapetanovic, R., Kim, J., Kim, J., Kim, K., Kim, T., Larson, G., Lee, K., Lee, K., Leggett, R., Lewin, H. A., Li, Y., Liu, W., Loveland, J. E., Lu, Y., Lunney, J. K., Ma, J., Madsen, O., Mann, K., Matthews, L., McLaren, S., Morozumi, T., Murtaugh, M. P., Narayan, J., Nguyen, D. T., Ni, P., Oh, S., Onteru, S., Panitz, F., Park, E., Park, H., Pascal, G., Paudel, Y., Perez-Enciso, M., Ramirez-Gonzalez, R., Reecy, J. M., Rodriguez-Zas, S., Rohrer, G. A., Rund, L., Sang, Y., Schachtschneider, K., Schraiber, J. G., Schwartz, J., Scobie, L., Scott, C., Searle, S., Servin, B., Southey, B. R., Sperber, G., Stadler, P., Sweedler, J. V., Tafer, H., Thomsen, B., Wali, R., Wang, J., Wang, J., White, S., Xu, X., Yerke, M., Zhang, G., Zhang, J., Zhang, J., Zhao, S., Rogers, J., Churcher, C. & Schook, L. B., 2012, I: Nature. 491, 7424, s. 393-398 6 s.

      Publikation: Bidrag til tidsskrift › Tidsskriftartikel › Forskning › fagfællebedømt

    Forrige 1 2 Næste

    ID: 4356276